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A) Introduction gnrale
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Cottier & /Guerry 2000, Gnie Gntique et Clonage www.unifr.ch/nfp37 Introduction Gnrale
L'ADN, abrviation d'acide dsoxyribonuclique, se trouve dans le noyau de la plupart des types de cellules. Il contient les instructions propres la cellule et dtermine comment les traits d'une personne seront transmis d'une gnration l'autre. Dans le noyau d'une cellule humaine, on compte 23 paires de chromosomes, soit 46 chromosomes en tout. Chaque chromosome est form de chromatine enroule qui est compose d'ADN enrobant des protines appeles histones. Les 23 paires de chromosomes dans le noyau font office de manuel d'instructions pour le dveloppement d'un individu. L'ADN dtermine si la personne aura les yeux bleus ou bruns ou les cheveux foncs ou blonds. Comment les molcules (et les brins d'ADN sont des molcules) peuvent-elles donner des instructions ? Pour le comprendre, examinons comment nous communiquons et comprenons les livres partir desquels nous obtenons des informations. Au niveau le plus fondamental, nous ne comprenons les livres que s'ils utilisent un code que nous pouvons comprendre. Le code s'appelle par exemple franais ou anglais. Vous comprendrez le texte que vous tes en train de lire si vous comprenez chacun des mots de franais ou d'anglais quil contient. Par ailleurs, les mots vhiculent rarement une information complte ou comprhensible. L'information est mieux communique si l'on regroupe des mots, et, comme vous le savez dj, la srie de mots qui vhicule une pense complte s'appelle une phrase. Le langage de l'ADN, comme l'anglais et le franais, comprend des mots et des phrases galement! Chaque mot est une unit de la molcule d'ADN appele nuclotide. Chaque phrase est une longue chane de nuclotides appele gne. Mais parlons d'abord des mots de l'ADN.
Formation d'une molcule d'ADN : Nuclotides Les mots de l'ADN sont de petites molcules appeles nuclotides. Le gnome humain, constitu de 23 paires de chromosomes, contient au total quelque trois milliards de nuclotides. Chaque nuclotide comprend une armature et une base azote. L'armature sert attacher les nuclotides ensemble.
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Cottier & /Guerry 2000, Gnie Gntique et Clonage www.unifr.ch/nfp37 Introduction Gnrale Il convient de parler d'un autre aspect important des nuclotides : l'adnine (A) se lie uniquement la thymine (T) et la cytosine (C) uniquement la guanine (G). De ce fait, on dit que A est associe T et que C est associe G. Il est bien plus facile de rompre les liaisons A-T et CG (appels liaisons hydrognes) que de rompre des liaisons reliant ensemble l'armature des nuclotides dans la chane d'ADN (appels liaisons covalentes). Cette proprit prendra de l'importance par la suite, lorsque nous parlerons de la synthse des protines.
Formation d'une molcule d'ADN : Comment les nuclotides se lient : Les molcules d'ADN sont formes en ralit de deux chanes parallles de nuclotides. On dit que chaque chane est complmentaire de l'autre, car chaque nuclotide d'une chane se lie son partenaire complmentaire de l'autre ct. Il serait utile de reprsenter la molcule d'ADN comme une chelle, dont les deux montants sont composs des armatures de nuclotides relies entre elles, et dont les chelons sont les paires de base complmentaires A-T et G-C. Ainsi, si un ct de l'chelle a la squence AATGC, le ct complmentaire aura la squence TTACG. En ralit, l'chelle d'ADN est entortille et forme une double hlice. Comme les liaisons hydrognes (reliant G C ou T A) sont plus faibles que les liaisons covalentes reliant les nuclotides entre eux, les deux chanes complmentaires formant l'chelle entortille peuvent facilement tre droules et spares.
