Breve introducción a LAMMPS

Javier A. Wachter Ch. javier.wachter@gmail.com

Indice
Introducción Instalación y ejecución de LAMMPS Archivos de entrada Comandos importantes Archivos de salida Ejemplos

Breve introducción a LAMMPS

javier.wachter@gmail.com

a US Department of Energy lab.wachter@gmail.Introducción Creador y desarrollador principal: Steve Plimpton Staff member at Sandia National Laboratories. Algunas características de LAMMPS: Paralelismo Compatible con CUDA Corre una o varias simulaciones a partir de un script Sintaxis para definir y usar variables y fórmulas Es gratis! (licencia GPL) Breve introducción a LAMMPS javier.com .

com .wachter@gmail.Introducción Creador y desarrollador principal: Steve Plimpton Staff member at Sandia National Laboratories. Algunas características de LAMMPS: Paralelismo Compatible con CUDA Corre una o varias simulaciones a partir de un script Sintaxis para definir y usar variables y fórmulas Es gratis! (licencia GPL) Breve introducción a LAMMPS javier. a US Department of Energy lab.

Introducción Que cosas NO hace LAMMPS: Correr a través de una interfaz gráfica Construir sistemas moleculares Realizar análisis sofisticado Visualizar simulaciones y graficar datos de salida Asignar coef.wachter@gmail.com . de potenciales “automágicamente” Breve introducción a LAMMPS javier.

gov Breve introducción a LAMMPS javier.org FFTW3 Lammps http://www.sandia.org http://lammps.mpi. Fortran(gfortran) (+ XCODE en Mac OS X) Openmpi http://open.Instalando LAMMPS Requerimientos: C++.fftw.wachter@gmail.com .

Instalando LAMMPS Otros requerimientos KIM (knowledgebase of interatomic models) http://www. etc) Breve introducción a LAMMPS javier.wachter@gmail.org Python para correr Pizza http://pizza.openkim.gov Paciencia! En el manual se advierte que la instalación puede ser un proceso notrivial (editar makefile.com .sandia. librerias.

Instalando LAMMPS Instalación de Lammps Extraer contenido: !"#$%&'()%*#++.$"$#9 Breve introducción a LAMMPS javier.74%80+4%*09#*/4% +:#+4%376#4%$:#&4%.:+-< !+#8:%=)%>#8:)0*:.64%/../)./?? !+#8:%=)%>#8:)0*:./( Construir librerias requeridas por algunos modulos de Lammps *01%2%#"34%#5."#$.wachter@gmail.-.com .

#38#/:=-"#"7- Breve introducción a LAMMPS javier. Para saber que modulos se instalarán: !*#++.wachter@gmail.Instalando LAMMPS Instalación de Lammps Revisar archivos Makefile. laplack y lablas.lammps y ver referencias a librerias como lgfortran.com .-@-$3@+#8:%.

wachter@gmail.com Users . Potenciales embebidos modificados (se agregan fuerzas angulares) y CUDA? Manual dice que se puede usar GPU ó CUDA (no ambos) Breve introducción a LAMMPS javier. Coulomb.Instalando LAMMPS Stardard Potenciales de varios cuerpos LJ. etc. Buckingham.

wachter@gmail.=BB !+#8:%A:-=7-:$=&& !+#8:%A:-=#** Breve introducción a LAMMPS javier.com .Instalando LAMMPS Instalación de Lammps Agregando o eliminando paquetes: !+#8:%A:-=BB !+#8:%9.

Instalando LAMMPS Finalmente compilamos lammps usando la configuración para openmpi: !-$3@+#8:%.0 (En el directorio !-$3@>CDE@ se encuentran múltiples configuraciones “máquinas”. mac. etc) Se genera el ejecutable *+.:9+.0%H%9..%G%*+.wachter@gmail.F.F.:9+.+1$:.com . ubuntu.09 Breve introducción a LAMMPS javier...0$79%=9.:9+.0 Ejecutamos con: !+.

wachter@gmail.com .Secuencia de comandos Breve introducción a LAMMPS javier.

etc.Secuencia de comandos El script de lammps contiene cuatro etapas principales: - Unidades y condiciones de borde Crear átomos. moléculas. regiones. grupos.wachter@gmail.com . Comandos de Dinámica Molecular Generar archivos dump Breve introducción a LAMMPS javier.

wachter@gmail. real boundary: p f s. metal.unidades: lj. p p fs definiendo estructura.com . tb se usa read_data potencial interatómico lista de vecinos regiones y grupos regiones y grupos:Void velocidades iniciales Breve introducción a LAMMPS javier.

NPT. etc. Puede ser un archivo único que tiene toda la dinámica o en varios archivos incluso imágenes jpg. velocidades. NPH El comando 67+.wachter@gmail. número de pasos de simulación Breve introducción a LAMMPS javier.colectividad NVE. NVT. fuerzas. genera un archivo con posiciones.com .

wachter@gmail.com .Ejemplo1: Esfuerzo de corte Breve introducción a LAMMPS javier.

com 2! + + 2H NaOH ! Na+ + (OH)! . Na+ Sustrato: Cu Breve introducción a LAMMPS javier.wachter@gmail.Ejemplo 2: Electrodeposición Simulación de la dinámica de iones en la doble capa electroquímica WO3 + H2O !WO4 Solvente: Agua Iones: WO42!.

parte repulsiva) •buck/coul/cut (buck+coulomb) Breve introducción a LAMMPS javier.configuración inicial.wachter@gmail.com . ~10000 átomos Condiciones de borde: •Periódicas en x e y. fijas en z. Se define un estilo híbrido de potenciales: •lj/cut (Lennard Jones) •buck (Buckingham.

com .$3:%G7**%G7**%I.wachter@gmail.Sustrato de cobre fijo con -:").I Pared superior con )0&%5#** Incluimos un campo eléctrico entre 0 y 1 Volt/Angstrom con T=300 K Breve introducción a LAMMPS javier.

com .Breve introducción a LAMMPS javier.wachter@gmail.

1.0.0.0 zmax=32.Otras herramientas.0 periodicity=1.976.0.63.5 ccell=0.0.0.0.wachter@gmail.0.0.0.0.5.lmp" xyz="cu50zr50al10b2-10xcube.0.0.0.976 ymin=0.1.2976.0 ilatseed=21 amass=91.0.976.0.1.0.982.0 &end &subcard rcell=0.0 zrot=0.0 ymax=32.3.3.0 delx=0.0.0.0.1 iseed=21 &end &latcard lattype='sc' alat=3.0.0.976 oldtype=0 newtype=3 prob=0.0.976 zmin=0.0.0.26.0.0.0..1.2976 xrot=1.0 yrot=0.976 perlb=0.0.0.com .0.32. ($tools/createatoms/) &maincard ntypes=2 perub=32.0.xyz" &end Breve introducción a LAMMPS javier.0.0.0 strain=0.0.0.0.0.1.0 ccell=1. En lammpsDIR/tools/ hay otras herramientas veamos el caso de CreateAtoms.0 xmax=32.0 &end &subcard rcell=0.1.32.2976.546.0.13.0 &end &subcard &end &defcard xmin=0.0.0.0..0.1.1.1 &end &defcard &end &filecard dynamo="none" paradyn="none" lammps="cu50zr50al10b2-10xcube.0.5.0 ielement=40.0.29.0.0.224.

FIN http://lammps. contrato 21090391 y beca de término de tesis.gov Gracias por su atención! Agradecimientos a Conicyt. Breve introducción a LAMMPS javier.com .sandia.wachter@gmail.