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* El material es un resumen de los conceptos que se vern en la clase y que se encuentran en general, en los libros de microbiologa

mencionados en la bibliografa.



Material para clase preparado por
Liliana Reyes Valderrama*.
Microbiloga. Magster en Evaluacin en Educacin. Magster en Direccin Universitaria


Microbiologa:

Estudia clulas microbianas (viven en forma autnoma)
Diversidad, evolucin, impacto, entendimiento de organismos superiores
Bsica y aplicada

Tipos de vida celular y evolucin segn secuenciacin ARNr

Archaea
Origen de la vida ancestro Eukarya plantas/animales
Bacteria

Procariota Eucariota

Macroorganismo: no conocido Eukarya: Animales y Plantas

Microorganismo: Archaea Eukarya: algas, hongos, protozoos

Bacteria
Virus:

Elementos genticos no celulares, que requieren una clula para su replicacin
Estado extracelular:
Acido nucleico rodeado de protena
Inerte metablicamente
Transporta genoma a nueva clula
Estado intracelular:
Infeccin en hospedero
Produccin de genoma y cubierta
Dependencia de estructura celular del hospedero
Transmisin de informacin que pasar a clulas hijas
Destruye a la clula
Muy pequeos, codifican pocas funciones
ARN ADN ambos, doble o sencillo
Se clasifican por cido nuclico y hospedero
Virus presentes en todos los habitats del planeta, si hay vida.
Acuticos-terrestres.
En amb extremos nicos atacantes de microorganismos presentes
Afectan a todos los seres vivos, influenciando ciclos biogeoqumicos y evolucin de especies
Accin viral, combinada con predacin por protozoos, controla nmero de bacterias
Clulas lisadas de fototrofos (bact, algas, protozoos) mat. Orgnica utilizable por heterotrofos,
aumentando respiracin y liberacin CO
2


Bacteria

Verdaderas bacterias
Diversidad metablica (utilizacin de compuestos y colonizacin de habitats)
Unicelulares o filamentosas
* El material es un resumen de los conceptos que se vern en la clase y que se encuentran en general, en los libros de microbiologa
mencionados en la bibliografa.



Reproduccin autnoma asexual por fisin
Carecen de organelos
Presentes en suelo, agua, plantas y animales
Algunas patgenas

Archaea (Arqueobacterias o arqueas)

Evolucin independiente, aunque similares a bacterias
Gentica/bioqumica ms cercanas a eucariotas
Recursos inusuales (amoniaco, metales, H)
Algunas extremfilas (sal, pH, t), no forman esporas
Plancton ocenico, suelos, pantanos
Ciclo C, S y N
Mutualistas y comensalistas
Metangenas producen gas metano (biogas)
Usadas en tratamiento de aguas residuales

Hongos

Eucariotas
No fotosintticos, quimioorganotrofos
Contienen ncleo y mitocondrias
Complejidad morfolgica y en ciclos de vida
Pared rgida de quitina (tambin celulosa, mananos, etc)
Pocos en agua, mayora en suelos y plantas en descomposicin
Importantes patgenos para plantas
Algunos pocos parsitos humanos y animales

Grupos:

o Ascomycota Ej: Saccharomyces
o Basidiomycota Ej: Amanita, Agaricus
o Zygomycota Ej: Mucor, Rhizopus
o Chytridiomycota Ej: Chytridium
o Glomeromycota Ej: Glomus

Otra divisin (morfolgica): mohos, levaduras, setas, mohos limosos

Mohos: filamentosos, con esporas asexuales dispersantes y sexuales, contaminantes, alergenos,
importantes en descomposicin de material.

Levaduras: unicelulares, esfricos u ovales, mayor tamao que bacterias, reproduccin sexual,
frecuentes en flores y frutas, a veces en animales, pocos patgenos, importantes en industria.
Setas: forman cuerpos fructferos y micorrizas.

Protistas

Protozoos

Incluye actualmente eucariotas, unicelulares, sin pared, mviles y no pigmentados pero con
muchas excepciones. Diferentes morfologas. Habitats diversos. Viven en agua fresca y marina,
suelos y plantas, algunos son parsitos en animales
Enorme diversidad filogentica
En general sin clorofila, se alimentan por ingestin
* El material es un resumen de los conceptos que se vern en la clase y que se encuentran en general, en los libros de microbiologa
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Diplomnadas y parabaslidos
Unicelulares, flagelados sin cloroplastos
Viven en anaerobiosis (intestinos), simbiontes o parsitos, fermentadores
Ej: Giardia, Trichomonas

Euglenozoos
Unicelulares, flagelados sin cloroplastos
Parsitos, fototrofos o quimioorganotrofos de vida libre
Ej: Trypanosoma, Euglena

Alveolados
Alvolos (sacos bajo membrana)
Ciliados, dinoflagelados y apicomplejos
Cilios, flagelos o parsitos
Ej: Paramecium, Gonyaulax

Estramenpilos
Quimiorganotrofos o fottrofos
Flagelados
Oomicetos, diatomeas y algas pardo doradas
Ej: Phytophthora, Nitzschia, Ochromonas

Cercozoos y radiolarios
Pseudpodos filiformes (desplazamiento y alimentacin)
Amebas, foraminferos

Amebozoos
Grupo diverso, acuticos o terrestres
Pseudpodos lobulados (desplazamiento y alimentacin)
Gymnamoebas, entamebas, hongos mucosos y plasmodiales.
Ej: Amoeba, Entamoeba, Dyctiostelium, Physarium


Otras agrupaciones:
o Flagelados: mtiles por flagelos, vida libre, parsitos, algunos patgenos. Ej:
Giardia, Leishmania, Trypanosoma.
o Amebas: parsitos en vertebrados Ej: foraminferos, Entamoeba histolytica
o Ciliados: frecuentes en animales, poseen cilios. Ej: Balantidium coli
o Esporozoos: parsitos obligados, absortitos. Ej: Plasmodium (malaria)

Algas
Eucariotas. Habitats acuticos, suelos hmedos, piscinas, acuarios. Gran diversidad morfolgica
Fotosintticas con produccin de O
2
(cloroplastos y clorofila A). Verdes, rojas y otros colores
dependiendo de carotenoides
Clasificacin segn:
o tipo de clorofila y otros pigmentos
o polmero de reserva (almidn, laminarina, manitol, etc)
o pared (celulosa mas pectina, manano, xylano, acs algnicos, carbonato de calcio,
quitina; slica, etc)
o motilidad: no mtiles, flageladas o deslizantes

Diversos organismos fotosintetizadores de agua o ambientes muy hmedos.
* El material es un resumen de los conceptos que se vern en la clase y que se encuentran en general, en los libros de microbiologa
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Auttrofos, fotosntesis oxignica, polifiltico (difcil taxonoma). Unicelulares microscpicas,
coloniales o complejas (tej. diferenciados, como algas pardas).

Chlorophyta (algas verdes): Volvox
Euglenophyta : Euglena. Unicelulares, agua dulce, cloroplastos verdes, emparentadas con
unicelulares hetertrofas acuticos protozoos como Trypanosoma
Dinoflagelata (dinoflagelados): Pfiesteria. (Pyrrophyta en botnica). Unicelulares, plastos distintos
colores. Zooxantelas endosimbiticas de animales acuticos marinos, como corales.
Emparentados con ciliados y apicomplexa, que incluyen a Plasmodium. Pfiesteria asociado a
mortandad peces, mareas rojas, + O
2
y toxicidad
Chrysophyta (diatomeas, algas doradas): Navicula
Phaeophyta (algas pardas): Laminaria
Rhodophyta (algas rojas): Polysiphonia

Muchos animales acuticos llevan algas unicelulares en sus tejidos tomando ventaja de la
fotosntesis a la vez que proporcionan un ambiente constante y favorable.
Zooxantelas-zooclorelas (algas doradas dinoflageladas Symbiodinium o verdes) asociadas a
corales (Cnidaria), que se comportan como fotosintetizadores
Relacin responsable del xito de corales como organismos constructores de arrecifes en aguas
tropicales
Otros con zooxantelas: esponjas, medusas, moluscos, etc
Cuando aguas tropicales superan 30C por largo tiempo, mueren zooxantelas blanqueamiento y
muerte

Marea roja:
Excesiva proliferacin o florecimientos o bloom algas (miles o millones diatomeas, dinoflageladas
/ ml) coloracin roja del mar y acumulacin toxinas
Acumulacin toxinas en animales microfiltradores ( moluscos como mejillones, almejas y ostras)
peces y otras especies mayores por ingestin, Inhalacin o contacto. Irritacin, parlisis, diarrea,
nusea, prdida de memoria
Atribuida al aumento de nutrientes por actividad humana (N, P, Fe) y cambios climticos como El
Nio

Viroides y priones


* El material es un resumen de los conceptos que se vern en la clase y que se encuentran en general, en los libros de microbiologa
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Principales estructuras bacterianas:

Pared, membrana, ribosomas, inclusiones, genoma, flagelo, cpsula, fimbrias, pili, vesculas. En la
clula eucariota adems hay organelos (mitocondrias, cloroplastos, ncleo con cromosomas

Membrana citoplasmtica:

o Capa fluida funcionando como barrera selectiva
o Bicapa fosfolpida: acs. Grasos y glicerol P exponiendo regiones hidroflicas. Protenas
transmembranales y cationes
o Diferencias en Bacteria y Archaea a nivel de enlaces; en eucariotas, esteroles que dan
mayor rigidez
o Osmosis: tendencia constante a la entrada de agua. Plasmlisis: si el medio externo es
ms concentrado el agua tiende a salir
o Transporte:
Agua y ciertas molculas pequeas
Difusin facilitada: sin gasto de energa ni modificacin hasta igualar concentracin
Traslocacin de grupo: la sustancia se modifica, catalizada por enzimas y con
gasto de E
Protenas transportadoras, altamente especficas

Pared celular bacteriana

o Da forma y rigidez
o Composicin nica y propiedades antignicas. Compuesta en Bacteria por peptidoglicano
(NAM, NAG y aa) con variaciones
o Gram (+): un tipo de molcula gruesa
Gram (-): estructura multilaminar, pequea capa de peptidoglicano. Membrana externa o
LPS
o Puede resultar daada por enzimas y antibiticos
o Enzimas extracelulares

Flagelos:

o Estructuras para movilidad
o Apndices largos y delgados asociados a membrana compuestos por protena. Antignicos
o Unidos a uno o ambos extremos (polares) o alrededor de la clula (peritricos). Helicoidales.
Movimiento por rotacin. Consume E
o Quimiotaxia
o Permite alcanzar microambientes
o Otras bacterias se mueven por deslizamiento
o En eucariotas dos tipos de organelos: flagelos cilios

Fimbrias

o Cortas, numerosas, formadas por protena
o Adherencia, formacin de pelculas

Pili

* El material es un resumen de los conceptos que se vern en la clase y que se encuentran en general, en los libros de microbiologa
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o Mayor longitud que fimbrias. Solo uno o unos pocos
o Receptores de virus; unin a tejidos; conjugacin

Cpsula y cubiertas de limo

o Sustancias gomosas compuestas por polisacrido o protena
o Rgida o flexible
o Protege contra fagocitosis, desecacin

Inclusiones y grnulos de almacenamiento

o Acido poli hidroxibutrico (PHB): reserva lipdica (C y E)
o Glucgeno: reserva de glucosa (C y E)
o Polifosfato: fosfato inorgnico
o Azufre: se oxidan a sulfato
o Magnetosomas: magnetita (Fe3O4)

Vesculas de gas

o Flotabilidad. Cubierta proteica.

Esporas:

o Solo por ciertas bacterias, especialmente en suelos, g (+)
o Estructura diferente a la de clula vegetativa (varias capas de protena y peptidoglicano
adems de ac. Dipicolnico y Ca)
o Diferenciacin celular resistente al calor, desecacin, radiacin, desinfectantes y otros
o Largos perodos en dormancia para luego germinar
o Proceso controlado genticamente desencadenado por la limitacin de nutrientes
o Actividad enzimtica y toma de oxgeno disminuyen
o En germinacin se pierden refractibilidad y resistencia, aumenta contenido de agua, ARN,
ADN y protena
o Al microscopio se observan como regiones no teidas (coloracin de Gram)

Organelos Eucariotas

o Mitocondrias: Respiracin, produccin de ATP, tamao y forma similar a un procariota,
membrana plegada y permeable al ATP
o Cloroplastos: Fotosntesis
o Relaciones entre cloroplastos/mitocondrias y bacterias
Relativa autonoma (ADN, ribosomas 70S); Morfologa; Efecto de antibiticos a
nivel de sntesis proteica; Relaciones del ARNr
Teora de endosimbiosis con progresiva prdida de independencia gentica

Arreglo del material gentico

Procariotas

o ADN de doble cadena polinucletida, complementaria y antiparalela.
o Circular, covalentemente cerrada, con plegamientos. No recubierta por membrana
o Presencia de plsmidos
o Haploide
o Mecanismos de recombinacin gentica sin reproduccin sexual

* El material es un resumen de los conceptos que se vern en la clase y que se encuentran en general, en los libros de microbiologa
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Eucariotas

o ADN organizado en mltiples cromosomas
o Encerrado en membrana formando un ncleo (replicacin y transcripcin)
o Exones e intrones
o Mitosis (divisin del ncleo previa duplicacin del nmero de cromosomas)
o Histonas para neutralizar carga y permitir la contraccin de los cromosomas
o Reproduccin sexual con fusin de gametos haploides para formar el zigoto diploide


Fermentacin

Compuesto orgnico dador de e-

+

ADP +~P tomos C e- +
+
+
+
Compuesto orgnico oxidado aceptor de e-
ATP
+ +
++ ++ ++++ ++ ++++ +

+
Compuesto orgnico reducido (producto de
fermentacin)

o Oxido-reducciones de compuestos orgnicos con liberacin de E, en ausencia de un
aceptor final de e- suministrado externamente
o Oxidacin parcial de los tomos de C del compuesto orgnico. Solo libera parte del
potencial energtico disponible
o Acopla la posterior reduccin de un compuesto orgnico resultado del catabolismo
o ATP se produce a travs de las reacciones enzimticas
o Fermentacin de la glucosa: producto crucial ATP, productos de fermentacin
desechables. Sin embargo, constituyen productos comerciales importantes (etanol, ac.
lctico, CO
2
= bebidas, productos lcteos, panadera)


Respiracin:

Compuesto orgnico

Flujo de C + e- O
2
+
Flujo de e-
+
CO
2


o Si oxgeno o algn otro aceptor terminal externo de e- est presente, las molculas del
sustrato pueden ser oxidadas completamente a CO
2
, con mayor rendimiento de ATP (38
ATP comparado con 2 de la fermentacin)
* El material es un resumen de los conceptos que se vern en la clase y que se encuentran en general, en los libros de microbiologa
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o Respiracin aerbica: O
2
es aceptor final de e- y produccin de ATP es alta. Dos partes:
transformacin del compuesto orgnico en CO
2
y transferencia de e- del compuesto
orgnico al O
2

o Para la transferencia de e-: transportadores asociados a membrana como flavoprotenas,
ferrosulfoprotenas, quinonas, citocromos, etc, de acuerdo con potenciales de reduccin.
o Flujo de Carbono: gluclisis hasta piruvato y oxidacin a CO
2
a travs del ciclo de Krebs
(acs. tricarboxlicos). Los e- removidos son transferidos a NAD+ y luego a O
2
, acoplndose
a la produccin de ATP

