Una solucin a las politomas en el anlisis biogeogrfico basado en eventos: Enfoque Bayesiano o resolucin por pesos?

Luis Carlos Villarreal Daz. Cdigo: 2041699 INTRODUCCION El anlisis de dispersin-Vicarianza (Ronquist, 1997; implementado en el programa DIVA, Ronquist, 1996) es un mtodo biogeogrfico de parsimonia basado en eventos que optimiza reas ancestrales sobre los nodos internos de una filogenia minimizando el numero de eventos de duplicaciones y extinciones requeridos para explicar la distribucin de los terminales (Ronquist, 2003). Aunque la especiacin aloptrica en respuesta a la vicarianza se asume como modelo nulo, DIVA tambin puede considerar dispersiones y extinciones como procesos alternativos implicados en la formacin de patrones de distribucin actuales (Ronquist, 1997). En los ltimos aos DIVA se a convertido en un mtodo popular para la inferencia biogeogrfica debido a su capacidad de reconstruir la historia geogrfica de un linaje individual sin contar con algn cocimiento previo de la historia de las reas a estudiar. Un problema con la implementacin de DIVA es que solo puede manejar rboles completamente bifurcados. En caso de politomas o cuando las ramas internas son cortas, puede ser particularmente problemtico. Para solucionar esto Ronqist (2003) planteo que las politomas se podan resolver utilizando resoluciones de estas politomas volvindolas dicotomas. De hecho un problema de todos los mtodos biogeogrficos actuales es que ignoran la incertidumbre en inferencias filogenticas: las reas ancestrales son reconstruidas sobre una topologa (usualmente la mas parsimoniosa) asumiendo que la filogenia es conocida y no tiene ningn error (Sanmartin & Ronquist, 2004). Nylander et al.(2008) sugieren utilizar un enfoque Bayesiano para solucionar estas politomas aseverando que al utilizar la topologa consenso del anlisis de Mr Bayes esta era ms adecuada debido a la probabilidad posterior que el mtodo de resolucin dicotmica planteado por Ronquist. El objetivo de este trabajo es comparar las reconstrucciones encontradas en el anlisis de parsimonia basado en eventos utilizando DIVA a partir de resoluciones de politomas por pesos y la filogenia obtenida por evidencia total a travs de inferencia Bayesiana.

MATERIALES Y METODOS Se utilizo la filogenia del genero Blumea obtenida del trabajo de Pornpongrungrueng et al. (2007), la cual presentaba 2 tricotomias (Fig.1). El anlisis filogentico se realiz a partir de 20 especies del genero Blumea y una especie del genero Laggera se utiliz como outgroup (Lagera pterodonta). Se utilizaron las secuencias moleculares de 1 gen nuclear ITS (nrDNA) y 2 genes cloroplasticos trnL-F (cpDNA) y psbAtrnH (cpDNA) , las secuencias fueron buscadas en GenBank (Tabla 5.), las secuencias moleculares de cada uno de los genes se alinearon utilizando MUSCLE v3.7 (Edgar, 2004). Para determinar el mejor modelo de evolucin para cada gen se utilizaron los alineamientos obtenidos de MUSCLE utilizando el criterio de Akaike (AIC) utilizando Jmodel test (Posada, 2008). El anlisis Bayesiano se llev a cabo en Mr.Bayes 3.1.2 (Huelsenbeck y Ronquist 2003) utilizando una caminata exploratoria de 10 000.000 de generaciones, 4 cadenas y un burning del 25%, posteriormente se repiti el anlisis dos veces y se verifico que las topologas obtenidas y los valores de probabilidad posterior fueran iguales. El anlisis biogeogrfico se realiz con 10 reas especificadas en el trabajo de Turner et al. (2001) perteneciente a la regin del sudeste de Asia: India (1), Himalayas (2), Sur Asia (3), Taiwn (4), Pennsula Malaya (5), Sumatra (6), Borneo (7) Moluccas (8), Nueva Guinea (9) y Australia (10), como outgroup se tom el occidente de frica (11). Se trabajo con las 21 especies utilizadas en el anlisis filogentico, su distribucin fue obtenida en el sitio web de GBIF (2009) Se realizo la resolucin de las 2 tricotomias que presentaba la filogenia de Blumea . Se realiz el anlisis de parsimonia basada en eventos de dispersinvicarianza en DIVA 1.2 (Ronquist, 2001). El rbol consenso que se obtuvo de anlisis Bayesiano fue introducido en DIVA y se realiz el anlisis de parsimonia basada en eventos de dispersin-vicarianza. RESULTADOS Y DISCUSIN El modelo de evolucin elegido por el criterio de Akaike en el programa JModeltest para el gen ITS fue GTR+Gamma, para el gen psbA-trnH fue F81+I y para el trnL-F fue GTR+I, estos modelos fueron utilizados para construir la filogenia de evidencia total a travs de inferencia Bayesiana con 10.000.000 de

