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PROTEMICA Definicin: La protemica es el estudio y caracteri acin de todo el con!unto de prote"nas e#presadas de un $enoma (proteoma).

Las tcnicas de protemica abordan el estudio de este conjunto de protenas. La Protemica


permite identificar, categorizar y clasificar las protenas con respecto a su funcin y a las interacciones que establecen entre ellas. e este modo, se pueden caracterizar las redes funcionales que establecen las protenas y su din!mica durante procesos fisiolgicos y patolgicos. La protemica se est! aplicando en la identificacin de nue"os marcadores para el diagnstico de enfermedades, la identificacin de nue"os f!rmacos, la determinacin protenas in"olucradas en al patogenia de enfermedades y el an!lisis de procesos de transduccin de se#ales. La protemica es el estudio y caracterizacin del conjunto de protenas e$presadas de un $enoma (proteoma). %l proteoma de una clula "ara seg&n el estado en el que se encuentre la clula, si se encuentra en una situacin de estrs, bajo el efecto de f!rmacos o de una %ormona. 's, en cada momento y en cada tipo celular el perfil de protenas e$presadas ser! diferente. La protemica es &til para estudiar estas diferencias. %$isten tres ramas en la protemica que tratan de caracterizar el proteoma estudiando distintos aspectos del mismo(

La protemica de e#presin se encar$a del estudio de la a&undancia relati'a de las prote"nas y de sus modificaciones postranscripcionales La protemica estructural se encar$a de la caracteri acin de la estructura tridimensional de las prote"nas La protemica funcional se encar$a de la locali acin y distri&ucin su&celular de prote"nas y de las interacciones (ue se producen entre las prote"nas y otras mol)culas con el fin de determinar su funcin La Protemica permite identificar* cate$ori ar y clasificar las prote"nas con respecto a su funcin y a las interacciones (ue esta&lecen entre ellas+ De este modo* se pueden caracteri ar las redes funcionales (ue esta&lecen las prote"nas y su din,mica durante procesos fisiol$icos y patol$icos+

Las aplicaciones de la protemica son m-ltiples* pero actualmente se destacan las si$uientes:

Identificacin de nue'os marcadores para el dia$nstico de enfermedades Identificacin de nue'os f,rmacos Determinacin de mecanismos moleculares in'olucrados en la pato$enia de enfermedades An,lisis de rutas de transduccin de se.ales

/E0OMICA La /enmica puede ser definida como el estudio de los $enomas* e incluye como o&!eti'os catalo$ar todos los $enes (ue tiene un or$anismo* estudiar la or$ani acin y estructura de cada uno de ellos pero tam&i)n descu&rir la funcin* los mecanismos implicados en la re$ulacin de la e#presin y el modo en (ue unos $enes interaccionan con otros+ Desde un punto de 'ista conceptual pero tam&i)n metodol$ico los cam&ios (ue se est,n produciendo son muy importantes+ 1asta a%ora* con las tecnolo$"as disponi&les de 2iolo$"a Molecular se estudia&an la estructura y funcin de $enes indi'iduales+ Las apro#imaciones de la $enmica en cam&io permiten el estudio con!unto de los miles de $enes* prote"nas y meta&olitos (ue constituyen un or$anismo asi como las complicadas redes de interacciones (ue entre ellos se esta&lecen en el interior de las c)lulas durante su ciclo 'ital+ Como consecuencia de lo anterior* la cantidad de informacin (ue se est, $enerando es enorme y es necesario por tanto el desarrollo paralelo de potentes %erramientas &ioinform,ticas (ue permitan almacenar y anali ar de forma con'eniente los datos o&tenidos+ Este caudal de conocimientos 'a a permitir* cada 'e m,s* interpretar en t)rminos moleculares no slo la &iolo$"a del propio ser %umano sino tam&i)n la de a(uellas especies animales y 'e$etales de inter)s para el %om&re+ 3EC4E0CIACI0 /E0MICA La secuencia del $enoma es un ata!o 'alioso ya (ue ayuda a los cient"ficos a encontrar a los $enes m,s f,cil y r,pidamente+ 4na secuencia del $enoma contiene al$unas pistas acerca de donde est,n los $enes* aun(ue los cient"ficos reci)n est,n aprendiendo a interpretarlas+

