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Estructura de los cidos Nucleicos

Miguel Angel Ordorica Vargas & Mara de la Luz Velzquez Monroy Introduccin El estudio de los cidos nucleicos es la disciplina que domina hoy en da la investigacin cientfica en el campo de las Ciencias Biolgicas. Tal relevancia es comprensible cuando reconocemos que los cidos nucleicos son los compuestos qumicos responsables de almacenar, transmitir y expresar la infromacin gentica en todos los seres vivos. Sin embargo, como se describe a continuacin, el papel de los cidos nuclecos como material gentico, no fue aceptado en forma universal sino hasta la segunda mitad del siglo XX. Historia 1869. El qumico suizo Johann Friedrich Miescher (1844-1895) asla del ncleo celular de los leucocitos una sustancia nitrogenada, rica en fosfatos y soluble en lcalis pero no en cidos, a la que llama Nuclena. Hasta donde sabemos, Miescher crea que la funcin de la nuclena era almacenar fosfato. Treinta aos despus, en 1899, el qumico alemn Richard Altmann (1852-1901) desarrolla mtodos para obtener la nuclena libre de protenas y propone el cambio del nombre Nuclena por cido Nucleico. Durante la dcada de 1920, el qumico Phoebus Aaron Theodor Levene (1869-1940) analiza los componentes de la molcula de cido desoxirribonucleico; encuentra que contienen cuatro bases nitrogenadas Adenina, Guanina, Citosina y Timina; el azcar Desoxirribosa y Fosfato. Figura 1. Friederich Miescher

Correctamente, dedujo que los nucletidos eran las unidades estructurales del DNA y que a su vez estabn formados por una base y fosfato, ambos unidos al azcar. Desafortunadamente, en forma equivocada, concluy que los cuatro nucletidos se encontraban en cantidades iguales y postul la Teora del Tetra-Nucletido como unidad bsica del DNA, considerndolo una molcula repetitiva, sin capacidad para ser el material gentico. En 1928, el microbilogo ingls Frederick Griffith (?-1940) descubre la transformacin de las cepas no patgenas de Streptococcus pneumoniae usando restos de cepas patgenas muertas, y propone la exisFigura 2. P. A. T. tencia de un Principio Transformador, responsable Leven del cambio, pero no hace ninguna sugerencia respecto de la naturaleza qumica del mismo. En 1944, los investigadores Oswald Theodore Avery (1877-1955) Colin M. MacLeod y Maclyn McCarty (1912-2003) mediante la destruccin secuencial de las macromolculas de las clulas de la cepa patgene de S. neumonie, aportan pruebas de que el DNA es el Principio Transformador de Griffith. A pesar de lo cual, para muchos investigadores, an permaneca la duda sobre la naturaleza qumica del material gentico.

Figura 3. Frederick Griffith

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Figura 4. De izquierda a derecha, Avery, MacLeod y McCarty Entre 1950 y 1953 el bioqumico austriaco Erwin Chargaff (1905-1997) y sus colaboradores descubren la equivalencia de bases en el DNA. [A] = [T], [G] = [C], [Purina]/[Pirimidina] = 1 y [A+T]/[G+C] caracterstico de especie. Sus descubrimientos destruyen la teora del tetra - nucletido y aportan informacin importante sobre la estructura del DNA, en especial la variacin de composicin entre especies, que apoya el papel del DNA como material gentico, aunque no constituye evidencia definitiva. 1951. Rosalind Elsie Franklin (1920-1958) descubre las estructuras helicoidales del DNA conocidas como DNA-A y DNA-B, mediante difracciones de rayos X de fibras hidratadas. 1952. Alfred Day Hersey (1908-1997) y Martha Chase demuestran que la infeccin viral se realiza con DNA. Los resulados de este experimento, junto con los datos de Chargaff, convencen a la mayora de los investigadores de que el DNA es el material gentico.

Figura 5. De izquierda a derecha, Chargaff, Franklin, Chase y Hersey 1953. James Dewey Watson (1928-) y Francis Harrry Compton Crick (1916-) proponen la complementariedad de bases y usando mtodos de modelado molecular, los datos de Chargaff y Franklin, postulan el modelo de la Doble Hlice del DNA.