Nutricin microbiana

o Obtienen mayora de molculas pequeas a partir del ambiente. Macromolculas se
sintetizan.
o Nutrientes: sustancias del ambiente utilizadas para anabolismo y catabolismo
o Necesitan C, O, H y N en gran cantidad y pequeas cantidades de P, Ca, Hg, S, Fe, Zn,
Mn, Cu, otros. Para sintetizar constituyentes celulares, activacin de enzimas,
estabilizacin de estructuras, como parte de protenas y enzimas, etc
o Agua

Cultivo en el laboratorio

o Estudio de actividades de los microorganismos en cultivos puros
o Necesario proveer nutrientes y condiciones ambientales
o Medios de cultivo:
- Qumicamente definidos (sintticos)
- Complejos (no definidos)
- Lquidos
- Slidos (agar)
Fuente de E y C
o Esterilizacin y desinfeccin de materiales: flameo, autoclave, calor seco, radiacin,
filtracin
o Factores ambientales:
- Temperatura
- pH
- Concentracin de oxgeno
- Salinidad
- Presin
- Humedad
- Luz
o Relaciones con otros organismos
o Mtodos de conservacin de microorganismos:
- Refrigeracin
- Congelacin
- Desecacin
- Liofilizacin
- Inmovilizacin
- Portadores (carriers)

o Cultivos de referencia preservados mantienen caractersticas originales (ATCC,
universidades y centros de investigacin)

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* El material es un resumen de los conceptos que se vern en la clase y que se encuentran en general, en los libros de microbiologa
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Crecimiento:

o Definido como incremento en el nmero de clulas
o Crecimiento individual contina hasta que la clula se divide por fisin binaria
o Constituyentes celulares aumentan para que cada clula hija reciba un cromosoma y
suficientes macromolculas, monmeros, etc.
o Durante divisin, el cromosoma permanece unido a la membrana en el septo
o El tiempo necesario para un ciclo es variable, dependiendo de factores nutricionales y
genticos
o Tiempo de generacin (g): tiempo requerido para la formacin de dos clulas a partir de
una
o Incremento inicial en nmero de clulas es lento, pero rpidamente llega a doblarse
durante cada unidad de tiempo (crecimiento exponencial)
o Rpida colonizacin y efecto del crecimiento bacteriano (por ej. en alimentos)


Clculo del tiempo de generacin

o Relacin directa entre nmero de clulas iniciales y nmero presente despus del
crecimiento exponencial
N
f
= N
o
2
n

N
f
= nmero final de clulas
N
o
= nmero inicial de clulas
N = nmero de generaciones ocurridas
o El tiempo de generacin (g) se calcula respecto al tiempo (t), en horas o minutos
g = t/n

o
Conociendo nmero inicial y final de clulas, es posible calcular nmero de generaciones
ocurridas (n) y a partir de de esto, calcular tiempo de generacin (g)

N
f
= N
o
2
n
log N
f
= log N
o
+ n log 2
log N
f
- log N
o
= n log 2
n = log N
f
- log N
o
= log N
f
- log N
o

log 2 0.301

ej: N
f
= 10
8

clls
N
o
= 5 x 10
7
clls
t = 2 h
n = log(10
8
) log(5 x 10
7
) = 1 gener. g = t/n = 2 horas
0.301

o Clculo para diferentes microorganismos bajo distintas condiciones

Medicin del crecimiento: Cmo determinar N
f
y N
o
?

Conteo clulas
Conteo en placa
NMP
Filtracin
Turbidimetra
Actividad metablica
Peso seco
Otros mtodos

Conteo microscpico de clulas

* El material es un resumen de los conceptos que se vern en la clase y que se encuentran en general, en los libros de microbiologa
mencionados en la bibliografa.



Muestras lquidas: nmero de clulas por unidad de rea y volumen en una cmara de conteo
con cuadrculas
Rpido pero no distingue clulas vivas y muertas, ni clulas muy pequeas. Adems baja
sensibilidad para bajas densidades celulares

Conteo de clulas viables conteo en placa

Clulas capaces de dividirse y formar colonias en medios de cultivo
Diluciones seriadas o salteadas y posteriormente placa en superficie (0.1 ml del cultivo o
muestra sobre el medio de cultivo) placa en fondo (0.1 1 ml del cultivo o muestra en la caja
de Petri, sirviendo luego el medio derretido). En ambos casos se incuba y se cuentan las cajas
con determinados nmeros (30 -300)
Diluciones











NMP

Muestras con poca contaminacin o microorganismos que no crecen bien en agar
Diluciones en medios lquidos (3 series de 3 5 tubos), donde las bacterias muestran
caractersticas (utilizacin de un compuesto, produccin de gas, etc) despus de
incubacin
Nmero de organismos se estima de acuerdo con una tabla basada en probabilidades
estadsticas.

Masa celular

Centrifugacin o filtracin y pesada de clulas
Peso seco o hmedo

Filtracin

Volumen conocido de muestra se hace pasar a travs de una membrana que retiene
bacterias y que luego se coloca sobre un medio slido

Turbidez

Indica crecimiento midiendo con un colormetro o espectrofotmetro. til para no perturbar
el cultivo pero no para muestras con pocas clulas, no distingue clulas muertas

Actividad metablica

Mide consumo de sustratos (glucosa, oxgeno) o productos del metabolismo (gases y
cidos), como indicativos indirectos del crecimiento

Otros mtodos empleados:
* El material es un resumen de los conceptos que se vern en la clase y que se encuentran en general, en los libros de microbiologa
mencionados en la bibliografa.




- Petrifilm: placas listas para usar compuestas por pelcula de nutrientes y gelificantes
- Tubos para uso en campo: con tapa rosca y paleta de doble cara con medios de cultivo
- Citometra de flujo: para bacterias difciles de cultivar o de tamao muy pequeo.Hace pasar una
suspensin de clulas por un pequeo orificio, una a una, formando un flujo sobre el que se hace
incidir un haz lser, cuya dispersin y reflexin se analizan. El tiempo en la llegada al detector es
proporcional al dimetro y volumen celular
- Impedanciometra: detecta, cuantifica e identifica microorganismos, midiendo impedancia y
conductancia del crecimiento, con electrodos sumergidos en una celda que contiene un medio de
cultivo inoculado (Bactometer)

Curva de crecimiento de poblaciones



Fase lag: Recin inoculado un medio fresco se requiere nueva sntesis. Aumenta si el inculo
proviene de fase estacionaria; de lesiones celulares por calor, radiacin o txicos; o si se pasa de
un medio rico a uno pobre

Fase exponencial o logartmica: Divisin celular activa influenciada por temperatura, medio de
cultivo y caractersticas genticas

Fase estacionaria: comienza escasez de nutrientes y acumulacin de residuos. Muchos
metabolitos importantes se producen en esta fase, as como la esporulacin

Fase de muerte o declive: conteo de clulas vivas disminuye.

Biomasa vara de acuerdo con tipo de microorganismo y condiciones ambientales (directamente
proporcional al ATP)


Cultivo continuo (quimiostato)

o Mantiene crecimiento exponencial por largos perodos por flujo de volumen constante, que
aporta medio fresco al tiempo que remueve toxinas.
o Tamao de la poblacin determinado por concentracin del nutriente limitante
o Importante encontrar flujo apropiado para cada cultivo


Efecto de factores ambientales en el crecimiento:

Tolerar vs crecer a condiciones adversas (efectos sobre viabilidad, crecimiento, diferenciacin).

Temperatura:

o Temperatura mnima, ptima y mxima siendo ms prximas las dos ltimas
* El material es un resumen de los conceptos que se vern en la clase y que se encuentran en general, en los libros de microbiologa
mencionados en la bibliografa.



o Temperaturas altas: reacciones qumicas y enzimticas se realizan ms rpidamente, lo
que aumenta el crecimiento. Ms all denaturacin de protenas y cidos nucleicos
o Temperaturas bajas: puede haber congelamiento de membrana, aunque es mejor la
tolerancia y muchas veces se usan como mtodo de conservacin
o Segn su temperatura ptima se dividen en psicrfilos (10 - 15C), mesfilos ( 30 -
35C), termfilos ( 50 55C) e hipertermfilos ( 80 85C). Esta clasificacin por
temperaturas varan segn la literatura.

Psicrfilos:

o Ocanos, profundidades, polos, glaciares, productos congelados. Entre cero y quince
grados centgrados
o Psicrotolerantes en zonas de estaciones
o Mueren rpidamente a temperatura media ( dificultades en manipulacin)
o Enzimas catalizan reacciones y sus membranas pueden realizar transporte debido a cidos
grasos insaturados
o Bolsas microscpicas de agua, a temperaturas de congelacin

Termfilos e hipertermfilos:

o Suelos expuestos a excesiva luz solar; materiales en fermentacin; reas volcnicas;
fumarolas; fuentes termales; escapes hidrotermales, etc.
o Bacteria y especialmente Archaea
o Enzimas termorresistentes (sustituciones de aminocidos y plegamientos)
o Membranas estables ricas en acs. grasos saturados que forman enlaces ms fuertes. En
Archaea no hay acs. grasos sino unidades repetidas de fitano
o En eucariotas la temperatura mxima es 60C

pH:

o Muchos crecen entre pH 5.0 y 9.0, pero es conveniente usar sistemas tamponados
o pH intracelular se mantiene constante y cercano a la neutralidad
o Acidfilos crecen a pH bajo (menor o igual a 5.0). Ej: hongos, Lactobacillus, Thiobacillus, y
Archaea como Sulfolobus y Thermoplasma. Requieren H
+
para estabilizar la membrana.
Algunos producen gran cantidad de cidos
o Algunos necesitan pH 10 11 (suelos ricos en carbonatos). Ej: Bacillus y Archaea
halfilos

Disponibilidad de agua:

o Factor limitante del crecimiento
o Dependencia de contenido y disponibilidad (superficies y sustancias pueden absorberla)
o En soluciones de sales o azcares, la clula pierde agua
o Halfilos: requieren in Na
+
. Adaptados a baja disponibilidad de agua. Ej: Vibrio,
Pseudomonas y Halobacterium
o Osmflicos: crecen en altas concentraciones de azcar. Ej: Saccharomyces y
Staphyloccocus
o Xeroflicos: soportan extrema desecacin Ej: Xeromyces, Bacillus. Se adaptan
incrementando concentracin interna de solutos Ej: K
+
, azcares, aminocidos y alcoholes

Oxgeno:

o Aerobios obligados
o Anaerobios facultativos
* El material es un resumen de los conceptos que se vern en la clase y que se encuentran en general, en los libros de microbiologa
mencionados en la bibliografa.



o Microaerfilos
o Anaerobios aerotolerantes
o Anaerobios estrictos

Mtodos de anaerobiosis:

o Recipientes o tubos llenos al tope y bien sellados
o Tubos con una capa de vaselina, aceite u otra sustancia similar
o Recipientes sellados en los que una (s) velas consumen el oxgeno
o Adicin de una sustancia reductora que reaccione con el oxgeno
o Jarras anaerbicas que hacen reaccionar el oxgeno
o Cmaras anaerbicas manipuladas a travs de guantes

Anaerbicos se aslan a partir de sedimentos de ros, lagos y ocanos; suelos anegados, tracto
intestinal de animales; cavidad oral; sistemas de tratamiento de aguas; aguas subterrneas;
subsuelo, etc. Mayora procariotas, pocos hongos y protozoos.

Formas txicas del oxgeno (perxido de hidrgeno y anin superxido) producen destruccin de
membranas, enzimas y ADN. Catalasas, peroxidasas y superxidodismutasas las controlan.

Control del crecimiento

o Esterilizacin: destruccin completa de todo microorganismo (autoclave, llama, agentes
qumicos)
o Pasteurizacin: aumenta temperatura por corto tiempo y despus enfra. Reduce poblacin
en materiales sensibles al calor
o Agentes qumicos bactericidas, bacteriostticos, fungicidas, fungistticos, algicidas,
algistticos. Inhiben sntesis proteica unindose al ribosoma o inducen lisis
Desinfectantes en objetos inanimados. Ej: yodo, cloro, fenlicos, catinicos, ozono
Antispticos en tejidos. Ej: yodo, alcohol, perxido de hidrgeno
Antibiticos actan a nivel de sntesis de pared, membrana, protenas o ADN
o Otros mtodos:
Filtracin
Presin osmtica, pH, congelacin
Radiacin UV, ionizante
o Mtodo de difusin en agar y MIC para determinar efectividad

Crecimiento en la naturaleza
- Menores niveles de crecimiento que en laboratorio
- Autctonos: propios del ecosistema
- Alctonos: introducidos
- Oligotrofos: sobrevive en medio ambientes pobre en nutrientes. metabolismo lento; largo
tiempo generacin, E para mantenimiento celular
- Copiotrofos: en ambientes ricos en nutrientes. altas ratas metablicas; crec. Exponencial
por cortos perodos
- Viables pero no cultivables/difciles de cultivar: condiciones especiales, crec. muy lento,
necesidades poco conocidas. Conteos directos > cultivos, seleccin de grupos mejor
adaptados al medio
- Estados de dormancia: esporas, quistes o redondeadas, muy pequeas, difciles de cultivar
* El material es un resumen de los conceptos que se vern en la clase y que se encuentran en general, en los libros de microbiologa
mencionados en la bibliografa.




Gentica molecular

Gentica: disciplina que trata de los mecanismos a travs de los cuales las caractersticas pasan
de un organismo a otro.
o Permite entender la variabilidad y la evolucin
o Proporciona bases para modificacin o construccin de nuevos organismos
o Avances en agricultura, medicina, industria, derecho, etc.
o Gen: segmento de ADN que especifica la informacin para una protena, ARNt o ARNr
o La funcin de los genes es la base de la funcin celular
o Cada organismo regula muchos genes simultneamente en respuesta a cambios del
ambiente

ADNtranscripcin_ARNm traduccin polipptido

Secuencia complementaria usando ribosomas y ARNt

Elementos genticos

o Habilidad para autoreplicarse
o Propiedades de codificacin gentica

Cromosoma:
:: mayora de la informacin gentica de una bacteria
En eucariotas: genes discontinuos con secuencias no codificadoras insertadas (intrones), y
aparentemente ms ADN del necesario (secuencias repetidas)

Elementos genticos no cromosomales

Virus ADN ARN que controlan su propia replicacin

Plsmidos: ADN de doble cadena. Existen y se replican separadamente del cromosoma
Portan genes requeridos solo bajo ciertas condiciones y pueden perderse
No formas extracelulares
Frecuentes en procariotas y algunos eucariotas
Vectores genticos
Fenotipos conferidos por plsmidos

Produccin de antibiticos
Conjugacin (intercambio)
Funciones metablicas: degradacin herbicidas, octano, alcanfor, naftaleno
formacin acetona, butanol
utilizacin lactosa, sacarosa, citrato, urea
produccin pigmentos, vesculas de gas
Resistencia a antibiticos y metales pesados
Virulencia: produccin de tumores en planta
produccin bacteriocinas
invasin de clulas animales
coagulasa, hemolisina, toxinas, enterotoxinas, cpsulas, antgenos
Fijacin de nitrgeno simbitica (planta-microorganismo)


Mitocondrias y cloroplastos:
Complejos (ADN, ribosomas, ARNt)
Muchas de sus protenas codificadas cromosomalmente
* El material es un resumen de los conceptos que se vern en la clase y que se encuentran en general, en los libros de microbiologa
mencionados en la bibliografa.




