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UNIVERSIDAD NACIONAL ABIERTA Y A DISTANCIA – UNAD Escuela de Ciencias Agrícolas, Pecuarias y del
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Escuela de Ciencias Agrícolas, Pecuarias y del Medio Ambiente
Microbiología Ambiental
UNIVERSIDAD NACIONAL ABIERTA Y A DISTANCIA – UNAD
ESCUELA DE CIENCIAS AGRÍCOLAS, PECUARIAS Y DEL MEDIO
AMBIENTE
358010 - MICROBIOLOGÍA AMBIENTAL
DIANA GARCÍA VARGAS. PhD. Plant physiology.
(Directora Nacional)
RUTH ESPERANZA LÓPEZ MEDINA
(Acreditadora)
BOGOTA
2013
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Microbiología Ambiental
ÍNDICE DE CONTENIDO
Pág.
ASPECTOS DE PROPIEDAD INTELECTUAL Y VERSIONAMIENTO
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INTRODUCCIÓN
9
UNIDAD 1. PRINCIPIOS DE LA MICROBIOLOGÍA Y METABOLISMO
MICROBIANO
CAPÍTULO 1. MUNDO MICROBIANO
Lección 1. Etapas históricas de la microbiología
Lección 2. Microbiología
Lección 3. Microorganismos como células
Lección 4. Importancia de los microorganismos para el hombre
Lección 5. Los microorganismos y sus ambientes naturales
CAPÍTULO 2. PERSPECTIVA GENERAL DE LA VIDA MICROBIANA
Lección 6. Estructura celular en procariotas
Lección 7. Estructura celular en eucariotas
Lección 8. Estructura vírica
Lección 9. Morfología de bacterias
Lección 10. Microscopía óptica y electrónica
CAPÍTULO 3. METABOLISMO MICROBIANO
Lección 11. Reacciones metabólicas y conservación de la energía
Lección 12. Glucólisis
Lección 13. Ciclo del acido cítrico
Lección 14. Fotosíntesis en microorganismos
Lección 15. Alternativas catabólicas
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UNIDAD 2. DIVERSIDAD MICROBIANA
CAPÍTULO 4. CRECIMIENTO MICROBIANO
Lección 16. Crecimiento celular y fisión binaria
Lección 17. Curva de crecimiento
Lección 18. Medidas directas del crecimiento microbiano
Lección 19. Factores físicos en el crecimiento microbiano
Lección 20. Oxígeno y el crecimiento microbiano
CAPÍTULO 5. EUCARIOTA Y PROCARIOTA
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Lección 21. Archeas
Lección 22. Hongos
Lección 23. Hongos mucosos
Lección 24. Protozoos
Lección 25. Algas
CAPÍTULO 6. SISTEMA DE VIDA ANAEROBIO
Lección 26. Respiración Anaerobia
Lección 27. Reducción del nitrato y proceso de desnitrificación
Lección 28. Reducción de sulfatos
Lección 29. Metanogénesis
Lección 30. Acetanogénesis
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UNIDAD 3. ECOLOGÍA Y MICROBIOLOGÍA
CAPÍTULO 7. MÉTODOS PARA ESTUDIAR MICROORGANISMOS
Lección 31. Análisis de las comunidades microbianas basado en
técnicas de cultivo
Lección 32. Aislamiento de cultivo axénico
Lección 33. Análisis molecular de las comunidades microbianas
Lección 34. Técnicas moleculares usadas en la microbiología y
biotecnología
Lección 35. Medición de la actividad microbiana en la naturaleza
CAPÍTULO 8. RELACIONES MICROBIANAS, COMUNICACIÓN
CELULAR Y CICLO DE NUTRIENTES
Lección 36. Ecosistemas microbianos
Lección 37. Comunicación celular
Lección 38. Ciclo del carbono y del oxígeno
Lección 39. Ciclo del nitrógeno
Lección 40. Ciclo del azufre
CAPÍTULO 9. APLICACIONES DE LA MICROBIOLOGÍA
AMBIENTAL
Lección 41. Tratamiento de residuos sólidos
Lección 42. Tratamiento de agua potable
Lección 43. Biorremediación
Lección 44. Biodegradabilidad y efectos ecológicos
Lección 45. Biorremediación de petróleo y otros contaminantes
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BIBLIOGRAFÍA
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ÍNDICE DE CUADROS
Pág.
Cuadro 1. Comparación de virus y bacterias
Cuadro 2. Reacciones de oxido reducción para obtención de energía
por bacterias
Cuadro 3. Rendimiento energético por la oxidación una molécula de
glucosa
Cuadro 4. Comparación de fotosíntesis en células eucariotas y
procariotas
Cuadro 5. Comparación de características de filos de algas
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ÍNDICE DE FIGURAS
Pág.
Figura 1. Estructuras celulares de una procariota
17
Figura 2. Estructura flagelar en bacterias
18
Figura 3. Pared celular bacteriana
19
Figura 4. Estructura celular eucariota
23
Figura 5. Estructura del retículo endoplasmático
25
Figura 6. Aparato de golgi
26
Figura 7. Tipos de virus
29
Figura 8. Morfología de células bacterianas
30
Figura 9. Microscopio óptico compuesto
32
Figura 10. Imágenes de Paramecium con microscopía óptica
33
Figura 11. Microscopios electrónicos
34
Figura 12. Microfotografía de Paramecium con microscopía electrónica
35
Figura 13. Oxidación global de la glucosa
38
Figura 14. Fermentación para la producción de etanol y lactato
38
Figura 15. Glucólisis
39
Figura 16. Ciclo de Krebs
41
Figura 17. Cadena transportadora de electrones
42
Figura 18. Fotofosforilación cíclica
44
Figura 19. Fotofosforilación no cíclica
45
Figura 20. Clasificación nutricional de organismos vivos
46
Figura 21. Fisión binaria
48
Figura 22. Curva de crecimiento microbiano
50
Figura 23. Método de recuento en placa de células viables
Figura 24. Método de diluciones seriadas para recuento en placa de
colonias
Figura 25. Efecto de la temperatura en el crecimiento microbiano
52
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Figura 26. Efecto del oxígeno en el crecimiento microbiano
57
Figura 27. Dominio Archaea
59
Figura 28. Archaeas halófilas y metanógenos
60
Figura 29. Microfotografía de Thermoplasma acidophilum
61
Figura 30. Solfulobus archaea
61
Figura 31. Ejemplo de hongo filamentoso
62
Figura 32. Ejemplo de hongo levaduriforme
63
Figura 33. Ciclo de vida del moho del pan Rhizopus stolonifer
65
Figura 34. Ciclo de vida de Basidiomycota y Ascomycota
65
Figura 35. Ciclo de vida de Dictyostelium discoideum
66
Figura 36. Hongos mucilaginosos
67
Figura 37. Conjugación del protozoo Paramecium
69
Figura 38. Phylum del reino protista
70
Figura 39. Ejemplo de Ciliophora
69
Figura 40. Ejemplo de Phaeophyta
72
Figura 41. Ejemplos de Clorophyta y Rodophyta
73
Figura 42. Ejemplos de Bacillariophyta y Pyrrophyta
73
Figura 43. Ejemplos de respiración anaerobia
74
Figura 44. Posible transporte de electrones en Pseudomonas stutzeri
durante la desnitrificación
76
Figura 45. Reducción del sulfato
77
Figura 46. Transporte de electrones en bacterias reductoras de sulfato
78
Figura 47. Proceso de metanogénesis a partir de dióxido de carbono
81
Figura 48. Producción de acetato a partir de la vía acetil coenzima A
82
Figura 49. Medio de enriquecimiento
87
Figura 50. Columna de Winogradsky
87
Figura 51. Método de siembra por estría o agotamiento
89
Figura 52. Pinzas láser
89
Figura 53. Tinciones fluorescentes de células
90
Figura 54. Tinción con anticuerpos fluorescentes y con FISH
91
Figura 55. Reacción en cadena de la polimerasa
94
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Microbiología Ambiental
Figura 56. Electroforesis de proteínas y gel de corrido
96
Figura 57. Ejemplo de micorriza
101
Figura 58. Biopelícula microbiana
103
Figura 59. Modelo de interferencia de mecanismos de QS
dependiente de AHL
103
Figura 60. Ciclo de óxido reducción del carbono
105
Figura 61. Ciclo del nitrógeno
106
Figura 62. Ciclo del azufre
109
Figura 63. Ciclo de oxido reducción del azufre
110
Figura 64. Pila de compost
113
Figura 65. Sistema de fitorremediación
120
Figura 66. Biorremediación de petróleo en suelos
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Microbiología Ambiental
ASPECTOS DE PROPIEDAD INTELECTUAL Y VERSIONAMIENTO
Este material didáctico del módulo Microbiología Ambiental fue desarrollado por
Carmen Julia Pedroza Padilla, Microbióloga y Magíster en Ciencias -
Biotecnología. Tiene un perfil profesional investigativo y docente; con desempeño
laboral como investigadora en la Corporación para Investigaciones Biológicas
(CIB) y la Universidad de Santander (UDES), y como docente catedrática de la
Universidad de Antioquia (UdeA). También tuvo formación académica en el
Instituto de Investigaciones Marinas y Costeras (INVEMAR). Actualmente se
desempeña como instructora en el Centro Biotecnológico del Caribe SENA-
Regional Cesar.
Para citar este documento por favor hacerlo de la siguiente manera:
Pedroza Padilla, C. (2011). Microbiología ambiental. Módulo didáctico. Valledupar:
Universidad Nacional Abierta y a Distancia – UNAD., p.p
consultadas por el estudiante).
(escribir páginas
Algunas correcciones de forma del lenguaje español fueron realizadas por la
Directora Nacional de Curso, Dra. Diana García Vargas. Doctora en biología
animal, vegetal y ecología, línea de investigación fisiología vegetal; magistra en
Gestión ambiental para el Desarrollo Sostenible; microbióloga y bióloga.
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Microbiología Ambiental
INTRODUCCIÓN
En los últimos años la microbiología ambiental se ha convertido en una innovadora
ciencia biológica, que además de estudiar la función y diversidad de los
microorganismos en sus ambientes naturales y artificiales, se propone como una
alternativa fortalecida con la biotecnología que puede dar solución a muchos
problemas ambientales causados por las actividades humanas (agricultura,
minería, industria, deforestación, urbanización, etc.). Gracias al desarrollo de
técnicas moleculares dejó de ser una disciplina dedicada exclusivamente a la
evolución, ecología, fisiología y taxonomía de los microorganismos y se transformó
en una ciencia clave para el desarrollo de soluciones limpias y amigables al medio
ambiente ante los crecientes problemas de contaminación en el planeta.
Este material didáctico se desarrolló con el fin de proporcionarle a los futuros
profesionales de programas ambientales de la Universidad Nacional Abierta y a
Distancia (UNAD) la información básica, conceptual y actual de la microbiología
ambiental así como también las diferentes aplicaciones que le permitan a los
estudiantes dar posibles soluciones a problemas ambientales usando mecanismos
con participación microbiana.
Este módulo consta de tres unidades, nueve capítulos y cuarenta y cinco lecciones
y tiene el objetivo que al finalizar el curso el estudiante tenga la capacidad de
conceptualizar, diferenciar tipos de microorganismos, mecanismos microbianos
naturales en sus procesos biológicos, métodos de análisis microbianos y su
aplicabilidad en diferentes áreas.
En su orden en la primera unidad, el estudiante tendrá la información sobre la
historia de la microbiología, el impacto de los microorganismos en las actividades
humanas, las diferentes estructuras celulares y por último, parte de los procesos
metabólicos que realizan los microorganismos para sobrevivir. La segunda unidad,
se enfoca en el estudio de las condiciones para el crecimiento microbiano,
diversidad microbiana y procesos metabólicos del sistema de vida anaerobio,
claves para el desarrollo de técnicas y metodologías que ayuden a la comprensión
y aplicabilidad de estos procesos en el ambiente. Por último en la tercera y última
unidad, el estudiante encontrará los elementos y algunos métodos usados en la
ecología microbiana así como también parte de los procedimientos
biotecnológicos empleados actualmente para solucionar problemas ambientales a
través de mecanismos responsables, efectivos, y amigables al medio ambiente
donde participan activamente los microorganismos.
¡Bienvenidos todos a conocer sobre la microbiología ambiental!
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Microbiología Ambiental
UNIDAD 1. PRINCIPIOS DE LA MICROBIOLOGÍA Y METABOLISMO
MICROBIANO
CAPÍTULO 1. MUNDO MICROBIANO
Lección 1. Etapas históricas de la microbiología
Lección 2. Microbiología
Lección 3. Microorganismos como células
Lección 4. Importancia de los microorganismos para el hombre
Lección 5. Los microorganismos y sus ambientes naturales
CAPÍTULO 2. PERSPECTIVA GENERAL DE LA VIDA MICROBIANA
Lección 6. Estructura celular en procariotas
Lección 7. Estructura celular en eucariotas
Lección 8. Estructura celular vírica
Lección 9. Morfología de bacterias
Lección 10. Microscopía óptica y electrónica
CAPÍTULO 3. METABOLISMO MICROBIANO
Lección 11. Reacciones metabólicas y conservación de energía
Lección 12. Glucólisis
Lección 13. Ciclo del acido cítrico
Lección 14. Fotosíntesis en microorganismos
Lección 15. Alternativas catabólicas
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Microbiología Ambiental
UNIDAD 1
PRINCIPIOS DE LA MICROBIOLOGÍA Y METABOLISMO
MICROBIANO
CAPÍTULO 1. Mundo microbiano
Lección 1. Etapas históricas de la microbiología
Durante muchos siglos el hombre desconoció la existencia de microorganismos,
su ecología e interacciones con otros seres vivos y mucho menos su relación con
las enfermedades, la mayoría de ellas asociadas a castigos divinos individuales o
colectivos por causa de pecados, crímenes y delitos. La historia de la
microbiología inició en 1665 cuando Robert Hooke descubrió con la ayuda de un
microscopio rudimentario la existencia de pequeñas celdas en una rodaja de
corcho “celdillas” y la presencia de cuerpos fructíferos de mohos en un objeto de
cuero. Aunque es posible que el primero en observar bacterias haya sido el
reservado comerciante telas y científico aficionado, el holandés Anton Van
Leeuwenhoek quien con microscopios fabricados por él pudo observar pequeños
organismos “animálculos”, obtenidos de heces y raspado de dientes,
espermatozoides y microorganismos que hoy conocemos como algas y protozoos;
todas sus anotaciones y descubrimientos fueron escritas y enviadas a la Royal
Society de Londres la cual también recibió varios microscopios fabricados por este
científico aficionado.
La teoría de la generación espontánea era la más aceptada por la mayoría de los
científicos de la época, muchos creían que sapos podían nacer del suelo húmedo
y gusanos de materia en descomposición. Pero otros, como los italianos
Francesco Redi (1668) y Lazzaro Spallanzani (1765) respectivamente, afirmaban
que los gusanos aparecían porque eran depositados por moscas y que los caldos
nutritivos se contaminaban por acción de microorganismos presentes en el aire.
Sólo hasta 1861 el científico francés Louis Pasteur desaprobó la generación
espontánea y demostró a través de una serie de experimentos empleando
matraces que contenían caldo de carne a los que les dobló el cuello en forma de S
y posteriormente hirvió, probó que al transcurrir del tiempo en la solución fría y
estéril no aparecían microorganismos, mientras que el matraz sin cuello doblado
estaba lleno de microorganismos. Con esto demostró que a pesar de tener
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contacto con el aire el matraz del cuello doblado los microorganismos quedaban
atrapados en éste y por lo tanto los microorganismos están presentes en el aire
pero que el aire per se no creaba los microbios. Pasteur tuvo otros
descubrimientos como la fermentación de levaduras, modo en que actúan las
vacunas, la pasteurización, proceso muy empleado actualmente para la
esterilización o disminución de carga microbiana en muchos tipos de alimentos y
la
relación de microorganismos en la causa de enfermedades (Tortora, Funke y
Case, 2007).
Aunque en 1796 el físico inglés Edward Jenner desarrolló la primera vacuna
contra la viruela y el médico inglés Joseph Lister en 1860 practicó técnicas
asépticas en cirugías para contrarrestar las enfermedades causadas por los
microorganismos, sólo hasta 1876 el físico alemán Robert Koch demostró pasos
experimentales que relacionaban enfermedades con microorganismos específicos,
conocidos como postulados de Koch (Tortora et al. 2007). Desde los años de
observaciones de Hooke y descubrimientos al azar como el de los antibióticos por
el escocés Alexander Fleming en 1928, la microbiología sigue teniendo
vertiginosos avances para contrarrestar no sólo enfermedades en el hombre si no
también patógenos en plantas y animales; además de aprovechar todos aquellos
microorganismos benéficos los cuales superan número en la población
microbiana.
NOTA:
En los siguientes enlaces encontrará videos sobre historia de la microbiología:
http://www.youtube.com/watch?v=vPGcszfMZjM&feature=related
http://www.youtube.com/watch?v=GBIw1qAOBjA&feature=related
Lección 2. Microbiología
Es
la ciencia que trata el estudio de los microorganismos. La palabra microbiología
deriva de las voces griegas mikros, pequeño; bios, vida y logos, estudio, es decir
etimológicamente estudia organismos demasiado pequeños para ser observados
a
simple vista. También llamados microbios. El objeto de estudio de la
microbiología incluye bacterias, hongos, protozoos y virus, estos últimos a pesar
de no ser entidades celulares definidas pueden afectar a su huésped (Llop,
Valdés-Dapena y Zuazo, 2001; Tortora et al. 2007)
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Microbiología Ambiental
La microbiología ambiental es una subdisciplina que estudia la función, diversidad
de los microorganismos y su papel en la realización de procesos tanto en sistemas
naturales como artificiales. Esta área de la microbiología es especialmente
interdisciplinaria (Madsen, 2008).
Todos los seres vivos tienen características estructurales en común que permite a
los taxónomos agruparlos y clasificarlos para poder asignarles un nombre
científico. La sistemática o filogenia estudia la clasificación de las especies
considerando su historia evolutiva.
La mayor categoría taxonómica que divide a los organismos vivos es el Dominio,
propuesta por el científico estadounidense Carl Woese, existen tres dominios:
Eukarya, Bacteria y Archaea. En Eukarya se encuentran los hongos, plantas,
animales y protistas. En Bacteria, las procariotas patógenas y no patógenas
presentes en aire, suelo y agua, las procariotas fotoautótrofos. Y por último en el
dominio Arquea se agrupan todas las células procariotas que no tienen
peptidoglicano en su pared celular, las cuales en su mayoría viven en ambientes
extremos o tienen actividades metabólicas poco comunes (Tortora et al. 2007).
La unidad fundamental de la clasificación es la especie, son el grupo más
estrechamente relacionado que tiene la capacidad de reproducirse entre si. Las
especie pueden agruparse y formar géneros, los géneros relacionados forman una
familia y las familias similares un orden y el grupo de órdenes constituyen una
clase y las clases relacionadas forman un filo y éstos un reino y los reinos
relacionados se agrupan en dominios (Tortora et al. 2007).
Los virus no están considerados como seres vivos por lo tanto no se ubican en
ninguno de los dominios descritos anteriormente.
NOTA:
Para mayor información:
Leer la sección 1.1 Microbiología en: Madigan, M., Martinko, J & Parker,
J. (2003). Brock biología de los microorganismos. (10 Ed). Madrid:
Pearson Prentice Hall.
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Lección 3. Microorganismos como células
La célula es la unidad estructural y funcional de todos los seres vivos. Existen
microorganismos unicelulares, es decir, aquellos que constan de una sola célula
como es el caso de las bacterias, levaduras, protozoos y muchas algas; y los
multicelulares, que están constituidos por muchas células como la mayoría de los
hongos. Las células como entidades estructurales poseen una membrana celular o
plasmática que las separa del entorno, algunas también tienen pared celular, la
cual siempre está al exterior de la membrana celular, un citoplasma que es donde
se realizan la mayoría de las actividades funcionales y un núcleo o nucleoide
(procarión), para las que no tienen un núcleo definido que contiene la información
genética.
La célula es un sistema abierto que intercambia materia y energía con el entorno
para realizar todas sus reacciones bioquímicas y físico-químicas, es decir, su
metabolismo, éste le permite el crecimiento o reproducción donde a partir de una
célula se genera otra célula hija gracias a las actividades de síntesis celular, el
movimiento le permite desplazamiento y la comunicación celular capacidad para
interactuar con otras células y activar así ciertos genes indispensables en la
supervivencia de la especie, todos ellos importantes en la continuidad de la misma
(Madigan, Martinko y Parker, 2003).
NOTA:
Leer la sección 1.2 en: Madigan, M., Martinko, J & Parker, J. (2003). Brock
biología de los microorganismos. (10 Ed). Madrid: Pearson Prentice Hall.
Lección 4. Importancia de los microorganismos para el hombre
Si
le diéramos la opción a un grupo de personas para mencionar una palabra que
asocie con microorganismos posiblemente la mayoría diría enfermedad, porque
desconocen que sólo unos pocos respecto a la población son patógenos
(producen enfermedades); la mayoría de los ellos cumplen un papel fundamental e
irremplazable en el ecosistema como veremos en la próxima lección. Aunque
gracias a la aparición de enfermedades y pestes en tiempos atrás se desarrollaron
las primeras teorías de la microbiología, hoy después de muchos avances
científicos los microorganismos son utilizados en diferentes áreas que benefician
al
ser humano. Entre ellas tenemos:
La industria alimentaria, no sólo se han diseñado nuevas estrategias para combatir
a
los microorganismos que contaminan los alimentos y causan enfermedades
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alimentarias sino que muchos de ellos son básicos en la producción de alimentos
como los lácteos (quesos, yogur, mantequilla), carnes (carnes maduradas),
vegetales enlatados o encurtidos (coles, pepinillos, pimentones, cebollas,
zanahorias etc), bebidas alcohólicas (vinos, cerveza, sidra, etc), vinagre, o en la
producción del pan donde se usan cepas microbianas que ayudan al proceso de
fermentación, acidificación y/o maduración; e incluso el consumo de hongos como
es el caso de los champiñones que tienen alto valor nutricional.
En la industria farmacéutica y biotecnológica los microorganismos son clave para
la obtención a bajo costo y en grandes cantidades de metabolitos (aminoácidos,
vitaminas, enzimas, antibióticos, compuestos orgánicos, promotores de
crecimiento vegetal), producción de organismos transgénicos y en el desarrollo de
técnicas con DNA recombinante e ingeniería genética.
En la agricultura no sólo causan enfermedades en plantas (fitopatógenos) sino que
también a través de las interacciones procariota-eucariota o procariota-procariota
pueden beneficiar a las plantas gracias a procesos simbióticos que le permiten a
éstas tomar los nutrientes presentes en el medio con mayor facilidad o el control
de plagas gracias al uso de bacterias. También gracias a los microorganismos se
han desarrollado a través de ingeniería genética plantas transgénicas resistentes a
enfermedades y con niveles de producción elevados respecto a las plantas
silvestres (esto todavía requiere muchos estudios de efectos secundarios y tiene
implicaciones éticas).
Con el aumento de la población y el desarrollo tecnológico también se elevan los
niveles de contaminación en fuentes de aguas y suelos, derrames de crudo y
compuestos recalcitrantes o metales pesados los cuales son muy difíciles de
remover y degradar pero gracias a la amplia actividad metabólica microbiana
muchos microorganismos usan esos compuestos como sustrato ofreciéndole al
hombre otra aplicación vital para la conservación y restauración del medio
ambiente, la biorremediación.
NOTA:
Para mayor información leer los siguientes artículos:
http://bibliotecadigital.ilce.edu.mx/sites/ciencia/volumen1/ciencia2/43/html/sec_8.ht
ml
http://www.musalit.org/pdf/IN060651_es.pdf
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Lección 5. Los microorganismos y sus ambientes naturales
La ecología microbiana estudia las relaciones entre el microorganismo y su
ambiente natural. Estos organismos viven en ambientes competitivos y en
ocasiones extremos (agua de termales) pero gracias a las asociaciones de células
o individuos se forman conjuntos llamados poblaciones, donde éstas a su vez
pueden agruparse para establecer comunidades microbianas e interactuar dentro
de un lugar determinado llamado nicho.
Dentro de un ecosistema se establecen relaciones simbióticas, es decir, las
interacciones entre organismos y poblaciones coexistentes donde se puede o no
obtener beneficios, por ejemplo, las micorrizas (myco = hongo; rhiza = raíz)
participan en el desarrollo de las plantas ya que sirven como pelos de las raíces y
absorben nutrientes que a la planta sola le sería dificultoso y luego los libera de
forma gradual para que los pueda asimilar, otro ejemplo sería la producción de
vitamina K por bacterias intestinales en los seres humanos.
