UNIVERSIDAD DEL CAUCA FACULTAD DE CIENCIAS NATURALES, EXACTAS Y DE LA EDUCACIÓN DEPARTAMENTO DE QUÍMICA QUÍMICA ORGÁNICA AVANZADA PORTILLA O.M. 1.

Compuestos orgánicos usados como indicadores bioquímicos FUCSINA

Las paredes celulares de ciertos parásitos y bacterias contienen ácidos grasos (ácidos micólicos) de cadena larga (50 a 90 átomos de carbono) que les confieren la propiedad de resistir la decoloración con alcohol-ácido, después de la tinción con colorantes básicos. La coloración clásica de ZiehlNeelsen (que incluye Fucsina y azul de metileno) requiere calentamiento para que el colorante Fucsina atraviese la pared bacteriana que contiene ceras. Al suspender el calentamiento y enfriar con agua, provoca una nueva solidificación de los ácidos grasos de modo que el colorante ya no puede salir de las bacterias. Las bacterias que resisten la decoloración son de color rojo y las que no, se ven de color azul ya que se utiliza azul de metileno como tinción de contraste 2,6-DICLOROFENOL INDOFENOL (DCPIP)

Se trata de un colorante redox, usado en la determinación de la velocidad de las reacciones lumínicas como la fotosíntesis, ya que se trata de un aceptor de electrones, de color azul cuando se encuentra en su estado oxidado e incoloro cuando se reduce. La velocidad de la reacción fotolumínica de la fotosíntesis puede ser cuantificada por ésta propiedad dado que una de sus

3'Z)-3. en histología y en citología. Cuando el DCPIP está presente.8-dimetIl-5-fenilfenazinio Este colorante se utiliza en la Tinción de Gram para proporcionar un color violeta más intenso a las bacterias Gram+ y tiñe de rosa a las bacterias G-. la cadena de transporte electrónico que termina con la reducción del NADP +. mucina y gránulos de mastocitos. La cantidad de DCPIP reducida puede ser cuantificada por la absorbancia de la solución en un espectrofotómetro.etapas involucra.7-diamino-2.3'-[(3.3'-dimetilbifenil-4. También para detectar cartílago. basado en la exclusión de pigmentos por las células vivas.7disulfónico Es un pigmento usado para la determinación de la viabilidad celular. no son teñidas por este compuesto dado que no .4-dihidronaftaleno-2. coloreando el núcleo celular de rojo. las células vivas.4'-diil)di(1Z)hidracin-2-il-1-ilideno]bis(5-amino-4-oxo-3. SAFRANINA Cloruro de 3. AZUL DE TRIPANO Ácido (3Z. La safranina se usa como líquido de contraste en algunos protocolos de tinción. se reduce por la reacción lumínica.

Ediciones Días de Santos. 4-DIHIDRO-3H-INDENO[1. Habibullah Khalilullah.2-c]pyrazole-2-carboxamide/carbothioamide analogues.puede atravesar la pared celular.S Teaching bio-organometallic chemistry. Bioorganic & Medicinal Chemistry Letters 22 (2012) 7029–7035 1 2 . Govind Mohan. No 11.2C]PIRAZOL-2-CARBOXAMIDA (1) 3A. Compuestos orgánicos usados como medicamentos MERCURIOCROMO Fue desarrollado para el tratamiento de infecciones internas actualmente es utilizado como antiséptico 2 en soluciones del 1 al 2. Vol. Madrid . POMA analyses as new efficient bioinformatics’ platform to predict and optimize bioactivity of synthesized 3a.4-dihydro-3H-indeno[1.1 2.2C]PIRAZOL-CARBOTIOAMIDA (2) Estos derivados de pirazolina.James P. 1977.54. por el contrario las células muertas aparecen teñidas de color azul. 3 Mohamed Jawed Ahsan . Thayer J. Eric De Clercq. Jeyabalan Govindasamy . Christophe Pannecouque. JACS. Stables. 4-DIHIDRO-3H-INDENO[1. Técnicas de Diagnóstico en virología. por su fuerte coloración es también usado como agente en la inspección por líquidos penetrantes en superficies de diferente tipo de materiales. son ampliamente estudiados debido a su posible uso como agentes antimicrobianos y antivirales3 Julio Coll Morales. 3A.5%. 1993.