Elementos transponibles:
Piezas de ADN (procariotas y eucariotas) con habilidad para moverse de un sitio del cromosoma a
otro. Importantes en variabilidad.

Mtodos de estudio:

Electroforesis: migracin de molculas cargadas presentes en gel inmerso en solucin tamponada,
dentro de un campo elctrico, de acuerdo con carga y tamao. Lectura por fluorescencia en luz
UV (bromuro de etidio) o en contadores de centelleo (P radiactivo)

Hibridizacin: construccin artificial de cido nucleico de doble cadena por apareamiento de bases
complementarias de cadenas sencillas. Proporcional a complementariedad. Sondas marcadas
Sondas:
- Fragmento ADN (ocasionalmente ARN), peq. tamao (100 y 1000 bases) en biologa
molecular para detectar ADN o ARN de secuencia complementaria, parecida o igual
- Se une a secuencia diana monocatenaria (ADN ARN) por hibridizacin para formar
estructura bicatenaria
- Visualizacin: sonda marcada radioactiva, inmunolgicamente o por fluorescencia
- Sonda funcional (potencial gentico para actividad determinada)
- Sonda filogentica ARNr (identificacin grupos)

Enzimas de restriccin: destruyen ADN forneo en procariotas, accin muy especfica, cortan sitios
determinados por secuencias de bases, obtenindose varios segmentos. No atacan el ADN propio
PCR: tcnica de biologa molecular que permite obtener un gran nmero de copias de un
fragmento de ADN (amplificar), con lo cual se facilita la identificacin de un organismo
Mutaciones: cambio en secuencia de bases del ADN, lo que hace diferir de la cepa parental en su
genotipo, puede manifestarse tambin en el fenotipo y se transmite a la progenie, si no es letal.
Espontneas por efecto de alguna condicin como radiacin, sustancias qumicas o errores
durante replicacin
Pueden conferir una ventaja tal que el tipo mutante reemplace al tipo parental ej: Resistencia a los
antibiticos
Un mutante con un requerimiento nutricional se conoce como auxtrofo, siendo el parental
prottrofo
Tipos frecuentes de mutaciones en bacterias: prdida de motilidad, prdida de cpsula, prdida de
enzimas, resistencia a sustancias o virus, sensibilidad a temperaturas, prdida de pigmento

Mutgenos:

Qumicos:

Anlogos de bases similares a purinas y pirimidinas
Qumicos que reaccionan con el ADN
Agentes alquilantes adicionan grupos metilo

Radiacin:

No ionizante induce unin covalente de dos pirimidinas adyacentes aumentando posibilidad de
errores. Ionizante produce ionizacin del agua, formando radicales OH- que reaccionan con
macromolculas
* El material es un resumen de los conceptos que se vern en la clase y que se encuentran en general, en los libros de microbiologa
mencionados en la bibliografa.




Biolgicos:
Transposones: Si la insercin ocurre dentro de un gen, se pierde la funcin

Test de AMES:

Sustancias peligrosas se detectan usando bacterias por su sensibilidad y obtencin rpida de
grandes poblaciones. Ej: deteccin de cancergenos en el ambiente

Determinacin de la rata de mutacin (reversin de mutacin puntual) en cepas bacterianas
auxotrficas deficientes en reparacin del ADN, por siembra en medio sin el nutriente, previa
activacin con enzimas de hgado de rata y colocando discos impregnados en el agente. Si hay
mutantes se forman colonias
Recombinacin gentica

Elementos genticos homlogos contenidos en dos genomas separados, llegan a formar una
unidad, intercambiando segmentos para formar recombinantes

Se obtienen nuevas combinaciones de genes, en ausencia de mutantes y en ocasiones permite a
un organismo llevar a cabo nuevas funciones

En eucariotas la recombinacin es resultado de la reproduccin sexual

En procariotas existe intercambio gentico no sexual (transformacin, transduccin, conjugacin)

Transformacin

Una porcin de ADN libre de cadena doble o sencilla cromosomal, plasmdico o de un virus
bacteriano (transfeccin) se incorpora a una clula receptora, provocando un cambio gentico
Slo ciertas especies son transformables. Tanto g (+) como g (-)
Clulas competentes: protenas de membrana se asocian al ADN, autolisinas en pared, nucleasas
y protenas que previenen su denaturacin. Depende del medio y dura muy poco tiempo
Artificialmente, puede lograrse an en eucariotas, por electroporacin, enzimas, polietilenglicol,
microinyeccin.

Transduccin

Transferencia de genes a travs de virus (profagos desintegrados de un cromosoma bacteriano)
No todo virus se transduce ni toda bacteria es transducible
La partcula viral es defectiva
Dos formas: Generalizada (genes de cualquier parte del cromosoma) o especializada (genes
especficos)

Conjugacin

Transferencia de plsmidos o una porcin del cromosoma movilizado por un plsmido, que implica
contacto clula clula
La clula donadora (F
+
) posee pili, codificado en un plsmido
La clula receptora (F-) tiene puntos de reconocimiento para el pili
Slo una hebra es transferida y se sintetiza la otra
Si el plsmido conjugativo se integra al cromosoma, se transfiere un bloque de genes
cromosomales (Hfr). El cromosoma se comporta como una parte del plsmido, pero debido al corto
tiempo, solamente pasa un poco de informacin
Si el plsmido F se desprende del cromosoma llevando genes (F), puede transferirlos
* El material es un resumen de los conceptos que se vern en la clase y que se encuentran en general, en los libros de microbiologa
mencionados en la bibliografa.




Genmica

- Ciencias y tcnicas para estudio integral de funcionamiento, contenido, evolucin y origen
de genomas
- Predice funcin a partir de secuencia o interacciones con otros genes
- Biologa, bioqumica, informtica, estadstica, matemticas, fsica
- NCBI (National Center for Biotechnology Information) acceso a secuencia genomas y
genes miles de organismos
- Genmica funcional (funciones-interacciones genes protenas)
- Genmica estructural (organizacin-secuencia genomas)
- Genmica comparativa (semejanza/diferencia distintos organismos para entender funcin
y procesos evolutivos)
Bioinformtica
- Estadstica + ciencia computacional aplicadas a biologa molecular
- Investigacin, desarrollo o aplicacin de herramientas computacionales para uso de datos
biolgicos (adquirir, organizar, almacenar, analizar)
- Recursos computacionales para solucionar o investigar problemas a escalas que
sobrepasan capacidad humana
- Anlisis secuencias; identificacin trozos secuencia biolgicamente funcionales
(anotacin); biologa evolutiva; medicin biodiversidad; anlisis de expresin gnica;
regulacin; expresin proteica; mutaciones, etc
Protemica
- Estudio a gran escala de estructura y funcin de protenas expresadas
- Dotacin completa de protenas, incluyendo modificaciones segn tiempo, cambios
ambientales y requisitos diferentes
Metabolmica
- Estudio completo del conjunto de molculas: intermediarios, metabolitos primarios y
secundarios, hormonas y molculas seal, en un sistema biolgico

Aplicaciones de la ingeniera gentica

Fermentaciones microbianas: ej: manipulacin de organismos productores de antibiticos para
aumentar la produccin o modificarlos

Vacunas: ej: para evitar la atenuacin defectuosa, clonacin y expresin de genes en no
patgenos

Protenas de mamferos: Ej: protenas sanguneas, interfern, hormonas (insulina, hormona del
crecimiento, endorfinas)

Plantas y animales transgnicos: aumento de productividad agrcola, mejora de la calidad
nutricional, resistencia a enfermedades, produccin de protenas en organismos diferentes

Animales transgnicos
Nuevo ADN a 1ra clula antes de divisin en todas las clulas
* El material es un resumen de los conceptos que se vern en la clase y que se encuentran en general, en los libros de microbiologa
mencionados en la bibliografa.



Microinyeccin: inyeccin ADN a ncleo del cigoto fertilizado antes de divisin insercin en
madre que porte embrin. Si todas las clulas quedan transformadas cambios en descendencia
del animal
ADN con genes para prot. especficas y regiones reguladoras
Proceso azaroso (posible incorporacin incorrecta)
Posterior a 1ra divisin puede obtener animales mosaico

Plantas transgnicas:
Agrobacterium tumefasciens (ahora reclasificado como Rhizobium) y plsmido Ti alterado
Insercin genes deseables, remocin genes tumorales, integracin al ADN vegetal planta
completa modificada (tomate, soya)
Para plantas que no se infectan con A. tumefasciens (maz, trigo, arroz):
Biolstica o bombardeo genes: ADN cubierto de oro o tungsteno. Pulsos electrostticos o aire a
presin
Electroporacin: ADN con protoplastos vegetales y pulsos elctricos/polietilenglicol, forma poros
que luego se cierran
Microinyeccin: ADN en liposomas (esferas molculas grasas) y se inyectan


Biotecnologa ambiental: clonaje de genes que codifican para degradacin de polucionantes

Terapia gnica: para modificar genes defectuosos

Clonacin de genes:

Aislamiento y fragmentacin del ADN usando enzimas de restriccin
Unin del fragmento a un vector usando ADN ligasa
Incorporacin del vector en el hospedero por alguno de los mecanismos de recombinacin
gentica
Deteccin y purificacin del clon correcto
Produccin de grandes nmeros de clulas con los genes deseados

Vectores de clonacin: plsmidos, bacterifagos, csmidos (plsmido inserto en una cpside)

Vectores de expresin: secuencias reguladoras para lograr expresin

Clonacin de organismos superiores y quiz en el futuro, clonacin en humanos

Biopesticidas:
Microorganismos o metabolitos txicos para plagas (no humanos/org. benficos). Contrarresta
tolerancia a pesticidas qumicos. Bacillus thuringiensis (B.t.) Prot. cubierta y toxinas letales para
ciertos insectos
Feromonas para atraer pareja (atraen insectos hacia trampas)

Resistencia natural a plagas
Transferencia informacin gentica Bt a plantas. Ej: maz, papa
Genes especficos bacterianos van a la planta, sin alterar estructura bsica
Resultados controlados, pruebas de seguridad, calidad, alergenos y contenido nutricional

Resistencia a herbicidas
Plantas tolerantes a herbicidas que daan malezas
Reducen aplicaciones, costos e impacto ambiental Ejs: maz, colza, algodn


* El material es un resumen de los conceptos que se vern en la clase y que se encuentran en general, en los libros de microbiologa
mencionados en la bibliografa.




Ecologa microbiana

o Microorganismos presentes en un ecosistema
o Naturaleza y medida de sus actividades
o Relaciones entre microorganismos y con macroorganismos
o Aportar conocimientos aplicables en la solucin de problemas ambientales, salud, etc

Las condiciones fisicoqumicas de los microambientes cambian rpidamente, la competencia es
muy fuerte y se fomentan el almacenamiento de nutrientes y diversas relaciones simbiticas

Crecimiento y biomasa observados en la naturaleza son inferiores a los obtenidos en el laboratorio,
debido a la fluctuacin y limitacin de nutrientes. Las superficies tienden a adsorber nutrientes por
lo cual se forman biopelculas sobre ellas

Consideraciones para toma de muestras en microbiologa ambiental

o Submuestras de un ambiente, sus resultados se aplican a la totalidad del ecosistema.
Representativo: refleja la diversidad y densidad de organismos en la totalidad del ambiente
o En algunos ambientes la distribucin de microorganismos no es homognea
(microhabitats).
o Mtodo de recoleccin y procesamiento influye profundamente en el resultado
o Mtodo de obtencin condicionado por propiedades fisicoqumicas del ecosistema,
abundancia esperada de microorganismos y mediciones que se llevarn a cabo
o Procedimientos de toma de muestra y mediciones deben asegurar que el nmero y
actividad de los microorganismos no se alteren y que no se contaminen

Muestras de suelo: pala y cubo; muestreador cilndrico de profundidad (corer); atrayentes o cebos
(superficies como lminas, rejillas, capilares) y sustancia nutritiva; etc

Muestras de agua: mayor posibilidad de contaminacin, dificultad en mantener la estratificacin
vertical y toma de muestras a control remoto. Botellas hidrogrficas; redes; muestreadores de vidrio
o polietileno con cmara de vaco (abren y cierran a determinada profundidad); etc

Muestras de sedimento: muestreadores cilndricos; buzos/ sumergibles

Muestras biolgicas: recuperacin de animales y plantas, fluidos, tejidos. Mtodos como frotis,
lavado, raspado, diseccin, etc

Procesamiento: rpido (exceso de reproduccin o muerte); necesidad de concentrar (filtracin,
centrifugacin) o diluir; control de temperatura, oxigenacin, pH, etc

Mltiples mtodos en ecologa microbiana (in vitro vs in vivo, complementarios)

Quines? Cuntos? (estructura de la comunidad)
Ejs: Medios de cultivo, perfil de lpidos, anticuerpos fluorescentes, FISH, deteccin polimorfismos,
DGGE, bioindicadores

Qu saben hacer? (potencial fenotpico)
Ejs: Pruebas bioqumicas, amplificacin y deteccin de genes especficos

Qu hacen realmente? (funcin de la comunidad)
Ejs: ARNm, protenas expresadas, sondas para genes especficos, radioistopos, microelectrodos,
actividad enzimtica, clorofila, bioindicadores
* El material es un resumen de los conceptos que se vern en la clase y que se encuentran en general, en los libros de microbiologa
mencionados en la bibliografa.




Cmo se relacionan?
Ejs: Microscopa, FISH


Enriquecimiento y aislamiento:

Observacin microscpica inicial
Medios de cultivo enriquecidos
Condiciones de cultivo favorables
Medios de cultivo selectivo / diferenciales

Para ciertos casos es aconsejable emplear ecosistemas en miniatura que pueden incluso ser
manipulados mediante la introduccin de variables (temperatura, nutrientes, pH, humedad), como
en terrarios, acuarios, columnas de Winogradsky, etc



Identificacin y cuantificacin:

Diluciones y conteo en placa
Anticuerpos fluorescentes
Tincin de ADN, ARN con naranja de acridina
Pruebas con cidos nucleicos (utilizando sondas)

Columna de Winogradsky:

Para estudios a largo plazo, de diferentes procariotas involucrados en ciclos de nutrientes. Permite
cambios en la fuente de E, C, N y otros nutrientes, as como en otras variables.
Se prepara con suelo o fango, carbonato de calcio y sulfato de calcio (buffer y fuente de sulfato) y
se expone a la luz.
Algas y cianobacterias crecen en la porcin superior haciendo fotosntesis; los descomponedores
realizan fermentaciones produciendo cidos, alcohol e H
2
; las sulfato reductoras producen H
2
S y
las bacterias prpuras y verdes sulfreas aparecen hacia el exterior empleando el H
2
S

Tincin fluorescente cidos nucleicos DAPI: clulas teidas fluorescencia azul (microscopio
fluorescencia). Detecta/enumera. No diferencia vivas y muertas, ni es especfica. No reacciona con
materia inerte

Tincin viables: colorantes fluorescentes diferencian vivas (verde fluorescente) de muertas (rojo
penetra membranas daadas). Reacciona con materia inerte.

Anticuerpos fluorescentes: especfica, rastrea un organismo en habitats complejos

Protena fluorescente verde para etiquetado celular (GFP): insercin de gen GFP en cualquier
organismo. Al expresarse permite ver clulas u organismos de color verde bajo fluorescencia

Anlisis del perfil de lpidos
La composicin lipdica de membrana es diferente para diversos microorganismos y puede
emplearse para su identificacin. Sistemas para separar cidos grasos celulares (tipos y
proporciones, presencia/ausencia de grupos insaturados, anillos o ramificaciones, grupos hidroxi) y
compararlos con perfiles lipdicos de organismos conocidos. En el caso de gram (-) se pueden
incluir los cidos grasos de la membrana externa

* El material es un resumen de los conceptos que se vern en la clase y que se encuentran en general, en los libros de microbiologa
mencionados en la bibliografa.



