Breve introducción a LAMMPS

Javier A. Wachter Ch. javier.wachter@gmail.com

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Introducción Instalación y ejecución de LAMMPS Archivos de entrada Comandos importantes Archivos de salida Ejemplos

Breve introducción a LAMMPS

javier.wachter@gmail.com

a US Department of Energy lab.com .Introducción Creador y desarrollador principal: Steve Plimpton Staff member at Sandia National Laboratories. Algunas características de LAMMPS: Paralelismo Compatible con CUDA Corre una o varias simulaciones a partir de un script Sintaxis para definir y usar variables y fórmulas Es gratis! (licencia GPL) Breve introducción a LAMMPS javier.wachter@gmail.

Algunas características de LAMMPS: Paralelismo Compatible con CUDA Corre una o varias simulaciones a partir de un script Sintaxis para definir y usar variables y fórmulas Es gratis! (licencia GPL) Breve introducción a LAMMPS javier.Introducción Creador y desarrollador principal: Steve Plimpton Staff member at Sandia National Laboratories.wachter@gmail. a US Department of Energy lab.com .

com .wachter@gmail.Introducción Que cosas NO hace LAMMPS: Correr a través de una interfaz gráfica Construir sistemas moleculares Realizar análisis sofisticado Visualizar simulaciones y graficar datos de salida Asignar coef. de potenciales “automágicamente” Breve introducción a LAMMPS javier.

fftw.mpi. Fortran(gfortran) (+ XCODE en Mac OS X) Openmpi http://open.sandia.org FFTW3 Lammps http://www.com .gov Breve introducción a LAMMPS javier.org http://lammps.Instalando LAMMPS Requerimientos: C++.wachter@gmail.

gov Paciencia! En el manual se advierte que la instalación puede ser un proceso notrivial (editar makefile.sandia.com .wachter@gmail. librerias.Instalando LAMMPS Otros requerimientos KIM (knowledgebase of interatomic models) http://www.org Python para correr Pizza http://pizza.openkim. etc) Breve introducción a LAMMPS javier.

/?? !+#8:%=)%>#8:)0*:./)./( Construir librerias requeridas por algunos modulos de Lammps *01%2%#"34%#5..com .Instalando LAMMPS Instalación de Lammps Extraer contenido: !"#$%&'()%*#++.:+-< !+#8:%=)%>#8:)0*:.64%/.wachter@gmail.-.74%80+4%*09#*/4% +:#+4%376#4%$:#&4%.$"$#9 Breve introducción a LAMMPS javier."#$.

com . Para saber que modulos se instalarán: !*#++.wachter@gmail. laplack y lablas.lammps y ver referencias a librerias como lgfortran.Instalando LAMMPS Instalación de Lammps Revisar archivos Makefile.-@-$3@+#8:%.#38#/:=-"#"7- Breve introducción a LAMMPS javier.

Coulomb.Instalando LAMMPS Stardard Potenciales de varios cuerpos LJ. etc. Buckingham.wachter@gmail.com Users . Potenciales embebidos modificados (se agregan fuerzas angulares) y CUDA? Manual dice que se puede usar GPU ó CUDA (no ambos) Breve introducción a LAMMPS javier.

Instalando LAMMPS Instalación de Lammps Agregando o eliminando paquetes: !+#8:%A:-=BB !+#8:%9.com .wachter@gmail.=BB !+#8:%A:-=7-:$=&& !+#8:%A:-=#** Breve introducción a LAMMPS javier.

.wachter@gmail.:9+.F.09 Breve introducción a LAMMPS javier.com .0 (En el directorio !-$3@>CDE@ se encuentran múltiples configuraciones “máquinas”.0%H%9.:9+.Instalando LAMMPS Finalmente compilamos lammps usando la configuración para openmpi: !-$3@+#8:%.. ubuntu.0 Ejecutamos con: !+.0$79%=9. etc) Se genera el ejecutable *+..%G%*+.+1$:.F. mac.:9+.

wachter@gmail.com .Secuencia de comandos Breve introducción a LAMMPS javier.

moléculas.com .wachter@gmail. grupos. etc. Comandos de Dinámica Molecular Generar archivos dump Breve introducción a LAMMPS javier.Secuencia de comandos El script de lammps contiene cuatro etapas principales: - Unidades y condiciones de borde Crear átomos. regiones.

p p fs definiendo estructura. real boundary: p f s. tb se usa read_data potencial interatómico lista de vecinos regiones y grupos regiones y grupos:Void velocidades iniciales Breve introducción a LAMMPS javier. metal.unidades: lj.com .wachter@gmail.

wachter@gmail. velocidades. NPH El comando 67+. Puede ser un archivo único que tiene toda la dinámica o en varios archivos incluso imágenes jpg. número de pasos de simulación Breve introducción a LAMMPS javier. fuerzas. etc.colectividad NVE. genera un archivo con posiciones.com . NVT. NPT.

Ejemplo1: Esfuerzo de corte Breve introducción a LAMMPS javier.wachter@gmail.com .

Na+ Sustrato: Cu Breve introducción a LAMMPS javier.wachter@gmail.Ejemplo 2: Electrodeposición Simulación de la dinámica de iones en la doble capa electroquímica WO3 + H2O !WO4 Solvente: Agua Iones: WO42!.com 2! + + 2H NaOH ! Na+ + (OH)! .

fijas en z.com .wachter@gmail. parte repulsiva) •buck/coul/cut (buck+coulomb) Breve introducción a LAMMPS javier.configuración inicial. ~10000 átomos Condiciones de borde: •Periódicas en x e y. Se define un estilo híbrido de potenciales: •lj/cut (Lennard Jones) •buck (Buckingham.

I Pared superior con )0&%5#** Incluimos un campo eléctrico entre 0 y 1 Volt/Angstrom con T=300 K Breve introducción a LAMMPS javier.com .wachter@gmail.$3:%G7**%G7**%I.Sustrato de cobre fijo con -:").

com .wachter@gmail.Breve introducción a LAMMPS javier.

2976 xrot=1.0.0.0.0.5.0 ilatseed=21 amass=91.2976.0.0.0.0.0.0.976 ymin=0.0.xyz" &end Breve introducción a LAMMPS javier.1.1.0.0.0.0..0.0.1 &end &defcard &end &filecard dynamo="none" paradyn="none" lammps="cu50zr50al10b2-10xcube.1.1.976.546.0 periodicity=1.1.0.1 iseed=21 &end &latcard lattype='sc' alat=3.0.976 oldtype=0 newtype=3 prob=0.wachter@gmail.26.0. En lammpsDIR/tools/ hay otras herramientas veamos el caso de CreateAtoms.0.3.0 zmax=32.976.32.5 ccell=0.0.com .0 delx=0.0.0.3.0.1.0.0. ($tools/createatoms/) &maincard ntypes=2 perub=32.976 perlb=0.0 strain=0.5.0.32.0.0.0.0 &end &subcard &end &defcard xmin=0.0.0.982.0.0.0.1.lmp" xyz="cu50zr50al10b2-10xcube.0.0.0.0..29.0.0 ielement=40.0 &end &subcard rcell=0.1.0.0 &end &subcard rcell=0.0.0.0.2976.0 xmax=32.0 zrot=0.0 yrot=0.13.0 ymax=32.Otras herramientas.63.224.0 ccell=1.0.976 zmin=0.

FIN http://lammps.wachter@gmail.sandia. Breve introducción a LAMMPS javier.com .gov Gracias por su atención! Agradecimientos a Conicyt. contrato 21090391 y beca de término de tesis.

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