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DNA, Cromosomas y genoma.

Captulo 4 ESTRUCTURA Y FUNCIN DEL DNA - Una molcula de DNA est formada por dos cadenas complementarias de nucletidos. - La estructura del DNA explica el mecanismo de la herencia. - En las clulas eucariotas, del DNA est confinado en el ncleo. RESUMEN PRIMERO <<La informacin gentica est alojada en la secuencia lineal de los nucletidos que constituyen el DNA. Cada molcula del DNA es una doble hlice, constituida por dos hebras de nucletidos complementarias, unidas entre s mediante los enlaces de hidrgeno que se forman entre los pares de bases G-C y A-T [guanina - citosina y adenina - timina]. La duplicacin de la informacin gentica se realiza a partir de una de las hebras del DNA que acta de molde para la fabricacin de la hebra complementaria. El genoma es la informacin gentica contenida en el DNA de los organismos que contiene las instrucciones necesarias para sintetizar todas las protenas del organismo. En los organismos eucariotas el DNA est en el ncleo de las clulas, un amplio compartimiento membranoso>>. EL DNA CROMOSMICO Y SU EMPAQUETAMIENTO EN LA FIBRA DE CROMATINA. - El DNA de la clula eucariota se empaqueta en un conjunto de cromosomas. - Los cromosomas contienen largas tiras de genes. - La secuencia de nucletidos del genoma humano muestra como estn organizados nuestros genes. - La comparacin del genoma revela secuencias de DNA conservadas evolutivamente. - A lo largo de la vida de una clula los cromosomas adoptan diferentes estados. - Cada molcula de DNA que forma un cromosoma lineal debe contener un centrmero, dos telmeros y orgenes de replicacin. - Las molculas de DNA estn altamente condensadas en los cromosomas. - Los nucleosomas son una unidad bsica de la estructura de la cromatina. - La estructura de la partcula del ncleo del nucleosoma muestra como se empaqueta el DNA. - Los nucleosomas tienen una estructura dinmica y con frecuencia estn sujetos a cambios catalizados por complejos remodeladores de cromatina dependientes de ATP.

- Los nucleosomas suelen estar empaquetados juntos formando una fibra compacta de cromatina. RESUMEN SEGUNDO Un gen es una secuencia de nucletidos de una molcula de DNA que acta como una unidad funcional en la produccin de una protena, una molcula de RNA estructural o una molcula de RNA regulador cataltico. En los organismos eucariotas los genes que codifican protenas estn formados habitualmente por una tira de exones e intrones alternados, asociados a regiones de DNA regulador. Un cromosoma est formado por una sola molcula de DNA lineal, muy larga, que contiene una serie lineal de muchos genes. El genoma haploide humano contiene pares de nucletidos de DNA distribuidos en 22 autosomas diferentes y 2 cromosomas sexuales. nicamente una pequea parte de este DNA codifica protenas o molculas funcionales de RNA. Una molcula de DNA cromosmico tambin tiene otros tres tipos de secuencias de nucletidos funcionalmente importantes: los orgenes de replicacin y los telmeros, que permiten la replicacin eficiente del DNA y el centrmero, que es necesario para unir las molculas de DNA hermanas al huso mittico, asegurando su segregacin precisa en las clulas hijas durante la fase M del ciclo celular. .En las clulas eucariotas el DNA se encuentra unido a una masa igual de histonas, formando un conjunto repetitivo de partculas de DNA y protena denominadas nucleosomas. El nucleosoma est formado por un ncleo octamrico de protenas histonas alrededor del cual se enrolla la doble hlice de DNA. Los nucleosomas estn separados a intervalos de unos 200 pares de nucletidos y se suelen empaquetar juntos (con la ayuda de molculas de la histona H1) y adoptan disposiciones regulares que forman una fibra de cromatina de 30 nm. Pese al elevado grado de condensacin que alcanza la cromatina, su estructura debe ser especialmente dinmica para permitir a la clula su acceso al DNA. Hay cierto grado de desenrollamiento y enrollamiento espontneo del DNA en el propio nucleosoma; sin embargo, la estrategia general para producir cambios locales reversibles en la estructura de la cromatina radica en los complejos remodeladores de la cromatina dirigidos por ATP. Las clulas contienen una gran cantidad de estos complejos que son dirigidos a regiones especficas de la cromatina en el momento adecuado. Los complejos remodeladores colaboran con las chaperonas de las histonas permitiendo a los ncleos de los nucleosomas recolocarse, reconstituidos con diferentes histonas, o ser completamente eliminados dejando expuesto el DNA subyacente.>> .REGULACIN DE LA ESTRUCTURA DE LA CROMATINA - Algunas incgnitas iniciales referentes a la estructura de la cromatina. - La heterocromatina est muy organizada y habitualmente es resistente a la expresin gnica.

