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Aurelio Rodrguez,
Tcnico de Aplicaciones
aurelio@cesga.es
HARDWARE
Componentes bsicos Rendimiento de disco y memoria Uso de memoria y disco Uso ptimo del hardware Consideraciones sobre las colas WARE
SOF
!a"ssian# !A$ESS# %WCHE$ Direct &s' incore &s' dis( E)ec"cin en paralelo
CC1
!E%ERA10DADES
FA2
$E$OR0A
$E$OR0A
ama3o+ -56-8!7
$E$OR0A
ama3o+ -56-8!7
D0SCO
ama3o+ 9:: !75 m"chos 7 Ancho de banda+ -9: $7;s 1atencia;ciclos+ 69<6:=
$"chos cdi>os permiten ele>ir al>oritmos ?"e dependen @"ertemente de al>"no de estos componentes
E)ercicio con !A$ESS+ E)ec"ta !A$ESS en el Finis errae+ 6/ con el &alor por de@ecto de la &ariable de entorno A $,D0R -/ con A $,D0R @i)ada a AHO$ESFS;ABO7C0D D/ con A $,D0R @i)ada a AHO$E;ABO7C0D C"anto tarda cada casoE
aplicacionsFces>a'es;sistemasFces>a'es
ISL!D+
J%odos D-+ 6 !7 JOpteron+ 4!7 J7lades+ 4!7 J7lades+ 8!7
Especi@icar $emoria en !a"ssian NmemO6-::mb P$,-;=5D6!< opt '''''''''''''''''' '''''''''''''''''' '''''''''''''''''' Comando lin(:
Especi@icar memoria en !A$ESS ASQS E$ $WORDSO=4 $E$DD0O6-8 AE%D '''''''''''''''''' '''''''''''''''''' ''''''''''''''''''
Especi@icar memoria en %WChem memory total 6::: mb memory heap -9: stac( -9: >lobal 9:: mb '''''''''''''''''' '''''''''''''''''' ''''''''''''''''''
1as r"tinas indi&id"ales reser&arn memoria' El pro>rama abortar si enc"entra "na r"tina ?"e pide demasiada memoria' %WChem s"ele dar "n mensa)e de error m"y descripti&o' Si ests e)ec"tando en paralelo adicionalmente se>"irn m"chos errores $,0
E)ercicio con !a"ssian+ E)ec"ta !a"ssian :D en el Finis errae+ 6/ con el m*todo DF "sando el al>oritmo incore -/ con el m*todo DF "sando el al>oritmo directo RC"anto tarda cada casoE R2"* oc"rre c"ando se "san - procesadoresE
Compila y pasa los tests a el cdi>o t" mismo $ira si los &endedores o los desarrolladores ya
conocen la me)or @orma de compilacin para t" plata@orma
!a"ssian :D+
Es "n pa?"ete de estr"ct"ra electrnica capaU de predecir m"chas propiedades de tomos# mol*c"las# sistemas reacti&os# por e)+ JEner>Gas molec"lares JEstr"ct"ras JFrec"encias &ibracionales JDensidades electrnicas UtiliUando m*todos ab initio# teorGa de la @"ncional de la densidad# semi5empGricos# mecnica molec"lar y &arios m*todos hGbridos
http+;;www'>a"ssian'com;techCtopCle&el'htm http+;;www'>a"ssian'com;>C"r;mCe@@'htm
!amess+
Es "n pro>rama para el modelado basado en la @"ncin de onda de la estr"ct"ra electrnica de sistemas ?"Gmicos de estr"ct"ra electrnica'
!A$ESS est mantenido por los miembros del V$ar( !ordonWs 2"ant"m heory !ro"pX'
http+;;www'ms>'ameslab'>o&;!A$ESS;doc"mentation'html
%WChem+
,a?"ete de estr"ct"ra electrnica desarrollado en el ,aci@ic %orwest %ational 1aboratory y dise3ado para obtener "n >ran rendimiento de s" e)ec"cin en paralelo ,resenta caracterGsticas bastante Mnicas como por e)+ 0nte>racin con python
!a"ssian;!amess;%WChem
!a"ssian;!amess;%WChem
Clc"los HF o DF
Clc"los Vin5coreX
o solo memoria+ IS"@iciente memoria para almacenar todo
0nte>rales - e5
Otros
C,U:
Clc"los en disco+
IDependemos del rendimiento del sistema de @icheros
0nte>rales - e5
Disco
C,U:
Clc"los Directos+
ICada &eU ?"e
Orbitales $olec"lares 0nte>rales 6e5
0nte>rales - e5
Otros
C,U:
!a"ssian+
I$emoria compartida .Open$,/
!amess+
IDatos distrib"idos o replicados "sando el V!A$ESS distrib"ted data inter@ace .DD0/X
%WChem+
IDatos distrib"idos o replicados "sando el !lobal Arrays
1os m*todos HF y DF
importante+
HF;DF paralelo
!a"ssian+
I7"en escalado hasta 458 procesadores
!amess+
I7"en escalado hasta 856= procesadores
%WChem+
I7"en escalado hasta -9= procesadores
E)ercicio con %WChem+ E)ec"ta %WChem en el Finis errae+ 6/ E)ec"ta en serie -/ E)ec"ta en paralelo con -#4#8 y 6= procesadores RC"anto tarda cada casoE RCmo escala este pro>ramaE
350
300
iempo;s 250
200
G03 NWChem
150
100
50
0 1 Proc
2 Proc
4 Proc
8 Proc
16 Proc
!a"ssian+
7"en escalado hasta 4 procesadores para ener>Gas y >radientes' 1os >radientes analGticos se bene@ician m"cho de "na >ran cantidad de memoria
!amess+
7"en escalado hasta 4 procesadores para ener>Gas y >radientes' Rendimiento m"y dependiente de la memoria disponible
%WChem+
7"en escalado hasta 6-8 procesadores para ener>Gas y >radientes' Se debe che?"ear el @ichero de o"tp"t acerca de las estadGsticas de memoria
CCSD. / paralelo
!a"ssian+ no est paraleliUado pero''' .librerGas matemticas/' !amess+ paraleliUado para ener>Gas %WChem+ paraleliUado para ener>Gas
0nteraccin de con@i>"raciones
!a"ssian+ ener>Gas y >radientes paralelos !amess+ paraleliUado para ener>Gas %WChem+ paraleliUado para ener>Gas
El escalado paralelo est limitado por la paraleliUacin de los >radientes y a &eces de los hessianos'
J,or e) en !a"ssian optOcalcFC o optOcalcall hace ?"e se calc"le el hessiano en 6 o ms pasos' .optimiUacin de p"ntos de silla/
!eneralidades;FA2
R2"e ser&idor debo "sarE RDebo "sar las colasE R2"* rec"rsos necesita mi
traba)oE
>:Dmem @icheroCdeCinp"t
Restart;Chec(pointin>
Otros pro>ramas'''
(AG&A)
O,E%7A7E1
CO TACTO#
Aurelio Rodrguez aurelio@cesga.es $%%p#&&'''.cesga.es