Este mtodo se ha empleado en anlisis clnicos, de alimentos, aguas, medio ambientales, etc

Requiere estricto control dado que puede haber variaciones en respuesta a temperaturas y
composicin del medio

Generalmente se complementa con otros sistemas de identificacin

Anlisis de esteres metlicos de cidos grasos metil ster por cromatografa de gases (
FAME )

Anlisis de cidos grasos unidos a fosfolpidos ( PLFA )

Tinciones genticas: Sondas fluorescentes identifican organismos con secuencias
complementarias

FISH: oligonucletidos fluorescentes complementarios a secuencias ARN 16s (procariotas) o 18s
(eucariotas). Sondas especficas para dominio - especie, penetran clulas e hibridan con ARN en
ribosomas. Permite uso diferentes sondas en una misma muestra.

PCR: amplifica genes especficos de org. especficos. Usa Taq polimerasa y es til por ej. en
anlisis ecolgicos (como hallar genes metablicos clave).


users.ugent.be


http://nobelprize.org/alfred_nobel


* El material es un resumen de los conceptos que se vern en la clase y que se encuentran en general, en los libros de microbiologa
mencionados en la bibliografa.



Deteccin molecular

Huellas genticas (fingerprint)
El genoma de cada organismo es nico. La certeza sobre su identidad se lograra obteniendo la
secuencia total de su ADN. (adems grado de variabilidad entre cepas y evolucin).

Mtodos que permiten detectar los polimorfismos de los cidos nuclicos (ADN, ARN, plsmidos),
de manera anloga a la comparacin de huellas dactilares, comparan muestras de ADN de
diversos orgenes por secuenciacin y confrontacin de genes comparables.

Ruptura de ADN en pequeos fragmentos mediante enzimas de restriccin

Separacin de fragmentos por electroforesis (en funcin de tamao)

Obtencin de un patrn de bandas o huella, caracterstica de cada organismo

Utilizacin de sondas (fragmento ADN marcado) que se hibridiza (unin especfica) con
algunos de los fragmentos obtenidos

Revelado de un patrn de bandas caracterstico para cada tipo de ADN (Exposicin a
rayos X u otro mtodo)

DGGE (denaturing gradient gel electrophoresis)
Aprovecha las diferencias caractersticas en los genes ADN para ARNr 16s (regiones
variables)

Previa amplificacin por PCR, separa fragmentos ADN de idntica longitud pero diferentes
en secuencia. La electroforesis en gel separa el ADN con base en su composicin de
nucletidos en bandas individuales (secuencias) que representan especies diferentes

Tcnicas similares: ARDRA (amplified ribosomal DNA restriction analysis) y AFLP (amplification
fragment length polymorphism)

RFLP (restriction fragment length polymorphism)

Dos individuos de la misma especie tienen genomas casi idnticos, pero siempre difieren
en algunos nucletidos que producen o retiran sitios de restriccin y generan patrones de
bandas ligeramente distintos. til en estudios epidemiolgicos.

La variacin entre individuos de una poblacin, produce patrones (huellas) nicos en la
distancia entre sitios de clivaje enzimtico (generalmente debido a mutaciones).

Los pequeos fragmentos de ADN cortados por enzimas de restriccin, son separados por
electroforesis e hibridizados con una sonda especfica marcada.

Cepas relacionadas tienen secuencias muy parecidas y por ende sitios de restriccin muy
similares. Entre menos relacionados, mayor divergencia en su ADN y mayor probabilidad
de hallar RFLP

RAPD (random amplified polymorphic DNA)

Ensayo de polimorfismo basado en amplificacin de segmentos de ADN al azar, utilizando varios
primers (cebadores) de secuencia arbitraria, inespecficos, cuando no se dispone de informacin
* El material es un resumen de los conceptos que se vern en la clase y que se encuentran en general, en los libros de microbiologa
mencionados en la bibliografa.



previa de las secuencias, para amplificar regiones del cromosoma. Se genera un patrn de bandas
representativo.
Se aplica a varios aislamientos para saber si son idnticos o relacionados, buscando
pequeas repeticiones a lo largo de todo el genoma

Es una tcnica til para estudiar una alta variedad de muestras, con el fin de diferenciar
especies, sin datos de secuencia

Tcnicas relacionadas: AP-PCR (Arbitrary Primed PCR); DAF (DNA Amplification Fingerprinting)

Genes informadores (genetic markers, bioreporters)

Al introducirse en un organismo, sirven para rastrear poblaciones especficas en un
ambiente o detectar organismos en los que se ha introducido informacin extra, mediante
la expresin de genes como los de bioluminiscencia (lux) o los de fluorescencia

Tal es el caso de los Organismos Modificados Genticamente en los que permite estudiar
su supervivencia y dispersin


Medicin de actividad microbiana:

Radioistopos: informacin sobre rata de recambio de ciertos qumicos, usando controles
(microbicidas que muestren si la conversin cesa). Ejs: medicin de la captacin de
14
CO
2
en
fotoauttrofos; conversin de
35
SO
4
-2
a H2
35
S para medir reduccin de sulfatos; conversin de
14
CO
2
en
14
CH
4
en metanognesis; incorporacin de compuestos orgnicos
14
C en
quimioorganotrofos

Microelectrodos: miden pH, O
2
y sulfuros. Se insertan en el habitat apropiado con un
micromanipulador

Istopos estables: determinan el origen biognico o no de un elemento, segn el nmero de
neutrones presentes. Ej:
12
C y
32
S son comunes en la naturaleza, aunque existen pequeas
cantidades de
13
C y
34
S. Las reacciones biolgicas favorecen al istopo ms liviano.

Otros mtodos: enzimas, ATP, clorofila, respiracin, etc


Microscopa:
- Microscopio de luz
- Fluorescencia: sust. fluorescente unida a Ac especfico para un(os) microorganismo(s) y
muestra iluminada con UV. Ej: DAPI y GFP
- Confocal: incrementa contraste y permite imgenes 3D. Puede combinarse con
fluorescencia
- Microscopa electrnica de barrido (SEM)
- Microscopa electrnica de transmisin (TEM)


Interacciones

Simbiosis ecto /endo, ambas. Intermitentes o permanentes. Positivas o negativas

Mutualismo (+ ambos, oblig. Ejs. termitas, zooxantelas, gusanos profundidades, rumen),
* El material es un resumen de los conceptos que se vern en la clase y que se encuentran en general, en los libros de microbiologa
mencionados en la bibliografa.



Cooperacin (+ ambos, no oblig. Ejs: degradacin sustratos por pasos, algunos fijadores N y
micorrizas)
Comensalismo (+ uno. Ej. Desecho de uno es sustrato para otro),
Depredacin (Bdellovibrio, Vampirococcus, zooplancton, protozoos)
Parasitismo (- ej. protozoos)
Competencia (- por recursos)
Antagonismo o amensalismo (- bacteriocinas, antibiticos)

No independientes y complejas


Bioindicadores
- Organismo o grupo organismos cuya presencia o estado informa caractersticas
ecolgicas (fsico-qumicas, climticas, biolgicas) o impacto de alguna prctica en un
ambiente
- Abundante y disperso en el ambiente; tolerante a condiciones adversas; deteccin fcil y
relativamente barata
- Ejs: lquenes, coliformes, Enterococcus, Clostridium sulfito reductores, P. aeruginosa,
colifagos, algas y cianobacterias
Aeromicrobiologa:

Estudio de patgenos humanos, animales y de plantas transportados por aire; oportunistas;
productos microbianos en aerosoles; diseminacin en control biolgico y otros usos
biotecnolgicos; microorganismos importantes en el deterioro de alimentos y materiales;
bioterrorismo, etc.

o Los microorganismos no crecen en el aire, ya que carece de nutrientes y es adverso
(radiacin, desecacin). Provienen de suelos, agua, plantas, animales, personas
o Esporas y clulas vegetativas pueden ser transportadas en partculas de polvo y gotas.
Abundan esporas de mohos y diferentes bacterias esporuladas y no esporuladas, algunas
levaduras, algas, protozoos y virus. Tipo y nmero vara en diferentes ambientes
o A travs del toser, estornudar e incluso hablar las personas envan microorganismos al aire

Bioaerosoles: Partculas de origen biolgico, presentes en el aire, sirviendo este como medio
dispersante. Depende de la fuente (agua, suelo, organismos)

o Tamao, densidad y forma de las partculas, corrientes de aire, humedad y temperatura
intervienen en el proceso de sedimentacin y supervivencia de los microorganismos.
o Inhalacin es la principal ruta de exposicin en humanos. En menor grado, ingestin y
contacto
o Supervivencia de los microorganismos depende de capacidad para soportar desecacin,
temperaturas, oxgeno y radiacin. Adems influye contaminacin ambiental (NO
2
, SO
2
)

Aire exterior: contaminacin por prcticas agrcolas, animales, procesos industriales, compostaje,
plantas de tratamiento, rellenos sanitarios, basuras, liberacin de productos biotecnolgicos, etc

o Estudio de la diseminacin de microorganismos ayuda a prediccin de sus efectos
(liberacin, transporte, asentamiento, efecto de variables ambientales)

Aire interior:

* El material es un resumen de los conceptos que se vern en la clase y que se encuentran en general, en los libros de microbiologa
mencionados en la bibliografa.



o Influyen estado y conservacin de edificaciones, materiales de construccin, procesos
industriales, sistemas de aire acondicionado y ventilacin, presencia de plantas o animales,
hospitales, laboratorios. Igualmente actividad realizada y procedimientos de limpieza
o Microorganismos comunes en aire: Staphylococcus, Legionella, Pseudomonas,
Streptococcus, coliformes, Aureobasidium, Alternaria, Cladosporium, Penicillium,
Rhodotorula, Aspergillus, Serpula, Stachybotrys, entre otros
o Restos de paredes, flagelos, material gentico, metabolitos (cidos, endotoxinas,
micotoxinas y otros)
o En algunos casos constituye un riesgo ocupacional : investigadores, zonas hmedas
(piscinas, saunas), compostaje, trabajadores de maderas, fruticultores, manejo de basuras

Deteccin de microorganismos en aire: un solo sistema no da toda la informacin necesaria,
haciendo difcil la comparacin

o Determinar objetivos del muestreo para elegir un mtodo apropiado. La metodologa no
debe afectar viabilidad
o Principales mtodos: impactacin en slido, a travs de lquidos y filtracin. Cuantitativo o
no (si se conoce la rata del flujo de aire y el tiempo)
o Se emplea la inercia de las partculas para que se depositen sobre un medio slido o
semislido. Depende del tamao, densidad, velocidad
o Los medios ms empleados son extracto de malta, rosa de bengala, tripticasa soya, agar
nutritivo, casena soya peptona. Idealmente enumeracin e identificacin
o Limitaciones: sobreposicin, dificultad de distinguir colonias, inhibicin de
microorganismos, estrs, calibracin del equipo, etc. Importante tomar varias muestras en
varios lugares y conocer la variabilidad del bioaerosol
o Inmunoensayos para detectar microorganismos, antgenos o alergenos especficos (IFI,
RIA, ELISA) de modo ms sensible y especfico
o Ensayos bioqumicos para detectar endotoxinas y micotoxinas. Test de lisado de
amebocitos (Limulus)
o PCR para microorganismos de difcil cultivo o crecimiento lento, con especificidad.

Mtodos de control:

Agentes qumicos (trietilenglicol, resorcinol, ac. lctico)
Radiacin (UV)
Filtracin (algodn, fibra de vidrio, acetato de celulosa)
Flujo laminar (unidireccional)
Desinfeccin general
Control de actividades que envan microorganismos al aire

Bacterias: micobacterias, Streptococcus, Staphylococcus, Corynebacterium, Bordetella,
esporulados

o Tuberculosis, faringitis, dermatitis, sinusitis, bronquitis, difteria, tosferina, neumona, peste,
ntrax
o Las endotoxinas afectan varios tejidos y en especial al tracto respiratorio

Hongos: Histoplasma capsulatum, Cryptococcus neoformans, Aspergillus sp, Mucor sp,
Blastomyces dermatitidis

o Lesiones en piel, ojos, pulmones, mucosas. Histoplasmosis, criptococosis, aspergilosis,
mucormicosis, blastomicosis

* El material es un resumen de los conceptos que se vern en la clase y que se encuentran en general, en los libros de microbiologa
mencionados en la bibliografa.



o Micotoxinas: alcaloides, ciclopptidos, cumarinas conocidas como aflatoxinas,
zearalenonas, gliseofulvinas, tricotecinas, fusidinas y ergotoxinas producidas por
Aspergillus, Fusarium, Stachybotrys, Claviceps, etc
o Compuestos voltiles fngicos VOCs podran estar implicados en problemas de salud
(alcoholes, cetonas, esteres, alquenos y aromticos).

Virus: gripe, virales infantiles (sarampin, varicela, rubeola)

o Enfermedades con probable transmisin alterna por aire: gastroenteritis (calicivirus y
rotavirus) y virus que se trabajan en laboratorios/hospitales (bioaerosoles)



El suelo como ambiente microbiano

Factores biticos:
- Altas densidades poblacin generan competencia (sustrato, agua, nutrientes)
- Alelopticos (txicos, inhibitorios)
- Predadores, virus
- supervivencia org. no nativos (das, semanas) si no hay nicho especfico:
- Patgenos, org. control biolgico o biodegradacin
Factores abiticos:
- Fluctuacin temp. / humedad capas sup. (estaciones, latitud)
- penetracin luz capas inf.
- O2 y pH
- Textura disponibilidad agua y nutrientes, aireacin
- Nutrientes excepto rizosfera
- Limitaciones para fototrofos
- Modos diversos obtencin E o asociaciones (lquenes)
- Estados de dormancia

Ambientes terrestres: la microflora del suelo es esencial desde el proceso mismo de formacin. La
mayor poblacin de microorganismos se encuentra en la zona ms superficial, adherida a
partculas. En el subsuelo tambin existen bacterias pero su actividad es mucho ms lenta

Algas, lquenes, cianobacterias
+
Produccin de materia orgnica
+
Crecimiento de quimiorganotrofos
+
Produccin de cidos y disolucin de la roca (efectos delclima)
+
Primer suelo capaz de sostener plantas
+
Mayor fragmentacin por enraizamiento
+
Excrecin de sustancias que promueven una microflora rizosfrica
+
Material vegetal en descomposicin permite crecimiento de otros microorganismos
+
Percolacin de minerales y humedad
+

* El material es un resumen de los conceptos que se vern en la clase y que se encuentran en general, en los libros de microbiologa
mencionados en la bibliografa.



Aparicin de plantas de mayor tamao
+ +
Establecimiento de animales


Ciclo del carbono:

o Relacionado con el ciclo del oxgeno a travs de
respiracin aerbica y fotosntesis oxignica

CO
2
+ H
2
O(CH
2
O) + O
2
fotosntesis oxignica
(CH
2
O) + O
2
CO
2
+ H
2
O respiracin aerbica

o Productos carbonados del metabolismo de unos
organismos son el sustrato para otros
o Cambios significativos en niveles de ciertas formas
de C, pueden tener serias consecuencias en el
ciclo. Ej: aumento de CO
2
por deforestacin y uso
de combustibles fsiles
o Productos de descomposicin en forma de metano
y dixido de carbono. El metano a su vez puede
ser oxidado por los metanotrofos a CO
2.
.
Rumen de herbvoros, que digieren celulosa a travs de bacterias y protozoos celulolticos
funcionando como quimiostato (10
11
bact/ml fludo).