Además de este tipo de asociaciones gracias a los microorganismos se puede
mantener el equilibrio entre lo biótico y abiótico, por ejemplo, las bacterias que
participan en el ciclo de nitrógeno ayudan a degradar residuos e incorporan el
nitrógeno presente del aire en compuestos orgánicos. También participan en los
ciclos biogeoquímicos del carbono y azufre.
NOTA:
Leer la sección 1.3 en: Madigan, M., Martinko, J & Parker, J. (2003). Brock
biología de los microorganismos. (10 Ed). Madrid: Pearson Prentice Hall.
CAPÍTULO 2. Perspectiva general de la vida microbiana
Lección 6. Estructura celular en procariotas
Aunque las células eucariotas y procariotas tienen una complejidad que les
permite realizar todas las funciones metabólicas para su mantenimiento y
supervivencia existen características estructurales que ayudan a diferenciarlas, a
continuación describiremos la composición estructural y funcional de células
procariotas, eucariotas y la de los virus.
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Células procariotas
Son organismos unicelulares que carecen de un núcleo definido, su nombre se
deriva del griego pro = antes de; karion = núcleo. El material genético de estas
células, al contrario de las eucariotas se encuentra en el citoplasma y no en el
núcleo. Este es un grupo muy diverso y con diferencias estructurales que nos
permiten su clasificación. Está conformado por bacterias y archaea, dividas en
base a la composición de la pared celular (figura 1).
Figura 1. Estructuras celulares de una procariota (tomado de Tortora et al. 2007).
Glicocálix
Es una capa gelatinosa de polisacáridos y/o polipéptidos secretados por las
células al exterior de la pared celular que está relacionada con la virulencia
(capacidad de producir enfermedad), adherencia a superficies, reservas de
energía, protección a la deshidratación, lesiones y salida de nutrientes. Cuando
la capa está firmemente unida y de manera organizada a la pared celular se le
llama cápsula de lo contrario se considera una capa mucilaginosa (Tortora et
al. 2007).
Flagelos
Son apéndices largos y finos que se proyectan hacia el exterior y propulsan a
las bacterias permitiéndoles el movimiento y desplazamiento. El flagelo consta
de tres partes: el filamento, que es la parte más larga y externa compuesto por
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una proteína globular llamada flagelina, el gancho y por último el cuerpo basal
que está compuesto por anillos que lo fijan a la pared y membrana celular
(figura 2).
No todas las bacterias tienen flagelos (átricas), peros las que los tienen pueden
adoptar diferentes disposiciones alrededor de la célula. Entonces las bacterias
pueden ser monotricas (un solo flagelo polar), lofotricas (dos o más flagelos en
uno o ambos extremos de la célula), anfitricas (un flagelo en cada extremo de
la célula) y perítricas (muchos falgelos alrededor de la celula). Los flagelos no
pueden verse a simple vista en el microscopio óptico con la ayuda de tinciones
o
en el microscopio electrónico.
Figura 2. Estructura flagelar en bacterias. (a) Bacterias gramnegativas, (b) bacterias
grampositivas (tomado de Tortora et al. 2007).
Fimbrias y pili
Son apéndices más cortos, rectos y finos que los flagelos compuestos por
subunidades proteicas de pilina. Las fimbrias pueden estar en los polos o
distribuidas en toda la superficie celular y cumple funciones de fijación,
mientras que el pili que es más largo que las fimbrias y sólo se encuentran uno
o
dos por célula; cumple funciones de transferencia intercelular de ADN en el
proceso de conjugación, también es llamado pili sexual.
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Pared celular
Es una estructura compleja y rígida que delimita, da forma y brinda protección
ante la lisis celular dada la fragilidad de la membrana citoplasmática y la
presión osmótica a la que está sometida por el entorno extracelular, también
juega un papel importante en la división celular y en su propia biosíntesis. Está
compuesta por peptidoglucano (mureína) un heteropolímero constituido por
N-acetilmurámico (NAM) y N-acetilglucosamina (NAG), aminoácidos de cadena
lateral y puentes transversales de aminoácidos.
Las bacterias se clasifican según la composición de la pared celular en
grampositivas y gramnegativas (figura 3); las grampositivas además de una
capa gruesa de peptidoglucano tienen elevadas concentraciones de ácidos
teicoicos mientras que las gramnegativas no, pero éstas en cambio están
formadas por una capa más delgada de peptidoglucano que a su vez está
cubierta por una membrana externa de lipopolisacáridos (LPS), lipoproteínas,
porinas y fosfolípidos (Llop et al. 2001; Madigan et al. 2003; Tortora et al.
2007).
Figura 3. Pared celular bacteriana. Arriba se muestra la estructura de células grampositivas y
debajo de células gramnegativas (tomado de Tortora et al. 2007).
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Existen células procariotas que no tienen pared celular o algunas son muy
escasas como es el caso del género Mycoplasma pero en cambio tienen una
membrana plasmática con esteroles. Las procariotas del dominio archaea no
constan de pared celular con peptidoglucano, siendo esta la principal
característica de este dominio (Tortora et al 2007).
Membrana plasmática, citoplasmática o celular
Es
una estructura delgada que rodea al citoplasma y actúa como una barrera
semipermeable y selectiva entre el interior y exterior de la célula controlando
así el ingreso y salida de sustancias; también gracias a la presencia de
diferentes enzimas participa en la degradación de nutrientes, la generación de
energía (ATP) y fotosíntesis. Está compuesta por una bicapa lipídica
constituida en su mayoría por fosfolípidos y proteínas, éstas últimas pueden
ser de superficie (periféricas) o transmembranales (integrales) que facilitan la
catálisis y transporte de sustancias. Los iones divalentes de calcio y magnesio
contribuyen a la estabilidad iónica de la membrana celular. A diferencia de las
células eucariotas y con excepción de los Mycoplasmas la membrana de las
procariotas no contiene esteroles (Tortora et al 2007).
Citoplasma
Es
la sustancia semifluida (citosol) al interior de la célula donde se encuentra el
cromosoma (material genético), ribosomas y depósitos de reserva o
inclusiones. Está constituido es su mayoría por agua y otras sustancias
(carbohidratos, iones, lípidos, enzimas y compuestos de bajo peso molecular)
A
diferencia de las células eucariotas no tiene citoesqueleto ni flujo
citoplasmático (Llop et al. 2001; Tortora et al 2007).
Nucleoide o procarión
Es
la zona que contiene el material genético conformado por un cromosoma
(molécula de ADN bicatenario), unido a la membrana celular pero que a
diferencia de las células eucariotas no está delimitado por una envoltura o
membrana nuclear. Muchas bacterias contienen pequeñas moléculas de ADN
circular que no están unidas al cromosoma bacteriano y que se replican
independientemente de éste, llamados plásmidos (muy útiles en la
biotecnología); los cuales le otorgan propiedades especiales como resistencia
a antibióticos, tolerancia a sustancias tóxicas, entre otras (Llop et al. 2001;
Madigan et al. 2003; Tortora et al. 2007).
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Ribosomas
Son estructuras celulares que constan de dos subunidades compuestas por
acido ribonucleico ribosomal (ARNr o rRNA por siglas en inglés) y proteínas, se
encuentran por millares en el citoplasma dada su función vital en la síntesis de
proteínas. Cuando se están agrupados en cadenas se les llama
polirribosomas. Los ribosomas procariotas son más pequeños que los
eucariotas y se les conoce como ribosomas 70S.
Inclusiones
El citoplasma de las células procariotas contiene diversas estructuras de
almacenamiento, reserva o depósito de nutrientes llamadas inclusiones, que
pueden ser utilizados cuando está expuesta a medios adversos o en
condiciones de inanición. Entre ellas tenemos:
Gránulos metacromáticos o volutina
Son estructuras conformadas por reservas de fosfato inorgánico utilizados
para la síntesis de ATP, se les llama así por el color rojo que toman cuando
son expuestos a colorantes azules como es el caso del azul de metileno o
azul de toluidina. Además de las bacterias, las algas, hongos o protozoos
los pueden tener (Tortora et al. 2007).
Gránulos polisacáridos
Son reservas de almidón y glucógeno que la bacteria almacena cuando
crece en un medio pobre en nitrógeno pero rico en carbono; al exponerse al
yoduro de potasio el glucógeno toma un color rojo y el almidón azul.
Inclusiones lipídicas
Son acúmulos de poli-beta hidroxibutíricos (PHB) que en especies como
Bacillus constituyen reservas de carbono y energía durante la esporulación.
También hay bacterias que reservan poli-beta-hidroxialcanoatos (PHA), los
cuales hoy son utilizados para fabricar plásticos bacterianos biodegradables
y disminuir a la contaminación ambiental. Se tiñen con colorantes como el
Negro-Sudán.
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Gránulos de azufre
Se forman cuando en el medio hay compuestos de azufre reducido para
usarlos como reservas de energía. Aparece en las bacterias que utilizan
sulfuro de hidrógeno (SH2) como el género de Thiobacillus.
Carboxisomas
Son inclusiones compuestas por una monocapa proteínica que contiene la
enzima ribulosa-bifosfato carboxilasa; utilizada por las bacterias
fotosintéticas y nitrificantes.
Vacuolas de gas
Son vesículas con una monocapa proteínica impermeable al agua pero que
acumulan gas dependiendo de la concentración de éste en el exterior.
Estas estructuras confieren la flotabilidad óptima que les permite alcanzar
luz, oxígeno u otros elementos. Están presentes en cianobacterias,
halobacterias y anoxigénicas.
Magnetosomas
Son partículas cristalinas de hierro magnetita (Fe3O4), sensores del campo
magnético terrestre ya que permiten la orientación de las bacterias
magnetotácticas (Aquaspirillum magnetotacticum y Magnetospurillum
magnetotacticum); en el campo industrial se desarrollan métodos para
obtener magnetita para la fabricación de cintas magnéticas para audio y
datos.
Endosporas
Son células en “reposo” que se forman intracelularmente por la carencia de
nutrientes en ciertas bacterias (Bacillus, Clostridium, Sporosarcina). Estas
estructuras pueden vivir en ambientes adversos como calor extremo, falta de
nutrientes, radiaciones, desecación, presencia de agentes químicos o
bactericidas etc. El proceso de formación de endosporas se conoce como
esporulación o esporogénesis e implica la invaginación de la membrana celular
junto con material genético en una célula vegetativa o progenitora que después
de lisarse libera la endospora y puede permanecer en latencia por millones de
años, hasta que por un estímulo químico o físico se desencadena la
germinación (recuperación del estado vegetativo). Este no es considerado un
proceso de reproducción.
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NOTA:
En este enlace encontrará un video sobre bacterias:
http://www.youtube.com/watch?v=PPmZ5Q78Xhk
Lección 7. Estructura celular en eucariotas
Célula eucariota
Está conformada por células unicelulares y pluricelulares de mayor tamaño y
complejidad que tienen un núcleo definido; comprende algas, protozoos,
plantas y animales. A continuación se describirá de una forma general de las
estructuras en las eucariotas (figura 4).
Figura 4. Estructura celular eucariota (tomado de Tortora et al. 2007).
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Flagelos y cilios
Al igual que en las procariotas sirven para la locomoción y desplazamiento,
pueden estar recubiertas de citoplasma y membrana plasmática; están
conformados por microtúbulos compuestos de tubulina y dideína. Si son largos
se les llama flagelos y si son escasos y numerosos cilios. Son frecuentes en
protozoos y algas.
Pared celular y glicocálix
Son una estructura más simple que en las células procariotas está compuesta
por celulosa (en plantas y algunos hongos) y quitina, glucano y manano en la
mayoría de los hongos. No todas las eucariotas tienen pared, las células
animales están desprovistas de ella pero en cambio constan de una cubierta
de carbohidratos llamada glicocálix.
Membrana celular
Está conformada por una bicapa lipídica, pero a diferencia de las procariotas
contiene carbohidratos (actúan como receptores), esteroles (colesterol en
animales) y ergosterol (en hongos).
Citoplasma
Al contrario de las procariotas tiene un citoesqueleto que le da soporte y
contribuye al transporte de las sustancias gracias al flujo citoplasmático, las
enzimas no están disueltas en el citosol sino que están confinadas en las
organelas.
Ribosomas
Son estructuras más grandes y densas que en procariotas, conocidas como
80S, compuestos por ARNr y proteínas, se encuentran en el retículo
endoplasmático rugoso y libres en el citoplasma. Los cloroplastos y
mitocondrias contienen ribosomas de 70S. Pueden formar polirribosomas y su
función es la síntesis de proteínas para todas las actividades celulares (Tortora
et al. 2007).
Núcleo
Es el orgánulo más grande de la célula, con forma esférica u ovalada rodeado
por una doble membrana nuclear con poros nucleares que controlan el
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intercambio de sustancias (ARNr, ARNmensajero y enzimas) entre el núcleo y
el citoplasma. El nucleolo está inmerso en la membrana nuclear y se encarga
de sintetizar ARNr. El núcleo contiene el material genético (ADN y ARN). El
ADN está rodeado por proteínas llamadas histonas y contiene múltiples
cromosomas.
Retículo endoplasmático
Existen dos tipos: el retículo endoplasmático rugoso que es una red de canales
o
sacos membranosos (cisternas) que se extiende desde la membrana nuclear
y
están recubiertos de ribosomas; su función es sintetizar proteínas y catalizar
las unión entres éstas y otros compuestos como carbohidratos o lípidos que
luego son secretados a la membrana.
El retículo endoplasmático liso, no tiene ribosomas (de allí su nombre) pero
tiene enzimas que sintetizan fosfolípidos, grasas, esteroides (estrógenos,
tetosterona y colesterol), además de fagocitar sustancias tóxicas como el
alcohol y drogas (figura 5).
Figura 5. Estructura del retículo endoplasmático. Se observa el retículo endoplasmático liso
(RE liso) y el retículo endoplasmático rugoso (RE rugoso) con ribosomas en su interior (tomado
de Tortora et al. 2007).
Aparato de golgi
Es una red de canales o cisternas que recibe vesículas (con proteínas) que
vienen del retículo endoplasmático rugoso y después de reacciones
enzimáticas las proteínas sufren modificaciones para generar glicoproteínas,
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glucolípidos y lipoproteínas las cuales pueden ser secretadas y transportadas
hasta la membrana celular (figura 6).
Lisosomas
Son estructuras esféricas rodeadas de membrana, formados a partir del
aparato de golgi, contienen enzimas capaces de degradar diversas sustancias
e incluso bacterias.
Vacuolas
Son cavidades derivadas del aparato de golgi rodeadas de una membrana
llamada tonoplasto, presentes en su mayoría en células vegetales. Sus
funciones están relacionadas con almacenamiento de nutrientes, desechos y
agua.
Figura 6. Aparato de golgi. Se observan vesículas que llegan desde el RE rugoso (tomado de
Tortora et al. 2007).
Mitocondrias
Son organelas esféricas o bastoniformes compuestas por una doble membrana
(interna y externa) que forma pliegues llamadas crestas y con un interior
semilíquido conocido como matriz. Las mitocondrias contienen ADN y
ribosomas 70S indispensables para la producción de enzimas que participan
en varias actividades metabólicas exclusivas de esta organela. Sus funciones
están relacionadas con la respiración celular y producción de ATP. También
pueden dividirse para generar nuevas mitocondrias en la misma célula.
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Cloroplastos
Son estructuras grandes de doble membrana que contienen la clorofila
necesaria para la fotosíntesis. También contienen ADN, ribosomas 70S y
enzimas que participan en la síntesis de proteínas; además de poder
“reproducirse” dentro de la misma célula. Los cloroplastos contienen granas,
las cuales son agrupaciones de sacos aplanados llamados tilacoides donde
se encuentra el pigmento de la clorofila. Están presentes en algas y plantas.
Peroxisomas
Son orgánulos pequeños rodeados de membranas con enzimas que oxidan
sustancias orgánicas (aminoácidos, ácidos grasos) y tóxicas (alcohol, peróxido
de hidrógeno). La catalasa se encuentra en esta organela.
Centrosomas
Está formado por material pericentriolar (zona del densa citosol de fibras
proteínicas) y centriolos (nueve tripletes de microtúbulos). Sus funciones están
relacionadas con la división celular en la formación del huso mitótico.
NOTA:
En este enlace encontrará un video sobre estructura y función celular:
http://www.youtube.com/watch?v=395B4JZg6I0&feature=related
http://www.youtube.com/watch?v=f9TA7-sypXs&feature=related
Lección 8. Estructura vírica
Los virus (del latín virus = veneno) son entidades infecciosas o elementos
genéticos de ADN o ARN que se replican indispensablemente dentro de una
célula huésped utilizando su maquinaría celular y enzimática; pero tienen formas
extracelulares que facilitan su transmisión entre células. Muchos autores no los
consideran seres vivos porque sin la célula huésped que infectan éstos no podrían
replicarse y por lo tanto no existirían. A diferencia de las células eucariotas y
procariotas los virus no tienen estructuras celulares (membrana celular, pared
celular, citoplasma, núcleo) y pocas o ninguna enzima que le permita realizar
actividades metabólicas.
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Los virus son entidades muy pequeñas (20 - 1000 nm) que sólo pueden
observarse con la ayuda de microscopios electrónicos y tienen la capacidad de
atravesar filtros bacteriológicos. Su espectro de células huésped es amplio
(plantas, animales) y los que infectan a bacterias conocidos como bacteriófagos.
Cuando los virus están libres de manera extracelular se le conoce como virión,
están compuestos por ácidos nucleicos (ADN o ARN pero nunca ambos) y una
cubierta o cápside. Los virus no son susceptibles a antibióticos por lo tanto su
empleo en enfermedades virales es inocuo es innecesario, sólo aumenta la
posibilidad de resistencia bacteriana (cuadro 1). Entre las partes víricas están:
Acido nucleico
Está constituido por ADN o RNA y éstos pueden ser monocatenario (una
cadena o cadena sencilla) o bicatenario (dos cadenas o cadena doble) o
dividido en varios segmentos. Por lo general el material genético viral es
mucho más pequeño que en bacterias (5000 bases – 230.000 pared de bases).
Los ácidos nucleicos tienen la información necesaria para sintetizar proteínas y
enzimas virales indispensables para la replicación viral.
Cápside y envoltura
La cápside es la cubierta proteínica que envuelve al material genético y está
constituido por subunidades estructurales proteicas llamados capsómeros, la
composición química de éstos puede ser de una o varias proteínas y varía de
acuerdo al virus. La cápside es la que determina la forma del virus.
La envoltura es una membrana constituida por lípidos, proteínas y
carbohidratos, se forma durante la maduración viral mediante un proceso de
gemación a través de la membrana celular de la célula huésped. Algunos virus
tienen prolongaciones por fuera de la envoltura conocidas como peplómeros;
usualmente están conformados por glucoproteínas virales. También tienen
proteínas no glucosiladas por debajo de la envoltura. Es importante aclarar que
el carbohidrato que se añade a las proteínas no es de origen viral si no que es
aportado por la célula huésped mientras que la proteína si es codificada por el
virus (Llop et al. 2001).
Existen virus sin envoltura o virus desnudos, en este tipo de virus la cápside
protege al material genético de la degradación por parte de nucleadas (DNasa
y RNasa).
Los virus se clasifican morfológicamente con base a la simetría o arquitectura
de su cápside mediante estudios de microscopía electrónica, crioelectrónica y
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cristalografía de rayos X. Los principales grupos son: virus helicoidales (virus
de la rabia, virus mosaico del tabaco, TMV), virus poliédricos (virus del
papiloma humano, HPV), virus con envoltura (virus de la gripe, VIH) y virus
complejos como el caso de los bacteriófagos (Fago T4), ver algunos en la
figura 7.
Cuadro 1. Comparación de virus y bacterias (tomado de Tortora et al. 2007).
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Figura 7. Tipos de virus (tomado de Tortora et al. 2007).
NOTA:
En este enlace encontrará un video sobre virus :
http://www.youtube.com/watch?v=L9kwsj9h2Hg
Lección 9. Morfología de bacterias
Las bacterias tienen diversidad de formas y tamaños y se clasifican de acuerdo a
su forma en varios grupos (Figura 8):
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Figura 8. Morfología de células bacterianas (tomado de www.oocities.org).
Cocos
Bacterias de forma esférica, redonda u ovalada. Cuando se dividen pueden
agruparse entre si de varias formas: diplococos (cocos en pares), tetracocos
(grupos de cuatro), estreptococos (cocos unidos en forma de cadena) y
estafilococos (en agrupaciones amplias semejantes a racimos).
Bacilos
Bacterias en forma cilíndrica o de bastón. Después de la división celular
pueden agruparse de diversas formas: diplobacilos (bacilos unidos en pares),
estreptobacilos (unidos en cadenas) y cocobacilos (bacilos ovalados).
Espirilos
Bacterias en forma helicoidal o de espiral, son relativamente rígidos.
Espiroquetas
Bacterias en forma de espiral, sacacorchos o helicoidal pero flexibles.
Otras formas menos comunes como las bacterias en forma de estrella,
rectangular y triangular.
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NOTA:
En este enlace un documento para ampliar esta lección y las anteriores:
http://www.higiene.edu.uy/cefa/2008/MorfologiayEstructuraBacteriana.pdf
Lección 10. Microscopía óptica y electrónica
La gran mayoría de los microorganismos no se pueden observar a simple vista y
por lo tanto se requiere el uso de un equipo o instrumento muy conocido, el
microscopio (micro = pequeño; scopio = observar) el cual permite visualizar
objetos de estudios que a simple vista sería imposibles de percibir por el ojo
humano.
El primer microscopio simple fue diseñado por Anton Van Leeuwenhoek e
inicialmente tenía una sola lente; al transcurrir de los años muchos investigadores
mejoraron las técnicas hasta llegar a la microscopía moderna.
Microscopía óptica (MO)
Se refiere al uso de microscopios que usen luz visible con el fin de visualizar u
observar muestras. Existen varios tipos de microscopía óptica:
Microscopio óptico compuesto
Tiene varias lentes y usan luz visible como fuente de iluminación. Con sus
lentes talladas permite aumentar muchas veces el tamaño de la muestra real
gracias a los rayos luminosos que vienen de la fuente de luz y pasan por el
condensador hasta llegar a la muestra, luego los rayos pasan a través de la
lente del objetivo (lentes de 10X, 40 X y 100X) y puede finalmente observarse
la muestra en el ocular (monocular o binocular), mirar la figura 9. Es usado
para observar microorganismos vivos o teñidos.
Microscopio de campo oscuro
El condensador tiene un disco que bloquea los rayos de luz directa que llegaría
a los objetivos, al no tener una luz de fondo directa, la muestra se observa
iluminada en los bordes pero con un fondo o campo oscuro; es una técnica
muy usada para observar estructuras muy pequeñas como flagelos y
espiroquetas por la alta resolución (capacidad de distinguir entre dos puntos)
de este tipo de microscopio. Ver figura 10.
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Figura 9. Microscopio óptico compuesto. A la izquierda partes y funciones del microscopio. A
la derecha trayecto de la luz de abajo hacia arriba hasta el ojo humano.
Microscopio de contraste de fase
Con la ayuda de un diafragma anular los rayos de luz de una fuente se reflejan
o se difractan en la muestra, mientras que otros rayos la atraviesan, cuando
ambos rayos se unen en los oculares se pueden detectar muestras con mayor
diferenciación de estructuras internas de células vivas. (Figura 10)
Microscopio de fluorescencia
Se utilizan en muestras que fluorescen al exponerse a la luz ultravioleta.
Algunas células lo hacen de forma natural como las que contienen clorofila; en
las que no fluorescen naturalmente se puede usar fluorocromos (colorantes
fluorescentes que tiñen las células) que absorben la longitud de onda corta (luz
U.V) y emiten luz visible, que es de mayor longitud de onda. Con este tipo de
microscopio la muestra se observa brillante o fluorescente contra un fondo
oscuro (figura 10). Usado para diagnóstico de microorganismos, ecología
microbiana o técnicas de inmunofluorescencia (se tiñen anticuerpos para
reaccionar con antígenos).
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Figura 10. Imágenes de Paramecium por microscopia óptica (MO). A la izquierda fotografía
con microscopio de campo claro, en el centro con MO de campo oscuro y a la derecha con MO
de contraste de fase (Tomado de Tortora et al. 2007).