Figura 6. Watson (izquierda) y Crick (derecha)


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1958. Matthew Meselson y Franklin W. Stahl aportan pruebas de la Replicacin Semiconservativa del DNA segn el modelo de Watson y Crick 1961. Jacques Monod (1910-1976) y Francis Jacob (1920-) publican el modelo del Opern para la regulacin de la sntesis de protenas. Entre 1961 y 1965, Marshall W. Nirenberg, Heinrich Matthaei, Har Gobind Khorana, Severo Ochoa y otros, decifran el Cdigo Gentico completo. 1974. Sung-Hou Kim y Alexander Rich determinan la Estructura Tridimensional del tRNA. 1977. Frederick Sanger y colaboradores secuencian el DNA de cadena simple del virus 174. 1977. Phil Sharp del MIT y Rich Roberts del Cold Sprig Harbor, descubren las secuencias internas no codificantes de los genes eucariticos o Intrones. 1981. Thomas R. Cech y colaboradores, descubren la autohidrlisis del Intron I del RNA en el protozoario Tetrahymena thermophila. 1983. Sidney Altman y su grupo reportan la Actividad Cataltica del RNA de la Ribonucleasa P de Escherichia coli y Bacillus subtilis. 1987. Se inicia el proyecto del Genoma Humano, que produce sus primeros resultados en 1999 cuando se publica la secuencia completa del cromosoma humano 22. A finales del ao 2000 se publica el primer borrador completo del genoma humano y en abril de 2003, la secuencia completa final. 1997. Se define el mecanismo del fenmeno de Represin Gentica Postranscripcional o Interferencia del RNA Definicin Desde el punto de vista qumico, los cidos nucleicos son: macromolculas formadas por polmeros lineales de nucletidos, unidos por enlaces ester de fosfato, sin periodicidad aparente. La semejanza entre esta defincin y la de las protenas, es consecuencia de la relacin funcional de ambas macromolculas. En el terreno biolgico, la secuencia de nucletidos del polmero, contiene la informacin gentica de los seres vivos. Clasificacin Como se explic, los cidos nucleicos son el material gentico de todos los seres vivos, esta funcin es compartida por dos tipos de cidos nucleicos que difieren entre si en pequeos detalles de su estructura, propiedades y composicin qumica y gran parte de su funcin: el cido Ribonucleico (RNA o ARN) y el cido Desoxirribonucleico (DNA o ADN). Una propieda qumica diferente entre DNA y RNA, debida a la diferencia en composicin qumca, es la sensibilidad a la hidrlisis, el DNA es estable en medio alcalino y slo se hidroliza en medio cido mientras que el RNA puede hidrolizar tanto en medio cido como alcalino. La distribucin de los cidos nucleicos en las clulas eucariticas es caracterstica, el 95% del DNA se encuentra en el ncleo, y el remanente en mitocondrias y cloroplastos, mientras que slo el 20% del RNA se encuentra en el ncleo y el resto en el citoplasma. Tambin hay diferencia en
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cantidad, en las clulas existe de 2 a 8 veces ms RNA que DNA. Por otro lado, mientras que hay un solo tipo de DNA, encargado de almacenar y transmitir la informacin gentica, existen al menos tres tipos de RNA con funciones distintas en la sntesis de protenas y otros procesos. El RNA mensajero (mRNA o ARNm), que transporta el mensaje gentico del DNA a los ribosomas, para dirigir la sntesis de protenas; representa el 5% del RNA total. El RNA ribosomal (rRNA o ARNr), formando parte de la estructura del los ribosomas. Este tipo de RNA est formados por un grupo de molculas que se clasifican en base a sus coeficientes de sedimentacin como 23s, 16s y 5s en procariotes y 28s, 17s, 7s y 5s en eucariotes. Este es el RNA que se encuentra en mayor proporcin pues constituye el 80% del total. El RNA de transferencia (tRNA o ARNt), est constituido por una familia de molculas, las ms pequeas de los cidos nucleicos, cuya funcin es acoplar la informacin del mRNA con los aminocidos. Constituye el 15% restante. Adems, en el ncleo exite un grupo heterogeneo de molculas de RNA (hnRNA) que cumplen funciones catalticas en diversos procesos. La mayor parte de las formas de vida, incluyendo organismos unicelulares, multicelulares y muchos virus, utilizan DNA como material gentico. En otros virus, el RNA es el material gentico; algunos de ellos lo usan para transmitir directamente la informacin mediante el proceso de Replicacin de RNA, mientras que otros, llamados retrovirus, usan RNA pero, para poder expresar su informacin gentica, primero la convierten a DNA. Nucletidos Los nucletidos son las unidades estructurales de los cidos nucleicos, se liberan mediante hidrlisis controlada y estn formados de tres molculas, una base nitrogenada, un monosacrido y un grupo fosfato. a) Bases Nitrogenadas. Son compuestos aromticos heterocclicos derivados de las bases orgnicas Purina y Pirimidina.
3

