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Capitulo 05
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Raznn AfT ~
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=50%
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·T' ·R· MiO' :"O"'EL[O'-'" DE W'····A·· S··· O··'N··· Y····C·,···R·'IC· ~'K-':i'F~-'O'" M' 'A"· B-: D'EL
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5.1.2
A+T G+C
'qU!8,adernas die tener un valor diterente para cada especle, no se aproxima a II,a unidad como les razones anteriores (ver tabla). Par ejernplo, len animates la razon die asirnetria es siernpre superior a uno: 110 rnlsrno ocurre enl plantas superiores y honqos. Por contraste, len baeterias Y virus los valoi es son mucho m,8S, variados, superiores 0 lnferlores ,8, la unidad,
1
La razon die aslrnetrla puede tambien caleularse directamente en otros tipos die estudio, como la desnaturallzacion del :DNA:
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De act erdo [con ello, _OIS anlmalee, plantas superiores y honqos muestran un exceso Ide A.+T (5,OiiiiI6151%) sabre [G+C (.50-35 °Yo), m'entras que en bacterias y virus sa aprecla la gran variabilidad en G+IC (751-251~k).,
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Plantas
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Ell modele trldlmenslcna], como estruetura die referencla para las propiedades del D'NA,; fue postulado por James Wa'tso,nl y Francis Crick en 19 5i3,., Corresponde a Ia actualrnents denorrunada forma B deil DN'A~ Ila mas cornun en las celulas y Iia mas eatable de todas las ou8 puede adopter un DNA bajo condiciones 'filslo,16gllcas,," Este modele s,e base ta rto en lias observaciones per raves X, como len las regl:as de Char-gaff y, par tanto, esta de acuerdo con ellos, asl como con otros estudlos reahzados mediante un Igran nurnero Y variedad de tecnicas, Slmultanearnente se propuso la adscuaclon dell modele a, la funcionelldad die,la rnolecula de DNA para la conservaclon y transrnision de la informacion qenetica (pag. ,49).,Presenta las siigllu'ilentescaracterlsticas baslcas:
1
5.2.1
5 nltroqenadas
La estructura quirnica de lias biases permite la forrnaclon de enlaces por puente Idle hidroqeno (dos atomos electronegativos, comic N y [O~cornparten un atomo die hidroqeno). E,n concreto, do's, nueleotldos pueden lntera .. cclonar
die forma e,sp,eci'f>ica mediante "a. • :'" _ Irea' . !!!Ie'..to d'e'" bases" pa . '. -.' n
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"pares de bases"
40
Para luna rnejor comprenslon die Iia ClOl1 plementanedad. es convenlente establecer unos crlterios previos en euanto -. ..: .-:: II I·.·· I "1" 'II" ., ' .. ' '. -' '. I' 'I ',' a la escritu ".,'a-de los nucleotidos e'n' cada pare]a die bases.Be trata con I ,.< e'llo' simple mente de facllitar la die'scripcion de" lunas estrueturas relativamente cornplejas:
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Las interacclones optirnas sa forman entre G y C (tires, enlaces de hidroqeno) 'y entre A y 'T!, 0 bien A y U (des enlace :I:e' .. h···d· r:..... no).Im L.~ -p··a' lr=._.::·-c:·:·_· '8,S_8 b. leo aSI, una ,lnl_.eraCClon mas f'ue: rte que Ie II p,ar - Au - 'T (.....':. le_ D-N:···-A··'··)·0 e' par··A"-U - G: est.. ,·ce .-... ,:1'·..· :,..... . · :, r:' .. e .-' :,~-, - . ·:·1 .' -.' '.-.' ' :;". s" d ,- II:, rage : ~,~ .e'ln '··1 _:-. I :~:r,_:"·_', .ioservese · ~ dos a1.o_'-'105, d r nUCI,eaIr 8S,rrnentras II lent I qua siernpre se f rorma un eruace dle hid roge'no entre IlOS (,.10·5, s ' rn ae N (en le~ RNA) ... O·b ;, .,>.' ll~ b que os restantes se f·' orman entre un grupo amino eXOCI,lC y un grupo carnorn.~ IC·O O.
