Bioqumica bsica

Apuntes del semestre

1 de medicina
Cristbal Muoz Prez
CONTENIDOS
I. La qumica del carbono, el agua y diversos iones
II. Mono, oligo y polisacridos
III. Lpidos
IV. cidos nucleicos
V. Aminocidos, pptidos y protenas
VI. Enzimas y cintica enzimtica
VII. La gluclisis y la gluconeognesis
VIII. La va de las pentosas
IX. El ciclo del cido ctrico
X. La cadena respiratoria y la fosforilacin oxidativa
XI. -oxidacin y degradacin de cidos grasos
XII. El transporte a travs de membranas
1. BIOELEMENTOS Y BIOMOLCULAS
El componente ms abundante del universo es el hidrgeno, con cerca de un 92,7% del total
de materia presente en l. Le sigue el helio, con cerca de un 7,2%. Entre los dos suman,
aproximadamente, un 99,9%, dejando que el 0,1% restante quede constituido por los dems
tomos. Esta, pero, es la composicin del universo. Si, en cambio, nos jamos en los ele-
mentos que nos componen, los porcentajes cambian drsticamente. Reciben el nombre de
bioelementos aquellos que se encuentran conformando un organismo vivo (no cuentan
aquellos que estn en forma de contaminante). No obstante, en funcin de su abundancia,
distinguimos entre:
Elementos principales: H, Na, K, Ca, C, N, O, P, S, Cl.
Elementos traza: Mg, V, Cr, Mn, Fe, Co, Ni, Cu, Zn, Se, Mo, I
Si cambiamos de perspectiva y dirigimos nuestra mirada hacia nuestro planeta, la Tierra, en-
contramos que la corteza terrestre presenta una gran cantidad de oxgeno y silicio (xido de
silicio). Ntese adems, que no tiene hidrgeno (y el amonaco y dems derivados del nitr-
geno, no cuentan?). Finalmente, es en el agua donde vemos que su composicin y la del ser
humano es muy similar ya que, despus de todo, cerca del 70% de nuestro organismo es
eso, agua.
Despus de esta clasicacin primaria de los elementos, en funcin de si son principales o
traza, pasemos a diferenciarlos en funcin de si son primarios, secundarios u oligoelementos
(ya en el cuerpo humano).
Primarios: H, N, O, C
Secundarios: son cerca del 0,01-1% de nuestro cuerpo, tales como el Cu, P, Cl, K, S, Na y
Mg.
Oligoelementos: o tambin denominados elementos traza. Mn, Fe, Cu, Co, Zn, B, Al, V, Mo,
I, Si, Sn, Ni, Cr, F, Se.
Todos estos elementos son necesarios, en detrimento a su abundancia.
1.1 LA QUMICA DEL CARBONO
La qumica del carbono es la qumica de la vida tal y como la conocemos. El tomo de car-
bono tiene 6 protones en el ncleo y, por ende, 6 electrones (Z = 6). Tiene el primer orbital
lleno (1s) y dos por llenar, los de la ltima capa (valencia, 2s
2
2p
2
). Cuando se enlaza con
otros tomos lo hace por medio de enlaces covalentes, formando un ngulo entre los tomos
que se le han unido de 109,5. Hay que aadir que el carbono tiene una geometra tetradri-
ca y que, en realidad, lo que tiene son 4 orbitales hbridos (sp) y no los s y los p por separa-
do.
En la gura a se ilustra la geometra del
carbono, tetradrica y formando ngulos
de 109,5 entre los tomos que se le enla-
zan por enlace covalente.
En la gura b se puede ver como, en un
enlace entre carbonos, stos pueden rotar,
permitiendo a los tres tomos que quedan
ensamblados al carbono, comprender otras
regiones del espacio. Esta rotacin sobre el
eje que une ambos carbonos es una de
las claves de la vida, dado que permite una
gran cantidad de posibilidades en cuanto a
estructuracin de molculas (gran cantidad
de posibilidades por lo que hace a la con-
formacin en el espacio).
Finalmente, en la gura c se muestra que en los enlaces dobles entre dos tomos de carbono,
el resto de tomos enlazados (A, B, X e Y) se encuentran en el mismo plano que los carbonos
(C y D).
1.2 GRUPOS FUNCIONALES
He aqu los grupos funcionales ms importantes por lo que a la bioqumica respecta:


R COOH + H
2
O R COO

+ H
3
O
+

R NH
2
+ H
2
O R NH
3
+ OH

El grupo carboxil es un grupo cido y, como tal, tiene facilidad para per-
der electrones.
El grupo amino en presencia de agua puede protonarse (en la clula, pH =
7, lo est):
Mencionar tambin la importancia del grupo fosfato,
ubicado en la gura de la derecha (Phosphoryl). Al-
rededor de este grupo se realizan las transferencias
entre elementos fosforilados y elementos no fosfori-
lados, procesos de semejante calibre como el de la
mtica moneda energtica (ATP-ADP) o el simple
hecho que, por ejemplo, una protena si est fosforilada sale al citosol y si no lo est, no. El
fosfato, adems, cabe destacar que dispone de dos constantes de ionizacin, una pertene-
ciente al momento en que el primer OH protona y otro cuando sucede lo mismo con el se-
gundo.
A modo de consejo, cuando nos encontremos con una molcula grande, lo ms sabio es
descomponerla en sus componentes esenciales. Veamos un ejemplo con la epinefrina:
Volviendo al carbono, cuando dos carbonos se enlazan por doble enlace y se unen a otros
dos tomos, se pueden formar los llamados ismeros. Los ismeros son molculas que entre
si tienen la misma composicin pero que su distribucin en el espacio es diferente.
Para identicarlos, denominamos cis a aquellos que tienen las cadenas a un mismo lado y
trans a aquellos que las tienen a los lados opuestos del doble enlace. Veamos algunos ejem-
plos:
En el cido maleico las cadenas se encuentran a un mismo lado (abajo), por eso se denomi-
na cis. En cambio, el cido fumrico, se denomina trans porque las cadenas se encuentra en
los lados opuestos.
Algo similar ocurre con el retinal, molcula esencial para el sentido de la vista ya que, al re-
cibir un fotn, pasa de cis a trans, iniciando todo un proceso que culmina con la visin.
2. EL AGUA
Sin el agua no podemos comprender la vida. Cerca del 70% de nuestro peso corporal es
agua, por no citar algunos ejemplos de otros seres vivos cuya abundancia de agua roza casi
la totalidad. El agua, como molcula, est formada por un tomo de oxgeno y dos de hidr-
geno. De hecho, si realizamos la conguracin electrnica, nos sale lo siguiente:
H: 1s1
O: 1s1, 2s2, sp
x
2
, 2p
y
1
, 2p
z
1

(En cursiva la capa de valencia)
Por tanto, el hidrgeno comparte un electrn, el nico que tiene; mientras que el oxgeno
comparte dos, ya que el orbital s ya est lleno. Sera importante decir que en el agua ocurre
una hibridacin, similar a la ya vista con el carbono: se forman cuatro orbitales sp
3
. El enla-
ce entre los tomos de hidrgeno es de 109, tericamente, aunque a la prctica se ha llega-
do a la conclusin que el ngulo es de 104,5.
Debido a la alta electronegatividad del oxgeno, los elec-
trones son prcticamente cedidos por el hidrgeno y se
crea una zona electronegativa alrededor del tomo de
oxgeno, representada en los esquemas por medio de la
letra . Por contra, al haber cedido prcticamente su
electrn, en la zona de los hidrgenos se genera una zona
electropositiva. Estas dos zonas con cargas diferentes le
coneren al agua una caracterstica importantsima, la po-
laridad. El agua, pues, es un dipolo. Sera conveniente ha-
cer una puntualizacin y comentar que el agua no est
ionizada, aunque s ligeramente (por eso es polar). Esta
polaridad hace que las molculas se unan entre s (zonas
electronegativas con positivas), por medio de los llama-
dos puentes de hidrgeno. Los puentes de hidrgeno son
uniones moleculares dbiles, del orden de 0,177 nm. No
obstante, a pesar de su poca fortaleza, los puentes de hi-
drgeno son esenciales, no slo para el agua, sino para un sinfn de procesos y estructuras
(la doble cadena del ADN, la conformacin espacial de las protenas...). Por tanto, esta
unin es importantsima y le conere al agua muchas de sus caractersticas (elevada tensin
supercial, por ejemplo). Si bajamos la temperatura, por ejemplo, el agua se vuelve slida,
quedando espacios huecos entre las molculas, explicando su poca densidad en estado sli-
do y su mayor volumen.
Si seguimos hablando del puente de hidrgeno, sera conveniente reiterar que no es nico y
exclusivo de las molculas de agua, si no que tambin es importante en el plegamiento de
El puente de hidrgeno es de 0,177
nm, mientras que el enlace covalente
tiene 0,0965 nm (es mas corto, ms
estable).
las protenas, en la unin entre bases del ADN, entre un grupo alcohol y agua, entre un gru-
po cetona y una molcula de agua... (y muchos ms casos).
Sera importante destacar el poder disolvente del agua, aunque, no obstante, no es capaz de
disolver todas las sustancias, nicamente aquellas que son polares. Es por eso que los lpidos
(como el aceite) son insolubles en el agua. Hay una clase de lpidos, pero, que disponen de
algunos tomos electronegativos (tales como O, P, N) ubicados en algn extremo de la mo-
lcula, pudiendo interaccionar con las molculas de agua. Esta parte de los lpidos ampti-
cos se denomina hidroflica y, por lo que respecta a la parte apolar, se denomina hidrofbica.
Que un lpido tenga estas dos partes hace que, en un medio acuoso, forme diversas estructu-
ras, como la micela, los liposomas o la bicapa lipdica.
Respecto a los aminocidos, los grupos amino y carboxil se protonan (R - NH
3
+
) y desproto-
nan (R - COO
-
), respectivamente, a pH = 7 (el que est en medio celular). Por tanto, esto ge-
nera dos regiones, una ms electronegativa y otra electropositiva, siendo posible la interac-
cin con las molculas de agua.
Osmosis
Una clula en medio isotnico tiene un movimiento de agua (de interior a exterior y vicever-
sa) en equilibrio (que no quiere decir esttico). El transporte de molculas de agua es llevado
a cabo por una protena transmembrana, las acuaporinas. Si el medio es hipotnico, entra
agua en la clula y, si por contra, es hipertnico, sale agua de la clula. El objetivo de la os-
mosis es igualar las concentraciones que hay en el medio externo e interno.
2.1 Ionizacin del agua
El agua est ligeramente ionizada. A 25C, tan slo dos de cada 10
9
molculas en el agua
pura estn ionizadas en un momento dado. La K
w
es el denominado producto inico del
agua i viene dado por la siguiente frmula:
K
w
= [H
3
O
+
] [OH
-
] = 10
-14
Esta constante se puede aplicar a 25C. A 36C (la temperatura corporal) la K
w
tiene un valor
de 10
-13,6
. Por tanto, el pH neutro en nuestro cuerpo a esa temperatura no sera 7, si no que
pasara a ser un poco menos, 6,5.
Si nos jamos, hemos puesto hidronio y no protones. Esto es porque no existen realmente los
protones libres en una solucin qumica. La especie qumica es el hidronio, lo que ocurre es
que, para abreviar, se pone el protn.
3. IONES INORGNICOS Y SOLUCIONES AMORTIGUADORAS
Los iones ms abundantes en nuestro cuerpo humano son los cationes sodio y potasio y los
aniones cloro y bicarbonato. Hay, pero, otros iones importantes, aunque en proporciones
inferiores, tales como el amonio, el calcio, el magnesio, la familia de los fosfatos y la familia
de los sulfuros.
El sodio tiene la misma presencia (prcticamente) en el medio extracelular como en los hue-
sos. El potasio es prcticamente inherente al medio intracelular. El cloro se encuentra un
65% fuera y el resto dentro y el bicarbonato est igualado (50% dentro y 50% fuera). Para
ms detalles mirar 2a diapositiva tema 4.
Las molculas, no obstante, tienden a ir a favor de gradiente. Eso implicara que, si no fuera
por un mecanismo de control, las proporciones anteriormente mencionadas seran del todo
imposible. Para ello, existe toda una serie de protenas o bombas que se encargan de trans-
portar a favor o en contra de gradiente todos estos compuestos, a n de mantener las propor-
ciones. Esto, pero, cuesta energa (ejemplo de la bomba sodio-potasio).
3.1 Ecuacin de Henderson-Hasselbalch
La ecuacin de Henderson-Hasselbalch nos muestra cual es el pH de una titulacin entre un
cido y base dbiles en su punto medio. Esto es til para las soluciones tamponantes, que
son sistemas acuosos que tienden a resistir cambios en su pH cuando se aaden pequeas
cantidades de cido o de base. Su funcin en el organismo es ms que evidente: es la prime-
ra lnea de defensa para los cambios de pH (ya que podran ser desastrosos para el funcio-
namiento celular).
Para demostrar la ecuacin haremos uso del cido actico (HAc, a partir de ahora).
La concentracin de agua en soluciones diluidas (biolgicas) es de 55,5 M.
Como la pK
a
es igual a - log K
a
:

HAc + H
2
O Ac

+ H
3
O
+
K
eq
=
Ac

H
3
O
+

HAc
[ ]
H
2
O
[ ]
K
a
= 55, 5 K
eq
=
Ac

HAc
[ ]
H
3
O
+

pK
a
= log
Ac

HAc
[ ]

-log H
3
O
+

Y ahora, como -log(H

3
O
+
) es, por denicin, igual al pH, se resuelve tal que as:
Ecuacin de Henderson-Hasselbalch
Ahora pasemos a explicar la utilidad y el funcionamiento de esta ecuacin y las soluciones
tamponantes. Las soluciones tamponantes se basan en un doble equilibrio entre la ecuacin
del cido dbil que se desprotona y la de la base dbil que se protona.
Solucin tampn. La solucin tampn, en el caso de recibir una base (OH), podr neutralizar los hidrxidos
dado que el dador de protones (HAc) dar protones para que el hidroxilo se transforme en agua y no cambie el
pH. Si ocurre lo contrario, es decir, que se aboque un cido, el aceptor de protones los captar para transfor-
marse en la forma cida (de Ac a HAc). Es por ello que aadir cidos o bases cambiar ligeramente el pH, pero
no de manera signicativa (mirar la ecuacin de Henderson-Hasselbalch).
NOTA: las soluciones tampn son ms efectivas cuando la forma cida y la forma bsica es-
tn igualadas, ya que el cociente dar 1 y el logaritmo de 1 es 0, dando lugar a la expresin
pKa = pH. En una titulacin la pKa se encuentra en la mitad de la parte plana de la curva de
titulacin. La pKa es una constante, no vara.
pK
a
= log
Ac

HAc
[ ]

+ pH
pH = pK
a
+ log
Ac

HAc
[ ]

!
!"#$%"&'(")*+,-+".*-#+-*+/-,".#+&".0)1"(.#
4. MONOGLCIDOS
Los glcidos son las biomolculas ms abundantes de la Tierra. Existen varias clases, en fun-
cin a su nmero de carbonos: monosacridos, oligosacridos y polisacridos. Estn com-
puestos, principalmente, por carbonos, grupos hidrxido y aldehdos o cetonas.
En funcin de estos dos ltimos grupos funcionales tambin podemos distinguir entre aldosas
y cetosas. Las aldosas son aquellas que tienen un tomo de oxgeno unido por enlace doble
en un extremo (formando el grupo aldehdo). Las cetosas son aquellas que tienen dicho ox-
geno en cualquier otra parte de la cadena.
En los gliceraldehdos (que son los glcidos ms simples, con tres carbonos) distinguimos
dos formas, en funcin de hacia donde dirigen la luz polarizada: si la dirigen hacia la dere-
cha entonces hablamos de una forma dextrgira y si la dirige hacia la izquierda entonces
hablamos de la forma levgira. Para el resto de glcidos, hablamos de formas D y L, en fun-
cin de si tienen el grupo -OH a izquierda o a derecha (D, a la derecha, y es considerada la
forma biolgica). Antes de citar un pasaje del Lehninger para claricar este punto habra que
mencionar que no podemos pasar de la forma D a la L haciendo rotar la molcula; los enla-
ces se deberan romper y la molcula debera volverse a formar.
Louis Pasteur fue, en 1843, el primero en encontrar una explicacin correcta al fenmeno de la
actividad ptica. Investigando sobre el sedimento cristalino que se acumulaba en los barriles de
vino (una forma de cido tartrico denominada cido paratartrico, tambin conocido como
cido racmico, del latn racimus racimo de uva). Utiliz unas pinzas muy nas para separar
dos tipos de cristales cuya forma era idntica pero de los que cada uno de ellos era la imagen
especular del otro. Ambos posean todas las propiedades qumica del cido tartrico pero, al
disolverlos, uno de ellos hacia rotar la luz polarizada hacia la izquierda (levgiro) y el otro ha-
cia la derecha (dextrgiro).
NELSON D.L., COX M.M. Lehninger: Principios de bioqumica
Pgina 19 (1.2 Fundamentos qumicos).
Ahora procedamos a denir algunos conceptos importantes para comprender lo que viene a
posteriori:
Esteroismeros: son molculas que contienen los mismos enlaces qumicos pero con una
estereoqumica diferente, es decir, con diferente conguracin o relacin espacial entre sus
tomos constituyentes. Una molcula tiene 2
n
esteroismeros, donde n es el nmero de car-
bonos asimtricos. Por ejemplo, en el caso del gliceraldehdo, al tener un nico carbono
asimtrico, tiene 2 esteroismeros, que corresponden a las formas dextrgira y levgira.
Enantimeros: aquellos estereoismeros que son imgenes especulares entre ellos.