Microscopía electrónica (ME)
El microscopio electrónico se ha convertido en una valiosa herramienta para el
estudio detallado de estructuras muy pequeñas, virus e incluso moléculas que
serían imposibles de ver con microscopía óptica. Aunque la finalidad es la
misma existen varias diferencias entre ambos microscopios; los microscopios
electrónicos no usa una fuente de luz o fotones sino un haz de electrones que
viajan en forma ondulatoria en longitudes de onda mucho menores que la luz
blanca lo que aumenta notablemente el poder de resolución. También se
diferencia en el uso de lentes electromagnéticas para enforcar la luz en la
muestra deshidratada en lugar de lentes de vidrio; no se usan portaobjetos de
vidrio sino una rejilla de cobre (Tortora et al. 2007). Las imágenes obtenidas
son a blanco y negro pero se les puede dar color desde el ordenador. No se
puede trabajar con organismos vivos. Hay dos tipos de microscopía
electrónica:
Microscopio electrónico de transmisión (MET)
Un haz o rayo de electrones enfocado por un lente condensador
electromagnético se dirige sobre una muestra ultra delgada que es atravesada
por los electrones dirigidos hacia lentes electromagnéticas del objetivo, éste se
encarga de ampliar la imagen y por último enfocarlos en las lentes
electromagnéticas proyectoras sobre una pantalla que fluoresce cuando recibe
el impacto de los electrones (figuras 11 y 12). Se pueden usar sales de metales
pesados para “teñir” las muestras (Llop et al. 2001; Tortora et al. 2007). Como
desventajas se destaca que los cortes deben ser ultradelgados, fijados y
deshidratados en vacío. No genera imágenes tridimensionales. Las
microfotografías por ME son a blanco y negro pero son coloreadas desde un
ordenador.
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Figura 11. Microscopios electrónicos. A la izquierda microscopio electrónico de transmisión
(MET) y a la derecha microscopio electrónico de barrido (MEB) (tomado de Tortora et al. 2007).
Microscopio electrónico de barrido (MEB)
Un haz de electrones (haz primario) producido por un cañón pasa las lentes
electromagnéticas y la muestra que a su vez libera electrones secundarios de
la superficie de ésta que pueden ser capturados, detectados y ampliados para
producir una imagen tridimensional en una pantalla. A pesar de tener menor
resolución que el MET es muy útil para producir imágenes tridimensionales de
superficies de células o virus (Llop et al. 2001) ver las figuras 11 y 12.
Figura 12. Microfotografías de Paramecium con microscopía electrónica. A la derecha imagen
desde un microscopio electrónico de transmisión (MET) y a la derecha desde un microscopio
electrónico de barrido (MEB).
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NOTA:
En este enlace encontrará un video de microscopía:
http://www.youtube.com/watch?v=gA3V7N6E6LA&feature=related
http://www.youtube.com/watch?v=gA3V7N6E6LA&feature=related
http://www.youtube.com/watch?v=9-qps2KU7WM&feature=related
CAPÍTULO 3. Metabolismo microbiano
Lección 11. Reacciones metabólicas y conservación de energía
Para que un organismo pueda cumplir con todas las funciones celulares y
crecimiento realiza un conjunto de reacciones y transformaciones bioquímicas
que liberan o consumen energía, proceso conocido como metabolismo.
Cuando la célula degrada compuestos orgánicos en moléculas más simples y
lleva a cabo reacciones químicas que producen energía (exergónicas) se le
conoce como catabolismo o metabolismo degradativo; un ejemplo de ésto es
la glucólisis donde se degrada el azúcar para obtener o liberar energía y otros
compuestos. Esta energía liberada se usa en el anabolismo o biosíntesis, el
cual tiene como finalidad la construcción de macromoléculas a partir de
moléculas simples, éste es un proceso endergónico; por ejemplo la
construcción de proteínas a partir de sus monómeros (aminoácidos). Todas las
reacciones catabólicas y anabólicas están mediadas por enzimas y ambas se
complementan, es decir, para la supervivencia de una célula deben
presentarse ambos procesos acoplados.
La forma química más usual de energía es la molécula de adenosín-trifosfato
(ATP) conocida como la moneda energética del metabolismo, éste se forma en
procesos de fotosíntesis o en la degradación de compuestos orgánicos o
inorgánicos. Las reacciones catabólicas están acopladas a liberar o sintetizar
ATP mientras que las anabólicas lo degradan o consumen. Es importante
mencionar que aunque las células mantienen el equilibrio metabólico para
todas sus funciones celulares con el ATP, la mayor proporción de energía
aportada por esa molécula es liberada en forma de calor. Ejemplo, la mayor
cantidad de energía en el ser humano es liberada en forma de calor para
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mantener
la
temperatura
corporal
y
la
restante
para
las
actividades
metabólicas.
Dentro del metabolismo generador de ATP existen dos mecanismos a nivel de
membrana para sintetizarlo, la fosforilación a nivel de sustrato y el transporte
de electrones (también conocido como fosforilación oxidativa) y dentro de esos
mecanismos hay dos modos para generar ATP: la oxidación biológica
(fermentación o respiración) y la fotosíntesis. La fermentación y la respiración
son dos mecanismos para la conservación de la energía, la cual establece
que la energía no puede crearse ni destruirse, solo se transforma (cuadro 2).
Cuadro 2. Reacciones de oxido reducción para obtención de energía por bacterias (tomado de
Llop et al. 2001).
Fermentación
Es un proceso catabólico generador de ATP a partir de compuestos orgánicos
en el que éstos sirven como donadores y aceptores de electrones. Aquí no
existe un aceptor final de electrones como lo es el O2 en la respiración. Los
microorganismos pueden usar como sustrato en la fermentación carbohidratos,
ácidos orgánicos, aminoácidos y nucleótidos. La fermentación es un proceso
anaeróbico que sólo puede generar ATP a través de la fosforilación a nivel
sustrato. Por ejemplo la producción de ácido láctico a partir de glucosa por
Streptococcus. Este proceso es propio de microorganismos anaerobios
estrictos, facultativos y anaerobios aerotolerantes.
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Respiración
Es un proceso metabólico generador de ATP a través de la fosforilación
oxidativa donde el oxígeno u otro aceptor de electrones pueden actuar como
aceptor final de electrones. En la respiración compuestos orgánicos (en
heterótrofos) e inorgánicos (bacterias litótrofas) pueden donar y aceptar
electrones. La respiración puede ser aerobia, donde el oxígeno es el aceptor
final de electrones y anaerobia, donde el aceptor final de electrones puede ser
sulfatos, nitratos y carbonatos (Llop et al 2001) ver cuadro 2. La respiración
aerobia produce mucha más energía que la fermentación.
La respiración aerobia consta de tres pasos: formación de piruvato a partir de
sustancias orgánicas, ciclo de Krebs y cadena de transporte de electrones. La
respiración aerobia produce mucha más energía que la anaerobia.
Fotosíntesis
Esta actividad metabólica la veremos más adelante en la lección 14.
Lección 12. Glucólisis
Es un proceso metabólico catalizado por enzimas que oxidan una molécula de
glucosa en dos moléculas de piruvato, produce 2 ATP por fosforilación a nivel
de sustrato y 2 NADH + . Este proceso de degradación de azúcares se da en el
citosol de las células y el destino de los productos finales varía de acuerdo a
las necesidades fisiológicas del organismo (figura 13).
En presencia de oxígeno el piruvato puede pasar al ciclo de Krebs (ciclo del
ácido cítrico o tricarboxílico) en las mitocontrias, el ATP puede usarse como
fuente de energía y el NADH puede pasar a la cadena transportadora de
electrones en las mitocondrias para generar más ATP (figura 13).
En ausencia de oxígeno el piruvato puede usarse como sustrato para la
fermentación y producir lactato, etanol y CO2. El NADH se usa en la reducción
del piruvato en la fermentación (figura 14).
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Figura
13.
Oxidación
global
de
la
glucosa
(tomado
del
enlace:
http://iescarin.educa.aragon.es/estatica/depart/biogeo/varios/BiologiaCurtis/Seccion%202/2%2
0-%20Capitulo%208.htm).
Figura
14.
Fermentación
para
la
producción
de
etanol
y
lactato
(tomado
del
enlace:http://iescarin.educa.aragon.es/estatica/depart/biogeo/varios/BiologiaCurtis/Seccion%20
2/2%20-%20Capitulo%208.htm).
En honor a sus descubridores la glucólisis (figura 15) también es conocida
como la vía de Embden-Meyerhof. La glucólisis se divide en dos etapas,
algunos autores la dividen en tres cuando se refieren a la fermentación del
piruvato en ausencia de oxígeno.
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Figura 15. Glucólisis
En la primera etapa preparatoria no se incluyen reacciones de oxido-reducción,
se invierten dos moléculas de ATP pero no se genera energía, al terminar esta
fase a partir de una molécula de glucosa se forman dos moléculas de
gliceraldehido 3-fosfato. Una de ellas obtenida por la catálisis de una aldolasa y
la otra para la actividad enzimática de una triosa fosfato isomerasa. Por lo tanto
en lo sucesivo ocurre el mismo proceso degradativo para ambas moléculas de
gliceraldehido 3-fosfato.
La segunda etapa es la fase de oxido reducción o conversión de energía, en
ella por la acción de la gliceraldehido 3-fosfato deshidrogenasa de forman dos
equivalentes reductores (NADH + H + ) y por la fosfoglicerato quinasa se
generan las dos primeras moléculas de ATP. Luego por la actividad de la
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enzima piruvato quinasa sobre el fosfoenolpiruvato se forman los dos ATP
restantes y dos piruvatos.
En la glucólisis se generan 4 moléculas de ATP, pero el valor neto es de 2 ATP
dada a inversión de ATP que se hizo en la primera etapa.
La etapa fermentativa de la glucólisis en ausencia de oxígeno no genera
energía, sino etanol, lactato, acetato o CO2 dependiendo de la enzima que
realice la actividad degradativa, aunque estos productos son muy útiles en la
industria alimentaria no se tiene claro la importancia de estos metabolitos en
los microorganismos que los producen (bacterias, levaduras). La fermentación
que forma el lactato también se da en células humanas (células musculares y
eritrocitos).
NOTA:
Favor ver el siguiente enlace para profundizar en la lección:
https://www.youtube.com/watch?v=xQccszInm6U
Lección 13. Ciclo del ácido cítrico
También conocido como ciclo de Krebs o ciclo de ácidos tricarboxílicos, es una
serie de reacciones bioquímicas de oxido reducción de gran energía que hacen
parte de la respiración de células aerobias, en las procariotas este proceso se
realiza en el citosol mientras que en la células eucariotas en las mitocondrias.
En este ciclo el piruvato proveniente de la glucólisis sufre una descarboxilación
por la acción de la enzima piruvato deshidrogenasa para generar aceltil-CoA,
NADH y CO2 antes de ingresar al ciclo de Krebs en la mitocondria. Allí el
grupo acetilo se integra con el oxalacetato para formar citrato (un compuesto
de 6 carbonos), luego se dan una serie de reacciones químicas
(deshidratación, hidratación, descarboxilación, fosforilación, oxido-reducción,
etc) donde a partir de una molécula de piruvato se forma: 1 molécula
oxalacetato, 2 moléculas de CO2, 3 equivalentes reductores de NADH + , 1
FADH y una molécula de GTP (figura 16).
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Cada equivalente reductor de NADH al ingresar a la cadena de fosforilación
oxidativa genera 2.5 ó 3 moléculas de ATP; cada FADH produce 1.5 ó 2
moléculas de ATP. Ambas cantidades son usadas. Si usamos la primera
entonces a partir de una molécula de glucosa en la respiración aerobia se
pueden generar 38 moléculas de ATP o 32 ATP en la segunda (cuadro 3).
Figura
16.
Ciclo
de
Krebs
o
del
ácido
cítrico
(tomado
del
enlace:
http://iescarin.educa.aragon.es/estatica/depart/biogeo/varios/BiologiaCurtis/Seccion%202/2%2
0-%20Capitulo%208.htm).
En la cadena transportadora de electrones o fosforilación oxidativa, las
moléculas transportadoras (flavoproteínas, citocromos, ubiquinona y coenzima
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Q) producen reacciones de oxido reducción que liberan energía para generar
ATP. En las células eucariotas la cadena transportadora se encuentra en la
membrana interna mitocondrial mientras que en las procariotas en la
membrana celular (figura 17).
Figura
17.
Cadena
transportadora
de
electrones
en
(tomado
del
enlace:http://iescarin.educa.aragon.es/estatica/depart/biogeo/varios/BiologiaCurtis/Seccion%20
2/2%20-%20Capitulo%208.htm).
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Cuadro 3. Rendimiento energético por la oxidación de una molécula de glucosa. Tomado del
enlace:(http://iescarin.educa.aragon.es/estatica/depart/biogeo/varios/BiologiaCurtis/Seccion%2
02/2%20-%20Capitulo%208.htm).
NOTA:
Favor ver este video en el siguiente enlace:
https://www.youtube.com/watch?v=OVP54YmShzE
Lección 14. Fotosíntesis en microorganismos
La fotosíntesis es el proceso de conversión de energía lumínica en energía
química, donde a partir de sustancias inorgánicas simples (CO2) se pueden
obtener compuestos orgánicos de mayor complejidad (azúcares)
indispensables para la vida de los organismos heterótrofos. La molécula de
ATP se produce por transferencia de energía de fotones de luz absorbidos por
pigmentos fotosintéticos (clorofilas o bacterioclorofilas) donde los electrones se
transfieren de átomos de hidrógeno a moléculas de azúcar. Este proceso es
realizados por una diversidad de organismos: plantas, algas, cianobacterias,
bacterias sulfurosas verdes y púrpuras.
En la fotosíntesis el CO2 sirve como fuente de carbono y el hidrógeno como
aceptor final de electrones, el cual se oxida y forma agua, las bacterias
fotosintéticas usan compuestos inorgánicos como el hidrógeno o ácido
sulfúrico como aceptor final de electrones.
Las plantas, algas y cianobacterias usan el agua como fuente de hidrógeno y
liberan el oxígeno:
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6CO2 + 12H2O + Luz → C6H12O6 + 6H2O + 6O2
Las bacterias rojas, sulfurosas y verdes usan el H2S como fuente de hidrógeno
y producen gránulos de azufre:
6CO2 + 12H2S → C6H12O6 + 6H2O + 12S
La fotosíntesis se da en dos fases. Fase lumínica (fotofosforilación) o
reacciones dependientes de luz, donde la energía aportada por fotones es
absorbida por la clorofila y excita sus electrones, éstos al excitarse pasan a
una cadena transportadora de electrones donde bombean protones y el ADP
se convierte en ATP, cuando la fotofosforilación es cíclica los electrones
retornan a la clorofila pero cuando no lo es (no cíclica) reducen el NADP en
NADPH y los electrones perdidos en este procesos son devueltos a las
fotofosforilación cíclica por moléculas de agua (figura 18 y 19). En la fase
lumínica de forma entonces: oxígeno, ATP y NADPH. En la fase oscura (ciclo
de Calvin) o reacciones independientes de luz los electrones derivados de la
fase lumínica, NADPH y el ATP son empleados para la reducir el CO2 a azúcar.
Figura 18. Fotofosforilación cíclica (tomado de Tortora et al. 2007).
Cuando las plantas, algas y cianobacterias utilizan protones (átomos de
hidrógeno) provenientes del agua para reducir el CO2 y producir oxígeno
molecular se dice que hay una fotosíntesis oxigénica, pero existen bacterias
(bacterias verdes y púrpuras) que no pueden usar el agua para reducir el
dióxido de carbono y al no generar oxígeno se le conoce como fotosíntesis
anoxigénica. Estas bacterias no utilizan la clorofila a sino bacterioclorofila, un
pigmento que absorbe la luz en longitudes de onda superior a la clorofila a; la
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localización de la bacterioclorofila en los microorganismos es variable (en clorosomas, en la superficie, inmersas o en invaginaciones de la membrana celular). El cuadro 4 compara la fotosíntesis en procariotas y eucariotas.

4 compara la fotosíntesis en procariotas y eucariotas. Figura 19. Fotofosforilación no cíclica (tomado de Tortora
Figura 19. Fotofosforilación no cíclica (tomado de Tortora et al. 2007). Cuadro 4. Comparación de
Figura 19. Fotofosforilación no cíclica (tomado de Tortora et al. 2007).
Cuadro 4. Comparación de fotosíntesis en células eucariotas y procariotas (tomado de Tortora
et al. 2007).
NOTA:
Leer en el siguiente enlace para mayor información:

http://web.usal.es/~jmcsil/biblioteca/biofisica/unizar/FOTO.htm

Leer en el siguiente enlace para mayor información: http://web.usal.es/~jmcsil/biblioteca/biofisica/unizar/FOTO.htm 46

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Lección 15. Alternativas catabólicas
Así como los microorganismos son diversos, de la misma manera su
comportamiento nutricional donde las fuentes de carbono y energía varían, la
figura 20 sintetiza de forma clara los tipos de nutriciones.
Según la fuente de energía que usen los microorganismos pueden ser
fotótrofos o quimiótrofos. Los fotótrofos utilizan la luz como fuente de energía
mientras que los otros usan compuestos orgánicos a través de reacciones de
oxido reducción. Según la capacidad para producir alimento pueden ser:
autótrofos, fabrican su propio alimento y usan el CO2 como fuente de carbono,
los heterótrofos requieren una fuente de carbono orgánica. Entonces si
combinamos la fuente de energía y carbono los microorganismos se pueden
clasificar en otras categorías: fotoautótrofos, fotoheterótrofos, quimioautótrofos
y quimioheterótrofos.
Figura 20. Clasificación nutricional de organismos vivos. Se realiza de acuerdo a la fuente de
energía y carbono (tomado de Tortora et al. 2007).
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UNIDAD 2. DIVERSIDAD MICROBIANA
CAPÍTULO 4. CRECIMIENTO MICROBIANO
Lección 16. Crecimiento celular y fisión binaria
Lección 17. Curva de crecimiento microbiano
Lección 18. Medidas directas del crecimiento microbiano
Lección 19. Factores físicos en el crecimiento microbiano
Lección 20. Oxígeno y el crecimiento microbiano
CAPÍTULO 5. EUCARIOTA Y PROCARIOTA
Lección 21. Archaea
Lección 22. Hongos
Lección 23. Hongos mucosos
Lección 24. Protozoos
Lección 25. Algas
CAPÍTULO 6. SISTEMA DE VIDA ANAEROBIO
Lección 26. Respiración anaerobia
Lección 27. reducción del nitrato y proceso de desnitrificación
Lección 28. Reducción de sulfatos
Lección 29. Metanogénesis
Lección 30. Acetogénesis
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UNIDAD 2
DIVERSIDAD MICROBIANA
CAPITULO 4. Crecimiento microbiano
Lección 16. Crecimiento celular y fisión binaria
El crecimiento celular de las bacterias contrario a lo que podemos inferir no
está relacionado con el aumento de tamaño de las bacterias si no con
incremento del número de células, las cuales incluso pueden ser observadas a
simple vista cuando éstas se agrupan y forman colonias. Pero para que una
bacteria sea capaz de dividirse tiene requerimientos energéticos y nutricionales
(disponibilidad de nutrientes, condiciones ambientales químicas y físicas) que
le ayuden a realizar todas las actividades de síntesis que permitirán conformar
su estructura física, es decir, pared celular, membrana, material genético,
cuerpos de inclusión, etc.
La mayoría de las bacterias se reproducen asexualmente por fisión binaria
(figura 21), donde una célula se divide para producir dos células hijas con la
misma información genética (con altas tasas de mutaciones) que su
progenitora. Durante el crecimiento celular se duplican los componentes que
constituyen a la célula (macromoléculas, monómeros, sustancias orgánicas) e
incluso el ADN donde éste en su origen de replicación (Ori) inicia la síntesis de
una molécula de ADN a partir de una preexistente; permitiendo que la célula
hija reciba todo el componente genético y estructural de manera que pueda
realizar todas las funciones metabólicas.
Figura 21. Fisión binaria. Tomado del enlace: http://elprofedebiolo.blogspot.com/2010/01/la-
celula-procariota.html
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Además de las bacterias, también las levaduras, algas unicelulares, protozoos
y archaeas se reproducen por fisión binaria.
Para el crecimiento celular se necesitan varias condiciones o requerimientos
físicos (pH, temperatura, presión osmótica) y químicos (fuentes de carbono,
nitrógeno, azufre, fósforo, elementos traza, oxígeno, vitaminas, etc). En esta
lección describiremos los requerimientos químicos o nutricionales y en las
próximas lecciones los físicos.
Fuente de carbono
Es la principal fuente para la obtención de energía, y composición de
elementos o estructuras celulares. Los organismos fotosintéticos (autótrofos)
obtienen el carbono a partir del CO2 y lo convierten en glucosa, mientras que
los heterótrofos lo obtienen de fuentes orgánicas como carbohidratos,
proteínas, y lípidos. El carbono constituye casi la mitad de peso seco de una
célula.
Fuente de nitrógeno
Sirve para la síntesis de proteínas, ácidos nucleicos (ADN, ARN) y enzimas.
Los microorganismos lo pueden asimilar a partir de fuentes inorgánicas o de
compuestos que lo contengan como es el caso de las proteínas. Unas
bacterias utilizan el nitrógeno en la forma reducida proveniente del amonio
(NH4 + ), otras a partir de nitratos (NO3 - ) o nitritos (NO2 - ) y las fijadoras de
nitrógeno o las simbióticas a parir de nitrógeno molecular o libre (N2).
Fuentes de azufre y fósforo
El azufre es útil para la síntesis de ciertos aminoácidos, coenzimas y vitaminas
que contienen este elemento es su composición estructural (indispensable para
la formación de enlaces disulfuro en proteínas). Se puede obtener en la
naturaleza partir del ión sulfato (SO4 -2 ), sulfuro de hidrógeno (H2S) y
aminoácidos que lo contengan.
El fósforo es un elemento indispensable para la síntesis de ATP, ácidos
nucleicos y fosfolípidos y se encuentra principalmente en iones de fosfato
inorgánico (PO4 3- ).
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Elementos traza y vitaminas
Existen otros elementos que si bien no se requieren en grandes cantidades son
importantes para la actividad metabólica o composición celular, donde alguno
de ellos actúa como cofactores o facilita la producción, degradación de ciertos
sustratos o sustancias y en la formación de esporas, entre ellos tenemos al
calcio, hierro, cobre, magnesio, manganeso, potasio, zinc, sodio y cloro. Estos
últimos se requieren en grandes cantidades (NaCl) para el crecimiento de
bacterias halófilas.
NOTA: libro
Por favor ver el siguiente enlace las páginas 168 hasta 183 y 188 hasta 208:
http://books.google.com.sv/books?id=Nxb3iETuwpIC&printsec=frontcover&dq=intr
oducci%C3%B3n+a+la+microbi%C3%B3logia+tortora&hl=es&ei=15w9TuzyHuPX0
QH3v7DDBw&sa=X&oi=book_result&ct=book-
thumbnail&resnum=1&ved=0CCsQ6wEwAA#v=onepage&q&f=false
Lección 17. Curva de crecimiento microbiano
Durante el ciclo de crecimiento el comportamiento de las poblaciones
bacterianas puede estudiarse mediante el crecimiento de las células en función
del tiempo. Cuando inoculamos bacterias en un medio de cultivo líquido y
fresco se dan cuatro fases en las que se puede dividir el crecimiento
microbiano (figura 22).
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Figura
22.
Curva
de
crecimiento
microbiano.
Ver
detalle
en
el
texto.
(Tomado
http://www.facmed.unam.mx/deptos/microbiologia/bacteriologia/generalidades.html)
Fase de adaptación, retraso o latencia
Es un periodo de adaptación al medio donde las bacterias comienzan a
prepararse metabólicamente sintetizando enzimas y moléculas importantes
para la reanimación del crecimiento. En esta fase la división celular es escasa
o
nula con velocidad de crecimiento Vc = 0. Este periodo puede durar entre 1
hora o varios días dependiendo del microorganismo, las condiciones de
crecimiento y la edad del cultivo del que se tomó el inóculo.
Logarítmica o exponencial
Es la fase de máximo crecimiento celular y actividad metabólica donde las
células comienzan a dividirse activamente a velocidad constante Vc =
constante. En este periodo los microorganismos aprovechan al máximo los
nutrientes presentes en el medio de cultivo y cuando se le aportan todas las
condiciones óptimas puede generar productos de interés industrial; aunque es
la fase de mayor sensibilidad a antimicrobianos.
∑ Fase estacionaria
Cuando de agotan los nutrientes, aumentan las toxinas, cambia el pH y
disminuye el oxígeno la velocidad de crecimiento comienza a decrecer hasta
llegar a cero Vc = 0, ya que el número de células que se dividen es igual al
número de células que mueren.