N
2

H C
4

CH CH
6

N
2

H C
6 5 4

N CH N9 H
8

HC

N
1

HC

N
3

Pirimidina

Purina

Figura 7. Estructura y numeracin de Purina y Pirimidina Las bases derivadas de Pirimidina se denomina Pirimdicas; las ms abundantes en los cido nucleicos son Citosina, Uracilo y Timina. Las bases derivadas de Purina se llaman Pricas y las ms abundantes son Adenina y Guanina.
NH2 N O N H Citosina O HN N H Timina O CH3 O HN N H Uracilo O N N NH2 N N H H2N HN N Guanina O N N H

Adenina

Figura 8. Bases Nitrogenadas ms frecuentes en los cidos Nucleicos


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La primera diferencia en composicin qumica entre los dos tipos de cidos nucleicos es la distribucin de las bases. Adenina, Guanina y Citosina se encuentran tanto en DNA como RNA mientras que la Timina se encuentra casi exclusivamente en DNA y el Uracilo slo en RNA. Adems de la anteriores, es frecuente encontrar bases modificadas, tanto pricas como pirimdicas, entre las ms abundantes estn la 5-metilcitosina, la 5-hidroximetilcitosina y la 6-Metiladenina que se han relacionado con la regulacin de la expresin del DNA, la 7-metilguanina y el dihidrouracilo que forman parte de la estructura de los RNA, e hipoxantina y xantina como intermediarios metablicos y productos de reaccin del DNA con sustancias mutagnicas.
NH2 N O N H 5-Metilcitosina HN N N CH3 N N H H2N HN N O CH3 O N N H 5-HidroximetilCitosina CH3 N N H HN N O N N H O HN NH2 CH2 OH O HN N H O CH2 CH2

Dihidrouracilo O N N N H H Xantina

6-Metiladenina

7-Metilguanina

Hipoxantina

Figura 9. Bases modificadas del DNA y RNA Como son aromticas, tanto las bases pricas como las pirimdicas son planas, lo cual es importante en la estructura de los cidos nucleicos. Tambin son insolubles en agua y pueden establecer interacciones hidrfobas entre ellas; estas interacciones sirven para estabilizar la estructura tridimensional de los cidos nucleicos. Las bases nitrogenadas absorben luz en el rango ultravioleta (250280 nm), propiedad que se usa para su estudio y cuantificacin. A pesar de su nombre, su carcter bsico es muy dbil, as tenemos que los valores de pKa para los grupos amino en las posiciones 4 de Citosina, 6 de Adenina y 2 de Guanina son 4.5, 4.2 y 3.2 respectivamente, mientras que para los nitrgenos del anillo las constantes son de 9.5 y 9.9 para el Nitrgeno 1 de Uracilo y Timina respectivamente, y 9.5 para el Nitrgeno 6 de Guanina. Toda las bases nitrogenadas pueden presentar tautomera; la forma enlica es favorecida a pH alcalino.
NH2 N O N H O Citosina HN N H O NH N N H OH CH3 O Timina HN N H O CH3

Figura 10. Tautomera de las bases Pirimdicas b) Monosacridos. La segunda diferencia en composicin entre los cidos nucleicos es la aldopentosa que forma parte de los nucletidos, y adems da nombre a los cidos, la ribosa en el RNA y desoxirribosa en el DNA.
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HO H2C 5
4