Diasteremeros: aquellos esteroismeros que no son imgenes especulares entre ellos.
Epmeros: aquellos azcares que tan solo dieren en la conguracin alrededor de un tomo
de carbono.
Un caso digno de mencin es el de la dihidroxiacetona (a la derecha): al no
tener carbonos asimtricos no tiene ningn estereoismero (ya que el car-
bono central tiene un enlace doble con el oxgeno, lo que sera el grupo ce-
tona, no cumpliendo con el requisito de tener los cuatro enlaces con cuatro
tomos distintos).
En cuanto a las representaciones grcas, las cuas sombreadas nos hacen saber que esos
grupos funcionales o tomos estn hacia nosotros y las cuas sencillas nos indican que se
alejan de nosotros.
Ahora bien, hasta ahora hemos visto representadas las estructuras de las aldosas y cetosas en
forma de cadenas lineales (con el nico afn de simplicarlo). No obstante, las aldotetrosas y
todos los monosacridos con cinco o ms tomos de carbono en su cadena suelen encon-
trarse en disolucin acuosa en forma de estructura cclicas, en las que el grupo carbonilo
(C=O) ha formado un enlace covalente con un oxgeno del grupo hidroxilo perteneciente a
la misma cadena. La formacin de estas estructuras de anillo es el resultado de una reaccin
general entre los alcoholes y los aldehdos o las cetonas para formar los derivados denomi-
nados hemiacetales o hemicetales, que contienen un tomo de carbono asimtrico adicional
y pueden, por tanto, existir dos formas estereoisomricas. Por ejemplo, la D-glucosa se pre-
senta en disolucin como un hemiacetal intramolecular en el cual el grupo hidroxilo libre en
el C5 ha reaccionado con el C1, que se convierte en asimtrico, dando lugar a dos esteroi-
smeros ms: las formas y las formas .
Formacin de hemiacetales y hemicetales. Un aldehdo o una cetona pueden reaccionar con un alcohol en
relacin 1:1 para dar lugar respectivamente a un hemiacetal o a un hemicetal. La adicin de una segunda mo-
lcula de alcohol da lugar a la formacin de un acetal o de un cetal. Cuando el segundo alcohol forma parte de
otra molcula de azcar el enlace formado es un enlace glucosdico.
!
Ciclacin. Cuando el grupo aldehdo en C1 reac-
ciona para formar un enlace hemiacetlico, se
pueden producir dos esteroismeros, los anme-
ros alfa i beta, que dieren nicamente en la es-
teroqumica del carbono hemiacetlico. La inter-
conversin de los anmeros y se denomina
mutarrotacin.
Los compuestos cclicos de seis tomos
reciben el nombre de piranosas (pyrano-
se) porque su estructura recuerda mucho
a un compuesto llamado pirano. Por otro
lado, las aldohexosas que forman formas
cclicas con anillos de cinco carbonos
pasan a denominarse furanosas, por su
similitud con el furano.
Las formas isomricas de los monosac-
ridos que dieren entre si nicamente en
la conguracin alrededor del tomo de
carbono hemiacetlico o hemicetlico se
denominan anmeros. El tomo de car-
bono hemiacetlico (o carbonlico) se
denomina carbono anomrico. Los an-
meros y de la D-glucosa intercon-
vierten en solucin acuosa por un proceso denominado mutarrotacin.
Finalmente, mencionar que distinguimos forma de si el carbono hemicetlico o hemia-
cetlico presenta el grupo OH abajo () o arriba ().
Imagen izquierda. Po-
demos observar que las
primeras cuatro mol-
culas se encuentran
representadas por me-
dio de las perspectivas
de Haworth mientras
que las dos ltimas mo-
lculas (el furano y el
pirano) se encuentran
en la de Fischer. En las
cetohexosas la forma
tambin corresponde a
la que tiene el grupo
-OH abajo (C2) y la
forma cuando ocurre
todo lo contrario.
!!
!"#$%&'()*(+)#,+)-./0'(1)(2'34#.5
Frmulas en perspectiva de Ha-
worth. Se emplean normalmente
para representar las estructuras c-
clicas de los monosacridos. No
obstante, el anillo de piranosa de
seis tomos no es en realidad plano,
tal como podran sugerir las pers-
pectivas de Haworth, sino que tien-
de a asumir una de las dos confor-
maciones en silla. Recurdese que
dos conformaciones de una mol-
cula son interconvertibles sin nece-
sidad de proceder a la rotura de
ningn enlace, mientras que dos
conguraciones slo pueden interconvertirse despus de la rotura de un enlace covalente. Para interconvertir
las conguraciones y , ha de romperse el enlace en el que participa el oxgeno del anillo mientras que la
interconversin de las dos formas en silla no requiere rotura de enlace.
Apunte: derivados
Adems de las hexosas simples como la glucosa, la galactosa y la manosa, existen una serie
de derivados de los azcares en los que un grupo hidroxilo del compuesto original est re-
emplazado por otros sustituyentes o bien de unos de los tomos de carbono se encuentra
oxidad en forma de grupo carboxlico (-COO). En la glucosamina, la galactosamina y la ma-
nosamina, el grupo hidroxilo de C2 del compuesto original se halla reemplazado por un
grupo amino. El grupo amino casi siempre est condensado con cido actico, tal como su-
cede en el caso de la N-acetilglucosamina. Este derivado de la glucosamina forma parte de
muchos polmeros estructurales, entre los que se encuentran los de la pared de la clula bac-
teriana.
Cuando el carbono carbonlico (aldehdico) de la glucosa se oxida a nivel de carboxilo se
produce cido glucnico; otras aldosas dan lugar a otros cidos aldnicos. La oxidacin del
carbono del otro extremo de la cadena (el C6 de la glucosa, galactosa o manosa) da lugar al
correspondiente cido urnico: glucornico, galacturnico o manurnico.
Apuntes: los monosacridos son agentes reductores
Los monosacridos pueden ser oxidados por agentes oxidantes relativamente suaves tales
como el in cprico (Cu
2+
). El carbono carbonlico se oxida a grupo carboxlico. La glucosa
y otros azcares capaces de reducir iones cpricos se denominan azcares reductores. Esta
prpiedad es la base de la reaccin de Fehling, un ensayo cualitativo que indica la presencia
de azcares reductores.
Algunos derivados de las hexosas de importancia en biologa (imagen inferior). En los aminoazcares, un gru-
po -NH2 reemplaza a uno de los grupos OH de la hexosa original. La sustitucin de un - OH por un -H da lugar
a un desoxiazcar. Obsrvese que los desoxiazcares mostrados aqu se encuentran en la naturaleza en forma
de ismeros L. Los azcares acdicos contienen un grupo carboxilato, que les conere una carga negativa a pH
neutro. La D-glucono--lactona se forma a partir de cido glucnico por formacin de un enlace ster entre el
grupo carboxilato en C1 y el grupo hidroxilo en C5 (tambin llamado carbono ) del D-gluconato.
!!
!"#$%&'()*(+)#,+)-./0'(1)(2'34#.5
Resumen nal (monoglcidos):
a) Los azcares (tambin llamados sacridos) son compuestos que contienen un grupo alde-
hdo o cetona y dos o ms grupo hidroxilo.
b) Los monosacridos generalmente contienen varios carbonos quirales y, por tanto, existen
en diversas formas esteroqumicas, que se pueden representar sobre el papel segn la pro-
yeccin de Fischer (horizontal hacia el lector, vertical hacia el fondo). Los epmeros son
azcares que dieren en conguracin en un slo tomo de carbono.
c) Por lo general los monosacridos forman hemiacetales y hemicetales internos en los que
el grupo aldehdo o cetona se une con un grupo hidroxilo de la misma molcula creando
una estructura cclica; esto se puede representar mediante una frmula de perspectiva de
Haworth. El tomo de carbono que se encontraba originalmente en el grupo aldehdo o
cetona (el carbono anomrico) puede adoptar una de las dos conguraciones, y , que
son interconvertibles por mutarrotacin. En la forma lineal, que est en equilibrio con las
formas cicladas, el carbono anomrico se oxida fcilmente.
!"
5. OLIGOSACRIDOS
Los disacridos (tales como la maltosa, la lactosa
y la sacarosa) estn formados por dos monosac-
ridos unidos covalentemente mediante un enlace
O-glucosdico, que se forma cuando un grupo hi-
droxilo de un azcar reacciona con el carbono
anomrico del otro. Esta reaccin da lugar a la
formacin de un acetal a partir de un hemiacetal
y un alcohol. El compuesto resultante se denomi-
na glucsido. Los enlaces glucosdicos se hidroli-
zan con facilidad por accin de cidos pero son
resistentes a la hidrolisis bsica. Por lo tanto, los
disacridos puden hidrolizarse para dar lugar a
sus componentes monosacridos por ebullicin
en un medio de contenga cido diludo. Los en-
laces N-glucosdicos unen el carbono anomrico
de un azcar y un tomo de nitrgeno en las glu-
coprotenas y los nucletidos.
La oxidacin de un azcar por iones cpricos (la reaccin que dene a los azcares reducto-
res) tiene lugar solamente con la forma lineal, que est en equilibrio con la forma o formas
cclicas. Cuando el carbono anomrico participa en un enlace glucosdico, el residuo de
azcar no puede adoptar la forma lineal y, por tanto, se convierte en un azcar no reductor.
Al describir disacridos o polisacridos, el extremo de la cadena que contiene el carbono
anomrico libre se suele conocer como extremo reductor.
Resumen de los oligosacridos
d) Un grupo hidroxilo de un monosacrido puede reaccionar con el carbono anomrico de
un segundo monosacrido formando un acetal. En este disacrido, el enlace glucosdico
protege al carbono anomrico de la oxidacin.
e) Los oligosacridos son polmeros cortos de varios monosacridos unidos por enlaces glu-
cosdicos. En un extremo de la cadena, el extremo reductor se encuentra una unidad mo-
nosacrida cuyo carbono no est formando un enlace glucosdico.
f) La nomenclatura comn para los di- y los oligosacridos especica el orden de las unida-
des monosacridas, la conguracin en cada carbono anomrico y los tomos de carbono
que forman el o los enlaces glucosdicos.
!
Un disacrido clsico: la lactosa. La lactosa se
basa en la unin entre una galactosa y una glu-
cosa gracias a un enlace 1-4 O-glucosdico. Es
decir, el carbono hemiacetlico se transforma en
un acetal, liberando una molcula de agua (los