- Las histonas del nucleosoma estn modificadas covalentemente en muchos lugares. - La cromatina adquiere variaciones adicionales a travs de la insercin de un pequeo grupo de variantes de histonas en lugares especficos. - Las modificaciones covalentes y las variantes de histonas actan conjuntamente produciendo un cdigo de histonas que ayuda a determinar la funcin biolgica. - Un complejo de protenas lectoras y escritoras de cdigo pueden distribuir modificaciones especficas en largas distancias de cromatina a lo largo de un cromosoma. - Secuencias de DNA barrera bloquean la expansin de los complejos lectorescritor y separan dominios de cromatina vecinos. - La cromatina de los centrmeros revela de qu forma las variantes de las histonas pueden generar estructuras especiales. - Las estructuras de la cromatina se pueden heredar directamente. - Las estructuras de la cromatina aaden caractersticas nicas a la funcin de los cromosomas de los eucariotas. .RESUMEN TERCERO <<A pesar de que el DNA cromosmico se ensambla de forma uniforme formando nucleosomas, en los organismos eucariotas es posible una gran variedad de estructuras de cromatina diferentes. Esta variedad se basa en una amplia gama de modificaciones covalentes reversibles sobre las cuatro histonas del ncleo nucleosmico. Estas modificaciones incluyen la mono-, di- y trimetilacin de muchas cadenas laterales de diferentes lisinas. Una reaccin importante que es incompatible con la acetilacin de las mismas lisinas. Las combinaciones especficas de modificaciones marcan cada nucleosoma con un cdigo de histonas. El cdigo de histonas es ledo cuando los mdulos proteicos que forman parte de un complejo proteico mayor se unen a los nucleosomas modificados en una regin de cromatina. Estas protenas lectoras de cdigos anclan protenas adicionales que catalizan funciones biolgicas relevantes. Algunos complejos de protenas lectoras de cdigo contienen una enzima modificadora de histonas como una metilasa de histonas, que escribe la misma marca que reconoce la protena lectora de cdigos. Un complejo lector-escritor-remodelador de este tipo puede difundir un tipo especfico de heterocromatina a largas distancias del cromosoma. Concretamente, parece que de este modo se forman grandes regiones de heterocromatina condensada. La heterocromatina se suele encontrar alrededor de los centrmeros y cerca de los telmeros pero tambin est presente en muchos otros lugares de los cromosomas. El fuerte empaquetamiento del DNA en la heterocromatina, por lo general, silencia los genes situados en su interior.