OH H
2 1

HO H2C 5
4

OH H
2 1

H
3

H
3

OH OH -D-Ribofuranosa

OH H -D-2-Desoxirribofuranosa

Figura 11. Pentosas del DNA y RNA Ambos monosacridos son solubles en agua y se encuentran en la forma cclica de furanosa por lo que tambin son casi planas y en los nucletidos, presentan anomera . c) Fosfato. Este componente deriva del cido fosfrico, en los nucletidos es responsable de su carcter cido y gran parte de la solubilidad. Participa en la formacin de los enlaces ster que mantienen unidos los nucletidos. d) Nuclesidos. La unin entre un monosacrido y una base, se denomina nuclesido. La unin base-azcar se efecta a travs de un enlace glicosdico, con configuracin beta () entre el carbono uno de ribosa o desoxirribosa, y un nitrgeno de las base, el 1 en las pirimidinas, y el 9 en las purinas. Para evitar confusiones en la nomenclatura de nuclesidos y nucletidos, los tomos de la molcula de monosacrido se designan con nmeros seguidos de un apstrofe (1, 2, etc.), para distinguirlos de los de la base, por lo que los enlaces de los nuclesidos se designan como (1-1) en las pirimidinas y (1-9) en las purinas.
NH2 N N HO H2C H H N N O H H HO H2C H H O H H N NH2 N O

OH OH Adenosina

OH OH Citidina

Los nuclesidos son ms solubles que las bases libres y los planos de la base y el azcar son perpendiculares entre si. Como el enlace glicosidico es sencillo, las bases pueden presentar dos conformaciones diferentes: anti cuando el plano de la base est alejada del plano del azucar y syn, cuando las bases estn sobre el plano del azucar. Los nuclesidos puricos pueden presentar ambas conformaciones, aunque la anti es ms estable; los pirimidicos slo pueden existir en anti, porque el Oxgeno en el carbono 2 no permite que se forme la syn. Nuclesidos Modificados. En los tRNA existen en forma caracerstica, nuclesidos modificados como la seudouridina, formada por uracilo y ribosa unidos a travs de un enlace (1-5). Tambin se encuentra un nuclesido de timina y ribosa, la ribotimidina. Otro nuclesido presente en el tRNA es la Dihidrouridina, formado por ribosa y dihidrouracilo unidos por enlace (1-1). En el metabolismo de las bases pricas se forma un nuclesido con Hipoxantina y Ribosa llamado Inosina. Los nuclesidos y los nucletidos, se nombran segn la base que contienen como se ilustra en la Tabla I.

Figura 12. Nucleosido de Adenina en conformacin syn y de Citosina en conformacin anti

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O N N HO H2C H H N N O H H H H H H HO H2C H H N O H H O NH HN O HO H2C H H O NH H3C O HO H2C H H H H N O H H O NH O

OH OH Inosina

OH OH Dihidrouridina

OH OH Seudouridina

OH OH Ribotimidina

Figura 13. Nuclesidos modificados e) Nucletidos. Los nucletidos se forman cuando se une cido fosfrico a un nuclesido mediante un enlace ster, en alguno de los grupos -OH del monosacrido. Aunque la ribosa tiene tres posiciones en las que se puede unir el fosfato (2, 3 y 5), y en la desoxirribosa dos (3 y 5), los nucletidos naturales ms abundantes son los que tienen fosfato en la posicin 5. Nucletidos con fosfato en 3 aparecen en la degradacin de los cidos nucleicos. Adems de formar la estructura de los cidos nucleicos los nucletidos tienen otras funciones relevantes: 1. El nuclesido Adenosina tiene funcines de neurotransmisor. 2. ATP es la molcula universal para transferencia de energa; 3. UDP y el CDP sirven como transportadores en el metabolismo de glcidos, lpidos y otras molculas; 4. AMPc, GMPc y el propio ATP cumplen funciones reguladoras; 5. AMP forma parte de la estructura de coenzimas como FAD, NAD+, NADP+ y CoA. Tabla I. Nomenclatura de Nuclesidos y Nucletidos Base Nuclesido Nucletido RNA Adenina (A) Adenosina Adenosin-5-monofosfato (AMP) Guanina (G) Guanosina Guanosin-5-monofosfato (GMP) Citosina (C) Citidina Citidin-5-monofosfato (CMP) Uracilo (U) Uridina Uridin-5-monofosfato (UMP) Timina (T) Ribotimidina Ribotimidin-5-monofosfato (dTMP) DNA Adenina (A) Desoxiadenosina Desoxiadenosin-5-monofosfato (dAMP) Guanina (G) Desoxiguanosina Desoxiguanosin-5-monofosfato (dGMP) Citosina (C) Desoxicitidina Desoxicitidin-5-monofosfato (dCMP) Uracilo (U) Desoxiuridina Desoxiuridin-5-monofosfato (dUMP) Timina (T) Timidina Desoxitimidin-5-monofosfato (dTMP)