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Es Ii rnportante destacar que la complernentarledad entre las dos hebras del DN'A as fundamental para su papel como portador Ide ta inforrnaclon qenetlca, Por un lado, porque sa reduce Iia poslbllldad de, que las bases s,e rnodifiq en qulrnicamente. Per otro, IPOIr ue' se facllita la, correccion Ide rnutaeiones y de errores producldos durante la repllcaclcn dell DNA", Fi'lna-melnlte, porque la informacion esta en clerto modo duplicada, aunque lias, secuencias de ambas hebras son dlferentes entre sl (palg., 4 )" Adernas, la existenela die la complernentarledad exotica las reglas die Chargaff (paq, 38)~ Y' jlustiflica caracteristicas estrueturales lmportantes, la he ·ici·dad y ,e.1 anfiparalellsrno, que se estudlan mas adelants. dos
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--
--
42
I lustrac ion, mediante un ej " nplo hipoteticobasado en la composicion del D·. humano, de COlTI.O la doble hebra del DN'A permite explicar las reglas de Chargaff: CiO· unposicion de 'b':a', ise·S·;·~
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Relaci on ent e
bases in' ividuales:
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C+T =pirimldlnas purinas Ilpirimidiinas
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EI apareamiento implica que el CO" tenido de una base en una he' ira ha de ser igual al die su base complementaria en Ia otra hebra, Por ello, las reglas die Cbargaff se cumplen euando s,e considera 18 cemposlclen total. d.el DNA de dob c hehra p ero no para eada hebra por separado, ya que .• este n caso, A Ty C:#= G"" T,aLlnpOCO se cumplen ias reglas en los acidos nucleicos d.e cadena sencil la · (p.ej., RNA Y D,N'A virico), donde A 'U, .A:;t T Y C G.
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La forrnacion de uln enlace de h,idrog,eno requlera que los tres atornos irnplicados (dos electroneqatlvos y un H) sa ..uen sabre una Hnea recta. Esta condicion solo se puede curnplir cuando ~OIS dos enlaces N~glllic,os'[dicos Ide los .cleosldos cornp ementarios forman un alnlgulo, iniferior a 90°, con la ~rln,e,a imaqinaria que une los C~1' die amoa .. s ... ntosas. Esta geo,me'tri'a dell par de bases, deterrnina I!al disposlcion espaclal relativa de las dos hebras en ell DNIA s . eltcldad) y es I,a,causa a nivel molecular de Ia p_·e·s,e,ncii,a. die surcos menor Y mayor en S'U estruetura fridimensiot al; - bas aspectos se analizan en de .. aU,e mas adelante (p,a.g,s~":--5Y' 4,,81)~
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5.2.3
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de as dos hebras
1
Ya se Iha indlcado que e~1aparearniento cornpleto entre las dos hebras exiqe que sus secuencias sean cornplementanas. Debe anadlrse ahora que, as: ructuralmente esto s,6 1,Io se puede consegulr s! arnbas hebras se e sentidos 0' pue 5":'nos sl una avan 'Z" a" die 5' a 3":" I' 0", j: debe' hacerlo"': de" 3"''-a 5'1 8':8 dice que las hebras tlenen I ,- ~'- - ' a otra '" ", "::'_" ',' G"B' ',,"f ",',' ",,' d I":S po nen ,"'n' ' S"':,' ' r do PO" laridad opuesta 0;' q U--19', son ,:!:Ji'IJ",t'ip'-' a:'a,,"'le"a',' 5,',' Ell concepto de 8, ntlparelelisrno va P:':'IUI es estrecham ente 111"g'a a:,11de co m p lernentariedad ~
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Observ ese ue a seeuencia de las dos hebras es siernpre distinta tanto ' eidas ,ee' mismo sentido como en" sentidos opuestos:
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(5;) T'C'GG,T'CAGTIA,
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(3')
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CH~ I ,,"p'--"
~,O':
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'T'AC'T'GAICCGA (3~) Y soio soon camp .en entanas S' se leen en distinto sentido: una de 5' a 3' y Ia otra de 3' a 5' (en contra del conven ·0 stablecido para dar la secuencia de una, cadena)
'I' ."
....