El fenmeno de efecto de posicin variegada ofrece una buena evidencia de la herencia directa de las formas de cromatina condensada por parte de las hlices de DNA hijas formadas en la horquilla de replicacin, y parece que un mecanismo similar es el responsable de mantener la cromatina especializada en los centrmeros. De modo ms general, la capacidad de transmitir estructuras especficas de cromatina de una generacin celular a la siguiente ofrece la base para un proceso epigentico de memoria celular que parece crtico para mantener la compleja gama de estados celulares requerido por los complejos organismos pluricelulares.>> .ESTRUCTURA GLOBAL DE LOS CROMOSOMAS - Los cromosomas estn plegados formando largos bucles de cromatina. - Los cromosomas politnicos slo son tiles para visualizar las estructuras de la cromatina. - Existen muchas formas de heterocromatina. - Los bucles de cromatina se condensan cuando se expresan los genes que contienen. - La cromatina se puede desplazar a lugares especficos dentro del ncleo y modificar la expresin de los genes. - Unas redes de macromolculas forman un conjunto de diferentes ambientes bioqumicos en el interior del ncleo. - Los cromosomas mitticos estn constituidos por cromatina en su forma ms condensada. .RESUMEN CUARTO <<Los cromosomas se descondensan generalmente durante la interfase, de forma que es difcil visualizar los detalles de su estructura. Existen notables excepciones como los especializados cromosomas plumados de los oocitos de vertebrados o los cromosomas politnicos de clulas secretoras gigantes de insectos. Los estudios de ambos tipos de cromosomas interfsicos sugieren que cada una de las largas molculas de DNA de un cromosoma est dividida en un gran nmero de dominios discretos organizados en bucles de cromatina y cada bucle est constituido por un fragmento de fibra de cromatina plegada de 30 nm. Cuando los genes contenidos en un bucle se expresan el bucle se desempaqueta permitiendo que la maquinaria celular tenga un acceso fcil al DNA. Los cromosomas interfsicos ocupan territorios discretos en el ncleo celular, es decir, por lo general no estn entrelazados. La eucromatina constituye la mayor parte de los cromosomas interfsicos y, cuando no se est transcribiendo, probablemente se encuentra en forma de fibras de 30 nm fuertemente plegadas. Sin embargo, la eucromatina est interrumpida por extensiones de heterocromatina, en las cuales las fibras de cromatina de 30 nm estn sometidas a plegamientos adicionales de empaquetamiento que generalmente hacen que estas regiones sean resistentes a la expresin de sus

genes. La hterocromatina se encuentran en formas distintas, algunas de las cuales son como grandes bloques dentro y alrededor de los centrmeros y de los telmeros. Pero la heterocromatina tambin est presente en muchas otras posiciones de los cromosomas y pueden regular genes importantes del desarrollo. El interior del ncleo es muy dinmico, con la heterocromatina situada con frecuencia cerca de la envoltura nuclear y con los bucles de la cromatina desplazndose ms all de su territorio cromosmico cuando los genes estn siendo expresados. Este hecho refleja la existencia de subcompartimientos nucleares que facilitan diferentes conjuntos de reacciones bioqumicas debido al incremento en la concentracin de determinadas protenas y RNA. Los componentes implicados en la formacin de subcompartimientos pueden autoensamblarse y formar orgnulos discretos como los corpsculos de Cajal; tambin pueden estar enganchados a estructuras como la envoltura nuclear. Durante la mitosis, la expresin gnica se detiene y todos los cromosomas adquieren una conformacin altamente condensada a travs de un proceso que empieza a principios de la fase M. y que empaqueta las dos molculas de DNA, de cada cromosoma replicado, como dos cromtidas plegadas por separado. Este proceso se acompaa de la modificacin de histonas que facilita el empaquetamiento de la cromatina. Sin embargo, para completar satisfactoriamente este proceso ordenado, que reduce en diez veces la distancia entre los extremos de cada molcula de DNA interfsico, se requiere la participacin de las condensinas.>> .COMO EVOLUCIONAN LOS GENOMAS - Errores en los mecanismos normales de copia y mantenimiento del DNA provocan alteraciones en el genoma. - Las secuencias de los genomas de dos especies difieren de forma proporcional al tiempo durante el cual han evolucionado por separado. - Los rboles filogenticos construidos a partir de la comparacin de secuencias de DNA trazan las relaciones entre los organismos. - Comparando los cromosomas humanos y de ratones se observa de qu manera divergen las estructuras de los genomas. - El tamao del genoma de un vertebrado refleja las velocidades relativas de adiccin y prdida de DNA de un linaje. - Podemos reconstruir la secuencia de algunos genomas antiguos. - La comparacin de secuencias de muchas especies identifica secuencias importantes de DNA de funcin desconocida. - Los cambios acelerados producidos en secuencias que previamente eran conservadas pueden ayudar a descifrar los pasos crticos de la evolucin humana.

