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ModeIi;ocion MoIecuIor.

ApIiocion o biomoIecuIos
Modelizacin Molecular. Aplicacin a biomolculas
1. Estructura de proteinas
2. Introduccion a las Bases de Datos. Visualizacion de proteinas
3. Mecanica Molecular
4. Tecnicas de Simulacion
5. Modelizacion Molecular para disear nuevos compuestos
: Francisco Muoz, 1uan Frau y Miquel Coll
8iomoIecuIos
1ipos de moleculas biolgicas
Carbohidratos
Monosacaridos ,azcares, |C,l
2
O,|
n
Oligosacaridos ,n10,
Polisacaridos
1riosa, tetrosa, pentosa, hexosa
Lactosa Maltosa
Amilosa Amilopectina
8iomoIecuIos
Lipidos
Clasiicados por sus propiedades hidrobicas
Deriados de acidos grasos ,palmtico, estearico, oleico, ..,
Proteinas
Acidos Nucleicos
Otras biomoleculas
Vitaminas
lormonas ,deriados de aminoacidos, polipptidos, esteroides,.
Profenos
Estructura. Las unidades estructurales de las proteinas son los aminoacidos.
20 aminoacidos
Hidrofobicos alifaticos
Hidrofobicos aromaticos
Grupos polares neutros
Acidos
Basicos
Conformacialmente significativos
Profenos
Hidrofbicos alifticos
Hidrofbicos aromticos
Profenos
Cadena polar neutra
Profenos
Bsicos
Acidos
Profenos
Conformacionalmente significativos
Profenos
Propiedades.
Tamao
Carga
Polaridad
HidroIobicidad
Aromaticidad
Profenos
Los aminoacidos se unen entre si, via los grupos amino de un aminoacido con el
grupo carboxilo de otro.
Nomenclatura
Profenos
Caracteristicas del enlace peptidico. Resonancia del enlace peptidico
1.32
1.47
1.53
PreIerencia conIormacion trans
del enlace peptidico excepto en
la prolina
Profenos
Estructura Primaria. Secuencia de aminoacidos
Profenos
Estructura Secundaria. ConIormacion espacial
Hlice Caractersticas
-Estructura se repite cada 5.4 A
- Completan una vuelta alrededor de su eje cada
3.6 aminoacidos
-Cada residuo avanza 1.5 A a lo largo del eje
- CO (i)....HN (i4)
- = 57 = 47
Profenos
Hlice
Profenos
Estructura Secundaria. ConIormacion espacial
Lminas . . . . Hebras alineadas en zig-zag. Tipos de laminas: Paralelas, Anti-paralelas y mixtas
-140 130
- Cada residuo avanza 3.5 A a lo
largo el eje de la hebra
Profenos
Estructura Secundaria. ConIormacion espacial
Giros . . . . El aminoacido i se une por puente de hidrogeno al (i3)
Tipos: ipo I( turn, hairpin), ipo II y Tipo (III) helice 3
10
Giros . El aminoacido i se une por puente de hidrogeno al (i2)
Profenos
Representacion de una mutante (S235A) de la -lactamasa TEM1
Profenos
Angulos caracteristicos
Profenos
Ramachandran Plots
Profenos
Ramachandran Plots
Ramachandran Plot de Corvnebacterium 2,5-diketo-d-gluconic acid reductase A
(glicina y prolina indicados con triangulos). De los 238 residuos (excepto
glicinas y prolinas), 213 (89.5) se encuentran en las regiones mas Iavorecidas
de y .
Profenos
Motivos (Estructuras supersecundarias). . . .
Combinaciones de estructuras y/o
Tipos:
Greek kev (greca) v Jellvroll.
Combinacion de -turn (-hairpin)
(o sea, dos laminas antiparalelas unidas por
un giro de 3 a 5 residuos).
--. Entre laminas paralelas
Profenos
Dominios. La unidad Iundamental de la estructura terciaria es el dominio. DeIinido
como la cadena polipeptidica o parte de la cadena polipeptidica que tiene un
plegamiento propio e independientemente del resto de la proteina. Son combinaciones
comunes de motivos.