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5) Les protines
quoi servent les protines? De nombreux gnes codent pour des chanes polypeptidiques particulires. Et les protines comprennent une ou plusieurs chanes polypeptidiques. Ce sont les protines qui sont responsables des caractristiques d'un organisme ou d'une cellule. La faon dont les protines sont construites, selon une matrice gntique, est dcrite dans la section sur la synthse des protines. Les protines ont diverses vocations et donnent aux cellules vivantes leurs diverses formes et fonctions. Certaines protines ont une fonction structurale; ces protines fabriquent le cartilage, les cheveux et les ongles, par exemple. Une catgorie spciale de protines, les
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enzymes, catalysent d'importantes ractions chimiques dans la cellule qui ne pourraient normalement se produire en leur absence. Certaines protines servent de canaux membranaires qui facilitent le passage des particules molculaires vers ou hors de la cellule. Certaines hormones, comme l'insuline, sont des protines qui rgulent les fonctions du corps (l'insuline contrle le taux de sucre dans le sang). Les protines sont galement requises pour la contraction des muscles et aident les cellules du corps se dfendre contre les envahisseurs trangers. Les fonctions susmentionnes ne constituent qu'une partie des diverses fonctions des protines. Structure de la protine Toutes les protines sont constitues d'une ou de plusieurs longues molcules appeles polypeptides. Chaque polypeptide est compos de petites molcules relies bout bout et appeles acides amins. Les 20 types d'acides amins utiliss par les cellules vivantes ont tous une structure d'armature identique, qui sert lier ensemble les acides amins en une longue chane. Chaque type d'acide amin possde galement ce qu'on appelle un groupe latral, distinct sur le plan chimique, selon le type d'acide amin. Bien qu'il ne soit pas ncessaire d'exposer en dtail la faon dont varient les structures des groupes latraux, mentionnons qu'ils peuvent tre regroups en plusieurs catgories. Par exemple, certains groupes latraux sont non polaires, tandis que d'autres sont polaires. Les molcules polaires et non polaires restent gnralement loignes les unes des autres. (Avez-vous jamais remarqu que l'huile de cuisson et l'eau ne se mlangent pas, mais demeurent ensemble dans de grosses bulles? C'est justement parce que les molcules d'huile sont non polaires, et les molcules d'eau, polaires) Les molcules d'eau sont polaires, et comme les molcules non polaires n'aiment pas s'associer des molcules polaires, nous appelons souvent les molcules non polaires hydrophobes (du grec, craignant l'eau ). Par ailleurs, les molcules polaires sont hydrophiles (du grec, aimant l'eau ), car elles aiment interagir avec l'eau. Les protines, qui flottent dans la cellule ou n'importe o dans votre corps, sont entoures d'un milieu principalement aqueux.. Qu'arrive-t-il la longue chane d'acides amins, dont certains sont hydrophobes et d'autres hydrophiles? La protine se plie en une structure en trois dimensions o la plupart des acides amins hydrophobes sont tourns vers l'intrieur de la structure (s'cartant de l'eau) et o la plupart des acides amins hydrophiles se trouvent en surface, tourns vers l'eau. En consquence, les
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Cottier & /Guerry 2000, Gnie Gntique et Clonage www.unifr.ch/nfp37 Introduction Gnrale types d'acides amins et l'ordre dans lequel ils se situent dans la chane dtermineront comment la protine finira par se plier dans l'eau, et, ds lors, sa structure en trois dimensions dans votre corps. Cette structure tridimensionnelle est essentielle au bon fonctionnement de la protine. Une protine de transport membranaire, par exemple, est intgre dans la membrane de la cellule et a la forme d'un tunnel ou d'un corridor reliant chaque ct de la membrane l'autre. Elle a pour tche de permettre certaines molcules qui le peuvent d'entrer ou de sortir de la cellule. De toute vidence, la forme de la protine de transport est trs importante pour qu'elle puisse remplir correctement sa fonction! Une protine de transport mal forme peut avoir un corridor bloqu , ce qui signifie que les grosses molcules ne peuvent entrer ou sortir de la cellule. Les enzymes constituent un autre exemple de catgorie de protines dont la forme est essentielle leur bon fonctionnement.
