166

15. Procesos Metablicos

Introduccin

Se denomina metabolismo al conjunto de reacciones qumicas controladas genticamente
que ocurren en los biosistemas y tienen por objeto mantener al biosistema alejado del
equilibrio termodinmico. Este conjunto de procesos se puede discriminar en dos
subgrupos que son complementarios y a los que se denominan Catabolismo y Anabolismo.
En la figura siguiente se describen las caractersticas generales del proceso metablico.


Los subgrupos de las reaccin son inversos y complementarios, hecho que se traduce en
una interdependencia para la cual los productos primarios del catabolismo (ATP, NADH,
NADPH y FADH
2
) son consumidos en el anabolismo, con el fin de producir metabolitos
primarios adems de ADP, NAD
+
, NADP
+
y FAD

(productos oxidados) para con esto
reiniciar el ciclo.

El catabolismo es pues la serie de reacciones en la que, como producto final del proceso, se
libera energa en forma qumica gracias a la degradacin de molculas complejas. Se
consideran vas catablicas las respiraciones aerobia, anaerobia y la fermentacin. Por su
parte, el anabolismo resume la sntesis de molculas complejas a partir de componentes
estructurales ms simples, siendo la sntesis de protenas un ejemplo de anabolismo.

Tal y como se observa en la figura siguiente, el catabolismo es un evento convergente,
mientras que el anabolismo es divergente.



167


Dos reacciones qumicas generales determinan el funcionamiento metablico de los
biosistemas. La primera denominada fotosntesis, tiene por objeto transformar la energa
lumnica en energa qumica; energa que a su vez se emplear en el mantenimiento del
desequilibrio que como se ha expresado en reiteradas ocasiones, es propio de lo viviente.
La segunda reaccin, denominada respiracin es inherente a todos los organismos y tiene
por objeto obtener energa qumica que permite la realizacin de trabajo biolgico tal y
como se resume en la figura siguiente.


El trabajo biolgico est mediado por la hidrlisis del ATP, que a su vez se produce en
cualquiera de los procesos de respiracin, como esquematiza en la figura siguiente.

Fosfol Fosfol pidos pidos
Triacilgliceroles Triacilgliceroles
Acidos Acidos grasos grasos
Fosfol Fosfol pidos pidos
Triacilgliceroles Triacilgliceroles
Acidos Acidos grasos grasos
Acetato Acetato
Acetil Acetil- -CoA CoA
Fenilalanina Fenilalanina
Isoleucina Isoleucina
Leucina Leucina
Acetato Acetato
Acetil Acetil- -CoA CoA
Fenilalanina Fenilalanina
Isoleucina Isoleucina
Leucina Leucina
IPP IPP IPP IPP
Gomas Gomas
Carotenoides Carotenoides
Colesterol Colesterol
Gomas Gomas
Carotenoides Carotenoides
Colesterol Colesterol
Colesteril Colesteril- -esteres esteres
Esteroides Esteroides
Acidos Acidos
biliares biliares
Colesteril Colesteril- -esteres esteres
Esteroides Esteroides
Acidos Acidos
biliares biliares
Mevalonato Mevalonato
Acidos Acidos grados grados
Mevalonato Mevalonato
Acidos Acidos grados grados
Eicosanoides Eicosanoides
Triacilgliceroles Triacilgliceroles
CDP CDP- -digliceridos digliceridos Fosfol Fosfol pidos pidos
Eicosanoides Eicosanoides
Triacilgliceroles Triacilgliceroles
CDP CDP- -digliceridos digliceridos Fosfol Fosfol pidos pidos
Piruvato Piruvato
Alanina Alanina
Serina Serina
Piruvato Piruvato
Alanina Alanina
Serina Serina
Acetoacetil Acetoacetil- -CoA CoA Acetoacetil Acetoacetil- -CoA CoA
CATABOLICO CONVERGENTE CATABOLICO CONVERGENTE
ANABOLICO DIVERGENTE ANABOLICO DIVERGENTE
CATABOLICO CICLICO CATABOLICO CICLICO
CO
2
CO
2
CO
2
CO
2
IPP= Isopentenil PPi
fotosntesis
E. qumica E. lumnica
Qu Qu mico mico
Biosntesis
Mec Mec nico nico
Contraccin
Transporte Transporte
Respiracin
Energa disipada al medio Energa disipada al medio
Trabajo biolgico

168

Un segundo mecanismo qumico de acumulacin de energa en los biosistemas, se
argumenta en la figura siguiente, y para la cual se compara el AG asociado a la hidrlisis de
los dos tipos de steres posibles en los biosistemas. Como se puede observar, la liberacin
de energa que est asociada al tioester es mayor, lo que hace fcilmente sustentable desde
la perspectiva evolutiva su presencia universal.

En la figura siguiente se presenta la estructura correspondiente al Acetl Coenzima A.

