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Estructura del genoma humano Estructura del genoma humano


Definiremos genes y genomas. Definiremos genes y genomas.
Analizaremos los tipos de Analizaremos los tipos de
secuencias presentes en el secuencias presentes en el
genoma humano genoma humano
Analizaremos su distribucin y Analizaremos su distribucin y
funcin funcin
Describiremos algunas Describiremos algunas
aplicaciones del conocimiento aplicaciones del conocimiento
derivado de la estructura derivado de la estructura
genmica genmica
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El genoma El genoma
El genoma esel contenido total de ADN de la clula
Incluye no slo la porcin codificante (genes) sino
tambin lasregionesintergnicasy losADN repetidos
Los eucariotas tienen 2 o 3 genomas:
Genoma nuclear
Genoma mitocondrial
Genoma plastido
Generalmente genoma
se utiliza para referirse al
genoma nuclear.
La genmica se dedica al estudio de losgenomas
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El tamao del genoma El tamao del genoma
Valor C=Cantidad de ADN por genoma haploide
PARADOJ A DEL VALOR C : No existe correlacin entre la cantidad de ADN
de un organismo y su complejidad
Distintos organismos tienen genomas de distinto tamao
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El genoma de cada especie se organiza en cromosomas El genoma de cada especie se organiza en cromosomas
con forma, tamao y cantidad con forma, tamao y cantidad carctersticos carctersticos
La cantidad, morfologa y
tamao de los cromosomas de
cada especie es caracterstico
Es independiente del tamao
del genoma
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ORGANI SMO Tamao del
genoma
(mil lones de
pares de base)
Genes genes de
f uncin
desconoci da
Fecha de
f i nalizacin
Escherichi a coli 4.6 4289 720
(16%)
1996
Neisseri a
meni ngi ti dis
2.3 2025 2000
Vi brio chol er ae 4.0 3885 1163
(29%)
2000
Saccharomyces
cerevisiae
13.5 6241 1997
Caenorhaditis
elegans
97 18891 1998
Drosophi l a
melanogaster
137 13601 7600
(55%)
2000
Homo sapi ens 3300 35000 ??? 2000
Tamao de los genomas y nmero de genes Tamao de los genomas y nmero de genes
No existe correlacin entre el tamao del genoma y la cantidad de genes
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grupos
funcionales
de genes
Genmica Genmica comparada comparada: la : la evolucin evolucinde la de la funcin funcin
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El camino por delante El camino por delante
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Estructura de un gen Estructura de un gen
DEFINICION MOLECULAR
Un gen esuna secuencia
de nucletidosque
contiene la informacin
necesaria para la sntesis
de un polipptido o un
ARN funcional.
Se incluyen en esta
definicin operacional, la
secuencia codificante del
gen y lassecuenciasseaI
adyacentesque indican el
comienzo y fin de la
unidad transcripcional.
En procariotas y
eucariotas la estructura de
losgenes es levemente
diferente.
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Las unidades Las unidades transcripcionales transcripcionales procariotas y eucariotas procariotas y eucariotas
tienen organizaciones diferentes tienen organizaciones diferentes
En losprocariotas genes
funcionalmente vinculados
estn fisicamente asociados
en operones.
Un opern es
una unidad reguladora
formada por genes
estructuralesadyacentes
que se transcriben como
un ARNmpolicistrnico,
que luego esprocesado
para dar lugar a
productosproteicos
diferentes.
En los eucariotas losARNmson
monocistrnicos, pero estn
interrumpidospor secuencias
no codificantes, denominadas
intrones.
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En En los los genomas genomas eucariotas se eucariotas se encuentran encuentran unidades unidades
transcripcionales transcripcionales simples o simples o complejas complejas
En los genomas eucariotas
pueden existir unidades
transcripcionales simples o
complejas.
La complejidad est dada por
el procesamiento diferencial
de intrones
Es posible obtener varios
polipptidos diferentes a partir
de un mismo gen.
Si bien existen 35000 genes en
el genoma humano se
pueden generar muchas ms
protenas diferentes
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Distintos organismos tienen diferente estructura Distintos organismos tienen diferente estructura genmica genmica
Los genomas procariotas son
muy pequeos y compactos
casi sin espacio entre los
genes
El genoma de las levaduras
contiene 6000 genes y es
compacto
Los genomas de algunas
plantas son muy grandes pero
dominados por secuencias de
ADN repetidas no funcionales
El genoma humano contiene
aproximadamente 35 000
genespero las regiones
codificantesde estos genes
ocupan solo un 3% del
genoma. Existen muchas
secuencias repetidas
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En eucariotas En eucariotas superiores superiores abunda abunda el ADN no el ADN no funcional funcional
El contenido de ADN celular no se correlaciona con la filogenia
La cantidad de genes tampoco guarda relacin.
En eucariotas superiores existe abundante ADN no codificante
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La cintica de reasociacin del ADN permite analizar la complejidad de un
genoma
Rotura del ADN a fragmentosde 300 pb
Desnaturalizacin por temperatura
Incubacin a distintostiempospara permitir la reasociacin
Medida del ADN no reasociado
Complejidad del genoma Complejidad del genoma
proceso lento limitante
Reaccin de 2 orden
K2
encontrar secuencias
complementarias
proceso rpid zippering
formacin de cadenas
largas de doble
cadena
k
2
>>>>>>>>>k
2
1 10,000
Secuenciasrepetidasreasocian rapidamente
Secuenciasnicasreasocian lentamente
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C
o
t
1/2
=1 / k
2
k
2
=constante de segundo orden
C
o
=concentracin de ADN
t
1/2
=tiempo medio de reaccin
C
o
t
1/ 2
50
100
0
%