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Estructura Primaria Los cidos nucleicos se forman cuando el grupos fosfato de un nucletido se une al OH en 3 del azcar de otro nucletidos, mediante un enlace ster. Como la unin entre nucletidos depende de dos enlaces ster con una misma molcula de fosfato, se acostumbra designarlo como enlace diester de fosfato fosfodiester. La cadena resultante recibe el nombre de polinucletido y pueden ser de tamaos muy variados, desde los aproximadamente 70 nucletidos de los tRNA hasta cientos de millones de ellos en el DNA. Las cadenas de polinucletidos, igual que las de protenas y polisacridos, tienen dos extremos distintos. El extremo 5, en el cual esta posicin del azcar no participa en enlace con ningn otro nucletido, y el extremo 3 en el que dicho carbono del nucletido es el que se encuentra libre. Por convencin, se acostumbra a representar las cadenas de nucletidos, en direccin 5 a 3 de izquierda a derecha.
NH2 O O P O O O P O O O P O O O P O O O O N O O O O N O O N N N NH2 N O O N N
105

NH N O CH3 NH2

NH O

Como se puede ver en la Figura 14, representar en forma desarrollada la estructura de los cidos nucleicos, an los ms pequeos, resulta engorroso y no es necesario pues la parte importante de ella, la secuencia de bases, se puede representar en forma abreviada como una secuencia de letras maysculas haciendo A=AMP, G=GMP, C=CMP, U=UMP y T=TMP. Cuando se trata de desoxirribonucletidos, se antepone una d como en dA= desoxi AMP, etc. Para interpretar este tipo de representacin hay que recordar que las secuencias siempre se escriben con en el extremo 5 a la izquierda y que los fragmentos de DNA y RNA se pueden distinguir por la d que se antepone a los desoxinucletidos, o por la presencia de uridina (U) en el RNA y timidina (T) en el DNA. A. DNA. La estructura primaria del DNA est formada por desoxinucletidos de Adenina, Guanina, Citosina y Timina. En los eucariotes tambin se encuentra 6-Metiladenina, 5-metilcitosina, y en procariotes y virus 5-hidroximetilcitosina. La principal caracterstica de la estructura primaria del DNA es su gran tamao; los ms pequeos son cadenas formadas por 4 a 5 mil de pares de bases o kilopares de bases (kb), que forman el material gentico de los virus, pero las ms grandes tienen cientos de millones de bases. Los cromosomas de muchos virus y procariotes son molculas circulares cerradas, mientras que en los Eucariotes son cadenas abiertas. En los extremos de los cromosomas lineales de Eucariotes, se encuentra como parte de la estructura primaria zonas con secuencias repetitivas, llamadas Telomeros. La secuencia de los telomeros es caracterstica de especie. B. RNA. La estructura primaria de los RNA est formada por desoxinucletidos de Adenina, Guanina, Citosina y Uracilo. La mayor parte de los RNA tiene bases y nucletidos modificados, que probablemente les permiten resistir la accin de las nucleasas del citoplasma. La mayor abundancia se encuentra en los rRNA.
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Figura 14. Estructura primaria de los cidos nucleicos

