UNIVERSIDAD DEL CAUCA FACULTAD DE CIENCIAS NATURALES, EXACTAS Y DE LA EDUCACIÓN DEPARTAMENTO DE QUÍMICA QUÍMICA ORGÁNICA AVANZADA PORTILLA O.M. 1.

Compuestos orgánicos usados como indicadores bioquímicos FUCSINA

Las paredes celulares de ciertos parásitos y bacterias contienen ácidos grasos (ácidos micólicos) de cadena larga (50 a 90 átomos de carbono) que les confieren la propiedad de resistir la decoloración con alcohol-ácido, después de la tinción con colorantes básicos. La coloración clásica de ZiehlNeelsen (que incluye Fucsina y azul de metileno) requiere calentamiento para que el colorante Fucsina atraviese la pared bacteriana que contiene ceras. Al suspender el calentamiento y enfriar con agua, provoca una nueva solidificación de los ácidos grasos de modo que el colorante ya no puede salir de las bacterias. Las bacterias que resisten la decoloración son de color rojo y las que no, se ven de color azul ya que se utiliza azul de metileno como tinción de contraste 2,6-DICLOROFENOL INDOFENOL (DCPIP)

Se trata de un colorante redox, usado en la determinación de la velocidad de las reacciones lumínicas como la fotosíntesis, ya que se trata de un aceptor de electrones, de color azul cuando se encuentra en su estado oxidado e incoloro cuando se reduce. La velocidad de la reacción fotolumínica de la fotosíntesis puede ser cuantificada por ésta propiedad dado que una de sus

no son teñidas por este compuesto dado que no .4'-diil)di(1Z)hidracin-2-il-1-ilideno]bis(5-amino-4-oxo-3.4-dihidronaftaleno-2.3'Z)-3. coloreando el núcleo celular de rojo. se reduce por la reacción lumínica.8-dimetIl-5-fenilfenazinio Este colorante se utiliza en la Tinción de Gram para proporcionar un color violeta más intenso a las bacterias Gram+ y tiñe de rosa a las bacterias G-. La cantidad de DCPIP reducida puede ser cuantificada por la absorbancia de la solución en un espectrofotómetro. La safranina se usa como líquido de contraste en algunos protocolos de tinción.3'-dimetilbifenil-4. Cuando el DCPIP está presente. las células vivas. mucina y gránulos de mastocitos. SAFRANINA Cloruro de 3.7disulfónico Es un pigmento usado para la determinación de la viabilidad celular. También para detectar cartílago. la cadena de transporte electrónico que termina con la reducción del NADP +.7-diamino-2.etapas involucra. basado en la exclusión de pigmentos por las células vivas. en histología y en citología.3'-[(3. AZUL DE TRIPANO Ácido (3Z.

Compuestos orgánicos usados como medicamentos MERCURIOCROMO Fue desarrollado para el tratamiento de infecciones internas actualmente es utilizado como antiséptico 2 en soluciones del 1 al 2. Vol. 4-DIHIDRO-3H-INDENO[1. 3 Mohamed Jawed Ahsan . No 11. Thayer J. 4-DIHIDRO-3H-INDENO[1.5%. 1977. JACS. Habibullah Khalilullah. Christophe Pannecouque.54.S Teaching bio-organometallic chemistry.2C]PIRAZOL-CARBOTIOAMIDA (2) Estos derivados de pirazolina. 1993. Bioorganic & Medicinal Chemistry Letters 22 (2012) 7029–7035 1 2 . Ediciones Días de Santos.puede atravesar la pared celular. Madrid .4-dihydro-3H-indeno[1. Stables. 3A.James P. Jeyabalan Govindasamy .2C]PIRAZOL-2-CARBOXAMIDA (1) 3A. son ampliamente estudiados debido a su posible uso como agentes antimicrobianos y antivirales3 Julio Coll Morales. Eric De Clercq. por su fuerte coloración es también usado como agente en la inspección por líquidos penetrantes en superficies de diferente tipo de materiales.2-c]pyrazole-2-carboxamide/carbothioamide analogues. POMA analyses as new efficient bioinformatics’ platform to predict and optimize bioactivity of synthesized 3a. Técnicas de Diagnóstico en virología.1 2. por el contrario las células muertas aparecen teñidas de color azul. Govind Mohan.