Estructura Terciaria. Las estructuras secundarias de una unica cadena de
polipeptido se asocian y Iorman dominios. Los dominios de una unica cadena
de polipeptido se asocian y Iorman estructuras terciarias
Profenos
Profenos
CLASIIICACIN DL PRO1LNAS
Se clasifican en :
lOLOPRO1LNAS
lormadas solamente por aminoacidos
lL1LROPRO1LNAS
lormadas por una raccin protenica y por un grupo no protenico, que se
denomina "grupo prostetico
Profenos
lOLOPRO1LNAS
Colagenos: en tejidos conjuntios, cartilaginosos
Queratinas: Ln ormaciones epidrmicas: pelos, unas, plumas, cuernos.
Llastinas: Ln tendones y asos sanguineos
libronas: Ln hilos de seda, ,aranas, insectos,
librosas
Prolaminas:Zeva ;vaa),gtiaaiva ;trigo), hordena ,cebada,
Gluteninas:Glutenina ,trigo,, orizanina ,arroz,.
Albminas:eroatbvviva ;.avgre), oroatbvviva ;bvero), tactoatbvviva ;tecbe)
lormonas: v.vtiva, borvova aet crecivievto, rotactiva, tirotroiva
Lnzimas: iarota.a., Oiaa.a., iga.a., ia.a., 1rav.fera.a....etc.
Globulares
Profenos
lL1LROPRO1LNAS
lemoglobina, hemocianina, mioglobina, que transportan oxgeno
Citocromos, que transportan electrones
Cromoprotenas
Nucleosomas de la cromatina
Ribosomas
Nucleoprotenas
De alta, baja y muy baja densidad, que transportan lpidos en la sangre.
Lipoprotenas
Ribonucleasa
Mucoprotenas
Anticuerpos
lormona luteinizante
Glucoprotenas
Profenos
IUNCIONLS Y LJLMPLOS DL PRO1LNAS
Oroatbvviva, de la clara de hueo
Ctiaaiva, del grano de trigo Resera
evogtobiva
evociaviva
Citocrovo.
1ransporte
vvvvogtobvtiva
1rovbiva , fibrivgevo
Deensia
v.vtiva , gtvcagv
orvova aet crecivievto
Catcitoviva
orvova. troa.
lormonal
Son las mas numerosas y especializadas. Actan como
biocatalizadores de las reacciones qumicas.
Lnzimatica
Como las gtvcoroteva. que orman parte de las membranas.
Las bi.tova. que orman parte de los cromosomas
Ll cotagevo, del tejido conjuntio ibroso.
La eta.tiva, del tejido conjuntio elastico.
La qverativa de la epidermis.
Lstructural
Profenos
Clasificacin de protenas de acuerdo a su estructura tridimensional
ClasiIicacion en Iuncion de los motivos estructurales (Lewitt y Chothia)
- Proteinas
- Proteinas
- Proteinas /
- Proteinas
ClasiIicacion CATH (Clase, Arquitectura, Topologia, superIamilia Homologa)
(http://cathwww.biochem.ucl.ac.uk/latest/)
ClasiIicacion SCOP (Familia, superIamilia y tipo de plegamiento)
(http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop/)
ClasiIicacion DALI
(http://www.ebi.ac.uk/dali/)
ClasiIicacion SMART (Simple Modular Architecture Research Tool)
(http://smart.embl-heidelberg.de)
Acidos MucIeicos
Estructura. Formados por repeticion de nucleotidos.
Constitucin del Nucletido.
Una base nitrogenada
Purinas: Adenina (A), Guanina (G)
Pirimidinas: Timina (T), Citosina (C), Uracilo (U)
Un grupo fosfato
Un a:ucar
Desoxirribosa, Ribosa
Acidos MucIeicos
Las bases se unen al carbono 1` del azucar y el IosIato al 5`.
