(Domain) Folds of Protein

Domnios so construdos a partir de motivos estruturais

Cadeia polipeptdica (ou parte) que se enovela independentemente em uma estrutura terciria estvel Motivos estruturais adjascentes so geralmente prximos em 3D
Algumas combinaes so muito favorveis estruturalmente Domnios similares ocorrem em protenas com diferentes funes e sequencias primrias totalmente diferentes

Grandes cadeias polipeptdicas se enovelam em vrios domnios

Tipos de Interaes em Estruturas de Protenas

Estrutura Terciria
Descreve como os elementos de estrutura secundria se associam dentro de uma nica cadeia polipeptdica para resultar em uma estrutura tridimensional Estruturas tercirias podem ser divididas em trs classes principais somente a somente b estruturas a/b

Alpha Domain: Hlice nica

Vrios exemplos de pequenas protenas (ou peptdeos) que consistem em uma hlice nica. Exemplo de destaque o glucagon envolvido no metabolismo de acar em mamferos

Glucagon Mecanismo de ao

Protenas ligadoras de Clcio (CaBPs)

Binding affinities
Kd (M)
10-3CaR

Sinalizao
Ca

10-4

Thermolysin Calmodulin

10-5

Ca2+-free Calmodulin (1cfc)

Ca2+-binding Calmodulin (3cln)

10-7

Protease K

Tamponamento
10-8

Estabilidade

Calbindin D9k

10-9

-Lactalbumin Parvalbumin Calbindin D9K (1b1g) Thermolysin (1tlx)

Calmodulina

Ca

Protena Kinase

Mioglobina

Toxina de Anthrax (EF) Adenilato ciclase Calmodulina-dependente

Fosforilase Kinase uma enzima multidomnios com domnio calmodulina

Coil-coil a Helices

Uma hlice alpha coiled-coil possui uma sequencia repetitiva de 7 aa. Esses aa so nomeados a-g Distorcida 3.5 resduos por volta. Repetio integral dos 7 resduos

Empacotamento do Coiled-coil
Uma leucina aparece a cada 7 resduos, posio d. Devido a repetio de 7 resduos, as leucinas de cada hlice interagem umas com as outras Os resduos na posiao a tambm so hidrofbicos Zipper de Leucina

Repeties de 7 aa

Pontes salinas geralmente estabilizam a estrutura coiled-coil resduos carregados nas posies e-g

Fator de transcrio GCN4-bZIP

Feixe de 4 hlices
Frequentemente ocorrem como um domnio O arranjo das hlices adjascentes na seq primria repete-se na seq terciria Algumas cadeias laterais das 4 hlices esto em contato, formando um core hidrofbico

Topologias de feixes de 4 hlices

Estruturas Alpha/Beta
Muito recorrente em estruturas proteicas Mais comum e regular so as estruturas com repeties do motivo beta-alpha-beta, de tal forma que as hlices compe a camada externa da estrutura, empacotadas contra o core central das fitas beta paralelas Existe 3 classes principais TIM barrel Rossman Fold (open sheets) Horseshoe fold

Barril TIM (triose fosfato isomerase

Core de 8 fitas beta paralelas torcidas, formando um barril Topologia (alpha-beta)8 Conexo de mo direita

Propriedades do barril TIM

Encontrado em diversas famlias proteicas Maioria enzima. Funes e sequncias totalmente diferentes Cadeias hidrofbicas dominam o core da estrutura

O core organizado em 3 camadas, cada uma contendo 4 resduos hidrofbicos de fitas alternadas.

Localizao do stio ativo

O stio ativo de todos barris a/b localiza-se na cavidade formada pelos loops que conectam o C-term das fitas s hlices adjascentes. Uma vista superior do barril da enzima RuBisCo (ribulose bisphosphato carboxylase), envolvida na fixao de CO2 em plantas

a/b folha aberta

Folha beta aberta rodeada por hlices alpha Exemplos (a) a protena FMN-binding redox Flavodoxin and (b) a enzima adenylate kinase, que cataliza a reao AMP + ATP <=> 2ADP.

Posio do stio ativo em a/b aberta

Tem sempre 2 fitas em lados opostos da folha. Os loops que conectam essas fitas s hlices adjascentes ficam cada um de um lado da folha. Uma fenda criada entre os loops. Quase todos os stios ativos ou de ligao dessa classe de protenas encontra-se nessa fenda.

Enovelamento ferradura a/b

Enovelamento formado por uma folha beta curvada de fitas paralelas, com as hlices do lado convexo Diagrama do inibidor de ribonuclease. Protena formada por motivos b-loop-a repetidos. 17 fitas beta paralelas do lado de dentro e 16 hlices do lado de fora

Estruturas Beta
Fitas b anti-paralelas so usualmente arranjadas em duas folhas que se empacotam uma contra a outra, formanda a estrutura de um barril destorcido Dependendo de como as fitas so conectadas, essas estrturas podem ser divididas em 4 grupos principais: Up-and-down barril Barril Chave Grega superoxide dismutase (SOD) Jelly roll barril b-helix

Up-and-down Barril
Diagrama topolgico do barril up-and-down b. 8 fitas b antiparalelas conectadas por grampos de cabelo. Fitas adjascentes na sequncia tambm so na estrutura terciria

Protena ligadora de retinol(RBP)

RBP um barril up-and-down. Uma molcula de retinol, vitamina A (amarelo), est ligada dentro do barril, entre duas fitas b, de tal forma que sua parte hidroflica est na superfcie da estrutura.

Amino Acid Sequence Reflects b Structure

Amino acid sequence of b strands 2, 3, and 4 in human plasma retinol-binding protein. The sequences are listed in such a way that residues which point into the barrel are aligned. These hydrophobic residues are shown by arrows and are colored green. The remaining residues are exposed to the solvent.

Domnio Gamma Crystallin chave grega

Domnio construdo por duas folhas de 4 fitas betas antiparalelas As folhas possuem um enovelamento de chave grega, fitas 1 - 4 (vermelha) e fitas 5-8 (verde)

Estrtura completa da g-crystallin

Dois domnios com mesma topologia (2 chaves gregas), conectados por um pequeno loop. Identidade entre os domnios muito maior que entre os motivos dentro do mesmo domnio sugere duplicao gnica

Hlice b de trs folhas

2 fitas b (azul e amarela) paralelas e perpendiculares com a terceira (verde). A unidade estrutural composta pelas fitas conectadas por loops (a, b and c). Loop a (vermelho) invarivel e composto por 2 resduos, os outros 2 variam no comprimeno Exemplo: Pectase lyase C.

 Infeces crnicas (& aumento da resistncia a antibiticos): e.g. ouvido, implantes, dentes, corao e pulmo (especialmente em fibrose cstica) Contaminaes em processos industriais Bioremediao Produo de produtos naturais http://www.math.utah.edu/~keener/
http://v2.pseudomonas.com/

Hengge, R. (2009) Nat. Rev. Microbiol.

Newell, P. et al. (2011) PLoS Biology.

LapDdual adota uma conformao bilobial, compacta

Domain-swapped arms to the periplasmic domain

Somente pequenas mudanas no stio de ligao Entrada do c-di-GMP imcompatvel com a estrura compacta do mdulo intracelular

O dmero simtrico observado nos cristais de LapD-EAL so equivalentes s formas dimricas encontras em enzimas ativas contendo esse domnio