- La duplicacin gnica constituye una importante fuente de novedad gentica durante la evolucin. - Los genes duplicados divergen. - La evolucin de la familia gnica de la globina muestra como las duplicaciones del DNA contribuyen a la evolucin de los organismos. - La recombinacin de exones puede dar lugar a genes que codifiquen nuevas protenas. - Para que las mutaciones neutras lleguen a ser fijadas es frecuente que se diseminen por la poblacin; la probabilidad depende del tamao de la poblacin. - Se pueden aprender muchas cosas a partir del anlisis de la variacin entre los humanos. .RESUMEN QUINTO <<Las comparaciones entre las secuencias de nucletidos de los genomas actuales han revolucionado nuestra comprensin de los genes y de la evolucin de los genomas. Debido a la fidelidad extremadamente elevada de la replicacin y reparacin del DNA, los errores al azar en el mantenimiento de las secuencias de nucletidos en los genomas se dan tan raramente que cada milln de aos slo se modifican unos 5 nucletidos de cada 1000 en un linaje particular. Por lo tanto no es sorprendente que la comparacin entre los cromosomas de humanos y de chimpancs que se hallan separados por unos 6 millones de aos de evolucin- revele muy pocos cambios. No slo ocurre que los genes son esencialmente los mismos, sino que el orden de los genes dentro de cada cromosoma tambin es casi idntico. A pesar de que en los pasados 6 millones de aos se han producido un nmero substancial de duplicaciones y delecciones de segmentos, incluso las posiciones de los elementos transponibles que forman la mayor parte de nuestro DNA no codificante se hallan inalteradas. Cuando se comparan los genomas de dos organismos menos relacionados como el de humanos y el ratn separados por unos 80 millones de aos-, se encuentran muchos ms cambios; en este caso se puede observar claramente los efectos de la seleccin natural: mediante la seleccin purificadora, las secuencias de nucletidos esenciales -tanto en regiones reguladoras como en regiones codificantes (secuencias exnicas) se han conservado. Por el contrario, secuencias no esenciales (p. ej., la mayora del DNA intrnico) se han alterado hasta tal extremo que a menudo es imposible un alineamiento preciso de ellas. Debido a la seleccin purificadora, la comparacin de las secuencias genmicas de muchas especies relacionadas constituye una herramienta potente para encontrar secuencias de DNA con funciones importantes. Aunque cerca del 5% del genoma humano se ha conservado como resultado de la seleccin purificadora, la funcin de la mayora de este DNA (decenas de miles

de secuencias conservadas en muchas especies) sigue siendo un misterio. Los futuros experimentos que se realizarn para caracterizar estas funciones descubrirn muchas cosas sobre la biologa de los vertebrados. Otras comparaciones de secuencias muestran que una gran parte de la complejidad gentica de los organismos actuales se debe a la expansin de antiguas familias gnicas. La duplicacin del DNA seguida de la divergencia de las secuencias ha sido una fuente importante de novedad gentica durante la evolucin. Los genomas de dos individuos humanos cualesquiera se diferencian mutuamente por las sustituciones de nuclotidos (polimorfismos de un slo nucletido o SNP) y por las prdidas y ganancias de DNA heredadas que causan variaciones en el nmero de copias. Entender estas diferencias mejorar la medicina y nuestra comprensin de la biologa humana.>> .

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