Seminario

Introducao
Fundamentos e Tecnicas
iGEM
Estudo de Caso - Fotolme Bacteriano
Perspectivas e Desaos
Biologia Sintetica
Conceitos e Aplica coes
Felipe Dalvi Garcia
Doutorado em Modelagem Computacional
Laboratorio Nacional de Computacao Cientca
Ministerio da Ciencia, Tecnologia e Inovacao
16 de maio de 2014
Biologia Sintetica - Conceitos e Aplicacoes Felipe Dalvi Garcia 1/31
Introducao
iGEM
O que nao e?
O que e?
Sumario
1
Introdu cao
O que nao e?
O que e?
2
Partes, Dispositivos e Sistemas
BioBrick
TM
Tecnicas e Suas Aplicacoes
3
iGEM
4
5
Introducao
iGEM
O que nao e?
O que e?
Sumario
1
Introdu cao
O que nao e?
O que e?
2
BioBrick
TM
3
iGEM
4
5
Introducao
iGEM
O que nao e?
O que e?
Biologia Sintetica = Engenharia Genetica
Engenharia Genetica:
Concentra-se no estudo e uso de genes individuais (clonagem
ou superexpressao);
Geralmente envolve a transferencia de genes individuais de um
organismo para outro.
Biologia Sintetica:
Preve a montagem de novos genomas a partir de um conjunto
de pecas geneticas (gene, terminador, promotor etc.)
padronizadas que sao entao inseridas em um micro-organismo
ou celula.
Introducao
iGEM
O que nao e?
O que e?
Biologia Sintetica = Engenharia Genetica
Engenharia Genetica:
Concentra-se no estudo e uso de genes individuais (clonagem
ou superexpressao);
Geralmente envolve a transferencia de genes individuais de um
organismo para outro.
Biologia Sintetica:
Preve a montagem de novos genomas a partir de um conjunto
de pecas geneticas (gene, terminador, promotor etc.)
padronizadas que sao entao inseridas em um micro-organismo
ou celula.
Introducao
iGEM
O que nao e?
O que e?
Biologia Sintetica = Biologia de Sistemas
Biologia de Sistemas:
Estuda sistemas biologicos complexos como um todo, usando
ferramentas de modelagem, simula cao e comparacao com
experimentos;
Concentra-se no estudo de sistemas naturais ja existentes.
Biologia Sintetica:
Estuda como construir sistemas biologicos articiais, usando
muitas das mesmas ferramentas e tecnicas experimentais de
engenharia;
Concentra-se nas formas de manipulacao, caracteriza cao,
simplicacao e uso de partes de sistemas biologicos naturais
como componentes de sistemas biologicos articiais.
Introducao
iGEM
O que nao e?
O que e?
Biologia Sintetica = Biologia de Sistemas
Biologia de Sistemas:
Estuda sistemas biologicos complexos como um todo, usando
ferramentas de modelagem, simula cao e comparacao com
experimentos;
Concentra-se no estudo de sistemas naturais ja existentes.
Biologia Sintetica:
Estuda como construir sistemas biologicos articiais, usando
muitas das mesmas ferramentas e tecnicas experimentais de
engenharia;
Concentra-se nas formas de manipulacao, caracteriza cao,
simplicacao e uso de partes de sistemas biologicos naturais
como componentes de sistemas biologicos articiais.
Introducao
iGEM
O que nao e?
O que e?
Sumario
1
Introdu cao
O que nao e?
O que e?
2
BioBrick
TM
3
iGEM
4
5
Introducao
iGEM
O que nao e?
O que e?
A Biologia Sintetica...
...e a aplicacao de princpios de engenharia na construcao de novos
sistemas biologicos.
Dr. Wendell Lim, Depto. de Farmac. Celular e Molecular, UCLA
...envolve o desenvolvimento e aplicacao de princpios de engenharia
para tornar mais faceis e conaveis o projeto e a construcao de
sistemas biologicos sinteticos complexos.
Dra. Christina Smolke, Depto. de Bioengenharia, Univ. de Stanford
...compreende a pesquisa necessaria para desenvolver organismos
vivos que podem ser descritos sem referencia a um organismo exis-
tente.
Dr. Richard Gold, Faculdade de Direito, Univ. McGill
Introducao
iGEM
O que nao e?
O que e?
tente.
Introducao
iGEM
O que nao e?
O que e?
tente.
Introducao
iGEM
O que nao e?
O que e?
Denicao
Biologia Sintetica
E a engenharia da biologia: a sntese de sistemas complexos bio-

logicamente fundamentados (ou inspirados) que apresentam fun coes
que nao existem na natureza. Essa perspectiva de engenharia pode
ser aplicada em todos os nveis de hierarquia de estruturas biologicas
desde moleculas individuais ate celulas, tecidos e organismos. Em
essencia, biologia sintetica permite o projeto de sistemas biologicos
de forma racional e sistematica.
Report of a NEST High-Level Expert Group, European Commission
Introducao
iGEM
O que nao e?
O que e?
Area Inter e Multidisciplinar

