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BUSQUEDA DE INFORMACION BIOMEDICA

Mdulo 4 . Bsqueda intermedia: MeSH

MDULO 4

Contenido
Curso de Bsquedas de Informacin Biomdica en PubMed .......................................................................................3 Objetivos..........................................................................................................................................................................3 Introduccion........................................................................................................................................................................3 Indexacion...........................................................................................................................................................................3 Indizacin automtica....................................................................................................................................................4 Indizacin manual..........................................................................................................................................................4 El vocabulario MeSH: Medical Subject Headings ...........................................................................................................5 La Base de datos MeSH: MeSH Database ......................................................................................................................5 Ingreso a la MeSH Database ........................................................................................................................................5 Cmo buscar en PubMed desde la base de datos MeSH...............................................................................................8

Mdulo 4 / Bsqueda intermedia: MeSH

Bsqueda de Informacin Biomdica

MDULO 4

Curso de Bsquedas de Informacin Biomdica en PubMed


Objetivos
Conocer el tipo de indexacin de documentos biomdicos de Medline Consultar trminos Mesh y mejorar as la precisin de nuestra bsqueda.

Introduccion
En el mdulo anterior se introdujeron a la bsqueda intermedia con PubMed y se familiarizaron con la funcin limites que nos permiti aumentar la especificidad de la estrategia reduciendo el nmero de resultados a un grupo especifico. A medida que aumentamos nuestras bsquedas utilizando PubMed observaremos que en ocasiones los resultados recuperados no se corresponden con nuestra inten cin de bsqueda. Esto se debe a que existen muchas maneras de referirnos a los mismos contenidos. Varias personas pueden estar buscando sobre el mismo tema a travs de trminos diferentes que funcionan como sinnimos, o por otro lado podemos estar buscando cosas diferentes que nos lleven al mismo documento. Ejemplo: alguien que investigo sobre la patologa causada por la Bordetella pertussis puede haberse referido a dicha enfermedad como tos covulsa, mientras que otro puede haberlo hecho con el nombre de coqueluche o tos ferina Es por ello que los motores de bsqueda necesitan de un proceso de indexacin para poder facilitar la interaccin entre el usuario y la base de datos, de manera que se pueda acceder a una pieza de informacin.

Indexacion
La indexacin, tambin llamada indizacin, es el proceso que consiste en la asignacin de metadatos o atributos a los documentos de la base de datos para facilitar la recupera cin(1). De esta manera, si un documento se trata de un trabajo cientfico, los atributos sern por ejemplo el tipo de publicacin, el tema central del artculo, el tipo de poblacin (edad, gnero, etc.), si es teraputico, diagnstico, etc. Ejemplo: siguiendo con el ejemplo anterior, la indizacin de un artculo sobre esta patologa podra tener, entre otros, los siguientes atributos: Tipo de articulo: Clinical trial Agente etiolgico: Bordetella pertussis Grupo etario: nios

1 Sousa M. Jos. Diccionario de bibliologa y ciencias afines. Salamanca: Fundacin Germn Snchez Ruiprez; 1989. XIV, 852 p.: iL; 26 cm. ISBN 84-86168-45-7
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El proceso de indizacin puede ser de dos tipos: manual o automtico.

Indizacin automtica
Es la extraccin de todas las palabras que aparecen en la base de datos y es as como funcionan la mayora de los motores de bsqueda en la Web, siendo su mximo exponente Google. Por lo tanto la eleccin del lenguaje natural o de un tesauro es otro punto a tener en cuenta a la hora de buscar, pero este depender del sistema de RI que estemos utilizando. Los invitamos a ver el siguiente video que ilustra al motor de bsqueda de Google:

Indizacin manual
Consiste en la asignacin de trminos utilizando un vocabulario controlado o tesauro. A lo largo del curso hemos aprendido a identificar los conceptos principales del tema a tratar para elaborar nuestra estrategia de bsqueda. Dichos conceptos pueden ser formulados a partir del lenguaje natural (por ejemplo palabras del ttulo y resumen); o palabras claves (seleccionadas de los tesauros o ndices de la base de datos seleccionada) permitiendo obtener resultados ms especficos. Un tesauro es un instrumento de control terminolgico, un listado de palabras claves o trminos agrupados en categoras temticas con los cuales se identifica el contenido de un documento. Ejemplos de tesauros: DeCS: Descriptores en Ciencias de la Salud de BIREME/PAHO. http://decs.bvs.br/E/homepagee.htm Y el que utiliza Medline MeSH: Medical Subject Headings of the Nacional Library of Medicine.