Anti-Infective Agents.11b(metanooximetano)ciclohepta[a]naphtalen-14-ona Al igual que el ácido salaspérmico muestra poder anti-replicatorio en células de linfocito H9 con un EC50 de 1µg/mL3.4aS.8R. 4 John Wing Shing Ho.1-c]oxepin-12-carboxílico Se trata de un ácido triterpénico.16-hexametilicosahidro-1H-3. que ha sido aislado en Tripterygium Wifordii.13bS.9a.15aR.5aR.12R. 70-74 .11aR.13b.9R.6aS.9aS. han mostrado tener una actividad antibacterial contra las infecciones del tracto urinario4.12.8-dimetildodecahidro-1H-6a.9-metano-4. 2013.7bR.15a. TRIPTERFORDINA (4R.11bR)-8-hidroxi-4. Bioactive Herbal Alkaloids as Anti-Infective Agents.ÁCIDO SALASPÉRMICO ácido (3S. Otros compuestos como los gránulos de Salvia Plebeia.5ametanocriseno[2. 11. Este ha mostrado tener poder inhibitorio en la replicación del VIH en células de linfocito H9.16R)-3-hidroxi-7b.

3R.4-BUTANODIOL-DIGLICIDOXIÉTER (BDE) 1. el cápside del virus de la gripe común de ésta forma es capaz de aislar el sitio activo de la proteína del virus impidiendo que salga de su célula huésped lo que previene su dispersión sin embargo su absorción intestinal es bastante baja. Memoria para optar al título de Doctor en Farmacia Universidad Complutense de Madrid. silicatos de aluminio. Amidon. Sheeba Varghese Gupta.3-trihidroxipropil)-3.4-dihidro-2H-piran-6-carboxílico Es un inhibidor de la neuraminidasa (NA). Se usa para fijar enzimas en diferentes soportes que no cuentan con grupos activos.2. Jing Sun. las dextranas. 2358–2367 6 Guadalupe Pensol Alonso.7. Mol.2R)-1. proteínas y ácidos nucleicos 1. agarosas. 8. por lo que se suministra en forma de spray. una molécula bifuncional la cual puede enlazarse en un extremo a una superficie. 5 . Pharmaceutics 2011. y con el otro extremo enlazarse a la enzima u otra molécula afín.ZANAMIVIR Ácido (2R.4S)-4-guanidino-3-(prop-1-en-2-ilamino)-2-((1R. John Hil finger. Arik Dahan. como el vidrio poroso. Yasuhiro Tsume. Diseño de herramientas bioquímicas para la ingeniería molecular de derivados inmovilizados de renina y β-galactosidasa. 1996. Compuestos orgánicos usados en la inmovilización. 3. separación y precipitación de enzimas. es decir. Kyung-Dall Lee y Gordon L. Enhancing the Intestinal Membrane Permeability of Zanamivir: A Carrier Mediated Prodrug Approach. esto ha llevado a investigar sus prodrogas a partir de su condensación con aminoácidos5. y óxidos metálicos6. Deepak Gupta.4-bis(oxiran-2-ilmetoxi)butano Corresponde a un brazo espaciador para la inmovilización de enzimas.