grupos OH interaccionan entre si). Dado que
uno de los extremos de la molcula tiene un car-
bono anomrico, podemos armar que la lactosa
tiene poder reductor.
6. POLISACRIDOS
La mayora de glcidos naturales se encuentran en forma de polisacridos, polmeros de alto
peso molecular. Los polisacridos, denominados tambin glucanos, dieren entre s en la
naturaleza de sus unidades monomricas repetitivas, en la longitud de sus cadenas, en los
tipos de enlace que se forman entre las unidades y en su grado de ramicacin. Los homo-
polisacridos contienen un tipo de monmero y los heteropolisacridos contienen dos o ms
tipos diferentes. Algunos homopolisacridos son formas de almacenamiento de monosacri-
dos que se usan como combustible biolgico; el almidn y el glucgeno son homopolisac-
ridos de este tipo. Otros homopolisacridos (como por ejemplo la celulosa y la quitina) ac-
tan como elementos estructurales de las paredes celulares de plantas y el exoesqueleto de
algunos animales. Los heteropolisacridos proporcionan soporte extracelular a organismos
de todos los reinos. Por ejemplo, la capa rgida de la envoltura de la clula bacteriana (el
peptidoglucano) est compuesta, en parte, por un heteropolisacrido formado por dos uni-
dades alternantes de monosacridos. En los tejidos animales, el espacio extracelular se en-
cuentra ocupado por diversos tipos de heteropolisacridos, que forman una matriz que man-
tiene unidades a las clulas individuales y proporciona proteccin forma y soporte a clulas,
tejidos y rganos.
Ahora pasemos al estudio ms o menos exhaustivo de algunos de los polisacridos tpicos:
Almidn: se trata de un homo-
polisacrido compuesto por
dos polmeros de la glucosa: la
amilosa y la amilopectina. El
primero se encuentra en forma
lineal (enlaces 1-4) mientras
que el otro se encuentra en
forma ramicada (1-4 y 1-6).
Glucgeno: se trata del homo-
polisacrido de reserva ms
importante de las clulas ani-
males. Al igual que la amilo-
pectina, el glucgeno no es una
sucesin de glucosas unidas
por un enlace 1-4, si no que est ramicado y tambin tiene enlaces 1-6. No obstante, el
glucgeno est ms ramicado (cada 8-12 residuos de glucosa y no cada 24-30).
Quitina: se trata de un homopolisacrido lineal compuesto por residuos de N-acetilglucosa-
mina unidos por enlaces (1-4). La quitina forma bras extendidas similares a las de la ce-
lulosa y, al igual que sta, no es digerible por los vertebrados.
!
Almidn. Las cadenas de amilopectina (en rojo) forman una estructura
de doble hlice entre s o con cadenas de amilosa (en azul). El gluc-
geno, similar, es ms ramicado y compacto.
6. LPIDOS: CIDOS GRASOS Y TRIACILGLICRIDOS
Los lpidos son molculas que, a primera vista, pueden aparentar ser complejas. No obstan-
te, la realidad dista mucho de esta primera impresin. Si logramos diferenciar los diferentes
elementos que conforman un lpido, lograremos denirlo y describir sus cualidades. As, en
general, podemos mencionar que todos se caracterizan por estar formados por una gran can-
tidad de tomos de carbono e hidrogeno (una cadena hidrocarbonada).
Los lpidos ms sencillos (que ms tarde observaremos que forman parte de los lpidos ms
complejos) son los denominados cidos grasos. Los cidos grasos estn formados por un
grupo carboxlico (COO) seguido de una larga cadena hidrocarbonada. En funcin de cun
larga es dicha cadena, el cido graso se denominar de un modo u otro. En referencia a la
cadena, los enlaces de carbono generalmente son simples, pero si se diera el caso que son
dobles entonces hablamos de insaturaciones. Recordemos que, desde el punto de vista bio-
lgico, los cidos grasos insaturados y polinsaturados son sustancialmente ms beneciosos
que los saturados.
En cuanto a su nomenclatura, generalmente se introduce
entre parntesis el nmero de carbonos que tiene y, se-
guido de dos puntos, las insaturaciones. En el caso de
estearato, un cido graso de 18 carbonos y saturado, se
podra denir tambin como Estearato (18:0). Si quere-
mos referirnos a unos insaturado - como el caso del olea-
to -, junto al n de insaturaciones se coloca la letra delta
con un exponente. Este exponente es el carbono (co-
menzando a contar desde el grupo carboxlico) que tie-
ne la insaturacin. As pues, el oleato sera Oleato
(18:1(
9
)). Existe tambin otra nomenclatura: el ltimo
carbono (CH3) pasa a denominarse carbono omega ()
y el 2 y el 3 segn la nomenclatura anteriormente men-
cionada, y respectivamente.
Al igual que con otras molculas, los cidos grasos pue-
den recibir la denominacin de cis o trans en funcin de
si ambos lados de la cadena se encuentran en un mismo
lado u otro respecto al enlace doble. Si no hay enlace
doble desde el que establecer un punto de equivalencia,
jams podremos hablar de cis o de trans.
Los cidos grasos cuando se encuentran en un medio
acuoso, tienden a asociarse entre si de tal manera que
las partes apolares interaccionan entre si para evadir el
agua y las partes polares se quedan de cara al agua, inte-
!
Nomenclatura con letras griegas. Ome-
ga (), alfa () y beta () correspon-
den al carbono n (el ltimo) 2 y 3, res-
pectivamente, segn la nomenclatura en
nmero arbigos.
!
Nomenclatura con letras griegas. El
carbono omega menos 3 (-3) presenta
una insaturacin. En este caso el cido
graso sera cis ya que ambos lados de la
cadena se encuentran del mismo lado
respecto el enlace doble.
raccionando con ella (disposicin de mnima energa). De ah que se formen bicapas lipdi-
cas (por ejemplo). Cuando hay insaturaciones, pero, las interacciones entre las colas hidro-
fbicas es menor, dando lugar a estructuras un poco ms desorganizadas (con menor energa
= mayor uidez).
Los cidos grasos, no obstante, no suelen encontrarse de manera unitaria, solos, si no que
ms bien se encuentran asociados a molculas mayores, como es el caso de los triacilglic-
ridos. Un triacilglicrido es una molcula de glicerol unida por enlaces ster a tres cidos
grasos. El triacilglicrido, o tambin denominado triacilglicerol, tiene una funcin de reserva
energtica y es el componente mayoritario de las clulas del tejido adiposo. Los adipocitos,
por ejemplo, son clulas con ncleo, unas pocas mitocondrias y una gran cantidad de tria-
cilglicridos. Sera conveniente mencionar que la gran mayora de estos triacilgliceridos -
desde el punto de vista del ser humano - presentan una insaturacin en el segundo cido
graso, dando lugar a un cido graso cis.
6.1. CERAS
Las ceras son unos compuestos lipdicos formados
por un alcohol y un cido graso, unidos gracias a
un enlace ster.
6.3 FOSFOLPIDOS
Los fosfolpidos son una clase de lpidos que
se basan fundamentalmente en un grupo fos-
fato unido a otro elemento por medio de un
enlace fosfodister. Existen dos grandes clases
de fosfolpidos: los glicerofosfolpidos y los
esngolpidos. Por una parte, los glicerofosfo-
lpidos tienen el ya conocido glicerol. Por tan-
to, no es difcil deducir que su estructura es
una molcula de glicerol, dos de cido graso
y luego el grupo fosfafo que sirve de enlace
cidos grasos ms comunes cidos grasos ms comunes cidos grasos ms comunes cidos grasos ms comunes
Esqueleto carbonado Nombre sistemtico* Nombre comn Punto de fusin
12:0 Acido n-dodecanoico Acido larico 44,2
16:0 Acido n-hexadecanoico cido palmtico 63,1
18:0 Acido n-octadecanoico Acido esterico 69,1
20:0 Acido n-icosanoico Acido araqudico 76,5
18:1 (
9
)
Acido cis-9-octadecenoico Acido oleico 13,4
20:4 (
5,8,11,14
)
Acido cis-cis-cis-cis-5,8,11,14-icosatetraenoico A. araquidnico -49,6
* Todos los cidos se muestran en su forma no ionizada. A pH 7, todos los cidos grasos libres tienen un car-
boxilato ionizado. Obsrvese que la numeracin de los carbonos empieza en el carbono del grupo carboxlico.
!
"#$%&
!
!"#$%&'(')('"*+#,' '-(')('."#$/&#,')
Glicerofosfolpido. El glicerol ve sus tres grupos OH
estericados por dos cidos grasos (C1 y C2) y por
un fosfato (C3). El cido graso en C2 suele ser oleico
o araquidnico (ambos con insaturaciones).
entre el glicerol y una molcula polar. En funcin de el grupo polar que se le acopla al fos-
fato, el glicerofosfolpido se denominar de una forma u otra. Los glicerofosfolpidos ms
comunes son diacilgliceroles unidos a alcoholes del grupo de cabeza mediante un enlace
fosfodister. El cido fosfatdico, un fosfomonoster, es el compuesto de referencia.
Nota 1: el inositol, aunque parezca un azcar, no lo es. En realidad es un polialcohol. ste
en concreto es uno de sus ismeros, el mio-inositol (y adems fosforilado en las posiciones 4
y 5). Su funcin biolgica es la de mensajero qumico (se ver ms adelante).
Nota 2: la cardiolipina es muy abundante en algunas membranas biolgicas. Por ejemplo, en
la membrana mitocondrial (externa e interna).
Caso especial 1: glicerofosfolpidos con enlace ter
Son aquellos en que una de sus cadenas acilo (cido graso) estn unidas al glicerol por me-
dio de un enlace ter. Pongamos dos ejemplos:
Glicerofosfolpidos. A todas estas molculas les falta el alcohol (se omite por el enlace fosfoster). Cada deriva-
do se denomina segn el alcohol del grupo de cabeza (X), con el prejo fosfatidil-. Ntese que la cardiolipina
en realidad debera llamarse fosfatidilglicerol del fosfatidilglicerol (ya que el grupo X es un glicerol unido a un
fosfato que se une a su vez a otro glicerol unido a dos cidos grasos; la X, pues, es un fosfatidilglicerol en si).
Glicerofosfolpidos Glicerofosfolpidos Glicerofosfolpidos
Nombre del glicerofosfolpido Nombre de la parte variable (X) Frmula de X
cido fosfatdico -
Fosfatidiletanolamina Etanolamina
Fosfatidilcolina Colina
Fosfatidilserina Serina
Fosfatidilglicerol Glicerol
Fosfatidilinositol 4,5-bifosfato mio-Inositol 4,5-bifosfato
Cardiolipina Fosfatidilglicerol
Caso especial 2: lisofosfolpidos
Son aquellos que les falta un cido graso por la accin de una fosfolipasa. Las fosfolipasas A
1