Tecnologias:
Sequenciamento de genomas;
Bancos de dados biologicos;
Sntese de DNA/RNA;
Biologia de sistemas.
Princpios:
Padronizacao de montagem de
DNA/RNA;
Padronizacao de medidas de
avalia cao;
Abstracao;
Modelagem;
Registro.
Introducao
iGEM
O que nao e?
O que e?
Ciclo de um Projeto em Biologia Sintetica
Introducao
iGEM
BioBrick
TM
Sumario
1
Introdu cao
O que nao e?
O que e?
2
BioBrick
TM
3
iGEM
4
5
Introducao
iGEM
BioBrick
TM
Sumario
1
Introdu cao
O que nao e?
O que e?
2
BioBrick
TM
3
iGEM
4
5
Introducao
iGEM
BioBrick
TM
Partes (Parts)
Sao os blocos de construcao em Biologia Sintetica;
Formadas por sequencias de nucleotdeos que codicam uma
fun cao biologica;
Alguns tipos basicos:
Promotor (inicia a transcricao);
Operador (regula a transcri cao);
Stio de liga cao do ribossomo - RBS (inicia a traducao);
Sequencia codicante (codica o produto funcional);
Terminador (atenua a transcri cao).
Introducao
iGEM
BioBrick
TM
Dispositivos (Devices)
Sao montagens de partes biologicas para codicacao e
execucao de funcoes simples denidas pelo usuario;
Alguns tipos simples:
Reportadores e geradores de protenas;
Portas logicas (AND, OR, NOT etc.);
Receptores e transmissores de sinais celulares;
Controladores de luz.
Introducao
iGEM
BioBrick
TM
Avaliacao de Dispositivos
Introducao
iGEM
BioBrick
TM
Sistemas (Systems)
Sao combinacoes de um ou mais dispositivos para execucao de
fun coes mais complexas denidas pelo usuario;
Alguns exemplos simples:
Chaves (switches);
Osciladores;
Detector de borda;
Contadores.
Introducao
iGEM
BioBrick
TM
Nveis de Abstracao
Introducao
iGEM
BioBrick
TM
Sumario
1
Introdu cao
O que nao e?
O que e?
2
BioBrick
TM
3
iGEM
4
5
Introducao
iGEM
BioBrick
TM
Repositorio de Biopartes Padronizadas
Repositorio ocial mantido pelo MIT;
Diretrizes basicas:
Especicacao adequada das partes;
Compreensao clara da relacao entre
partes e plasmdeos;
Uma parte nao deve conter os stios para
anqueamento das enzimas de restricao
(EcoRI, XbaI, SpeI, PstI);
As sequencias para tais stios sao
chamadas de suxo (S) e prexo (P).
Introducao
iGEM
BioBrick
TM
Padrao de Nomenclatura
Introducao
iGEM
BioBrick
TM
Classicacao por Categoria
Introducao
iGEM
BioBrick
TM
Sumario
1
Introdu cao
O que nao e?
O que e?
2
BioBrick
TM
3
iGEM
4
5
Introducao
iGEM
BioBrick
TM
Tecnicas e Uso em Biologia Sintetica
Polymerase Chain Reaction (PCR): principal uso esta em
criar muitas copias de partes para montagem de dispositivos e
sistemas;
Clonagem com enzimas de restricao: base para o metodo
de montagem com BioBrick
TM
;
Eletroforese em gel: metodo mais comum para analise de
amostras (vericacao do processo de clonagem);
Sequenciamento (Sanger): usado para conrmar a
identidade dos clones de DNA e garantir que nao foram
introduzidos erros na clonagem ou montagem;
Introducao
iGEM
BioBrick
TM
Tecnicas e Uso em Biologia Sintetica
PCR de tempo real: metodo preferido para medicao do
n umero de copias de DNA (alternativa para o Southern e
Northern blot);
Microarranjos: ensaio de mudancas na expressao de grande
n umero de genes;
Transcri cao reversa: junto com o metodo de PCR de tempo
real e o metodo de escolha para quanticar o n umero de
copias de mRNA em sistemas sinteticos;
Western blot: usado para determinar se um organismo esta
expressando uma protena de interesse e em qual quantidade.
Introducao
iGEM
Sumario
1
Introdu cao
O que nao e?
O que e?
2
BioBrick
TM
3
iGEM
4
5
Introducao
iGEM
Sobre o iGEM
International Genetically Engineered
Machine;
Promovida anualmente pelo MIT desde 2003;
Desempenha o mais importante papel no
desenvolvimento da Biologia Sintetica;
Muitos resultados dos projetos do iGEM sao
publicados como importantes avan cos
cientcos;
Estimula a alimenta cao de dados no
repositorio BioBrick
TM
.
Introducao
iGEM
Como Funciona o iGEM
Times de todo o mundo formados por alunos de gradua cao e
pos-gradua cao;
Registram um projeto e recebem um kit de biopartes
registradas do BioBrick
TM
;
Dentro do prazo, o time deve utilizar as partes para
implementar o projeto que propuseram.
Introducao
iGEM
Panorama Mundial
Introducao
iGEM
Exemplos de Projetos do iGEM
Fotolme bacteriano (UT-Austin e UCSF 2004);
Eau de coli (MIT 2006);
Bacto-builders (BCCS-Bristol 2008);
E. chromi (Cambridge 2009);
Parasight (Imperial Colege London 2010);
Introducao
iGEM
Sumario
1
Introdu cao
O que nao e?
O que e?
2
BioBrick
TM
3
iGEM
4
5
Introducao
iGEM
Ensinando a E. coli a ver luz
Introducao
iGEM
Sumario
1
Introdu cao
O que nao e?
O que e?
2
BioBrick
TM
3
iGEM
4
5
Introducao
iGEM
Implicac oes