11b(metanooximetano)ciclohepta[a]naphtalen-14-ona Al igual que el ácido salaspérmico muestra poder anti-replicatorio en células de linfocito H9 con un EC50 de 1µg/mL3.4aS.ÁCIDO SALASPÉRMICO ácido (3S. TRIPTERFORDINA (4R. 4 John Wing Shing Ho. 2013.11aR.7bR.1-c]oxepin-12-carboxílico Se trata de un ácido triterpénico. que ha sido aislado en Tripterygium Wifordii.13b.16R)-3-hidroxi-7b. Anti-Infective Agents. han mostrado tener una actividad antibacterial contra las infecciones del tracto urinario4.12.9-metano-4.8R. Este ha mostrado tener poder inhibitorio en la replicación del VIH en células de linfocito H9.13bS.15aR. 70-74 .8-dimetildodecahidro-1H-6a. 11.11bR)-8-hidroxi-4.6aS. Bioactive Herbal Alkaloids as Anti-Infective Agents.9a.5ametanocriseno[2. Otros compuestos como los gránulos de Salvia Plebeia.12R.9aS.15a.16-hexametilicosahidro-1H-3.9R.5aR.

8. como el vidrio poroso. es decir. John Hil finger. el cápside del virus de la gripe común de ésta forma es capaz de aislar el sitio activo de la proteína del virus impidiendo que salga de su célula huésped lo que previene su dispersión sin embargo su absorción intestinal es bastante baja. Mol. y con el otro extremo enlazarse a la enzima u otra molécula afín.2R)-1. las dextranas. 3. Sheeba Varghese Gupta. Compuestos orgánicos usados en la inmovilización. Se usa para fijar enzimas en diferentes soportes que no cuentan con grupos activos. Pharmaceutics 2011. Diseño de herramientas bioquímicas para la ingeniería molecular de derivados inmovilizados de renina y β-galactosidasa. Yasuhiro Tsume. 1996.4S)-4-guanidino-3-(prop-1-en-2-ilamino)-2-((1R. una molécula bifuncional la cual puede enlazarse en un extremo a una superficie.4-dihidro-2H-piran-6-carboxílico Es un inhibidor de la neuraminidasa (NA).3R. Jing Sun. Arik Dahan. Memoria para optar al título de Doctor en Farmacia Universidad Complutense de Madrid.7. 2358–2367 6 Guadalupe Pensol Alonso. Amidon. esto ha llevado a investigar sus prodrogas a partir de su condensación con aminoácidos5. Deepak Gupta. separación y precipitación de enzimas.4-BUTANODIOL-DIGLICIDOXIÉTER (BDE) 1. 5 .2. proteínas y ácidos nucleicos 1.ZANAMIVIR Ácido (2R. por lo que se suministra en forma de spray.3-trihidroxipropil)-3. Kyung-Dall Lee y Gordon L. Enhancing the Intestinal Membrane Permeability of Zanamivir: A Carrier Mediated Prodrug Approach. y óxidos metálicos6. silicatos de aluminio. agarosas.4-bis(oxiran-2-ilmetoxi)butano Corresponde a un brazo espaciador para la inmovilización de enzimas.

