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PROTEOMICA

El termino proteomica se usa para referirse al conjunto de proteinas codificadas por un


genoma, y tambien se refiere a la diciplina que se encarga del estudio del proteoma.
La proteomica es el estudio cuantitativo y cualitativo del conjunto de protenas expresadas
en una clula o tejido y sus interacciones funcionales.
El termino proteoma se deriva de proteinas expresadas por el genoma. El proteoma nos
dice lo que esta presente funcionalmente , por ejemplo que proteinas interaccionan para
formar una va transductora de seal o un conducto ionico en una membrana. El proteoma
no es una caracteristica fija de la celula, ya que representa la expresion funcional de la
informacion y varia con el tipo de celula, estado de desarrollo y las condiciones
ambientales.

El proteoma de una clula o de un organulo proporciona informacion sobre el conjnto de
protenas expresadas en esa clula u organulo bajo unas condiciones fisiologicas y en el
tiempo.
La proteomica ofrece una nueva e interesane aproximacion en la busqueda de diferencias
proteicas. El examen de proteinas especificas a partir de extractos proteicos globales sin
dinas siguiendo un enfoque proteomico, es muy util.

El proteoma es mucho mayor que el genoma debido a que casi todos los productos
geneticos son proteinas que se pueden modificar de multiples formas. Adems, estas
proteinas no existen aisladas a menudo interaccionan entre ellas para formar complejos
con propiedades funcionales especificas. El proteoma no es estatico. El conocimiento de
proteoma se obtiene investigando, caracterizando y catalogando las proteinas.

La proteomica se clasifica en tres tipos:
Proteomica de expresion: permite la separacion e identificacion de las proteinas
expresadas por una celula, tejido u organismo. Se puede comparar el patron de
expresion de una muestra de un tejido sano y el patron de una uestra de tejido
enfermo.
Proteomica estructural: se ocupa de describir la estructura de proteinas o
complejos proteicos presentes en una localizacion celular u organulo. De esta
forma se pueden identificar todas las proteinas de un compartimiento dado.
Proteomica funcional: pretende caracterizar las funciones de las proteinas
integrando todos los daos disponibles.

El proteoma de un organismo es el conjunto de todas las protenas que puede
sintetizar ese organismo. El trmino proteoma es un trmino ambiguo, un proteoma
incluye a todas las proteinas codificadas por el genomade un organismo, se refiere a
las proteinas presentes en una clula en un momento determinado. La proteomica es
el anlisis de todas las protenas presentes en un organismo. El fin ltimo de la
proteomica es entender la estructura, la funcin y la regulacin de stas protenas.

APLICACIONES
La investigacion del proteoma y su comparacion con estados saludables permite la
identificacion de cambios moleculares que pueden ser responsables de esos procesos. El
analisis proteomico podria conducir a mejorar el conocimiento de las interacciones y de
las funciones de las distintas proteinas.

La combinacion de la informacion generada por la genomica y la proteomica, puede
permitir el avance en la industria farmacolgica proporcionando dianas terapeuticas mas
especificas, minimizando los efectos secundarios.

El proteoma presenta la ventaja inicial de estar ms prximo al fenotipo observado y
tratable en la clnica, pues la inmensa cantidad de dianas conocidas son protenas. Sin
embargo, debido a la enorme complejidad del proteoma y a las dificultades tcnicas
inherentes a la manipulacin de protenas, estas tcnicas adolecen de cierta falta de
reproductibilidad y estandarizacin y sus aplicaciones no estn desarrolladas.
Una de las principales limitaciones es la falta de sensibilidad para detectar las especies
proteicas menos representadas que constituyen el 90% del total.

Los protocolos ms habituales constan de una primera etapa de separacin de protenas
que es seguida de la fase de identificacin mediante espectrometra de masas.
Tambin se han adaptado algunas tcnicas y mtodos de genmica para desarrollar
microarrays de protenas. Los arrays de protenas analticos consisten en una matriz de
anticuerpos, sobre los que se aade el lisado celular que se va a analizar, se utilizan para
medir la presencia y la concentracin de protenas en mezclas complejas, para determinar
perfiles de anticuerpos en plasma o suero, por lo que tiene aplicaciones diagnosticas, y
para la bsqueda de nuevos biomarcadores.
Los microarrays funcionales estn compuestos de protenas completas o dominios
estructurales proteicos. Sus aplicaciones son la medicin de actividad bioqumica a gran
escala (en una familia de protenas concretas o en un proteoma completo), as como la
bsqueda de frmacos y dinas teraputicas, ya que permiten analizar interacciones
preoteina-proteina, protena-ligando y protena-ADN.
La Unidad de Protemica hace investigacin sobre el comportamiento fsico-qumico de
macro-iones en fase gaseosa, con especial inters en las caractersticas de
fragmentacin de pptidos a travs de las tcnicas de fragmentacin por CID (Collision
Induced Dissociation) y ETD (Electron Transfer Dissociation). Estas tcnicas de
fragmentacin permiten estudiar con profundidad la estructura de protenas que incluye,
secuenciacin, identificacin, caracterizacin de las modificaciones postraduccionales en
residuos especficos, cuantificacin de la expresin diferencial, labilidad y prdidas
neutrales, adems de la deteccin de caractersticas de fragmentacin nicas en fase
gaseosa de ciertos residuos o dominios que permiten el desarrollo de programas
computacionales ms inteligentes.

