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La lógica molecular de la vida
Introducción Los sistemas biológicos (seres vivos) están constituidos por subsistemas o células que a su vez se componen en última instancia de “entes”, que no son otra cosa que nuestro concepto químico de molécula. Estas últimas unidades se consideran como sistemas no vivos. La vida es entonces la estrategia de los biosistemas para interaccionar con el medio, al tiempo que sostienen una alta organización y una importante capacidad de respuesta. Subunidades monoméricas + Letras del Desoxirribo Aminoácidos La denominada “Escuela de Bruselas” planteó en uno de sus alfabeto inglés seminarios una pregunta simple. ¿Cuál es la diferencia entre la nucleótidos 20 tipos 26 tipos Química Orgánica y la Química Biológica? El seminario 4 tipos diferentes diferentes diferentes concluye que en la Química Biológica, moléculas como el DNA poseen historia y su estructura hace referencia del pasado en el que fueron construidas. Por su parte, la molécula orgánica de síntesis no tiene ninguna referencia evolutiva. Sin embargo la conexión entre ambas está en los mecanismos orgánicos de reactividad que son idénticos para ambos tipos de moléculas.1 El referente histórico de las biomoléculas tiene que ver con la información que están en capacidad de almacenar. En la figura 2-1 se ilustra las diferentes organizaciones que se pueden realizar para tres tipos de información, mediante secuencias lineales y en segmentos de 8 subunidades. Para el primer caso y en el idioma inglés, se pueden fabricar (al recurrir a la combinatoria), 2.1 x 1011 secuencias lineales diferentes. Surge entonces una pregunta: ¿Todas estas secuencias tienen sentido idiomático? La respuesta es clara y contundente: No. Dado que el orden se asocia a la capacidad de generar, almacenar e interpretar la información y solo algunas secuencias tienen almacenada información, en el caso particular de este idioma a esta secuencia con sentido se le denomina PALABRA. El esquema central de la figura 2-1 da cuenta de cómo 4 nucleótidos al unirse originan 65536 secuencias diferentes. En términos biológicos, este tipo de organización corresponde al orden genético. Finalmente, para las proteínas (esquema Figura 2-2. Concentraciones internas y derecho de la misma figura) externas de iones para sistemas biológicos. se pueden obtener hasta 2,56 x 1010 mensajes diferentes considerando que las

Desoxirribo nucleótidos (4 tipos diferentes)

subunidades disponibles son 20 aminoácidos. Lo fascinante del orden molecular bioorgánico radica en que debe explicar ¿Cómo? los sistemas vivos existen a pesar de ser per se un "contrasentido"
*El concepto de sistema empleado en este texto es el mismo que considera la termodinámica. Rincón F.; Escobar, J. Fundamentos de Fisicoquímica. Editorial UdeA (1989) **En el caso de organismos unicelulares + Grupo académico liderado `por Prigogine que tuvo como objeto de estudio los procesos no reversibles
1

Prigogine, Ilya. (1998) El nacimiento del Tiempo. ED. Metatemas

21 termodinámico, dado que permanecen en el estado menos probable. El orden metabólico que permite incurrir en altos gastos energéticos explica como se logra el mantenimiento de la información. Un ejemplo del gasto energético se puede visualizar a través de la necesidad de mantener el desequilibrio en las concentraciones de iones (interna/externa) de los organismos, tal y como se presenta en la figura 2-2. Obsérvese que la muerte significa llegar al equilibrio. Por su parte, la figura 2-3 ilustra dos hechos que es importante considerar en los procesos biológicos: Fenómenos en los que se consume energía y procesos en los que dona energía. Estos dos tipos de eventos son denominados endergónicos y exergónicos respectivamente, y se dan tanto en procesos mecánicos como químicos. En este mismo sentido, la figura 2-4 muestra los dos mecanismos que sostienen la vida en la Biosfera: En el primero, a partir de una fuente de energía lumínica (sol), un sistema de reacciones traduce la energía incidente en energía química y en el segundo; la energía química (alimento) es usada en el mantenimiento del orden biológico.2

Figura 2-4. Fuente y traducción de la energía en la biosfera Figura 2-3 Acoplamiento de sucesos energéticos en procesos biológicos

2

Jou, David; Llebot, J. E. (1989) Introducción a la termodinámica de los procesos biológicos. ED Labor Universitaria

22 La evolución es entendida como un aumento de la complejidad y nunca en la dirección de la degradación. 3 Un hecho que permite entender el mantenimiento del orden biológico es la denominada catálisis enzimática. La figura 2-5 presenta el efecto energético de la catálisis enzimática y la velocidad de una reacción que es catalizada enzimáticamente.
Cantidad de producto B formado
Con enzima

Energía libre, G

Barrera de activación (estado de transición, ‡) ∆G ‡ no cat

Reactivos (A)

Reacción:

Productos (B)

Sin enzima (no catalizado) Tiempo

Coordenada de reacción

La molécula de ATP que se presenta en la figura 2-6, representa el mecanismo químico por medio del cual se traduce la energía lumínica en química en productores y se almacena al degradar los alimentos en todos los biosistemas. La importancia de esta molécula radica en la "universalidad" de la disponibilidad de la energía, que se puede ver claramente en la figura 2-7 donde se presentan procesos que producen y consumen ATP. Un hecho común de los procesos bioquímicos es la regulación de las rutas biosintéticas. En estos casos el producto final de un proceso biosintético se constituye en un inhibidor del primer enzima de la ruta, tal y como se presenta en la figura 2-8.
2-7 Producción y consumo de ATP

Figura 2-6 Molécula de Adenosin trifosfato (ATP)

2-8 Regulación en rutas biosintéticas

3

Prigogine, Ilya (1996) El tiempo y el devenir. ED. Gedisa

23 Probablemente los dos mecanismos biológicos más contundentes para la conservación y proliferación de los sistemas biológicos sean la replicación del DNA y los procesos evolutivos. Con la replicación se garantiza el orden biológico a pesar de la direccionalidad impuesta por la entropía, mientras que con la evolución evidencia la adaptación continua a las condiciones del medio. La figura 2-9 representa los dos hechos mencionados.

Hebra 1

Hebra 2

Vieja Hebra 1

Nueva Hebra 2

Nueva Hebra 1

Vieja Hebra 2

La mutación representa el mecanismo fundamental del proceso evolutivo, mientras que la replicación garantiza que la información generada se preserve. El equilibrio sutil entre el cambio (mutación) y la conservación (replicación) es lo que ha permitido la adaptación de la vida a las nuevas circunstancias y por lo tanto es lo que garantiza su supervivencia.

TALLER 2 Taller 2.

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1. ¿Son lo mismo los procesos endergónicos y exergónicas que los endotérmicos y exotérmicos? De no ser así, explique en que radica la diferencia. 2. Explique al menos dos diferencias importantes en términos de variables fisicoquímicas entre la catálisis enzimática y la catálisis química. 3. ¿Por qué motivo se puede interpretar a partir de la figura del pez en la figura 2-2, que el equilibrio es un sinónimo de muerte? 4. La idea planteada por la escuela de Bruselas con respecto a la diferencia entre una molécula biológica y una molécula de la química orgánica, se explica especialmente con el ADN, ¿considera que es posible extender la misma idea hacia las demás biomoléculas como proteínas, lípidos y carbohidratos y por qué? 5. ¿Cómo se interpreta el enunciado: “la energía química es usada en el mantenimiento del orden biológico”? 6. Las presiones del ambiente, la replicación y la mutación son variables fundamentales en la evolución de las especies y el mantenimiento de la vida; explique cómo interaccionan las mismas para tal fin

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