Accin de la enzima: cerradura

Agua es considerado como el solvente universal para las macromolculas biolgicas y su interaccin con las cadenas laterales de diferentes aminocidos de las protenas determina su plegamiento. Slo una pequea proporcin del agua asociada a las enzimas est estrechamente unida, pero esto puede jugar un papel fundamental en la determinacin de las tasas y las especificidades de las reacciones. Agua s es un nuclefilo relativamente pobre, y las enzimas pueden emplear diversas estrategias para facilitar la reaccin hidroltica.
La opinin predominante de la biologa es un aqua-centrada en uno. Despus de todo, el agua lquida es la sustancia buscada en misiones de exploracin espacial para indicar la posible existencia de vida. A escala humana, algo as como el 60% de nuestro peso corporal es agua; podemos sobrevivir durante varias semanas sin alimentos, pero slo una cuestin de 2 o 3 das sin agua. A nivel celular, orgnulos y macromolculas son pre- sumed para funcionar en un medio acuoso predominante, aunque cabe sealar que se trata, a lo sumo, una vista bastante engaosa. En la matriz mitocondrial, para examen - ple, la concentracin de protena se estima que es del orden de 500 mg/ml, y ni siquiera en el citosol hay aglomeracin macromolecular muy sustancial, con la distancia promedio entre las protenas globulares se estima que ser del orden de su propio tamao. Esto reduce el coeficiente de difusin de las protenas por un factor se estima que del orden de 100 -doble. Por lo tanto la situacin en vivo puede estar muy lejos de los extractos celulares diluido en que a menudo se estudia el comportamiento de estas molculas y sistemas. Utilizamos los trminos polares (hidroflicos) y no-polar (hidrofbica) para caracterizar el comportamiento de mol-ecules segn sea o no son solubles en agua. El proceso de plegamiento de protenas globulares de las cadenas lineales de aminocidos que se sintetiza en el ribo- somes obedece en gran parte por la tendencia de no-las cadenas laterales de aminocidos polares, tales como los de la fenilalanina, valina y leucina, para ser enterrado en el -polar interior de una estructura globular lejos del agua solvente. (Ha sealado que el trmino hidrofbico es mis-liderando desde estas cadenas laterales no 'odian el agua', sino ms bien 'agua los odia' por causar ordenando de la wa-ter estructura.) La formacin de un establo no-base polar en una protena dicta que el tamao mnimo de una unidad de plegado globular es sobre los aminocidos dispuestos.

Agua asociado a protenas

Para entender la estructura y funcin de una protena, tenemos que considerar en el contexto de su solvente.

Una revisin detallada de gran parte de la pionera thermo-estudios espectroscpicos, dinmicos y estructurales en la interaccin de las protenas con el agua se ha dado por Rupley y Careri . De estos estudios, se desprende que en una solucin acuosa de una protena, aparte del agua a granel, existen dos tipos principales de agua asociadas a protenas. El agua libremente encuadernado, que corresponde normalmente a unos 0,4 g/g de protena (o aproximadamente 2,5 molculas de agua por el residuo de aminocido), esencialmente constituira una monocapa de molculas de agua sobre el at- zyme superficie con cada agua ocupando un rea de unos 20 (1 = 0.1 nm). La movilidad de esta agua (como meas- medido por el tiempo de correlacin de rotacin) es de aproximadamente 100-pliegue inferior a la del agua a granel. Agua atado fuertemente a las protenas es del orden del 1% de la cantidad de agua encuadernada libremente; la movilidad de esta agua es aproximadamente 10 -pliegue inferior del agua a granel. Por ejemplo, cada mol- ecule de la lisozima enzima (14,4 kDa) tiene cerca de 300 molculas de agua libremente encuadernado y cuatro molculas de agua ntimamente unido asociada a lo Un valor de 2,5 molculas de agua por el residuo de aminocido es mucho mayor que las derivadas de estudios cristalogrficos de muchas protenas . De hecho, una buena regla general es que, en 2.0 de resolucin, hay wa ordenado en una- ter molcula por residuo de aminocido. Sin embargo, este valor variar con la resolucin eficaz de los datos estructurales; ms ordenaron la estructura de la protena, se observan las aguas ms asociadas. Se debe considerar que un cristal de protena tpica con disolvente 50% tendr un 25% de su solvente-superficie accesible enterrada en contactos de cristal, desestimando as
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el nmero de asociados a las aguas. Por lo tanto las estructuras cristalinas no representan exactamente el patrn completa hidratacin de las protenas en solucin.