Celulosa celobiosa glucosa
cidos orgnicos, CO
2
y CH
4


Importante en biodigestores para
produccin de biogas, reciclaje de
materiales y aditivo para el suelo

Ciclo del Nitrgeno:

o Muchos pasos realizados nicamente
por microorganismos: fijacin de N
2
,
nitrificacin, denitrificacin,
amonificacin
o La fijacin biolgica provee a las
plantas de formas asimilables de
nitrgeno, siendo til a la agricultura
o Los microorganismos ayudan a la
descomposicin y reciclaje de materia
orgnica


Ciclo del azufre:

o Reduccin desasimilatoria de sulfato:
SO
4
-2
H
2
S
Acoplan sntesis de ATP a reduccin de
sulfatos.
Ej: Desulfovibrio
o Reduccin asimilatoria de sulfato:

* El material es un resumen de los conceptos que se vern en la clase y que se encuentran en general, en los libros de microbiologa
mencionados en la bibliografa.



SO
4
-2
H
2
S
Lleva sulfatos a protena y luego a sulfuros
o Oxidacin de H
2
S a azufre: bacterias de manantiales sulfurosos, aguas contaminadas,
chimeneas hidrotermales
o Oxidacin de azufre a sulfatos: Acidithiobacillus en suelos y aguas, con disminucin del pH
2S + 2H
2
O + 3O
2
2H
2
SO
4



Ciclo del fsforo:
o En seres vivos: cidos nucleicos, ATP, fosfolpidos
o Limitante crec. microbiano, suele ser soluble en agua y tiende a precipitar en presencia de
Ca+2, Mg+2, Fe+3, Al, Mg > reservas sedimentos acuticos y rocas fosfatadas (apatita
Ca5(PO4)3(F,Cl,OH) )
o Abonos, detergentes
o Algunos microorganismos pasan fosfato inorg. a org. o insoluble a soluble (solubilizacin y
movilizacin) por produccin de cidos
o Plantas/microorganismos absorben formas solubles de fosfato inorg. org..
Microorganismos tambin generan proceso inverso (fosfatasas)
o Se cree que algunos lo usan como aceptor final e- en ausencia de sulfato, nitrato u oxgeno
fosfinas o fosfaminas txicas (PH3) y voltiles (arden espontneamente en O2 o
inflaman metano fuego fatuo en cementerios, pantanos)
o Disuelto en agua dulce produce floraciones de cianobacterias y algas, y eutrofizacin (mat
org descomposicin O2 mortalidad org. Acuticos)
o Su precipitacin limita produccin primaria en ocanos y algunos lagos

Sobre los ciclos:
o Ciclos biogeoqumicos describen movimiento y conversin de materiales por actividad
bioqumica en atmsfera, hidrosfera y litosfera (disolucin, precipitacin, volatilizacin,
fijacin, biosntesis, degradacin, oxidorreduccin, combinacin)
o A escala mundial, afectan geologa y ambientes del planeta
o El ciclo de cada elemento depende en mayor o menor grado de ciclos de otros elementos
o Principales componentes de seres vivos tienden a reciclarse con ms intensidad
o Segn condiciones se seleccionan procesos que permiten aprovechamiento de sustratos y
flujo de energa mximos (potencial redox)
o Causan formacin de zonificacin en suelos y aguas, en donde se acumulan diferentes
elementos y proliferan distintas poblaciones
o Microorganismos debido a ubicacin, capacidad metablica, alta actividad enzimtica
cumplen funcin esencial
o Sin el equilibrio cclico no existira diversidad fisiolgica actual de la vida


Interacciones plantas-microorganismos:

Relaciones positivas:

Inhibicin o competencia con patgenos o plagas potenciales o ya presentes, lo cual puede
implementarse en la forma de control biolgico.Ej: Pseudomonas, Bacillus thuringiensis

Promocin del crecimiento por fijacin de nutrientes (nitrgeno, fsforo) Ej: bacterias fijadoras de
nitrgeno, libres y simbiticas, micorrizas, cianobacterias

Fijacin de nitrgeno por nitrogenasa. Requiere alta E, se inhibe en presencia de O
2
(adaptaciones
especficas). Aerbicos, anaerbicos. Libres o asociados a leguminosas u otras plantas.


* El material es un resumen de los conceptos que se vern en la clase y que se encuentran en general, en los libros de microbiologa
mencionados en la bibliografa.



o Libres: Azotobacter, Beijerinckia, Clostridium, Klebsiella, cianobacterias, Alcaligenes,
algunos fototrofos anoxignicos y algunos metanognicos
o Mutualistas con leguminosas: Rhizobium y Bradyrhizobium
La formacin de ndulos en leguminosas, est ampliamente distribuida en la naturaleza y
se ha aprovechado en la rotacin de cultivos. La planta provee la fuente energtica y la
bacteria proporciona una forma asimilable de nitrgeno
o Mutualistas con no leguminosas: Frankia, Anabaena

Relaciones negativas:

Patogenicidad: marchitamiento, pudricin, agallas, etc. Ejs: Pseudomonas, Erwinia, Agrobacterium,
variedad de hongos. Agrobacterium, bacteria que establece un tipo de relacin nica con las
plantas posee un plsmido (Ti) que puede transferir parte de s mismo al genoma de la planta,
provocando tumoracin por crecimiento excesivo del nmero de clulas. El conocimiento derivado
de este proceso fue de gran utilidad en la implementacin de tcnicas de ingeniera gentica


Habitats acuticos:

o Diversidad de ambientes acuticos que difieren en sus especies microbianas debido a las
variaciones fisicoqumicas
o La actividad biolgica depende de la produccin primaria de los fototrofos, que a su vez
dependen de temperatura, pH, luz, movimiento y mezcla del agua, estratificacin, tipo y
concentracin de nutrientes. En el ocano abierto la productividad primaria es baja pero en
costas y especialmente en lagos, es bastante alta
o La entrada exagerada de materia orgnica a un cuerpo de agua, puede sobrepasar su
capacidad de autodepuracin, mediada normalmente a travs de la microflora, llevando a
eutrofizacin, muerte de los macroorganismos por disminucin de oxgeno, acumulacin de
aminas, H
2
S, cidos grasos, etc

Habitats marinos:

o Dificultad para hacer estudios microbiolgicos
o 70% de la superficie del planeta, 75% del ocano tiene profundidades entre 1000 y 6000
mt y temperaturas de 2 3C;
o Variabilidad en contenido de NaCl, temperatura, presin, disponibilidad de luz, oxgeno y
nutrientes. Por ello, presentan variedad de microorganismos:
Halotolerantes y halfilos
Barotolerantes y barfilos
Psicrfilos y termfilos
pH ligeramente alcalino
zona ftica solamente en los primeros 125 m dependiendo de otros factores
Pocos fosfatos y nitratos en ocano abierto
o Pseudomonas, Vibrio, Achromobacter, Flavobacterium, cianobacterias, proclorofitas,
variedad de algas y protozoos
o Actividad microbiana a profundidades superiores a los 1000 mts, a ms de 400 atm
o Adaptaciones especiales: plegamiento de enzimas/protenas/ADN, membranas con acs.
grasos insaturados, protenas especiales de transporte, luminiscencia, mltiples
asociaciones mutualistas, vesculas de gas, etc.
o Invertebrados asociados con bacterias en un ecosistema no dependiente de la luz, capaz
de sostener peces, almejas y otros organismos. Bacterias quimiolitotrofas oxidantes de
manganeso, azufre, hierro, hidrgeno, metilotrficas, sulfato reductoras y nitrificantes
o Escapes hidrotermales que presentan gradientes de temperatura
o Bacterias luminosas asociadas a peces y calamares

* El material es un resumen de los conceptos que se vern en la clase y que se encuentran en general, en los libros de microbiologa
mencionados en la bibliografa.




Qu es una biopelcula?
Conjunto de colonias de microorganismos, inmersas en un material adhesivo producido por
ellas mismas, generalmente polisacrido, adheridas a una superficie.
Se multiplican hasta formar una capa sobre la superficie, a manera de un microambiente
dinmico donde se combinan crecimiento, metabolismo y formacin de diversos productos.
Cooperan entre s para cambiar un ambiente adverso, en uno ms favorable para todos y
desarrollan un cierto comportamiento multicelular.

Qu clase de microorganismos puede haber en una biopelcula? Diferentes clases de bacterias,
hongos, algas, protozoos, invertebrados. A veces patgenos, resistentes a agentes qumicos.

Por qu se forman? La mayora de los microorganismos crecen en superficies por:
Efecto de la gravedad
Atraccin por diferencia de cargas
Acumulacin de nutrientes
Prevencin de liberacin de microorganismos hacia sistemas de flujo
Cooperacin que les protege de depredadores, sustancias qumicas y les aporta
condiciones adecuadas, adems de hacerlos ms adaptables a condiciones cambiantes.

Qu clase de superficies son propensas?
Superficie expuesta a agua u otro lquido no estril.
Partculas de materia orgnica, tuberas, tejidos animales o vegetales, rocas, etc.
Forman una sustancia viscosa y resbaladiza, sobre o al interior de materiales

Cmo se forman?
Habilidad de sintetizar compuestos adherentes.
Compleja red de interacciones. El alimento, la energa y la informacin gentica se
comparten.

Por qu son importantes las biopelculas?
Implicaciones en ecologa, salud e industria.
Benficas o perjudiciales, dependiendo de dnde se encuentran y las especies que las
componen.
Forma predominante en la naturaleza (microecosistemas). Su comprensin permite
aprovecharlos o atacarlos mejor.
Salud: difciles de atacar por sistema inmune, en implantes (vlvulas cardacas, implantes
de cadera), catteres (obstruccin, difusin al torrente sanguneo). Tambin en casos
como la placa dental (caries) y lentes de contacto.
En intestino y epitelio oral, como flora normal, aportando nutrientes y combatiendo
patgenos potenciales.
En industria: disminuyen flujo de agua o combustible a travs de tuberas, corrosin y
degradacin de objetos.
En ecologa: permiten establecer relaciones entre microorganismos-macroorganismos y
con otros sustratos

Qu factores favorecen la formacin de biopelculas? Presencia de agua, zonas de baja velocidad,
sitios resguardados de recambio, disponibilidad de nutrientes, ausencia o bajos niveles de
antimicrobianos, temperatura, pH y otros.

Cmo se controlan las biopelculas indeseables? Usando agentes qumicos, reemplazando
materiales que sirven de sustrato, evitando la contaminacin inicial, manteniendo un adecuado
recambio, controlando los factores que favorecen su aparicin, etc.

* El material es un resumen de los conceptos que se vern en la clase y que se encuentran en general, en los libros de microbiologa
mencionados en la bibliografa.



Factores que afectan la presencia de microorganismos

Tipo de sistema:
Aguas corrientes: Mezcla, O
2
, luz, nutrientes, unin a sustratos, dependencia de nutrientes
Aguas quietas: Poca mezcla, variacin de O
2
, luz y nutrientes, organismos libres o unidos a
otros, produccin primaria, estratificacin estacional o permanente
Control por factores ambientales interactuantes: temperatura, luz, Nutrientes, O
2
, presin,
salinidad, turbidez, pH, aceptores de electrones alternativos (NO
3
-
, Mn
4+
, Fe
3+
, SO
4
2-
, CO
2
),
donadores inorgnicos de electrones (quimiolitotrofos que usan NH
4
+, Fe
2
+, H
2
S, CH
4
)
Los microorganismos acuticos tienen marcada influencia en:

Cadena alimentaria y flujo de energa/nutrientes:
Productores primarios, hongos y bacterias que se alimentan de sus productos y que a su
vez sirven de alimento a zooplancton.
Intervienen en transformacin de carbono, nitrgeno, fsforo, etc
Tienen gran influencia sobre la pesca

Formacin y alteracin de sedimentos:
Importante papel en constitucin de rocas sedimentarias.
Consumen partculas en suspensin;
Aglutinan partculas (hifas, polisacridos);
Forman estromatolitos;
Producen compuestos que alteran o promueven sedimentacin y precipitacin por cambios
del pH tales como amonificacin, fermentacin, denitrificacin, desulfuracin,
metanognesis
Formacin de las riquezas del subsuelo:
Participan en gnesis de turba, lignito, petrleo, metano, depsitos minerales y de azufre, a
travs de procesos de descomposicin de materia orgnica vegetal y animal

Autodepuracin y contaminacin:
Depuracin natural de cuerpos de agua por descomposicin de sustancias orgnicas y
algunos contaminantes
Contaminacin con patgenos de plantas, animales y humanos por aguas residuales
(hogar, agrcola, industrias)

Alteracin de materiales:
Alteracin del pescado y productos marinos
Dao de redes, embarcaciones, estructuras (madera, corcho, metal, tejidos)

Plancton

Microorganismos flotantes hacen parte del fitoplancton, por turbulencia, flotacin o
adheridas a pequeas partculas. Muchos presentan vacuolas de flotacin.
La distribucin no uniforme, de acuerdo con muchas variables (luz, temperatura, nutrientes,
estacin, clima)
Pueden desplazarse, en bsqueda de luz y nutrientes
Incluye algas, cianobacterias y heterotrofos. Los hongos no son organismos planctnicos
importantes, con excepcin de algunas levaduras y algunas esporas
Importantes a nivel de productividad y reciclaje de nutrientes.
Bacterias: gram negativas, pleomrficas, mtiles y pigmentadas (Pseudomonas,
Micrococcus, Flavobacterium, Vibrio, etc).

* El material es un resumen de los conceptos que se vern en la clase y que se encuentran en general, en los libros de microbiologa
mencionados en la bibliografa.



En aguas contaminadas: Bacillus, Clostridium, Enterococcus y enterobacterias,
prostecadas y gemantes
Forrajeo por coppodos, rotferos y protozoarios.
Algunas algas producen toxinas peligrosas por acumulacin, para el hombre.

