Breve introducción a LAMMPS

Javier A. Wachter Ch. javier.wachter@gmail.com

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Introducción Instalación y ejecución de LAMMPS Archivos de entrada Comandos importantes Archivos de salida Ejemplos

Breve introducción a LAMMPS

javier.wachter@gmail.com

a US Department of Energy lab.wachter@gmail.Introducción Creador y desarrollador principal: Steve Plimpton Staff member at Sandia National Laboratories.com . Algunas características de LAMMPS: Paralelismo Compatible con CUDA Corre una o varias simulaciones a partir de un script Sintaxis para definir y usar variables y fórmulas Es gratis! (licencia GPL) Breve introducción a LAMMPS javier.

wachter@gmail.com .Introducción Creador y desarrollador principal: Steve Plimpton Staff member at Sandia National Laboratories. Algunas características de LAMMPS: Paralelismo Compatible con CUDA Corre una o varias simulaciones a partir de un script Sintaxis para definir y usar variables y fórmulas Es gratis! (licencia GPL) Breve introducción a LAMMPS javier. a US Department of Energy lab.

Introducción Que cosas NO hace LAMMPS: Correr a través de una interfaz gráfica Construir sistemas moleculares Realizar análisis sofisticado Visualizar simulaciones y graficar datos de salida Asignar coef.com .wachter@gmail. de potenciales “automágicamente” Breve introducción a LAMMPS javier.

Instalando LAMMPS Requerimientos: C++.mpi.sandia.org http://lammps.wachter@gmail. Fortran(gfortran) (+ XCODE en Mac OS X) Openmpi http://open.fftw.org FFTW3 Lammps http://www.com .gov Breve introducción a LAMMPS javier.

librerias.wachter@gmail.gov Paciencia! En el manual se advierte que la instalación puede ser un proceso notrivial (editar makefile.Instalando LAMMPS Otros requerimientos KIM (knowledgebase of interatomic models) http://www.com .sandia. etc) Breve introducción a LAMMPS javier.openkim.org Python para correr Pizza http://pizza.

Instalando LAMMPS Instalación de Lammps Extraer contenido: !"#$%&'()%*#++./?? !+#8:%=)%>#8:)0*:.com .74%80+4%*09#*/4% +:#+4%376#4%$:#&4%.:+-< !+#8:%=)%>#8:)0*:.wachter@gmail.64%/.-./)./( Construir librerias requeridas por algunos modulos de Lammps *01%2%#"34%#5.$"$#9 Breve introducción a LAMMPS javier.."#$.

lammps y ver referencias a librerias como lgfortran. laplack y lablas.#38#/:=-"#"7- Breve introducción a LAMMPS javier.Instalando LAMMPS Instalación de Lammps Revisar archivos Makefile.com .wachter@gmail.-@-$3@+#8:%. Para saber que modulos se instalarán: !*#++.

Instalando LAMMPS Stardard Potenciales de varios cuerpos LJ. Buckingham. Potenciales embebidos modificados (se agregan fuerzas angulares) y CUDA? Manual dice que se puede usar GPU ó CUDA (no ambos) Breve introducción a LAMMPS javier.wachter@gmail. etc.com Users . Coulomb.

com .Instalando LAMMPS Instalación de Lammps Agregando o eliminando paquetes: !+#8:%A:-=BB !+#8:%9.=BB !+#8:%A:-=7-:$=&& !+#8:%A:-=#** Breve introducción a LAMMPS javier.wachter@gmail.

wachter@gmail. mac.:9+.:9+.0 (En el directorio !-$3@>CDE@ se encuentran múltiples configuraciones “máquinas”. etc) Se genera el ejecutable *+.com . ubuntu.Instalando LAMMPS Finalmente compilamos lammps usando la configuración para openmpi: !-$3@+#8:%.:9+.0 Ejecutamos con: !+..F..F.%G%*+.09 Breve introducción a LAMMPS javier..+1$:.0%H%9.0$79%=9.

Secuencia de comandos Breve introducción a LAMMPS javier.wachter@gmail.com .

grupos.wachter@gmail.Secuencia de comandos El script de lammps contiene cuatro etapas principales: - Unidades y condiciones de borde Crear átomos. Comandos de Dinámica Molecular Generar archivos dump Breve introducción a LAMMPS javier. moléculas. etc.com . regiones.

metal. real boundary: p f s. tb se usa read_data potencial interatómico lista de vecinos regiones y grupos regiones y grupos:Void velocidades iniciales Breve introducción a LAMMPS javier. p p fs definiendo estructura.com .wachter@gmail.unidades: lj.

Puede ser un archivo único que tiene toda la dinámica o en varios archivos incluso imágenes jpg. fuerzas. genera un archivo con posiciones. NVT. etc. NPH El comando 67+.colectividad NVE. NPT.com . velocidades.wachter@gmail. número de pasos de simulación Breve introducción a LAMMPS javier.

com .Ejemplo1: Esfuerzo de corte Breve introducción a LAMMPS javier.wachter@gmail.

Na+ Sustrato: Cu Breve introducción a LAMMPS javier.wachter@gmail.com 2! + + 2H NaOH ! Na+ + (OH)! .Ejemplo 2: Electrodeposición Simulación de la dinámica de iones en la doble capa electroquímica WO3 + H2O !WO4 Solvente: Agua Iones: WO42!.

~10000 átomos Condiciones de borde: •Periódicas en x e y. Se define un estilo híbrido de potenciales: •lj/cut (Lennard Jones) •buck (Buckingham.wachter@gmail. fijas en z.configuración inicial. parte repulsiva) •buck/coul/cut (buck+coulomb) Breve introducción a LAMMPS javier.com .

wachter@gmail.I Pared superior con )0&%5#** Incluimos un campo eléctrico entre 0 y 1 Volt/Angstrom con T=300 K Breve introducción a LAMMPS javier.Sustrato de cobre fijo con -:").$3:%G7**%G7**%I.com .

com .Breve introducción a LAMMPS javier.wachter@gmail.

0.0.2976.0.0 ccell=1.0.1 &end &defcard &end &filecard dynamo="none" paradyn="none" lammps="cu50zr50al10b2-10xcube.0 zrot=0.0 ielement=40.0.Otras herramientas.0 yrot=0.63. ($tools/createatoms/) &maincard ntypes=2 perub=32.0..0.5.0.976.546.1.0.0.0.0 ilatseed=21 amass=91.0.1 iseed=21 &end &latcard lattype='sc' alat=3.1.976 oldtype=0 newtype=3 prob=0.0 strain=0.0 xmax=32.wachter@gmail.0.0 &end &subcard rcell=0.976 perlb=0.982.0.0 zmax=32.0.0.0.0.com .0 periodicity=1.0.0.0.2976.0.5 ccell=0.1.13.0.976 ymin=0.0.lmp" xyz="cu50zr50al10b2-10xcube.1.0.0.0 ymax=32.0.3.5.0..0.0.0.0.1.0.32.0.0.xyz" &end Breve introducción a LAMMPS javier.0.1.0.2976 xrot=1.0.29.0 delx=0.0.0 &end &subcard rcell=0.3.0 &end &subcard &end &defcard xmin=0. En lammpsDIR/tools/ hay otras herramientas veamos el caso de CreateAtoms.0.0.32.1.1.0.224.976 zmin=0.26.0.976.0.0.0.

com . contrato 21090391 y beca de término de tesis.gov Gracias por su atención! Agradecimientos a Conicyt. Breve introducción a LAMMPS javier.sandia.FIN http://lammps.wachter@gmail.

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