Las estructuras cristalinas de la protena , sin embargo, muestran los principales tipos de interacciones protein
solvent. Por ejemplo, es posible identificar las molculas de agua fuertemente asociados que son internamente enterradas y suelen encontrarse en loca- nes donde pueden formar tres o cuatro enlaces de hidrgeno. En una protena tpica, como la reductasa aldoketo AKR7A1 (1GVE cdigo PDB), nueve de las molculas de agua estn enterradas en la protena con un siete ms enterrado con el atascamiento de cofactor NADP (Figura 1). La cscara externa solvatacin puede ser extensa y no es exclusivamente como- asociado con residuos hidroflicos como se ve desde figura 1. Un ejemplo de una cscara de solvatacin ordenado extensa con un papel funcional es la glucosa dimrico dehydroge - nase de la extrema halophile Haloferax mediterranei, donde hay casi dos molculas de agua ordenadas por residuo de aminocido . La superficie de la protena tiene una alta carga negativa neta, con ms residuos de aminocidos superficie ordenado e interactuando fuertemente con un solva multicapa- tion shell. Se presume la red solvente para formar una barrera protectora contra la deshidratacin entorno en el cual la protena tiene que funcin.
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Molculas de agua en sitios activos

En ausencia de ligando, activo-cavidades de sitio en las protenas aparecen generalmente a ser 'lleno' de las molculas de agua; sin embargo, muchas de estas aguas son suficientemente alta movilidad como no debe ser identificable por X-crystal ray-lography. Esto es especialmente cierto si la cavidad est hy- drophobic en el personaje. De simulaciones de Dinmica Molecular, se desprende que la densidad del agua en las cavidades es 20% menor que la del agua a granel. Estudios de las aguas en el sustrato-cavidades vinculante de los citocromos P450 y acetilcolinesterasa indican que su alta movilidad facilita el movimiento de sustratos y productos dentro y fuera de los sitios activos3,4. Las molculas de agua fuertemente consolidados estn asociadas con los sitios activos de muchas enzimas y tampoco estn enterradas en el atascamiento del substrato, contribuyendo a estabilizar las interacciones o tienen un papel funcional en actuar como un puente entre el donante de hidrgeno y aceptador de grupos como en el caso de la timidilato sintasa5. Otras aguas en su lugar debe ser desplazadas por el sustrato y de tal modo tener un efecto negativo sobre la afinidad.