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Los tRNA que son los cidos nucleicos ms pequeos (70 a 95 nucletidos) tienen ribotimidina, seudourudina (), dihidrouridina (DHU), 5-metilcitosina y 7-metilguanina, en posiciones especficas. Adems, en el extremo 3 terminal se encuentra una secuencia constante CCA que es el sitio de unin del aminocido. Los mRNA tienen tambin citosina y guanina metiladas, y adems una secuencia de poliadenilato con 100 a 200 nucletidos, en el extremo 3 y en 5 el nucletido 7-metilguanosina trifosfato, que se conoce como el Cap, y que identificar al RNA como mensajero. Por su parte los rRNA tienen muchas bases metiladas y la longitud de sus cadenas depende del tipo, el rRNA 5s tiene alrededor de 120 nucletidos mientras el rRNA 28s tiene ms o menos 4000 nucletidos. Estructura Secundaria Se llama estructura secundaria de los cidos nucleicos, a la asociacin que se forman entre zonas de una misma cadena odos cadenas distintas. Esta asociacin depende de la complementariedad entre las bases pricas y pirimidicas. La complementariedad de las bases est dada por el nmero y posicin de los puentes de Hidrgeno que pueden formar, dos entre ADENINA y TIMINA (A=T), y tres entre GUANINA y CITOSINA (GC). En el RNA el URACILO toma el lugar de la timina. Estos apareamientos no son los nicos posibles pero si los ms estables.
H H N Cadena N H Adenina N N H O CH 3

H H N Cadena
N O Cadena Timina

N N N

N N

Guanina

Cadena O Citosina

Figura 15. Complementariedad de bases del DNA A. DNA. El DNA es una molcula fibrosa de peso molecular elevado (hasta 109). En todas las clulas y la mayora de los virus, est formada por dos cadenas de nuclotidos con secuencias complementarias. Adems de complementarias, las cadenas son antiparalelas; esto es, una cadena corre en direccin 5 a 3 mientras la otra lo hace de 3 a 5. Las cadenas giran alrededor de un eje comn formando una espiral doble conocida como Doble Hlice. Las cadenas se mantienen unidas por interacciones hidrfobas entre las bases que al ser planas se apilan una sobre otra, en el interior de la hlice. Aunque los puentes de hidrgeno tienen una contribucin menor a la estabilidad de la doble hlice, pues su funcin principal es asegurar la complementariedad, la diferencia en el nmero de puentes de hidrgeno de los pares AT y GC influye en la llamada Desnaturalizacin del DNA, que consiste en la separacin de las cadenas de la doble hlice para quedar como hebras sencillas. La Temperatura de Fusin del DNA, que es la temperatura a la cual una molcula de DNA se ha desnaturalizado al 50%, aumenta mientra mayor cantidad de pares GC hay en la molcula.
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Figura 16. Doble hlice del DNA-B Existen varias estructuras secundarias del DNA, la primera fue propuesta por Watson y Crick en 1953 y se conoce como forma B del DNA (DNA-B). En este modelo, la doble hlice da un giro completo a la derecha (en el sentido de las manecillas del reloj) cada 10 pares de base, recorriendo una distancia de 3.4 nm y tiene un dimetro de 2 nm. Otras estructuras secundarias de DNA (Tabla II), varan en el nmero de bases por cada vuelta completa de la hlice, la distancia recorrida por vuelta y hasta en el sentido de giro, el Z-DNA gira a la izquierda, Sin embargo, todas las estructuras secundarias del DNA conservan las caractersticas generales del modelo de Watson y Crick, son cadenas dobles, antiparalelas, complementarias y con forma de hlices.