Molculas
combustibles
O O
2 2
CO CO
2 2
+ H + H
2 2
0 0
R
e
s
p
i
r
a
c
i

n
ADP+Pi
ATP
Contraccin Transporte
Biosntesis
ATP + H
2
O ADP + Pi AG = -7.3 Kcal/mol

169
El Catabolismo

Los procesos catablicos se dividen en tres grandes fases. En la primera, que como ya se
dijo es de condensacin, se tiene por objeto producir Acetil-CoA. De los tres grandes
grupos de metabolitos primarios (azcares, lpidos y protenas) se conocen rutas
bioqumicas que conducen a esta biosntesis degradativa. La segunda fase comprende las
reacciones que conducen hacia la oxidacin del Acetil-CoA previamente sintetizado. En la
tercera y ltima fase se da el transporte de los electrones, proceso tras el cual se de la
sntesis de energa qumica. El siguiente esquema presenta un resumen del proceso general
del catabolismo.





Amino Amino
cidos cidos
Acidos Acidos
grasos grasos
Glucosa Glucosa
Glic Glic lisis lisis
Piruvato Piruvato
Acetil Acetil- -CoA CoA
CO CO
2 2
e e
- -
e e
- -
e e
- -
e e
- -
Citrato Citrato
CO CO
2 2
NADH NADH
FADH FADH
2 2
CO CO
2 2
e e
- -
e e
- -
e e
- -
e e
- -
e e
- -
Oxaloacetato Oxaloacetato
Ciclo del Ciclo del
cido C cido C trico trico
e e
- -
Cadena Transportadora de Cadena Transportadora de
electrones electrones
ADP + ADP + Pi Pi ATP ATP
FASE I FASE I
Producci Producci n de n de Acetil Acetil- -CoA CoA
FASE II FASE II
Oxidaci Oxidaci n del n del Acetil Acetil- -CoA CoA
FASE III FASE III
Transferencia de electrones Transferencia de electrones
Fosforilaci Fosforilaci n oxidativa n oxidativa
2H
+
+ O
2
H
2
O

170

El catabolismo se puede describir en trminos de la geogrfica celular de eucariotes de la
siguiente manera.









Fase I. Produccin del Acetl-CoA.


Durante la gluclisis -que ocurre en el citosol- y que constituye la primera parte de esta
fase de produccin del Acetil-CoA, una molcula de glucosa que debe ser transportada al
interior, es degradada hasta formar dos molculas de piruvato. En estos eventos se da la
produccin neta de dos molculas de ATP por fosforilacin al nivel del sustrato y
simultneamente se obtienen cuatro tomos de hidrgeno que se extraen de la molcula de
glucosa y se emplean para producir dos de NADH. En el esquema siguiente se indican las
reacciones correspondientes.
Gluc Gluc
ext ext
Gluc Gluc
int int
glic glic lisis lisis
Piruvato Piruvato
Lactato/Etanol Lactato/Etanol
anaerobiosis anaerobiosis
Citosol Citosol
Piruvato Piruvato Acetil Acetil- -CoA CoA
Ciclo
de
Krebs
CO CO
2 2
Ciclo
de
Krebs
CO CO
2 2
O O
2 2
O O
2 2
H H
2 2
O O
CO CO
2 2
Mitocondria Mitocondria
LOCALIZACIN CELULAR

171

Fase II. Oxidacin del Acetil CoA

Obtenido el piruvato y dependiendo de las condiciones celulares (presencia o no de oxgeno
molecular), se contina con la segunda parte que es consecutiva a la formacin del
producto de la fase I. Esta nueva fase involucra al denominado complejo piruvato
deshidrogenasa para descarboxilar al piruvato y finalmente obtener el Acetil-CoA, segn se
describe en la siguiente figura. Para que se de la reaccin, el piruvato debe ser transportado
al interior de la mitocondria.
(2) (2)
(2) (2)
(2) (2)
(2) (2)
(2) (2)
Glucosa Glucosa
6 6- - Glucosa Glucosa
Fructosa Fructosa- -6 6- -fosfato fosfato
Fructosa Fructosa- -1,6 1,6- -difosfato difosfato
Gliceraldehido Gliceraldehido- -3 3- -fosfato fosfato
Dihidroxi Dihidroxi- -acetona acetona - -3 3- -fosfato fosfato
1,3 1,3- - Bifosfoglicerato Bifosfoglicerato
3 3- -Fosfoglicerato Fosfoglicerato
2 2- -Fosfoglicerato Fosfoglicerato
Fosfoenol Fosfoenol- -piruvato piruvato
Piruvato Piruvato
(2) (2)
(2) (2)
(2) (2)
(2) (2)
(2) (2)
Glucosa Glucosa
6 6- - Glucosa Glucosa
Fructosa Fructosa- -6 6- -fosfato fosfato
Fructosa Fructosa- -1,6 1,6- -difosfato difosfato
Gliceraldehido Gliceraldehido- -3 3- -fosfato fosfato
Dihidroxi Dihidroxi- -acetona acetona - -3 3- -fosfato fosfato
1,3 1,3- - Bifosfoglicerato Bifosfoglicerato
3 3- -Fosfoglicerato Fosfoglicerato
2 2- -Fosfoglicerato Fosfoglicerato
Fosfoenol Fosfoenol- -piruvato piruvato
Piruvato Piruvato

172
A partir del Acetil-CoA generado se da una condensacin con el oxaloacetato para formar
el citrato y as iniciar dos procesos de descarboxilacin hasta formar nuevamente el
oxaloacetato.