Actividad enzimtica en agua bajo condiciones

Aunque un medio acuoso es a menudo considerado como esencial para las enzimas adoptar sus ' na -cinco estructuras y por lo tanto, funcin cataltica, all es ahora una gran cantidad de evidencia para demostrar que esto no es el caso. Por ejemplo, las estructuras cristalinas de enzimas tan diversas como la quimotripsina y subtilisin Triosa fosfato isomerasa son 6 esencialmente sin cambios desde el estado normal (acuoso) cuando se coloca en un - hidratados solventes orgnicos . Adems, muchas enzimas han demostrado mantener actividad incluso en el pres- ence de cantidades muy pequeas de agua . Muchos de los mejores- investigada los ejemplos son enzimas hidrolticas como lipasas y peptidasas. En la ausencia de agua, stos pueden catalizar reacciones tales como transes- terification o aminolisis, que implican alcoholes o aminas actuando como nuclefilos alternativos al agua respectivamente. Incluso despus de los procedimientos de secado exhaustivos, se ha encontrado la lipasa de Rhizomucor miehei retener alrededor del 30% de su actividad cataltica ptima. En estas condiciones, el agua residual ascendi a slo dos molculas por la molcula de la enzima, es decir, ha sido la monocapa libremente encuadernada de agua all es ahora una gran cantidad de evidencia para demostrar que esto no es el caso. Por ejemplo, las estructuras cristalinas de enzimas tan diversas como la quimotripsina y subtilisin Triosa fosfato isomerasa son esencialmente sin cambios desde el estado normal (acuoso) cuando se coloca en un - hidratados solventes orgnicos . Adems, muchas enzimas han demostrado mantener actividad incluso en el pres- ence de cantidades muy pequeas de agua . Muchos de los mejores- investigada los ejemplos son enzimas hidrolticas como lipasas y peptidasas. En la ausencia de agua, stos pueden catalizar reacciones tales como transes- terification o aminolisis, que implican alcoholes o aminas actuando como nuclefilos alternativos al agua respectivamente. Incluso despus de los procedimientos de secado exhaustivos, se ha encontrado la lipasa de Rhizomucor miehei retener alrededor del 30% de su actividad cataltica ptima. En estas condiciones, el agua residual ascendi a slo dos molculas por la molcula de la enzima, es decir, ha sido la monocapa libremente encuadernada de agua quitar completamente. Para muchas enzimas, la
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actividad cataltica aumenta notablemente a medida que se aade agua al disolvente orgnico y en un caso por lo menos (el subtilisin proteasa), este aumento parece reflejar el aumento de la proporcin de protones mviles en la enzima segn 7 lo indicado por las mediciones NMR . Suponiendo que este resultado se puede generalizar, sugiere que, en solventes orgnicos, las enzimas son mucho ms rgidas que en el agua. La explicacin para esto es que los solventes orgnicos carecen de la capacidad de agua para participar en mltiples enlaces de hidrgeno entre las cadenas laterales de la enzima. En los bajos -di- elctrico-medio constante del solvente orgnico, las interacciones electrostticas entre las cadenas laterales ser mucho ms fuertes que en el agua. En este sentido, el agua puede considerarse como un agente lubricante molecular de la enzima, promover la flexibilidad necesaria para los eventos del ciclo cataltico. La restriccin de dicha flexibilidad explicara por qu las enzimas generalmente muestran una actividad baja en solventes orgnicos. a niveles bajos de agua, ser menos favorables termodinmicamente reacciones hidrolticas y los exquisitos grados de especificidad demostrada por las enzimas, es-pecialmente enantiomrica especificidad y regiospecificity, puede formar la base de su utilizacin en las reacciones sintticas, en lugar de hidroltica . Entre tal applica- nes son el uso de las lipasas y esterasas para catalizar la formacin de enlaces amida usando nuclefilos amina en solventes orgnicos. Sin embargo, cabe sealar que la especificidad de la enzima puede modificarse en la ausencia de agua y puede ser controlada variando 6 el disolvente usado .
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Agua y ligando

La especificidad y afinidad de la protena a un ligando est mediada por el activo preciso -geometra sitio y el nmero y fuerza de van der Waals contactos y enlaces de hidrgeno, interacciones electrostticas. Orden a las aguas dentro de la cavidad del sitio activo a menudo desempean un papel importante en la realizacin de redes de hidrgeno y pueden co-ordenadas con el ligando como, por ejemplo, en ABP (l -arabinosa-protena de unin) (Figura 2). Por lo tanto pueden considerarse parte integrante del sitio activo rellenar posibles huecos y contrib - uting directamente a la afinidad de unin de un ligando determinado. Activa-residuos del sitio y las molculas de agua, sin embargo, no rgidas y por lo tanto, en algunos casos, pueden accomm- odate diferentes ligandos. En el caso de ABP que une l-arabinosa con Kd de 9.8 10
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M, el pro- tein aceptar una substitucin de -CH2 OH para el hidrgeno Ecuatorial a C cuando vinculante d-galactosa (con afinidad de Unin comparable), expulsando a una molcula de agua (Figura 2). La sustitucin equivalente de un grupo metilo (d-fucosa), aunque menos disruptiva a la estructura, conduce a una cada en la afinidad de 40-doble ( Kd= 3,8 10 M). Esta diferencia en la afinidad ha sido racionalizada en trminos estructurales por propos - ing que la introduccin de un resultado de grupo metilo en impedimento estrico entre el ligando y las molculas de agua ordenado dos dentro del sitio activo (Figura 2B), mientras que la molcula de alcohol en galactosa es tolerada debido a un cambio 9 de una de las molculas de agua para hacer contactos favorables con la protena .
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El agua como un reactivo