Acidos MucIeicos
Apareamiento de Bases
En ARN, es A-U
Acidos MucIeicos
Estructura del ADN
Estructura Primaria.
Secuencia de bases
Estructura Secundaria.
Doble helice
En;imos
Clasificacin de los enzimas
Cada enzima es nombrado por 4 digitos: LC a.b.c.d.
a.- Clase de enzima atendiendo a la clase de reaccin que catalizan:
1.- Oxidorreductasas ,deshidrogenasas,: participan en reacciones redox.
2.- 1ranserasas: catalisis de transerencias de grupos.
3.- lidrolasas: hidrlisis.
4.- Liasas: adicin de grupos para ormar dobles enlaces o eliminacin de grupos para
ormar dobles enlaces.
5.- Isomerasas: isomerizacin cambiando de sitio los grupos.
6.- Ligasas: ormacin de enlaces que requieren aporte de A1P
b.- 1ipo de grupo que interiene.
c.- Clase de sustrato sobre el que actan.
d.- Orden de clasiicacin.
Published in v,ve ^ovevctatvre 12 |Academic Press, San Diego, Caliornia| with Supplement 1
,1993,, Supplement 2 ,1994,, Supplement 3 ,1995,, Supplement 4 ,199, and Supplement 5 ,in vr. ].
iocbev. 1994, 223, J-S, vr. ]. iocbev. 1995, 232, J-6, vr. ]. iocbev. 1996, 237, J-S, vr. ]. iocbev.
199, 2S0, J-6, and vr. ]. iocbev. 1999, 264, 6J0-6S0, respectively)
En;imos
Oxidorreductasas
Catalizan reacciones de
oxidorreduccion, es decir,
transIerencia de hidrogeno o
electrones de un sustrato a otro:
AH
2
B A BH
2
A
red
B
ox
A
ox
B
red
Ejemplos son la succinato
deshidrogenasa o la citocromo c
oxidasa.
En;imos
Transferasas
Catalizan la transIerencia de un grupo quimico (distinto del hidrogeno) de un
sustrato a otro, segun la reaccion:
A-B C A C-B
Un ejemplo es la glucoquinasa:
glucosa ATP ADP glucosa-6-IosIato
En;imos
Hidrolasas
Catalizan las reacciones de hidrolisis:
A-B H
2
O AH B-OH
Un ejemplo es la lactasa, que cataliza la reaccion:
lactosa agua glucosa galactosa
Liasas
Catalizan reacciones de ruptura o soldadura de sustratos:
A-B A B
Un ejemplo es la acetacetato descarboxilasa, que cataliza la reaccion:
acido acetacetico CO
2
acetona
En;imos
Isomerasas
Catalizan la interconversion de isomeros:
A B
FosIotriosa isomerasa
gliceraldehido-3-IosIato dihidroxiacetona-IosIato
FosIoglucosa isomerasa
glucosa-6-IosIato Iructosa-6-IosIato
En;imos
Ligasas
Catalizan la union de dos sustratos con hidrolisis simultanea de un nucleotido