Fase de declinación o muerte
En esta fase el número de células de células que se dividen comienzan a
disminuir notablemente mientras que aumentan de una forma sostenida las
que mueren, Vc = negativa, en esta etapa las células pierden casi
completamente toda sus actividad metabólica y comienzan a lisarse mientras
que unas pocas, las más resistentes pueden sobrevivir con los nutrientes de
las que mueren.
NOTA:
Leer en el siguiente enlace para mayor información:
http://www.youtube.com/watch?v=-rNT_kkG5vc
52
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Lección 18. Medidas directas del crecimiento microbiano
Existen
varios
métodos
para
medir
el
crecimiento
de
las
poblaciones
microbianas:
Recuentos en placa o de colonias
Es el método más usado para medir poblaciones bacterianas, ya que a
diferencia de otros permite contabilizar el crecimiento de células viables, es
decir células que pueden dar una descendencia. Su principal desventaja es
que requiere mínimo 24 horas para conocer los resultados del recuento y en la
industria a veces se requieren resultados más rápidos. Es muy usado en la
microbiología de alimentos, pero puede ser impreciso cuando se toman
muestras naturales, como por ejemplo el suelo; donde no todos los
microorganismos a pesar de estar presentes en la misma muestra podrán
crecer en el medio de cultivo seleccionado dado a la diferencia de
requerimientos nutricionales.
Esta técnica se fundamenta en que cada colonia está compuesta por un solo
tipo de bacteria. Los recuentos se informan en unidades formadoras de
colonias (UFC). Existen dos métodos para realizar el recuento en placa: el
método de placa vertida o el método de extensión en placa (figura 23). Cuando
el número de colonias en placa supera el de 300 UFC es recomendable
realizar diluciones seriadas para diluir el inóculo original y facilitar el conteo.
Figura 23. Métodos de recuento en placa de células viables (tomado de Madigan et al. 2003).
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Método de extensión en placa
Se coloca un volumen de inóculo no superior a 0.1 ml (100 µl) sobre la
superficie de un medio de cultivo y se extiende uniformemente por toda la
placa con un asa o varilla de vidrio estéril hasta que el medio lo absorba por
completo, posteriormente se incuba a una temperatura determinada hasta
que aparezcan las colonias y así realizar el recuento. Ver figura 23.
Método de placa vertida
Sobre una placa estéril sin medio de cultivo se agrega cierto volumen del
inóculo (0.1 – 1.0 ml) al que se añade el medio de cultivo con una
temperatura de 45 o 50 °C, luego se agita suavemente la placa para
mezclar, después que el agar se solidifica y se incuba las colonias crecerán
y en la superficie del agar. El principal inconveniente de este método es que
ciertos microorganismos sensibles al calor pueden verse dañados por la
temperatura del agar fundido. Ver figura 23.
Método de diluciones seriadas
Cuando una muestra contenga muchos microorganismos que superen las
300 UFC se recomienda realizar diluciones seriadas que faciliten el conteo
y permita obtener resultados confiables; luego de las diluciones se
siembran las placas y se procede a hacer el conteo del número de colonias
que debe ser multiplicado por el factor de dilución para obtener las UFC por
mililitro de muestra original (figura 24).
Filtración
Es un método muy usado en microbiología de aguas cuando la concentración
de bacterias presentes en la muestra es muy baja. Para la filtración por
membranas 100 ml de agua atraviesan un filtro con poros muy pequeños que
no pueden pasar las bacterias, las cuales se quedan en la superficie del filtro,
éste se transfiere a una almohadilla con medio de cultivo donde las colonias
pueden crecer y con una incubación previa hacer el recuento. Es una técnica
muy usada para detectar y cuantificar bacterias de contaminación fecal
(coliformes fecales).
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NOTA:
Leer las secciones 6.5, 28.1 y 20.3 en: Madigan, M., Martinko, J & Parker,
J. (2003). Brock biología de los microorganismos. (10 Ed). Madrid:
Pearson Prentice Hall
Figura 24. Método de diluciones seriadas para recuento en placa de colonias (tomado de
Tortora et al. 2007).
Recuento microscópico directo
En esta técnica un volumen definido se coloca en un portaobjetos para luego
ser observado al microscopio. El método de recuento de Breed es muy usado
en la industria láctea, en éste se colocan 0.01 ml de muestra sobre un
portaobjetos con un recuadro de 1 cm 2 que se tiñe con un colorante para luego
contar las células observadas con el objetivo de 100X, al final el número de
bacterias contadas se multiplica por 100. Los recuentos microscópicos también
se realizan usando la cámara de Petroff-Hausser; estos métodos no requieren
tiempo de incubación (Tortora et al. 2007).
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Entre las principales desventajas del recuento directo tenemos: se pueden
contar células muertas y vivas, dificulta el conteo de bacterias móviles, se
requieren concentraciones de bacterias adecuadas.
Lección 19. Factores físicos en el crecimiento microbiano
Temperatura
Es uno de los aspectos más importantes en el crecimiento microbiano porque
influencia las reacciones bioquímicas de la célula, donde para muchas enzimas
a medida que aumenta la temperatura se incrementan las reacciones
catalíticas y por tanto el crecimiento se acelera, pero aumenta demasiado las
enzimas se desnaturalizan y se inactivan además de lisarse las membranas; si
son muy bajas las membranas se congelan y las actividades metabólicas
prácticamente se anulan.
Los microorganismos pueden crecer a temperaturas mínimas, óptimas y
máxima. La temperatura mínima es la más baja donde puede crecer la
especie, por debajo de ésta no hay crecimiento. La temperatura óptima es la
temperatura donde crece más rápido y mejor. La temperatura máxima, es la
temperatura más elevada que puede soportar el microorganismo para crecer.
Los microorganismos también se clasifican de acuerdo al rango de su
temperatura óptima (sicrófilos, mesófilas y termófilos) y están subclasificadas
como obligadas o facultativas. Las obligadas deben tener condiciones
ambientales específicas y las facultativas son capaces de tolerar condiciones
ambientales (figura 25).
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Figura 25. Efecto de la temperatura en el crecimiento microbiano. (Tomado de Madigan et al.
2003).
Sicrófilos
Son aquellos microorganismos afines al frío o con temperaturas de
crecimiento bajas (0 – 20 °C). Existen sicrófilos estrictos que crecen a 0 °C
pero con una T óptima de 15°C; mientras que los sicrotrofos o sicrofilos
facultativos pueden crecer a 0 °C pero tienen temperaturas óptimas entre
20 y 30°C. Este grupo se encuentran en océanos, zonas polares y
contaminando alimentos refrigerados.
Las algas (Chlamydomonas Nivalis) están dentro de los sicrófilos más
estudiados las cuales crecen en zonas nevadas dando tonalidad roja o
verde a la superficie (Madigan et al. 2003).
Mesófilos
Aquellos microorganismos con afinidad a temperaturas moderadas y con
temperatura óptima de crecimiento entre 25 y 40 °C. En este grupo
encontramos a la mayoría de los microorganismos ambientales y
patógenos.
Termófilos
La mayoría de las eucariotas están por fuera de este grupo, son aquellos
microorganismos capaces de crecer a temperaturas elevadas y con afinidad
por el calor. Tienen temperaturas óptimas entre 50 y 60 °C. Los
hipertermófilos o termófilos extremos tienen temperaturas óptimas de
crecimiento de 80 °C o más, cierto miembros del dominio Archaea hacen
parte de este grupo. La mayoría se encuentran en compost, aguas termales
y fumarolas hidrotermales de volcanes.
∑pH
Los microorganismos se clasifican según su tolerancia al pH en acidófilos, con
rangos de pH desde 0 hasta 5.4 (hongos levaduras, ciertas bacterias
quimioautotrofas); neutrófilos, con pH óptimo de crecimiento de 6.5 a 7.5 (la
mayoría de bacterias ambientales y patógenas) y alcalófilos, con pH óptimo de 9
y 10 (microorganismos productores de lipasas, Archaea).
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NOTA:
Ver en el siguiente enlace para mayor información (desde la página 8):
http://www.higiene.edu.uy/cefa/2008/FisiologiayMetabolismoBacteriano.pdf
Lección 20. Oxígeno y el crecimiento microbiano
Los microorganismos tienen diferentes exigencias respecto a la concentración o
disponibilidad de oxígeno para cumplir con todas sus funciones metabólicas
(figura 26). Los microorganismos aerobios producen más energía a partir del
nutriente respecto a los que no usan el oxígeno. Se clasifican en relación al
oxígeno como:
Aerobios estrictos
Son aquellos que necesariamente requieren el oxígeno para vivir, su
metabolismo es de respiración aerobia es decir que el oxígeno es el aceptor
final de electrones. La enzima catalasa y superóxido dismutasa (SOD) permite
que contrarreste las formas tóxicas del oxígeno como es el caso de los
radicales libres, anión peróxido, radical hidroxilo, etc. Existen aerobios
facultativos, los cuales pueden crecer en presencia o ausencia de oxígeno.
Anaerobios facultativos
Utilizan el oxígeno cuando está presente pero cuando no hay pueden continuar
su crecimiento a través de la fermentación o respiración anaerobia. Aunque su
crecimiento es mayor en presencia de oxígeno así como su producción de
energía. Ejemplo, Escherichia coli.
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Figura 26. Efecto del oxígeno en el crecimiento microbiano. (a) Microorganismos aerobios; (b)
anaerobios estrictos; (c) anaerobios o aerobios facultativos (c); (d) microaerófilos y (e) anaerobios
aerotolerantes. (Tomado de Madigan et al. 2003).
Anaerobios estrictos
No pueden usar el oxígeno molecular (O2) como aceptor de electrones para la
producción de energía ni para su crecimiento. No tienen enzimas para
neutralizar las formas tóxicas del oxígeno y por esto dada su extrema
sensibilidad pueden morir cuando este elemento está presente en el medio.
Ejemplo, especies de Clostridium.
Anaerobios aerotolerantes
Toleran el oxígeno porque tiene una enzima (SOD), que neutraliza las formas
tóxicas del oxígeno pero no lo usan para su crecimiento ni para la obtención de
energía. Los de este grupo fermentan los carbohidratos para formar ácido
láctico. Ejemplo, los lactobacilos usados en la producción de quesos, yogures y
alimentos fermentados.
Microaerófilos
Son aerobios que requieren oxígeno pero no en concentraciones elevadas.
Son sensibles a radicales libres y peróxidos. Su tipo de respiración es aerobia.
Ejemplo, bacterias de aguas negras, Methanobacterium formicicum.
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NOTA:
Leer la sección 6.13 oxígeno y crecimiento microbiano en: Madigan, M.,
Martinko, J & Parker, J. (2003). Brock biología de los microorganismos. (10
Ed). Madrid: Pearson Prentice Hall.
CAPITULO 5. Eucariota y procariota
Lección 21. Archaea
Son microorganismos procariotas unicelulares con morfología similar a las
bacterias (cocos, bacilos) y con otras formas diferentes (células rectangulares,
cuadradas y planas). Una característica importante es que la pared celular no
contiene peptidoglucano como las bacterias sino proteínas, los lípidos de la
membrana celular se unen mediante enlaces éter los cuales le dan una mayor
resistencia para sobrevivir en ambientes extremos (salinidad, acidez, alcalinidad),
utilizan isoprenoides para sintetizar fosfolípidos de membrana que impidan la
fusión de éstas a altas temperaturas, en algunas archaeas la membrana celular
está constituida por una monocapa lipídica.
Su locomoción o desplazamiento se da con la ayuda de flagelo, a diferencia de
otras células no forman esporas, se reproducen asexualmente y se dividen por
fisión binaria, fragmentación o brotación. Viven en ambientes extremos como
aguas termales, lagos salados, alta presión, bajas temperaturas y en ambientes
habituales: océanos, suelos, humedales. Aunque pueden establecer relaciones
simbióticas con otros organismos (comensalismo y mutualismo) todavía no se
conocen archaeas patógenas humanas.
Nutrición
Su metabolismo es muy diverso; algunos son fotótrofos (usan la luz como fuente
de energía) pero no producen oxígeno como las plantas o las cianobacterias, otras
archaeas son litótrofas (compuestos inorgánicos como fuente de energía y
carbono) y también pueden tener una nutrición organotrófa (compuestos orgánicos
como fuente de energía y carbono). Aunque también existen especies que fijan el
CO2 (autótrofos). Sus necesidades fisiológicas de oxígeno varían entre aerobios,
anaerobios facultativos o aerobios estrictos. La figura 27 muestra algunas
divisiones del dominio Archaea.
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Figura 27. Dominio Archaea. (Tomado del enlace: http://universe-review.ca/F10-multicell.htm).
Algunos grupos fisiológicos
Halófilos extremos
Viven en ambientes de elevada salinidad (incluso cercanos a la saturación)
como lagos salados y salinas. Cuando un ambiente salino se acerca a una
concentración mínima de sales las archaeas comienzan a crecer y forman una
tonalidad rojiza producida por carotenoides y otros pigmentos. Algunos
géneros crecen en ambientes muy alcalinos (pH de 9 – 11) pero la mayoría,
entre ellos el género Holobacterium lo hace en medios ácidos, pueden ser
gramnegativos, inmóviles aunque algunas tienes flagelos, tienen una gran
proporción de plásmidos y casi todas son aerobias estrictas. Una característica
particular de este grupo frente a otras archaeas es que los ribosomas requieren
altas concentraciones de potasio (Madigan et al 2003) (figura 28).
Metanógenos
Estos microorganismos producen metano como producto de desecho a partir
de la respiración (metanogénesis). Son anaerobios estrictos, existen algunos
termófilos aunque la mayoría son mesófilas. Los sustratos utilizados para la
producción de metanol son diversos (CO2, CO, formato, metílicos y
acetotróficos). Su hábitat está en ambientes anóxicos (fangos pantanosos,
sedimentos de lagos, tracto digestivo de mamíferos e insectos, fuentes
hidrotermales, etc. En este grupo está el género Methanobacterium y
Methanococcus (Madigan et al 2003) (figura 28).
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Figura 28. Archaeas halófilas y metanógenas. A la izquierda Halococcus archaea y a la
derecha Methanobacterium formicicum. Imágenes tomadas de los enlaces:
http://www.sciencephoto.com/images/download_lo_res.html?id=662440039 y
http://www.lookfordiagnosis.com/mesh_info.php?term=Methanobacterium&lang=2
Thermoplasmatales
Contiene tres géneros que además de ser termófilos son acidófilos extremos.
El género Thermoplasma, es aerobio facultativo, crece a pH 2.0, no tienen
pared celular pero si flagelos, es quimioorganotrofo; se pueden encontrar en
restos orgánicos del carbón. El género Ferroplasma, es quimiolitótrofo y
autótrofo, obtiene la energía a partir del ión férrico y usa el CO2, crece a 35 °C,
tampoco tiene pared celular. Por último el género Picrophilus, puede crecer en
pH de 0.06, tiene pared celular a pH moderados de 4.0 las células se
desintegran (Madigan et al 2003) (figura 29).
Figura
29.
Microfotografía
de
Thermoplasma
acidophilum.
Tomado
del
enlace:
http://microbewiki.kenyon.edu/index.php/Thermoplasma
Hipertermófilos de volcanes terrestres
Pueden vivir a temperaturas de 100 °C, en este grupo está el género
Sulfolobus, que crece en manantiales ricos en azufre y a pH ácidos, es
quimiolitotrófico aeróbico, este microorganismo se adhiere a los cristales de
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azufre pero también puede usar iones de hierro y cobre (Madigan et al 2003)
(figura 30).
Figura
30.
Solfulobus
archaea.
Microfotografía
tomada
del
enlace:
http://www.sciencephoto.com/media/13222/enlarge
NOTA:
Leer el capítulo 13 Diversidad procariota Archaea en: Madigan, M., Martinko, J
& Parker, J. (2003). Brock biología de los microorganismos. (10 Ed). Madrid:
Pearson Prentice Hall.
Lección 22. Hongos
Son microorganismos eucariotas pertenecientes al reino Fungi, pueden ser
unicelulares (levaduras) o pluricelulares (setas). Es uno de los grupos más
heterogéneos. A diferencia de las plantas la pared celular está compuesta en su
mayoría por quitina. Su hábitat es muy diverso, pueden estar presentes en la
materia orgánica en descomposición del suelo, en ambientes acuáticos (agua
dulce o salada), en desiertos, sedimentos marinos, o infectando otros organismos
como las plantas y animales (incluido el hombre). No poseen cloroplastos por lo
tanto son heterótrofos, incapaces de fabricar su alimento, a diferencia de células
animales vierten enzimas hidrolíticas al medio extracelular para facilitar la
absorción de nutrientes. Su reproducción puede ser sexual o asexual. De acuerdo
a su morfología macroscópica y microscópica se dividen en hongos filamentosos,
levaduriformes y carnosos.
Hongos filamentosos (mohos) y carnosos
Están compuestos por hifas o filamentos que se pueden unir y entrelazar de
forma abundante hasta formar el micelio que puede verse a simple vista. Las
hifas pueden estar divididas por tabiques llamados septos, con la presencia de
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un núcleo o también pueden ser aseptadas o cenocíticas (con muchos
núcleos). Tienen pequeños poros que permiten el intercambio.
El micelio se clasifica en aéreo (o reproductivo), éste crece en la superficie del
medio de cultivo y contiene las estructuras reproductivas (conidias o esporas) y
el micelio vegetativo, que está dentro del medio de cultivo para absorber y
obtener los nutrientes (figura 31).
Figura 31. Ejemplos de hongos filamentosos. A la derecha Aspergillus sp. (Tomado del enlace:
http://www.emlab.com/s/sampling/env-report-09-2006.html) y a la izquierda cultivo en agar de
Aspergillus fumigatus tomado del enlace: http://es.wikipedia.org/wiki/Aspergillus_fumigatus.
Hongos levaduriformes
Son microorganismos unicelulares, de forma ovalada más grandes que las
bacterias, se dividen por gemación o brotación (figura 32), su hábitat es
generalmente en ambientes con azúcares: frutos, cortezas, flores; también
pueden infectar insectos o animales. Es importante aclarar que no todas son
patógenas, por ejemplo, Saccharomyces es muy usada en procesos
fermentativos en la industria alimentaria.
Figura 32. Ejemplo de hongo levaduriforme. Microfotografía de Saccharomyces cerevisiae.
Tomado de http://www.microbiologyonline.org.uk/about-microbiology/introducing-microbes/fungi
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Reproducción
Los hongos tienen reproducción sexual y asexual a través de esporas, las cuales
no podemos confundir con las endosporas de las bacterias que son estructuras de
resistencia y no reproductiva. Son dos los tipos de esporas (esporas sexuales y
conidias o esporas asexuales). Las esporas asexuales (conidias) se desprenden
de una hifa, y cuando germinan se convierten en un individuo idéntico al parental;
mientras que, las esporas sexuales fusionan núcleos e intercambian material
genético de tal manera que la célula hija tendrá características de ambas cepas
parentales (Tortora et al. 2007).
Nutrición y aplicaciones ambientales
Los hongos son heterótrofos (quimioorganotrofos que necesitan compuestos
orgánicos como fuente de energía y carbono), crecen en ambientes con pH ácidos
(alrededor de 4 y 5) y altas concentraciones de azúcares porque su requerimiento
de carbohidratos es más alto que el de las bacterias, mientras que el del nitrógeno
es menor, los hongos filamentosos son aerobios entretanto las levaduras son
anaerobias facultativas, no existen hongos anaerobios estrictos.
Los hongos tienen la capacidad de degradar carbohidratos complejos como la
lignina y celulosa en sus actividades metabólicas, compuestos que se encuentra
en grandes cantidades en las plantas, por lo tanto tienen un papel beneficioso en
la descomposición de material vegetal muerto, leñoso o de desecho en los
bosques. También establecen relaciones simbióticas con las plantas (micorrizas) y
le ayudan a la absorción y asimilación de minerales que serían muy difíciles de
captar por la planta individualmente. Los hongos también producen sustancias de
interés industrial y farmacológico (etanol, bebidas, antibióticos, etc), además de
utilizarse como fuente de alimentos ya que mucho de ellos son comestibles
(champiñones) y tienen importantes calidades nutricionales de carbohidratos,
proteínas y vitaminas.
Algunos filos de importancia
Zygomycota
Son hongos filamentosos que crecen en materia orgánica en descomposición
(saprofitos), también infectando insectos, tienen hifas cenocíticas. Sus esporas
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sexuales (zigosporas), son grandes y cubiertas por una pared gruesa, se que
se producen por meiosis; las esporas asexuales se conocen como
esporangiosporas. Entre los hongos más conocidos tenemos al moho de pan,
Rhizopus stonolifer y el Mucor sp. Ver la figura 33.
Basidiomycota
Tienen hifas septadas, se encuentran en el suelo o material vegetal, las
basidiosporas son sus esporas sexuales que se forman por meiosis, y las
conidias sus esporas asexuales. Dentro de este grupo encontramos a las setas
u hongos macroscópicos. Ver figura 34.
Ascomycota
Es el grupo más grande, también llamados hongos en sacos, crecen en
diversos ambientes (suelos, vegetales, cuero, tela, vidrios, madera, etc). Sus
esporas asexuales son los conidios y la sexuales las ascosporas. También hay
levaduriformes entre ellos Saccharomyces cerevisiae (ampliamente usada en
procesos fermentativos), la mayoría de los líquenes, muchos actúan como
micorrizas u hongos endófitos. Ver figura 34.
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Figura 33. Ciclo de vida del moho del pan Rhizopus stolonifer. (a) Reproducción asexual y (b)
reproducción sexual del hongo Rhizopus stolonifer. Tomado del enlace:
http://iescarin.educa.aragon.es/estatica/depart/biogeo/varios/BiologiaCurtis/Seccion%205/5%2
0-%20Capitulo%2029.htm
Figura
34.
Ciclo
de
vida
de
Basidiomycota
y
Ascomycota.
A
la
izquierda
y
derecha
respectivamente.http://iescarin.educa.aragon.es/estatica/depart/biogeo/varios/BiologiaCurtis/Seccio
n%205/5%20-%20Capitulo%2029.htm
NOTA:
Leer la sección 14.9 sobre hongos en: Madigan, M., Martinko, J & Parker, J.
(2003). Brock biología de los microorganismos. (10 Ed). Madrid: Pearson
Prentice Hall.
Lección 23. Hongos mucosos
Son organismos eucariotas, que producen esporas y tienen movimientos
ameboides, se encuentran en material vegetal en descomposición, suelo, en
ambientes húmedos o acuáticos y se alimentan de principalmente de bacterias
que ingieren por fagocitosis. Existen dos grupos:
Hongos mucosos celulares
Se originan de la germinación de una espora en condiciones favorables que
genera amebas individuales que pueden agregarse gracias a la señal de
adenosinmonofosfato cíclico (cAMP) para posteriormente formar otro cuerpo
fructífero que produzca esporas. Son conocidos como hongos acelulares.
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Pueden tener reproducción sexual o asexual. Ejemplo, el género Dictyostelium
(figura 35).
Figura 35. Ciclo de vida de Dictyostelium discoideum. (Tomado de Kessin, 2000).
Hongos mucosos plasmodiales
Son una masa protoplasmática multinucleada llamada plasmodio, con
movilidad ameboide, tienen microfilamentos debajo de la membrana plasmática
que favorecen el desplazamiento. Pueden tener reproducción sexual u asexual.
Ejemplo el género Physarum (figura 36).
Figura 36. Hongos mucilaginosos. A la izquierda imagen de un plasmodio reticulado y a la
derecha
imagen
de
cuerpos
fructíferos.
Tomado
del
enlace:
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http://cnho.wordpress.com/2010/05/28/%C2%ABhongos-mucilaginosos%C2%BB
%C2%BFreinventando-la-pluricelularidad/
NOTA:
Leer la sección 14.10 sobre hongos mucosos en: Madigan, M., Martinko, J &
Parker, J. (2003). Brock biología de los microorganismos. (10 Ed). Madrid:
Pearson Prentice Hall.
Lección 24. Protozoos
Son organismos unicelulares eucariotas, sin pared celular, se mueven a través de
flagelos, cilios o seudópodos (pies falsos), son mucho más grandes que las
bacterias, algunos tienen cloroplastos (dinoflagelados y euglenoides), presentes
en ambientes acuáticos (agua dulce o salada), suelo, árboles, ambientes
húmedos, viven como entidades libres o como parásitos. Pueden reproducirse
sexual (conjugación) o asexualmente (fisión). Forman estructuras en medios
adversos llamados quistes.