El sistema es controlado enzimticamente a travs de efectos alostricos tal y como se
indica en el siguiente esquema.
Inhibicin
Induccin
Inhibicin
Induccin
Inhibicin
Induccin

173
Fase III

A partir de los productos reducidos formados (NADH, FADH
2
) se da inicio a la tercera y
ltima fase, que corresponde a la fosforilacin oxidativa y que se resume a continuacin.
En resumen, durante la respiracin aerobia se oxida una molcula de combustible como la
glucosa para formar dixido de carbono y agua. La respiracin aerobia es un proceso redox
en el cual se transfieren electrones de la glucosa (que se oxida) al oxgeno (que se reduce).

En la respiracin aerobia se producen entre 36 y 38 molculas de ATP por cada glucosa.
Las reacciones qumicas de la respiracin aerobia ocurren en cuatro etapas, a saber:
gluclisis, formacin de AcetilCoA, ciclo del cido ctrico y cadena de transporte de
electrones/quimismosis.

En la gliclisis se degrada la molcula de glucosa para generar dos piruvato. Cada una de
las dos molculas de piruvato libera una de dixido de carbono, y los grupos acetilo
residuales se combinan con coenzima A, para producir dos molculas de acetilCoA. Se
forma una molcula de NADH al convertirse cada piruvato en acetilCoA.

Cada AcetilCoA entra en el ciclo del cido ctrico y se combina con un compuesto de
cuatro carbonos, el oxalacetato, con la formacin de citrato, que es un compuesto de seis
carbonos. Por cada molcula de glucosa entran en el ciclo dos de acetilCoA. Por cada dos
carbonos que entran en el ciclo como parte de una AcetilCoA, dos salen como dixido de
carbono. Adicionalmente, por cada AcetilCoA se transfieren hidrgenos a tres NAD
+
y un
FAD; slo un ATP se produce por fosforilacin a nivel del sustrato. Los tomos de
hidrgeno (o sus electrones) disociados de las molculas de combustible, se transfieren de
un aceptor de electrones a otro en la cadena de transporte de electrones localizada en la
Membrana externa Membrana externa
Permeable para pequeas
molculas e iones.
Membrana interna Membrana interna
Impermeable a muchas
pequeas molculas e iones,
incluyendo H+.
Contiene:
Cadena transportadora de
electrones
ADP-ATP translocasas
ATP sintetasa
Matriz Matriz
Contiene:
Complejo piruvato
deshidrogenasa
Enzimas ciclo de citrato
Enzimas |oxidacin
Enzimas oxidativas de
aminoacidos
ADN, ribosomas
ATP, ADP, P y metabolitos
intermediarios.
Ribosomas
Canales
ATP sintetasa
Crestas
Membrana externa Membrana externa
Permeable para pequeas
molculas e iones.
Membrana interna Membrana interna
Impermeable a muchas
pequeas molculas e iones,
incluyendo H+.
Contiene:
Cadena transportadora de
electrones
ADP-ATP translocasas
ATP sintetasa
Matriz Matriz
Contiene:
Complejo piruvato
deshidrogenasa
Enzimas ciclo de citrato
Enzimas |oxidacin
Enzimas oxidativas de
aminoacidos
ADN, ribosomas
ATP, ADP, P y metabolitos
intermediarios.
Ribosomas
Canales
ATP sintetasa
Crestas
Membrana externa Membrana externa
Permeable para pequeas
molculas e iones.
Membrana interna Membrana interna
Impermeable a muchas
pequeas molculas e iones,
incluyendo H+.
Contiene:
Cadena transportadora de
electrones
ADP-ATP translocasas
ATP sintetasa
Matriz Matriz
Contiene:
Complejo piruvato
deshidrogenasa
Enzimas ciclo de citrato
Enzimas |oxidacin
Enzimas oxidativas de
aminoacidos
ADN, ribosomas
ATP, ADP, P y metabolitos
intermediarios.
Ribosomas
Canales
ATP sintetasa
Crestas

174
membrana mitocondrial interna.

A nivel mitocondrial se tiene: 1) Formacin de agua cuando el oxgeno se combina con H
+

y con electrones de la cadena de transporte. 2) Segn el modelo quimiosmtico, parte de
la energa de los electrones transferidos en la cadena de transporte se usa para generar un
gradiente de protones a travs de la membrana mitocondrial interna. 3) La difusin de los
protones de un lado a otro de la membrana, desde el espacio intermembranoso hacia la
matriz mitocondrial (a travs de conductos formados por el enzima ATP sintasa)
proporciona la energa necesaria para la sntesis de ATP.