D
N
A

r
e
a
s
o
c
i
a
d
o
I I I I I I I I I
log C
o
t
rpido(repetidos)
intermedio
(repetido)
lento (copia nica)
Fraccionesobtenidas:
reasociacin rpida
reasociacin intermedia
reasociacin lenta
C
o
t
1/ 2
C
o
t
1/ 2
Cintica de reasociacin del ADN Cintica de reasociacin del ADN genmico genmico humano humano
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Reasociacinlenta
C
o
x t1/2
Tres fracciones principales en el genoma eucariota Tres fracciones principales en el genoma eucariota
ADN altamente repetido
ADN de secuencia simple
ADN satlite
(10-15%)
ADN moderadamente repetido
repetidos intermedios (15-40%)
ADN copia nica (50-75%)
Contiene la mayora de los
genes codificantes para
protenas
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Tipos Tipos de ADN de ADN Repetido Repetido
Unico que
contiene genes
Usadosen identificacin
Repetidosdispersos
Repetidosen tandem
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ADN ADN Satlite Satlite
Largos trechosde ADN altamente repetido
Consiste en secuencias cortasrepetidasmuchasveces, localizado en la regin
del centrmero de los cromosomas.
Demonstrable por hibridizacin sobre cromosomas(FISH).
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ADN ADN telomrico telomrico
ADN Telomerico consiste en 100-1500 copiasde tandem repeats cortos
GGGATTGGGATT
Mantenido por un tipo especial de polimerasa, la telomerasa.
La actividad
telomerasa es
necesaria para
prevenir el
acortamiento de
los cromosomas
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Minisatelites Minisatelites y y Microsatelites Microsatelites: Fingerprinting : Fingerprinting
Ambasson tilespara identificar individuospor DNA
fingerprinting, puesto que la longitud de la regin repetida es
muy variable entre individuos.
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VNTRs VNTRs e identificacin e identificacin
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Marcadores Marcadores moleculares moleculares: : mapeo mapeo de genes de de genes de
enfermedades enfermedades
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Los Los repetidos repetidos dispersos dispersos son son elementos elementos transponibles transponibles
Son elementostransponibles
(mviles) en el genoma
Las secuencias son copiadas
y se insertan en nuevossitios
del genoma por el proceso
de transposicin
Existen dos tiposbsicos:
Transposones
(ADN como
intermediario)
Retrotransposones
(intermediario de ARN)
Algunos contienen las
enzimas que median su
propia transposicin
(autnomos)
Otros dependen de las
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Distintos Distintos tipos tipos de de repetidos repetidos dispersos dispersos en el en el genoma genoma
24
Panorama General del Panorama General del Genoma Genoma Humano Humano
25
Panorama General del Panorama General del Genoma Genoma Humano Humano
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Genes localizados por cromosoma
El genoma humano en El genoma humano en
nmeros nmeros
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Nmeros del genoma Nmeros del genoma
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Regin del HLA de tipo III en el cromosoma 6p21.3
Gen de la distrofina en el cromosoma Xp21
La densidad de genes no es homognea La densidad de genes no es homognea
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6p21.3
Xp21
oscuras
Comparativamente ricas en AT
Insensibles a la DNAsa
Condensacin temprana en el ciclo celular
Replicacin tarda
Baja densidad gnica
Ricas en secuencias repetidas
claras
Claras BANDA G
Comparativamente ricas en GC
Sensibles a la DNAsa
Condensacin tarda en el ciclo celular
Replicacin temprana
Alta densidad gnica
Pobres en secuencias repetidas
Oscuras BANDA R
La densidad gnica se correlaciona con el La densidad gnica se correlaciona con el
bandeo cromosmico bandeo cromosmico
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Los genes humanos varan enormemente en tamao y Los genes humanos varan enormemente en tamao y
cantidad de cantidad de exones exones
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1. Genes codificantes para productos idnticos
repetidos en cluster (agrupados) o dispersos
HISTONAS
11 clusters contienen los 60
genes de histonas
2 clusters mayores en el
cromosoma 6 y clusters
menores incluyendo solo
uno o dos subtipos.
Familias gnicas Familias gnicas
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rRNA
1 nica unidad transcripcional repetida unas 50 veces en 5 clusters
ubicados en los cromosomas 13, 14, 15, 21 y 22
El rRNA 5S codificado por varios cientos de genes en 3 clusters en el
cromosoma 1
5S
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Genes Genes codificantes codificantes para para