y A
2
hidrolizan los enlaces ster de glicerofosfolpidos intactos en C1 y C2 del glicerol, res-
pectivamente. Las fosfolipasas C y D rompen cada una de ellas uno de los enlaces fosfodis-
ter del grupo de cabeza. Algunas fosfolipasas actan solamente sobre un tipo de glicerofosfo-
lpido, otras son menos especcas.
!
!"
Plasmalgenos. Este es un caso de glice-
rofosfolpido con enlace ter. La cadena
unida a C1 tambin podra ser saturada
pero en este caso tiene un enlace doble
entre C1 y C2 (del cido graso). El cido
graso en cuestin pasa a llamarse alque-
no (por tener esta insaturacin) y el con-
junto se denomina plasmalgeno. El
alcohol unido al grupo de cabeza (C3 del
gilcerol) es la etanolamina (siempre).
Factor activador de las plaquetas. El fac-
tor activador plaquetario tiene una cade-
na alqulica (no confundir con alquelni-
ca, de alqueno) larga unida por enlace
ter al C1 del glicerol, pero el C2 est
unido por enlace ster al cido actico
(etanoico), lo que hace que el compuesto
sea mucho ms hidrosoluble que la ma-
yora de glicerofosfolpidos y plasmalge-
nos. El alcohol unido al fosfato es la coli-
na (siempre).
Etanolamina
Colina
!"
Especicidad de las fosfolipasas. Aqu podemos observar las diferentes hidrolizaciones
que se pueden dar en una molcula de fosfatidilinositol 4,5-bifosfato por accin de al-
gunas fosfolipasas. Nota: si cortamos con una fosfolipasa C nos quedar un inositol
1,4,5-trifosfato. Con la D nos quedara: por un lado inositol 4,5-bifosfato y por el otro
cido fosfatdico.
Una vez hemos hablado de los glicerofosfolpidos, ahora debemos hablar de los esngolpi-
dos, el grupo de molculas restante que tiene un grupo fosfato asociado a l. Su principal
diferencia respecto a los fosfoglicridos es la ausencia del glicerol. En detrimento lo que tie-
nen los esngolpidos es una molcula de esngosina, que se trata de un aminoalcohol. Dis-
tinguimos dos clases de esngolpidos: los (fosfo)esngolpidos y los glucoesngolpidos.
Los (fosfo)esngolpidos estructuralmente se componen por una molcula de esngosina, un
cido graso, un grupo fosfato y colina. La esngosina se asemeja mucho al glicerol. Los car-
bonos C1, C2 y C3 son anlogos a los tres carbonos del glicerol de un glicerofosfolpido.
Cuando un cido graso se une por medio de un enlace amida al -NH2 de C2 entonces el
compuesto pasa a llamarse ceramida. Finalmente, de manera similar que con los fosfoglic-
ridos, existe una parte variable que, en funcin de la misma, la molcula adoptar uno u
otro nombre.
!!
Esngolpido. En funcin de lo que se acople a C1 (X) el compuesto se denominar de
una manera o de otra. La ceramida es el compuesto de referencia de este grupo (con los
glicerofosfolpidos el compuesto de referencia era el cido fosfatdico). La esngosina se
sintetiza a partir de palmitato y de serina (un aminocido).
Esngolpidos Esngolpidos Esngolpidos Esngolpidos
Clase Nombre del esngolpido Nombre de X Frmula de X
- Ceramida(s) -
Esngomielinas Esngomielina (al igual que con
las ceramidas, hay tantas como los
diferentes cidos grasos que se le
pueden acoplar).
Fosfocolina
Cerebrsidos Glucosilcerebrsidos (dado que
los cerebrsidos no presentan car-
ga a pH 7 generalmente se deno-
minan glucolpidos neutros). Re-
cordatorio: OH + OH = ter.
COOH + OH = ster.
Glucosa Cerebrsidos
Lactosilceramida (un globsido) Di, tri o tetrasacrido
Ganglisidos Ganglisido GM2 Oligosacrido complejo
Finalmente veamos un par de ejemplos de ganglisidos tpicos (recordemos que un gangli-
sido es un tipo de (gluco)esngolpido que tiene asociado ms de 4 azcares. El primero que
veremos es que nos determina el grupo sanguneo. (Nota: creo que deben tener Neu5Ac).
El segundo (no se ilustrar) es el ganglisido GM1. Esta clase de ganglisidos se caracteriza
por tener entre sus glcidos un residuo de cido silico o cido N-acetil neuramnico.
6.4 ESTEROLES
Los esteroles son lpidos estructurales que se hallan presentes en la membrana de la mayora
de las clulas eucariotas. La estructura caracterstica de este grupo de lpidos es la del nucleo
esteroide, que consiste en cuatro anillos fusionados, tres de ellos con seis carbonos y uno
con cinco. El ncleo esteroide es casi plano y relativamente r-
gido; los anillos fusionados no permiten la rotacin alrededor
de los enlaces C-C. El colesterol es el principal esterol en los
tejidos animales y es anptico, con un grupo de cabeza polar
(el grupo hidroxilo en C3) y una parte apolar (el ncleo este-
roide y la cadena lateral hidrocarbonada en C17). Los esteroles
de todos los eucariotas se sintetizan a partir de subunidades
sencillas de isopreno de 5 carbonos, lo mismo que las vitami-
nas liposolubles. Adems de su papel como constituyentes de
las membranas, los esteroles son los precursores de diversos productos con actividades bio-
lgicas especcas. Las hormonas esteroides, por ejemplo, son potentes seales biolgicas
que regulan la expresin gnica.
!"
!"#$%&%'%(')#&*#(*%+
,%*$#+-'.%(*#)'/'.0%$*%'"$%.#*0$#
12%.#((342&56
Los glucoesngolpidos como determinantes de
los grupos sanguneos. El sistema de grupos san-
guneos humano (A, B, O) viene determinado
por unos ganglisidos y, ms concretamente,
por los azcares que tienen acoplados. Estos
ganglisidos se encuentran en la membrana
(parte externa) de nuestras clulas sanguneas,
de modo que los glcidos dan al exterior. Por
tanto, el sistema inmune puede reconocer si
dicha clula pertenece o no a nuestro organis-
mo. Si nos jamos el grupo O presenta la estruc-
tura bsica a partir de la cual se formar A y B;
es por ello que se dice que O es el donante uni-
versal. El grupo AB presenta una mezcla de am-
bas formas. A nivel gentico una persona de
grupo A lo que tiene es una enzima que le per-
mite acoplar una N-acetil galactosamina al gan-
glisido bsico (el caracterstico del grupo O). El
grupo O lo nico que tiene son las enzimas ne-
cesarias para acoplar a la ceramida el resto de
glcidos y as conformar el ganglisido caracte-
rstico.
!
!"#$%&'()&*(&+,-'(-)+$.$%-%/'(0$&123$)-'4(5'&#,/*&$%/'
6$+-7$*-(8(9,/+$*&1:
Isopreno. Con seis molculas de
isopreno se forma el escualeno y
ste ltimo, bien doblado, forma
el colesterol.
Si hablamos un poco de las vitaminas, un primer
ejemplo que podra surgir es el de la vitamina D.
Como ya sabemos, las vitaminas son estrictamente
necesarias porque no tenemos medios para sinteti-
zarlas por nosotros mismos y, por ende, las debe-
mos adquirir gracias a la dieta. La vitamina D, co-
mo bamos diciendo, est relacionada con el me-
tabolismo del calcio y el fosfato, haciendo que su
ausencia se manieste en forma de raquitismo.
Otro ejemplo de vitamina es la A, relacionada con
la visin. Como ya se vio en un principio, el reti-
nol (o vitamina A; derivado del -caroteno) se oxi-
da hasta llegar a ser cis-retinal que, con la accin
de la luz solar, sufre un cambio conformacional
para ser trans-retinal (y de ah toda una serie de
!
!"#$%&'()&*(&+,-'(-)+$.$%-%/'(0$&123$)-'4(
5 6'+/,&1/'()&*(
78*)$2*(9&,:&*-1
!"#$%&'()&*(&+,-'(-)+$.$%-%/'(0$&123$)-'4(
5 6'+/,&1/'()&*(78*)$2*(%/(/:81'$&*-*+/
Esteroides derivados del colesterol. La testos-
terona, hormona sexual masculina, se forma
en los testculos. El estradiol, una de las hor-
monas sexuales femeninas, se produce en los
ovarios y en la placenta. El cortisol y la aldos-
terona son hormonas sintetizadas en la corte-
za de las glndulas suprarrenales; regulan el
metabolismo de la glucosa y la eliminacin de
sal, respectivamente. La prednisolona y
prednisona son esteroides sintticos utilitza-
dos como agentes antiinamatorios.
Cmo es que, siendo tan similares, la testos-
terona y el estradiol tienen efectos tan dispa-
res? Estas hormonas (al igual que todas) en-
tran en la clula y se unen a receptores (en el
citosol o en el ncleo). Estos receptores son
factores de transcripcin; es decir, protenas
que regulan la transcripcin de genes. Por
tanto, se unen al ADN y controlan qu genes
se expresan.
!
!"#$%&'()&*(&+,-'(-)+$.$%-%/'(0$&123$)-'4(
5 6'+/,&1/'()&*(
78*)$2*(9&,:&*-1
!"#$%&'()&*(&+,-'(-)+$.$%-%/'(0$&123$)-'4(
5 6'+/,&1/'()&*(78*)$2*(%/(/:81'$&*-*+/
cido tauroclico. Aqu nos encontramos
con uno de los cidos biliares (derivado polar
del colesterol). Actan como detergentes en
el intestino emulsionando las grasas de la die-
ta para hacerlas ms fcilmente accesibles a
las lipasas digestivas.
!
!"#$%&'()&*(&+,-'(-)+$.$%-%/'(0$&123$)-'4(5'&#,/*&$%/'
6$+-7$*-(8(9,/+$*&1:
reacciones que culminan con la visin). A continuacin aadiremos algunos ejemplos de
lpidos isoprenoides (derivados del isopreno):
La vitamina E:
Vitamina K1:
Vitamina E. La vitamina E es una antioxidante al poderse oxidar y reducir. Por tanto protege a las clulas del lla-
mado estrs oxidativo (ya que continuamente se estn produciendo molculas con alto poder oxidante bastante
peligrosas). El grupo -OH se podra oxidar (liberando el H).
Vitamina K1. La vitamina K1 forma parte del sistema de coagulacin; es un factor de coagulacin importante.
Las unidades de isopreno estn marcadas con unas lneas discontinuas.
Warfarina. Se trata de una molcula ms pequea
en comparacin con las anteriores y acta como
anticoagulante.
Ubiquinona (o coenzima Q). Ac-
ta como transportador de elec-
trones en la cadena respiratoria
mitocondrial (por tanto necesita
un grupo que se pueda oxidar/re-
ducir. Los electrones los carga en
los oxgenos ubicados en el primer
anillo de seis carbonos.
Plastiquinona. El equivalente vegetal de la ubiquinona.
Dolicol. Se trata de un transportador de azcares. Los azcares se unen al dolicol por el grupo -OH formando
un enlace ter.
NUCLETIDOS Y CIDOS NUCLEICOS
Los nucletidos estn formados por tres componentes caractersticos: (1) una base nitrogena-
da, (2) una pentosa y (3) un fosfato. La molcula sin grupo fosfato se denomina nuclesido.
Las bases nitrogenadas son derivados de dos compuestos parentales, pirimidina y purina. Las
bases y las pentosas de los nucletidos comunes son compuestos heterocclicos.
La base de un nucletido est unida covalentemente (por el N1 en las pirimidinas y el N9 en
las purinas) a travs de un enlace N--glucosdico con el C1 de la pentosa, y el fosfato est
estericado (enlace fosfodister) con el C5 de la pentosa. El enlace N--glucosdico se forma
por eliminacin de agua (un grupo hidroxilo de la pentosa y un hidrgeno de la base), como
en la formacin de enlaces O-glucosdicos.
Tanto el DNA como el RNA contiene dos bases pirnicas principales, la adenina (A) y la gua-
nina (G) y dos pirimidinas principales. Tanto en el DNA como en el RNA una de las pirimi-
dinas es la citosina (C) pero la segunda base pirimidnica no es la misma en llos dos; es timi-
na (T) en el DNA y uracilo (U) en el RNA.
Base Nuclesido Nucletido cido nucleico
Purinas Purinas Purinas Purinas
Adenina Adenosina Adenilato RNA
Desoxiadenosina Desoxiadenilato DNA
Guanina Guanosina Guanilato RNA
Desoxiguanosina Desoxiguanilato DNA
Pirimidinas Pirimidinas Pirimidinas Pirimidinas
Citosina Citidina Citidilato RNA
Desoxicitidina Desoxicitidilato DNA
Timina Timidina o desoxitimidina Timidilato o desoxitimidilato DNA
Uracilo Uridina Uridilato RNA
1. Bases nitrogenadas
Purina Pirimidina
Estructura de los nucletidos. a) En primer lugar observamos la estructura general de los nucletidos con la
numeracin convencional en el anillo de la pentosa. Se muestra la estructura de un ribonucletido. En los deso-
xirribonucletidos un -H reemplaza al grupo -OH del carbono 2 (en rojo). b) Los compuestos parentales de los
que derivan las bases purnicas (purina, a la derecha) y pirimidnicas de los nucletidos y de los cidos nuclei-
cos, con especicacin de las convenciones para la numeracin.
Nucletidos: composicin y estructura
a) b)
Los grupos funcionales de las purinas y
las pirimidinas son los grupos carbonilo y
los tomos de nitrgeno del anillo y los