4-dihhidroxi-5-((3. Sylwia Adamczyk.5R. Soil Biology & Biochemistry 43 (2011) 628-637. sin embargo. Luis rolando Díaz Alzate. por lo que puede ser aprovechado para controlar la relación de nitrógeno en el suelo ya que modula la precipitación de los compuestos nitrogenados y variados usos analíticos que involucren la separación de estos compuestos. insulina. bases nitrogenadas. proteínas. poliaminas.5. quitina y quitosano. péptidos y compuestos nitrogenados.ÁCIDO TÁNICO (2R.3S. Veikko Kitunen. muestran que el ácido tánico es capaz de precipitar arginina. Aino Smolander. 2002.4. Francisco Javier Arias Vargas.6S)-tetrahidro-2H-piran-2.6-pentail pentakis(3. Trabajo de grado para optar al título de ingeniero químico Universidad Nacional de Colombia. es conocida su propiedad de precipitar proteínas.4S. Tannic acid and Norway spruce condensed tannins can precipitate various organic nitrogen compounds . astringente y antiinflamatorio. 8 Bartosz Adamczyk.3. Inmovilización de pectinasas y/o celulasas y determinación de algunos de sus efectos en el jugo de guayaba .4. En estudios recientes 8 . 7 .5-trihidroxibenzoil)oxi)benzoato) Este compuesto ha sido ampliamente usado en el curtido del cuero.

Burton.N.TINTES DERIVADOS DE ANTRAQUINONA (Derivados de 1-amino-4-((4-((4-cloro-6-(Fenilamino)-1. Burton. Los ligandos derivados de antraquinona tienden a ser aniónicos.3.Ntrimetilbenzenaminio Christopher R.3. amino(4-((4-((4. Lowe.10dihidroantraceno-2-sulfonato) Para la cromatografía de afinidad se necesitan ciertos ligandos que correspondan con las conformaciones específicas de proteínas o enzimas que vayan a ser separadas. oligonucleótidos y polinucleótidos9. Alderton. 1992. Steven J.5-triazin-2-il)amino)-3-sulfonatofenil)amino)-9. Wendy K. ATP.10-dioxo-9. Pittis and Jeanette A. NADP+.6-dicloro-1. 9 . Esto hace que permitan ser específicas para la purificación del la alcohol deshidrogenasa del hígado (ADH) del hígado de caballo y la fosfatasa alcalina de los intestinos de vaca. Thomas. 10.5-triazin-2-Il)amino)-2-metilfenill)diazenil)fenil)metani minio 4-((4-((4-((4-(amino(iminio)metil)fenil)diazenil)-3-metilfenil)amino)-6-cloro-1. Nicolas P. TIBTECH. Vol. Designer dyes: “biomimetic” ligands for the purification of pharmaceutical proteins by affinity chromatography. folato. 1. Jennifer M. PIGMENTOS BIOMIMÉTICOS BENZAMIDINO-TRIAZINA 2. piridoxal fosfato. debido a que los cromóforos cargados de éstos ligandos mimetizan el enlace natural de heterociclos aniónicos como el NAD +.3.5-triazin-2-il)amino)-N. Coenzima A.

Biomed. La IgG puede obtenerse co un pureza del 98%11. N.13 dimetilhexadecahidro-1Hciclopenta[a]phenantren-17-il)pentanoico Es un ácido biliar. Y.D. C.8R. por tal razón se desarrollan ligandos bicatiónicos como B.12S.5R. 20: 1109–1115 (2006) 10 .En los extractos pancreáticos además de tripsina y quimiotripsina. G. Honglin Li y Xicheng Wang. N-BENCILOXICARBONIL-L-TIROSINA Bencil (3-(4-hidroxifenil)-1-(1H-imidazol-1-il)-1-oxopropan-2-il)carbamato Este es un ligando utilizado en la cromatografía de afinidad para la purificación de IgG (inmunoglobulina G) del plasma humano. generando un producto 99% libre de actividad contaminante de tripsina10. Gogolas.9S. Chromatogr. El análisis de las isotermas de enlace para el adsorbente indica una constante de asociación (Ka) entre este ligando y la IgG de 4.10S. Mazitsos. éste compuesto se soporta en geles Sepharose CL-4B. Kotsira.Ph. la calicreína no lo hace. por eso para su separación se hace necesario un ligando que no sea afín ni a la tripsina ni a la quimiotripsina. Clonis. es usado como detergente en procesos de precipitación de proteínas. Journal of Chromatography A. Ésta forma inmovilizada enlaza a la calicreína de un extracto pancreático crudo con un rendimiento del 79%.3mg IgG/mL de gel.12-dihidroxi-10. Biomimetic dyes as affinity chromatography tools in enzyme purification. Melissis. se encuentra también otra proteasa conocida como calicreína.91X106 y una capacidad máxima de adsorción de 17.E. producto metabólico de las bacterias intestinales.14S.13R. 891 (2000) 33–44 11 Hongqin Feng. mientras que la tripsina se adsorbe sobre el tinte monocatiónico inmovilizado A. V. ÁCIDO DESOXICÓLICO (DOC) Ácido (R)-4-((3R. S. Lingyun Jia. Screening and chromatographic assessing of a novel IgG biomimetic ligand. Labrou.17R)-3.