triIosIato (ATP, GTP, etc.):
A B XTP A-B XDP P
i
Un ejemplo es la piruvato carboxilasa, que cataliza la reaccion:
piruvato CO
2
ATP oxaloacetato ADP P
i
8oses de Dofos
http://www.chem.qmw.ac.uk/iubmb/
8oses de Dofos
8oses de dofos
Protein Data Bank. Fichero PDB
HEADER HYDROLASE 03-DEC-90 3BLM 3BLM 2
COMPND BETA-*LACTAMASE (E.C.3.5.2.6) 3BLM 3
SOURCE (STAPHYLOCOCCUS $AUREUS /PC1$) 3BLM 4
AUTHOR O.HERZBERG,J.MOULT 3BLM 5
REVDAT 1 15-JAN-91 3BLM 0 3BLM 6
SPRSDE 15-JAN-91 3BLM 1BLM 3BLM 7
1RNL AUTH O.HERZBERG 3BLM 8
1RNL TITL REFINED CRYSTAL STRUCTURE OF BETA-*LACTAMASE 3BLM 9
1RNL TITL 2 FROM STAPHYLOCOCCUS $AUREUS /PC1$ AT 2.0 3BLM 10
1RNL REF TO BE PUBLISHED 3BLM 11
SEQRES 1 257 LYS GLU LEU ASN ASP LEU GLU LYS LYS TYR ASN ALA HIS 3BLM 79
SEQRES 2 257 ILE GLY VAL TYR ALA LEU ASP THR LYS SER GLY LYS GLU 3BLM 80
SEQRES 3 257 VAL LYS PHE ASN SER ASP LYS ARG PHE ALA TYR ALA SER 3BLM 81
SEQRES 4 257 THR SER LYS ALA ILE ASN SER ALA ILE LEU LEU GLU GLN 3BLM 82
8oses de dofos
SEQRES 20 257 GLU THR ALA LYS SER VAL MET LYS GLU PHE 3BLM 98
FORMUL 2 HOH *207(H2 O1) 3BLM 99
HELIX 1 H1 LEU 33 TYR 40 1 3BLM 100
HELIX 2 H2 ALA 69 LEU 81 1 3BLM 101
..
HELIX 13 H13 ILE 221 GLY 224 1 3BLM 112
HELIX 14 H14 LYS 277 MET 287 1 3BLM 113
SHEET 1 S1 5 GLU 56 PHE 60 0 3BLM 114
SHEET 2 S1 5 HIS 43 ASP 50 -1 3BLM 115
SHEET 3 S1 5 ILE 259 ASN 266 -1 3BLM 116
SHEET 4 S1 5 ARG 244 TYR 251 -1 3BLM 117
SHEET 5 S1 5 LYS 230 GLN 237 -1 3BLM 118
SHEET 1 S2 2 PHE 66 ALA 67 0 3BLM 119
SHEET 2 S2 2 THR 180 SER 181 -1 3BLM 120
SHEET 1 S3 2 LYS 94 HIS 96 0 3BLM 121
SHEET 2 S3 2 ASP 116 THR 118 -1 3BLM 122
CRYST1 53.900 94.000 139.100 90.00 90.00 90.00 I 2 2 2 8 3BLM 123
ORIGX1 1.000000 0.000000 0.000000 0.00000 3BLM 124
ORIGX2 0.000000 1.000000 0.000000 0.00000 3BLM 125
ORIGX3 0.000000 0.000000 1.000000 0.00000 3BLM 126
SCALE1 0.018553 0.000000 0.000000 0.00000 3BLM 127
SCALE2 0.000000 0.010638 0.000000 0.00000 3BLM 128
SCALE3 0.000000 0.000000 0.007189 0.00000 3BLM 129
ATOM 1 N LYS 31 30.038 -13.074 -23.697 1.00 49.99 3BLM 130
ATOM 2 CA LYS 31 30.467 -13.105 -22.244 1.00 49.38 3BLM 131
8oses de dofos
ATOM 3 C LYS 31 30.037 -14.398 -21.588 1.00 48.27 3BLM 132
ATOM 4 O LYS 31 28.834 -14.698 -21.805 1.00 49.10 3BLM 133
..