insulina. 2002. Sylwia Adamczyk.5. quitina y quitosano. Trabajo de grado para optar al título de ingeniero químico Universidad Nacional de Colombia.5R.6S)-tetrahidro-2H-piran-2. Inmovilización de pectinasas y/o celulasas y determinación de algunos de sus efectos en el jugo de guayaba . Francisco Javier Arias Vargas. Veikko Kitunen.4. poliaminas. bases nitrogenadas.3.4S. por lo que puede ser aprovechado para controlar la relación de nitrógeno en el suelo ya que modula la precipitación de los compuestos nitrogenados y variados usos analíticos que involucren la separación de estos compuestos. astringente y antiinflamatorio. Aino Smolander. péptidos y compuestos nitrogenados. proteínas. muestran que el ácido tánico es capaz de precipitar arginina.6-pentail pentakis(3. 8 Bartosz Adamczyk.ÁCIDO TÁNICO (2R. Soil Biology & Biochemistry 43 (2011) 628-637.3S. 7 . Tannic acid and Norway spruce condensed tannins can precipitate various organic nitrogen compounds .4-dihhidroxi-5-((3. sin embargo. En estudios recientes 8 .5-trihidroxibenzoil)oxi)benzoato) Este compuesto ha sido ampliamente usado en el curtido del cuero.4. Luis rolando Díaz Alzate. es conocida su propiedad de precipitar proteínas.

Burton. NADP+. Pittis and Jeanette A.N.3.Ntrimetilbenzenaminio Christopher R. Los ligandos derivados de antraquinona tienden a ser aniónicos. folato.5-triazin-2-Il)amino)-2-metilfenill)diazenil)fenil)metani minio 4-((4-((4-((4-(amino(iminio)metil)fenil)diazenil)-3-metilfenil)amino)-6-cloro-1.10dihidroantraceno-2-sulfonato) Para la cromatografía de afinidad se necesitan ciertos ligandos que correspondan con las conformaciones específicas de proteínas o enzimas que vayan a ser separadas. 1992. Wendy K. oligonucleótidos y polinucleótidos9. Nicolas P. Thomas. Alderton.10-dioxo-9. Coenzima A. 1. Lowe. Steven J. Burton. TIBTECH. debido a que los cromóforos cargados de éstos ligandos mimetizan el enlace natural de heterociclos aniónicos como el NAD +.3. 9 .3. Esto hace que permitan ser específicas para la purificación del la alcohol deshidrogenasa del hígado (ADH) del hígado de caballo y la fosfatasa alcalina de los intestinos de vaca.5-triazin-2-il)amino)-N. 10. Jennifer M. amino(4-((4-((4.6-dicloro-1.5-triazin-2-il)amino)-3-sulfonatofenil)amino)-9.TINTES DERIVADOS DE ANTRAQUINONA (Derivados de 1-amino-4-((4-((4-cloro-6-(Fenilamino)-1. Vol. PIGMENTOS BIOMIMÉTICOS BENZAMIDINO-TRIAZINA 2. ATP. piridoxal fosfato. Designer dyes: “biomimetic” ligands for the purification of pharmaceutical proteins by affinity chromatography.

El análisis de las isotermas de enlace para el adsorbente indica una constante de asociación (Ka) entre este ligando y la IgG de 4. Chromatogr. Kotsira. N. Ésta forma inmovilizada enlaza a la calicreína de un extracto pancreático crudo con un rendimiento del 79%.12S.5R. Biomed. V. Mazitsos. por eso para su separación se hace necesario un ligando que no sea afín ni a la tripsina ni a la quimiotripsina. Lingyun Jia.3mg IgG/mL de gel. Labrou. C. Journal of Chromatography A.D. por tal razón se desarrollan ligandos bicatiónicos como B. es usado como detergente en procesos de precipitación de proteínas. 891 (2000) 33–44 11 Hongqin Feng.En los extractos pancreáticos además de tripsina y quimiotripsina. la calicreína no lo hace.8R. Gogolas. S.13R. Biomimetic dyes as affinity chromatography tools in enzyme purification. mientras que la tripsina se adsorbe sobre el tinte monocatiónico inmovilizado A.10S.12-dihidroxi-10.17R)-3.13 dimetilhexadecahidro-1Hciclopenta[a]phenantren-17-il)pentanoico Es un ácido biliar. Melissis. N-BENCILOXICARBONIL-L-TIROSINA Bencil (3-(4-hidroxifenil)-1-(1H-imidazol-1-il)-1-oxopropan-2-il)carbamato Este es un ligando utilizado en la cromatografía de afinidad para la purificación de IgG (inmunoglobulina G) del plasma humano. éste compuesto se soporta en geles Sepharose CL-4B.Ph. G. generando un producto 99% libre de actividad contaminante de tripsina10. La IgG puede obtenerse co un pureza del 98%11.91X106 y una capacidad máxima de adsorción de 17. Honglin Li y Xicheng Wang. Y. se encuentra también otra proteasa conocida como calicreína. producto metabólico de las bacterias intestinales. ÁCIDO DESOXICÓLICO (DOC) Ácido (R)-4-((3R.9S. Clonis. 20: 1109–1115 (2006) 10 .14S. Screening and chromatographic assessing of a novel IgG biomimetic ligand.E.

