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Aminoácidos y Péptidos
Introducción
Figura 6-1. Estructura general de los aminoácidos L

Se había planteado anteriormente que la alta organización y la baja entropía son las características más destacables de los biosinstemas. Estas propiedades están necesariamente ligadas a una gran cantidad de información; que en el caso de los sistemas vivos, está almacenada en forma de organización química macromolécular que se conoce con el nombre de ácido nucleico. En la mayoría de los casos la información biológica (que también se nombra como información genética) está contenida en forma de ADN y en pocos casos como ARN. Conceptualmente la información es importante solo en la medida que se hace operativa; y en el sentido biológico esta operatividad se entiende como la perpetuación de la misma información a través de los mecanismos de autorreplicación y construcción, que a su vez se ven reflejados en el mantenimiento del orden. En orden biológico la información genética se constituye en el instructivo para el mantenimiento del sistema, y las proteínas son su componente operacional. El proceso informativo más generalizado en la vida va desde la instrucción (ADN) pasando por un mediador (ARN) y finaliza con la síntesis de las proteínas. En este capítulo se plantean los procesos básicos moleculares que dan origen a las biomoléculas más dinámicas: LAS PROTEINAS Definiciones Las proteínas son polímeros lineales producto de la deshidratación de  aminoácidos (a.a.) que se fusionan constituyendo la columna vertebral mediada por un enlace covalente que recibe el nombre de enlace peptídico. La característica más preponderante de estos biopolimeros es su alta variabilidad estructural y una funcionalidad muy dispar. Cuando este biopolímero posee menos de 100 monómeros (a.a.) usualmente se denomina péptido y si posee más de 100 se nombra como PROTEINA. El primer aminoácido reportado (1806) fue la asparragina y el último la (treonina) data de 1938. En la figura 6-1 se da cuenta de la representación de la estructura básica de un aminoácido. Con la excepción de la glicina, el carbono  de los aminoácidos posee los cuatro sustituyentes diferentes, lo que implica que todos están regidos por la estereoquímica. El patrón de referencia para la clasificación en D y L se basa en la posición del grupo amino, una vez se ubica la molécula a la manera de Fisher. El carboxilato se ubica en la parte superior, el R en la inferior y en consecuencia solo resta por definir las posiciones derecha e izquierda, que serán ocupadas por amino o hidrógeno. La tabla 6-1 presenta las diferentes propiedades y convenciones que permiten identificar a los aminoácidos codificables, mientras que la figura 6-2 describe los 20 aminoácidos que están codificados para las proteínas y las formas observadas en soluciones acuosas.

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Tabla 6-1. Aminoácidos proteogénicos y sus características

Figura 6-2 Estructura de los aminoácidos

49 Los aminoácidos son moléculas orgánicas anfotéricas, lo que implica que se comportan como ácidos y como bases; hecho que es responsable de muchas de las características que identifican a las proteínas. En la figura 6-3 se presenta la curva de valoración para el aminoácido glicina. Péptidos Los péptidos se forman por una reacción de condensación entre aminoácidos. El grupo amino del aminoácido 2 actúa como nucleófilo, desplazando el grupo hidroxilo del aminoácido 1. El enlace peptídico es un proceso endergónico con un cambio de energía libre de aproximadamente 21 kJ/mol. En la figura 6-4 se presenta el enlace peptídico, la estructura de un pentapéptido y un mecanismo general orgánico que da luces sobre el mecanismo bioquímico que opera en la síntesis biológica. Un péptido se nombra comenzando por el residuo amino terminal, que se coloca por convención a la izquierda. Figura 6-3 Curva de valoración de la glicina

6.4 El enlace peptídico y un pentapeptido

O Nu : C L

OC Nu L O C Nu L

50 Síntesis de péptidos (No leer esta parte). Si se toma como referencia el polipéptido que se presentó en la figura 6-4, la probabilidad de obtener la secuencia citada es de 3.1x10-7 lo que hace inviable el uso de técnicas tradicionales en los protocolos de síntesis de péptidos. Aunado a lo anterior, en las últimas décadas se ha hecho evidente la importancia de la síntesis de péptidos dada la trascendencia de algunos de estos productos en diferentes procesos metabólicos entre los que se pueden mencionar los péptidos antimicrobianos. El problema de la obtención de un solo producto ha sido atacado tanto desde la perspectiva biotecnológica como desde la sintética. En el segundo caso, las técnicas modernas de síntesis están basadas en los desarrollos metodológicos propuestos por Merrifield en 1962 sobre ciclos sucesivos de síntesis y que se describen a continuación . El protocolo se basa en la existencia de una matriz sobre la que se soporta el material de síntesis. En una columna semejante a las empleadas en cromatografía, con una matriz como soporte (fase estacionaria) tal y como el que se presenta en la figura siguiente (1) A través de la columna se hacen fluir paso a paso los aminoácidos protegidos en los extremos reactivos (amino y carboxilato) tal y como se describen en el paso (2).

(2) aa protegido en extremo amino aa protegido en extremo amino y carboxilo El procedimiento comienza cuando sobre la columna que posee la matriz reactiva (1), se hace circular una solución del primer aminoácido del péptido a sintetizar y que corresponde a (2). En este caso se da un ataque del grupo carboxilato sobre el metileno de la matriz considerando que el cloro es un buen grupo saliente.

51 Terminada esta primera fase, se procede a la desprotección del grupo amino con una solución básica, de tal manera que se facilite el ataque del segundo aminoácido del péptido problema tal y como se presenta en el siguiente esquema. Antes de proceder al segundo paso se establecen las condiciones apropiadas de pH.

De manera paralela se requiere preparar el segundo aminoácido, que adicionalmente a la protección del grupo amino, requiere la activación del carboxilato con diciclohexilcarbodiimida (DCC) para posteriormente agregarla en solución a la matriz que ahora contiene el aminoácido desprotegido.

El grupo amino del aminoácido sujeto a la matriz ataca el carboxilato protegido del segundo aminoácido, forzando la salida del biciclohexilurea. Los pasos denominados 2,3 y 4 se pueden repetir las veces que sean necesarias hasta lograr la longitud requerida. Una vez alcanzada la longitud deseada, se desprotege el producto final tal y como se indicó en el paso 2 para finalmente romper la unión a la matriz con acido fluorhídrico.

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TALLER 6
1. Calcule el punto isoeléctrico para los aminoácidos ácidos y los aminoácidos básicos 2. Dibuje el aminoácido L-fenilalanina y su correspondiente enantiómero 3. Escriba el mecanismo de formación de enlace peptídico entre la glicina y la metionina, donde en el péptido formado la metionina sea el extremo N-terminal. 4. Para el punto anterior, muestre las estructuras resonantes y nombre el dipéptido. 5. Para el siguiente péptido realice lo que se solicita a continuación

a. b. c. d. e. f.

Nombre el péptido Identifique los extremos N- y C-terminales Señale los enlaces peptídicos y muestres sus estructuras resonantes Determine el punto isoeléctrico para el péptido Determine el número de péptidos diferentes que se pueden formar con los mismos aminoácidos Utilice la síntesis propuesta por Merrifield para mostrar cómo se sintetizaría el péptido (No se hace)

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