Adems de la glucosa, otros nutrimentos orgnicos se convierten en los compuestos
adecuados y pasan a la gluclisis o al ciclo del cido ctrico. Los aminocidos
experimentan desaminacin, y sus esqueletos de carbono se convierten en intermediarios
metablicos de la gluclisis y el ciclo del cido ctrico. Tanto el glicerol como los cidos
grasos, que componen a los lpidos se oxidan como combustible. Los cidos grasos se
convierten en molculas de acetilCoA por el proceso de |-oxidacin.

En la respiracin anaerobia, se transfieren electrones de las molculas de combustible a
una cadena de transporte; el aceptor final de electrones es una sustancia inorgnica como
nitrato o sulfato y nunca oxgeno molecular.

La fermentacin es un proceso anaerobio en el que no participa una cadena de transporte
de electrones. Hay una ganancia neta de apenas dos molculas de ATP por cada una de
glucosa (producidas durante la gluclisis). Para mantener el aporte de NAD
+
necesario para
la gluclisis, se transfieren hidrgenos del NADH a un compuesto orgnico derivado del
nutrimento inicial. Las clulas de levadura realizan la fermentacin alcohlica en la que
alcohol etlico y dixido de carbono son los productos de desecho. Algunos hongos,
bacterias y clulas animales realizan la fermentacin lctica, en la cual se agregan tomos
de hidrgeno al piruvato y se forma lactato como producto de desecho.

En el siguiente esquema se presenta el mecanismo general para las fermentaciones
alcohlica y lctica.


175




En las pginas siguientes se da cuenta de los procesos generales del catabolismo para los
tres tipos de metabolitos primarios.

176


177
ACTIVIDAD CATABOLICA EN LIPIDOS

178
ACTIVIDAD CATABOLICA EN PROTEINAS



179
El Anabolismo

Al considerar el origen etimolgico de la palabra anabolismo se tiene que el prefijo ana
significa de nuevo y el sufijo ismo actividad o movimiento. El anabolismo entonces se
refiere a sntesis de molculas complejas a partir de molculas simples. Los procesos
anablicos son generalmente reductivos y proceden simultneamente con el catabolismo,
constituyendose el metabolismo (como un todo) en un proceso dinmico que llega a
convertirse en un ESTADO ESTACIONARIO entre la produccin y el consumo de
energa.

Si bien los procesos anablicos son esencialmente contrarios a los catablicos y poseen
algunas reacciones compartidas y reversibles, esencialmente se consideran vas diferentes.
Un ejemplo claro de anabolismo est representado por la GLUCONEOGNESIS que
consiste en la formacin de glucosa a partir de precursores no hexsicos.

La gluconeognesis sucede en todos los tipos de organismos: animales, plantas, hongos y
microorganismos, siendo esencialmente la misma secuencia para todos los casos. Al
considerar la gluclisis se tiene que bsicamente tres reacciones son irreversibles:

La primera se da al inicio de la secuencia e involucra una fosforilacin:


1. GLU GLU-P (HEXOQUINASA)


La segunda reaccin igualmente compromete una fosforilacin:

2. FRU-P FRU-2P (FOSFOFRUTOQUINASA)


La tercera y ltima reaccin igualmente compromete a quinasa


3. FOSFOENOLPIRVICO PIRVICO (PIRUVATO QUINASA)

En el grfico de la pgina siguiente se presenta el esquema general de la gluconeognesis
con los tres puntos de control claramente definidos.




180




181
El segundo ejemplo de procesos ANABLICOS se centra en el caso de los lpidos, para los
cuales se tienen dos tipos de rutas igualmente definidas: Biosntesis de cidos
grasos/eicosanoides y la va de los terpenoides. En ambos casos se parte de la unidad
estructural Acetil~CoA, pero mientras en el primero la unidad estructural es evidente y de
all deriva el nombre polictidos, en el segundo la unidad estructural corresponde a un
compuesto de 5 carbonos (unidad isoprnica) que es derivado del mevalonato y del cual
recibe el nombre la ruta.


En la figura de la pgina siguiente se indica el modelo general de biosntesis de cidos
grasos. Como se puede ver, el iniciador del proceso es un complejo compuesto por:
Sintetasa de Acidos Grasos, una molcula de malonil CoA y una molcula de Acetil CoA.
En la molcula de malonil se presenta un buen grupo saliente (carboxilato) que estimula el
ataque nucleoflico sobre el grupo carbonilo del Acetl unido al enzima. Este proceso se
repite cuantas veces sea necesario segn sea el tamao del a. graso. Del grfico igualmente
se pueden destacar dos hechos: 1) La formacin del malonil CoA y 2) la reduccin de la
unidad de dos carbonos que se incorpora a la cadena.

La sntesis de terpenoides se describe en la pgina 17. En el recuadro se indican tanto los
modelos de regulacin de la ruta como los carbonos que resultaran marcados cuando se
emplean precursores marcados en el carbono carboxilato.


182




183
El tercer y ltimo ejemplo de procesos anablicos se refiere a protenas y aminocidos.
Esta ruta biosinttica general est relacionada directamente con el ciclo del nitrgeno, que a
su vez es dependiente del proceso denominado fijacin del nitrgeno. En trminos macro
el proceso de fijacin se describe en el siguiente esquema.

