Dinmica Molecular I

Flvia Midori Kanashiro 11056109 Marlia Santos Menossi 11029409

EN2809 Tpicos Computacionais em Materiais - Laboratrio Professor: Marcio Gustavo Di Vernieri Cuppari

Santo Andr, 3 de outubro de 2012

Introduo
A Dinmica Molecular (DM) um mtodo computacional muito utilizado para o estudo de sistemas com partculas. Por meio dessa ferramenta possvel prever o comportamento de um sistema molecular com a sua variao no tempo. Isso possvel porque a DM tem seus fundamentos na mecnica clssica, fornecendo as informaes necessrias sobre o comportamento dinmico de tal sistema estudado. Para modelar o sistema de interesse microscpico preciso descrever precisamente suas partculas constituintes. Essa descrio realizada por meio dos chamados Potenciais de Interao, cujo mais conhecido e mais utilizado o Potencial de Lennard-Jones. Esse potencial, por ser clssico, representa os tomos e as molculas do sistema como sendo partculas pontuais, cujas interaes so foras dependentes da distncia entre elas. um modelo utilizado para calcular potenciais interatmicos de pares. Para que a DM molecular apresente uma maior eficincia temporal, necessria a utilizao do Sistema de Unidades Reduzidas (SUR), cuja funo facilitar a aritmtica computacional, fazendo com que as grandezas atmicas e moleculares sejam expressas por nmeros com potncias de 10 elevados a expoentes relativamente pequenos. O SUR diminui possveis erros de arredondamento.

Objetivos
Determinar o valor do parmetro de rede de equilbrio e a energia de coeso para um slido de Lennard-Jones com estrutura CFC. Verificar o efeito do nmero de tomos e do passo de integrao nos resultados.

Metodologia
Foram utilizados 2 programas: crystal e md1. O programa crystal cria arquivos de configurao com as posies dos tomos num reticulado CFC, que servem como inputs do programa md1. O programa md1, por sua vez, o programa de modelagem molecular que realiza os clculos.

Resultados e Discusso
A prtica foi dividida em 3 partes: encontrar o parmetro de rede de equilbrio, observar a relao do tamanho do sistema com o tempo computacional e verificar o efeito do passo de integrao nos resultados.

Para o primeiro exerccio, os parmetros utilizados no input encontram-se na Tabela 1. Tabela 1: Parmetros utilizados na entrada do md1
x 4 y 4 z 4 N de passos de integrao 1 Valor do passo de integrao 0,0032

Em toda esta prtica, o tipo de simulao usado foi -1, ou seja, uma simulao com energia constante (evoluo livre). A densidade tambm foi estabelecida como sendo constante, volume e nmero de tomos inalterados. O mximo deslocamento das posies dos tomos foi determinado zero. O raio de corte, rcut-off, acarreta no truncamento de potencial, isto , para valores de raio maiores que o raio de corte, o potencial desprezado. Como mostrado na Tabela 1, o sistema considerado esttico (passo de integrao = 1). O valor do passo de integrao est relacionado com o tempo de simulao desejado e no nmero de passos de integrao. Construdo o input, a simulao foi realizada com diferentes parmetros, variando de 1,3 at 1,9, de 0,1 (unidades reduzidas). O resultado da simulao est representado no grfico abaixo (Grfico 1).

Relao da energia com o parmetro de rede

E (unidades reduzidas) 30 20 10 0 1.2 -10 1.4 1.6 a (unidades reduzidas) 1.8 2

Grfico 1: Relao da energia potencial com o parmetro de rede.

A partir dos resultados obtidos da simulao (Grfico 1), pode-se constatar que a energia de coeso ou a menor energia igual a -7,23 e o parmetro de rede correspondente, ou seja, parmetro de rede de equilbrio, 1,6 (unidades reduzidas). Comparar a energia de coeso terica deste slido com o resultado que voc obteve e discuta estes resultados (pedido). o professor passou esse valor em sala como sendo -8.614.

Com o parmetro de rede de equilbrio determinado no exerccio 1, no exerccio 2 foi verificado o efeito do nmero de tomos do sistema nos resultados das simulaes para o parmetro de rede de equilbrio. Os parmetros utilizados foram os seguintes (Tabela 2): Tabela 2: Parmetros utilizados na entrada do md1
a 1,6 N de passos de integrao 1000 Valor do passo de integrao 0,0032

O nmero de passos de integrao foi igual a 1000, pois desejava-se observar a dinmica do sistema. Foram calculados valores de temperatura (T), enercia cintica (Ek), energia potencial (Ep), energia total (ET) e a presso (P) para diferentes tamanhos de sistema (Grfico 2).

Efeito do tamanho do sistema em algumas propriedades

2.000000 0.000000 -2.000000 -4.000000 -6.000000 -8.000000 nmero total de tomos do sistema 0 250 500 750 1000 1250 1500 T Ek Ep Etotal P

Grfico 2: Temperatura, energia cintica, potencial e presso em funo do nmero total de tomos.

No grfico 2, observa-se que a partir de uma determinada quantidade de tomos no sistema, os resultados calculados das propriedades permanecem constantes. Com o aumento do tamanho do sistema, o tempo computacional gasto para calcular as propriedades maior e, portanto, o custo maior. Como os resultados a partir de um sistema com 108 tomos no variam, coerente selecionar um sistema com este tamanho, pois assim, a perda de preciso nos resultados e o gasto de tempo computacional so os menores possveis. Aps verificar o efeito do tamanho do sistema nos resultados no exerccio 2, foi verificado o efeito do passo de integrao. Os parmetros usados no exerccio 3 esto contidos na Tabela 3. Tabela 3: Parmetros utilizados na entrada do md1
a x y z Deslocamento inicial Tempo total

1,6

0,01

200

Foi usado o parmetro de rede de equilbrio e o tamanho do sistema determinados nos exercicios 1 e 2. O deslocamento inicial do sistema foi adotado 0,1, Para que fosse possvel comparar os resultados foi necessrio que as simulaes fossem realizadas com o mesmo tempo total de simulao. Portanto, foi determinado um tempo total igual a 200 (unidades reduzidas). Como o objetivo foi variar o passo de integrao, para cada simulao foi definido um nmero total de passos de integrao pela seguinte relao:

(Eq. 1)
A quantidade de passos de integrao para cada simulao est contida na Tabela 4.

Tabela 4: Parmetros para as simulaes com variao de passo de integrao

1 Passo de integrao N total de passos 0,002 100000 2 0,005 40000 3 0,01 20000 4 0,05 4000

GRFICOS Por meio dos graficos apresentados, percebe-se um padro no comportamento das propriedades em funo dos passos de integrao. O aumento do nmero de passos ocasiona uma diminuio na variao dessas propriedades, o que pode ser explicado estatisticamente.

Concluso Bibliografia
[1] A. M. Namba, V. B. da Silva, C. H. T. P. da Silva; Dinmica Molecular: Teoria e Aplicaes em Planejamento de Frmacos, Departamento de Cincias Farmacuticas, USP, Volume 33, Nmero 4, 2008. [2] R. C. M. T de Oliveira; Transformao Estrutural Induzida por Presso: Um Estudo por Dinmica Molecular, Instituto de Cincias Exatas, UFAM, Pginas 21-35, 2002. [3] F. Fernandes, R. Fartaria; Unidades Reduzidas e Princpio dos Estados Correspondentes, Departamento de Qumica e Bioqumica, FCUL.