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SEGMENTACION Y RECONSTRUCCION 3D DE BIOPELICULAS

MICROBIANAS
A. Bouchet, J. I. Pastore, L. G. Di Meglio, L. Robuschi y V. Ballarin
Los microorganismos se desarrollan en interfaces(solido-liquido, liquido-liquido,
solido-aire) formando biofilms o pelculas biolgicas.
La aplicacin de microorganismos en biotecnologa resultan ms eficientes
cuando se usan como pelculas biolgicas (Vgr. Tratamiento de aguas
residuales, fabricacin de cerveza, entre otras).
Las bacterias que viven en las pelculas biolgicas son capaces de resistir
los antibiticos mejor que las que viven como organismos libres y soportan
dosis mayores de antimicrobianos.
La morfologa matemtica es uno de los enfoques ms populares que existen
y se ha aplicado con xito en el procesamiento de diferentes tipos de
imgenes.
El objetivo: desarrollar e implementar un algoritmo basado en morfologa
matemtica que permita la segmentacin de varias imgenes que surgen de
la observacin en vivo de los microorganismos para poder reconstruirlos
despus en 3D para observar su estructura y crecimiento de pelculas
biolgicas.
Se proponen cinco etapas para la formacin de pelculas biolgicas: fijacin
inicial , unin irreversible, maduracin I, maduracin II y dispersin .En los
cuales la pelcula biolgica se va desarrollando.
Morfologa matemtica se basa en geometra, algebra y teora de conjuntos, la
cual es utilizada para caracterizar propiedades de diversos materiales. Estudia
las estructuras geomtricas de los componentes de las imgenes, de esta
forma se pueden analizar la forma, tamao, orientacin y superposicin de
objetos en la imagen.

Se aplica un filtrado de apertura o de cierre, permitiendo as eliminar
estructuras que no son de inters.
Segmentacin de imgenes: es el proceso de dividir a la imagen en varias
partes, adems de simplificar y cambiar la representacin de una imagen en
otra ms significativa y ms fcil de analizar. Esto se utiliza para localizar
objetos que sean tiles. Se realiza una comparacin de la imagen original
con la filtrada y aumenta el contraste en las zonas eliminadas. Y se resaltan
esas zonas eliminadas.

Materiales: para la realizacin de esta investigacin usaron imgenes
obtenidas del desarrollo de biofilm de la arquea hiperhalofila, la cual fue
cultivada en celdas de flujo de tipo canal. Una vez que se inici su crecimiento
se realiz la observacin por medio de un microscopio invertido de contraste
de fases Nikon TiU con eje Z motorizado y equipado con una cmara
refrigerada conectada a una PC. El resultado de esta observacin fue una
coleccin de imgenes a distintas profundidades de pelcula biolgica, a partir
de las cuales se reconstruy la estructura 3D.


Mtodo propuesto:
ETAPAS:
FILTRADO MORFOLOGICO : cada una de las imgenes sern filtradas
para homogeneizar los niveles de gris de la imagen
TOP-HAT POR CIERRE: resaltar objetos localmente obscuros en cada
imagen
BINARIZACION: para obtener una imagen donde se vean solo los
objetos de inters.
RECONSTRUCCION 3D: se usa el conjunto de imgenes binarias para
simular una superficie 3D la cual permite observar la conformacin de
la pelcula biolgica.
Se utiliz el software MatLab para implementar este algoritmo, utilizando las
libreras que proporciona.

Resultados:
Se observan imgenes originales , resultantes al aplicar el algoritmo, la
comparacin/superposicin de la imagen original con la filtrada y la
representacin den 3D, en la cual se pueden observar las caractersticas de
que forman las clulas.
La reconstruccin de la estructura de un biofilm a partir de las imgenes de un
stack, ofrece una visualizacin poderosa que permite observar bajo distintos
ngulos la conformacin del biofilm o parte del mismo.




La caracterizacin morfolgica de biofilms permite a los investigadores del rea
crear un juicio objetivo sobre las caractersticas estructurales de un biofilm, (que
es el microorganismos con el que se est trabajado como pelcula biolgica)y
entre biofilms, a travs de medidas de cobertura de superficie, porosidad de
superficie, correlacin espacial, entropa, etc. la vectorizacin de las imgenes
segmentadas facilita la visualizacin, permitiendo navegar en la estructura 3D y
observar de mejor forma las estructuras internas que no son fcilmente visibles
desde una perspectiva exterior.