6) Les enzymes
Qu'est-ce qu'un enzyme? Un enzyme est un catalyseur biologique. Mais qu'est-ce qu'un catalyseur? Un catalyseur est une substance qui acclre la vitesse d'une raction biochimique sans tre altre dans le processus. Des centaines de ractions chimiques diffrentes se produisent sans arrt dans nos cellules et dans notre corps. Dans notre estomac et notre intestin grle, des ractions chimiques dcomposent les aliments que nous mangeons en particules plus petites qui peuvent tre absorbes par nos cellules. Par exemple, une molcule de sucre complexe prsente dans les produits laitiers, appele lactose, doit d'abord tre dcompose en deux molcules -- glucose et galactose -- avant de pouvoir tre absorbe par les cellules somatiques. Cette raction se produit normalement avec l'aide d'un enzyme appel lactase prsent dans l'intestin grle. De nombreuses ractions chimiques, y compris la dcomposition du lactose, ne se produisent pas spontanment. Le lactose ne se dcompose pas s'il ne rside pas suffisamment longtemps dans du lait ou du fromage, car les molcules en cause doivent possder une certaine quantit d'nergie pour que la raction puisse se produire.
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La quantit d'nergie requise pour qu'une raction donne ait lieu s'appelle nergie d'activation. Bien que la dcomposition du lactose soit possible, elle ne se produira que si les molcules du lactose possdent l'nergie requise. Dans le lait, le fromage ou la crme glace, la molcule moyenne de lactose ne dispose tout simplement pas de l'nergie ncessaire pour subir la raction de dcomposition, ce qui fait qu'il faudrait attendre bien longtemps avant que cette raction ne se produise par elle-mme. Comment les catalyseurs acclrent-ils donc les ractions chimiques? Ils permettent la raction de se produire alors que l'nergie d'activation est insuffisante. En d'autres termes, en prsence d'un catalyseur adquat, les molcules ractantes auront besoin de moins d'nergie pour se transformer en produits. Le catalyseur ne ragit pas lui-mme et n'est pas altr par la raction. Les catalyseurs facilitent la raction en permettant une srie de molcules ractantes de se transformer en produits, pour ensuite aider d'autres molcules subir la mme raction. Certains catalyseurs biologiques (enzymes) sont si efficaces qu'un seul suffit pour qu' chaque seconde, plus de 600 000 molcules ractantes se convertissent en molcules de produit! Il convient de noter que les enzymes sont trs spcialiss. La lactase qui aide les molcules de lactose se dcomposer en molcules de galactose et de glucose, est structure de sorte ne pouvoir catalyser qu'un seul type de raction. Les enzymes sont si slectifs qu'ils ignorent les milliers de molcules dans les cellules somatiques et les fluides organiques pour lesquels ils ne sont pas conus. On appelle substrat la molcule qu'un enzyme aide ragir. Ainsi, le lactose est le substrat de la lactase. Pour comprendre comment les enzymes peuvent tre spcifiques, nous examinons la structure de l'enzyme et le modle cl-serrure de la fonction enzymatique.
Structure de l'enzyme : le modle cl-serrure l'exception de quelques enzymes composs d'ARN, les enzymes sont des protines. Souvenez-vous qu'une protine est compose d'une ou de plusieurs chanes d'acides amins relies, et que chaque chane d'acides amins prend une forme tridimensionnelle selon la squence d'acide amin et la faon dont les acides amins de la chane interagissent entre eux et avec la solution environnante. Les enzymes se plient de telle faon qu'on observe une chancrure ou une poche leur surface. On appelle cette poche site actif. Le modle cl-serrure repose sur le principe selon lequel les formes des molcules ragissantes (les substrats) et le site actif de l'enzyme s'embotent comme une cl dans la serrure pour laquelle elle est conue. Ainsi, la molcule de lactose s'adapte parfaitement au site actif de la lactase, ce qui signifie que cet enzyme peut uniquement catalyser la dcomposition du lactose.