grupos amino exocclicos. La formacin
de enlaces de hidrgeno, en los que par-
ticipan los grupos amino y carbonilo,
constituye el modo ms importante de
interaccin entre dos (y en ocasiones tres
o cuatro) cadenas de cido nucleico. Los
patrones de enlaces de hidrgeno ms
frecuentes descritos son los que dictami-
nan que la adenina interacciona con la
timina y la guanina con la citosina.
Las pirimidinas y purinas libres son compuestos dbilmente bsicos y por ello se denominan
bases. Las purinas y pirimidinas presentes en el DNA y el RNA son molculas aromticas.
Esta propiedad tiene efectos importantes sobre la estructura, la distribucin electrnica y la
capacidad de absorcin de la luz de los cidos nucleicos. La deslocalizacin de los electro-
nes entre los tomos del anillo conere a la mayora de los enlaces el carcter de doble en-
lace parcial. Como consecuencia de este hecho, las pirimidinas son molculas planas y las
purinas casi planas, con una ligera deformacin. Las bases purnicas y pirimidnicas libres
pueden existir en dos o ms formas tautomricas segn el pH. Por ejemplo, el uracilo se pre-
senta en las formas de lactama, lactima y doble lactima.
!"#$#%&'()*+$&","#
Pirimidinas
Purinas
!"#$#%&'()*+$&","#
Pirimidinas
Purinas
Principales bases purnicas (arriba) y pirimidnicas (abajo) de los cidos nucleicos. Destacar que la parte del
anillo de carbonos (y nitrgeno) presenta una disposicin planar (se encuentran en el mismo plano).
!
!"#$%&''()"$*+$"#%$+,&*+-&*$*+"(#%).$"&/&*0
1+2)%+$",&'$*+/$+3(/%4.$")0
56&*+%$.,&*+/$+73&%.&8890
: 6&+');2)*('(4"+/$+-&*$*+/$,+<=>+?&%(&+$"#%$+$*2$'($*+2$%)+")+$"#%$+,)*+
/(8$%$"#$*+#$@(/)*+/$+,&+;(*;&+$*2$'($A+
: B*#&+');2)*('(4"+")+?&%(&+')"+,&+$/&/C+,&+"D#%('(4"+)+'&;-()*+$"+$,+$"#)%")A
: E)/)*+,)*+<=>*C+("/$2$"/($"#$+/$+,&+$*2$'($C+'D;2,$0+>FE+G+HF7A+>*I0+>JHFEJ7A
<(8%&''(4"+/$+K&G)*+L+
MN%&"O,("+G+P(,O("*Q0+
$,+<=>+$*+D"&+3R,('$
M/)*+2$%()'(/&/$* &
SAT+>+G+&+ST+>Q
Las estructuras mostradas anteriormente son los tautmeros predominantes a pH 7,0 (primera
ilustracin de la pgina anterior). Todas las bases nucleotdicas absorben luz UV, y los cidos
nucleicos se caracterizan por una fuerte absorcin de longitudes de onda cercanas a los 260
nm.
!"#$%&'(%)("$*#+,%& -./')#%,+/"
Formas tautomricas del uracilo. A pH 7,0, predomina la forma lactama; las otras formas adquieren ms im-
portancia al disminuir el pH. Las otras pirimidinas libres y las purinas libres tambin poseen formas tautomri-
cas, pero son mucho menos abundantes.
Ribonucletidos Ribonucletidos Ribonucletidos Ribonucletidos Ribonucletidos
Nuclesido Adenosina Guanosina Uridina Citidina
Nucletido Adenilato
Adenosina 5-monofosfato
Guanilato
Guanosina 5 monofosfato
Uridilato
Uridina 5-monofosfato
Citidilato
Citidina 5-monofosfato
Nucletido Adenilato
Adenosina 5-monofosfato
Guanilato
Guanosina 5 monofosfato
Uridilato
Uridina 5-monofosfato
Citidilato
Citidina 5-monofosfato
Smbolos A, AMP G, GMP U, UMP C, CMP
Desoxirribonucletidos Desoxirribonucletidos Desoxirribonucletidos Desoxirribonucletidos Desoxirribonucletidos
Nuclesido Desoxiadenosina Desoxiguanosina Desoxitimidina Desoxicitidina
Nucletido
Desoxiadenilato
Desoxiadenosina 5-monofosfato
Desoxiguanilato
Desoxiguanosina 5 monofosfato
Desoxitimidilato
Desoxitimidina 5-monofosfato
Desoxicitidilato
Desoxicitidina 5-monofosfato
Smbolos A, dA, dAMP G, dG, dGMP T, dT, dTMP C, dC, dCMP
Ribonucletidos y desoxirribonucletidos de los cidos nucleicos (pg. anterior). Todos los nucletidos se
muestran en su forma libre a pH 7,0. Las unidades nucleotdicas del DNA (desoxirribonucletidos) suelen sim-
bolizarse por A, G, T y C, y en ocasiones por dA, dG, dT y dC; las del RNA (ribonucletidos) por A, G, U y C.
EN su forma libre, los desoxirribonucletidos se suelen abreviar como dAMP, dGMP, dTMP y dCMP y los ribo-
nucletidos, como AMP, GMP, UMP y CMP. En cada nucletido, el nombre ms comn va seguido por el nom-
bre completo (en rojo). Todas las abreviaturas suponen que el grupo fosfato se encuentra en la posicin 5. La
parte nucleosdica de cada molcula est sombreada en rosa.
Bases secundarias
Aunque la mayora de los nucletidos contienen solamente las pu-
rinas y pirimidinas principales, el DNA y el RNA contienen tam-
bin otras bases secundarias. En el DNA, las ms comunes son las
formas metiladas de las bases principales; en algunos DNA vricos,
ciertas bases pueden estar hidroximetiladas o glucosiladas. Las ba-
ses alteradas o poco comunes del DNA sirven a menudo como se-
ales especcas para la regulacin o la proteccin de la informa-
cin gentica. En el RNA, y en especial en el tRNA, se encuentran
tambin bases minoritarias de muchos tipos.
Las clulas tambin contienen nu-
cletidos con grupos fosfato en po-
siciones diferentes del carbono 5.
Los ribonuclesidos 2, 3-fosfato
cclicos son intermediarios aislables
y los ribonuclesidos 3-monofosfa-
to productos nales de la hidrlisis
del RNA por ciertas ribonucleasas.
Otros ejemplos son la adenosina
3, 5 monofosfato cclico (cAMP)
y la guanosina 3, 5- monofosfato
cclico (cGMP).
Metilacin de las bases
5-Metilcitidina. Se trata de
una metilacin de la citidina
(un nucletido de citosina).
Algunos monofosfatos de adenosina. La adenosina 2,3 - monofos-
fato cclico generalmente suele existir en la forma 3,5 - monofosfa-
to cclico.
nucletido d-nucletido
Nomenclatura. Otra manera de denominar los
diferentes nucletidos es con las formas NMP,
NDP y NTP; para indicar si estn monofosforila-
dos, difosforilados o trisfosforilados, respectiva-
mente.
Funciones de los nucletidos
A modo de sumario, resumamos las diferentes funciones de los nucletidos:
a) Constituyentes de los cidos nucleicos: sin duda alguna
es su funcin ms representativa. Forman la estructura
del DNA y del RNA. Los nucletidos sucesivos del
DNA y el RNA estn unidos covalentemente mediante
puentes de grupos fosfato, en los cuales el grupo hi-
droxilo en 5 de un nucletido est unido al grupo hi-
droxilo 3 del nucletido siguiente mediante un enlace
fosfodister (porque tiene dos enlaces ster, uno con el
C3 de una pentosa y otro con el C5 de otra pentosa).
Por tanto, los esqueletos covalentes de los cidos nu-
cleicos consisten en residuos alternados de fosfato y
pentosa, mientras que las bases pueden considerarse
como grupos laterales unidos al esqueleto a intervalos
regulares. Los esqueletos covalentes del DNA y el RNA
son hidroflicos. Los grupos hidroxilo de los residuos
de azcar forman enlaces de hidrgeno con el agua.
Los grupos fosfato, con un pKa cercano a 0, se encuen-
tran completamente ionizados y cargados negativa-
mente a pH 7, y las cargas negativas se encuentran ge-
neralmente neutralizadas por interacciones inicas con
cargas positivas de protenas, iones metlicos o polia-
minas. Destacar adems que en ambas cadenas (DNA
y RNA) se distinguen dos extremos (el extremo 3 y 5)
que se diferencian en funcin a unos criterios que se
exponen en el pie de foto del esquema ubicado a la
derecha de estas lneas.
b) Portadores de la energa qumica en las c-
lulas: los nucletidos pueden presentar
uno, dos o tres grupos fosfato unidos cova-
lentemente al grupo hidroxilo en 5 de la
ribosa. Se les conoce como nuclesidos
mono-, di- y trifosfato, respectivamente.
Partiendo de la ribosa, los grupos fosfato se
suelen denominar , y . La hidrlisis de
los nuclesidos trifosfato proporciona la energa qumica para impulsar una amplia varie-
dad de reacciones celulares. La adenosina 5-trifosfato, ATP, es, con diferencia, el ms
ampliamente utilizado, aunque el UTP, el GTP y el CTP se empla en alguas reacciones. La
hidrlisis del ATP y otros nuclesidos trifosfato libera energa como consecuencia de la
Funciones
1. Precursores de
cidos nucleicos
cidos nucleicos. Los enlaces fosfodis-
ter unen los nucletidos sucesivos. Las
cadenas azcar-fosfato alternantes son
muy polares en ambos tipos de cido
nucleico. El extremo 5 de la macromo-
lcula carece de nucletido en la posi-
cin 5 y el extremo 3 carece de nu-
cletido en la posicin 3.
3. Nucletidos como portadores de la energa
qumica en las clulas
estructura del grupo trifosfato. El enlace entre la ribosa y el fosfato es de tipo ster. Los
enlaces , y son anhdridos del cido fosfrico. La hidrlisis del enlace ster libera
aproximadamente 14 kJ/mol mientras que la de uno de los enlaces anhdrido libera unos
30 kJ/mol. La hidrlisis del ATP a menudo juega un importante papel termodinmico en la
biosntesis.
c) Molculas reguladoras: de funcin muy diferente en comparacin con los anteriores, esta
clase de nucletidos se encargan de sealizar (se ver ms adelante). Las dos molculas
que ms estudiaremos ser la ya mencionada adenosina 3,5 monofosfato cclico (o
AMPc) y la guanosina 3,5 monofosfato cclico (o GMPc).
d) Cofactores enzimticos: algunos cofactores enzimticos (un componente de la enzima
necesario para su correcto funcionamiento) incluyen la adenosina como parte de su es-
tructura. Algunos ejemplos seran la coenzima A, la nicotinamina adenina dinucletido
(NAD
+
) y la avina adenina dinucletido (FAD).
Finalmente, para resumir todas estas funciones, hagamos un vistazo rpido de las diferentes
reacciones en las que participan estos nucletidos.
Fosforilacin: es aquella reaccin en el que el nucletido dona un grupo fosfato.
Adenilacin: es aquella reaccin en la que se incorpora un AMP a partir de un ATP (una
adenosina 5-monofosfato). Lo que resta es un pirofosfato (dos fosfatos unidos).
Uridilizacin: muy similar a la anterior, slo lo que se aade es un UMP.
ADP-ribosilacin: el NAD es el sustrato; se transeres el dinucletido y lo que resta es la
nicotinamida.
5. Nucletidos como cofactores enzimticos
Coenzima A (CoA-SH) : transferencia de grupos acilo: - C R
=
O
Vit. B
5
Coenzima A. La porcin de adenosina est sombreada en rosa. El coenzima A (CoA) acta en reacciones de
transferencia de un grupo acilo; el grupo acilo (tales como los grupos acetilo y acetoacetilo) est unido al CoA a
travs de un enace tioster en la porcin de la -mercaptoetilamina.
Metilacin: en esta reaccin el donador es la S-adenosil-metionina y se transere el grupo
metilo y lo que queda es la S-adenosil-homicistena.
cidos nucleicos
Como ya se ha dicho anteriormente, los cidos nucleicos
son, esencialmente, series de nucletidos unidos entre si
por medio de enlaces fosfodister. Su conformacin en
el espacio, cuestin objeto de grandes discusiones a mi-
tad del siglo XX, es la de doble hlice; es decir, dos la-
mentos antiparalelos en los que las bases interaccionan
entre si por medio de puentes de hidrgeno (y ms o
menos en un mismo plano) y las ribosas y los grupos fos-
fatos dan la cara al exterior, interactuando con el agua
(por su carcter hidroflico). Cabe aadir que las bases se
encuentran en posicin perpendicular al eje de la doble
hlice y el apareamiento condensado de las dos cadenas
da lugar a la formacin de un surco mayor y de un surco
menor en la supercie de la doble hlice.
Para su representacin sobre el papel podemos escoger
entre varios modelos, siendo el ms habitual el que se
basta con la simple mencin de las bases (en forma de
una nica letra). Adems, si no se indica el sentido, se
presupone que es de 5 a 3.
S-adenosilmetionina. El grupo metilo marcado es el que es
cedido. Se denomina S- porque se emplea un tomo de
azufre para unir la adenosina con la metionina.
!
!"#$%&#%$'()*+(,-./(
01)*+1()*(2'#"1345$6&7
DNA. Ntese el surco mayor y menor.
Existen, adems, variaciones estructurales del DNA. La forma B es la tpica y luego existen
otras dos bastante atpicas (la forma A y la Z; con pasos de rosca y dimetros distintos). Fi-
nalmente (como ya dejaron caer Watson y Crick) mencionar que esta disposicin estructural
del DNA sugiere una manera de replicarse (el modelo semiconservativo).
Variaciones estructurales del DNA