Principalmente para solubilizar membranas celulares y virales con el objetivo de aislar y caracterizar ciertos antígenos. Esto ocurre porque el SDS se une a las zonas apolares del polipéptido. Sigma. proteínas cromosómicas. Vol. Además. The journal of immunology. DODECILSULFATO DE SODIO Es un surfactante del tipo iónico usado en la preparación de proteínas para electroforesis en gel de poliacrilamida (SDS-PAGE). product information. Louis F. No. Triton X-100. y Paul Meyers. es también usado como humectante en medios de cultivo antes de la realización de tinciones 13.Aldrich 12 . la cantidad de SDS unido es similar para muchas proteínas: una molécula de SDS por cada dos residuos aminoácidos. provocando que estas moléculas proteicas pierdan su conformación nativa. 5. 119. antígenos de linfocitos. Anderson. se usa frecuentemente como un auxiliar de disolución para proteínas integrales en medios acuosos. lo que alteraría la determinación de trazas en espectroscopia de masas de la disolución resultante. no obstante debe usarse a la concentración mínima posible con el objeto de no contaminar la muestra. desnaturalizándolas. TRITON X-100 t-octilfenoxipolietoxietanol Se trata de un surfactante no iónico. Qualtiere. November 1977 13 MSDS. y varias enzimas enlazadas a membranas12. Amil G. El SDS actúa rompiendo enlaces no covalentes en las proteínas. Effects of ionic and nonionic detergents on antigen antibody reactions.

14 . hace que este material esté disponible para las tirosina quinasas (aunque las serina/treonina quinasas también podrían unirse)16. Los rellenos de ATP-Agarosa pueden enlazar a proteínas de enlace del ATP como quinasas. Para soportarse se utilizan brazos espaciadores consistentes en 10 grupos metilenos.correspondiendo a unos 1.org/wiki/Dodecilsulfato_s%C3%B3dico 15 MSDS. CHAPS puede ser usado también puede usarse junto con detergentes no iónicos tales como el Tritón X-100 15 γ-AMINOFENL-ATP (AC-101) El AP-ATP es inmovilizado sobre un gel de agarosa por la función fenilo con el objetivo de usarlo como ligando en cromatografía de afinidad. a la masa molecular de la proteína. SDS. Eur.wikipedia. Sigma. Biochem. deshidrogenasas. Ello proporciona al polipéptido una carga negativa que resulta proporcional a la longitud de la cadena (el número de aminoácidos) y.Aldrich 16 Haystead et al. etc. En este caso siendo mimético a un residuo de tirosina. [En línea]. product information. 214 (2):459. disponible en la web: http://es. CHAPS 3-[(3-Colamidopropil)dimetilamonio]-1-propanosulfonato CHAPS es un detergente zwitteriónico usado para solubilizar macromoléculas biológicas tales como proteínas. Es usado como un solvente no desnaturalizante en los procesos de purificación de proteínas y es especialmente usado en la purificación de proteínas de membrana.4 g SDS/g proteína.[03 de marzo de 2013]. La repulsión electrostática creada por la unión del SDS a la proteína es uno de las causas de que la proteína pierda su conformación nativa. por tanto. (1983) Gamma-phosphate-linked ATP-sepharose for the affinity purification of protein kinasesrapid purification to homogeneity of skeletal muscle mitogen-activated protein kinase kinase. CHAPS. Marzo de 2013. Este aporte de carga negativa es sustancialmente mayor que la carga original de la proteína. eliminándose de este modo las diferencias en conformación de las diferentes proteínas que han de ser separadas en el gel14. las cuales son muy solubles o insolubles en soluciones acuosas debido a su hidrofobicidad nativa.J.