Eticas
A responsabilidade do ser humano na
criacao de novas formas de vida;
Acredita-se que nos proximos 50 anos a
evolucao do DNA sera em laboratorio e
nao mais na natureza;
Qual sera o limite para denir o que e
natural e o que nao e?
E um dos temas mais discutidos nos EUA;

Propriedade intelectual e o avanco nas
pesquisas.
Introducao
iGEM
Implicac oes

Eticas
Biologia Sintetica?
Introducao
iGEM
Riscos `a Seguranca
Ferramentas usadas em Biologia Sintetica se
tornando cada vez mais acessveis;
Disponibilidade online de sequencias de DNA e
tecnicas de biologia molecular;
Risco de descarte ou liberacao inadequada de
organismos sinteticos;
Criacao de organismos com propositos
mal-intencionados;
Preocupa cao com biohackers e a consequente
(re)criacao de patogenos mais virulentos;
Organismos com propriedades imprevisveis e
radicalmente diferentes das conhecidas ate hoje.
Introducao
iGEM
Alguns Desaos
Competi cao entre recursos para desenvolvimento e
infraestrutura;
Produ cao robusta e eciente em alta escala;
Necessidade de valida cao e caraterizacao rigorosas de
biopartes e sistemas;
Cria cao de minimal cells;
Necessidade de rede de distribuicao e transporte adequados.
Introducao
iGEM
Visao de Futuro
Sa ude: biosensores, biotecnologia para diagnostico e combate
a doencas, estetica (controle de sinais da idade), drogas
personalizadas, engenharia de tecidos;
Energia: biobaterias, biocombustveis, folhas articiais
(fotossntese articial);
Meio ambiente: biodetectores de radiacao/poluicao,
embalagens biodegradaveis, materiais mais leves e resistentes,
biorremediacao;
Agricultura: novas sementes, materia-prima para bioenergia,
agrocombustveis, producao otimizada de alimentos;
Outros: biocomputadores, conversores digital-biologicos,
biosntese de nanopartculas, materiais responsivos.
Introducao
iGEM
Este e so o come co...
A ciencia nos ofereceu uma explica cao de
como a complexidade (o difcil) surgiu como
resultado da simplicidade (o facil).
(Richard Dawkins)
Obrigado!
Introducao
iGEM
Referencias I
G. Baldwin, T. Bayer, R. Dickinson, et al.
Synthetic Biology: A Primer.
Imperial College Press, 2012.
BioBrick.
Pagina principal - parts.igem.org.
http://parts.igem.org/Main_Page.
iGEM.
Pagina principal - ung.igem.org.
http://igem.org/Main_Page.
Introducao
iGEM
Referencias II
A. Levskaya, A. A. Chevalier, J. J. Tabor, Z. B. Simpson, L. A.
Lavery, M. Levy, E. A. Davidson, A. Scouras, A. D. Ellington, E. M.
Marcotte, et al.
Synthetic biology: engineering escherichia coli to see light.
Nature, 438(7067):441442, 2005.
Nature.
Whats in a name?
Nature Biotechnology, 27(12):10711073, December 2009.
The Royal Academy of Engineering.
Synthetic Biology: scope, applications and implications, May 2009.
Introducao
iGEM
Referencias III
Y.-H. Wang, K. Y. Wei, and C. D. Smolke.
Synthetic biology: advancing the design of diverse genetic systems.
Annual review of chemical and biomolecular engineering, 4:69102,
2013.

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Introducao

E a engenharia da biologia: a sntese de sistemas complexos bio-

Area Inter e Multidisciplinar

E um dos temas mais discutidos nos EUA;

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