Les enzymes sont importants! Les enzymes produisent des centaines de ractions chimiques essentielles notre survie. Ils
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provoquent les ractions ncessaires la digestion des aliments, la formation et la dcomposition de l'ADN et de l'ARN, ainsi qu' de nombreux autres processus vitaux. Une dficience en lactase, par exemple (relativement courante chez les tres humains) rend impossible la dcomposition du lactose et entrane une intolrance au lactose, tat qu'il est possible de surmonter en prenant des pilules contenant des enzymes de lactase avant de consommer des produits laitiers. LISTE DES OUVRAGES DE RFRENCE 1. S.S. Zumdahl, Chemical Principles, D.C. Health, Lexington, 1995 2. L.A. Moran, K. G. Scrimgeour, H. R. Horton, R. S. Ochs et J. D. Rawn. Biochemistry, Neil Patterson, New Jersey, 1994
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Cottier & /Guerry 2000, Gnie Gntique et Clonage www.unifr.ch/nfp37 Introduction Gnrale Traduction : C'est le processus de fabrication d'une molcule, en fonction de l'information contenue dans une molcule d'ARN messager. Mentionnons d'abord que comme l'ADN et l'ARN, les protines sont des chanes de petits lments relis entre eux. Dans le cas de l'ADN, ces petits lments s'appellent nuclotides, et dans le cas des protines, on les appelle acides amins. La squence de nuclotides dans l'ARN messager est simplement transforme en une squence d'acides amins, selon un code uniforme. Chaque squence de trois bases d'ARN messager code pour un acide amin particulier. Par exemple, la squence d'ARN messager AUG code pour un acide amin appel mthionine. Les ribosomes, les machines qui assurent la synthse des protines, s'attachent au brin d'ARN messager et descendent, lisant ainsi la squence de nuclotides et reconstituant la protine adquate mesure qu'ils se dplacent. La premire srie de trois nuclotides que lit le ribosome est toujours AUG, et ce parce que la squence AUG sert de balise, indiquant au ribosome o il doit commencer lire . mesure que le ribosome descend le long de l'ARN messager, il ajoute l'acide amin adquat la chane grossissante correspondant chaque srie de trois nuclotides. Chaque triplet de nuclotides qui code pour un acide amin particulier s'appelle codon. Les vingt acides amins employs pour fabriquer des protines biologiques ont au moins un codon correspondant.
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Par exemple, le codon CGA code pour un acide amin appel alanine. Et le codon AAU code pour un acide amin appel asparagine. En consquence, une partie d'une squence d'ARN
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Cottier & /Guerry 2000, Gnie Gntique et Clonage www.unifr.ch/nfp37 Introduction Gnrale messager qui se lit AUG GCA AAU donnera lieu la chane suivante d'acides amins : mthionine-alanine-asparagine. En lisant toute la squence d'ARN messager, le ribosome construit une longue chane d'acides amins, qui constituent la protine. OUVRAGE DE RFRENCE
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1. P. H. Raven et G. B. Johnson. Biology, troisime dition, Mosby Year Book, St. Louis, 1992, p. 308.
