Breve introducción a LAMMPS

Javier A. Wachter Ch. javier.wachter@gmail.com

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Introducción Instalación y ejecución de LAMMPS Archivos de entrada Comandos importantes Archivos de salida Ejemplos

Breve introducción a LAMMPS

javier.wachter@gmail.com

wachter@gmail. a US Department of Energy lab.Introducción Creador y desarrollador principal: Steve Plimpton Staff member at Sandia National Laboratories.com . Algunas características de LAMMPS: Paralelismo Compatible con CUDA Corre una o varias simulaciones a partir de un script Sintaxis para definir y usar variables y fórmulas Es gratis! (licencia GPL) Breve introducción a LAMMPS javier.

Introducción Creador y desarrollador principal: Steve Plimpton Staff member at Sandia National Laboratories. a US Department of Energy lab. Algunas características de LAMMPS: Paralelismo Compatible con CUDA Corre una o varias simulaciones a partir de un script Sintaxis para definir y usar variables y fórmulas Es gratis! (licencia GPL) Breve introducción a LAMMPS javier.wachter@gmail.com .

de potenciales “automágicamente” Breve introducción a LAMMPS javier.com .wachter@gmail.Introducción Que cosas NO hace LAMMPS: Correr a través de una interfaz gráfica Construir sistemas moleculares Realizar análisis sofisticado Visualizar simulaciones y graficar datos de salida Asignar coef.

sandia.gov Breve introducción a LAMMPS javier.fftw.Instalando LAMMPS Requerimientos: C++.org FFTW3 Lammps http://www. Fortran(gfortran) (+ XCODE en Mac OS X) Openmpi http://open.org http://lammps.mpi.wachter@gmail.com .

sandia. etc) Breve introducción a LAMMPS javier.gov Paciencia! En el manual se advierte que la instalación puede ser un proceso notrivial (editar makefile.Instalando LAMMPS Otros requerimientos KIM (knowledgebase of interatomic models) http://www.openkim.org Python para correr Pizza http://pizza. librerias.com .wachter@gmail.

Instalando LAMMPS Instalación de Lammps Extraer contenido: !"#$%&'()%*#++.64%/./( Construir librerias requeridas por algunos modulos de Lammps *01%2%#"34%#5.wachter@gmail."#$.$"$#9 Breve introducción a LAMMPS javier.-.74%80+4%*09#*/4% +:#+4%376#4%$:#&4%./?? !+#8:%=)%>#8:)0*:..com .:+-< !+#8:%=)%>#8:)0*:./).

com . laplack y lablas.Instalando LAMMPS Instalación de Lammps Revisar archivos Makefile.#38#/:=-"#"7- Breve introducción a LAMMPS javier.wachter@gmail.lammps y ver referencias a librerias como lgfortran. Para saber que modulos se instalarán: !*#++.-@-$3@+#8:%.

Buckingham. Potenciales embebidos modificados (se agregan fuerzas angulares) y CUDA? Manual dice que se puede usar GPU ó CUDA (no ambos) Breve introducción a LAMMPS javier. Coulomb.Instalando LAMMPS Stardard Potenciales de varios cuerpos LJ.com Users . etc.wachter@gmail.

wachter@gmail.Instalando LAMMPS Instalación de Lammps Agregando o eliminando paquetes: !+#8:%A:-=BB !+#8:%9.com .=BB !+#8:%A:-=7-:$=&& !+#8:%A:-=#** Breve introducción a LAMMPS javier.

F.+1$:.:9+.com .0$79%=9.Instalando LAMMPS Finalmente compilamos lammps usando la configuración para openmpi: !-$3@+#8:%..0 (En el directorio !-$3@>CDE@ se encuentran múltiples configuraciones “máquinas”. etc) Se genera el ejecutable *+...09 Breve introducción a LAMMPS javier. ubuntu.0%H%9.0 Ejecutamos con: !+.:9+.wachter@gmail. mac.%G%*+.:9+.F.

wachter@gmail.com .Secuencia de comandos Breve introducción a LAMMPS javier.

moléculas.com . Comandos de Dinámica Molecular Generar archivos dump Breve introducción a LAMMPS javier. grupos.wachter@gmail.Secuencia de comandos El script de lammps contiene cuatro etapas principales: - Unidades y condiciones de borde Crear átomos. regiones. etc.

wachter@gmail.com . p p fs definiendo estructura. real boundary: p f s.unidades: lj. metal. tb se usa read_data potencial interatómico lista de vecinos regiones y grupos regiones y grupos:Void velocidades iniciales Breve introducción a LAMMPS javier.

colectividad NVE.com . fuerzas. Puede ser un archivo único que tiene toda la dinámica o en varios archivos incluso imágenes jpg. etc. genera un archivo con posiciones. velocidades. NPH El comando 67+.wachter@gmail. número de pasos de simulación Breve introducción a LAMMPS javier. NVT. NPT.

com .wachter@gmail.Ejemplo1: Esfuerzo de corte Breve introducción a LAMMPS javier.

com 2! + + 2H NaOH ! Na+ + (OH)! .Ejemplo 2: Electrodeposición Simulación de la dinámica de iones en la doble capa electroquímica WO3 + H2O !WO4 Solvente: Agua Iones: WO42!. Na+ Sustrato: Cu Breve introducción a LAMMPS javier.wachter@gmail.

~10000 átomos Condiciones de borde: •Periódicas en x e y.wachter@gmail. fijas en z. Se define un estilo híbrido de potenciales: •lj/cut (Lennard Jones) •buck (Buckingham.configuración inicial. parte repulsiva) •buck/coul/cut (buck+coulomb) Breve introducción a LAMMPS javier.com .

Sustrato de cobre fijo con -:").wachter@gmail.com .$3:%G7**%G7**%I.I Pared superior con )0&%5#** Incluimos un campo eléctrico entre 0 y 1 Volt/Angstrom con T=300 K Breve introducción a LAMMPS javier.

com .wachter@gmail.Breve introducción a LAMMPS javier.

0.0 &end &subcard rcell=0.2976.wachter@gmail.32.0 ymax=32.976 ymin=0.lmp" xyz="cu50zr50al10b2-10xcube.1.976 oldtype=0 newtype=3 prob=0.0.0.0.0.0 &end &subcard &end &defcard xmin=0.982.5.546.0.1.0.0.1.0 zrot=0.0 xmax=32.0 ccell=1.0.0.0.13.3.0.0 ilatseed=21 amass=91.0.2976.com .1 &end &defcard &end &filecard dynamo="none" paradyn="none" lammps="cu50zr50al10b2-10xcube.976 perlb=0.1.0.63.32.Otras herramientas.29.0 strain=0.3.0 yrot=0.1.1.0.0.0.0.0 &end &subcard rcell=0. ($tools/createatoms/) &maincard ntypes=2 perub=32.0.0.1.0.0..0 periodicity=1.26.0.0.0.0.0. En lammpsDIR/tools/ hay otras herramientas veamos el caso de CreateAtoms.2976 xrot=1.xyz" &end Breve introducción a LAMMPS javier.0.0 ielement=40.0.976.0.5.5 ccell=0.0.0.0.0.0 delx=0.0.0..976 zmin=0.0.0.0.0.0.0.0.976.1 iseed=21 &end &latcard lattype='sc' alat=3.0.1.0 zmax=32.0.224.0.

Breve introducción a LAMMPS javier. contrato 21090391 y beca de término de tesis.FIN http://lammps.com .gov Gracias por su atención! Agradecimientos a Conicyt.sandia.wachter@gmail.