Nutrición
Son quimioheterótrofos, principalmente aerobios, saprofitos (alimentación de
materia orgánica en descomposición), los ciliados se nutren por fagocitosis donde
el alimento (bacterias, resto de células, pequeñas células eucariotas) entra por
una abertura semejante a una boca llamada (citostoma) hacen la digestión en las
vacuolas y los desechos salen por un poro anal. Al estadio de alimentación o
crecimiento se le conoce como trofozoito.
Al ser depredadores que cazan bacterias, hongos pequeños y algas juegan un
papel muy importante en la cadena alimentaria y en el equilibrio de la biomasa y
poblaciones de la microbiota. Unos pocos son patógenos humanos pero lo que
están en este grupo tienen una gran repercusión en la salud pública.
Reproducción
Su reproducción en forma asexual es por fisión o esquizogonia (el núcleo sufre
múltiples divisiones para formar varios núcleos que luego son rodeados por
citoplasma para formar nuevas células hijas). En la reproducción sexual
(conjugación) de algunos ciliados como el Paramecium como lo muestra la figura
37, dos células con núcleos haploides se fusionan donde un núcleo migra hacia el
otro y al separarse las dos células cada una queda fecundada donde luego de la
división producirán células hijas con ADN recombinante (Tortora et al 2007).
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Clasificación
Basados en el tipo de locomoción o movimiento podemos clasificarlos en varios
grupos:
Mastigophora: flagelados
Son protozoos flagelados (uno o más flagelos) de vida libre, están presentes
en ambientes acuáticos y pueden ser patógenos de animales (incluido el
hombre). En este grupo encontramos a los euglenoides los cuales tienen
cloroplastos que le permiten tener un tipo de nutrición fotoautótrofa, pero
cuando no tiene luz disponible puede crecer como un quimioorganotrofo (figura
38). Dentro de los flagelados se encuentran los hemoflagelados (parásitos de
la sangre) como el género Trypanosoma que son transmitidos por insectos
hematófagos.
Ciliophora
Poseen filamentos cortos y numerosos (cilios) alrededor de la célula que le
permiten el desplazamiento, el ciliado más conocido es Paramecium (figura
39). Pueden estar presentes en agua dulce o salada además de infectar
animales.
Figura
37.
Conjugación
del
protozoo
Paramecium.
Tomado
del
enlace:
http://www.geocities.ws/batxillerat_biologia/reprosex.htm
Sarcodina
Se
desplazan por medio de
proyecciones
o
extensiones del citoplasma
llamadas seudópodos, pueden estar presentes en ambientes acuáticos y
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parasitar animales. En este grupo se encuentra las amebas como Entamoeba
histolytica que causa enfermedades como la disentería. (Figura 38)
Esporozoos
Son parásitos obligados e inmóviles en estado adulto. El ejemplo más
importante es el género Plasmodium causante de la malaria (figura 38).
Figura
39.
Ejemplo
de
ciliophora.
Paramecium
y
sus
partes.
Tomado
del
enlace:
http://www.geocities.ws/batxillerat_biologia/reprosex.htm
71
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Figura 38. Phylum del reino protista. Este reino incluye hongos mucosos, protozoos y algas.
En el cuadro se describen algunas características y ejemplos. (Tomado del enlace:
http://cnho.wordpress.com/2010/05/28/%C2%ABhongos-mucilaginosos%C2%BB-
%C2%BFreinventando-la-pluricelularidad/).
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NOTA:
Leer por favor las páginas 8 hasta la 11 del siguiente enlace:
http://docencia.udea.edu.co/bacteriologia/MicrobiologiaAmbiental/microbiologia_7.
pdf
Lección 25. Algas
Son organismos eucariotas, unicelulares o pluricelulares, forman agregados,
tienen cloroplastos que le permiten realizar procesos de fotosíntesis, la mayoría
son verdes pero pueden presentar coloraciones rojizas o marrones gracias a las
xantofilas, viven en ambientes acuáticos y en el suelo. Cuentan con varios tipos de
clorofila y polímeros de reserva que incluso sirven para su identificación, existen
formas microscópicas y macroscópicas. Las algas multicelulares tienen un cuerpo
conocido como tallo. Tienen reproducción sexual y asexual.
La composición química de sus paredes celulares es variable en algunas está
formada por celulosa modificada por polisacáridos (xilano, peptina, ácido algínico,
etc), en otras por carbonato de calcio, quitina o silicio (diatomeas). Las paredes
celulares tienen poros que le permiten el ingreso de moléculas pequeñas, iones y
sustancias nutritivas para su metabolismo (Madigan et al 2003).
Son habitantes cosmopolitas de la tierra, productores de oxígeno, la mayoría se
encuentran en aguas oceánicas pero es muy común observarlas en ríos, rocas,
vegetales, plancton, cortezas, paredes y formando asociaciones simbióticas
mutualistas con hongos (líquenes), animales y helechos. Aunque también existen
algas parásitas.
Tienen una gran importancia ecológica porque fijan el dióxido de carbono en
moléculas orgánicas que puedan ser asimiladas por organismos
quimioheterótrofos, convierten el CO2 en carbohidratos y producen oxígeno. Son
indicadores de contaminación y equilibrio ambiental (Tortora et al 2007).
La ficología es la ciencia que estudia las algas. Las figuras 38, 40, 41 y 42
muestran ejemplos de los grupos de algas. Las figuras 40 y 41 fueron tomadas del
enlace virtual: http://www.tutorvista.com/content/biology/biology-iii/kingdoms-living-
world/algae.php
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Algunos filos de algas

Cuadro 5. Comparación de características de filos de algas. Phylum Nombre Pared Morfología Pigmentos Reserva
Cuadro 5. Comparación de características de filos de algas.
Phylum
Nombre
Pared
Morfología
Pigmentos
Reserva
Aplicación/característica
Celular
Phaeophyta
Algas pardas
Celulosa
Multicelulares
Clorofilas a
Carbohidratos
El
alginato se
usa en
la
o
con filamentos
c
y
(laminaria)
industria
de
alimentos
alginato
o
xantófilas
(helados,
repostería),
ramificaciones
neumáticos,
lociones.
semejantes a
viven
en
ambientes
plantas
marinos
Rhodophyta
Algas rojas
Celulosa
Unicelulares y
Clorofilas a
Polímeros de
Obtención
de
agar
y
multicelulares,
y
d,
glucosa,
carragenina
/
algunas
filamentosas
ficocianina
floridean
algas
producen
toxinas
con
y ficoeritrina
mortales.
Viven
en
ramificaciones
ambientes marinos
Chlorophyta
Algas verdes
Celulosa
Unicelular y
Clorofilas a
Almidón
Forman el verde en
multicelular
y
b
estanques. Viven en agua
dulce y suelo
Bacillariophyta
Diatomeas
Pectina
Unicelulares
Clorofilas a
Lípidos o
Algunas pueden causar
y sílice
y
c,
aceite
carotenos y
xantófila
intoxicaciones por el ácido
domoico. Presentes en
agua dulce y marina
Pyrrophyta
Dinoflagelados
Celulosa
Unicelulares
Clorofila a y
Almidón
o plancton
ce,
carotenos y
xantinas
Algunas algas producen
neurotoxinas, producen la
marea roja. Viven en
ambientes marinos.
Figura 40. Ejemplos de Phaeophyta.

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A
B
Figura 41. Ejemplos de Clorophyta y Rodophyta. A, algas pertenecientes Clorophyta y B
pertenecientes a Rodophyta.
A
B
Figura 42. Ejemplos de Bacillariophyta y Pyrrophyta. Izquierda, varios tipos de diatomeas. A la
derecha Gonyaulax verior (A) una célula viva; (b) tecas en vista dorsal y ventral; (C) un quiste.
Tomadas de http://www.flickr.com/photos/52345239@N05/sets/72157625392836753/detail/
http://www.nordicmicroalgae.org/taxon/Gonyaulax
NOTA:
Leer por favor el siguiente enlace para mayor información:
http://docencia.udea.edu.co/bacteriologia/MicrobiologiaAmbiental/microbiologia_7.
pdf
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CAPÍTULO 6. Sistema de vida anaerobio
Lección 26. Respiración anaerobia
Es un proceso de generación de energía (ATP) a través de reacciones de oxido
reducción similar a la respiración aerobia pero se caracteriza porque el aceptor
final de electrones no es el oxígeno molecular (O2) sino sustancias inorgánicas
como nitratos (NO3 - ), iones de hierro (Fe 3+ ), sulfatos (SO4 2- ), carbonatos y en
algunas o pocas ocasiones compuestos orgánicos (figura 43). En este tipo de
respiración se obtiene menos energía que en la respiración aerobia pero es vital
para la supervivencia y metabolismo de microorganismos anaerobios estrictos,
aunque también puede presentarse en anaerobios facultativos los cuales en
ausencia de oxígeno recurren a esta vía.
Figura 43. Ejemplos de respiración anaerobia. (Tomado de Madigan et al. 2003).
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Microbiología Ambiental
Al igual que en la respiración aerobia también hay una cadena transportadora de
electrones análoga (con citocromos, quinonas, ferrosulfoproteínas y otras
proteínas transportadoras de electrones), presentes en la membrana celular. Entre
los microorganismos que utilizan esta vía tenemos: Pseudomonas, Bacillus,
Desulfovibrio, Thermoplasma, Methanococcus, etc.
La fermentación y la respiración anaerobia son dos procesos diferentes, porque
aunque la fermentación es anaeróbica en ésta no participa una cadena
transportadora de electrones y el aceptor final es una sustancia orgánica.
Es importante resaltar que los microorganismos que emplean este tipo de
respiración tienen un crecimiento más lento respecto a los que usan la respiración
aerobia.
Metabolismo asimilador y desasimilador
Muchos microorganismos usan compuestos inorgánicos como fuentes de
nitrógeno, carbono, hierro, azufre, etc donde estos grupos se reducen, pero no
podemos confundir la asimilación con el uso de iones inorgánicos como aceptores
finales de electrones. Para esto se emplean dos términos: asimilación y
desasimilación. En la asimilación sólo se reducen los compuestos suficientes para
cumplir las necesidades nutritivas del microorganismo y formar macromoléculas
(frecuente en bacterias, hongos, plantas superiores, etc), mientras que, en el
metabolismo desasimilador se reduce una cantidad mayor de compuestos
orgánicos para ser aceptores de electrones, esto sólo ocurre en ciertas procariotas
(Madigan et al 2003).
NOTA:
Leer la sección 17.13 sobre respiración anaerobia en: Madigan, M., Martinko, J
& Parker, J. (2003). Brock biología de los microorganismos. (10 Ed). Madrid:
Pearson Prentice Hall.
Lección 27. Reducción del nitrato y proceso de desnitrificación
El nitrato (NO3 - ) y el amoniaco (NH3) son fuentes de nitrógeno inorgánico que
pueden usarse como aceptores de electrones en la cadena respiratoria anaerobia.
Uno de los más comunes y estudiados es el NO3 - , el cual puede ser reducido con
la participación de enzimas (nitrato reductasa, nitrito reductasa, óxido nítrico
reductasa, y óxido nitroso reductasa) todas ellas presentes en la membrana
celular, las dos primeras se encuentran inmersas en la membrana mientras que
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las restantes sólo en la superficie. Ellas sólo se activan en ausencia de oxígeno y
cuando el nitrato está presente antes de expresarse completamente las enzimas.
Cuando el aceptor de electrones nitrato es reducido a productos gaseosos que
pasan a las atmósfera se le conoce como desnitrificación.
NO3 - → NO2 - → NO → N2O → N2
Cada reacción es catalizada por las cuatro enzimas descritas arriba en su orden.
La nitrato reductasa (que contiene molibdeno) inicia la reducción del nitrato a
nitrito y la nitrito reductasa lo reduce a óxido nítrico y así sucesivamente hasta
obtener nitrógeno gaseoso. Al ser el nitrato una forma de nitrógeno accesible para
las plantas las desnitrificación es considerada una pérdida para la agricultura
porque este pasa a la atmósfera como N2. Este proceso puede presentarse
cuando los suelos están anegados y la concentración de oxígeno disminuye. Pero
puede convertirse en un beneficio para le tratamiento de aguas residuales porque
la reducción de nitrato desfavorece el crecimiento de algas.
En bacterias como Escherichia coli el nitrato sólo se reduce a nitrito mientras que
el las bacterias Paracoccus denitrificans y Pseudomonas stutzeri es reducido
hasta nitrógeno molecular además durante el transporte de electrones en la
cadena respiratoria anaerobia se genera un fuerza motriz protónica que produce
ATP (figura 44).
Figura 44. Posible transporte de electrones en Pseudomonas stutzeri durante la desnitrificación.
Note que hay enzimas inmersas en la membrana celular y periplásmicas. Fp = flavoproteinas, Q=
ubiquinona y Cyt= citocromos. (Tomado de Madigan et al. 2003).
Es importante mencionar que la mayoría de las procariotas desnitrificantes en
presencia de oxígeno realizan respiración aerobia ya que ella les proporciona más
energía aunque esté presente el nitrato (Madigan et al 2003).
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Microbiología Ambiental
NOTA:
Leer por favor el siguiente artículo para mayor información:
http://www.unicolmayor.edu.co/invest_nova/NOVA/NOVA6_ARTORIG4.pdf
Lección 28. Reducción de sulfatos
En los sistemas anaeróbicos el sulfato (SO4 - ), la forma más oxidada del azufre, se
usa como aceptor de electrones para generar energía y reducirlo finalmente a
sulfuro (H2S) para luego excretarlo. El sulfuro de hidrógeno es un compuesto
importante en procesos biogeoquímicos. El proceso más favorable
energéticamente es la respiración aeróbica, pero entre la reducción de nitrato y
sulfato esta última es menos favorable. Entre los compuestos donadores de
electrones más usados por las bacterias sulfato reductoras para reducir el sulfato
están el acetato, lactato, piruvato, etanol, fumarato, fosfitos, etc.
Para que el sulfato se reduzca a sulfuro deben ocurrir varias etapas. Primero la
activación del sulfato, como el sulfato es una sustancia estable éste debe
activarse con ATP por medio de la enzima ATP sulfurilasa la cual une el sulfato a
un fosfato del ATP para formar adenosina fosfosulfato (APS), el APS puede
reducirse a sulfito (SO3 -2 + AMP) por la actividad de la enzima APS reductasa y
por último el sulfito se reduce al sulfuro (H2S) por la acción de la sulfito reductasa
(figura 45).
Figura 45. Reducción del sulfato. Esquema de reducción asimiladora y desasimiladora del sulfato
(tomado de Madigan et al. 2003).
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Durante la reducción del sulfato el transporte de electrones genera una fuerza
motriz protónica útil para la producción de ATP por la acción de una enzima APT
asa. En este transporte de electrones participan varias proteínas periplásmicas
(enzima hidrogenasa, citocromo c 3 , complejo de citocromo Hmc). Primero los
electrones donados por el sustrato citoplasmático son recibidos por la enzima
hidrogenasa las cual los transfiere al citocromo c 3 y éste a su vez al complejo Hmc
el cual finalmente los transporta por la membrana celular hasta el citoplasma
donde los recibe la molécula de APS que finalmente puede reducirse por la acción
de la sulfato reductasa hasta formar sulfuro. Entonces finalmente, un sulfato
reducido a sulfuro genera fuerza motriz protónica que produce una molécula de
ATP. Pero cuando el lactato o piruvato es el donador de electrones se genera otra
molécula de ATP producida por la oxidación del piruvato a acetato (Madigan et al
2003) ver figura 46. Este es un proceso típico en Desulfovibrio desulfuricans.
Figura 46. Transporte de electrones en bacterias reductoras de sulfato. Para mayor detalle leer el
texto (tomado de Madigan et al. 2003).
En el metabolismo asimilador del sulfato, es decir el que tiene como finalidad la
formación de compuestos orgánicos de azufre o biosíntesis, la enzima APS
quinasa añade otro grupo fosfato a la molécula de APS para formar
fosfoadenosina fosfosulfato (PAPS) el cual puede continuar sus etapas hasta la
formación de sulfuro.
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Todos los microorganismos reductores de sulfato son anaerobios obligados. El
acetato también es usado por muchas bacterias como donador de electrones para
la reducción del sulfato. Otras bacterias sulfato reductoras usan compuestos de
azufre en estado de oxidación intermedio para reducir desproporcionadamente
compuestos de azufre. También se ha aislado una bacteria autótrofa y anaerobia
estricta (Desulfotignum phosphitoxidans) que acopla la reducción del sulfato a la
oxidación del fosfito (HPO3 - ) obteniendo como productos fosfatos y sulfuro. Como
el fosfito se oxida espontáneamente en el aire todavía no se conoce el sustrato
que usa para obtenerlo pero se asume que puede estar presente en ambientes
anaeróbicos (Madigan et al 2003).
NOTA:
Leer por favor el siguiente artículo para mayor información:
http://www.youtube.com/watch?v=9kUNmx4JBkA
Lección 29. Metanogénesis
Es un proceso que realizan microorganismos conocidos como metanógenos
(archaeas anaerobias estrictas) que usan el carbono (dióxido de carbono) como
aceptor final de electrones para producir metano.
CO2 + 4 H2 → CH4 + 2H2O
Coenzimas que participan en la metanogénesis
Según Madigan et al. (2003) pueden dividirse en las transportadoras de carbono y
en las que suministran electrones en la reacciones de óxido reducción:
Coenzima metanofurano (MF)
Transportan la unidad de carbono desde el sustrato inicial que puede ser CO2
hasta el sustrato final CH4. Participa en la primera etapa de la metanogénesis.
Coenzima metanopterina (MP)
Porta la unidad de carbono en las etapas intermedias de la conversión del
dióxido de carbono a metano.
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Coenzima M (CoM)
Participa en la etapa final de la metanogénesis, convierte el metilo (CH3) a
metano (CH4). Es la coenzima más pequeña de todas.
Coenzima F430
Su estructura está formada con un tetrapirrol con níquel, participa en el paso
final de la metanogénesis como un complejo enzimático de metilreductasa. A
diferencia de las anteriores no porta la unidad de carbono.
Coenzima F420
Es un derivado de flavina que participa como donador de electrones en la
reducción del dióxido de carbono. Esta coenzima fluoresce a 420 nm y puede
se usada para identificar metanógenos.
Coenzima B (CoB)
Participa al finalizar la metanogénesis con el complejo enzimático de la
metilreductasa.
Proceso de metanogénesis
Aunque la reducción del dióxido de carbono a metano usualmente depende del
hidrógeno molecular (H2), otros compuestos (acetato, formiato, monóxido de
carbono, alcoholes, etc) también pueden actuar como donadores de electrones
para la reducción del CO2.
En la metanogénesis el CO2 es activado por la enzima que contiene metanofurano
(MF) y reducido a formilo, luego éste se transfiere a la enzima que tiene
metanopterina (MP), aquí se produce una molécula de agua y lo reduce a
metileno, posteriormente lo vuelve a reducir a metilo. El grupo metilo es transferido
a la enzima CoM para formar metil-CoM y reducirse finalmente a metano por la
acción del complejo enzimático metil reductasa donde participan activamente F430
y CoB. La F430 quita el CH3 del CH3-CoM y forma el complejo Ni 2+ -CH3 que es
reducido por los electrones aportados por el complejo unido por puentes disulfuro
CoM-S-S-CoB; para mayor ilustración ver la figura 47. (Madigan et al 2003).
La enzima que contiene F430 genera una fuerza motriz protónica capaz de generar
ATP, además de las reducciones asociadas a la enzima heterodisulfuro reductasa
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que generan reacciones exergónicas y extrusiones a través de la membrana
celular (Madigan et al 2003).
Los microorganismos metanógenos (Methanosarcina barkeri, Methanobacterim
formicicum, Methanopyurus, etc) pueden encontrarse en materias orgánica en
descomposición, zonas pantanosos, sedimentos, hidrotermales, reservas de
petróleo y ambientes anoxigénicos con materias orgánica, aunque también
pueden estar presentes en el trato digestivo de animales.
Figura 47. Proceso de metanogénesis a partir de dióxido de carbono. El átomo de carbono
aparece en amarillo y la fuente de electrones en marrón. Los electrones para la reducción del CO2
provienen del H2. Para mayor detalle leer el texto. (Tomado de Madigan et al. 2003).
NOTA:
Por favor algún artículo de los siguientes:
http://www.redalyc.org/BuscadorTextoCompleto.oa?q=metanogenesis
83
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Lección 30. Acetogénesis
La Acetogénesis es un proceso que realizan microorganismos conocidos como
homoacetógenos (son anaerobios estrictos), que usan el CO2 (compuesto
abundante en la naturaleza y ambientes anoxigénicos) como aceptor de
electrones para la generación de energía y al hidrógeno (H2) u otras sustancias
(azúcares, aminoácidos, ácidos orgánicos, alcoholes, etc) como donadores de
electrones para producción de acetato:
4H2 + H + + 2HCO3 -
CH3COO 2 + 4H2O
C6H12O6
3CH3COO - + 3H +
2 piruvato + 4H
3CH3COO - + H +
Los homoacetógenos convierten el dióxido de carbono en acetato a través de la
vía acetil-CoA o vía Ljungdahl-Wood en honor a sus descubridores (figura 48).
Figura 48. Producción de acetato a través de la vía acetil coenzima A. (Tomado de Madigan et al.
2003).
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La mayoría de homoacetógenos que excretan el acetato como producto del
metabolismo energético son bacterias Gram positivas (Clostridium,
Acetobacterium, etc).
Vía de la acetil-CoA
La vía de la acetil-Coenzima-A no es un ciclo, sino que reduce el dióxido de
carbono y produce el acetato por medio de dos vías lineales. En la primera una
molécula de CO2 se reduce al grupo metilo que hará parte del acetato y en la
segunda otra molécula de dióxido de carbono se reduce para formar el grupo
carbonilo, ambos se ensamblan y forman la coenzima A, precursor del acetato
(figura 48).
Entonces en mayor detalle, para obtener el acetato participa una enzima que usa
como cofactores iones de níquel, zinc e hierro, conocida como la monóxido de
carbono deshidrogenasa (CO deshidrogenasa), la cual cataliza la formación de
CO que terminará en la posición carbonilo del acetato (-COO - ). El grupo metilo se
forma porque una segunda molécula de CO2 se reduce por la coenzima
tetrahidrofolato donde ésta lo transfiere a una enzima que contiene B12; finalmente
por acción de la CO deshidrogenasa se combina el grupo metil y CO, donde el Ni
de la enzima interacciona con el grupo metilo y el Fe de la enzima con el CO,
además de la coenzima A para formar acetil coenzima A; en este paso se genera
una fuerza motriz protónica que sirve para la síntesis de ATP. Posteriormente el
acetil coenzima A se convierte a acetato y se genera otro ATP. Por lo tanto un
ATP se forma por la fuerza motriz protónica mientras que el otro por fosforilación a
nivel de sustrato.
NOTA:
Por favor leer el siguiente texto:
http://www.ingenieroambiental.com/4014/tratamiento545.pdf
85
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Microbiología Ambiental
UNIDAD 3. ECOLOGÍA Y MICROBIOLOGÍA
CAPÍTULO 7. METODOS PARA ESTUDIAR MICROORGANISMOS
Lección 31. Análisis de comunidades microbianas basado en técnicas de cultivo
Lección 32. Aislamiento de cultivo axénico
Lección 33. Análisis molecular de comunidades microbianas
Lección 34. Técnicas moleculares usadas en la microbiología y biotecnología
Lección 35. Medición de la actividad microbiana en la naturaleza
CAPÍTULO 8. RELACIONES MICROBIANAS, COMUNICACIÓN CELULAR Y
CICLO DE NUTRIENTES
Lección 36. Ecosistemas microbianos
Lección 37. Comunicación celular
Lección 38. Ciclo del carbono y oxígeno
Lección 39. Ciclo del nitrógeno
Lección 40. Ciclo del azufre
CAPÍTULO 9. APLICACIONES DE LA MICROBIOLOGÍA AMBIENTAL
Lección 41. Tratamiento de residuos sólidos
Lección 42. Tratamiento de agua potable
Lección 43. Biorremediación
Lección 44. Biodegradabilidad y efectos ecológicos
Lección 45. Biorremediación de petróleo y otros contaminantes
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Microbiología Ambiental
UNIDAD 3
ECOLOGÍA Y MICROBIOLOGÍA
CAPÍTULO 7. Métodos para estudiar microorganismos
Lección 31. Análisis de comunidades microbianas basado en técnicas de
cultivo
En las muestras ambientales es casi imposible encontrar un solo tipo de
microorganismo, pero cuando queremos aislar o conocer la microbiota de
determinada muestra es muy importante darles las condiciones que reflejen el
medio en el que los microorganismos deseados se encuentran, es decir, se debe
tener en cuenta la temperatura, humedad, pH, tipo de nutrientes, consistencia
adecuada del medio, presencia o ausencia de gases, luz, etc., de tal manera que
las condiciones de laboratorio imiten el estado ideal del microorganismo en la
naturaleza y limite el crecimiento de aquellas especies que no queremos estudiar.