8) Les bactries
Les bactries sont des organismes unicellulaires. Bien que certaines bactries soient un agent infectieux dans de nombreuses maladies humaines, il existe de nombreuses souches inoffensives voire mme essentielles aux tres humains. De nombreuses souches sont trs importantes dans les laboratoires de biotechnologie! Les cultures bactriennes servent, entre autres, la production de protines utiles. Par exemple, une espce de bactrie appele E. coli peut tre gntiquement modifie de faon produire d'importantes quantits d'insuline humaine, qui peut tre administre aux diabtiques. Voici un aperu de Photographie : Conseil national de certaines caractristiques des bactries qui font recherches du Canada qu'elles conviennent parfaitement de nombreuses applications biotechnologiques. Les bactries sont des procaryotes, ce qui signifie qu'elles ne contiennent pas de noyau. Bien qu'ils prolifrent souvent en groupes o les bactries adhrent l'une l'autre, les procaryotes sont composs d'une seule cellule. On appelle ces groupes de bactries des colonies. Le gnome bactrien comprend un grande molcule circulaire d'ADN bicatnaire situe dans le cytoplasme cellulaire. Cette grande molcule d'ADN, le chromosome bactrien, contient la plupart des gnes bactriens. Outre cette grande molcule d'ADN, les bactries renferment souvent de petites molcules d'ADN circulaires appeles plasmides. Ces plasmides contiennent galement des gnes, mais contrairement au grand chromosome circulaire, ils sont extrmement mobiles. Ils peuvent passer facilement
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Cottier & /Guerry 2000, Gnie Gntique et Clonage www.unifr.ch/nfp37 Introduction Gnrale d'une bactrie l'autre, et, de cette faon, les gnes sont transmis entre bactries. Les molcules de plasmide, une fois dans la cellule bactrienne hte, peuvent s'intgrer en permanence au grand chromosome bactrien.
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La capacit des plasmides pntrer dans les cellules bactriennes et s'intgrer au chromosome de ces cellules en fait des outils trs utiles pour insrer un gne dans une cellule bactrienne. Nous expliquerons comment les plasmides sont employs de cette faon dans la section portant sur le gnie gntique.
9) Les virus
Qu'est-ce qu'un virus? Les virus sont constitus de matriel gntique (soit d'ADN soit d'ARN) entour d'une couche protectrice de protines. Certains virus d'animaux sont galement entours d'une membrane de lipides (gras). Un virus n'est pas un organisme vivant de manire autonome. Les virus n'existent que pour se multiplier, et moins qu'un virus ne se trouve dans une cellule vivante, il est inactif et ne peut se reproduire. Lorsqu'un virus ou une partie de virus parvient pntrer dans une cellule, on parle d'infection. Selon le virus, c'est le virus tout entier qui pntre dans la cellule ou seulement le matriel gntique qui est inject dans la cellule tandis que la couche externe demeure l'extrieur. Dans le cas du bactriophage T14 -- un type de virus qui infecte certaines bactries --, l'ADN interne est inject dans la cellule infecter. En revanche, tout le virus du sida (appel VIH) pntre dans les cellules T de l'tre humain pour les infecter. Dans les deux cas, par suite de l'infection virale, le matriel gntique du virus pntre dans le cytoplasme de la cellule, qui renferme tous les enzymes ncessaires et d'autres matriels indispensables la reproduction du matriel gntique du virus et la synthse de ses protines. Pourquoi une infection virale peut-elle nuire une cellule? Un virus nuit la cellule qu'il infecte, car il prend les commandes du gne de la cellule et de la machine fabriquer les protines, ce qui donne lieu la production de morceaux de virus uniquement. Une fois ceux-ci fabriqus, ils forment une myriade de nouveaux virus, qui remplissent la cellule. Ces nouveaux virus quittent la cellule, quelques-uns la fois (bourgeonnement) ou par un processus appel lyse, o l'on assiste une rupture de la membrane cellulaire, qui libre toutes les particules du virus en mme temps, ce qui a pour effet de tuer la cellule hte, tandis que les particules du virus libres s'en vont infecter d'autres cellules.