Al considerar la biosfera, se tiene que la fijacin del nitrgeno juega un papel clave en la
disposicin de aminocidos y protenas a lo largo de la cadena trfica, por lo que es
indispensable considerarlo y fundamentalmente porque la reserva ms importante del
nitrgeno est en la atmsfera. Se estima que el total de nitrgeno fijado anualmente en la
biosfera excede los 10
11
kg.

Muy pocos organismos, concretamente procariotes estn en capacidad de fijar el nitrgeno
atmosfrico. Estos organismos se restringen a su vez a los grupos: cianobacter, azobacter y
bacterias fijadoras simbiontes con races de leguminosas.

La reduccin de nitrgeno hasta amonio es un proceso exergnico


N
2
+ 3H
2
2NH
3
AG = -33,5 Kj/mol


Se estima que la gran estabilidad del triple enlace del nitrgeno es lo que requiere de una
gran cantidad de energa de activacin. Industrialmente -proceso de Haber- solo es viable a
condiciones extremas: 400-500 C y altas presiones. Paradjicamente en la condicin
biolgica el proceso ocurre a 0,8 atm de Nitrgeno y la denominada temperatura biolgica .
La reaccin general en el caso biolgico es

N
2
+ 10 H
+
+ 8e
-
+ 16 ATP 2 NH
4
+
+ 16 ADP + 16 Pi + H
2


184
La reduccin biolgica que recibe el
nombre de fijacin es responsabilidad
de un complejo proteico altamente
conservado denominado COMPLEJO
NITROGENASA cuyos componentes
claves son dinitrogenasa reductasa y la
dinitrogenasa. Ver figura al costado

El enzima dinitrogenasa reductasa
corresponde a un dmero con dos
subunidades idnticas que poseen un
centro redox (4Fe-4S) que se reducen u
oxidan por accin de un electrn y es
dependiente de ATP. El papel del ATP
se asocia con el incremento en el papel
reductor de -250 a -400 mv lo que
posibilita la transferencia de electrones
hasta la dinitrogenasa. Este complejo es
extremadamente susceptible a la
presencia de oxgeno.

El nitrgeno reducido biolgicamente y
que se encuentra en forma de NH
4
+
es
asimilado por los organismos al
incorporarlo en la formacin de
aminocidos. En este sentido, los
aminocidos glutamato y glutamina se
constituyen en los puntos crticos de esta
ruta anablica: El glutamato es la fuente
de grupos amino para una cantidad
importante de aminocidos por la va de
trasaminacin, mientras que el grupo N
amida en la glutamina es fuente de
grupos amino para otras biomolculas.

La biosntesis de glutamato-glutamina est muy generaliza en toda la escala biolgica,
siendo el punto crtico la asimilacin que involucra dos reacciones. La primera catalizada
por la glutamina sintetasa y que se da en dos etapas:

glutamato P + ATP glutaril-P + ADP
glutaril-P + NH
4
+
glutamina + Pi + H
+


E glutamato + NH4
+
+ ATP glutamina + ADP + Pi + H
+



La glutamina sintetasa se ha reportado en todos los tipos de organismos y en mamferos se

185
le atribuye un papel destoxificador al fijar el amonio libre para ser transportado en sangre.
Adicionalmente se estima que este enzima constituye el PUNTO PRIMARIO DE
REGULACIN del metabolismo del nitrgeno. Al estudiar con detenimiento el caso de E
coli se tiene que est compuesto por 12 subunidades iguales de Mr 50.000 y que se regula a
dos niveles: 1) Nivel alostrico y 2) Modificacin covalente. En la figura siguiente se
describen ambos fenmenos.


La regulacin por modificacin covalente, lo que realmente posibilita, es afianzar la
regulacin alostrica. Para el caso descrito como a) se realiza una adenilacin del enzima a
nivel del residuo tirosina. El efecto ser mayor cuan mayor sea el nmero de subunidades
adeniladas. El equilibrio adenilacin-desadenilacin es promovido por el enzima
adeniltransferasa (AT). La actividad de adenilacin est modulada por la unin con una
protena (P
II
) que a su vez es regulada por una uridilacin, esto ltimo realizado por un
enzima simple llamada Uridiltrasferasa (UT), proceso que igualmente est regulado. Ver
esquema parte b).


(a)

186
La biosntesis de un aminocido supone la fusin de dos rutas: Por un lado intermediarios
de la gluclisis, ciclo de Krebs y va pentosas y por el otro la incorporacin de nitrgeno
va glutamato-glutamina, tal y como se denota en la figura y tabla siguientes.



Una vez se ha realizado la sntesis biolgica de aminocidos el sistema se enfoca hacia la
sntesis proteica, que en general se compone de 5 etapas generales:

1 Activacin de los aminocidos
2 Iniciacin de la cadena polipeptdica
3 Elongacin de la cadena
4 Terminacin de la cadena
5 Plegamiento y procesos postraduccionales.