5,~2.4
Debe dsstacarse que las dlos hebras de un DNA, cornplementarias y anltilpaJ,alellasl~1 plolsle,en secusncias totalrnente lit",:, I,: ',' ,. ::~ .,: 1:';,(;,' _ <:r_I_ ,",' ",11'-,", '_ I.: 'ii leas s P'u-Ie' .', I ',., -=-_".," e d "I~ee nte s como '~','"e ,,-:',:.:',;: de .','_,_-"ver en' el U tim a 8'ie mp 110m ostrado " Es d-e'" clr ",_:II' son Ih',e" b'ra 5' no iide' nt II, ". Es"te- h-' 'c'h'0 aparentemente simple pero que a rnenudo pasa inadvertido. 188, Ide glrarn trascendencla: en concreto, en lei proeeso de transcrlpcion, la molecula Ide [RNA que, s'e sintetiza 9,SI completamante diferente ,s,eg1urn, cual die ~as des hebras del DNA se transcrlba,
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En ocaslones se utillza ,elltermino hebres lequilibradas' refiriendose a aquellas reqior es del D!NA, eln ~as que, una die I J',: ,,_ " ..... ,' '11,110 1_11_" i ... I ~:' _ "~""". '.' ':'1," •..•. ,' _·I__.-' ')_ I, I: I' '11,:. .' rs T' __ '-J[ :, ~ la-s h-eb'ras" contiene '"19'ual'l r ••. proporcion die purinas~.. Y 'pii imldlnas C' ,1':1<, consecuencia , .omo la hebra cornplernentarla es tambisn. I equlllbra a:
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Las resiricciones estericas irnpusstas por la geomletri'a die [lOIS pares de be.. ses (que i1nc:luye los entaces entre base, en ,. 1[!Q,sa'y fc sfato I~' su, ~~,':,:'-1:-' I).·.~· que e'l epa reaml[h-·'-I, complete ::'i' die ..,•'• (Jos hebras so 10 se pueda es _:~ '~~=~~I'- [las' pares O,S a~', pa'i"g'j -3")'hacen ,....•U" ' r ,"'_ " ....... sua establecer :~<,: ~ ,~'_" ~'.' 4 -'-- -- smiento ',1"'> lias ,':':. S",' - e ba,S8 Ssuoeslvos van girando unos COinrespecto a otros (concretarnente, 34,6'0 ern, e B-DNIA)" Como consecuencia d'e _ acurnulacion de estos Iglrlo,s~ hebras de DNA adoptan una dlsposlcion hellcoldal (as, decir, cada hebra describe luna las e ., :/ III .'.._ . e", lee)' Y' la cadena .:' d'- d oble hebra es 'una' "doble her:'I!!!lce!!!!1 .. ' '.•....... '< _:~.~ ,ci~_1 . J_ ,·ll _." '-=.' ;_,
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helices
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o en. sentido
En el case die la forma B del DNI,A arnbas hebras SIS enrollan alrededor de un ele comun, Iionglitudinlal, formando a doble hell;iice ,d,extr'o'gira", La observacion die,rnodelos moleculares tridirnensionales permite una rnejor cornprension e este caractsr hef col da II '"
'; ~ .. .r d e d vioue O 'idi .•• ,,8, . M·J,,,..,.}- .. tn nmensronar lid':'e1 asocracion ·.. I·.OS d '1":0" uc Ie ';_;bl" "d"0 ~ C" ompl ementario T'C····~ 'G' . 'A' .... Il., (d ',g. p' res de:base..t;~ sucesivos en ..Ia ecuenc '1" a): u~ ,
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Rotacion die cada par de 'bases con respeeto al anterior: 34~,6°"~~~ftla~~_~§'· ( 34.~16x 10.,,4, == 3600 )
Doble periodieidad '. 0 argo I,_e J ..~. 1',"..... '.lna,l , itu a I· 1··..· . ,·d·.. leJe·".,on.gl ' dinal: ..
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3,54 nm (35,4 A) por cada vuelta completa _aso d ' ice") (" p;;~', '. e h 'el,J.::: . " con 10, pares de bases ( 0 '3'4' x 1 0" 4' - 3~"5' 41 )'
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Inclinacion de los pares de bases; 8,8,8°; es decir, cas' perpendiculares al eje Ide a helice
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Ejercicio:
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9 ob ~ 1'0'9 .. ' /. 0"",'" nm/ ob --',~I,",4.'~ 10.~.Pi .', 2. ,9' nm .. 3"'4,-' I~P:
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Viceversa, a partir del numero d·:, 'pares de bases de un 'DNA (p.ej., 5~8:8,0Mb), frecuentemente llamado su "longitud en pares de bases", se puede caleular la, longitud (dimensiones) die la molecula: 5.880 Mb = 5.880· 106 pb = 5,88 · 10'9 pb 5,88 ,~109.pb · 0,3·,4, nm/pb ~ 2 ~]019 :nm== 2. ' 106 um == 2 ~ 103 mm == 2 m
,II
1.
