Breve introducción a LAMMPS

Javier A. Wachter Ch. javier.wachter@gmail.com

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Introducción Instalación y ejecución de LAMMPS Archivos de entrada Comandos importantes Archivos de salida Ejemplos

Breve introducción a LAMMPS

javier.wachter@gmail.com

Algunas características de LAMMPS: Paralelismo Compatible con CUDA Corre una o varias simulaciones a partir de un script Sintaxis para definir y usar variables y fórmulas Es gratis! (licencia GPL) Breve introducción a LAMMPS javier.Introducción Creador y desarrollador principal: Steve Plimpton Staff member at Sandia National Laboratories. a US Department of Energy lab.wachter@gmail.com .

Introducción Creador y desarrollador principal: Steve Plimpton Staff member at Sandia National Laboratories. a US Department of Energy lab.wachter@gmail. Algunas características de LAMMPS: Paralelismo Compatible con CUDA Corre una o varias simulaciones a partir de un script Sintaxis para definir y usar variables y fórmulas Es gratis! (licencia GPL) Breve introducción a LAMMPS javier.com .

de potenciales “automágicamente” Breve introducción a LAMMPS javier.Introducción Que cosas NO hace LAMMPS: Correr a través de una interfaz gráfica Construir sistemas moleculares Realizar análisis sofisticado Visualizar simulaciones y graficar datos de salida Asignar coef.com .wachter@gmail.

mpi.com .org FFTW3 Lammps http://www.org http://lammps.sandia.Instalando LAMMPS Requerimientos: C++.fftw.wachter@gmail. Fortran(gfortran) (+ XCODE en Mac OS X) Openmpi http://open.gov Breve introducción a LAMMPS javier.

librerias. etc) Breve introducción a LAMMPS javier.Instalando LAMMPS Otros requerimientos KIM (knowledgebase of interatomic models) http://www.wachter@gmail.org Python para correr Pizza http://pizza.sandia.gov Paciencia! En el manual se advierte que la instalación puede ser un proceso notrivial (editar makefile.com .openkim.

-.wachter@gmail./?? !+#8:%=)%>#8:)0*:.Instalando LAMMPS Instalación de Lammps Extraer contenido: !"#$%&'()%*#++.74%80+4%*09#*/4% +:#+4%376#4%$:#&4%./).64%/.$"$#9 Breve introducción a LAMMPS javier../( Construir librerias requeridas por algunos modulos de Lammps *01%2%#"34%#5."#$.com .:+-< !+#8:%=)%>#8:)0*:.

com .-@-$3@+#8:%.#38#/:=-"#"7- Breve introducción a LAMMPS javier.Instalando LAMMPS Instalación de Lammps Revisar archivos Makefile.wachter@gmail.lammps y ver referencias a librerias como lgfortran. Para saber que modulos se instalarán: !*#++. laplack y lablas.

Potenciales embebidos modificados (se agregan fuerzas angulares) y CUDA? Manual dice que se puede usar GPU ó CUDA (no ambos) Breve introducción a LAMMPS javier. Coulomb.Instalando LAMMPS Stardard Potenciales de varios cuerpos LJ. etc.wachter@gmail.com Users . Buckingham.

wachter@gmail.com .=BB !+#8:%A:-=7-:$=&& !+#8:%A:-=#** Breve introducción a LAMMPS javier.Instalando LAMMPS Instalación de Lammps Agregando o eliminando paquetes: !+#8:%A:-=BB !+#8:%9.

etc) Se genera el ejecutable *+.com .0 (En el directorio !-$3@>CDE@ se encuentran múltiples configuraciones “máquinas”.0$79%=9.wachter@gmail.%G%*+.09 Breve introducción a LAMMPS javier.:9+.F..0%H%9.F. mac.:9+...Instalando LAMMPS Finalmente compilamos lammps usando la configuración para openmpi: !-$3@+#8:%.+1$:.0 Ejecutamos con: !+.:9+. ubuntu.

wachter@gmail.com .Secuencia de comandos Breve introducción a LAMMPS javier.

wachter@gmail. grupos.com . Comandos de Dinámica Molecular Generar archivos dump Breve introducción a LAMMPS javier.Secuencia de comandos El script de lammps contiene cuatro etapas principales: - Unidades y condiciones de borde Crear átomos. regiones. moléculas. etc.

wachter@gmail. metal. tb se usa read_data potencial interatómico lista de vecinos regiones y grupos regiones y grupos:Void velocidades iniciales Breve introducción a LAMMPS javier.com . p p fs definiendo estructura. real boundary: p f s.unidades: lj.

wachter@gmail. NPH El comando 67+. etc. genera un archivo con posiciones. fuerzas.com . número de pasos de simulación Breve introducción a LAMMPS javier. NPT.colectividad NVE. Puede ser un archivo único que tiene toda la dinámica o en varios archivos incluso imágenes jpg. NVT. velocidades.

wachter@gmail.com .Ejemplo1: Esfuerzo de corte Breve introducción a LAMMPS javier.

Na+ Sustrato: Cu Breve introducción a LAMMPS javier.wachter@gmail.Ejemplo 2: Electrodeposición Simulación de la dinámica de iones en la doble capa electroquímica WO3 + H2O !WO4 Solvente: Agua Iones: WO42!.com 2! + + 2H NaOH ! Na+ + (OH)! .

parte repulsiva) •buck/coul/cut (buck+coulomb) Breve introducción a LAMMPS javier. ~10000 átomos Condiciones de borde: •Periódicas en x e y.com .wachter@gmail. Se define un estilo híbrido de potenciales: •lj/cut (Lennard Jones) •buck (Buckingham. fijas en z.configuración inicial.

$3:%G7**%G7**%I.I Pared superior con )0&%5#** Incluimos un campo eléctrico entre 0 y 1 Volt/Angstrom con T=300 K Breve introducción a LAMMPS javier.com .wachter@gmail.Sustrato de cobre fijo con -:").

wachter@gmail.Breve introducción a LAMMPS javier.com .

546.0.1.13.0 ccell=1.976 perlb=0.Otras herramientas.0 zmax=32.1.0.26.wachter@gmail.0.0.976 zmin=0.1.63..0.0.1 iseed=21 &end &latcard lattype='sc' alat=3.3.0.0.0.0.0.976.0 zrot=0.976 ymin=0.0 delx=0.32.0.2976 xrot=1.3.0.xyz" &end Breve introducción a LAMMPS javier.0 ymax=32.0.0.0 periodicity=1.0. En lammpsDIR/tools/ hay otras herramientas veamos el caso de CreateAtoms.0.0.2976.1.1.0.0..0.0.0.0.0.0.0.5.0.0 &end &subcard &end &defcard xmin=0.0 xmax=32.976.0.29.5.0.5 ccell=0. ($tools/createatoms/) &maincard ntypes=2 perub=32.0 strain=0.0.0.0.0.976 oldtype=0 newtype=3 prob=0.0.0 yrot=0.1 &end &defcard &end &filecard dynamo="none" paradyn="none" lammps="cu50zr50al10b2-10xcube.0.982.0.0.0.0.1.0.0.0.0 ilatseed=21 amass=91.com .1.1.2976.0.0.32.lmp" xyz="cu50zr50al10b2-10xcube.224.0 &end &subcard rcell=0.0 &end &subcard rcell=0.0 ielement=40.0.

wachter@gmail. Breve introducción a LAMMPS javier.sandia. contrato 21090391 y beca de término de tesis.FIN http://lammps.com .gov Gracias por su atención! Agradecimientos a Conicyt.

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