Neuston:

Microorganismos que viven en interfase agua-aire donde se acumulan materia orgnica
particulada y nutrientes inorgnicos
Microorganismos sometidos a fluctuaciones de temperatura, luz y aireacin
Actividad metablica baja. Pseudomonas, Caulobacter, dinoflagelados y diatomeas.
Presentan superficies hidrofbicas y polisacridos extracelulares
Importante por tener aplicacin en derrames de petrleo y otros contaminantes

Comunidades epilticas:

Poco bajo la zona ftica y ms estable en aguas con baja corriente
Productores primarios y otros niveles trficos. Algas macro y microscpicas, lquenes,
bacterias pedunculadas, filamentosas y formadoras de limo
Utilizan nutrientes del agua que fluye, de otros organismos o los adsorbidos a la roca
Fluctuacin de niveles de agua sobre las rocas en verano
Forrajeo por moluscos y peces

Comunidades epiplicas:

Sobre lodos de los fondos. Principalmente diatomeas, clorofitas, cianobacterias,
euglenofitas, bacterias heterotrofas (anaerobios y facultativos), actinomicetos, protozoos.
El nmero de hongos es bajo.
Abundan psicrfilos o psicrotolerantes, excepto en aguas termales
Factores determinantes acidez y nutrientes
En manantiales sulfurosos y de aguas clidas, constituyen la microflora predominante,
(cianobacterias, algas, protozoarios, bacterias del hierro, Bacillus, bacterias sulfurosas
prpuras y verdes, etc)

Comunidades epfitas:

Viven sobre plantas y algas planctnicas. Diatomeas, hongos y bacterias
Influyen velocidad de crecimiento de la planta, la cantidad de muclago, produccin de
antimicrobianos
La asociacin puede ser o no especfica

Comunidades epizoicas:

Crecen sobre animales acuticos (tortugas, peces, moluscos, etc) formando cubiertas que
establecen relaciones simbiticas
Algunos hongos parsitos ocasionan enfermedades en especies de importancia econmica

Tanto comunidades epfitas como epizoicas utilizan a los organismos sobre los cuales crecen como
sustrato, se alimentan de sus productos metablicos o establecen una relacin mutualista

Microorganismos fotosintticos:

Oxignicos: obtienen e- para la reduccin del NADP
+
por fotolisis de H
2
O generando O
2

Anoxignicos: utilizan H
2
S o compuestos orgnicos para obtener poder reductor

* El material es un resumen de los conceptos que se vern en la clase y que se encuentran en general, en los libros de microbiologa
mencionados en la bibliografa.




Clorofilas: Difieren en estructura y espectro de absorcin (mejor uso del espectro electromagntico)
A en plantas, algas, cianobacterias
B en plantas
Bacterioclorofilas en bacterias verdes y prpuras
Otras molculas no relacionadas como bacteriorodopsina en halfilas

Fotosntesis anoxignica: Bacterias verdes y prpuras


No se produce O
2.
La fuente de e- es alguna sustancia reducida presente en el ambiente
(H
2
S, S, tiosulfato, H
2
, succinato, malato, butirato)
El dador de e- es oxidado, se reduce NADP a NADPH
6CO
2
+ 12 H
2
S C
6
H
12
O
6
+6 H
2
O +12 S
Los transportadores de e- se disponen del ms negativo al ms positivo en potencial
Se sintetiza ATP durante el flujo de e- por actividad ATPasa
Un subgrupo de estas bacterias pueden crecer en oscuridad como quimiorganotrofas

Fotosntesis oxignica: Cianobacterias, proclorofitas, algas
La luz se usa para generar ATP y NADPH (fotlisis, genera O
2
) en los fotosistemas I y II
Se genera ATP utilizando el gradiente protnico
Algunos pueden hacer fotosntesis anoxignica en presencia de H
2
H
2
S

Pigmentos accesorios: transfieren E lumnica a la clorofila, an a bajas intensidades de luz
Carotenoides: papel fotoprotector, en membrana. Amarillo, rojo, caf, verde
Ficobilinas: presentes en cianobacterias y algas rojas. Rojo, azul

Fijacin autotrfica de CO
2
en fotolitotrofos (reacciones oscuras) y quimiolitotrofos:
Convierte CO
2
en materia orgnica usando ATP y poder reductor generados por
fotosntesis o por oxidacin de compuestos inorgnicos. La principal ruta es el ciclo de
Calvin: 6CO
2
+ 12NADPH + 18 ATP C
6
H
12
O
6
+ 12NADP+ + 18 ADP
Algunos auttrofos tales como bacterias verdes, metangenas y acetognicas, no usan
ciclo de Calvin sino la ruta del acetil-CoA: 4H
2
+2CO
2
acetato+ 2H
2
O

Bacterias prpura: Fotosntesis anoxignica, bacterioclorofilas y carotenoides (prpura, rojas o
cafs). Grupos: sulfreas y no sulfreas. Se encuentran en zonas iluminadas y anxicas de lagos y
otros cuerpos de agua estratificados, formando masas. Ej: Chromatium, Rhodospirillum

Bacterias verdes: Fotosntesis anoxignica a partir de H
2
S a travs de bacterioclorofilas. Grupos:
sulfreas y no sulfreas. Habitan aguas sulfurosas. Ej: Chlorobium, Chloroflexus

Cianobacterias: Fotosntesis oxignica. Vesculas de gas, algunas fijan nitrgeno, estructuras de
resistencia y soportan diversas condiciones. Se distribuyen ampliamente en la naturaleza. Ej:
Oscillatoria, Nostoc

Proclorofitas: Fotosntesis oxignica, clorofila A y B sin ficobilinas. Simbiontes de invertebrados
marinos o libres en ocanos. Ej: Prochloron

Halfilas extremas: ambientes hipersalinos. Utilizan luz para sintetizar ATP, aunque sin clorofila.
Carotenoides (bacterioruberinas) y un pigmento rosa-naranja llamado bacteriorodopsina Ej:
Halobacterium, Halococcus

Metabolismo de diversos compuestos:


* El material es un resumen de los conceptos que se vern en la clase y que se encuentran en general, en los libros de microbiologa
mencionados en la bibliografa.



Fuente energa Donador H/e- Fuente carbono Denominacin
Luz Foto-
Orgnico -organo-
Orgnica -hetertrofo Fotoorganohetertrofo
Dixido de carbono -auttrofo Fotoorganoauttrofo
Inorgnico -lito-
Orgnica -hetertrofo Fotolitohetertrofo
Dixido de carbono -auttrofo Fotolitoauttrofo
Comp. qumico
Quimio-
Orgnico -organo-
Orgnica -hetertrofo Quimioorganohetertrofo
Dixido de carbono -auttrofo Quimioorganoauttrofo
Inorgnico -lito-
Orgnica -hetertrofo Quimiolitohetertrofo
Dixido de carbono -auttrofo Quimiolitoauttrofo
http://es.wikipedia.org/wiki/Clasificaci%C3%B3n_nutricional_b%C3%A1sica

Metabolismo de compuestos polimricos:

Polisacridos: celulosa y almidn digeridos por hongos y algunas bacterias, disacridos como
lactosa y sucrosa

cidos orgnicos: citrato, malato, fumarato, succinato usados aerbica o anaerbicamente como
fuentes de C y dadores de e-, con formacin de ATP

Lpidos: a travs de lipasas producen su descomposicin en acs. grasos y glicerol. Aerbica o
anaerbicamente. Acidos grasos son oxidados en citoplasma (en mitocondria en eucariotas)
liberando acetil-CoA y acs. grasos mas cortos, en un proceso que transfiere e-. Todo el acetil-CoA
formado es oxidado a travs del ciclo TCA o se convierte en hexosas por lo que se obtiene una
gran sntesis de ATP

Ej: Compostaje: antigua tecnologa empleando microorganismos para prevenir/reducir
contaminacin ambiental en manejo y reciclaje de residuos, proporcionando un aditivo para suelos

Descomposicin microbiana termfila, permite llegar a un producto estable, libre de patgenos y
compuestos txicos. Depende de cantidad y tipo de nutrientes (C, N, P, S); pH; presencia de
qumicos; humedad; y microorganismos presentes

* El material es un resumen de los conceptos que se vern en la clase y que se encuentran en general, en los libros de microbiologa
mencionados en la bibliografa.




Mesfilos: Pseudomonas, Flavobacterium, Bacillus, , Clostridium, Streptomyces, Aspergillus,
Mucor, Penicillium, etc. Termfilos: Bacillus, Streptomyces, Thermus, Thermonospora,
Thermoactinomyces, Torula, Absidia, Aspergillus, etc. Productores de amilasas, lipasas, proteasas,
celulasas. La temperatura interna puede ser superior a 40-55C por algunas horas. Al agotarse los
nutrientes la temperatura baja.

Sistemas por lotes (pila esttica o no esttica) y continuo en un reactor con mezcla constante

Bacterias hidrgeno oxidantes: obtienen E a partir de la oxidacin de hidrgeno

Aerbicas:
Auttrofas: 6H
2
+ 2O
2
+ CO
2
(CH
2
O) + 5 H
2
O
Hidrogenasa y ciclo de Calvin
e- son transferidos para generar fuerza motriz protnica con formacin de ATP

Hetertrofas: usan H
2
como fuente de E pero no CO
2
como fuente de C

Anaerbicas
:
::
pueden ser auttrofos o hetertrofos

4H
2
+ H
+
+ HCO
3
- CH
4
+ 3H
2
O (metangenos)
4H
2
+ H
+
+ 2HCO
3
- CH
3
-COO
-
+ 4H
2
O (homoacetgenos)

Ejemplos: especies de Pseudomonas, Alcaligenes, Bacillus, Arthrobacter, Paracoccus, Aquifex,
Hidrogenobacter, Hidrogenomonas, metanobacterias, Acetobacter y Clostridium. Muchos
presentan naturaleza facultativa frente a la utilizacin de H como fuente energtica (gran
competencia por el H
2
).

Bacterias oxidantes del azufre: usan compuestos azufrados como dadores de e- (H
2
S, S, S
2
O
3
-2
).
Quimiolitotrofos, fijando CO
2
va ciclo de Calvin, unos pocos pueden crecer en compuestos
orgnicos o hacer respiracin anaerbica. Ej: Acidithiobacillus, Beggiatoa

H
2
S +20
2
SO
4
-2
+ 2H
+

S + H
2
O + 1.5 O
2
SO
4
-2
+ 2H
+

S
2
O
3
+ H
2
O + 2O
2
2SO
4
-2
+ 2H
+


El hidrgeno formado acidifica el medio y provoca formacin de H
2
SO
4
(acidificacin de suelos
alcalinos por adicin de S), que puede ser muy txico para algunos organismos

Los e- de los compuestos sulfreos reducidos entran a una cadena transportadora y van hasta el
O
2
, generando un potencial de membrana para sntesis de ATP

Bacterias oxidantes del hierro: oxidacin aerbica del hierro ferroso (Fe
+2
) a hierro frrico (Fe
+3
)
para obtener E. El rendimiento energtico es bajo, por lo que oxidan grandes cantidades de
material.

2Fe
+2
+ O
2
+ 2H
+
2Fe
+3
+ H
2
O. El hierro frrico forma hidrxido frrico Fe(OH)
3
, que se
precipita

Muchas bacterias oxidantes del hierro tambin oxidan azufre y son acidfilas (solo a pH cido hay
suficiente Fe
+2
para ser usado). A pH neutro se oxida de forma no biolgica

La ruta de transporte de e- para Fe
+2
/Fe
+3
es muy corta, pero aprovechan el gradiente protnico
preexistente (pH cido afuera y neutro adentro) para la sntesis de ATP

* El material es un resumen de los conceptos que se vern en la clase y que se encuentran en general, en los libros de microbiologa
mencionados en la bibliografa.




Algunas de estas bacterias, junto con las sulfato reductoras, se consideran importantes en
procesos corrosivos

El hierro es abundante en la corteza terrestre, en forma frrica y ferrosa dependiendo del pH y O
2

A pH neutro y en oxgeno, pasa de Fe
+2
a Fe
+3
, formando precipitados insolubles (xido e hidrxido
frrico) o complejos con materiales orgnicos. Leptothrix, Gallionella, Siderocapsa y algas como
Lyngbia precipitan gran cantidad de hidrxido frrico sobre sus clulas

A pH bajo, Acidithiobacillus cataliza oxidacin de Fe
+2
a Fe
+3
en presencia de O
2
. El hierro frrico
se precipita en forma de jarosita (HFe
3
(SO
4
)
2
(OH)
6
,de color amarillo caf (drenaje cido)
La pirita FeS
2
, es oxidada de manera espontnea o por accin bacteriana, provocando acidez
FeS
2
+ 3.5 O
2
+ H
2
O Fe
+2
+ 2SO
4
-2
+ 2 H
+

La oxidacin de iones ferrosos por Acidithiobacillus provoca que los iones frricos reaccionen con
ms pirita para formar nuevos iones ferrosos (ciclo de propagacin)
FeS
2
+ 14 Fe
+3
+ 8 H
2
O 15 Fe
+2
+ 2SO
4
-2
+ 16 H
+

Ejemplos de bacterias oxidantes del hierro y el azufre y sus actividades:

Acidithiobacillus ferrooxidans: en regiones carbonferas provoca drenajes cidos por oxidacin de
pirita FeS
2
, que se mezclan con aguas naturales (bajo pH y la alta concentracin de metales)
Se emplea en extraccin de minerales (biolixiviacin o microbiologa minera), cuando en una mina
la concentracin de metal es baja y no es rentable concentrar el mineral por mtodos qumicos. Se
ha aplicado para cobre, formando sulfato de cobre soluble, por oxidacin directa del metal y
generacin del oxidante Fe
+3
. Se percola H
2
SO
4
diludo y el sulfato es recolectado y transportado a
una planta para la purificacin del cobre
Conversin del sulfuro de cobre (calcocita) en cobre soluble
Th
Cu
2
S + O
2
CuS + Cu
+2
+ H
2
O
Calcocita covelita

Th
CuS + O
2
Cu
+2
+ SO
4
-2

Covelita cobre soluble

Th
Fe + Cu
+2
Cu + Fe
+2

- Th
Fe
+2
+ O
2
Fe
+3
* (oxidante)

CuS + Fe
+3
* Cu
+2
+ Fe
+2
+ SO
4
-2

Covelita cobre soluble


Gallionella, Sphaerotilus, Leptothrix, etc, (bacterias del hierro) oxidan hierro a pH neutro,
depositando sobre s mismas una cubierta

Sulfolobus: Archaea termoacidfilo presente en fuentes termales cidas

Corrosin microbiolgica: iniciacin o aceleracin de procesos corrosivos en ambientes terrestres y
acuticos, provocando la oxidacin de metales susceptibles como hierro, acero, cobre, aluminio y
aleaciones. Mayora de problemas se observan en tuberas, tanques, maquinaria y embarcaciones


* El material es un resumen de los conceptos que se vern en la clase y que se encuentran en general, en los libros de microbiologa
mencionados en la bibliografa.



Biopelculas se acumulan sobre metales ocasionando suciedad (fouling), incrustacin,
adelgazamiento y/o picaduras. Bajan pH, producen sustancias corrosivas, destruyen cubiertas
protectoras del metal, consumen sustancias inhibidoras de corrosin, con prdidas econmicas
considerables y repercusin en vida til de objetos o estructuras

Industrias frecuentemente afectadas son las generadoras de energa (nuclear y combustibles
fsiles), armamento, tuberas, papeleras, exploracin petrolera, naval y aeronutica
Microorganismos importantes: algas, Penicillium, Aspergillus, Fusarium, Cladosporium
(Hormoconis), Candida, Pseudomonas, Enterobacter, cianobacterias, Desulfotomaculum,
Desulfovibrio, Clostridium, Acidithiobacillus, Gallionella, Siderocapsa, Sphaerotilus, Leptothrix,
Crenothrix

Prevencin: agua potable para lavado, cubiertas protectoras, limpieza, cubrimiento, remocin de
nutrientes, oxigenacin, pH alcalino), biocidas seguros para el consumidor y el material

Bacterias nitrificantes: oxidan aerbicamente compuestos de nitrgeno inorgnico como dadores
de e- : amonio (NH
3
) y nitrito (NO
2
-
). Quimiolitotrofas. Ampliamente distribuidas en suelos y aguas,
zonas con altos niveles de descomposicin o que reciben aguas residuales ricas en amonio

Amonio y nitrato son asimilables por las plantas pero el segundo es muy soluble en agua y lavado
por la lluvia.