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MEDLINE, una de las principales bases de datos de referencias bibliogrficas para las Ciencias Mdicas creada y mantenida por la National Library of Medicine (NLM -Biblioteca Nacional de los Estados Unidos). A continuacin vamos a descubrir sus caractersticas.

El vocabulario MeSH: Medical Subject Headings


El MeSH es desarrollado por la National Library of Medicine (su sigla en ingls es NLM y se trata de la Biblioteca Nacional de los Estados Unidos) y se utiliza en la indexacin de todas las bases de datos producidas por ella. Otras organizaciones tambin lo usan para indexar sus contenidos bibliogrficos, como el National Guidelines Clearinghouse. La versin 2010 del MeSH contiene 25.588 encabezamientos o headings (expresin que el MeSH utiliza para designar a los trminos que representan conceptos) y 172.000 entry terms (sinnimos) que permiten mejorar la bsqueda. Tambin contiene ms de 190.000 trminos suplementarios para sustancias qumicas (Supplementary Chemical Records), en un tesauro separado. El archivo del MeSH y toda la informacin asociada est disponible en el sitio Web de la NLM: http://www.nlm. nih.gov/mesh/meshhome.html. Hay un navegador que facilita la exploracin del vocabulario: http://www.ncbi. nih.gov/sites/entrez?db=mesh. Utilice este vnculo para ingresar y navegar el tesauro.

La Base de datos MeSH: MeSH Database


MeSH Database es la base de datos que permite al usuario de PubMed localizar los trminos MeSH para elaborar las estrategias de bsqueda. Esta base de datos provee la siguiente informacin:

Ingreso a la MeSH Database


Para ingresar a la base de datos MeSH debe hacer clic en el enlace MeSH Database que se encuentra dentro de las opciones de More Resources de la pgina de inicio.
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Para que se vayan familiarizando con la estructura de la base de datos MeSH les pedimos que sigan los siguientes pasos: Entre a la MeSH Database. (Desde la pgina principal de PubMed) Ingrese en el casillero de bsqueda el trmino high blood pressure y haga clic en el botn Search (figura 1). MeSH Database desplegar varios trminos relacionados, haga clic en el trmino Hypertension (figura 2). De esta manera podr visualizar la estructura del trmino MeSH Hypertension (figura 3).

Figura 1: Ingreso de un trmino en el casillero de bsqueda de MeSH Database

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Figura 2: Resultados de la bsqueda en la MeSH Database

Figura 3: Estructura del trmino MeSH Hypertension

Cada nmero representa los tems que componen generalmente un trmino MeSH, estos son: Nota de Alcance (Scope Notes o Annotation): definen el significado del trmino. Subheadings: son los subencabezamientos (o calificadores). MeSH Major Topic: es un campo de la base de datos donde se registran los trminos MeSH que representan los temas centrales del artculo y en la visualizacin de los resultados estn sealados con un asterisco. Restringir la bsqueda a este campo evita recuperar referencias que tocan superficialmente algunos temas. Not Explode this term: al seleccionar esta opcin la bsqueda se realiza slo para el trmino MeSH ms amplio (Broader Term) excluyendo de la bsqueda los trminos especficos (Narrow Terms). Entry Terms: son sinnimos del trmino MeSH. See Also: son trminos MeSH relacionados con el trmino elegido. All MeSH Categories: Organizacin Jerrquica del Trmino MeSH: en este punto se puede ver la posicin del trmino dentro del rbol y su relacin con otros trminos MeSH.

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Cmo buscar en PubMed desde la base de datos MeSH


Ya vimos cmo acceder a la Base de Datos MeSH y buscar los trminos apropiados. Ahora aprendern a utilizar uno o ms trminos MeSH para construir una estrategia de bsqueda en PubMed. Rpidamente repasemos. Para ingresar a la base de datos MeSH, debe hacer clic en el enlace MeSH Database que se encuentra dentro de las opciones, bajo el ttulo More Resources (Figura 4). Reconocern que se encuentran en esta base porque el encabezado de la pgina es diferente al de PubMed (Figura 5).