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Rtrovirus -- un type d'infection diffrent Parfois, un virus ne prend pas les commandes de la machine fabriquer des cellules ds qu'il l'infecte. Les rtrovirus, qui possdent de l'ARN comme principal matriel gntique, portent galement un enzyme spcial qui utilise l'ARN pour fabriquer une molcule d'ADN bicatnaire complmentaire. L'enzyme (connu sous le nom de transcriptase inverse) synthtise l'ADN partir de l'ARN du virus, et cet ADN peut s'intgrer au gnome de la cellule hte situ dans le noyau. Pendant une priode de latence, les gnes viraux sont dormants dans les chromosomes de la cellule hte. On pense que de nombreux segments du gnome humain sont forms de rtrovirus endognes, qui sont de l'ancien ADN dfectueux d'un rtrovirus, qui s'est intgr il y a des milliers d'annes et qui est prsent, sans causer d'effets nocifs depuis. On pourrait dire que la priode de latence de ces virus est pratiquement infinie! Par ailleurs, le virus du sida (un rtrovirus) a une priode de latence beaucoup plus courte (une moyenne d'environ 8 ans). Aprs la priode de latence, les gnes viraux seront activs et, selon le processus ordinaire de synthse de protines, ils prendront les commandes de la machinerie cellulaire, rendant viraux l'ARN et les protines et entranant la production de particules de virus.
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Comme les rtrovirus parviennent bien incorporer leur propre matriel gntique au gnome de leur cellule hte, ils sont souvent utiliss comme vecteurs d'ADN recombinant. En d'autres termes, si nous voulons intgrer un gne particulier qui a t isol, mis au point ou modifi l'aide du gnie gntique (c'est ce qu'on entend par recombinant), dans le gnome d'une cellule, nous ajoutons le gne dans l'ADN du rtrovirus, enlevons les parties nocives de l'ADN du rtrovirus qui provoquent la prise des commandes de la cellule, et utilisons le rtrovirus pour transporter le gne voulu dans la cellule. Lorsque nous permettons au virus modifi d'infecter la cellule hte, l'ADN viral ainsi que le nouveau gne s'intgrent au gnome de la cellule hte. On trouvera une description plus complte de ce processus dans les sections sur le gnie gntique et sur la thrapie gnique.
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Cottier & /Guerry 2000, Gnie Gntique et Clonage www.unifr.ch/nfp37 Introduction Gnrale aux missions radioactives. Les sections de l'chantillon o se trouve le gne ressortent en fonc sur le papier, car ce sont les seules sections lies une sonde radioactive.
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Les sondes d'ADN ont plusieurs applications en biologie molculaire, y compris les mthodes gntiques de prdiction et de diagnostic des maladies, o l'on emploie des sondes qui identifient les squences de gnes que l'on sait responsables de maladies. Les sondes d'ADN peuvent galement tre employes pour les empreintes gntiques, technique laquelle les experts en criminalistique ont souvent recours pour dterminer si l'ADN retrouv sur les lieux d'un crime correspond celui du suspect.
Comment construit-on les sondes d'ADN? Il est possible de construire une sonde d'ADN bien avant de connatre la squence des gnes ellemme! Pour ce faire, on travaille partir du produit protique du gne. Rappelez-vous que dans notre description de la fabrication des protines, nous avons dit qu'un gne tait transcrit en ARN messager (ARNm), selon les simples rgles de la complmentarit des bases. L'ARN messager est transport hors du noyau et utilis comme matrice pour la formation d'une chane d'acides amins, qui se transforme en une protine. Nous pouvons isoler la protine produite par le gne qui nous intresse, et trouver quels sont les 30 premiers acides amins de la protine. Selon cette information, nous pouvons dterminer les 90 premiers nuclotides de cette matrice d'ARN messager de la protine (n'oubliez pas que chaque triplet de nuclotides code pour un acide amin, d'o le rapport 90:30). Et comme la matrice d'ARN messager est complmentaire du gne recherch, nous savons que notre sonde d'ADN devrait avoir une squence complmentaire des 90 premiers nuclotides du gne recherch. Pour construire une sonde d'ADN, nous utilisons une machine gnes capable de synthtiser en quelques heures peine une molcule courte d'ADN monocatnaire contenant la squence voulue de nuclotides.