La escalera Francisco I del castillo de Chambord (valle del Loira, Francia)" .'-',,-.. atseno ",", n --~ . -.. "'., 'd na " ........ .. cuyo ' d ~ , se atr ibuye a "L eonamo . d ~. Vinci" ha sido considerada como modele Ide' lao doble helice del 'D'N,A, con la salvedad de que su giro es evogtro. ,'. " 1 1'la-a d una e:slca,, era, h,lell}CO'lidal ...... _,e .. ( a S e.'.tr· at ' ...'e', tip:0.':'" c··.~··.a·. ])1 ,...C'·". n,. la c·..··.··,ar),-- cte ris' [IC,a r·.'!a··· ·C:·IO·····.. atipica Ideposeer dos rampas indepcndicntcs, cada una ICOln, su entrada (en ],afoto, una al frente y otra detras) PDf' t0101'lo dOIS p.:. ersonas pueden utilizarla al mismo tiempo sin encom trar se En. el caso del B,-DIN'A, el esqueleto de las dos hebras corresponderia a las barandillas externas d.e las dos rampas.
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5.2.7
5.2.. .1 7
Dsbldo a a lnteracclon entre las bases Ide' Ias dos hebras, Ilos esqueletos azucar-fosfato de ambas deben dlsponerss hacla e-I exterior de la doble ,_I .' ii!':ii por -110" ·q e::··1 A···· h"e:iI"llic' ..ue i D':"N" duplex muastra un mtarca do ca racter hldrotlllco ~ L-'_, .. I~_<I_'II_.;J 1.t_. . '8'" superfic ·.I'e· le~' a.', m··.iole..c ····ula···· ablec "8"-' a 5-"·"'1"1" interacclones d . i est 'a- 'V···· ira b ·II,e···· "-O",n"1 ,011 mad" I~IO .. s ..:.· · acuoso clrcunc ante A·'···I mismo tie sm .p" '0'" la IL, ·.· dlstrlbuclon relative de OIS fosfatos es tal que mi'lnllimiilz,B la repulslon electrostatiea entre ellos.
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residues de' pentosa (hidrofllicos) en la superficie de la doble helice y. aprcximadamente perpendiculares a.las bas_ es
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grupos fosfato -- (ionizados), e:TI la superficie de la doble helice: a p H~f '.' O,glCO ,,1:S110 I' ~ elD,A,es un ' po··II!I!,·3I'DJ'..·...·O," n
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Bases:
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J['[ lfli._t1~~L
Guanina Citosina
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48
5.2.7.2,
Y paralelisrno d'e los anillos se orlqlnan entre etlos fuerzas dis atraccion, de tlpo Van der 'W,8,ais, llarnadas proxlmidad arornaticos,
l
interecciones
hldrofoblcas). L . doble .... heflee
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·,I~II., •.. ~
ide'
.a.patn=~n~iento .............'
de les bases
,~.
planes de
1,•. '11'/ "', .'."-',, 'queda <,', ,~_ altarn. I:ente hldrofoblco alslado del medic acuoso (hldrofllico), contribuyendo B. II a, establllzaclon de la rnolecula y ,8 la proteccion Ide la informacion qenetlca
fIPIU!eSesta
bases),
Is constituye
la
secuencla
de,
Estas interacciones son mavorltanamente ~ dt mespeci '"f-·'teas ('.as, decl sian · dc eCIIr" mcepencrentes d II oei tlpo Idle: [blase imp icada), a diferencia de los enlaces de Ihli~drl6genlo entre bases cornplementarias, rnuy especlflcos. Aunque Iia t' d- 0'9 pares de' b a tracck raecron entre o r; oases tndlvldualrnants no es muy fuerte, al exlstir 11°'14 lt oe r ...i ' -I' ttnoucion ,o,al b bIB.. ses por vuena d heuce, Ia COin ~ "" ttl ·8 Ila estabjlidad de la molecule es muy' elevada,
il
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hidrofobi co (bases)
mtertor
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49
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surco mayor
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surco menor
genera el
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surco menor
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Moe elo simplifieado para at ireciar la c ""- ae rormacion d 1os surcos, como consecuencia de la asimetria de los pares de nueleotidos:
13 presenc
],!:D.
de los
fostodieetc r (no representados] hace esta parte mas voluminosa de lo que se mue stra, Don lo que
grupos OH y
Vista, frontal:
.-,
vista posterior:
.menor
surco
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. d 0, \a ;gl.~aJl:
...
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con 10 que describe 'una helice dextrogira; al '[ado opuesro el surco mayor 1 ace 10 mismo
.mayor "
surco
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. bema
hija paterna
paterna
he bra
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