As como proporcionar un medio que la enzima se mantiene estructura y actividad, debe tambin recordarse que el agua es un reactivo en muchos reac-nes. Casi el 35% de todas las enzimas identificadas en la clasificacin de la Comisin de la enzima (es decir el hy- drolases de clase 3 y algunas de las liasas en clase 4, tales como dehydroquinate dehydratase) implican agua como substrato o producto. El tomo de oxgeno del agua lleva un nega parcial-agua y por lo tanto tive cargo podran actuar como un nuclefilo en reacciones de hidrlisis. Sin embargo, la baja acidez del agua (p Kun= 15,7) significa que, a pH fisiolgico, wa- ter es mucho menos capaz que, por ejemplo, las cadenas laterales de serina (pKun= 13) y de la tirosina (pKun= 10.1) ionizan y por lo tanto convertirse en un poderoso nuclefilo. Uno de los requisitos de hidrolasas es por lo tanto aumentar la reactividad de agua para llevar a cabo la catlisis 10 (que cataliza la adicin de agua a CO2 bicarbonato forma bajo physi. condiciones de toxicologa), el ion Zn(II) es co-coordinado por tres cadenas laterales de histidina

Aumento de la reactividad del agua

Hay varias maneras en las que la reactividad del agua puede ser mejorado. Estos incluyen estando limitado a un cido de Lewis como Zn(II). De la anhidrasa carbnica

de la protena y una molcula de agua. El pKuna de esta agua encuadernada se reduce a cerca de 7, de modo que, a pH fisiolgico, es substancialmente actualmente como un encuadernado hydroxIDE ion. Esto facilita el ataque del tomo de oxgeno sobre el carbono electroflico tomo del CO 2 sustrato. Las distintas clases de proteasas ilustran diferentes medios de activacin del agua

molcula. En metaloproteasas y aspartil proteasas, una cadena lateral del vecino nucleoflico del aminocido activa el agua. Por ejemplo, en Carboxipeptidasa, se propone que el carboxilato lado cadena de 270 Glu abstrae un protn de la molcula de agua, facilitando ataque del tomo de oxgeno sobre el carbono electroflico tomo del enlace amida sometidos a escote. El papel de la esencial Zn(II) ion es polarizar el carbonilo Grupo, facilitando el ataque nucleoflico por oxgeno y estabilizar la carga negativa en vas de desarrollo. En aspartil proteasas, como la pepsina, la cataaparato ltica es proporcionada por una dada del lado de aspartato cadenas. As, en el caso de pepsina, la cadena lateral de 32 215 ASP (que forma un dyad con Asp ) participa en activacin de la molcula de agua para el ataque nucleoflico en el enlace amida del sustrato. En ambos serina y las proteasas tiol, el primer paso es el ataque de la cata195 residuos ltico (por ejemplo Ser en 25 quimotripsina o Cys en el caso de la papana) sobre el grupo carbonilo de la amida bonos del sustrato para formar un covalente acil-enzima intermedio. La hidrlisis de la enzima acil en el segunda etapa de la reaccin se produce despus

que menos-bueno-define tambin pueden reproducir las molculas de agua importantes funciones estructurales y funcionales. Es razncapaz de esperar que una combinacin de alta-resolucin estudios estructurales y espectroscpicos y sofisticado simulaciones moleculares dar informacin ms detallada la importancia biolgica de este sencillo, sin embargo, la mayora
molcula interesante.

de la primera prodUCT (una amina) ha difundido lejos y han sido reemplazados por el agua (Figura 3). El ataque del agua contra el acil 102 57 enzima es catalizada por la Asp His componente del sistema de rel de carga en las proteasas de serina y por 159 25 Su (que forma un par inico con Cys ) en papana.

Conclusiones
En este artculo, hemos intentado resumir lo que es sabe sobre las interacciones entre el agua y enzimas. Hemos visto esa llave las molculas de agua 'encerrado' en el sitio activo puede modular interacciones con los substratos y contribuyen a la catlisis, pero