Se estima que la sntesis de protenas es el ms complejo de los procesos biosintticos. En
eucariotas involucra cerca de 70 diferentes protenas ribosomales, 20 o ms para la
activacin de los aminocidos, al menos una docena de enzimas estn involucrados en las
etapas de iniciacin, elongacin y finalizacin. Probablemente se requieren de no menos
de 100 enzimas adicionales en el procesamiento final y no menos de 40 o ms clases de

187
rRNA (ribosomal) y tRNA (transferencia) estn igualmente involucrados.

En resumen cerca de 300 molculas son necesarias para que mediante un trabajo
cooperativo se realice la sntesis de un pptido y para muchas de estas biomolculas se
requiere un acople tridimensional con los ribosomas.

En la dcada de los cincuenta del siglo pasado Zamecnick y colaboradores mediante
experimentos de marcaje isotpico demostraron la existencia de una subunidad celular con
estructura definida y que era responsable de la sntesis proteica. Esta organela se denomin
RIBOSOMA.

En la sntesis es posible la traduccin fiable del lenguaje gentico al proteico gracias a un
sistema de interaccin denominado CODN-ANTICODN definidos en una tabla de
traduccin tal y como se muestra en la figura siguiente. La tripleta AUG -marcada en la
tabla- corresponde al codn de iniciacin, los dems codones marcados se denominan de
finalizacin.
El modelo general para la sntesis de protenas en eucariotes se describe en el esquema
siguiente:
Los elementos bsicos requeridos en cada uno de las etapas de sntesis proteica se describen
de manera general en la tabla siguiente.

ADN RNA
RNA PROTEINA
Funcin
Biolgica
ADN RNA
RNA PROTEINA
Funcin
Biolgica

188
RNA mensajero (mRNA). La sntesis del mRNA se da a nivel nuclear, siendo
significativamente diferente en eucariotas y procariotas. En el esquema siguiente se
describe el proceso de sntesis para el caso de los eucariotas.

Con el DNA como molde, la RNA polimerasa separa las dos fibras, usando para la
transcripcin solo una de ellas. El producto es un transcripto primario que mediante
modificaciones se trasforma en un RNAm maduro.

RNA de Transferencia (tRNA). Se describe como la molcula responsable de la
compatibilidad entre el lenguaje gentico y el proteico. El RNAt es una molcula pequea
de entre 73-93 nucletidos con un peso molecular entre 24.000-31.000 que se pliega
tridimensionalmente donde cloroplastos y mitocondrias poseen sus propios RNAt. Una
clula posee una molcula de RNAt de cada clase, donde la clase se establece por la
capacidad de reconocer cada aminocido. Una clula entonces requiere al menos de 32
clases de RNAt aunque usualmente se emplean ms de este nmero. En la siguiente figura
se presenta el modelo de tRNA de levadura deducido por Holley y colaboradores en 1965 y
que se conoce como hoja de trbol. Esta organizacin tridimensional se caracteriza por
un apareamiento intracatenario y que da origen a cuatro brazos que segn el sentido de las
manecillas del reloj se nombran como:

1. Brazo aminocido
2. Brazo T+C
3. Brazo anticodn
4. Brazo D




189


De los 76 nucletidos 10 estn modificados; muchos tRNA terminan en 5

pG (guanilato) y
todos poseen en 3 la secuencia CCA. Dos de los brazos son crticos para la funcin. El
brazo aminocido, dado que es el responsable del trasnporte se ha esterificado por el
extremo carboxilato con el hidroxilo 2 o 3 de la adenosina que se encuentra en la posicin
3del RNAt siendo el otro brazo crtico dado que contiene el anticodn. Los otros dos
brazos se sabe que juegan un papel importante en el plegamiento, aunque la funcin
especfica no se tiene clara.

Ribosoma. Se constituye en el ltimo de los elementos estructurales importantes en la
sntesis, consiste en un complejo supramolecular que para el caso de los procariotes puede
llegar hasta 15.000 por clula, lo que se traduce en que representa aproximadamente el 35%
de la protena presente. Un ribosoma posee un dimetro aproximado de 18 nm con dos
subunidades denominados 30 S y 50 S en procariotas. En la tabla y figura siguientes se
describen los componentes y la estructura tanto para procariotas como para eucariotas.


190


La Sntesis Proteica

Definidos los elementos estructurales necesarios para la sntesis y teniendo en cuenta que es
un proceso endergnico, queda por establecer el mecanismo general; que como se plante
anteriormente est compuesto por cinco etapas.

Etapa 1. Activacin de los aminocidos.

Los tRNA son activados por la presencia de la tRNA-Aminoacil Sintetasas al nivel del
citosol, siendo el producto de esta activacin la esterificacin con sus correspondientes
tRNAs. Muchos organismos poseen enzimas especficos por cada aminocido. En la
figura siguiente se describe la activacin del aminocido y su posterior esterificacin.