Uno de los métodos más usados para aislar microorganismos ambientales son los
medios de cultivo, éstos pueden ser sólidos, semi-sólidos o líquidos y deben
otorgarle todas las condiciones nutricionales y ambientales para que se de el
crecimiento microbiano. Es importante resaltar que no todos los microorganismos
pueden cultivarse en el laboratorio, por ejemplo, archaeas presentes en ambientes
con temperaturas extremas. En estos casos los conocimientos de la biología
molecular y la biotecnología han sido clave para poder conocer parte de este tipo
de organismos extremófilos.
Existen varios tipos de medios de cultivo, entre ellos tenemos:
Medios definidos
Son aquellos medios de cultivo a los que se les conoce la composición química
y concentración de todos sus componentes, es decir fuente de carbono,
nitrógeno, sales, etc., o sustancias particulares como vitaminas, factores de
crecimiento. Estos medios suelen usarse para trabajos experimentales o para
cultivar microorganismos quimioheterótrofos o autótrofos.
Medios complejos
Son aquellos medios a los que no se les conoce la composición química exacta
de sus componentes, como los que contienen extracto de levadura, peptona,
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extracto de carne, etc. Son muy usados en el laboratorio para microorganismos
ambientales y patógenos.
Medios selectivos
Contiene sustancias que favorecen el desarrollo y crecimiento de
microorganismos deseados pero inhiben el crecimiento de los indeseados.
Suele usarse tanto para hongos como para bacterias. Es muy útil cuando se
parte de inóculos con poblaciones microbianas heterogéneas o mixtas.
Medios diferenciales
Permiten diferenciar microorganismos de acuerdo a sus propiedades y
reacciones de crecimiento en el medio. Ejemplo, en el agar sangre se
diferencian microorganismos hemolíticos y no hemolíticos. También se usan
para aislar microorganismos dentro de una mezcla.
Cultivo de enriquecimiento
Se usa cuando el/los microorganismo (s) deseado está en pequeñas
cantidades mientras que los indeseados están presentes en altas proporciones
de tal manera que con los sustratos selectivos aportados se promueva el
crecimiento de los microorganismos de interés hasta obtener concentraciones
detectables. Por ejemplo, si queremos aislar de una muestra de sedimento
bacterias que degraden o metabolicen lípidos a través de lipasas, lo ideal es
sembrar el inóculo directamente en un medio enriquecimiento líquido que
contenga lípidos (como el aceite de oliva) como única fuente de carbono y
energía, de tal manera que sólo los microorganismos que tengan estas
enzimas puedan crecer en él. Es muy práctico realizar pases sucesivos a
medios enriquecidos frescos con el sustrato limitante para asegurar que toda la
población que se obtuvo tiene lipasas (figura 49). Pero si en el estudio
queremos no sólo detectar y aislar cepas lipolíticas sino también termofílicas lo
indicado sería además de usar aceite de oliva como fuente de carbono y
energía usar condiciones de incubación a altas temperaturas; de esta manera
sólo lo lipolíticos termofílicos podrían sobrevivir en estas condiciones.
Otro ejemplo de cultivo de enriquecimiento es la columna de Winogradsky, en
honor al investigador que la diseñó. Esta columna es un sistema anaerobio
para el enriquecimiento y aislamiento de bacterias fototróficas (rojas y verdes),
sulfato reductoras, anaerobias, algas o cianobacterias; la columna de
Winogradsky se realiza en un cilindro que contiene material orgánico, lodo y
agua de lagos, charchos o acequia; donde los microorganismos se van
88
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desarrollando estratificadamente de acuerdo a sus actividades metabólicas y
requerimientos ambientales (figura 50).
Figura 49. Medio de enriquecimiento. Medio de enriquecimiento FAM + aceite de oliva al 1%
(izquierda) para aislar microorganismos lipolíticos a partir de muestras de sedimentos (a la
derecha). Fuente Carmen Julia Pedroza.
Figura
50.
Columna
de
Winogradsky.
Imágenes
tomadas
del
enlace:
http://biosonia.blogspot.com/2008/12/webquest-la-columna-de-winogradsky.html
89
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NOTA:
En el siguiente enlace encontrará mayor información:
http://www.unavarra.es/genmic/microgral/Tema%2002.-
%20Cultivo%20de%20microorganismos.pdf
Lección 32. Aislamiento de cultivo axénico
Consiste en la obtención de colonias puras, es decir, grupo o aglomeración de
microorganismos de la misma especie originados a partir de una espora o
célula vegetativa; esta colonias tienes características distintivas que les permite
diferenciarlas de otras.
Si consideramos el ejemplo anterior de enriquecimiento de bacterias lipolíticas,
pero ahora con el objetivo de aislar por aparte cada especie de bacterias
(clones), es decir, obtener un cultivo puro, existen varias técnicas que puede
ser muy útiles, entre ellas: diluciones seriadas, siembre en superficie, siembra
en profundidad (vistas en la lección 18), siembra por estrías o agotamiento y
pinzas ópticas de láser.
Siembra por estrías
Se toma el inóculo de un cultivo mixto con un asa y se extiende sobre la
superficie del medio de cultivo sólido contenido en una caja de petri, luego se
hacen estrías en forma de zigzag, posteriormente debe esterilizarse el asa con
calor, girar la caja e iniciar en la última línea que se sembró para trazar de
nuevo la líneas en formar de zigzag, se esteriliza de nuevo el asa y se repite el
procedimiento de tal manera que el inóculo se va agotando y las colonias que
crecerán después del periodo y temperatura de incubación tendrán una
distribución aislada unas de otras, de tal manera que cada colonia pueda
aislarse de nuevo por agotamiento y comprobar por medio de otras técnicas
que el microorganismo está puro (figura 51).
Las colonias tienen características específicas que ayuda a diferenciarlas
(color, borde, elevación, brillo, etc); pero además de estos detalles es muy
importante apoyarse con tinciones y observaciones microscópicas para
determinar morfologías o estructuras.
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Figura 51. Método de siembra por estrías o agotamiento. (Tomado de Tortora et al. 2007).
Pinzar de láser
En esta técnica se usa un microscopio óptico invertido, con un láser infrarrojo y
un instrumento de micromanipulación, donde un rayo láser se enfoca sobre
una célula (puede ser una bacteria, espora, etc) de forma individual y crea
fuerzas de radiación sobre ella que permite su desplazamiento controlado en
cualquier dirección mientras esté sometida a la fuerza por el haz del láser.
Este experimento se realiza en un tubo capilar donde está contenida la
muestra mixta o población, de tal manera que cuando el láser separe la célula
o bacteria de interés de la mezcla o cultivo, se corte el capilar y quede
completamente aislada del resto. Luego puede transferirse a un cultivo fresco
para obtener el cultivo puro o clones (figura 52) (Madigan et al 2003).
Figura 52. Pinzas láser. También conocidas como pinzas ópticas láser (tomado de Madigan et
al. 2003).
NOTA:
Para mayor ilustración por favor ver este enlace:
http://www.science.oas.org/Simbio/mbio_ind/cap3_mi.pdf
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Lección 33. Análisis molecular de comunidades microbianas
Existen varias técnicas que permiten cuantificar, detectar y conocer los
microorganismos presentes en determinado hábitat microbiano, Madigan et al.
(2003) expone varias de ellas como se describirán a continuación:
Tinción fluorescente con DAPI
Es empleado para teñir microorganismos de ambientes opacos, la tinción se
realizan con el colorante fluorescente 4’,6-diamino-2-fenilindol, el cual se une a
los pares de bases adenina: timina (A:T) del ADN (o también al ARN) del
microorganismo . Las células teñidas con DAPI muestran una fluorescencia
azul brillante que facilita su detección y conteo con un microscopio de
fluorescencia con luz ultravioleta. Esta es una tinción que es muy específica
porque se une al ADN y no a material inerte pero no discrimina células muertas
ni microorganismos específicos, de tal manera que permite la cuantificación
total de la población. Se usa para cuantificar microorganismos de muestras
clínicas y alimentos (figura 53).
A
B
Figura 53. Tinciones fluorescentes de células. (A) Tinción con DAPI, los núcleos de las células
se ve en azul. (B) Tinción de células viables, las células vivas se observan verdes mientras que
las muertas rojas.
Tinción de viables
A diferencia de la anterior esta técnica permite diferenciar y contabilizar
células vivas y muertas. En este método se usan dos colorantes fluorescentes,
verde y rojo, el verde puede penetrar todas las células muertas o vivas
(viables); mientras que el rojo (yoduro de propidio) sólo penetra las células
cuya membrana está dañada, es decir células muertas. Por lo tanto las células
viables al teñirse de verde pueden cuantificarse. Esta técnica puede ser
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inespecífica con materiales inertes por lo tanto no se recomienda su uso en
ambientes naturales si no en cultivos de laboratorio (figura 53).
Anticuerpos fluorescentes
Esta tinción no se realiza sobre los microorganismos sino en anticuerpos; entre
los colorantes útiles para teñir anticuerpos está la Rodamina B y el
isotiocianato de fluorescencia, los cuales emiten una fluorescencia roja o
amarillo verdosa respectivamente. Esta técnica es muy específica porque
permite la detección de anticuerpos unidos a la célula o antígenos de la
superficie celular, por la emisión de fluorescencia del colorante que puede ser
detectada con un microscopio. Es muy útil en estudios de ecología microbiana
porque permite identificar microorganismos en ambientes naturales sin tener
que aislarlos o cultivarlos además de rastrearlos en hábitats complejos. Su
desventaja radica en que la preparación de anticuerpos específicos para
microorganismos puede ser larga y laboriosa. Para diagnósticos clínicos es
una técnica muy común por la mayor disponibilidad comercial (figura 54).
Figura 54. Tinción con anticuerpos fluorescentes y con FISH. A la izquierda identificación de
Yersinia pestis con anticuerpos fluorescentes CDC y a la derecha FISH múltiple para identificar
bacterias nitrificantes de aguas residuales. En rojo oxidadotas de amoniaco y en verde
oxidadotas de nitritos. (Tomado de Brock et al. 2003)
Proteína fluorescente verde
Por medio de la tecnología del DNA recombinante se puede insertar un gen
que codifica una proteína fluorescente verde (GFP siglas en inglés) en el
genoma de una célula, de tal manera que cuando la proteína se exprese en la
célula pueda observarse la coloración verde con la ayuda de un microscopio de
de luz ultravioleta. Cómo sólo las células recombinantes pueden emitir el color
verde no es adecuada para el estudio de poblaciones naturales (las células
nativas en ambientes naturales no emiten color) pero si para observar el
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comportamiento in situ de la célula modificada genéticamente frente a las
cepas nativas.
Todas la técnicas descritas anteriormente requieren el uso de un microscopio
para poder observar a los microorganismos, pero no representa una ayuda
para estudiar la diversidad genética en los ambientes naturales porque es muy
difícil diferenciar células con morfologías o tamaño, por lo tanto el uso de
técnicas moleculares permite estudiar la información genética y así dilucidar
funciones de genes, interacciones de microorganismos y funciones dentro de
un ecosistema.
Tinciones genéticas
Es un método muy útil para identificar y cuantificar microorganismos en la
naturaleza, se realiza con la ayuda de fragmentos u oligonucleótidos de ADN o
ARN complementario a una secuencia del gen diana (blanco o de estudio)
llamada sonda, donde ésta puede teñirse con colorantes fluorescentes; esta
técnica se conoce como hibridación fluorescente in situ (FISH por sus siglas en
inglés).
Tinción filogenética con FISH
Para esta técnica se usan colorantes filogenéticos, llamados así porque la soda
empleada es complementaria a una región del rRNA 16S (en procariotas) o al
rRNA 18S (en eucariotas); se caracteriza porque el colorante penetra la célula
directamente hasta llegar al ribosoma donde la sonda hibrida con su secuencia
complementaria. Se han diseñado sondas filogenéticas para especies e incluso
dominios de tal manera que se puede estudiar, identificar o rastrear
organismos particulares o relacionados.
La muestras naturales pueden analizarse con sondas filogenéticas múltiples
por FISH donde cada sonda tendría un colorante que emita un color diferente,
así se puede estudiar un hábitat completo y además de buscar organismos
específicos permite establecer relaciones filogenéticas (figura 54).
Tinción de cromosomas y transcripción inversa in situ
La tinción de cromosomas se usa para identificar genes específicos de
ambientes naturales, por ejemplo el gen de la nitrogenasa. En este método se
pueden usar varios tipos de sonda (oligonucleótidos, genes completos,
conjunto de genes o incluso genomas completos fragmentados) donde la
sonda marcada se unirá a la secuencia complementaria del gen o genes de
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interés y así se conoce que microorganismo presente en la muestra contiene el
gen de interés.
En la transcripción inversa in situ (ISRT siglas en inglés) la sonda hibrida con
moléculas de mRNA, luego se da la transcripción inversa para originar ADN
complementaria (cDNA) que es amplificado por la reacción en cadena de la
polimerasa (PCR siglas en inglés) donde finalmente el ADN amplificado hibrida
con una sonda fluorescente. Esta técnica permite explorar los factores que
afectan la expresión génica y transcripción de genes específicos.
NOTA:
Leer la sección 18.3 y 18.4 en: Madigan, M., Martinko, J &
Parker, J. (2003). Brock biología de los microorganismos. (10
Ed). Madrid: Pearson Prentice Hall.
Lección
34.
Técnicas
moleculares
usadas
en
la
Microbiología
y
Biotecnología
Reacción en cadena de la polimerasa (PCR)
La PCR fue desarrollada en 1986 por el científico Kary Mullis, es una de las
técnicas más importantes de la biología molecular y gracias a ella se han
obtenido muchos avances en la biotecnología (entre ellos secuenciación y
clonación). Este método amplifica una región selectiva del ADN, es decir,
permite obtener muchas copias de ese fragmento simulando el proceso de
replicación que se da en las células naturalmente. La técnica depende de la
capacidad del ADN para desnaturalizarse e hibridar con alineadores o primers
que sirven como cebadores para que la enzima Taq polimerasa (una enzima
termoestable aislada del microorganismo Termus aquaticus) sintetice una
nueva hebra de ADN usando una cadena de ADN como molde. Para realizar la
PCR no se necesita conocer la secuencia del ADN a amplificar pero si los
bordes que flanquean el ADN de interés, indispensable ésto para el diseño de
los primers o cebadores (figura 55).
La reacción en cadena de la polimerasa tiene varios componentes que
permiten obtener muchas copias de una región del ADN, todos ellos deben
estar presentes en el tubo de reacción para que tener una amplificación
exitosa. Se realiza en un equipo llamado termociclador. Los componentes son:
ADN molde
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Contiene la región del ADN que se quiere amplificar, se puede usar segmentos
de ADN o incluso genomas completos.
Figura
55.
Reacción
en
cadena
de
la
polimerasa
(PCR).
Tomado
del
enlace:
http://es.wikipedia.org/wiki/Reacci%C3%B3n_en_cadena_de_la_polimerasa.
Desoxirribonucleosidos-trifosfato (dNTP)
Son los nucleótidos que componen el ADN (adenina, timina, guanina y citosina)
y los que la enzima DNA polimerasa (taq polimerasa) usará para polimerizar y
sintetizar nuevas copias de ADN.
Cebadores o iniciadores (primers en inglés)
Son fragmentos u oligonucleótidos complementarios a cada cadena del ADN
molde, los cuales apuntan entre si en direcciones opuestas. Flanquean la
región a amplificar. Usualmente se usan primers de 17-20 nucleótidos (merts).
El uso de primers muy pequeños o grandes genera limitantes para la PCR.
Iones
Usualmente se usan el ión de magnesio divalente (MgCl2) ya que este actúa
como cofactor de la enzima DNA polimerasa (taq polimerasa) para aumentar
su procesividad.
Buffer
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Es una solución que mantiene el pH adecuado para la actividad de la enzima y
amplificación del ADN.
DNA polimerasa
Usualmente se emplea la taq polimerasa, es la enzima que se encarga de unir
los dNTPs al ADN molde para sintetizar una nueva cadena de ADN que a su
vez servirá como molde.
La PCR se desarrolla básicamente en tres etapas que se repiten
aproximadamente 30 veces, llamados ciclos. Estas son:
Desnaturalización
La molécula de ADN molde se desnaturaliza (separación de las cadenas) a
altas temperaturas (usualmente a 94- 95 °C). Ver círculo 1 de la figura 55.
Alineación
La mezcla de reacción se enfría a 50-60 °C para que se de la hibridación o
unión de los cebadores o primers a su secuencia complementaria (alineación).
Círculo 2 de la figura 55.
Extensión
De nuevo se aumenta la temperatura (usualmente a 47 °C) para que la enzima
Taq polimerasa sintetice una nueva cadena de ADN usando los dNTP. Círculo
3 de la figura 55.
Luego de la primera extensión o elongación se vuelve al repetir de nuevo el
ciclo de desnaturalización de tal manera que la cadenas de DNA nuevas
puedan servir como molde para generar nuevo ADN (círculo 4 de la figura 55).
Los tres ciclos se repiten aproximadamente 30 veces así que se obtienen
millones de fragmentos del ADN que se quería amplificar.
Los productos de PCR pueden tener varias finalidades: gel de electroforesis,
clonación o secuenciación. Todas estas técnicas son indispensables para el
desarrollo de microorganismos recombinantes que tengan características
especiales como degradación de contaminantes ambientales, transgénicos,
resistentes, etc.
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Electroforesis en gel
Permite separar moléculas a través de una matriz porosa (gel de agarosa o
poliacrilamida) donde la muestra (ácidos nucleicos o proteínas) migra por un
campo eléctrico con base a su carga, forma, masa o tamaño. Después de
terminado el corrido las muestras menos pesadas migrarán más rápido y
quedarán en la parte de abajo del gel mientras que las más grandes en la parte
superior. Para conocer el tamaño se usan marcadores de peso molecular
conocido y programas informáticos. Comúnmente los fragmentos se pueden
observar con tinciones del ADN (bromuro de etidio, con la ayuda de una
cámara de luz U.V) o proteínas (con colorantes como el azul de Coomassie)
(figura 56).
Figura 56. Electroforesis de proteínas y gel de corrido. A la izquierda electroforesis en gel de
poliacrilamida de proteínas (lipasas) y a la derecha corrido electroforético de producto de PCR.
Fuente Carmen Julia Pedroza.
Secuenciación de ADN
Es una técnica que permite conocer el orden exacto de los nucleótidos en una
muestra de ADN (ADN genómico, mitocondrial o de cloroplastos, producto de
PCR, plásmidos, etc); existen varios métodos para la secuenciación, entre ellos
el método de terminación en cadena o el de degradación química.
Clonación
La clonación permite obtener muchas copias de un gen determinado, por
ejemplo, se quiere estudiar un producto de PCR éste se puede introducir con la
ayuda de enzimas de restricción a un vector (plásmido o fago) para obtener
muchas copias del gen de interés el cual puede tener alguna característica
especial (como la producción de proteínas o resistencia). Esta información
genética puede llevarse hasta organismos vivos pero son varios los
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procedimientos que se realizan para lograr transformaciones o expresiones
génicas.
NOTA:
Leer la sección 10.14 en el libro: Madigan, M., Martinko, J & Parker, J. (2003).
Brock biología de los microorganismos. (10 Ed). Madrid: Pearson Prentice
Hall.
Los fundamentos de técnicas como Southern y Northern blot y RFLP
aparecen en este enlace:
http://seqcore.brcf.med.umich.edu/doc/educ/dnapr/mbglossary/mbgloss.html
Leer temas relacionados en los libros de Lodish o Brown (ver la bibliografía del
módulo para mayor detalle).
Lección 35. Medición de la actividad microbiana en la naturaleza
En muchos casos se estudia la actividad microbiana in situ para observar la
actividad metabólica y biodiversidad en el hábitat. Madigan et al. (2003)
describen varios métodos, entre ellos:
Radioisótopos
Se usan las transformaciones químicas que sufren los compuestos por la
actividad metabólica de los microorganismos para evaluar lo que se da en el
ambiente, marcando los productos de esas transformaciones con
radioisótopos, éstos son isótopos radiactivos.
Microelectrodos
Son pequeños electrodos (dispositivos de oro, vidrio y platino) de cristal para
medir pH, oxígeno, NO2, CO2, H2, H2S o salinidad. Son muy útiles para
cuantificar la actividad de los microorganismos en la naturaleza y se puede
usar para estudiar diversos microorganismos en muchos ambientes, zonas
intermareales, fuentes termales, suelos, etc.
Isótopos estables
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Son isótopos que no se destruyen como resultado de la degradación radiactiva,
los más usados en la ecología microbiana son los isótopos de carbono ( 12 C) y
azufre ( 32 S) y los menos abundantes en la naturaleza son el carbono 13 y el
azufre 34. Cuando el carbono y el azufre son metabolizados en las actividades
celulares las reacciones bioquímicas favorecen al isótopo más liviano es decir
al 12 y al 13. De tal manera que cuando el dióxido de carbono es usado por un
microorganismo fotótrofo el carbono celular se enriquece en 12 C y se
empobrece en 13 C, esto se conoce como fraccionamiento isotópico (Madigan et
al 2003).
NOTA:
Leer la sección 18.6 y 18.7 en: Madigan, M., Martinko, J & Parker, J.
(2003). Brock biología de los microorganismos. (10 Ed). Madrid:
Pearson Prentice Hall.
CAPÍTULO 8. Relaciones microbianas, comunicación celular y ciclo de
nutrientes
Lección 36. Ecosistemas microbianos
Los microorganismos están presentes en todas partes e interactúan constante
mente con otros organismos estableciendo incluso relaciones intraespecíficas
(dentro de la misma especie) o interespecíficas (entre diferentes especies),
pero no sólo la relación con otros organismos es importante en la ecología
microbiana sino también su interacción con el medio abiótico en el que están
contenidos.
Dado el tamaño microscópico de los microorganismos y su “incapacidad para
recorrer largas distancias” éstos han desarrollado la capacidad de establecer
su hábitat en muchos ambientes y para facilitar el estudio de ellos los ecólogos
microbianos han definido como microambiente al lugar del hábitat en el que el
microorganismo vive y desarrolla todas sus actividades metabólicas; de tal
manera que un entorno tan pequeño para nosotros como una matera y tan
grande para una bacteria representa millones de microambientes donde
pueden desarrollarse microorganismos diferentes genética y metabolitamente,
por ejemplo, los microorganismos aerobios siempre estarán en superficie
mientras que los anaerobios en lo más profundo.
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A continuación se definirán una serie de términos importantes en la ecología
microbiana, el orden y algunas definiciones fueron descritas por Llop et al.
(2001).
Biomasa
Es el conjunto de seres vivos u organismos que viven en un lugar determinado.
Biotopo
Es el lugar o sitio donde se encuentra la biomasa, se caracteriza por tener
condiciones ambientales uniformes.
Biocenosis
Es el conjunto de seres vivos de todas las especies que coexisten en un
biotopo.
Ecosistema
Es una biocenosis en un biotopo determinado. En el ecosistema hay flujo de
materia y energía entre sus componentes. Existen varios tipos de ecosistemas:
terrestre, acuáticos y aéreos
Biosfera
Es el conjunto de ecosistemas de la tierra. Se puede decir que la biosfera es el
ecosistema global del planeta.
Hábitat
Es el sitio o ambiente donde vive una especie o población. Debe tener las
condiciones adecuadas para que los organismos que la conforman realicen
todas sus actividades celulares y reproductivas que permita la supervivencia de
la especie.
Nicho
Es la función que realiza un organismo o población dentro de un ecosistema e
incluye a los factores bióticos y abióticos con los cuales el organismo se
relaciona. No debe confundirse con hábitat.
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Relaciones entre seres vivos
Neutralismo
Es
una relación en la que dos microorganismos tienen un comportamiento
completamente independiente del otro donde ningún organismo afecta al otro;
usualmente no hay interacción directa por separación física o temporal. Se
relaciona más con la baja densidad celular que con la alta densidad celular.
Comensalismo
Es una relación donde un solo microorganismo recibe beneficios de la
interacción, sin que el otro se vea afectado. Por ejemplo, las algas
fotosintéticas producen el oxígeno que puede ser usado por bacterias u
organismos aerobios. Ciertos microorganismos excretan componentes que
ayudan al crecimiento de otro. Otros disuelven minerales y liberan nutrientes
que pueden ser usados por otros.