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Ensuite, on construit une sonde d'ADN monocatnaire complmentaire de la squence prvue d'ARN messager. Par exemple, si une partie de la squence prvue d'ARN messager est CUA GUA CGA, la section correspondante de la sonde d'ADN serait GAT CAT GCT, car G s'associe C et A T. (En fait, en raison de certains dtails structurels relatifs aux molcules d'ADN, la squence complmentaire devrait rellement s'crire comme suit : TCG TAC TAG, qui correspond GAT CAT GCT l'envers. Toutefois, nous utilisons un format techniquement incorrect ici, pour viter la confusion.) La sonde d'ADN est conue pour tre radioactive, de sorte qu'elle soit dcelable lorsqu'elle se lie son image symtrique d'ADN.
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La sonde d'ADN monocatnaire est ensuite incube avec un chantillon cens contenir la matrice complte de la protine d'ARN messager. Lorsque nous isolerons l'ARN messager auquel se lie la sonde d'ADN, nous aurons probablement trouv l'ARN messager que nous cherchions.
Une fois que l'on a trouv le brin d'ARN messager, il suffit de travailler rebours -- nous devons synthtiser le brin d'ADN qui aurait servi de matrice pour l'ARN messager. Il nous faut synthtiser de l'ADN partir d'ARN. Il existe un enzyme appel transcriptase inverse qui nous permet de faire cela. On retrouve cet enzyme dans certains virus appels rtrovirus. Ces virus emploient l'ARN comme matriel gntique et utilisent la transcriptase inverse pour gnrer de l'ADN une fois qu'ils ont infect une cellule hte. Les biotechnologistes peuvent mlanger une transcriptase inverse avec des ARN messagers in vitro ( l'extrieur de cellules vivantes, en laboratoire, gnralement dans un petit tube en plastique). Par consquent, la squence d'ADN pour le gne recherch est synthtise par l'enzyme, selon le brin d'ARN messager prsent. Comme l'ADN produit a t fabriqu de manire artificielle en vue d'tre complmentaire de l'ARN messager, on l'appelle ADN complmentaire.
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Cottier & /Guerry 2000, Gnie Gntique et Clonage www.unifr.ch/nfp37 Introduction Gnrale brin monocatnaire d'origine. Cette raction boucle le premier cycle, et double la quantit d'ADN prsente dans le tube. Au cours du cycle suivant, la machine d'ACP chauffe et refroidit comme auparavant, ce qui entrane la sparation des nouvelles molcules d'ADN bicatnaire, et la synthse des nouveaux brins complmentaires par la polymrase Taq.
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Chaque fois qu'un cycle est complt, la quantit de copies de la squence d'ADN dsire (situe entre les deux amorces) est, en thorie, multiplie par deux. Aprs une trentaine de cycles (qui durent gnralement environ trois heures), on disposera de suffisamment de copies de cette squence d'ADN pour l'application d'autres techniques biotechnologiques.
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Cottier & /Guerry 2000, Gnie Gntique et Clonage www.unifr.ch/nfp37 Introduction Gnrale segments nocifs du gnome viral qui servent produire un nombre accru de particules virales ont t enlevs et remplacs par une squence qui code pour la protine recherche. Les plasmides en tant que vecteurs L'ADN complmentaire de l'insuline humaine est introduit dans des cellules bactriennes l'aide d'un plasmide. Un plasmide est simplement une molcule d'ADN circulaire contenant des gnes qui peuvent facilement se rpandre dans des cellules bactriennes ou en sortir. Bien que les plasmides soient prsents naturellement dans certaines bactries, ceux employs en vue d'introduire un gne tranger dans une cellule et de l'en extraire ont t modifis de telle sorte que les squences qu'ils renferment sont fort diffrentes des plasmides prsents l'tat naturel desquels ils sont tirs.