Un grupo oxida amonio a nitrito y otro oxida nitrito a nitrato con formacin de ATP

o Nitrosoficantes: de amonio a hidroxilamina

NH
3
+ O
2
+ NADH + H
+
NH
2
OH + H
2
O + NAD+
NH
2
OH + O
2
NO
2
-

+ H
2
O + H
+

Global: NH
3
+ 2O
2
+ NADH NO
2
-

+ 2H
2
O + H
+


o Nitrificantes:

NO
2
-

+ O
2


NO
3
-

La nitrificacin produce acidificacin debido a acumulacin de cido ntrico


Respiracin anaerbica: utilizacin de un aceptor de e- diferente al oxgeno. La fuente de carbono
es un compuesto orgnico con excepcin de algunos quimiolitotrofos. Los aceptores de e- usados
son compuestos inorgnicos (SO
4
-2
, CO
2
, Fe
+2
, NO
2
, fumarato, azufre, etc)

Se basa en un sistema transportador de e- conteniendo citocromos, quinonas, ferrosulfoprotenas y
otros. En caso de poder realizar respiracin aerbica y anaerbica (como en denitrificacin), se
favorece la primera

Metabolismo desasimilatorio: utilizacin de nitratos, sulfato y dixido de carbono como aceptores
de e- para metabolismo energtico. El producto es excretado al ambiente

Metabolismo asimilatorio: reduccin de NO
2
-

, SO
4
-2
y CO
2
como fuentes de N, S y C con
produccin de grupos amino, sulfhidrilo y compuestos orgnicos de carbono.

Principales tipos de respiracin anaerbica

Reduccin de nitratos y denitrificacin: utilizacin de nitrato como aceptor de e- y conversin en
nitritos, xidos de nitrgeno y dinitrgeno: NO
3


NO
2
NO N
2


* El material es un resumen de los conceptos que se vern en la clase y que se encuentran en general, en los libros de microbiologa
mencionados en la bibliografa.



Util en tratamiento de aguas residuales (nitratos a nitrgeno), disminuyendo la posibilidad de un
excesivo crecimiento de algas y cianobacterias

Reduccin de sulfato: reduccin de sulfato a H
2
S: SO
4
-2
SO
3
-2
H
2
S . Es menos favorable
que la utilizacin de O
2
NO
3
-


Dixido de carbono como aceptor de e-: los metangenos utilizan H
2
como dador de e- , CO
2
como
aceptor y a la vez que como fuente de C (si crecen autotrficamente), formando metano. Los
compuestos precursores se generan por actividad fermentativa de otros microorganismos
El CO
2
no es fijado va Ciclo de Calvin sino por la ruta del acetil-CoA

Homoacetognicos: producen acetato a partir de H
2
y CO
2

Hidrocarburos: aerbica principalmente, dependiendo de composicin y complejidad. Por
Actinomicetales, Pseudomonas, cianobacterias, levaduras y otros, hasta acetil-CoA, cidos
orgnicos, piruvato, CO
2
, etc.

La descomposicin es deseable cuando hay derrames que tienen gran impacto ecolgico.
Generalmente se requieren cultivos mixtos y adicin de nutrientes (biorremediacin). Si alcanzan
sedimentos anxicos, se degradan con mucha lentitud. Temperatura y pH influyen en la velocidad
de la descomposicin.

Contaminantes orgnicos persistentes COPs-POPs

C + Cl forman comp. txicos como organoclorados sintticos cuyo enlace carbono-cloro es difcil
de romper (pesticidas o prod. Industriales)

Toxicidad
Elevada permanencia
Resistencia a degradacin
Bioacumulacin (biomagnificacin)
Transporte

Pesticidas, insecticidas organoclorados (DDT, aldrina, endrina), herbicidas, bifenilos policlorados,
etc

Biodegradacin de xenobiticos: compuesto qumicos que no existen de manera natural y no son
fcil de biodegradar. Ej: plaguicidas, plsticos, poliuretano, poliestireno, etc. Algunos
microorganismos pueden usarlos como fuentes de C como dadores de e-, logrando su
transformacin en otro compuesto ms o menos txico o su mineralizacin. Depende de
temperatura, pH, aireacin y contenido de nutrientes y puede ir acompaada de volatilizacin y
transformacin qumica

Halocarburos recalcitrantes: algunos propelentes, disolventes y refrigerantes
o Haloaromticos (clorobencenos, clorofenoles, clorobenzoatos, bifenilos, trifenilos
policlorados y policromados, clorodibenzodioxinas, clorodibenzofuranos)
o Insecticidas organoclorados

Enlace carburo-halgeno altamente estable, cuya ruptura requiere gran cantidad de E.
Degradacin parcial por fotodegradacin o cometabolismo (transformacin innecesaria por crecer
mejor a partir de otro sustrato del que s obtiene E, C, nutrientes; ocurre cuando una enzima para
un sustrato A reconoce un compuesto B y lo transforma en un producto)

Propelentes y disolventes haloalquilados:

* El material es un resumen de los conceptos que se vern en la clase y que se encuentran en general, en los libros de microbiologa
mencionados en la bibliografa.




o Envases pulverizadores para cosmtica, pinturas e insecticidas, fluidos refrigerantes en
equipos de aire acondicionado y refrigeradores
o Fluorocarbonados CCl3F, CCl2F2 (F-11 y F12), diclorometano, cloroformo, tetracloruro de
carbono, dicloroetileno, tricloroetileno, tetracloroetileno
o Reduccin capa de ozono y contaminacin de acuferos
o Leyes hacia la progresiva eliminacin del uso de halocarburos propelentes en aerosoles;
bsqueda de alternativas; reciclaje; modificacin de equipos para trabajar halocarburos
con flor en lugar de cloro (menos destructivos para el ozono)

Microorganismos productores de deshalogenasas:
o Algunas metangenas y sulfato reductoras en anaerobiosis, convierten tetracloroeteno
(percloroeteno) a tricloroeteno y cis 1,2 tricloroeteno
o Aerbicamente algunas Pseudomonas pueden usar diclorometano y tricloroeteno
o Reportes de utilizacin por consorcios de tricloroeteno, dicloroetano a compuestos que
luego se hidrolizan espontneamente a cidos

Halobencenos, halofenoles y halobenzoatos
o Usualmente utilizados como disolventes.
o Principalmente declorados en anaerobiosis hasta monoclorados, ms resistentes a la
biodegradacin. Solo algunas cepas de Pseudomonas hacen una degradacin aerobia.

Clorofenoles:
o Pentaclorofenol, se emplea como conservante de madera y lona
o Otros como plaguicidas, resinas, colorantes y productos farmacuticos
o Son txicos para los microorganismos y solo degradables en concentraciones bajas, hasta
fenol, por decloracin progresiva. Este es metabolizado a metano y CO
2
anaerbicamente.

Compuestos nitrogenados recalcitrantes
o Explosivos como trinitrotolueno, disolventes como nitrobenceno y plaguicidas como
nitrofenoles.
o Txicos y mutagnicos. Absorcin a travs de la piel, anemia e irritacin cutnea
o Mas difciles de degradar si contienen anillos aromticos, sustituyentes halogenados o
varios sustituyentes nitrogenados.
o Se degradan ms fcilmente en anaerobiosis, aunque lentamente y a veces los productos
son igualmente txicos.
o Reportes sobre especies de Pseudomonas, Serratia, Clostridium, Desulfovibrio,
Enterobacter, Bacillus, Mycobacterias, Phanerochaete

Sulfonatos alquilbenclicos
o Componentes de detergentes aninicos, para atacar grasas.
o Los no lineales (ABS) son muy resistentes a degradacin y producen espuma en ros. Son
ms fciles de fabricar y sus propiedades son ligeramente mejores como limpiadores.
o Hoy se fabrican los lineales (LAS) que se degradan ms fcilmente hasta su
mineralizacin, por bacterias aerobias especialmente Pseudomonas. Llevan un pequeo
porcentaje de ABS
o Colombia prohibi la produccin de ABS en 1973 pero se mantuvo hasta 1993

Bifenilos policlorados y dioxinas

PCB: mezclas de bifenilos que contienen de uno a diez atomos de cloro por molcula. Se han
usado como plastificantes, aislantes, refrigerantes y en fabricacin de pinturas, aceites, etc
o Persistencia y biomagnificacin, especialmente en peces y aves, provocando
adelgazamiento de cscaras de huevos y disminucin reproductiva.

* El material es un resumen de los conceptos que se vern en la clase y que se encuentran en general, en los libros de microbiologa
mencionados en la bibliografa.



o Se discute su efecto como carcingeno para seres humanos. Provocan inhibicin del
crecimiento de organismos marinos, probabilidad de aparicin de tumores, disminucin de
resistencia a infecciones, irritacin de piel, afecciones hepticas, neurolgicas y bronquitis
crnica.
o Regulaciones gubernamentales y de los fabricantes para eliminarlos, especialmente en
industria alimentaria. En la mayora de pases, la fabricacin de PCB est prohibida
o Algunos pueden ser usados por microorganismos como fuentes de C y E, mediante
decloracin (Phanerochaete, Acinetobacter, Alcaligenes) segn su composicin y
condiciones ambientales

Dioxinas: dos anillos de benceno unidos por un par de tomos de oxgeno. Subproductos de
combustin de plsticos y algunos procesos industriales (metal, papel, PVC).
Toxicidad aguda y crnica, enfermedades en piel y anomalas genticas, as como varios tipos de
cncer. Muy pocas bacterias producen dioxigenasas: Sphingomonas, Pseudomonas, Burkholderia

Bifenilos policromados (PBB): usado como retardante de llama. Plsticos, TV, computadores,
espumas, textiles. Prohibida su produccin.

Polmeros sintticos: pueden ser moldeados en formas complejas, poseen elevada resistencia
qumica y elasticidad. Muy resistentes a degradacin por su alto peso molecular.
o Fibras sintticas, pelculas transparentes para ropa, artculos desechables, empaques.
90% de basuras urbanas (polietileno, cloruro de polivinilo y poliestireno)
o Efecto esttico, adems de ser peligrosos para animales salvajes
o Polietileno, polibuteno y otras poliolefinas son sensibles a degradacin fotoqumica
o Tendencia a plsticos ms ecolgicos con fotosensibilizadores y catalizadores de
oxidacin, adicionados con almidn
o Poli hidroxialcanoatos producidos por bacterias (envases champ, paales, etc). Entre
cinco y siete veces ms costosos

Plsticos biodegradables
Degradacin qumica (hidrolisis u oxidacin) desinteg. fsica, + PM biodegradacin
- Basados en almidn o celulosa
- Oxo-biodegradables (OBP): adicin Fe, Mn, Co o Ni, catalizadores aceleran oxidacin.
Baratos, buenas propiedades fsicas, adaptables maquinaria tradicional
- Hidro-biodegradables (HBP): maz, soya, trigo, caa, microorg., recursos fsiles o mezclas.
Ejs: PHA (polihidroxialcanoatos), PHBV (polihidroxibutirato-valerato), PLA (cido
polilctico), PCL (policaprolactona), PVA (polivinil alcohol), PET (polietilentereftalato)
Degradacin y biodegradacin rpida si se compostan. Pueden emitir CH4 en anaerobiosis
Productos finales ideales CO2, agua y biomasa


Metales


Mercurio: concentraciones en ambientes
naturales, usado en procesos y productos
industriales. Combustibles fsiles, plaguicidas
y algunas tcnicas de minera han contribuido
a su liberacin

Se concentra en tejidos a travs de cadena
alimenticia, (inhibicin enzimtica, dao a

* El material es un resumen de los conceptos que se vern en la clase y que se encuentran en general, en los libros de microbiologa
mencionados en la bibliografa.



protenas y afecciones neurolgicas, renales y hepticas) Mercurio y metilmercurio, suelen ser
txicos para los microorganismos.

Algunas bacterias lo detoxifican mediante la mercurio reductasa, que lo convierte en Hg , el cual
es oxidado a Hg
+2
fotoqumicamente.

Los microorganismos pasan Hg
+2
a metilmercurio CH
3
Hg
+
, que se concentra en tejidos grasos de
peces, o es de nuevo metilado por microorganismos a dimetilmercurio CH
3
-Hg-CH
3
, que tambin
se acumula en tejidos


Tomado de: Chapter 11. Microbial Remediation of Metals in Soils. K.A. Hietala and T.M. Roane.
Singh et al. (eds.), Advances in Applied Bioremediation, Soil Biology 17, 201. Springer-Verlag
Berlin Heidelberg 2009



Biodegradacin de compuestos txicos: Rompimiento de compuestos, mediado por
microorganismos, que produce mayor biomasa celular y compuestos ms sencillos, agua, CO
2
o
metano

Depende de la interaccin con el ambiente, nmero y tipo de microorganismos, y estructura
qumica del contaminante. Enzimas extra o intracelulares

Ocurre ms rpido en aerobiosis. Mayor dificultad en suelos

El compuesto:
puede ser empleado como fuente de C, E, N, nutriente o aceptor final de electrones;
puede ser degradado para proteccin;
el microorganismo puede provocar cambios ambientales a travs de su metabolismo que
alteran al compuesto (consumo de O
2
, disminucin del pH)
su utilizacin puede no tener ventaja aparente

Biorremediacin in situ (sin remocin): econmico y funcional si las condiciones ambientales y los
microorganismos son apropiados

Biorremediacin intensificada o mejorada:

Bioestimulacin: suplementando nutrientes a la poblacin microbiana nativa


* El material es un resumen de los conceptos que se vern en la clase y que se encuentran en general, en los libros de microbiologa
mencionados en la bibliografa.



Bioaumentacin: Inoculando microorganismos capaces de degradar los compuestos

Degradacin en reactores, lagunas de oxidacin, compostaje, landfarming, etc.

Algunos compuestos no biodegradados sino biotransformados (alterados qumicamente)

Para ciertos contaminantes, la biomasa no aumenta notoriamente y se requiere ms de una
especie para mediar la biotransformacin

Hidrocarburos poliaromticos, DDT, trinitrotolueno, pentaclorofenol, bifenilos policlorados,
compuestos nitroaromticos, metales pesados, cianuros, etc

Pruebas de biodegradabilidad en laboratorio; condiciones controladas; identificacin reactantes,
reacciones y productos. Medios lquidos o derivados del sitio contaminado (suelo, agua,
sedimentos, lodo). Cultivos puros en las primeras fases, con mltiples repeticiones, luego uso de
mezclas. Importante contar con controles abiticos

Evolucin, fisiologa y bioqumica de los microorganismos determinan la biodegradabilidad


Microorganismos y salud pblica

Salud y enfermedad son variaciones de un mismo proceso de relacin entre un ser y los
estmulos del medio que lo rodea.
Sntoma: referencia subjetiva que da un enfermo al percibir un cambio anmalo. Signo: dato
objetivo y objetivable

Las enfermedades son causadas por agentes infecciosos, defectos genticos, factores
ambientales o una combinacin de estos.

Casi todas pueden ser influenciadas de alguna manera por microorganismos: hereditarias,
congnitas, degenerativas, deficiencias nutricionales, endocrinas, mentales, inmunolgicas,
neoplsicas, iatrognicas, idiopticas

Las enfermedades infecciosas son causadas por bacterias, virus, hongos, protozoos y helmintos.
Pueden ser contagiosas y no contagiosas, segn si pueden diseminarse o no de un hospedero a
otro.

Patgeno oportunista: habitualmente no causa patologas en personas sanas, pero
medicamentos, heridas, quemaduras, enfermedades.

