Breve introducción a LAMMPS

Javier A. Wachter Ch. javier.wachter@gmail.com

Indice
Introducción Instalación y ejecución de LAMMPS Archivos de entrada Comandos importantes Archivos de salida Ejemplos

Breve introducción a LAMMPS

javier.wachter@gmail.com

Introducción Creador y desarrollador principal: Steve Plimpton Staff member at Sandia National Laboratories. Algunas características de LAMMPS: Paralelismo Compatible con CUDA Corre una o varias simulaciones a partir de un script Sintaxis para definir y usar variables y fórmulas Es gratis! (licencia GPL) Breve introducción a LAMMPS javier.com . a US Department of Energy lab.wachter@gmail.

wachter@gmail.Introducción Creador y desarrollador principal: Steve Plimpton Staff member at Sandia National Laboratories. Algunas características de LAMMPS: Paralelismo Compatible con CUDA Corre una o varias simulaciones a partir de un script Sintaxis para definir y usar variables y fórmulas Es gratis! (licencia GPL) Breve introducción a LAMMPS javier.com . a US Department of Energy lab.

Introducción Que cosas NO hace LAMMPS: Correr a través de una interfaz gráfica Construir sistemas moleculares Realizar análisis sofisticado Visualizar simulaciones y graficar datos de salida Asignar coef.wachter@gmail. de potenciales “automágicamente” Breve introducción a LAMMPS javier.com .

wachter@gmail.gov Breve introducción a LAMMPS javier.com .Instalando LAMMPS Requerimientos: C++.org http://lammps.fftw.mpi.org FFTW3 Lammps http://www.sandia. Fortran(gfortran) (+ XCODE en Mac OS X) Openmpi http://open.

openkim.sandia. etc) Breve introducción a LAMMPS javier. librerias.gov Paciencia! En el manual se advierte que la instalación puede ser un proceso notrivial (editar makefile.Instalando LAMMPS Otros requerimientos KIM (knowledgebase of interatomic models) http://www.wachter@gmail.org Python para correr Pizza http://pizza.com .

-.com ./)./?? !+#8:%=)%>#8:)0*:.64%/.$"$#9 Breve introducción a LAMMPS javier."#$.:+-< !+#8:%=)%>#8:)0*:.Instalando LAMMPS Instalación de Lammps Extraer contenido: !"#$%&'()%*#++./( Construir librerias requeridas por algunos modulos de Lammps *01%2%#"34%#5..wachter@gmail.74%80+4%*09#*/4% +:#+4%376#4%$:#&4%.

-@-$3@+#8:%.lammps y ver referencias a librerias como lgfortran.Instalando LAMMPS Instalación de Lammps Revisar archivos Makefile.#38#/:=-"#"7- Breve introducción a LAMMPS javier. Para saber que modulos se instalarán: !*#++. laplack y lablas.wachter@gmail.com .

Potenciales embebidos modificados (se agregan fuerzas angulares) y CUDA? Manual dice que se puede usar GPU ó CUDA (no ambos) Breve introducción a LAMMPS javier. Coulomb.com Users . Buckingham. etc.wachter@gmail.Instalando LAMMPS Stardard Potenciales de varios cuerpos LJ.

Instalando LAMMPS Instalación de Lammps Agregando o eliminando paquetes: !+#8:%A:-=BB !+#8:%9.wachter@gmail.com .=BB !+#8:%A:-=7-:$=&& !+#8:%A:-=#** Breve introducción a LAMMPS javier.

Instalando LAMMPS Finalmente compilamos lammps usando la configuración para openmpi: !-$3@+#8:%.:9+. ubuntu.F.F. etc) Se genera el ejecutable *+.:9+. mac.0$79%=9.09 Breve introducción a LAMMPS javier.0 (En el directorio !-$3@>CDE@ se encuentran múltiples configuraciones “máquinas”..wachter@gmail.%G%*+...0%H%9.:9+.com .0 Ejecutamos con: !+.+1$:.

Secuencia de comandos Breve introducción a LAMMPS javier.wachter@gmail.com .

Secuencia de comandos El script de lammps contiene cuatro etapas principales: - Unidades y condiciones de borde Crear átomos. Comandos de Dinámica Molecular Generar archivos dump Breve introducción a LAMMPS javier.wachter@gmail.com . etc. moléculas. grupos. regiones.

real boundary: p f s. p p fs definiendo estructura.wachter@gmail.unidades: lj. metal. tb se usa read_data potencial interatómico lista de vecinos regiones y grupos regiones y grupos:Void velocidades iniciales Breve introducción a LAMMPS javier.com .

com . fuerzas. Puede ser un archivo único que tiene toda la dinámica o en varios archivos incluso imágenes jpg. número de pasos de simulación Breve introducción a LAMMPS javier.colectividad NVE.wachter@gmail. NPH El comando 67+. etc. NVT. NPT. velocidades. genera un archivo con posiciones.

Ejemplo1: Esfuerzo de corte Breve introducción a LAMMPS javier.wachter@gmail.com .

wachter@gmail. Na+ Sustrato: Cu Breve introducción a LAMMPS javier.Ejemplo 2: Electrodeposición Simulación de la dinámica de iones en la doble capa electroquímica WO3 + H2O !WO4 Solvente: Agua Iones: WO42!.com 2! + + 2H NaOH ! Na+ + (OH)! .

parte repulsiva) •buck/coul/cut (buck+coulomb) Breve introducción a LAMMPS javier.configuración inicial. fijas en z. Se define un estilo híbrido de potenciales: •lj/cut (Lennard Jones) •buck (Buckingham.wachter@gmail. ~10000 átomos Condiciones de borde: •Periódicas en x e y.com .

$3:%G7**%G7**%I.com .wachter@gmail.Sustrato de cobre fijo con -:").I Pared superior con )0&%5#** Incluimos un campo eléctrico entre 0 y 1 Volt/Angstrom con T=300 K Breve introducción a LAMMPS javier.

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0 ymax=32.0 zrot=0.0.0.0.0.976 zmin=0.0 zmax=32.0.0.0.xyz" &end Breve introducción a LAMMPS javier.0..0.0.32.976.0.com .0.0.5 ccell=0.32.1.0.0.Otras herramientas.63.0.1.0 strain=0.0.0.976.0.0 yrot=0.0.0.976 ymin=0.5.0 &end &subcard rcell=0.1.1.0 &end &subcard &end &defcard xmin=0.0.0.224. ($tools/createatoms/) &maincard ntypes=2 perub=32.0.1.0.1.0.0.976 perlb=0.0.1.0.5.982.0.0 delx=0.29.2976 xrot=1.1.0.1 &end &defcard &end &filecard dynamo="none" paradyn="none" lammps="cu50zr50al10b2-10xcube.0.0 periodicity=1.976 oldtype=0 newtype=3 prob=0.0 ccell=1.wachter@gmail.2976.0 ilatseed=21 amass=91.0.0 xmax=32.0 ielement=40.26.0.3. En lammpsDIR/tools/ hay otras herramientas veamos el caso de CreateAtoms.13.0.546.0 &end &subcard rcell=0.0.2976.0..0.0.1 iseed=21 &end &latcard lattype='sc' alat=3.0.0.0.3.0.0.lmp" xyz="cu50zr50al10b2-10xcube.0.0.

sandia.com .wachter@gmail.FIN http://lammps. Breve introducción a LAMMPS javier.gov Gracias por su atención! Agradecimientos a Conicyt. contrato 21090391 y beca de término de tesis.

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