Anderson. No. DODECILSULFATO DE SODIO Es un surfactante del tipo iónico usado en la preparación de proteínas para electroforesis en gel de poliacrilamida (SDS-PAGE). y varias enzimas enlazadas a membranas12. lo que alteraría la determinación de trazas en espectroscopia de masas de la disolución resultante. desnaturalizándolas. Qualtiere. Esto ocurre porque el SDS se une a las zonas apolares del polipéptido. Louis F. Effects of ionic and nonionic detergents on antigen antibody reactions. 119. Sigma. es también usado como humectante en medios de cultivo antes de la realización de tinciones 13. The journal of immunology. November 1977 13 MSDS. no obstante debe usarse a la concentración mínima posible con el objeto de no contaminar la muestra. provocando que estas moléculas proteicas pierdan su conformación nativa. Amil G. Además. TRITON X-100 t-octilfenoxipolietoxietanol Se trata de un surfactante no iónico. El SDS actúa rompiendo enlaces no covalentes en las proteínas. antígenos de linfocitos. product information. Vol. se usa frecuentemente como un auxiliar de disolución para proteínas integrales en medios acuosos. Triton X-100. la cantidad de SDS unido es similar para muchas proteínas: una molécula de SDS por cada dos residuos aminoácidos. proteínas cromosómicas. 5. y Paul Meyers.Principalmente para solubilizar membranas celulares y virales con el objetivo de aislar y caracterizar ciertos antígenos.Aldrich 12 .

etc. hace que este material esté disponible para las tirosina quinasas (aunque las serina/treonina quinasas también podrían unirse)16. CHAPS. (1983) Gamma-phosphate-linked ATP-sepharose for the affinity purification of protein kinasesrapid purification to homogeneity of skeletal muscle mitogen-activated protein kinase kinase. Marzo de 2013. las cuales son muy solubles o insolubles en soluciones acuosas debido a su hidrofobicidad nativa. En este caso siendo mimético a un residuo de tirosina.[03 de marzo de 2013]. Para soportarse se utilizan brazos espaciadores consistentes en 10 grupos metilenos.J. CHAPS puede ser usado también puede usarse junto con detergentes no iónicos tales como el Tritón X-100 15 γ-AMINOFENL-ATP (AC-101) El AP-ATP es inmovilizado sobre un gel de agarosa por la función fenilo con el objetivo de usarlo como ligando en cromatografía de afinidad. 214 (2):459. disponible en la web: http://es. La repulsión electrostática creada por la unión del SDS a la proteína es uno de las causas de que la proteína pierda su conformación nativa. Biochem.correspondiendo a unos 1.Aldrich 16 Haystead et al.org/wiki/Dodecilsulfato_s%C3%B3dico 15 MSDS.4 g SDS/g proteína. Ello proporciona al polipéptido una carga negativa que resulta proporcional a la longitud de la cadena (el número de aminoácidos) y.wikipedia. Es usado como un solvente no desnaturalizante en los procesos de purificación de proteínas y es especialmente usado en la purificación de proteínas de membrana. a la masa molecular de la proteína. [En línea]. SDS. Sigma. product information. Eur. Los rellenos de ATP-Agarosa pueden enlazar a proteínas de enlace del ATP como quinasas. deshidrogenasas. 14 . Este aporte de carga negativa es sustancialmente mayor que la carga original de la proteína. CHAPS 3-[(3-Colamidopropil)dimetilamonio]-1-propanosulfonato CHAPS es un detergente zwitteriónico usado para solubilizar macromoléculas biológicas tales como proteínas. eliminándose de este modo las diferencias en conformación de las diferentes proteínas que han de ser separadas en el gel14. por tanto.