Figura 17. Estructuras secundarias del DNA. De izquierda a derecha A, B y Z

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Tabla II. Caractersticas de las estructuras secundarias cristalinas del DNA. Modelo Parmetro A B Z Direccin de giro Derecha Derecha Izquierda Pares de bases / giro 11 10 12 Distancia entre pares* 0.23 0.34 0.37 Distancia / giro* 2.46 3.4 4.46 Dimetro* 2.3 2.0 1.8 Angulo / par de bases 33.6 36 -60 en dos Nucletidos / unidad 1 1 2 * Distancias en nm B. RNA. Al contrario del DNA, la estructura secundaria del RNA siempre esta formada por una sola cadena de nucletidos que puede presentar zonas de doble hlice. La estructura secundaria de los mRNA, es difcil de determinar, debido al elevado peso molecular y la baja concentracin de estas molculas. Las fracciones 5s, 16s y 23s del rRNA, tienen muchas regiones con secuencias complementarias, que forman estructuras secundarias con asas de doble cadena (50% en 5s,) con pares A=U y GC. Por otro lado, para los tRNA se conoce bien una estructura secundaria denominada hoja de trbol, porque est formada por un tallo con tres, y ocasionalmente cuatro brazos. El tallo, los tres brazos constantes, y el brazo variable, cuando tiene longitud suficiente, presentan zonas de doble cadena, con pares A=U y GC, que ocupan aproximadamente el 60% de las bases. En el tallo se encuentran los dos extremos terminales, uno de los cuales el 3 corresponde al sitio de unin del aminocido. Los brazos o asas constantes se numeran del I a III, a partir del extremo 5. El brazo II se conoce como el Asa del anticodon, porque en l se encuentra la secuencia de nucletidos que forma el anticodn, complementario del codn del mRNA. En los otros dos brazos constantes I y III, se encuentran siempre en posiciones equivalentes algunos nucletidos modificados como dihidrouridina (DHU) en el brazo I o asa de la dihidrouridina, y ribotimidina y seudouridina en el asa de la ribotimidina o brazo III. El brazo IV tiene un nmero de nucletidos variable y algunos tRNA no lo presentan. Estructura Terciaria A.DNA. El DNA de cualquier clula tiene un longitud que excede con mucho el tamao total de esta, resulta enton- Figura 18. Estructura secundaria en ces indispensable plegar la molcula, en una estructura "hoja de trebol" del compacta que pueda acomodarse dentro de la clula o del tRNA ncleo. En las clulas eucariticas, este plegamiento depende de la interaccin del DNA con protenas, para formar la Cromatina. Las protenas de condensacin ms abundantes son las Histonas, molculas pequeas con gran cantidad de lisina y armaov/mlvm/11

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ginina, aminocidos con carga positiva, que interactuan con las cargas negativas del fosfato del DNA. El grado de condensacin de la cromatina depende de la regin del genoma, las partes que no se expresan estn ms compactas. El primer paso en la compactacin del genoma consiste en la formacin de los Nucleosomas. Para ello la cadena de DNA da dos vueltas, que ocupan aproximadamente 146 pares de bases, alrededor de un ncleo formado por cuatro tipos de histonas (H2A, H2B, H3 y H4), la integridad del nucleosoma se mantiene mediante la histona H1.

Figura 19. Estructura del nucleosoma, vista frontal (izquierda) y lateral (derecha) Los nucleosomas estn separados entre si por 60 pares de bases del DNA y se pueden compactar ms, formando un solenoide, con 6 nucleosomas por vuelta, de aproximadamente 30 nm de dimetro. El tbulo formado por el solenoide se pliega formado asas ancladas en una matriz de protenas no histnicas. El complejo resultante se puede plegar an ms enrollndose, para formar una espiral con 18 asas en cada vuelta, estas estructuras forman las minibandas de los cromosomas.

Figura 20. Primeros pasos en la formacin de la estructura terciaria del DNA B. RNA. De todos los tipos de RNA slo se conoce con detalle la estructura terciaria de los rRNA y el tRNA. La estructura terciaria de los rRNA fue resuelta recientemente por difraccin de Rayos X; su forma general se presenta en la Figura 21. La forma tridimensional de los tRNA resueltos por difraccin de Rayos X hasta hoy se aproxima a una L. En el extremo de uno de los brazos de la L se encuentra el sitio de unin del aminocido
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y en el extremo del otro el anticodn. La bisagra de la L est formada por las brazos I y III de la hoja de trbol, y tambin el IV cuando est presente.

Figura 21. Estructura terciaria del RNA. De izquierda a derecha rRNA 16s, rRNA 23s+5s y tRNA

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