Palndrome: se trata de una secuencia que si se leen en diferentes sentidos son iguales (mirar
la ilustracin). stas tendrn un papel fundamental en tcnicas biotecnolgicas (enzimas de
restriccin que cortan cuando se encuentran con una determinada secuencia).
Repeticin de espejo: como su nombre indica, es una secuencia que se repite pero en senti-
do distinto.
Horquillas: se pueden dar cuando aparece un palindrome en un cido nucleico monocate-
nario.
Cruciforme: muy similar a la horquilla, se da en cidos nucleicos bicatenarios.
9
!"#$"%$&'()*()+#,%+,#"-()*('*(-*./0
Palindrome (una cadena)
9
!"#$"%$&'()*()+#,%+,#"-()*('*(-*./0
Palindrome (una cadena)
9
!"#$"%$&'()*()+#,%+,#"-()*('*(-*./0
Palindrome (una cadena)
10
Palindrome (2 cadenas complentarias)
!"#$%&'(%)*+%,*-$./.("$%&'(%)*+%,*-$
Otra de la caracterstica de los cidos nucleicos es que se puede desnaturalizar y renaturali-
zar. Estos dos procesos se pueden realizar mediante la aplicacin de calor. El calor necesario
para desnaturalizar ser mayor conforme ms guaninas y citosinas hallan, principalmente
porque esas dos bases nitrogenadas se unen con tres puentes de hidrgeno (y no con dos
como s sucede entre la adenina y la timina).
Los cidos nucleicos pueden agruparse a unas protenas denominadas histonas. El lamento
de DNA con histonas se va enrollando, formando un nucleolamento que a su vez se va en-
rollando hasta formar los cromosomas metafsicos.
El cido ribonucleico (RNA)
El cido ribonucleico, a diferencia del DNA, suele presentarse en forma de una nica hlice
dextrgira. Existe toda una serie de RNA: los mensajeros, los ribosomales, los de transferen-
cia, los nucleolares pequeos y los microRNA (entre otros). Pongamos especial antencin en
el tRNA (de transferencia) que tiene un aminocido en el extremo 3 y que es fundamental
(junto al mensajero) para la sntesis de protenas que se efecta en el ribosoma. El tRNA tiene
un anticodn (secuencia de tres bases) que es ledo por una enzima que le coloca dicho
aminocido y que luego el ribosoma coger para ir formando una cadena polipeptdica.
AMINOCIDOS
Estructura bsica
Los 20 aminocidos estndar encontrados en las protenas
son -aminocidos. Tienen todos un grupo carboxilo y un
grupo amino unidos al mismo tomo de carbono (el tambin
denominado, carbono ). Dieren unos de otros en sus ca-
denas laterales, o grupos R, que varan en estructura, tamao
y carga elctrica y que inuyen en su solubilidad en agua.
En todos los aminocidos estndar excepto la glicina, el car-
bono est unido a cuatro grupos diferentes: un grupo car-
boxilo, un grupo amino, un grupo R y un tomo de hidr-
geno (en la glicina el grupo R es un tomo de hidrgeno). El
tomo de carbono es por tanto un centro quiral. Debido a
que este carbono es asimtrico, existen 2 esteroismeros. Al
ser imgenes especulares no superponibles entre s, las dos
formas constituyen un tipo de esteroismeros, los enanti-
meros.
Si hablamos de nomenclatura, se le da una gran importan-
cia a la manera como se numeran los carbonos que hay en
un aminocido. Como ya se ha mencionado, el carbono
central es el . Los carbonos adicionales de un grupo R se
designan comnmente , , , , etc. Para la mayora de las
dems molculas orgnicas, los tomos de carbono se nu-
meran simplemente a partir de un extremo, dando la mxi-
ma prioridad (C1) a aquellos carbonos cuyos sustituyentes
contengan tomos de mayor nmero atmico. Siguiendo esta ltima convencin, el grupo
carboxilo de un aminocido sera el C1 y el carbono sera el C2, como se reeja en la
molcula de lisina que se ilustra a continuacin.
Ya que estamos en el tema de nomenclatura, los aminocidos tambin son denominados con
un cdigo de tres letras y tambin por otro cdigo de una. La lisina, por ejemplo, sera Lys
(coje las tres primeras letras del nombre del aminocido en ingls, lysine). En cdigo de una
letra a la lisina le corresponde la K. Para evitar confusiones, si dijramos el grupo psilon
D-alanina. Arriba podemos observar
la alanina, uno de los 20 aminoci-
dos estndar. El carbono central (o
) est rodeado por cuatro consti-
tuyentes diferentes (que, ademas, a
pH siolgico se encuentan ioniza-
dos). Al ser un carbono asimtrico
(y ser slo uno) existen dos esteroi-
smeros que son, adems, enanti-
meros. Aqu se muestra la D-alani-
na, con el grupo amino a la dere-
cha. No obstante, y a diferencia de
los glcidos, la forma biolgica es la
L, con el grupo amino ubicado a la
izquierda del carbono una vez
que el grupo ms oxidado (el car-
boxil) est ubicado en la parte supe-
rior. A modo de recordatorio, men-
cionar que se ha representado
usando la distribucin de Fisher
Lys
K
amino de la lisina nos referiramos al grupo amino del C6 o del carbono (y as diferenciarlo
del que tiene el C2 o carbono ).
Clasicacin de los aminocidos
En funcin de la solubilidad de la cadena R en medio acuoso, distinguimos cinco grandes
familias de aminocidos.
1) Grupo R no polar, aliftico: los grupos R
de esta clase de aminocidos son apola-
res e hidrofbicos. Las cadenas laterales
de la alanina, la valina, la leucina y la
isoleucina tienden a agruparse entre s
en las protenas, estabilizando las es-
tructuras protecas a travs de interac-
ciones hidrofbicas. La glicina tiene la
estructura ms simple. Aunque formal-
mente es apolar, su muy pequea cade-
na lateral no tiene contribucin real en
las interacciones hidrofbicas. La me-
tionina, uno de los dos aminocidos
que contienen azufre, tiene un grupo
tioter apolar en su cadena lateral. La
prolina tiene una cadena lateral aliftica
con una estructura cclica especial. El grupo amino secundario (imino) de los residuos de
prolina tiene una conformacin rgida que reduce la exibilidad estructural de las regio-
nes polipeptdicas que contienen este aminocido.
2) Grupos R aromticos: la fenilalanina, la
tirosina y el triptfano, con sus cadenas
laterales aromticas, son relativamente
apolares (hidrofbicos). Todos ellos pue-
den participar en interacciones hidrofbi-
cas. El grupo hidroxilo de la tirosina puede
formar puentes de hidrgeno y constituye
un grupo funcional importante en algunos
enzimas. La tirosina y el triptfano son
signicativamente ms polares que la feni-
lalanina debido al grupo hidroxilo de la
tirosina y al nitrgeno del anillo indlico del triptfano. El triptfano y la tirosina, y en
mucha menor medida la fenilalanina, absorben la luz ultravioleta. Esto explica la fuerte
absorbancia de la luz caracterstica de la mayora de las protenas a una longitud de onda
de 280 nm.
3) Grupos R polares sin carga: los grupos R de
estos aminocidos son ms solubles en agua,
o ms hidroflicos, que los de los aminoci-
dos apolares, debido a que contienen grupos
funcionales que forman puentes de hidrge-
no con el agua. En esta clase de aminocidos
se incluyen la serina, la treonina, la cistena,
la asparagina y la glutamina. La polaridad de
la cistena y treonina proviene de sus grupos
hidroxilo; en el caso de la cistena de su gru-
po sulfhidrilo (tambin denominado tiol;
-SH), que es un cido dbil y puede estable-
cer enaces de hidrgeno dbiles con el ox-
geno o el nitrgeno. En el caso de la aspara-
gina y de la glutamina, su polaridad proviene
de sus grupos amido.
4) Grupos R cargados positivamente (bsicos): los grupos R ms hidroflicos son aquellos
que estn cargados, sea positiva o negativamente. Los aas en los que los grupos R tinen una
carga neta positiva a pH 7,0 (o 7,4; estamos hablando de pH siolgico) son la lisina, que
tiene un grupo amino primario adicional en la posicin de su cadena aliftica; la arginina,
que tiene un grupo guanidinio cargado positivamente, y la histidina, que contiene un grupo
imidazol. Al ser el nico aminocido comn que posee cadena lateral ionizable con un pKa
prximo a la neutralidad, la histidina tanto puede estar cargada positivamente (forma proto-
nada) como no tener carga a pH 7,0.
Formacin reversible de un puente disulfuro por oxidacin de dos molcu-
las de cistena. La cistena se oxida con suma facilidad formando un amino-
cido dimrico unido covalentemente llamado cistina, en el que dos molcu-
las de cistena estn unidas a travs de un enlace disulfuro. Los residuos por
un enlace disulfuro son fuertemente hidrofbicos (apolares). Los enlaces di-
sulfuro desempean un papel especial en la estructura de muchas protenas
puesto que forman uniones covalentes entre partes de una molcula de pro-
tena o entre dos cadenas protecas diferentes.
5) Grupos R cargados negativamente (cidos): los dos aminocidos que tienen grupos R con
una carga neta negativa a pH 7,0 son el aspartato y glutamato, cada uno de los cuales tie-
ne un segundo grupo carboxilo (ntese que son iguales a la asparagina y la glutamina,
slo que tienen el grupo amida cambiado por un grupo carboxilo).
Aminocidos no estndar
Adems de los 20 aminocidos estndar, las protenas pueden contener residuos creados por
modicacin de los residuos estndar ya incorporados a un polipptido. Entre los aminoci-
dos no estndar estn la 4-hidroxiprolina, que es una derivado de la prolina y la 5-hidroxilisi-
na, que es un derivado de la lisina. La primera se encuentra en la pared celular de plantas y
ambas se encuentran en el colgeno, una protena brosa del tejido conjuntivo.
Aminocidos con grupos R cargados positivamente (bsicos). En la
arginina el grupo guanidinio est marcado con un crculo rojo. De
igual manera se marca el grupo imidazol de la histidina. Cualquier
anillo de enlaces dobles alternados pueden intercambiar sus dobles
enlaces (resonancia).
Los aminocidos como cidos y bases
Los grupos amino y carboxilo de los aminocidos, junto con los grupos R ionizables de al-
gunos aminocidos actan como cidos y bases dbiles. Cuando un aminocido sin grupo R
ionizable se disuelve en agua a pH neutro se encuentra en solucin en forma de in dipolar,
o zwitterion, que puede actuar como cido y como base. Las sustancias que tienen esta do-
ble naturaleza se denominan anfteras y a menudo tambin reciben el nombre de anfolitos
(de electrolitos anfteros). A modo de ejemplo, si tenemos la alanina, su forma no inica se-
ra aquella en que su grupo carboxilo y su grupo amino no han cedido ni cogido protones y
la forma inica o zwitterion sera cuando ya encontramos el COO- (ha dado su protn) y el
NH3+ (ha un recibido protn).
Si hablamos de estos dos grupos acoplados al carbono , carboxilo y amino, tambin debe-
mos hablar de sus pKa. Como es lgico, el grupo carboxilo la tendr baja debido a su carc-
ter cido y el grupo amino, por contra, la tendr elevada. Si hacemos una titulacin (valora-
cin cido-base) y luego efectuamos la grca de dicha titulacin entonces nos encontrare-
mos con una curva muy curiosa: con dos zonas de tamponamiento (aplanadas) y luego un
punto central denominado punto isoelctrico
Por punto isoelctrico o pH isoelctrico
nos referimos al pH caracterstico en que
la carga elctrica neta es cero. En el caso
de la glicina, la especie neutra (con carga
neutra) sera aquel en la que ambos gru-
pos estn ionizados. Para calcular el pun-
to isoelctrico podemos efectuar la media
aritmtica de las pKa que rodean a la es-
pecie qumica. En el caso del glutamato
(derecha) la especie qumica neutra sera
la segunda empezando por la izquierda y,
por tanto, para calcular su punto isoelc-
trico lo que se debera hacer sera lo si-
guiente:
Respecto a la zona de tamponamiento (las zonas planas), generalmente se mueven en una
unidad (de ms y de menos) tomando como centro el pKa. A modo de referencia (y en el ca-
so de no disponer de una tabla con las pKa), mencionar que la pKa del grupo carboxilo suele
estar en el 2 y la pKa del grupo amino suele ser de 9,5. Tambin hay que tener en cuenta que
algunas cadenas R (por su composicin) tambin pueden protonarse y desprotonarse (el glu-
tamato es un ejemplo, tiene pK
R
).