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En estudios para los diferentes aminocidos se ha demostrado que existe una gran
especificidad dado que el sistema distingue entre valina e isoleucina que como se sabe se
diferencian estructuralmente por la presencia de un metileno (-CH
2
).

Etapa 2. Iniciacin

La sntesis de protenas propiamente dicha comienza por el extremo amino terminal, tal
como lo establecio H. Dintzis en 1961. El codn de iniciacin AUG corresponde a
metionina y es el mismo para el caso de todos los eucariotas. Existe un segundo codn para
metionina que se emplea en las codificaciones internas de la cadena que se est
sintetizando. Existen pequeas diferencias en los modelos descritos para procariotas y
eucariotas, sin embargo se puede dar cuenta de un modelo general biolgico.

En las clulas eucariotas todos los polipptidos que se sintetizan en los ribosomas
citoslicos comienzan por Met; mientras que en bacterias se inicia por formilmetionina. La
etapa de iniciacin en bacterias se discrimina a su vez en tres pasos y requiere de los
siguientes elementos:

- La unidad ribosomal 30 S.
- mRNA especfico para el polipptido en proceso de sntesis.

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- Complejo de iniciacin fMet-tRNA
- Factores de iniciacin proteicos (IF-1, IF-2 y IF-3)
- GTP y Mg
2+

- Unidad 50 S

El procedimiento general de la primera fase y que corresponde al complejo de iniciacin, se
describe en el esquema siguiente.
La subunidad 30 S se une a los factores IF-1 y IF-3. El factor 3 se sabe que acta
previniendo que las subunidades ribosomales (mayor y menor) se unan de manera
prematura. Posteriormente se une el mRNA ubicando el codn AUG en el sitio P,
anteponiendo una secuencia que se conoce Shine-Dalgarno y que se asume cumple un
papel de acoplamiento. En la figura se describen los sitios P y A. Para el caso bacteriano
se han identificado 3 sitios especficos en el ribosoma que se denominan sitio aminoacil
(A), sitio Peptidil (P) y sitio de salida (E). Ambas subunidades ribosomales estn
comprometidas en la conformacin espacial de los sitio P y A, mientras que E est
bsicamente definido por la subunidad 50S. El sitio de iniciacin est ubicado en P y solo
el complejo fMet-tRNA
fmet
se puede acoplar. El IF-1 se une a A evitando que el tRNA se
una durante la iniciacin. La segunda parte de la formacin del complejo de iniciacin
implica que al primer ensamble se ajuste el mRNA.
Con esto ya queda conformado adecuadamente el sitio de iniciacin y de esta manera
entran fMet-tRNA
fmet
+ IF-2 + GTP. En este instante Anticodn y Codn deben alinearse
correctamente.

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El nuevo complejo se une a la subunidad 50S y concomitantemente el GTP es hidrolizado y
los tres factores salen del complejo dando por terminada esta primera etapa.

En eucariotas la formacin del complejo de iniciacin es bsicamente el mismo, con
pequeas diferencias:

1. El RNA se encuentra formando un complejo con protenas que se denominan de
unin.
2. En el extremo 3 del mRNA se encuentra una protena PoliA unida a su vez a la
protena PAB.

En la figura siguiente se presenta un esquema de la formacin del complejo de iniciacin en
eucariotas y en la tabla se resumen los factores requeridos en el complejo de inicacin tanto
para procariotas como para eucariotas.







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Etapa 3. Formacin de Enlaces peptdicos y elongacin de la Cadena

En esta fase adems del complejo de iniciacin se requiere:

- a.a-tRNAs
- Protenas citoslicas solubles denominadas factores de elongacin (EF-Tu, EF-Ts y
EF-G)
- GTP.

La etapa de elongacin a su vez se discrimina en tres pasos:

1. Unin con aminoacil-tRNA entrante

El segundo aminoacil-tRNA se acomoda en el sitio A a
expensas de la hidrlisis de GTP y un programa de reciclaje.
Ver figura al costado.

En el paso siguiente de la elongacin se da la formacin del
enlace peptdico. Este proceso involucra al aminocido situado
en P y al nuevo aminocido situado en A. El aa de A ataca
nucleoflicamente al complejo situado en P, desplazando el
tRNA
fmet
. Histricamente se haba referido esta actividad a la
accin del enzima PEPTIDIL-TRANSFERASA y que se
encontrara asociado a la subunidad mayor. Hoy se considera
que esta accin es responsabilidad de la unidad cataltica 23 S
del rRNA al actuar como ribozima. El esquema inferior
modela el hecho.


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El paso final de la etapa de elongacin se denomina translocacin y supone el moverse en
un codn hacia el extremo 3. Con este movimiento se transfiere el tRNA-dipptido de
AP y el tRNA libre de PE, para posteriomente salir a citosol. El resultado de la
operacin deja el sitio A libre para que se acople un nuevo anticodn. Todo el proceso de
translocacin es dependiente de un enzima traslocasa (EF-G) que a su vez procede a
expensas de la hidrlisis de un GTP. En resumen, por cada aa adicionado se gastan 2 GTP.