N. All rights reserved. Pág. Sample Preparation Techniques in Analytical Chemistry . Esto brinda rigidez y conduce a una disminución de su capacidad para insertarse en membranas de bicapas hidrofóbicas y de proteínas. Al ser ampliamente eficiente para disociar nucleosomas y ribosomas su principal uso ha sido aislar ADN y ARN. Copyright © 2003 by John Wiley & Sons. También puede desnaturalizar los ácidos nucleicos e inhibir ciertas enzimas como desoxirribonucleasas y ribonucleasas que pueden degradar éstas moléculas17. 341-342. dentro de la cadena principal hidrófoba.N-LAURILSARCOSINATO DE SODIO 2-(N-metildodecanamido)acetato de sodio También conocido como sarkosyl. es un surfactante iónico usado para inhibir la iniciación de la transcripción del DNA. sin embargo. N-trimetilhexadecanamonio El CTAB es un detergente catiónico que tiene la propiedad de precipitar ácidos nucléicos y polisacáridos ácidos en soluciones de baja concentración iónica. En soluciones de alta concentración MITRA S. Esto explica porque es más suave que el SDS en su capacidad para desnaturalizar y romper la membrana y las estructuras de proteínas. cuenta con un enlace adicional tipo peptídico (amido). se relaciona estructuralmente a SDS. BROMURO DE CETILTRIMETILAMONIO (CTAB) Bromuro de N. y la solubilización y purificación de la proteína de la tembladera (Scrapie protein) o proteína de los priones PrPSc. 17 . Bajo estas condiciones las proteínas y los polisacáridos neutros permanecen en solución. Inc. Sus usos más comunes corresponden a la purificación de los factores sigma de la RNA polimerasa de Escherichia coli por solubilización de los cuerpos de inclusión.

[03 de http://en. Charles C. coli)18. que es mucho más fácil de liberar (usando un pH alrededor de 4)19.. Frances M.6aR)-2-oxohexahidro-1H-tieno[3. Klaus. antes de enlazarse al soporte la amina también debe ser activada con CNBr."Iminobiotin Affinity Columns and Their Application to Retrieval of Streptavidin" . 3. Proceedings of the National Academy of Sciences 77 (8): 4666–8 . por lo que si se hace necesario aislar la proteína marcada se prefiere usar iminobiotina. Marzo de 2013. Montibeller. Wood.3-diamina 1 Se usa como brazo espaciador para soportar ligandos con funcionalidades carboxilo.5) que pueden llevar a desnaturalizar la proteína biotinada (o marcada con biotina). Por esta razón es especialmente útil para precipitar ADN genómico de organismos que producen grandes cantidades de polisacáridos como las plantas y algunas bacterias Gram negativas (incluyendo algunas cepas de E. Sara W. 3´-DIAMINOPLOPILAMINA (DADPA) N -(3-aminopropil)propano-1.iónica el CTAB forma complejos con las proteínas y polisacáridos pero no precipita ácidos nucleicos. sobre geles de agarosa activadas con CNBr. [En línea].4S. disponible en la web: Hofmann. usándose en cromatografía de afinidad con una columna que contiene avidina (también estreptavidina o neutravidina).20 18 CTAB. Sin embargo para romper la interacción entre la biotina y el ligando se hacen necesarias condiciones bastante fuertes (6M de 6GuHCl a pH 1. que son sus ligandos naturales. que consisten en enlazarla a través del grupo carboxilo a grupos amino libres.. (1980).. Brinton.org/wiki/Cetyl_trimethylammonium_bromide 19 marzo de 2013].4-d]imidazol-4-il)pentanoico Se utiliza en procesos de biotinilación.wikipedia. Judith A. Finn. BIOTINA Ácido 5-((3aS.