y la solubilización y purificación de la proteína de la tembladera (Scrapie protein) o proteína de los priones PrPSc. Copyright © 2003 by John Wiley & Sons. También puede desnaturalizar los ácidos nucleicos e inhibir ciertas enzimas como desoxirribonucleasas y ribonucleasas que pueden degradar éstas moléculas17. Al ser ampliamente eficiente para disociar nucleosomas y ribosomas su principal uso ha sido aislar ADN y ARN. BROMURO DE CETILTRIMETILAMONIO (CTAB) Bromuro de N. dentro de la cadena principal hidrófoba. Sample Preparation Techniques in Analytical Chemistry . 17 . Pág. se relaciona estructuralmente a SDS. Bajo estas condiciones las proteínas y los polisacáridos neutros permanecen en solución. Esto brinda rigidez y conduce a una disminución de su capacidad para insertarse en membranas de bicapas hidrofóbicas y de proteínas. N-trimetilhexadecanamonio El CTAB es un detergente catiónico que tiene la propiedad de precipitar ácidos nucléicos y polisacáridos ácidos en soluciones de baja concentración iónica. N. cuenta con un enlace adicional tipo peptídico (amido). All rights reserved. sin embargo. es un surfactante iónico usado para inhibir la iniciación de la transcripción del DNA. Esto explica porque es más suave que el SDS en su capacidad para desnaturalizar y romper la membrana y las estructuras de proteínas.N-LAURILSARCOSINATO DE SODIO 2-(N-metildodecanamido)acetato de sodio También conocido como sarkosyl. En soluciones de alta concentración MITRA S. Sus usos más comunes corresponden a la purificación de los factores sigma de la RNA polimerasa de Escherichia coli por solubilización de los cuerpos de inclusión. Inc. 341-342.

wikipedia. Klaus.4-d]imidazol-4-il)pentanoico Se utiliza en procesos de biotinilación. Judith A. por lo que si se hace necesario aislar la proteína marcada se prefiere usar iminobiotina.. 3. que son sus ligandos naturales. que consisten en enlazarla a través del grupo carboxilo a grupos amino libres.. Proceedings of the National Academy of Sciences 77 (8): 4666–8 . sobre geles de agarosa activadas con CNBr.. usándose en cromatografía de afinidad con una columna que contiene avidina (también estreptavidina o neutravidina). Charles C. Brinton. (1980). Por esta razón es especialmente útil para precipitar ADN genómico de organismos que producen grandes cantidades de polisacáridos como las plantas y algunas bacterias Gram negativas (incluyendo algunas cepas de E. Finn. Sara W.3-diamina 1 Se usa como brazo espaciador para soportar ligandos con funcionalidades carboxilo. BIOTINA Ácido 5-((3aS. coli)18. que es mucho más fácil de liberar (usando un pH alrededor de 4)19.iónica el CTAB forma complejos con las proteínas y polisacáridos pero no precipita ácidos nucleicos. Wood.6aR)-2-oxohexahidro-1H-tieno[3. Marzo de 2013. disponible en la web: Hofmann.5) que pueden llevar a desnaturalizar la proteína biotinada (o marcada con biotina). Sin embargo para romper la interacción entre la biotina y el ligando se hacen necesarias condiciones bastante fuertes (6M de 6GuHCl a pH 1."Iminobiotin Affinity Columns and Their Application to Retrieval of Streptavidin" .4S. [En línea]. antes de enlazarse al soporte la amina también debe ser activada con CNBr.[03 de http://en. Montibeller. Frances M.20 18 CTAB.org/wiki/Cetyl_trimethylammonium_bromide 19 marzo de 2013]. 3´-DIAMINOPLOPILAMINA (DADPA) N -(3-aminopropil)propano-1.

