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Breve introduccin a LAMMPS

Javier A. Wachter Ch. javier.wachter@gmail.com

Indice
Introduccin Instalacin y ejecucin de LAMMPS Archivos de entrada Comandos importantes Archivos de salida Ejemplos

Breve introduccin a LAMMPS

javier.wachter@gmail.com

Introduccin
Creador y desarrollador principal: Steve Plimpton Staff member at Sandia National Laboratories, a US Department of Energy lab.

Algunas caractersticas de LAMMPS:


Paralelismo Compatible con CUDA Corre una o varias simulaciones a partir de un script Sintaxis para denir y usar variables y frmulas Es gratis! (licencia GPL)

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Introduccin
Creador y desarrollador principal: Steve Plimpton Staff member at Sandia National Laboratories, a US Department of Energy lab.

Algunas caractersticas de LAMMPS:


Paralelismo Compatible con CUDA Corre una o varias simulaciones a partir de un script Sintaxis para denir y usar variables y frmulas Es gratis! (licencia GPL)

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Introduccin
Que cosas NO hace LAMMPS:
Correr a travs de una interfaz grca Construir sistemas moleculares Realizar anlisis sosticado Visualizar simulaciones y gracar datos de salida Asignar coef. de potenciales automgicamente

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Instalando LAMMPS
Requerimientos: C++, Fortran(gfortran) (+ XCODE en Mac OS X) Openmpi http://open.mpi.org FFTW3 Lammps http://www.fftw.org http://lammps.sandia.gov

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Instalando LAMMPS
Otros requerimientos KIM (knowledgebase of interatomic models) http://www.openkim.org Python para correr Pizza http://pizza.sandia.gov Paciencia! En el manual se advierte que la instalacin puede ser un proceso notrivial (editar makele, librerias, etc)
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Instalando LAMMPS
Instalacin de Lammps
Extraer contenido: !"#$%&'()%*#++,-."#$./( Construir librerias requeridas por algunos modulos de Lammps *01%2%#"34%#5,64%/,74%80+4%*09#*/4% +:#+4%376#4%$:#&4%,;:+-< !+#8:%=)%>#8:)0*:./?? !+#8:%=)%>#8:)0*:./);$"$#9
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Instalando LAMMPS
Instalacin de Lammps
Revisar archivos Makele.lammps y ver referencias a librerias como lgfortran, laplack y lablas. Para saber que modulos se instalarn: !*#++,-@-$3@+#8:%,#38#/:=-"#"7-

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Instalando LAMMPS
Stardard
Potenciales de varios cuerpos LJ, Buckingham, Coulomb, etc. Potenciales embebidos modicados (se agregan fuerzas angulares) y CUDA? Manual dice que se puede usar GPU CUDA (no ambos)
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Users

Instalando LAMMPS
Instalacin de Lammps
Agregando o eliminando paquetes: !+#8:%A:-=BB !+#8:%9;=BB !+#8:%A:-=7-:$=&& !+#8:%A:-=#**

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Instalando LAMMPS
Finalmente compilamos lammps usando la conguracin para openmpi: !-$3@+#8:%;,:9+,0 (En el directorio !-$3@>CDE@ se encuentran mltiples conguraciones mquinas, ubuntu, mac, etc) Se genera el ejecutable *+,F;,:9+,0 Ejecutamos con: !+,0$79%=9,%G%*+,F;,:9+,0%H%9;+1$:.09
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Secuencia de comandos

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Secuencia de comandos
El script de lammps contiene cuatro etapas principales:

Unidades y condiciones de borde Crear tomos, molculas, grupos, regiones, etc. Comandos de Dinmica Molecular Generar archivos dump

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unidades: lj, metal, real boundary: p f s, p p fs deniendo estructura, tb se usa read_data potencial interatmico lista de vecinos regiones y grupos regiones y grupos:Void

velocidades iniciales
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colectividad NVE, NVT, NPT, NPH El comando 67+, genera un archivo con posiciones, velocidades, fuerzas, etc. Puede ser un archivo nico que tiene toda la dinmica o en varios archivos incluso imgenes jpg. nmero de pasos de simulacin

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Ejemplo1: Esfuerzo de corte

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Ejemplo 2: Electrodeposicin
Simulacin de la dinmica de iones en la doble capa electroqumica WO3 + H2O !WO4 Solvente: Agua Iones: WO42!, Na+ Sustrato: Cu
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2!

+ 2H

NaOH ! Na+ + (OH)!

conguracin inicial, ~10000 tomos

Condiciones de borde: Peridicas en x e y, jas en z. Se dene un estilo hbrido de potenciales: lj/cut (Lennard Jones) buck (Buckingham, parte repulsiva) buck/coul/cut (buck+coulomb)
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Sustrato de cobre jo con -:");$3:%G7**%G7**%I.I Pared superior con )0&%5#**

Incluimos un campo elctrico entre 0 y 1 Volt/Angstrom con T=300 K

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Otras herramientas...
En lammpsDIR/tools/ hay otras herramientas veamos el caso de CreateAtoms. ($tools/createatoms/)
&maincard ntypes=2 perub=32.976,32.976,32.976 perlb=0.0,0.0,0.0 ilatseed=21 amass=91.224,63.546,26.982,1.0,1.0 ielement=40,29,13,1,1 iseed=21 &end &latcard lattype='sc' alat=3.2976,3.2976,3.2976 xrot=1.0,0.0,0.0 yrot=0.0,1.0,0.0 zrot=0.0,0.0,1.0 periodicity=1.0,1.0,1.0 strain=0.0,0.0,0.0 delx=0.0,0.0,0.0 &end &subcard rcell=0.0,0.0,0.0 ccell=1.0,0.0,0.0,0.0,0.0 &end &subcard rcell=0.5,0.5,0.5 ccell=0.0,1.0,0.0,0.0,0.0 &end &subcard &end

&defcard xmin=0.0 xmax=32.976 ymin=0.0 ymax=32.976 zmin=0.0 zmax=32.976 oldtype=0 newtype=3 prob=0.1 &end &defcard &end &lecard dynamo="none" paradyn="none" lammps="cu50zr50al10b2-10xcube.lmp" xyz="cu50zr50al10b2-10xcube.xyz" &end

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FIN
http://lammps.sandia.gov

Gracias por su atencin!


Agradecimientos a Conicyt, contrato 21090391 y beca de trmino de tesis.

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