4n $enoma se secuencia en partes+ El $enoma entero no puede ser secuenciado todo !unto por (ue los m)todos disponi&les de secuenciacin de AD0 solo funcionan con fra$mentos cortos de AD0+ Entonces* los cient"ficos de&en fra$mentar el $enoma en peda os pe(ue.os* secuenciar los peda os y lue$o reconstruirlos en el orden correcto para lle$ar a la secuencia de todo el $enoma+ E#isten dos t)cnicas para fra$mentar al $enoma y 'ol'er a reconstruirlo+ 4na estrate$ia* conocida como la t)cnica del 5clon6por6clon7* in'olucra primero la fra$mentacin del $enoma en peda os $randes* llamados clones* de 89:+::: pares de &ases+ Los cient"ficos utili an las t)cnicas de mapeo $enmico para sa&er donde pertenecen esos fra$mentos en el $enoma+ Lue$o 'uel'en a cortar esos clones en fra$mentos m,s cortos ;de 9:: p&< y (ue se superponen para poder secuenciarlos+ =inalmente* secuencian los fra$mentos y utili an las partes (ue se superponen para reconstruir la secuencia de todo el clon+ A0ALI3I3 =40CIO0AL DE LO3 /E0E3 Transcriptoma El t)rmino transcriptoma se refiere al estudio de los perfiles de e#pressin de todos los $enes presentes en el $enoma+ Los estudios de e#presin su$ieren pistas so&re la funcin de los $enes+ Aun(ue son muc%os los m)todos para estudiar el transcriptoma el m,s utili ado es el microarray de D0A* (ue permite el an,lisis simult,neo de la e#presin de miles de $enes+ Por e!emplo >?:: $enes ;E3Ts* cD0As* oli$onucletidos< de le'adura se pueden disponer utili ando un sistema ro&oti ado so&re un portao&!etos ;8@#8@ mm< de microscopio ADeRisi BL et al+* 3cience* CD@* >@:6>@> ;8EED<F+ 3o&re este c%ip de D0A se reali an e#perimentos de %i&ridacin con muestras marcadas radiacti'amente o con fluorforos apropiados* y los resultados se cuantifican mediante an,lisis con Gp%osp%orima$erH o microscop"a confocal+ De esta manera se pueden identificar* de forma simult,nea* patrones de e#presin de miles de $enes en un momento del desarrollo o en respuesta a diferentes est"mulos am&ientales+ El an,lisis &ioinform,tico de estos datos permite asociar $rupos de $enes (ue se e#presan de forma coordinada y proporciona informacin importante so&re la funcin de los mismos+ Proteoma El t)rmino proteoma descri&e el con!unto total de prote"nas e#presadas por un $enoma completo* incluyendo las modificadas despu)s de la traduccin+ El estudio del transcriptoma de&e ser complementado con el an,lisis de e#presin de las prote"nas codificadas por los transcritos* puesto (ue esta macromol)culas est,n al final de la ruta de e#presin $)nica+ Por el momento* el m)todo m,s utili ado para estudiar la a&undancia relati'a de cientos de prote"nas es la electroforesis &idimensional en $eles de poliacrilamida +Este m)todo permite separar con $ran resolucin la mayor"a de los polip)ptidos celulares com&inando de forma secuencial diferencias en car$a y en masa molecular+ Los polip)ptidos se purifican y di$ieren con proteasas para $enerar una coleccin de p)ptidos (ue se anali an por espectrometr"a de masas o se secuencian a partir del e#tremo amino+ Para identificar la prote"na* los perfiles de masa molecular o secuencias de amino,cidos o&tenidos se comparan con las &ases de datos de prote"nas e#istentes utili ando potentes pro$ramas &ioinform,ticos+ Meta&oloma Este t)rmino %a aparecido muy recientemente para denominar al con!unto total de meta&olitos de una c)lula* consecuencia de la funcin de R0As y prote"nas+ De acuerdo con lo e#puesto %asta el momento* parece co%erente la necesidad de apro#imaciones de meta&olmica (ue permitan identificar meta&olitos en la c)lula y determinar perfiles de a&undancia en relacin a los estudios del transcriptoma y el proteoma+ Los in'esti$adores (ue tra&a!an en este nue'o campo de la (u"mica aplicada a la &iolo$"a defienden (ue slo de esta forma se podr"a definir en t)rminos moleculares un fenotipo concreto+