W. . La reducción de los sulfuros se completa en minutos a pH 8.4-dimercaptobutano-2.a –SH.3R)-1. "Dithiothreitol. George.DL-DITHIOTHREITOL (DTT) (2R. Un uso común del DTT es como agente desprotector del DNA tiolado21. a new protective reagent for SH groups". Biochemistry (1964). Kuramitz. 4. Compuestos orgánicos usados como tampones TRIS 2-amino-2-(hidroximetil)propano-1. Analytical Sciences 21(8). Sus 20 Sugawara. (2005). 897–900 21 Cleland.: 480–482. Kazuharu. Kamiya. En esta reacción el DTT es oxidado a un sulfuro cíclico. Hirabayashi. W.3-diol TRIS y sus sales son usados para la preparación de buffers en una variedad grande de sistemas biológicos y bioquímicos ya que su intérvalo útil de tamponamiento va de 7 a 9 unidades de pH. Naoto. Hideki " Voltammetric Homogeneous Binding Assay of Biotin without a Separation Step Using Iminobiotin Labeled with an Electroactive Compound".3-diol Es un agente reductor de puentes –S-S.

2. Sigma. et al. 5. es el buffer indicado para la deposición de proteínas en la microscopía electrónica porque no afecta los sustratos metálicos. 22 23 MSDS. and Ogawa. También se usa en la fijación de glutaraldehído en muestras de tejido de plantas y animales para evitar pérdida de lípidos o cuando se fijan organelos de hepatocitos de rata con cacodilato tamponado con glutaraldehído ya que retiene la actividad de la fosfatasa alcalina hasta en un 60%23. HEPES.Aldrich 24 Yamamoto. estabilidad química y enzimática y mínima absorción en el UV. poca variación en el valor de pKa debido al cambio de temperatura. 467 (1966) . K. K. siendo un buffer efectivo a pH entre 6..4-diil)dietanosulfónico Es un miembro de la serie de los ácidos etanosulfónicos. product information.26. Sigma. 339 (1983) 25 MSDS..usos incluyen el control in vivo e in vitro. Sigma. interfiere en la determinación de proteínas por el método de Folin-Ciocalteu25. mínimos efectos salinos. PIPES Ácido 2. Histochemistry. al.Aldrich MSDS. máxima solubilidad en agua y mínima solubilidad en otros solventes. Para fluidos corporales y como agente alcalinizante en el tratamiento de acidosis en la sangre22. desarrollado para tener las siguientes propiedades: valores medios de pKa. Se usa en cultivos de tejido.E. Biochemistry. HEPES Ácido 2-(4-(2-hidroxietil)piperazin-1-il)etanosulfónico Se trata de uno de los mejores tampones multipropósito. PIPES. TRIS.2'-(piperazin-1.. product information.. Sin embargo.8 y 8. 77. product information. introducido por Good et.Aldrich 26 Good. Ya que su pKa a 37°C e cercano al pH fisiológico es usado en trabajos de cultivos celulares. N. a pH fisiológico la molécula es zwitteriónica.24.

Aldrich 27 .9 a 37°C. 28 MSDS. Pogany.5 a 7... usado en un rango de pH de 6. Sigma.111 (1994). Arch. The in vitro interaction of proteoglycans with type I collagen is modulated by phosphate.TES Ácido 2-((1. 313(1). et al. y en estudios de interacción de vesículas de fosfolípidos con poli(L-lisina)27. Biophys. TES. Biochem. Es usado en estudios de interacción de proteoglicanos con colágeno del tipo I. product information. 102.. G.28.3-dihidroxi-2-(hidroximetil)propan-2-il) amino)etanosulfónico Este compuesto forma un buffer zwitteriónico.

Sign up to vote on this title
UsefulNot useful