Amensalismo
Es
una relación opuesta al comensalismo donde una especie es perjudicada
mientras que la otra no se afecta. Por ejemplo los antibióticos producidos por
hongos matan a las bacterias presentes en el medio.
Mutualismo
Implica una relación entre microorganismos que reciben beneficios mutuos;
esta relación puede ser o no obligada. Ejemplo, los líquenes que están
conformados por hongos y algas donde el alga proporciona nutrientes mientras
que el hongo anclaje y protección.
El sinergismo, simbiosis y protocooperación hacen parte del mutualismo
En el sinergismo la cooperación de mutuo beneficio no es obligatoria; por
ejemplo la degradación de herbicidas, un microorganismo degrada una parte
del herbicida mientras que el otro degrada lo restante. La simbiosis es una
relación estrecha, persistente y obligada. Por ejemplo las micorrizas (figura 57)
o
los protozoos con las termitas. En la protocooperación los dos
microorganismos o poblaciones se benefician mutuamente pero no son
necesarios para la vida de ambos ya que pueden vivir separados.
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Figura
57.
Ejemplo
de
micorriza.
Relación
simbiótica
entre
hongo
y
planta.
Enlaces:http://www.forestales.net/archivos/forestal/pdfs%2024/ecologia_hongos_2.html y
http://greis-micorrizas.blogspot.com/
Competencia
Es una relación en la que ambos organismos se ven perjudicados donde uno
suprime al otro, usualmente compiten nutrientes, territorio, etc. Puede ser intra
o interespecífica.
∑ Parasitismo
Una especie se beneficia mientras perjudica a otra. Se presente entre especies
diferentes. Por ejemplo, virus que infectan a bacterias u hongos que enferman
a
nemátodos.
NOTA:
Por favor ver el siguiente video:
http://www.youtube.com/watch?v=dn5Q4eBQ2vc
Lección 37. Comunicación celular
En los últimos años se han iniciado investigaciones que permitan conocer los
diferentes mecanismos que usan los microorganismos para comunicarse, éstos
para “colonizar o infectar su huésped, dependen y usan el sistema de quórum
sensing (QS) o sensación de quórum, descubierto inicialmente en la bacteria
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marina Vibrio fischeri en 1970, quien lo utiliza para regular la expresión de
bioluminiscencia (Nealson et al. 1970). El QS bacteriano es una estrategia de
comunicación célular que permite liberar y detectar pequeñas moléculas de
señal que se acumulan a medida que aumenta la densidad poblacional y así,
poder responder de forma individual y colectiva a cambios ambientales,
además de coordinar sincronizadamente la expresión de algunos genes; por
ejemplo, aparte de de la regulación de la bioluminiscencia en V. fisheri y V.
harvey, se ha descubierto que este tipo de moléculas intervienen en la
regulación de otros procesos biológicos en muchos organismos, entre ellos, el
intercambio genético en la conjugación de Enterobacter faecalis, expresión de
factores de virulencia y formación de biopelículas en Pseudomonas
aeruginosa, producción de antibióticos por Streptommyces sp. etc (Oh et al.
2001; Hornby et al. 2001; Dong y Zhang, 2005)” Pedroza, 2010.
Este mecanismo de regulación celular es el mismo que coordina la formación
de biopelículas o biofilms, sistemas biológicos o microlonias de células
bacterianas que excretan polisacáridos en la superficie conde se desarrollan y
están adheridas; las biopelículas forman capas de microorganismos que
facilitan la obtención de nutrientes y protección. Pseudomonas aeruginosa es
una bacteria gramnegativa que tiene la capacidad de secretar pequeñas
moléculas de señal conocidas como acilhomoserina lactonas (AHL) las cuales
favorecen el aumento de la densidad poblacional y por lo tanto la formación del
biofilm. Existen muchos tipos de moléculas autoinductores además de las AHL
entre ellas: derivados de ácidos grasos, oligopéptidos, furanonas, tiolactona
cíclica (AIP), éster metílico del ácido palmítico (PAME), furanosylborato (AI-2),
methyl dodecenoic acid (DSF), muchas de ellas vinculadas en la regulación de
la virulencia bacteriana (Dong y Zhang, 2005; Dong et al., 2007); estas señales
son producidas por microorganismos ambientales no patógenos, fitopatógenos,
patógenos humanos y de animales, es decir están ampliamente extendidas en
los microorganismos.
La formación de biopelículas puede darse en el ser humano, por ejemplo, la
placa dental o causando enfermedades de importancia como la fibrosis quística
entre otras; en la medicina representan un problema porque los
microorganismos son más difíciles de combatir y desarrollan resistencia ante
los tratamientos con antibióticos siendo un problema mayor en pacientes
inmunocomprometidos (como aquellos que tienen SIDA). Los fitopatógenos
usan este mecanismo para activar la expresión de genes de virulencia y causar
enfermedades en plantas como es el caso de la pudrición de la papa por
Pectobacteium carotovorum, ésto representa millones en la economía agrícola.
En la industria las biopelículas reducen el flujo de agua, aceite, petróleo u otras
sustancias líquidas que se muevan por tuberías donde los microorganismos
crecen y además de contaminar pueden corroer la superficie y deteriorar las
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tuberías (figura 58). La calidad del agua potable también puede verse muy
afectada porque a pesar que muchas de las bacterias que se desarrollan en las
tuberías no son patógenas algunas como la Vibrion cholera pueden causar
graves enfermedades en la población cuando parte de la biopelícula de
microorganismo se desprenden de las tuberías y llegan hasta los
consumidores. En las aguas residuales también se forman biopelículas o floc.
Figura 58. Biopelícula microbiana. A la izquierda flujo de la corriente de agua a través de la
Biopelícula y a la derecha Biopelícula bacteriana sobre una superficie de acero de un sistema de
provisión de agua vista desde MEB. Los óvalos grandes son diatomeas. (Tomado de Tortora et al.
2007).
Para el control de biofilm se han propuesto investigaciones en nuevos
antibióticos pero esta sería una solución costosa y quizá después de un tiempo
los microorganismos desarrollarían resistencia teniendo al final cepas
poderosamente patógenas y multiresistentes. Por eso se han comenzado a
dilucidar mecanismos para poder contrarrestar las biopelículas interrumpiendo
la comunicación celular, es decir, no matar a los microorganismos sino impedir
que lleguen las “órdenes” que promuevan la formación de la biopelícula, por
ejemplo hidrolizando los autoinduntores de las AHL con enzimas; este
mecanismo es conocido como Quorum quenching (Q-Q) o inhibición de la
comunicación celular (figura 59).
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Figura 59. Modelo de interferencia de mecanismo de QS dependiente de AHL, (tomado de
Zhang y Dong (2004).
Lección 38. Ciclo del carbono y oxígeno
Son una serie de transformaciones químicas de sustancias que contienen
carbono, realizada por macroorganismos y microorganismos el cual se puede
dar en dos fases: aerobia y anaerobia (figura 60). El carbono está presente
como constituyente de material abiótico y en organismos vivos, siendo las
rocas y sedimentos marinos los mayores reservorios de carbono; otro gran
portador del carbono es el humus, una mezcla compleja de materia orgánica
que resulta de los organismos vivos, los mayores contenedores de carbono
son las plantas terrestres las cuales a su vez juegan un papel clave en el ciclo
del carbono y oxígeno, ambos muy relacionados e indispensables para el
equilibro ambiental y la vida aerobia sobre la tierra.
El dióxido de carbono (CO2) es el medio más rápido de transferencia del
carbono de la tierra presente en un 0.03% (Seoánez, 2002) pero en los últimos
años a aumentado como resultado de las actividades antrópicas según
Madigan et al. (2001) a niveles del 12%.
El CO2 es el sustrato indispensable para la fotosíntesis, en este primer paso
del ciclo del carbono los organismos fotoautótrofos (plantas, cianobacterias,
algas y bacterias sulfurosas verdes y púrpuras) fijan o integran el CO2 en
sustancias orgánicas en presencia de luz solar. De la misma manera los
microorganismos quimioautótrofos fijan el dióxido de carbono en sustancias
orgánicas como producto de sus actividades metabólicas para la obtención de
energía pero no requieren la luz solar.
El material orgánico, polisacáridos o carbohidratos formados en la fotosíntesis
se usan a su vez como sustrato durante el proceso de respiración para
obtener energía y producir nuevamente CO2, esta es una actividad propia de
de fototróficos y quimioheterótrofos como animales, protozoos y algunos
microorganismos de tal manera que el CO2 se transfiere de diversas maneras
de un organismo a otro en la cadena alimentaria.
CO2 + H2O → (CH2O) + O2
(luz)
CH2O + O2 → CO2 + 2H2O
(luz u oscuridad)
El carbono también retorna a la atmósfera cuando los organismos mueren y
bacterias y hongos descomponedores oxidan los compuestos orgánicos
retornando el CO2 al ciclo. Durante esta descomposición se observan dos
estados de oxidación del carbono (CH4 y CO2) donde el metano lo producen
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las bacterias metanogénicas y el dióxido de carbono quimioorganotrofos en los
procesos metabólicos de fermentación o respiración aerobia y anaerobia. En
ambientes anaerobios el metano puede ser sintetizado por metanógenos
usando como sustrato el CO2 y a su vez sirve como alimento para
microorganismos metanotrofos que lo oxidan nuevamente a CO2; de tal
manera que todo el carbono orgánico se convierte nuevamente en dióxido de
carbono que retorna a la atmósfera para que inicie el ciclo.
Figura 60. Ciclo de oxido reducción del carbono. Las flecha amarillas indican oxidaciones y las
rojas reducciones. Tomado de Madigan et al. 2003.
El ciclo del carbono es un equilibrio entre la fotosíntesis y la respiración y está
estrechamente ligado al ciclo del oxígeno, porque este elemento indispensable
para el metabolismo aerobio es producido durante la fotosíntesis de
microorganismos fotoautótrofos.
Con la extensión masiva de las actividades humanas y explotaciones mineras
todo el equilibrio ecológico del ciclo del carbono puede verse gravemente
afectado con el uso de combustibles, emisiones de CO2 y deforestación
indiscriminada de bosques que trae como consecuencia menos fotoautótrofos
que usen el dióxido de carbono y produzcan oxígeno de tal manera que en su
conjunto todos llevan a la misma consecuencia negativa: el aumento de CO2
en la atmósfera terrestre que provoca el efecto invernadero y el calentamiento
global.
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NOTA:
Por favor leer el artículo del siguiente enlace:
http://www.scielo.org.bo/pdf/reb/v41n3/v41n3a06.pdf
Lección 39. Ciclo del nitrógeno
El nitrógeno (N) es un elemento indispensable para la vida celular y las
actividades metabólicas, hace parte de los componentes de proteínas, ácidos
nucleicos y otras sustancias orgánicas. A continuación veremos las etapas que
sufre este elemento en la naturaleza durante su ciclo (figura 61).
Figura 61. Ciclo del nitrógeno (tomado de Tortora et al. 2007).
Fijación del nitrógeno
Termodinámicamente el nitrógeno gaseoso o molecular (N2) es el más estable
en la naturaleza pero a pesar que constituye un 79 % del aire que respiramos
no podemos asimilarlo directamente en esa forma para que haga parte de
nuestros componentes celulares sino que sólo unos microorganismos
específicos tienen la capacidad de tomarlo y transformarlo.
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La fijación del nitrógeno es un proceso que requiere gran cantidad de energía
mediante el cual algunas especies de bacterias o cianobacterias fijadoras de
nitrógeno convierten el nitrógeno gaseoso en amoniaco (NH3), usando una
enzima inestable a la presencia de oxígeno conocida como nitrogenasa.
N2 + 8H + + 8e − + 16 ATP → 2NH3 + H2 + 16ADP + 16 Pi
Los microorganismos fijadores de nitrógeno (N2) pueden ser de vida libre o
simbiótica.
Las bacterias de vida libre fijadoras de nitrógeno están en altas
concentraciones en la rizósfera, entre ellas la bacteria aerobia Azotobacter,
este género que tiene gran demanda de oxígeno disminuye la difusión de este
elemento al interior de la célula puesto que la nitrogenasa es anaerobia.
Beijerinckia es otra bacteria aerobia de vida libre fijadora de nitrógeno. Las
cianobacterias aerobias fotosintéticas también fijan el nitrógeno con la ayuda
de estructuras especializadas llamadas heteroquistes donde se encuentra
contenida la enzima nitrogenasa en condiciones anaerobias.
El nitrógeno molecular también puede ser fijado a amoniaco por bacterias
anaerobias de vida libre como Clostridium pasteurianum y bacterias fototróficas
rojas y verdes.
Las bacterias simbióticas fijadoras de nitrógeno tienen un papel vital en los
cultivos donde especies como Rhizobium, Bradyrhizobium y Frankia
establecen relaciones con leguminosas otorgándole el nitrógeno para que las
plantas puedan asimilarlo e incorporarlo a proteínas, ácidos nucleicos y demás
necesidades celulares.
Amonificación
Es la actividad hidrolítica de microorganismos descomponedores (bacterias y
hongos) que permite degradar proteínas (a través de proteasas) en
aminoácidos para eliminar el grupo amino presente en los monómeros de las
proteínas y convertirlos en amoniaco (NH3).
Proteínas de células muertas → aminoácidos
(descomposición microbiana)
Aminoácidos → NH3
(Amonificación microbiana)
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El amoniaco es un gas que en suelos secos se evapora y desaparece pero en
ambientes húmedos es soluble y forma iones de amonio (NH4 + ) el cual puede
ser usado por otras bacterias y plantas para sintetizar aminoácidos.
NH3 + H2O → NH4 + OH → NH4 + + OH -
Nitrificación
Es la oxidación del amonio a nitrato (NO3 - ) por bacterias nitrificantes del suelo.
Se realiza en dos etapas, en la primera fase especies de Nitrosomonas oxidan
el nitrato y lo convierten a nitrito (NO2 - ).
NH4 + → NO2 -
Luego en la segunda etapa bacterias de Nitrobacter oxidan el nitrito a nitrato,
una fuente de nitrógeno móvil y asimilable para la síntesis de proteínas. El
amonio es un ión que requiere menos energía para hacer parte de la
constitución de las proteínas pero al tener una carga positiva es atrapado por
las partículas de arcilla con carga negativa, mientras que los iones de nitrato
están libres en el suelo y dispuestos para ser asimilados.
NO2 - → NO3 -
Desnitrificación
Como vimos en lecciones anteriores ciertos microorganismos (Pseudomonas,
Bacillus) usan el nitrato (NO3 - ) como aceptor final de electrones en su
metabolismo o respiración anaerobia, éstos tienen la capacidad de revertir el
proceso de nitrificación, es decir reducen el nitrato a nitrógeno molecular o
gaseoso que se libera a la atmosfera.
NO3 - → NO2 - → N2O → N2
A pesar que para la agricultura no representa un beneficio cuando los campos
fertilizados con nitratos son inundados por las lluvias, porque el agua crea
ambientes anóxicos que favorece la desnitrificación; sino existiera este proceso
biológico todo el nitrógeno gaseoso de la tierra se habría disuelto en los
océanos dejando sin fuente de N a la vida continental.
Las desnitrificación es un proceso biológico útil para el tratamiento de aguas
residuales porque la reducción del nitrato desfavorece en crecimiento de algas
cuando el agua se descarga en otras fuentes de agua y la eutrofización.
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NOTA:
Por favor leer el siguiente artículo:
http://www.elementos.buap.mx/num38/pdf/43.pdf
Lección 40. Ciclo del azufre
Es un proceso donde el azufre (S) sufre una serie de conversiones en su
estado de oxidación, permitiéndole a ciertos microorganismos obtener energía
de sustancias inorgánicas, es similar al del nitrógeno porque también pasa por
varios estados de oxidación. La forma más reducida del azufre es sulfuro de
hidrógeno (H2S), una fuente de energía para bacterias anaerobias autótrofas
que lo convierten en azufre elemental (S0) o en sulfatos (SO4 -2 ), ver la figura
62. El azufre presente mayoritariamente en los mares está en forma de sulfato
inorgánico, en sedimentos y rocas (como el yeso, CaSO4 .2H2O) o en
minerales de sulfuro (como la pirita FeS2).
Figura 62. Ciclo del azufre. Tomado del enlace: http://microgaia.blogspot.com/2009/11/micro-
cazadores-segunda-parte.html
El ciclo del azufre se presenta en condiciones aerobias y anaerobias. Primero
el sulfuro de hidrógeno (H2S) un gas muy volátil es reducido a sulfato por
bacterias reductoras de sulfato (Beggiatoa, Thiobacillus). Las bacterias
reductoras usan compuestos con azufre o el azufre elemental como aceptor
final de electrones en la cadena transportadora durante el proceso de
respiración anaerobia para la obtención de ATP. Muchas de estas bacterias
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viven en ambientes anaeróbicos como los lodos, donde el H2S produce el color
oscuro y el olor a huevo podrido.
H2S → S 0 → SO4 -2
La conversión del H2S a SO4 -2 está mediada por dos tipos de bacterias. Las
quimioautótrofas, generan ATP oxidando los compuestos que contienen azufre
para obtener como producto final el sulfato pero también un intermediario
conocido como azufre elemental. Las bacterias fotótrofas realizan las mismas
reacciones anaeróbicamente e incluso pueden oxidar también el azufre
elemental.
Beggiatoa usa el sulfuro de hidrógeno para reducir el dióxido de carbono,
mientras que Thiobacillus lo usa como fuente de energía para producir sulfato y
ácido sulfúrico.
En condiciones anaerobias y preferiblemente en materia orgánica se produce
la misma reacción pero por bacterias fototróficas rojas y verdes. La forma en la
que está presente el sulfuro en la naturaleza depende del pH, es decir, en pH =
7.0 predomina H2S, mientras a pH > 7.0 predominan las formas HS - y S 2- .
Estas reacciones están implicadas cuando se vierten al mar lodos, basuras y
aguas residuales los cuales aumentan la cantidad de materia orgánica de los
sedimentos favoreciendo la contaminación (Madigan et al. 2001).
El sulfato (SO4 -2 ) puede ser utilizado por plantas y bacterias para incorporarlo a
los aminoácidos o proteínas que tienen los puentes disulfuro (asimilación),
luego tras la muerte celular microorganismos descomponedores degradan las
proteínas y permiten que el azufre se libere como H2S (desasimilación o
desulfurilación) para volver de nuevo al ciclo (figura 63). Estos procesos
pueden darse en condiciones aerobias o anaerobias.
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Figura 63. Ciclo de oxido reducción del azufre. Flechas amarillas reacciones de oxidación y
rojas de reducción. DMSO: dimetilsulfóxido y DMS: dimetilsulfuro. (Tomado de Madigan et al.
2003).
Luego el sulfato también puede reducirse por la acción de bacterias
(Desulfovibrio o Desulfobacter) en condiciones anoxigénicas a sulfuro de
hidrógeno. El azufre elemental se reduce u oxida por Desulfuromonas o
archaeas en condiciones anaerobias o se usa como fuente de energía
inorgánica por bacterias como Beggiatoa.
SO4 -2 → H2S
S 0 → H2S
Todas las reacciones del ciclo del azufre son aprovechadas para el tratamiento
de aguas residuales, lodos o incluso cultivos donde a suelos muy alcalinos se
les añade azufre de tal manera que las bacterias puedan bajar el pH mediante
la oxidación del azufre que genera ácido sulfúrico (H2SO4).
S + 11/2 O + H2O → H2SO4
El azufre elemental también es un producto con valor comercial usado como
materia prima en la industria química para la producción de H2SO4.
NOTA:
Por favor ver el siguiente video:
http://www.youtube.com/watch?v=9kUNmx4JBkA
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CAPÍTULO 9. Aplicaciones de la microbiología ambiental
Lección 41. Tratamiento de residuos sólidos
Como resultado de las actividades antrópicas en distintas áreas (industria,
agricultura, doméstica, etc) se generan una serie de excedentes “no útiles”
conocidos como residuos, los cuales según el estado de agregación de la
materia o estado predominante pueden dividirse en aguas residuales,
emisiones a la atmósfera y residuos sólidos. Los residuos sólidos pueden tener
varios estados de agregación, es decir, pueden contener gases o líquidos
contenidos en ellos (Rodríguez y Córdova, 2006). Según Campos, (2000) los
residuos sólidos pueden clasificarse en municipales o urbanos, industriales y
peligrosos.
Residuos sólidos municipales
Su composición varía de acuerdo a la zona, época del año, población, etc.
Entre este tipo de residuos podemos encontrar: residuos de construcción y
demoliciones, residuos especiales (de calles, jardines, etc), desperdicios
(papel, cartón, plástico, vidrio, etc) y residuos orgánicos (provenientes de
comida como frutas, verduras, cereales, etc), cenizas y residuos (material
sobrante de quema de combustibles).
Residuos Industriales
Son aquellos que generan las actividades industriales y pueden incluir las
clasificaciones descritas arriba.
Residuos peligrosos
Son aquellos que por su naturaleza producen daño a seres humanos, animales
o plantas. Este tipo de residuos pueden ser corrosivos, reactivos, tóxicos o
incandescentes.
Para minimizar el impacto de este los residuos en el ecosistema y en la salud
pública los desechos sólidos son tratados con un conjunto de operaciones
físicas, químicas, biológicas o térmicas que tienen como finalidad disminuir o
eliminar su potencial peligroso, reutilizar desechos o adaptar sus propiedades
físicas, químicas o biológicas a los requerimientos de su disposición final
(Campos, 2000).
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La disposición de residuos sólidos tiene varias alternativas, entre ellas el
relleno sanitario, el compostaje y la incineración. En este módulo nos
enfocaremos en el proceso de compostaje donde los microorganismos tienen
un papel protagónico e indispensable.
Compostaje o compost
Los residuos sólidos usualmente se disponen en grandes terrenos donde se
forman “montañas de basura” generando condiciones anaerobias que afectan
la biodegradación de compuestos orgánicos, sin embargo en estas condiciones
se pueden desarrollar microorganismos metanógenos que producen metano
(este compuesto puede utilizarse como fuente de energía para industrias y
hogares); los metanógenos también descomponen el lodo de aguas residuales.
Pero, aunque produce ciertos beneficios el objetivo primordial es disminuir la
cantidad de residuos sólidos, en este sentido y para lograr un mejor manejo la
cantidad de compuestos orgánicos pueden disminuir si se separan de la
sustancias biodegradables para formar composta o composta (figura 64).
Mark Coyne (1999), propone varias definiciones para compostaje: Es una
aceleración de los procesos de mineralización de la materia orgánica. Desde
un punto de vista práctico es un proceso que convierte los residuos orgánicos
en formas adecuadas para aplicaciones al suelo. O una última definición
relacionada directamente con la microbiología donde dice que es un proceso
microbiano en el cual el residuo orgánico nocivo se convierte en un compuesto
estable similar al humus.
El compostaje tiene varias ventajas, entre ellas:
∑ Reduce el volumen de los residuos.
∑ Disminuye la demanda biológica de oxígeno (DBO).
∑ Mejora las características físicas y hace más fácil el manejo.
∑ Reduce los patógenos de humanos, animales y plantas además de eliminar
semillas de malas hiervas
∑ Reduce el uso de la tierra para rellenos sanitarios y para la aplicación
superficial de residuos.
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Figura 64. Pila de compost. Formada a partir de residuos municipales (tomado de Tortora et al.
2007).
Para realizar el compostaje primero hay que separar la materia orgánica de la
inorgánica y se forman pilas de compostaje para facilitar el proceso biológico
de los organismos presentes en ella.
El proceso de compostaje se inicia con quimioheterótrofos mesófilos (bacterias
y hongos) que oxidan aeróbicamente los residuos y como resultado de este
metabolismo aumentan la temperatura en pila, permitiendo entonces el
desarrollo de microorganismos termofilicos (actinomicetos); eventualmente la
temperatura del compost disminuye de tal manera que se reestablecen los
mesófilos (hongos y actinomicetos) para que consuman los sustratos
disponibles. La temperatura de una pila puede subir de 76-80 °C, este
incremento permite la muerte de muchos microorganismos patógenos pero
usualmente se trabaja con temperaturas de 60 y 65 °C, por ésto para prevenir
el exceso de calor se emplea la aireación o el riego.
Dentro de las bacterias importantes del compostaje están, Bacillus
stearothermophilus, Clostridium thermocellum, Thermomonospora y
Thermoactinomyces. Entre los hongos, Geotrichum, Aspergillus y Mucur.
