Cibertorio

Anlisis del polimorfismo Bases de datos y secuencias

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Guin de la prctica

Introduccin a las bases de datos de secuencia genmica y anlisis de secuencias relacionadas con el polimorfismo de globina beta S
(Prctica en laboratorio virtual Cibertorio)
Fundamento:
La anemia drepanoctica (anemia de clulas falciformes) se origina por la mutacin de un solo nucletido en el gen de globina beta humana. Esto genera en la poblacin un polimorfismo, definido por la presencia del alelo normal o el mutado, en cada uno de los dos cromosomas 11 homlogos. Pretendemos estudiar el posible diagnstico gentico de esta enfermedad a travs de un polimorfismo !LP, es decir, mediante restriccin " electroforesis. #omo material de partida disponemos de muestras de $%& (virtuales) correspondientes a una parte de ese gen, para las dos variantes (normal, && o '', " drepanoctica, ((). Por lo tanto, vamos a estudiar un locus )ue corresponde a una parte del gen de globina beta " )ue contiene el punto polimrfico.
Ms informacin (no necesaria para la prctica): #oncretamente, las muestras comprenden el e*n 1, el intrn &, el e*n + " parte del intrn ,. ecuerda )ue el polimorfismo se sit-a en el e*n 1. Aclaracin de la nomenclatura: & la hemoglobina normal del adulto, + + , se la llama habitualmente hemoglobina A. de ah el nombre & para el alelo normal de la globina beta a)u estudiado. /ambin se representa como ', de wild type (tipo salva0e o silvestre). La hemoglobina de las clulas falciformes (sickle cells), + (+ , se denomina hemoglobina S.

& lo largo de la pr1ctica tendr1s )ue conservar informacin para pasarla de una ventana a otra del programa. utili2a para ello el 3,loc de %otas4 de 'indo5s. #onviene )ue a6adas tus propios comentarios para identificar la informacin )ue vas guardando. puedes imprimirlo al acabar, para llevarte toda la informacin e incluirla en tu cuaderno de pr1cticas. &"uda para copiar " pegar te*to7 utili2a el men- )ue aparece al pulsar el botn derecho del ratn o, con el teclado, pulsa #trl8# para copiar " #trl89 para pegar.

Bibliografa: :. Lu)ue " &. ;err1e2 (+<<1) Texto Ilustrado de Biologa Molecular e Ingeniera Gentica , p1gs.
=>1?=>=. Ediciones ;arcourt @ Elsevier Espa6a, Aadrid.

Cmo comenzar:
El laboratorio virtual funciona dentro de una p1gina web, por lo )ue debes comen2ar abriendo el navegador de internet (Bnternet E*plorer o !irefo*). Cna ve2 )ue se abra el programa, debes buscar la p1gina de #ibertorio7 Puede estar en los 3Favoritos4 o 3Marcadores4. si no, visita http://biomodel.uah.es/lab/cibertorio/

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Ensayo: anlisis de secuencias

Materiales virtuales:
D Las herramientas simples de la seccin 3&n1lisis de secuencia4 dentro de #ibertorio. D (ecuencias de la base de datos internacional Een,anF, incluidas dentro de la 3,ase de datos ,ob#o/A4 de #ibertorio.

rocedimiento 1) $esde el men- de #ibertorio, inicia el mdulo 3Anlisis de secuencias4 " entra en la 3Base de datos BobCo4. +) La segunda seccin de la base de datos se titula GenBank file for human beta globin m !"# . Een,anF es
una de las principales bases de datos internacionales )ue guardan las secuencias de genomas " protenas, a las )ue se accede por internet. Esta entrada est1 identificada en la base de datos con el cdigo ;(,ELG. Hbserva

cmo est1 organi2ada la informacin e intenta comprender lo )ue significa cada parte del registro. concretamente, locali2a la siguiente informacin7 a) tama6o del m %& (no de pares de bases) b) palabras clave (sirven para a"udar en la b-s)ueda de una secuencia dentro de la base de datos) c) especie de la )ue se ha obtenido la secuencia d) composicin del $%& e) e*plica cmo est1 organi2ada en columnas la secuencia de nucletidos f) secuencia de la protena Hbserva las secuencias del m %& (en realidad, e*presada en formato $%&) " de la protena. Iencuentras alg-n smbolo )ue no corresponda a un nucletido o a un amino1cidoJ (pista7 las abreviaturas de amino1cidos son7
A Ala C D E Cys Asp Glu F Phe G Gly H His I Ile K Lys L M N P Leu Met Asn P ! Q Gln R S A " Se T Th V Val W Tp Y Ty

$ebido a estas ambigKedades, traba0aremos con otra secuencia7 =) ,a0a a la tercera seccin de la base de datos, titulada $artial GenBank %uman Beta Globin Genomic &e'uence# (cdigo ;CA;,,) (se ha rotulado partial# por)ue para abreviar se ha borrado parte de la informacin, )ue no necesitamos. puedes ver la entrada completa pulsando en el enlace de aba0o). En este caso se trata de una secuencia genmica, lo )ue significa )ue es $%& " adem1s inclu"e los intrones (Irecuerdas lo )ue son los intronesJ). L) ,usca el identificador 3#$(4 en el margen i2)uierdo, )ue indica las porciones codificantes (los e*ones). &nota esas cifras. M) #opia la secuencia completa, abre el ,loc de %otas de 'indo5s " pgala. 9e copiando las bases )ue corresponden a cada e*n anotado antes " pgalas aparte (no te preocupes por los n-meros, los espacios " los saltos de lnea). #opia la secuencia del con0unto de e*ones.
Los e*tremos correctos )ue debes obtener para los e*ones son7 atgg...gcag gctg...cagg ctcc...ctaa

N) 9uelve a la ventana principal de #ibertorio, )ue contiene las herramientas de an1lisis de secuencia, " abre el mdulo 3Masajista de secuencias4 (se abrir1 en la misma ventana en )ue tenas la base de datos). Pega la secuencia (e*ones combinados) en el recuadro blanco. O) Pulsa los botones 3eliminar saltos de lnea4, 3eliminar nmeros4 " 3eliminar espacios en blanco4. Luego pulsa el botn 3mostrar tripletes4. (i lo has hecho bien, debes obtener tripletes completos. (i no, repasa las tareas anteriores (en especial, donde borraste las bases de los intrones). 9uelve a 3 eliminar espacios en blanco4. >) & este con0unto de secuencia )ue se traducir1 se le llama marco de lectura abierto (H !, open reading frame). (elecciona el te*to (Pno debe tener espacios entre los tripletesQ) " cpialo. Para estudiar cu1l ser1 la secuencia de la protena, abre el mdulo 3Traductor de protenas4 desde la p1gina de herramientas para el &n1lisis de (ecuencia de #ibertorio. Pega la secuencia )ue acabas de copiar, en el recuadro titulado 3secuencia de !A4. Pulsa los botones correspondientes para obtener primero la secuencia del m %& " luego la del polipptido. &nota las secuencias del mensa0ero " del polipptido. R) #ompara la secuencia de amino1cidos obtenida con las presentes en los archivos de Een,anF ;CA;,, " ;(,ELG, utili2ados antes. $isc-telo. Bdentifica las diferencias encontradas " ofrece una interpretacin.