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En premier lieu, le plasmide contient plusieurs squences courtes spcialises appeles sites de restriction. Les enzymes appels endonuclases de restriction reconnaissent ces sites et coupent l'ADN du plasmide. Par exemple, un enzyme de restriction appel EcoR1 reconnat la squence GAATTC et procde la coupure entre le G et le premier A. Il convient de noter que la squence complmentaire est CTTAAG, soit GAATTC l'envers! Ainsi, l'enzyme coupe les deux brins de plasmide comme suit :
Mentionnons que la dcoupe l'aide de l'EcoR1 donne lieu deux extrmits adhsives qui consistent en un seul brin de nuclotides qui se lieront une srie complmentaire d' extrmits adhsives monocatnaires. Qui plus est, le plasmide est conu de sorte que cette squence particulire de restriction n'est prsente qu'une seule fois, coupera le plasmide bicatnaire en un seul site. L'ADN complmentaire (qui renferme le gne de l'insuline humaine) insrer dans le plasmide est modifi selon l'enzyme de restriction employ pour couper le plasmide. Pour revenir notre exemple avec l'EcoR1, il faudrait les extrmits adhsives suivantes chaque extrmit de
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Cottier & /Guerry 2000, Gnie Gntique et Clonage www.unifr.ch/nfp37 Introduction Gnrale l'ADN complmentaire :
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Maintenant, nous incubons la squence d'ADN complmentaire modifie dans une solution renfermant un plasmide coup l'aide de l'enzyme EcoR1 et un enzyme qui relie les segments d'ADN (appel ADN ligase). On obtient alors un plasmide circulaire ferm qui renferme l'ADN complmentaire et, par l mme, le gne de l'insuline humaine.
Le plasmide est ensuite incub avec des cellules bactriennes (dans le cas du processus de fabrication de l'insuline, l'espce de bactrie employe est E. coli) dans des conditions particulires qui favorisent l'absorption du plasmide par les cellules bactriennes. En thorie, le plasmide contenant le gne de l'insuline humaine pntrera dans toutes les cellules bactriennes et toutes ces cellules transcriront la protine et produiront de l'insuline humaine, qui pourra ensuite tre rcupre et utilise pour traiter les patients diabtiques. Malheureusement, les cellules bactriennes n'absorberont pas toutes le plasmide. En fait, dans la plupart des cas, elles seront peu nombreuses le faire. Comment les biotechnologues peuvent-ils uniquement slectionner les cellules bactriennes qui ont absorb le plasmide?
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Cottier & /Guerry 2000, Gnie Gntique et Clonage www.unifr.ch/nfp37 Introduction Gnrale Ils le peuvent en fonction des conditions de la culture bactrienne et d'une autre modification spciale intgre dans les plasmides issus du gnie gntique. Les bactries, aprs avoir t incubes en prsence du plasmide (et certaines l'ont absorb), sont cultives dans un milieu qui renferme un antibiotique, comme l'ampicilline. L'ampicilline tuera la bactrie E. Coli, moins qu'elle ne soit protge d'une faon ou d'une autre. Le plasmide que les bactries ont absorb contient galement un gne qui confre une rsistance l'ampicilline. En consquence, seules les bactries ayant absorb le plasmide rsisteront l'antibiotique et survivront. Comme le plasmide renferme galement le gne de l'insuline humaine, nous ne permettons qu'aux bactries capables de produire de l'insuline de survivre et de se reproduire.
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OUVRAGES DE RFRENCE 1. P. H. Raven et G.B. Johnson. Biology, troisime dition, Mosby Year Book, St. Louis, 1992 2. W. Bains. Biotechnology: From A to Z, Oxford, New York, 1993 3. L.A. Moran et K.G. Scrimgeour, Biochemistry Resource Book, Neil Patterson, New Jersey, 1994
4.
L. A. Moran et K. G. Scrimgeour, H.R. Horton, R.S. Ochs et J.D. Rawn. Biochemistry, Neil Patterson, New Jersey, 1994
5. J. L. Southin, Fourty-Eight Lectures in Modern Biology, Kendall/Hunt, Dubuque, 1993 6. E. S. Grace, Biotechnology Unzipped: Promises & Realities, Trifolium, Toronto, 1997
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