Hace la bsqueda racional de pptidos con actividad antibacteriana, antiparasitaria,
antitumoral y antiviral. Para eso, se hacen extracciones "in situ" de especmenes nativos,
sin necesidad de sacrificar los animales que son inmediatamente devueltos a su hbitat
natural sin hacerles dao alguno. Los extractos totales son separados por cromatografa
lquida y se realiza una huella digital de masas moleculares, lo que nos permite hacer un
mapeo de la diversidad estructural de los recursos naturales presentes en la piel de los
anfibios mexicanos. A partir del aislamiento de todos los componentes peptdicos se
realiza su secuenciacin, determinacin de caractersticas estructurales y finalmente los
ensayos biolgicos.

La cantidad y el tipo de proteinas presentes en una clula estn sometidas a cambiar en
respuesta al entorno del organismo o a otros factores, como sus ciclos de desarrollo.
Los humanos tenemos cerca de 40 mil genes en cada clula de nuestro organismo, lo
cual implica que podemos fabricar en nuestro organismo al menos 40 mil protenas (ya
que el procesamiento diferencial de ciertos RNA pre-mensajeros de algunos seres
humanos permitir sintetizar ms protenas). En cambio las bacterias que tienen entre 3 y
5 mil genes en su genoma no tienen intrones y por ello son capaces de sintetizar entre
3000 y 5000 protenas diferentes.
Ligando el genoma y el proteoma mediante la espectomettria de masas se intenta
establecer las relaciones genoma-proteoma en la Levadura mediante un procedimiento
autorizado que combina la electroforesis en dos dimensiones y la espectometria de
masas. A partir de ste se logra conocere la identidad de 150 miembros del proteoma, as
como describir algunos cambios en su expresion y modifiacion postraduccional.

Un objetivo de los estudios genmicos consiste en determinar que genes expresados
producen los productos proteicos y despues determinar la funcion de dichas proteinas. El
estudio de la estructura, la funcion y la regulacion de las proteinas de un organismo
utilizado todo el genoma recibe el nombre de proteoma.

El principal enfoque de la proteomica se desarrollo con la llegada de la eletroforesis
bidimensional en gel de poliacrilamida. Esta tecnica puede separar, identificar y medir
todas las proteinas presentes en una muestra cellular. Las proteinas se separan por
diferencias en sus puntos isoelectricos, el pH al que la carga neta de cada protena es
cero. El la segunda dimension, las proteinas son desnaturalizadas de modo que cada
aminoacido adquiere una carga fija. A continuacion las proteinas se separan por tamao.

Un metdo para conectar una proteina desconocida con un gen concreto utilizando en
sistema de geles es eluir la proteina del gen y secuenciar un fragmento de ella desde su
extremo N-terminal.
Las proteinas eluidas se han identificado mediante la espectometria de masas tras una
digestion preliminar para obtener un grupo caracteristico de peptidos. sta informacion
sobre la secuencia puede ser suficiente para identificar completamente la proteina.

La proteoma requiere una experimentacion intensa, una vez obtenida la secuencia del
genoma de un organismo, se puede comparar con la de otros organismos para localizar e
identificar genes similares a los que ya se conocen. La secuancia mas importante es la de
aminoacidos de las proteinas codificadas. Puesto que el codigo gentico es degenerado,
las diferencias en la secuencia del DNA no comportan diferencias en la secuencia
aminioacdica.

La proteomica estructural se refiere a la determinacion a lo largo de todo el proteoma de
las estructuras tridimensionales de las proteinas. No es posible predecir directamente la
estructura 3D de las proteinas a atrir de la secuencia de aminoacidos, sin embargo se
puede modelar la estructura de una proteina desconocida si est disponivle la estructura
3D de una proteina cuya secuencia proteica conocida con ella en un 30% o ms.



Comparacin de secuencias de cido nucleicos en busca de similitudes.


El acoplamiento de la proteomica con la genmica est dando importantes pistas sobre
cmo la expresin gentica en los diferentes organismos est relacionada con los
estmulos ambientales. Esta informacin aporta grandes ventajas en la investigacin
bsica y tiene aplicaciones potenciales en medicina, agricultura y para el medio ambiente.
El conocimiento de conexin entre el genoma y el proteoma y la regulacin podra ofrecer
a los seres humanos un control sin precedentes en la lucha contra las enfermedades y la
contaminacin, as como beneficios sin precedentes para la productividad agrcola.






Bibliografa
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