generaciones y una desviacin estndar de 0.000702 (Fig. 2). Con la topologa del consenso del anlisis Bayesiano se realiz el anlisis de eventos con DIVA obtuvieron la frecuencia de dispersiones (Tabla 1) y frecuencias de vicarianza (Table 2). Se obtuvieron 9 soluciones a las 2 tricotomias presentes en la filogenia de Blumea (Fig. 1) y se realiz el anlisis de eventos con un peso de 0.166 a cada solucin obteniendo las frecuencias de dispersin (Tabla 3) y frecuencia de vicarianza (Tabla 4). Los anlisis de Diva usualmente se basan en un nico rbol completamente resuelto, por tanto las reconstruccin de reas ancestrales asume que ese rbol es verdadero y libre de error, (Ronquist, 2003). De hecho Nylander et al. (2008) sugieren que la acomodacin de la topologa por la resolucin de Ronquist convirtiendo las terminales implicadas en dicotomicas, colocando las posibles soluciones al mismo y dando pesos a los rboles (1 dividido en el numero de soluciones) en el script de DIVA podra producir incertidumbre en las reas ancestrales, afectando la dispersin y vicarianza en estas zonas, por tanto ellos plantean que al basarse en el rbol resultado del anlisis bayesiano el cual tiene una probabilidad a posterior que seria ms acertada disminuye el sesgo que tendra la resolucin por pesos. Sin embargo al comparar los dos mtodos en la filogenia de Blumea se puede observar que las reas ancestrales y los valores de dispersin y vicarianza prcticamente no varan, lo cual sugerira que el mtodo de resolucin de politomas de Ronquist no est sesgado como plantea Nylander et al y por el contrario es mucho ms fcil y practico, ya que el enfoque Bayesiano implica bsqueda de secuencias, alineacin, corrida en Mr. Bayes y posterior corrida en DIVA. Sin embargo en este caso que era una filogenia pequea y tenia 2 tricotomias es mejor realizar la resolucin y utilizacin de pesos, pero como los resultados fueron similares se podra confirmar que el enfoque Bayesiano tambin da resultado y seria muy bueno en filogenias con ms de 2 tricotomas o 2 o ms tretratomas que serian imposibles por el mtodo de resolucin de Ronquist, dara muy buenos resultado y una posible solucin.

BILIOGRAFIA Edgar, Robert.C. 2004. MUSCLE:multiple sequence alignment with high accuracy and high throughput, Nucleic Acids Research 32(5), 1792-97 Pornpongrungrueng, P., Borchsenius, F., Englund, M., Anderberg, A. Gustafsson, M. H. G. 2007.Phylogenetic relationships in Blumea (Asteraceae:Inuleae) as evidenced by molecular and morphological data.Plant systematics and evolution 269: 223243 Posada D. 2008. jModelTest: Phylogenetic Model Averaging. Molecular Biology and Evolution 25: 1253-1256. Ronquist, F. 1996. DIVA version 1.1. Computer program and manual available by anonymous FTP from Uppsala University (ftp.uu.se o ftp.systbiol.uu.se). Ronquist, F. 1997. Dispersal-vicariance analysis:Anew approach to the quantification of historical biogeography. Syst. Biol. 46:195203. Ronquist, F. y J. P. Huelsenbeck. 2003. MRBAYES 3: Bayesian phylogenetic inference under mixed models. Bioinformatics 19: 1572-1574 Turner H., Hovenkamp P. y Van Welzen P. 2001 Biogeography of Southeast Asia and the West Pacific. Journal of Biogeography, 28, 217230. Nylander, J. Olsson , U. Alstro, P & Sanmartin, I. 2008 Accounting for Phylogenetic Uncertainty in Biogeography: A Bayesian Approach to DispersalVicariance Analysis of the Thrushes (Aves: Turdus)

Figura 1. Filogenia del genero Blumea, los crculos rojos muestran las politomas que se trabajaron.

Figura 2. Anlisis Bayesiano para evidencia total. Los valores en los nodos corresponden a la probabilidad posterior.

Dispersion entre areas DE A C D C E D C D E E C E D H D

Frecuencia 0,030 0,182 0,111 2,105 0,241 0,054 0,016

Porcentaje 1,26 7,62 4,64 88,08 10,08 2,26 0,67

Tabla 1. Datos dispersin entre reas Diva resultado del enfoque Bayesiano.

Frecuencia eventos de vicrianza Evento Frecuencia Porcentaje D-CE 0,091 46,0 C-EH 0,002 1,0 CE-H 0,002 1,0 D-EH 0,092 46,5 E-DH 0,002 1,0 C-DEH 0,002 1,0 D-CEH 0,006 3,0 CE-DH 0,002 1,0

Tabla 2. Datos vicarianza entre reas Diva resultado del enfoque Bayesiano.

DE C C D D E E H

A D E C E C D D

Frecuencia 0,03 0,181 0,111 2 0,24 0,054 0,016

Porcentaje 1,27 7,67 4,70 89,11 10,17 2,29 0,68

Tabla 3. Datos dispersin entre reas Diva resultado de resolucin por pesos.

Frecuencia eventos vicarianza Evento Frecuencia Porcentaje D-CE 0,091 46,0 C-EH 0,002 1,0 CE-H 0,002 1,0 D-EH 0,092 46,5 E-DH 0,002 1,0 C-DEH 0,002 1,0 D-CEH 0,006 3,0 CE-DH 0,002 1,0

Tabla 4. Datos vicarianza entre reas Diva resultado de resolucin por pesos.

Tabla 5. Tabla de nmeros de acceso del Genbank de los datos moleculares utilizados en el anlisis filogentico