Coyne, (1999) menciona que para un proceso de compostaje óptimo es
importante que se tengan las siguientes consideraciones:
Tipo y composición de materia orgánica
En este aspecto se considera el tamaño de la partícula, hidrofobicidad y tipos
de enlaces químicos. La descomposición en el compostaje es proporcional al
área de superficie e inversamente proporcional al tamaño de la partícula, de tal
manera que en partículas más pequeñas se incrementa la tasa de
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descomposición; el tamaño óptimo está entre 0.65-2.54 cm, porque partículas
más pequeñas intervienen con la aireación y más grandes no son reactivas.
Los compuestos insolubles e hidrofóbicos son más resistentes a la
descomposición que los solubles e hidrofílicos. Otros elementos como los
metales pesados o tóxicos también pueden afectar el compostaje.
Disponibilidad de microorganismos
El proceso de compostaje puede beneficiarse si el compost se inocula con una
mezcla de microorganismos (bacterias, hongos y actinomicetos mesófilos y
termófilos) y con esto se garantiza una mezcla o cantidad representativa.
Aireación
La
descomposición
de
compuestos
orgánicos
se
facilita
en
condiciones
aerobias.
La proporción de carbono, nitrógeno y fósforo
La proporción adecuada de C:N para iniciar el material de compostaje es de
30:1 ó 40:1, aunque también se usan proporciones bajas 20:1. Proporciones
muy altas pueden inmovilizar el nitrógeno mientras que más bajas causan una
pérdida del nitrógeno por volatilización. La proporción recomendada de C:P es
de 100:1 a 150:1.
Temperatura
El proceso de compostaje se da en dos rangos de temperatura, un rango
mesófilo desde 10 a 45°C y un rango termófilo de 55 – 60°C. La temperatura
es un aspecto crítico durante el compostaje ya que ella regula el crecimiento y
metabolismo de microorganismos benéficos y no benéficos. El aumento de
temperatura es muy útil para matar a microorganismos patógenos, con este fin
usualmente se pueden trabajar a 70 °C por 2 horas. La temperatura óptima
para mantener el equilibrio de la microbiota termofílica es de 60 a 65 °C. La
aireación y el riego ayudan a mantener la temperatura óptima.
pH
El pH ideal es de 6.5 -7.2 para el desarrollo y metabolismo de la mayoría de los
microorganismos benéficos para el compostaje.
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NOTA:
Por favor leer los siguientes artículos:
http://ojs.uo.edu.cu/index.php/cq/article/viewFile/2648/2178
http://www.scielo.cl/pdf/infotec/v18n6/art10.pdf
Lección 42. Tratamiento de agua potable
El agua es vital para la sostenibilidad en todos los seres vivos y puede
constituirse en una fuente de enfermedades para plantas, animales y el
hombre; por ésto se constituye en un objetivo importante de la salud pública.
En la actualidad para lograr la potabilización del agua se han desarrollado
varios métodos o tratamientos microbiológicos, químicos y físicos que eviten al
máximo muchas enfermedades.
Para determinar la pureza del agua no es práctica la búsqueda de
microorganismos patógenos porque si estos están presentes en pequeñas
cantidades es posible que no sean detectados en las muestras analizadas. Por
este motivo los estudios de microbiología de aguas están concentrados en la
detección de microorganismos indicadores, especialmente de aquellos
presentes en grandes cantidades en las heces humanas, de tal manera que
puedan sobrevivir del mismo modo que los patógenos y se relacione su
detección en la muestra con la presencia de patógenos humanos que ponen en
riesgo la salud pública. Los microorganismos indicadores asociados al tracto
gastrointestinal son los coliformes.
Los coliformes son bacterias gramnegativas, bacilares, no esporuladas,
muchas de ellas entéricas, aerobias o anaerobias facultativas capaces de
fermentar la lactosa con la producción de gas (CO2) a 35 °C. Para evitar la
confusión con coliformes no entéricas, en las pruebas de potabilización del
agua se buscan las coliformes fecales. Entre estos microorganismos se
destaca uno de los más estudiados, la bacteria Escherichia coli (bacteria
intestinal frecuente) y Klebsiella pneumoniae (patógenos intestinal), entre otras.
En general cuando en una muestra se detectan coliformes esto indica que hay
contaminación fecal y por lo tanto no es acta para el consumo humano, de tal
manera que el agua requiere un tratamiento para su consumo.
Métodos para la detección de coliformes
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Los métodos más usados para detectar la presencia de coliformes fecales en
el agua se basa en la capacidad de este tipo de bacterias para fermentar la
lactosa.
El método de filtración por membrana (descrito en lecciones anteriores) es un
método directo y seguro donde el agua (unos 100 ml de muestra) se hace
pasar a través de un filtro o membrana estéril que tienen el tamaño de poro
indicado para retener bacterias. Luego la membrana se coloca sobre la
superficie de un medio de cultivo (eosina-azul de metileno, por las siglas en
inglés EMB) que es selectivo para coliformes, terminado el periodo de
incubación se cuentan las colonias y se calculan el número de coliformes
presentes en el agua. En los sistemas de abastecimiento de agua esta prueba
debe ser negativa pero cuando se detectan indica que hubo una falla en el
sistema de filtración, cloración, o en las tuberías de distribución (Madigan
2003).
En el método del número más probable (NMP, siglas en inglés) se emplean
tubos de ensayo con medios de cultivo líquido al que se le añade la muestra de
agua. Si después del tiempo de incubación del cultivo se observa turbidez
indica que hay contaminación fecal en el agua.
Actualmente se han propuesto otros métodos para detectar la presencia de
coliformes o E. coli utilizando medios de cultivo con o-nitrofenil-β-D-
galactopiranosida (ONPG, siglas en inglés) y 4-metilumbeliferil-β-D-glucoronida
(MUG), estos son métodos muy útiles porque las bacterias coliformes producen
la enzima β-galactosidasa capaz de hidrolizar el ONPG y producir un color
amarillo que indica la presencia de coliformes en la muestra. La prueba con el
MUG se basa en la actividad que tiene la enzima β-glucuronidasa de E. coli
sobre este sustrato para formar un compuesto fluorescente de color azul
cuando se expone a la luz ultravioleta (Tortora et al. 2007).
Potabilización del agua
Por todas las implicaciones que tiene en la salud pública la calidad del agua, se
han desarrollado varias estrategias en los procesos de potabilización. El tipo de
proceso depende de la fuente de abastecimiento de agua es decir, arroyos
montañosos, ríos cristalinos, pozos, o ríos que reciben residuos municipales o
industriales como es el caso del río Magdalena en Barranquilla.
La potabilización del agua no busca obtener agua estéril sino agua libre de
microorganismos patógenos, además con parámetros físicos y químicos
establecidos por cada legislación como aceptables o tolerables.
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Acosta, (2008) propone varias etapas o pasos para el tratamiento de agua,
entre ellos están:
Captación
Aunque es preferible elegir una fuente de agua que requiera un mínimo
tratamiento, la captación del agua se escoge de acuerdo a las fuentes
disponibles (meteóricas, superficiales o subterráneas).
Sedimentación
Consiste en la precipitación de partículas sólidas o suspendidas por la acción
de gravedad después de un tiempo determinado. La sedimentación ayuda a
reducir la turbiedad, el contenido bacteriano, el color y la producción de algas
(para este fin se usa el sulfato de cobre).
Coagulación y floculación
Consiste en la aglutinación de partículas no eliminadas en la sedimentación
con la ayuda de sustancias químicas floculantes (sulfato de potasio, cloruro
férrico y sulfato de aluminio o alumbre) que forma agregados conocidos como
floc. Durante este proceso se realiza una agitación lenta por medios mecánicos
y además acidifica el agua.
Decantación
Los floc se precipitan en el fondo o base del recipiente decantador eliminando
así un gran número de virus y bacterias.
Alcalinización
Busca disminuir la acidez (aumentar el pH) lograda en la floculación, para ésto
se usa la cal, el carbonato o hidróxido de sodio.
Filtración
Consiste en el flujo del agua a través de lechos constituidos por arena fina o
carbón de antracita triturado, de tal manera que muchos microorganismos
quedan atrapados en la arena por adsorción superficial. Este proceso ayuda a
disminuir la turbiedad, los microorganismos, quistes u ovoquistes de protozoos.
Algunos sistemas también usan carbón activado para eliminar sustancias
químicas tóxicas disueltas.
Desinfección
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Consiste en la eliminación o reducción de bacterias patógenas. Para este fin
existen varios métodos: entre los físicos tenemos al calor, la radiación con luz
ultra violeta, ultrafiltrado con membranas; entre los químicos, la cloración, el
ozono, el permanganato de potasio, el exceso de cal, y la oligodinamia.
NOTA:
Por favor leer desde la página 55 hasta la 66 en el siguiente enlace:
http://books.google.com.sv/books?id=g7YIShB-
SXsC&printsec=frontcover&dq=saneamiento+ambiental+e+higiene+de+los+alimen
tos&hl=es&ei=oFGUTqDsCMy1twfOxZmABw&sa=X&oi=book_result&ct=result&re
snum=1&ved=0CCkQ6AEwAA#v=onepage&q&f=false
Lección 43. Biorremediación
El desarrollo industrial y las actividades humanas (como las agrícolas,
mineras, petroleras, manufactureras, químicas, etc) han aumentado
considerablemente la contaminación en el planeta poniendo en grave riesgo la
vida de muchas especies en los ecosistemas afectados por los contaminantes;
con los avances de la biotecnología microbiana existen nuevos procesos que
ayuden a restaurar los ambientes y minimizar en muchos casos los daños
causados, uno de ellos es la biorremediación. En esta lección nos enfocaremos
en las definiciones de los diferentes procesos que hacen parte de este
mecanismo de recuperación ambiental.
Biodegradación
En estudios de microbiología ambiental se propone varias definiciones que
profundizan en este proceso:
Madsen, (2008), asocia el término biodegradación como un “sinónimo” del
metabolismo microbiano sobre compuestos orgánicos en el que se rompen los
enlaces intramoleculares o de carbono en moléculas contaminantes orgánicas
para simplificarlas y generar compuestos inofensivos al ambiente, este proceso
microbiano está gobernado por principios termodinámicos y bioquímicos.
Como lo notará Madsen, (2008) no incluye moléculas o sustancias inorgánicas
como sustrato para los microorganismos, para ésto incluye el termino
biotransformación, definiéndolo como la alteración de la estructura molecular
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de una sustancia química (puede ser de compuestos orgánicos o inorgánicos)
usualmente por la catálisis enzimática microbiana. Las reacciones incluyen
aquellas que aumentan (condensación) o disminuyen (mineralización) el
número o complejidad de enlaces intramoleculares. Estas reacciones pueden
darse de manera intracelular o extracelularmente.
Coyne, (1998), considera que la biodegradación se refiere a el proceso de la
biorremediación en el cual los xenobióticos (compuestos químicos sintéticos
que no existen de manera natural, ejemplo, plaguicidas, plásticos, etc) son
transformados a sustancias menos tóxicas, porque el hecho que un compuesto
sea biodegradable no significada que los productos de degradación son menos
tóxicos o indeseables; por ésto lo más deseado es la mineralización donde los
compuestos tóxicos u orgánicos contaminantes se descomponen en iones
orgánicos y CO2.
Como se describió arriba y aunque algunos autores establezcan diferencia en
este tipo de terminología ambos son aceptables por la comunidad científica y la
selección de uno u otro en realidad dependen del área de estudio del
investigador.
Biorremediación
La biorremediación es el proceso de limpieza de ambientes contaminados
(Coyne, 1998) o también, es el proceso de biodegradación y biotransformación
controlado o espontáneo que busca eliminar o atenuar los contaminantes
ambientales a través de la actividad biológica en los sitios afectados (Madsen,
2008); de acuerdo al tipo de organismo que realiza la biorremediación esta
puede llamarse:
Fitorremediación
Es la descontaminación de suelos, agua o aire de sustancias orgánicas o
inorgánicas con la actividad biológica/metabólica de plantas (arbóreas,
arbustivas, herbáceas, etc) actuando solas o en simbiosis con algas
(ficorremediación) u hongos (micorremediación) para almacenar, absorber,
reducir movilidad, modificar, degradar o eliminar las sustancias tóxicas.
Entre los elementos contaminantes más utilizados con este conjunto de
tecnologías están los metales pesados, hidrocarburos, pesticidas y
herbicidas (figura 65).
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Figura 65. Sistema de fitorremediación. Para este sistema se usan 75 hectáreas de
sauces en Suecia Central: en primer plano planta de tratamiento de aguas residuales, al
fondo las albercas para aguas en invierno y campos de sauces regados con efluentes de
fangos. Tomado del enlace: http://www.fao.org/docrep/008/a0026s/a0026s11.htm
Remediación microbiana
Es la limpieza de sitios contaminados utilizando microorganismos que a
través de actividades metabólicas degradar, eliminan, acumulan o atenúan
sustancias orgánicas o inorgánicas. Para este tipo de biorremediación
Gómez, (2004) describe dos enfoques, la bioestimulación o la
bioaumentación.
En la bioestimulación se emplean microorganismos nativos (es decir,
cepas propias del sitio contaminado) a las que se les estimula el
crecimiento y actividad metabólica con la adición de nutrientes (como el
nitrógeno, fósforo o materia orgánica) o mejora de condiciones ambientales
como la circulación de oxígeno a través del bioventeo. Este enfoque es muy
útil porque por un proceso de selección natural las cepas nativas ya están
adaptadas a las condiciones ambientales. Pero en algunas situaciones las
poblaciones de cepas nativas son escasas o no realizan actividades
metabólicas que puedan actuar sobre el contaminante, como es el caso de
los suelos pobres en nutrientes, desiertos o terrenos muy contaminados; en
estas condiciones también puede biorremediarse el ambiente contaminado
con la bioaumentación.
La bioaumentación es la inoculación o adición de cepas alóctonas
(foráneas) que tengan la capacidad comprobada de degradar el
contaminante. Estas pueden ser cepas “naturales” o modificadas
genéticamente para tal fin. Este tipo de microorganismos deben tener
características específicas que aseguren la descontaminación y minimicen
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el impacto negativo en el ecosistema contaminado, entre ellas tenemos: no
puede ser patógeno, estabilidad genética, crecimiento rápido, alta
producción de enzimas, capacidad de competencia frente a las cepas
nativas y no generar sustancias tóxicas como producto de su metabolismo.
En la actualidad es muy común el uso de bacterias y hongos para degradar
compuestos como petróleo y sus derivados, sustancias químicas (benceno,
acetona, éteres, alcoholes, etc), xenobióticos (pesticidas, herbicidas, etc);
otros compuestos químicos como el PBC, cromo, pueden ser parcialmente
degradados y algunos como el uranio, mercurio o cadmio no pueden ser
biodegradados pero si almacenados y concentrados por los
microorganismos de tal manera que se puedan aislar fácilmente del
ambiente contaminado.
Respecto al sitio, la biorremediación se puede realizar “in situ”, es decir en el
lugar contaminado o “ex situ” fuera de sitio contaminado.
En la biorremediación in situ, se usan bacterias nativas o foráneas que
degraden o minimicen el potencial tóxico del contaminante en el lugar afectado.
Cuando se emplean cepas nativas se realiza un tipo de biorremediación
intrinseca o pasiva, porque depende de la capacidad de los microorganismos
para responder y metabolizar los contaminantes. Por ésto para fomentar y
mejorar la capacidad del microorganismo para transformar o biodegradar el
contaminante se usan estrategias de ingeniería que ayudan a hacer más
eficiente el proceso de biorremediación, como el control del flujo de agua,
aireación, modificaciones químicas y físicas que influyan en las poblaciones
microbianas y en el contaminante. Es importante medir la eficiencia del
proceso con el análisis químico del agua, aire o suelo contaminado. El lugar
contaminado también puede ser modificado por excavaciones, manipulaciones
hidrológicas, instalación de biorreactores o materiales que apresuren la
biorremediación (Madsen, 2008).
En la biorremediación ex situ, el contaminante debe almacenarse y trasladarse
del lugar contaminado para ser tratado. Un ejemplo de ésto es el sistema de
tratamiento de aguas municipales donde se dirigen a través de una serie de
ambientes controlados que estimulan el crecimiento y actividad metabólica
microbiana sobre los contaminantes en filtros, tanques, digestores o
biorreactores, de tal manera que las descargas a los ríos, lagos u océanos
tengan los controles físicos, químicos y microbiológicos (Madsen, 2008).
NOTA:
Por favor leer el siguiente artículo:
http://www.scielo.org.mx/pdf/rica/v23n3/v23n3a4.pdf
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Lección 44. Biodegradabilidad y efectos ecológicos
La biodegradación de compuestos contaminantes ha sido posible gracias a la
diversidad metabólica de plantas y en especial la de microorganismos; pero
este proceso de descontaminación debe hacerse de manera responsable y
minimizar en todo lo posible los riesgos. Existen varios aspectos que deben
considerarse antes de iniciar un proceso de biorremediación, Madsen, (2008)
propone los siguientes:
Características del contaminante
Estructura molecular, toxicidad, solubilidad, volatilidad y susceptibilidad al
ataque microbiano.
El sitio contaminado
Geología, hidrología, tipo de suelo, clima y presiones económicas y
políticas del propietario o causante de la contaminación.
Microorganismos
Cultivos puros, mezcla de cultivos, cepas nativas o modificadas
genéticamente, condiciones para su crecimiento y actividad metabólica.
Suplementos.
Selección de estrategia
Bioestimulación, bioaumentación o ambas. Biorremediación in situ o ex situ.
Procedimientos de ingeniería
Control del flujo de agua, aireación, sistema de biorreactores, etc.
Modificaciones químicas, físicas que influyen en la población microbiana
y en el contaminante.
Fernández, (1996) y Gómez, (2004) plantean que también se deben considerar
varios aspectos que influyen en el proceso de biodegradación:
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Biodegradabilidad del contaminante
Depende de la estructura molecular, si tiene halogenación, ramificaciones
en sus cadenas moleculares, solubilidad en agua lo cual determina la
disponibilidad del contaminante, concentración y toxicidad. Estos aspectos
son importantes porque prácticamente determinan el tiempo del proceso de
limpieza en el lugar afectado.
Presencia de componente inhibidores
Se deben considerar los inhibidores que puedan afectar el crecimiento de
los microorganismos y las actividades enzimáticas o metabólicas de los
mismos.
Poblaciones microbianas
Aunque se realice un proceso de bioaumentación también es importante
contar con poblaciones microbianas nativas que ayuden el proceso de
recuperación usando los contaminantes como fuentes nutricionales y de
energía.
Concentración de nutrientes
Nutrientes inorgánicos entre ellos el nitrógeno y fósforo influyen
notablemente en el crecimiento microbiano y esto a su vez favorece una
mayor velocidad de biodegradación y detoxificación del medio. Para cumplir
esta necesidad usualmente se emplean fertilizantes agrícolas.
Aceptores finales de electrones
Cantidades suficientes en el medio de aceptores de electrones (oxígeno,
nitratos, sulfatos, etc.) garantizan la oxidación enzimática del carbono
proveniente de los contaminantes.
Temperatura
Se debe considerar la temperatura óptima para el crecimiento de los
microorganismos presentes en el medio contaminado, de las cepas
foráneas y la de la actividad enzimática durante procesos metabólicos; de
tal manera que la población aumente con rapidez y las enzimas no se
desnaturalicen. Temperaturas lejanas a la temperatura óptima afecta el
proceso de biorremediación.
pH
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Al igual que la temperatura afecta el crecimiento de los microorganismos,
las enzimas y también la solubilidad del fósforo o metales pesados.
Usualmente se trabaja en rangos de pH de 6 – 8. Es importante mencionar
que el uso de cepas nativas es una ventaja porque ellas están adaptadas a
las condiciones en las que está presente el contaminante, mientras que las
cepas modificadas genéticamente deben alcanzar esta adaptación después
de ser inoculadas en el medio.
Concentración de oxígeno
La biorremediación se puede dar en condiciones aerobias o anaerobias
dependiendo del tipo de microorganismo biorremediador. Pero es
importante mencionar que la tasa de biodegradación en condiciones
aerobias es mucho más eficiente, 50 a 100 veces mayor que la degradación
anaerobia. Recuerde que en lecciones anteriores se estudió que el
metabolismo aeróbico es más eficiente y produce más energía.
Humedad
En el caso de los suelos es determinante en la movilidad de los nutrientes.
Poca humedad afecta la biodegradación y demasiada humedad reduce la
concentración de oxígeno y por lo tanto el crecimiento microbiano y las
actividades enzimáticas sobre del contaminante. Es importante contar con
un sistema de drenaje y aireación.
Textura y estructura del suelo
Esta relacionada con el contenido de materia orgánica y las características
físicas del suelo. Suelos de estructura franca mejoran la degradación
mientras que los arcillosos la dificultan. Para solucionar problemas de
humedad, drenaje y propiedades físicas del suelo se pueden usar
materiales como la arena, cáscara de arroz o nuez, entre otros.
Respecto a los métodos químicos donde se aprovechan las características
físicas y químicas de los contaminantes para destruirlos o aislarlos del entorno
(procesos costosos y no siempre efectivos), la biorremediación es una
excelente alternativa para recuperar ambientes contaminados. Coyne, (1998)
plantea ventajas y desventajas de la biorremediación. Entre las ventajas están:
los productos finales generalmente no son tóxicos si ocurre una mineralización
completa, la actividad biológica en los sitios contaminados se hace sin muchas
perturbaciones, es un proceso expansivo comparado con los métodos físicos
además es menos costosa y requiere menos equipos.
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Microbiología Ambiental
La biorremediación también tiene desventajas, la mayoría de ellas manejables
y controladas. En altas concentraciones de contaminantes es necesario
estimular el crecimiento de microorganismos biorremediadores, hay
limitaciones a los materiales que pueden ser tratados porque algunos son
inherentemente recalcitrantes o tóxicos, el destino de los compuestos
xenobióticos depende de las propiedades intrínsecas del contaminante, de las
poblaciones microbianas y condiciones ambientales, la biorremediación puede
afectarse es condiciones extremas, está limitada por el tiempo disponible para
el tratamiento y por último algunas veces se necesita más tiempo para
biorremediar un sitio contaminado que para tratarlo con método físicos o
químicos.
NOTA:
Por favor leer el siguiente artículo:
http://www.revistas.unal.edu.co/index.php/ingeinv/article/viewFile/15211/16006
Lección 45. Biorremediación de petróleo y otros contaminantes
Biodegradación del petróleo
El petróleo es un líquido negro viscoso de composición química diversa,
mayoritariamente de la familia de los hidrocarburos. Este compuesto de gran
utilidad para las actividades humanas, en los últimos años se ha convertido en
uno de los contaminantes ambientales que impactan gravemente a los
ecosistemas; actualmente son frecuentes los vertimientos accidentales en
tierra y agua que se extienden rápidamente de manera casi incontrolable como
es el caso de los océanos. Ante esta grave situación los microorganismos son
una herramienta valiosa e indispensable para la descontaminación de sitios
afectados por este combustible (figura 66).
La biodegradación del petróleo, desechos petrolizados y sus derivados ha sido
posible gracias a la actividad metabólica enzimática de una diversidad de
bacterias, hongos, levaduras, cianobacterias y algas que tienen la capacidad
de oxidarlo a CO2. Esta acción de los microorganismos además de
descomponerlo dispersa o desaparece la mancha sobre el sitio contaminado.
Es importante mencionar que para este tipo de contaminaciones es común
usar varias estrategias a la vez como la bioestimulación, bioaumentación o
fitorremediación.
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Microbiología Ambiental
Figura 66. Biorremediación de petróleo en suelos. Imagen de la izquierda en enero del 2008,
imagen central en junio del 2008 e imagen de la derecha en septiembre de 2008. Tomado del
siguiente enlace: http://eninteriores.com/2010/05/27/biorremediacion-opcion-contra-derrames-
de-petroleo/
El petróleo es una fuente orgánica muy rica que puede ser usada como
sustrato por muchos microorganismos en condiciones aerobias. Su
biodegradación tiene lugar en la interfase petróleo agua donde éste compuesto
está mezclado con el sustrato húmedo que facilita la acción microbiana. Para
hacer más eficiente el proceso de biorremediación es importante fertilizar la
zona afectada con compuestos inorgánicos como el nitrógeno, fósforo y
potasio. La eficiencia de la biodegradación también depende de la
disponibilidad de oxígeno y de la temperatura.
Entre los factores que afectan la biodegradación del petróleo tenemos:
Temperatura
El rango de temperatura puede variar de -2 a 35 °C, donde la velocidad de
degradación y volatilidad disminuye a medida que baja la temperatura y se
incrementa la viscosidad.
Oxígeno
La biodegradación del petróleo es mayor en condiciones aerobias que
anaeróbias. En el caso de los vertimientos marinos usualmente no es un
limitante pero cuando