"Dithiothreitol.3-diol TRIS y sus sales son usados para la preparación de buffers en una variedad grande de sistemas biológicos y bioquímicos ya que su intérvalo útil de tamponamiento va de 7 a 9 unidades de pH. Sus 20 Sugawara. (2005).a –SH. 4. Hirabayashi. Analytical Sciences 21(8). George. La reducción de los sulfuros se completa en minutos a pH 8. Hideki " Voltammetric Homogeneous Binding Assay of Biotin without a Separation Step Using Iminobiotin Labeled with an Electroactive Compound". . W.DL-DITHIOTHREITOL (DTT) (2R.4-dimercaptobutano-2.3R)-1. Kazuharu. W. Naoto. 897–900 21 Cleland.3-diol Es un agente reductor de puentes –S-S. Kuramitz. Kamiya. Biochemistry (1964). Compuestos orgánicos usados como tampones TRIS 2-amino-2-(hidroximetil)propano-1. En esta reacción el DTT es oxidado a un sulfuro cíclico.: 480–482. Un uso común del DTT es como agente desprotector del DNA tiolado21. a new protective reagent for SH groups".

Sin embargo. Se usa en cultivos de tejido. siendo un buffer efectivo a pH entre 6.24. Histochemistry. et al. product information. Ya que su pKa a 37°C e cercano al pH fisiológico es usado en trabajos de cultivos celulares. PIPES Ácido 2.Aldrich 26 Good.E. máxima solubilidad en agua y mínima solubilidad en otros solventes. 339 (1983) 25 MSDS.8 y 8. and Ogawa. 22 23 MSDS. introducido por Good et. interfiere en la determinación de proteínas por el método de Folin-Ciocalteu25.2. K. product information.Aldrich MSDS.. estabilidad química y enzimática y mínima absorción en el UV. N. K. 467 (1966) .usos incluyen el control in vivo e in vitro. HEPES Ácido 2-(4-(2-hidroxietil)piperazin-1-il)etanosulfónico Se trata de uno de los mejores tampones multipropósito. a pH fisiológico la molécula es zwitteriónica.. desarrollado para tener las siguientes propiedades: valores medios de pKa. poca variación en el valor de pKa debido al cambio de temperatura. PIPES. Sigma. Biochemistry. Sigma. 5. es el buffer indicado para la deposición de proteínas en la microscopía electrónica porque no afecta los sustratos metálicos. al.Aldrich 24 Yamamoto. TRIS.2'-(piperazin-1. También se usa en la fijación de glutaraldehído en muestras de tejido de plantas y animales para evitar pérdida de lípidos o cuando se fijan organelos de hepatocitos de rata con cacodilato tamponado con glutaraldehído ya que retiene la actividad de la fosfatasa alcalina hasta en un 60%23. Para fluidos corporales y como agente alcalinizante en el tratamiento de acidosis en la sangre22.. HEPES.4-diil)dietanosulfónico Es un miembro de la serie de los ácidos etanosulfónicos. mínimos efectos salinos. product information.26. 77. Sigma..

y en estudios de interacción de vesículas de fosfolípidos con poli(L-lisina)27. Sigma.5 a 7..TES Ácido 2-((1. Biophys.9 a 37°C.. Es usado en estudios de interacción de proteoglicanos con colágeno del tipo I..Aldrich 27 . The in vitro interaction of proteoglycans with type I collagen is modulated by phosphate. product information. 313(1).3-dihidroxi-2-(hidroximetil)propan-2-il) amino)etanosulfónico Este compuesto forma un buffer zwitteriónico. et al. Pogany. 28 MSDS. Arch. TES. Biochem. usado en un rango de pH de 6.111 (1994). G. 102.28.

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