ATOM 5 CB LYS 31 29.659 -11.947 -21.599 1.00 50.23 3BLM 134
ATOM 6 CG LYS 31 29.829 -11.901 -20.082 1.00 51.70 3BLM 135
ATOM 7 CD LYS 31 30.614 -10.638 -19.690 1.00 53.04 3BLM 136
ATOM 8 CE LYS 31 29.844 -9.380 -20.025 1.00 53.20 3BLM 137
ATOM 9 NZ LYS 31 30.443 -8.682 -21.205 1.00 54.19 3BLM 138
ATOM 10 N GLU 32 30.785 -15.111 -20.782 1.00 46.80 3BLM 139
ATOM 11 CA GLU 32 30.317 -16.283 -20.072 1.00 44.70 3BLM 140
ATOM 2027 CE2 PHE 290 19.911 -20.415 -30.884 1.00 23.33 3BLM2156
ATOM 2028 CZ PHE 290 19.839 -19.964 -29.543 1.00 22.70 3BLM2157
ATOM 2029 OXT PHE 290 22.934 -15.277 -34.105 1.00 37.60 3BLM2158
TER 2030 PHE 290 3BLM2159
HETATM 2031 O HOH 1 12.926 -16.292 -10.918 0.99 8.05 3BLM2160
HETATM 2032 O HOH 2 5.637 -17.753 -9.476 0.99 10.87 3BLM2161
HETATM 2033 O HOH 3 -5.326 -19.713 -39.315 1.00 12.39 3BLM2162
..
HETATM 2234 O HOH 204 -16.654 -18.725 -25.110 0.84 71.06 3BLM2363
HETATM 2235 O HOH 205 0.020 -0.049 -14.914 0.41 32.36 3BLM2364
HETATM 2236 O HOH 206 -0.005 -19.092 0.010 0.42 44.72 3BLM2365
HETATM 2237 O HOH 207 0.000 0.000 -25.278 0.35 39.64 3BLM2366
MASTER 66 0 0 14 9 0 0 6 2236 1 0 20 3BLM2367
END 3BLM2368
8oses de dofos
Protein Data Bank
Descripcin keywords
http://www.rcsb.org/pdb/docs/Iormat/pdbguide2.2/guide2.2Irame.html
8oses de Dofos
Herramientas para la identificacin de protenas desconocidas
Expert Protein Analysis System (ExPASy)
http://www.expasy.ch
AACompI-dent oI ExPASy Proteomic tools (SWISS-PROT)
http://www.expasy.ch/tools
8oses de Dofos
Bases de datos de estructura primaria de protenas
PIR-International Protein Sequence Database (PSD)
http://pir.georgetown.edu
SWISS-PROT
http://expasy.hcuge.ch/sprot/sprot-top.html
Bases de datos de estructura secundaria de protenas
PROSITE
http://expasy.hcuge.ch/sprot/prosite.html
PRINTS
http://umber.sbs.man.ac.uk/dbbrowser/PRINTS/
BLOCKS
http://www.blocks.Ihcrc.org/
8oses de Dofos
Bases de datos estructurales (3D) e informativas
Brenda
http://www.brenda.uni-koeln.de/
Sequence Retrieval System (SRS)
http://srs.ebi.ac.uk/
Protein Data Bank (PDB)
http://www.rcsb.org/pdb/
Analisis de estructuras PDB (PDBsum)
http://www.biochem.ucl.ac.uk/bsm/pdbsum
Molecular Modeling Database (MMDB)
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Database/index.html
Nucleic Acid Database (NAD)
http://ndbserver.rutgers.edu/
8oses de Dofos
Aplicaciones para la Modelizacin de Protenas
Swiss-PDB Viewer
http://www.expasy.ch/spdbv/mainpage.html
Mage
http://kinemage.biochem.duke.edu/kinemage/kinemage.php
Structure Comparison and Alignment at CE (Combinatorial Extension) Server
http://cl.sdsc.edu/ce.html
Protein Explorer
http://molvis.sdsc.edu/protexpl/Irntdoor.htm
Cn3D
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/CN3D/cn3d.shtml
Chime
http://www.mdl.com/chime/index.html
Garlic
http://garlic.meIos.hr/garlic/
8oses de Dofos
Aplicaciones para la Visualizacin y Modelizacin
Molscript
http://www.avatar.se/molscript/
PyMOL
http://pymol.sourceIorge.net/
Rasmol
http://www.umass.edu/microbio/rasmol/
WebLab Viewer Lite
http://old.medric.or.kr/educateNews/popup/chapter10/weblabviewer/
GOpenMol
http://www.csc.Ii/gopenmol/