productos con alta productos con alta
homologa agrupados en homologa agrupados en
clusters clusters
Distintos genes del grupo se
expresan en diferentes
momentos del desarrollo o
en distintos tejidos
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En los clusters gnicos son frecuentes los pseudogenes
Copias defectuosas no funcionales de genes
Pseudogenes no procesados (copias genmicas con intrones)
Pseudogenes procesados (copias de regiones exnicas
generadas por transcripcin reversa)
Fragmentos de genes truncados
Pseudogenes Pseudogenes y fragmentos de genes y fragmentos de genes
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Ubicacin tipo de secuencias en las fracciones de Ubicacin tipo de secuencias en las fracciones de
reasociacin del ADN humano reasociacin del ADN humano
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El gen en el genoma El gen en el genoma
37 38
Dos Cromosomas Dos Cromosomas e eX Xtraord traordY Ynarios narios!! !!
Tenes razn
hablemos de
sexo!!!
Tenes Tenes razn razn
hablemos de hablemos de
sexo!!! sexo!!!
Esto est
muy
aburrido!!!
Esto est Esto est
muy muy
aburrido!!! aburrido!!!
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La casa de los espejos y los archivos X La casa de los espejos y los archivos X
Skaletsky Skaletsky et al . et al . Nature Nature(2003) v423 p825 (2003) v423 p825
Ross Ross et al. et al. Nature Nature(2005)434:325 (2005)434:325
La secuencia que une lossexos
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El El cromosoma cromosoma Y: Y: mucha mucha basura basura y y una una regin regin macho macho--especfica especfica
Skaletsky et al. Nature(2003)v423 p825 Skaletsky Skaletsky et al. et al. Nature Nature(2003)v423 p825 (2003)v423 p825
15% 15% 15%
20 % 20 % 20 %
65% 65% 65%
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Niveles de expresin, deleciones y patologa Niveles de expresin, deleciones y patologa
156 transcriptos 156 transcriptos
78 78 codificantes codificantes para protenas para protenas
27 protenas diferentes 27 protenas diferentes
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Origen Origen evolutivo evolutivo de de los los genes en la genes en la regin regin macho macho--especfica especfica del Y del Y
Marshal Marshal--Graves TIG(02) v18p259 Graves TIG(02) v18p259
Evolucinindependiente de genes especficos
de sexo, vinculadoscon fertilidad.
Existe recombinacinintracromosmica en los
repetidos, dando lugara conversingnica
Dadaslasfrecuencias, se calcula que cada
varnha convertido 600 pb
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Caractersticas del cromosoma X Caractersticas del cromosoma X
1098 1098 1098
Pobreen genes(1098)
Baja densidad gnica
99 genes (10%) expresadosen
testculoy asociadosa tumores
Rico en repetidos
(56% vs45% promedio)
29% LINE1 disperso, asociadoa
Silenciamiento
10% de lasenfermedadesmendelianas
asigadas(OMIM)
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El El origen origende de los loscromosomas cromosomassexuales sexuales
Comparacin de cromosomas humanos con los del pollo
Origen de los cromosomas sexuales hace 300 millones de aos,
a partirde autosomas.
Xphomlogo a 1 pollo
Xqhomologo a 4 pollo
Zy W pollo homlogos a 9 humano.
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Propiedades por cromosoma Propiedades por cromosoma
Vallender Vallender et al. et al. Nature Nature Genetics Genetics (2005)37:343 (2005)37:343
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ORGANIZACION
GENERAL DEL
GENOMA HUMANO
GENOMA
MITOCONDRIAL
GENOMA
NUCLEAR
2 genes rRNA 22 genes tRNA 13 genes proteinas
Genoma Genoma
mitocondrial mitocondrial
Genoma compacto
16.6 Kb
97 % codificante
Transcripcin polic istrinica
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Organizacin general del genoma humano Organizacin general del genoma humano


GENOMA NUCLEAR

GENOMA MITOCONDRIAL
3300 Mb
Tamao

16.6 Kb
23 (XX) 24 (XY) linea les
Cantidad de molculas de
ADN distintas
1 c ircular
23 (n), 46 (2n)
Cantidad de molculas de
ADN / clula
Varios miles
cromatina
Organizacion estructural
(prot. Asociadas)
libre

35000
Cantidad de genes

37
1/ 40 Kb
Densidad de genes

1/ 0.45 Kb
3% Porcentaje codificante
93 %

en la mayoria de los genes
Intrones

Ausentes
mayoritario ADN repetido
C asi ausente

Universal
Uso de cdigo gentico

Mitoc ondrial
Bidirecc ional,
origenes multiples
Duplicacin
Unidirecc ional,
origen nic o para c / hebra
Monoc istrnic a
Transcripcin

Polic istrnic a
A l menos 1 vez para cada par de
cromosomas
Recombinacin No detectada
Mendeliana para autosomas y X,
Paterna para Y
Herencia Materna

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El camino por delante El camino por delante