La etapa de elongacin en eucariotas
es bastante similar a lo sucedido en
bacterias, siendo los factores de
elongacin eEF1|, eEF1o y eEF2.
Una importante diferencia se tiene
en que los ribosomas de eucariotas
no poseen sitio E y el tRNA
descargado es expelido directamente
desde P.

Prueba de Lectura en el Ribosoma

La actividad de la GTPasa del EF-
TU durante la etapa de elongacin
(ver figura lateral de pgina anterior)
es fundamental para que se de una
correcta lectura del lenguaje gentico
dado que el complejo EF-TU-GTP
existe solo por unos pocos
milisegundos. Esto permite que la interaccin Codn-Anticodn actue como corrector de
lectura ya que un aminoacil-tRNA incorrecto se disocia en A. Cuando se emplean bases
anlogas como GTPS disminuye la velocidad de hidrlisis y simultneamente mejora la
fidelidad, pero disminuye la velocidad de sntesis.

La sntesis proteica es un claro ejemplo de balance evolutivo entre fidelidad y velocidad:
El mejoramiento de una es detrimento de la otra y viceversa. Adems es importante tener
en cuenta que la prueba de lectura nicamente se da en el apareamiento de bases y por
tanto cuando se porta un aa inadecuado este es EFICIENTEMENTE incorporado en la
protena.

4. Etapa de Finalizacin

La elongacin de la cadena contina hasta que se consolida la etapa de finalizacin, que a
su vez se da en 4 pasos. El primero implica la presencia de uno de los tres codones de
finalizacin en el mRNA (UAA, UAG, UGA). En bacterias, una vez el codn de
finalizacin ocupa A, tres factores de finalizacin (protenas RF1, RF2 y RF3) actan para
que termine el proceso de sntesis. La secuencia se puede describir as:

- Ubicacin del codn de finalizacin en el sitio A

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- Hidrlisis del enlace peptido-tRNA final
- Disociaciacin del complejo ribosomal.

En la figura siguiente se describe la etapa final del proceso de sntesis.


5. Etapa de Plegamiento y modificaciones postraduccionales

Una vez realizada la sntesis y antes o despus del plegamiento, el polipptdo puede ser
sometido a modificaciones enzimticas que pueden incluir la remosin de uno o ms
aminocidos del aminoTerminal, la adicin de acetil, fosforil, metil, carboxil u otros grupos
y sobre aas especficos, hidrlisis enzimtica o adicin de oligosacridos o grupos
prostticos. En la figura siguiente se presenta un esquema especfico de modificacin
postraduccional que se da en el caso de las protenas. La ruta establecida se puede resumir
de la siguiente manera: Sntesis en Ribosomas Modificacin en Retculo

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Endoplasmtico Modificacin en Complejo de Golgi Exportacin.













































TALLER 15

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1. Determine la estructura primaria del pptido que se generara a partir de la siguiente
fraccin de un gen del DNA.

3TTGTATACATAGGAGGAGGAGATATCTAGATACATACCTATACATACTCA5

2. Investigue entre las protenas, los carbohidratos y los lpidos, que biomolcula
generara mayor cantidad de ATP por gramo consumido y explique la razn
3. Realice clculos de ATP producidos por el catabolismo aerobio dcada una de las
siguientes molculas: glucosa, alanina, cido oleico, cido palmtico
4. Si se tiene una molcula de triptfano marcada en todos sus carbonos y se degrada
en el organismo y un producto de la degradacin pudiera utilizarse para
gluconeognesis, en qu carbono quedara marcada la glucosa formada?
5. Si tiene acetil CoA y se quiere obtener un tromboxano TX2 (una molcula que acta
como hormona de accin local que permite la coagulacin sangunea), y usted
pudiera manipular el metabolismo de una clula modelo de laboratorio, en qu ruta
metablica utilizara el acetil CoA?
6. El cianuro y el fluoroacetato son inhibidores irreversibles, en que rutas metablicas
actan y cul es su modo de accin
7. Si tengo un polisacrido de almacenamiento tal como el almidn y lo degrado, lo
puedo utilizar para producir lpidos? cmo?
8. Si tengo un polisacrido de almacenamiento tal como el almidn y lo degrado, lo
puedo utilizar para producir protenas? cmo?
9. Si tengo un polisacrido de almacenamiento tal como el almidn y lo degrado lo
puedo utilizar para producir cidos nucleicos? cmo?
10. Si tengo un lpido como un aceite y lo degrado, lo puedo utilizar para producir
carbohidratos? cmo?
11. Si tengo una protena y la degrado, la puedo utilizar para producir carbohidratos?
cmo?
12. Si tengo una protena y la degrado, la puedo utilizar para producir lpidos? cmo?
13. Si tengo una protena y la degrado, la puedo utilizar para producir cidos nucleicos?
cmo?
14. Enumere dos rutas anablicas y dos rutas catablicas de cada una de las
biomolculas
15. Por qu motivo los steres fosfato se presentan como alternativas energticas
mejores para ser utilizadas en las rutas metablicas que los steres normales?