Epidemiologa: estudia ocurrencia, distribucin, prevencin y control de enfermedades infecciosas

Modos de transmisin: relacionados con el habitat que el patgeno ocupa dentro del cuerpo, con la
va de salida, y con el tiempo/modo de supervivencia externa

Transmisin directa hospedero hospedero

Rutas respiratorias. Ej: virus de la gripe
Contacto directo. Ej: enfermedades de transmisin sexual o por piel.

Transmisin por contacto indirecto: a travs de medios inanimados

Vivos: vectores como moscas, mosquitos, pulgas, ratas, etc

* El material es un resumen de los conceptos que se vern en la clase y que se encuentran en general, en los libros de microbiologa
mencionados en la bibliografa.



Inanimados o fmites: ropa de cama, instrumental
Vehculos: alimentos o agua

Prevencin y control: cuarentena, inmunizacin, tratamiento temprano, inmunizacin, identificacin
de seropositivos, quimioterapia a portadores, descontaminacin, pasteurizacin, inspeccin
constante

Ejemplos de enfermedades microbianas transmitidas por aire:

Los microorganismos provienen del suelo, agua, plantas, animales y personas. La mayora son
bacterias gram (+) como:
Streptococcus, causante de faringitis, fiebre reumtica, glomerulonefritis, neumona, escarlatina
Staphylococcus, que puede provocar infecciones en piel, neumona, osteomielitis, carditis,
meningitis, etc
Corynebacterium diphtheriae, difteria
Bordetella pertussis, tos ferina
Mycobacterium tuberculosis, tuberculosis
Virus de la influenza
Virus de la rubeola
Virus de las paperas
Virus de la varicela

Dificultades en su control, debido a carencia de drogas antivirales, transmisin antes de presentar
sntomas y disponibilidad de vacunas

Ejemplos de enfermedades microbianas transmitidas por alimentos: pueden producir infeccin,
toxoinfeccin o intoxicacin. Ejs:

Intoxicacin por Staphylococcus aureus
Intoxicacin por Clostridium perfringens
Intoxicacin por Clostridium botulinum
Salmonelosis por Salmonella
Yersiniosis por Yersinia enterocolitica
Bacillus cereus
Campylobacteriosis por Campylobacter
Vibrio parahaemolyticus
Listeriosis por Listeria
Diarrea del viajero por E. coli
Hepatitis A viral
Micotoxinas
Helmintos

Todo alimento fresco contiene microorganismos. Los ensayos microbiolgicos (desde los clsicos
hasta biologa molecular) detectan crecimiento excesivo u organismos relevantes para salud
pblica

Buenas materias primas, adecuada preparacin y preservacin, y empleo de procedimientos como
BPM y sistemas de aseguramiento de la inocuidad como HACCP, evitan los problemas
relacionados con microorganismos

Ejemplos de enfermedades microbianas transmitidas por agua:

Fiebre tifoidea por Salmonella typhi
Clera por Vibrio cholerae

* El material es un resumen de los conceptos que se vern en la clase y que se encuentran en general, en los libros de microbiologa
mencionados en la bibliografa.



Disentera bacilar por Shigella spp
Gastroenteritis por E. coli
Diarrea por Aeromonas hydrophila
Legionelosis por Legionella
Otitis, conjuntivitis o dermatitis por Pseudomonas
Hepatitis A viral
Polio
Diarrea viral
Encefalitis y meningitis viral
Disentera por Entamoeba histolytica
Giardiasis por Giardia lamblia
Diarrea por Cryptosporidium
Intoxicacin por cianobacterias
Parasitosis por helmintos

El agua se utiliza como bebida, en aseo, para preparar alimentos, para agricultura, recreacin y
est presente en sistemas de ventilacin.

Es vehculo importante de transmisin en enfermedades animales, (campylobacteriosis, giardiasis,
leptospirosis)

Un efectivo tratamiento del agua, uso de acueductos y alcantarillados, y empleo racional de
fuentes de agua, son las mejores armas contra las enfermedades infecciosas

Tratamiento biolgico: en descomposicin anxica en bio-reactores, diferentes grupos llevan a
cabo fermentaciones y metanognesis. En degradacin aerbica, el lquido pasa lentamente por el
sustrato o es mezclado y aireado para que los microorganismos en biopelculas o en flculos,
mineralicen la materia orgnica hasta CO
2
, NH
4
+
, NO
3
-
, SO
4
-2
y PO
4
-



Consideraciones importantes en salud pblica:

Pases en desarrollo presentan an altos ndices de muertes por enfermedades infecciosas,
principalmente en nios, por desnutricin, stress, bajos recursos econmicos para implementar
medidas inmunizacin o construccin de acueductos y alcantarillados, y poca atencin a la salud
pblica.

tener en cuenta a las poblaciones de alto riesgo: nios, ancianos y personas
inmunosuprimidas.
rapidez con que se diseminan enfermedades infecciosas, (facilidad de transporte)
Enfermedades nosocomiales
Resistencia a antibiticos
Enfermedades emergentes y reemergentes: problema global, con variaciones en patrones,
cambiando la distribucin de las enfermedades por alteraciones del patgeno, el ambiente
o el hospedero. Una enfermedad emergente es aquella que se convierte sbitamente en
prevalente, sea esta nueva o no (reemergente). Enfermedad de Lyme, campylobacteriosis,
colitis hemorrgica, gastritis, legionelosis, tuberculosis, meningitis, hepatitis, sida,
candidiasis, malaria, neumona, toxoplasmosis, fiebres hemorrgicas, encefalitis.
Asociadas con migraciones, comportamiento, prcticas en salud, transporte, cambios
ecolgicos, cambio de microorganismos, medidas sanitarias. Importante un rpido
reconocimiento y evitar diseminacin.


Ejemplos enfermedades infecciosas

* El material es un resumen de los conceptos que se vern en la clase y que se encuentran en general, en los libros de microbiologa
mencionados en la bibliografa.




Rabia

Viral (Rhabdovirus). Cubierta lipdica sensible a fact. ambientales
SNC. Encefalitis
Mamferos. Saliva/ secreciones a travs de mordedura o herida
Vectores: perros, gatos, murcilagos, zorros, lobos, etc
Diagnstico: aislamiento virus, molecular del ARN, deteccin Ag o Ac
Sntomas entre 60-300d
Pasa de msculo a neuronas cerebro todo el cuerpo
Fiebre, dolor cabeza, ansiedad, alucinaciones, agresividad, parlisis, espasmos
farngeos, coma, paro cardaco
Tratamiento: suero (Ig), vacuna (virus inactivos, solo 1ra fase)
Prevencin: lavar herida, vacuna/suero; vacunacin animal
Asia, frica

Malaria/paludismo
Parsito protista Plasmodium (Apicomplexa)
300 millones casos/ao, 2 millones muertes/ao especialmente frica
Vector: hembras mosquito hematfago Anopheles (machos, nctar)
Transmisin: picadura, madre a feto o transfusin
Esporozotos migran a hgado, maduran merozotos infeccin eritrocitos.
Diagnstico: parsitos en sangre (Giemsa), serologa, molecular
Inmunidad adquirida en zonas endmicas, con portadores asintomticos
Vacuna Patarroyo 40-60% efectividad
Sntomas: 10 d-4 sem despus, fiebre/escalofros cclicos, sudoracin , anemia por
ruptura eritrocitos y dolor cabeza. Nuseas, vmito, tos, heces sangre,
hepatoesplenomegalia, dolor muscular, ictericia, falla coagulacin, insuficiencia renal o
heptica, trastornos SNC y coma.
R insecticidas
Tratamiento: cloroquina, abs. R
Prevencin: mefloquina, doxiciclina, cloroquina, hidroxicloroquina o Malarone; prendas
vestir, mallas. Anochecer - amanecer

Tuberculosis

Mycobacterium tuberculosis o bacilo de Koch. 2 millones muertes/ao
Transmisin area (tos, estornudos)
Coinfeccin VIH; fumadores, diabetes, alcoholismo, enf. renal, pulmonar, desnutricin,
inmunodepresin, quimioterapia,etc
Infecciones asintomticas
Pulmones (SNC, huesos, piel, intestino, etc). Puede hacerse sistmica
Bacilo fagocitado por macrfagos, incapaces de destruirlo granuloma fase latente
no infecciosa (bacilos en tej.necrotico) y/o fase activa infecciosa
Sntomas (aos despus): tos, flema (sangre), fiebre, sudoracin, mareo, escalofros y
prdida peso.
Diagnstico: bacilos cido alcohol resistentes, cultivo LJ; autofluorescencia;
tuberculina cutneo, molecular, RX, tomografa
Tratamiento: combinacin frmacos, terapia observada (isoniacida, rifampicina,
pirazinamida, etambutol o estreptomicina). R
Prevencin: rastreo, vacunacin (BCG), experimentales


* El material es un resumen de los conceptos que se vern en la clase y que se encuentran en general, en los libros de microbiologa
mencionados en la bibliografa.



Lepra

Mycobacterium leprae
Difcil contagio (contacto directo y prolongado por aos), alta inmunidad de la
poblacin y es tratable
Frecuente en pases tropicales o templados.
India, Brasil, frica
Intracelular en clls fagocitarias de piel y nervios
Lepra tuberculoide (manchas claras hiperestsicas, luego anestsicas, reaccin celular
pero pocos Ac) y lepra lepromatosa (grandes ndulos piel, lepromas) deformaciones y
lesiones por falta sensibilidad
Enf. depende de fuerza reaccin inmune, cambios inflamatorios. Afecta nervios
perifricos y piel.
Genes asociados a susceptibilidad
No vacuna. No cultivo in vitro
Armadillo nueve bandas

Peste

Yersinia pestis. Afecta animales y humanos. Zoonosis
Roedores: R moderada a infeccin, alta bacteriemia y baja mortalidad
Epizootia: irrumpe el hombre, animales sensibles o pulgas, favorecidas por movilidad
poblacin (cruzadas, intercambio comercial, migracin), hacinamiento, dficit higinico,
cambios climticos
Vector: pulga de rata (Xenopsylla cheopis)
Contagio por picadura. Poco frecuente por otras pulgas, mordeduras, entre personas,
manipulacin cadveres o inhalacin
Torrente sanguneo multiplicacin macrfagos, forma bubnica (abscesos que
drenan); septicmica (hemorragias y trombosis); peste neumnica (bronconeumona
transmisible por inhalacin)
Sntomas: 2 a 10 das, fiebre, dolor cabeza, escalofro, hinchazn y dolor ganglios
linfticos, color azulado, problemas respiratorios
Diagnstico: tincin, cultivo, serologa
Tratamiento: estreptomicina, gentamicina, doxiciclina o ciprofloxacina, soporte
respiratorio
Vacuna proteccin no 100%

ntrax/carbunco

Bacillus anthracis
Vertebrados salvajes y domsticos (ganado, ovejas, cabras, camellos, antlopes).
Esporas sobreviven aos en suelo
Cutnea: esporas a travs de piel, heridas (lana, pelo). lcera negra
Inhalacin: similar gripe, fuerte compromiso respiratorio, septicemia
Gastrointestinal: nusea, prdida de apetito, vmito, y fiebre, toxemia
Contagio persona-persona muy rara
Cpsula antifagocitaria, exotoxina produce sntomas como hemorragia masiva
Diagnstico: serologa, inmunofluorescencia, molecular
Tratamiento: penicilina, ciprofloxacina
Prevencin: vacuna animal, evitar carne poco cocida
Ataques bioterroristas 2001 (correo, 5 muertes, 22 enfermos)


* El material es un resumen de los conceptos que se vern en la clase y que se encuentran en general, en los libros de microbiologa
mencionados en la bibliografa.



Botulismo

Intoxicacin alimentaria por neurotoxina de Clostridium botulinum
Alimentos mal preparados, enlatados o almacenados. Heridas
Verduras envasadas en casa, jamn y pescado
Accin neurotxica impide liberacin acetilcolina parlisis flcida
Sntomas hasta 36 horas despus: dificultad deglutir y hablar, debilidad progresiva,
parlisis, nuseas, dificultad respiratoria
Diagnstico: presencia toxina en sangre, cultivo alimentos sospechosos
Tratamiento: asistencia respiratoria, antitoxina
Botulismo infantil



Ttanos

Esporas Clostridium tetani
Heridas penetrantes con suciedad, tej. Hipoxico.
No contagiosa
Tetanolisina y tetanospasmina: neurotoxina penetra fibras nerviosas motoras
perifricas hasta SNC inhibiendo neurotransmisores no inhibicin neuronas motoras
parlisis, espasmos musculares
Sntomas 8d: rigidez, fiebre, dificultad para tragar, apnea
Personas no inmunizadas o inmunizadas sin dosis refuerzo (c/10 aos)
Ttanos neonatal
Tratamiento: antitoxina y Abs, relajantes, sedantes


Clera

Vibrio cholerae. Exotoxina
Epidemias y pandemias. Pases en desarrollo, condiciones sanitarias deficientes,
hacinamiento, guerra, desnutricin. Endmica Asia, Africa, Amrica Central y
Suramrica
Agua, alimentos marinos o verduras contaminados (fecal-oral). Dulce y salada
Dolor abdominal, diarrea, vmito, prdida lquidos corporales con grave deshidratacin,
calambres hipotensin, acidosis, oliguria. Muerte
Diagnstico: sntomas, cultivo de bacteria, antgeno
Tratamiento: rehidratacin con electrolitos, Abs.
Precauciones: en zonas de riesgo: bebidas con agua hervida o tratada, sin hielo.
Alimentos cocidos, frutas/verduras limpias o cocidas sin cscara, no ventas
ambulantes
Vacuna: inmunidad incompleta y de corta duracin



Bibliografa empleada para elaborar el resumen:

- Madigan, M. T, Martinco, J. M., Dunlap, P., Clark, D. 2008. Brock Biologa de los microorganismos.
12 ed. Ed.: Benjamin Cummings Publisher.
- Atlas, R., Bartha, R. Ecologa Microbiana y Microbiologa ambiental. Editorial Pearson 2004.
- Prescott L. M., Harley J.P., Klein D.A. Microbiology. 6th edition. WBC Publishers. 2004.

* El material es un resumen de los conceptos que se vern en la clase y que se encuentran en general, en los libros de microbiologa
mencionados en la bibliografa.



- Willey, J., Sherwood, L., Woolverton, C. Prescotts Microbiology 7th ed. McGraw-Hill Higher Ed.
2008.
- Tortora, G. J., Funke, B. R. Case C. L. Microbiologa, 9 ed. Editorial Mdica Panamericana. 2007.
- Black, J.C. Microbiology: Principles and Explorations. 6 ed. Wiley. 2005.
- Maier, Raina M. Environmental microbiology. Academic Press. 2009
- Hurst, Christon J. Manual of environmental microbiology. ASM Press 2007
- Spencer, J. F. T. Environmental microbiology: methods and protocols. 2004
- Jansson, Janet K. Environmental molecular microbiology. 2010
- Mohapatra, Pradipta K. Textbook of environmental microbiology. 2008
- Jjemba, Patrick K. Environmental microbiology: principles and applications. 2004
- Bitton, Gabriel. Encyclopedia of environmental microbiology. 2002
- Burlage et al. Techniques in Microbial Ecology. Oxford
- Audesirk, Audesirk, Byers. Biology Life on Earth. Prentice Hall. 2006.
- Sylvia. Principles and applications soil microbiology. Pearson.2005.

Adicionalmente se usaron algunos de los artculos que se sugieren como lecturas para los foros
(ver sicua plus e instructivo de trabajos en grupo)