Figura 4 La base de datos MeSH

Figura 5 Base de datos Mesh

Para practicar buscaremos los trminos MeSH apropiados para el ejem plo High blood pressure diet therapy elderly. Para ello: Ingresamos a la MeSH Database. Escribimos High Blood Pressure en el casillero de bsqueda y haga clic en el botn Search (figura 6). Visualizaremos una pgina de resultados similar a la que puede observarse en la figura 7.

Figura 6 -Bsqueda de los trminos high blood pressure en la base de datos MeSH.

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Figura 7 - Pgina de resultados de la consulta a la base de datos MeSH.

Esta pgina cuenta con: El Display settings: despliega 4 formas de visualizacin, de las cuales explicaremos las dos que consideramos ms tiles, estas son: i. Summary (resumen): es la vista que viene por defecto, donde podr observar los Trminos MeSH sugeridos con sus respectivas notas de alcance. Cada trmino MeSH es un vnculo a la estructura completa del mismo (enca bezamiento, subencabezamientos, entry terms, relacin jerrquica, etc.). ii. Full (completo): esta vista muestra la estructura completa de los trminos MeSH recuperados en la consulta. Send To: : permite enviar un trmino, previamente elegido, a un archivo de la PC, a Collections de My NCBI o al Clipboard La pgina de resultados de MeSH que permite visualizar los trminos que concuerdan con las palabras de la bsqueda.
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Cuando encuentramos en la pgina de resultados el trmino adecuado, podremos seleccionarlo y enviarlo al casillero construccin de la estrategia (Pubmed Search Builder). En el ejemplo de la figura 9, el trmino MeSH Hypertension es representativo para la bsqueda, as que una vez seleccionado se puede enviar al casillero haciendo click en Add to search builder (Figura 9)

Figura 9 - Add search builder

Se pueden combinar as dos o ms trminos MeSH.

Utilizando los subencabezamientos


Algunas veces encontraremos el trmino adecuado pero la cantidad de resultados es tan grande que querremos acotar la bsqueda. La base de datos MeSH nos permitir obtener una mayor especificidad en las estrategias para alcanzar una menor cantidad de resultados. Esto podremos hacerlo seleccionando aspectos del trmino MeSH bajo el ttulo Subheadings (subencabezamientos), estos son divisiones o facetas temticas que se relacionan en forma lgica con cada encabeza do MeSH para darle mayor especificidad a la indexacin. Cabe sealar que cuando los indexadores de la NLM analizan una cita para asignarle los encabezamientos MeSH, lo deben hacer hasta el nivel de subencabezamiento. Siguiendo con el ejemplo high blood pressure diet therapy elderly Si primero buscamos el trmino MeSH Hypertension y hacemos clic en el mismo visua lizaremos la estructura completa. Luego buscamos el subencabezamiento diet therapy. Tildamos el casillero de selec cin que se encuentra a su izquierda y haciendo click en Add search builder podemos armar la nueva estrategia (figura 9). Aparecer el trmino Hypertension/diet therapy con el calificador de campo [MeSH] en el casillero de bsqueda.

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Figura 9 Envo del encabezado y subencabezado al casillero de bsqueda con Add to search builder

Utilizando ms de un trmino MeSH Para finalizar la estrategia de bsqueda correspondiente al ejemplo high blood pressure diet therapy elderly hay que agregar al ca sillero de bsqueda el trmino elderly.

Busquemos entonces en el MeSH el trmino elderly. Encontraremos que no existe como tal pero el trmino Aged representa el que est necesitando. Si hacemos clic en el mismo visualizaremos la estructura completa. Seleccionemos ahora el encabezamiento Aged y restrnjmoslo a Tpico principal seleccionando la opcin Restrict Search to Major Topic headings only. Vuelva a utilizar Add to search builder (figura 10). Aparecern el trmino Hypertension/diet therapy y el trmino Aged en el casillero de bsqueda. Si hacemos clic en el botn Search PubMed visualizaremos la pgina de resultados.

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Figura 10 Visualizacin de los trminos en el casillero de bsqueda

Recomendamos ver la clase audiovisual para comprender mejor estos procesos y practicarlos antes de realizar los cuestionarios evaluativos.

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