pI =
pK
1
+ pK
R
2
3, 22
PPTIDOS Y PROTENAS
Dos molculas de aminocidos pueden unirse de
forma covalente a travs de un enlace denominado
enlace peptdico, formando un dipptido. Este enla-
ce, pero, qumicamente podra considerarse que es
un enlace amida (amino + carboxilo) pero al tratarse
de una unin entre aas recibe el nombre peptdico.
Este enlace se forma por eliminacin de los elemen-
tos del agua (deshidratacin) del grupo -carboxilo
de un aminocido y el grupo -amino de otro. Nte-
se que el doble enlace se mantiene (en la ilustracin,
se une al carbono del antiguo grupo carboxilo); este
enlace puede ubicarse entre otros tomos del propio enlace peptdico. Hablamos, pues, de
resonancia. Adems, el enlace presenta una estructura planar y rgida, caracterstica que va a
determinar (como ya se ver ms adelante) la manera en que se distribuyen los aminocidos
en el espacio y as formas protenas. La creacin de este enlace peptdico es una reaccin
endergnica: se necesita energa libre para formar este enlace. Por otro lado, al romperse es-
te enlace se desprende una cantidad considerable de energa. No obstante, esta energa en
sentido inverso no se da (como si en el ATP) ya que tiene una energa de activacin elevada.
De hecho, para hidrolizar estos enlaces necesitamos una enzima especializada en ello (pro-
tesas).
Cuando se forma un polipptido distinguimos dos zonas/extremos: el extremo amino y el ex-
tremo carboxilo.
Nota (nomenclatura): los pptidos se nombran empezando por el residuo amino-terminal
que, por convencin, se sita a la izquierda. Adems, si se quiere leer una pptido, a todos
los aminocidos (excepto el ltimo) se les aade un -il. Por ejemplo, si tenemos el siguiente
pentapptido: Ser-Gly-Tyr-Ala-Leu, su nombre ledo sera serilgliciltirosilalanil-leucina.
Nota: no hay gran diferencia entre pptido y protena. El primero es una pequea secuencia
de aas mientras que el segundo trmino hace referencia a una cadena sustancialmente ms
grande.
Formacin de un enlace peptdico
Extremo
amino
Extremo
carboxilo
L-Aspartil-L-fenilalanina metil ester (aspar-
tame). La forma de las protenas es impor-
tante. En esta molcula, por ejemplo, si en
lugar de la forma L usamos la D pasa a te-
ner un gusto dulce a amargo.
El oxgeno carbonlico tiene carga parcial negativa y el nitr-
geno amida carga parcial positiva, lo que da lugar a un pe-
queo dipolo elctrico. Prcticamente todos los enlaces pep-
tdicos de protenas se encuentran en conguracin trans.
En funcin del nmero de cadenas polipeptdicas que
presente la protena; distinguimos entre cadenas mono-
mricas (una nica cadena) u oligomrica (si presenta
ms de una). Un ejemplo de protena oligomrica sera
la insulina. En la ilustracin que acompaa a estas lneas
se ver como las dos cadenas polipeptdicas interaccio-
nan entre si por medio de puentes disulfuro (covalente,
por tanto, fuerte). Los puentes disulfuro (entre cistenas)
se pueden formar entre cadenas o dentro de ellas (lo que
sera un enlace intramolecular). El enlace entre la ciste-
na en posicin 6 y la cisterna en posicin 11 no es que
sea muy grande, si no que, todo lo contrario, estn muy
prximas cuando la cadena se pliega.
No todas las protenas, pero, forman enlaces disulfuro.
Las que se encuentran en el citoplasma, por ejemplo, no
pueden crearlos porque el citoplasma es en si un am-
biente muy reductor y, por tanto, rompera estos enlaces.
Estas protenas (las que forman puentes disulfuro) se ubi-
can en el RE y las cisternas que emergen de el (hasta en
el exterior).
Las protenas podemos clasicarlas tambin en funcin a su composicin: simples (nica-
mente aminocidos) y compuestas (que tienen un grupo no proteico/grupo prosttico). El
grupo prostetico es la parte no proteica que se acopla a la cadena polipeptdica y que sin
ella la protena no estara completa, no sera funcional. En funcin de este grupo prosttico
tambin podemos diferenciar diferentes clases de protenas (se observa en el cuadro que hay
a continuacin):
Insulin
Datos moleculares de algunas protenas. El primer dato (peso mo-
lecular) se expresa en daltons (Da). Un dalton es 1 g/mol.
Veamos un par de grupos prostticos
Hemo: su base es la porrina. La porrina est formada por un total de cuatro anillos de cin-
co tomos (pirrol). Al tener cuatro se denomina tetrapirrol. Los anillos estn unidos entre si
por un puente metileno (hay, pues, 4 puentes metileno). La porrina, al tener dobles enlaces
alternados, es rgida y plana. En las X de la imagen pueden unirse otros grupos (variables). En
el centro, y tal como se ver en la ilustracin con todos los tomo mostrados, se coloca un
tomo de hierro. Su funcin es la de transporte de electrones.
!"#$%#%&'()*+*#',%##"- .&%/"(,"#(,.+&*+0(1+*%-+&"2
!"#$#%#"&'"'() *+,-,./,0,1/2#
!"!#$%&'()*+,-('.&/.&.0.1'(-*.+$
2.'30-
43*30-
5(-,3-*)'-
61.')'-
El grupo hemo. El grupo hemo est presente en la mioglobina, hemoglobina y en muchas otras protenas llama-
das protenas hemo o hemoprotenas. El grupo hemo consiste en un anillo complejo, la protoporna IX, al cual
se une un tomo de hierro en su estado ferroso (2+). A la izquierda se muestra la porrina; la protoporna IX es
un ejemplo de ellas. Esta porrina consiste en cuatro anillos pirrol unidos por puentes meteno, con sustituciones
en una o ms posiciones marcadas como X. El tomo de hierro que se observa en la imagen de la derecha est
en el centro y tiene 6 enlaces de cordinacin: 4 estn unidos al anillo plano de porrina y en su mismo plano,
los otros dos estn perpendiculares a este plano.
Protoporrina IX
Protoporrina IX + Fe
= Hemo
Estructura de las protenas
Para las macromolculas grandes como las protenas, la tarea de describir y comprender la
estructura se aborda en varios niveles de complejidad, ordenados en una especie de jerar-
qua conceptual. Se denen normalmente cuatro niveles de estructura de las protenas:
Estructura primaria: se trata de la secuencia de aminocidos
Estructura secundaria: se reere a la disposiciones particularmente estables de los aminoci-
dos que dan lugar a patrones estructuralmente repetitivos. En otras palabras, nos indica como
se ubican en el espacio algunas secuencias de aminocidos (pptidos). Por tanto, no nos da
informacin de cmo est plegada en el espacio la protena al completo.
Estructura terciaria: es la distribucin tridimensional de toda la protena.
Estructura cuaternaria: si se diera el caso que la protena posee dos o ms subunidades poli-
peptdicas, su disposicin en el espacio se denomina estructura cuaternaria.
Lejos de ser algo trivial, la disposicin de los aminocidos en el espacio es algo esencial pa-
ra el correcto funcionamiento de la protena. De hecho, una alteracin en esta disposicin
pueden derivar en patologas como la anemia falciforme (una sustitucin de una Gln en po-
sicin 6 de la hemoglobina por una Val) o las enfermedades provocadas por priones.
De aqu en adelante apareceran esquemas de protenas en los que se veran tiras enrolladas
(son las hlices ) as como tambin echas paralelas entre si o antiparalelas (hoja paralela
y antiparalela).
El enlace peptdico y su relacin con la estructura tridimensional de las protenas
El enlace peptdico entre aminocidos, como ya se ha dicho, es plano y rgido. A continua-
cin aparece una imagen en el que hay un total de 5 aminocidos unidos entre si, formando
un polipptido. Las planchas que aparecen debajo de los cuatro tomos que forman el en-
lace (O, C, N y H) nos indica que esta estructura se encuentra en un mismo plano. Con el n
de estudiar esta estructura se han denido dos ngulos:
ngulo phi (): es el ngulo que se forma entre el nitrgeno y su carbono . Este ngulo
puede ir desde -180 hasta 180.
ngulo psi (): es el angulo que se forma entre el carbono del carbonilo (C=O; antao car-
boxilo) y su carbono . Tambin va desde -180 hasta 180.
Si phi y psi fueran 0 ambos enlaces peptdi-
cos estaran en un mismo plano. En la reali-
dad esto es imposible. Los valores permitidos
para y pueden visualizarse grcamente
representando phi frente a psi, en lo que se
denomina representacin de Ramachandran.
Diagrama de Ramachandran (derecha). En azul apa-
recen todas las combinaciones de ngulos posibles.
Cuanto ms oscuro es ms fcil que se d.
Continuar con mtodos de puricacin de
protenas y de cmo verlas.
Nota (cmo se ven/analiza la estructura de las protenas): para observar las protenas gene-
ralmente se usa la difraccin de rayos X aplicada a protenas cristalizadas. Esta tcnica con-
siste en irradiar un cristal de protena con un haz de rayos X y detectar los fotones desviados
o atenuados con un detector. A partir de aqu los cristalgrafos pueden realizar mapas de
densidad electrnica y as identicar las protenas y su estructura. Otra tcnica que tambin
se usa (aunque para pptidos de menor tamao) es la RMN.
Hlice
La disposicin ms sencilla que podra adoptar una cadena polipeptdica, teniendo en cuen-
ta la rigidez de sus enlaces peptdicos (y tambin la libertad de rotacin de los dems enla-
ces sencillos) es una estructura en hlice, la hlice . En esta estructura el esqueleto poli-
peptdico se encuentra estrechamente enrollado alrededor de un eje imaginario dibujado
longitudinalmente por el centro de la hlice, y los grupos R de los residuos aminocidos so-
bresalen hacia fuera del esqueleto helicoidal. La unidad repetitiva es el giro de hlice que
ocupa alrededor de 5,4 a lo largo del eje longitudinal (lo que equivale a 3,6 residuos de
mainocidos).
Cul es la razn de que se forme la hlice con ms facilidad que otras conformaciones
posibles? La respuesta es, en parte, que la hlice hace un uso ptimo de los puentes de
hidrgeno internos. La estructura se encuentra estabilizada por un enlace de hidrgeno entre
el tomo de hidrgeno unido al tomo de nitrgeno electronegativo de un enlace peptdico
y el tomo de oxgeno carbonlico electronegativo del cuarto aminocido que se encuentra
del lado amino-terminal respecto al mismo. Cada uno de los enlaces peptdicos de la hlice
(excepto aquellos que estn prximos a cada extremo de la hlice) participa en una trama
de enlaces de hidrgeno. Cada vuelta sucesiva de la hlice se mantiene unida a las vueltas
adyacentes mediante tres o cuatro enlaces de hidrgeno que proporcionan a la estructura
global una establidad considerable.
Ramachandran plot for L-Ala residues
Por tanto, la hlice se estabiliza gracias a que una parte del enlace
peptdico tiene una densidad de carga negativa y otra positiva, pudiendo
interactuar con otros enlaces peptdicos por interacciones dipolo-dipolo.
Antes se ha comentado que las cadenas R estn orientadas hacia fuera
de la doble hlice. Tambien se ha comentado que el paso de rosca es de
entre 3 y 4 aminocidos. Si unimos estos dos conceptos llegaremos a la
conclusin que las cadenas R de cada 3 o 4 aminocidos se encuentran
en un mismo espacio. Si estas cadenas R presentan carga y adems son
de signo opuesto, la hlice se estabilizar. Por ejemplo, si tenemos
una asparagina en la posicin 100 y una arginina en posicin 103, al
tener signo contrario se atraern y la hlice se estabilizar. Un caso con-
trario sera el de una cadena con muchos glutamatos: no se podr formar
hlice a pH 7,0 dado que su cadena R se ha desprotonado y por tanto,
al tener la misma carga (negativa) los residuos de glutamato se repeleran
entre si.
La prolina es el aminocido clsico entre aquellos que no pue-
den formar hlices debido a su estructura. Las cadenas con
glicina tampoco tienden a doblarse en el espacio de ese modo.
Para acabar con las hlices mencionar que pueden presentar
dos sentidos de giro: levgira y dextrgira.
Conformacin
La conformacin es otra manera que tiene los aminocidos de
distribuirse en el espacio. Tambin puede denominarse lmina
plegada o hoja plegada . Consiste en una unin de los pla-
nos que forman los cuatro tomos del enlace peptdico, cren-
dose una estructura que recuerda a un acor-
den. Las cadenas R de los aminocidos se en-
cuentran fuera de esta estructura, sobresalen.
No hay restriccin alguna de cadenas R. La
conformacin suele ser representada por una
echa en la que la punta de la echa es el ex-
tremo C-terminal y el origen es el extremo N-
terminal. Las conformaciones pueden inte-
ractuar entre ellas por medio de puentes de hi-
drgeno, dando lugar a estructuras paralelas
(hojas que van en el mismo sentido) o antiparalelas (sentido contrario).
Dipolo de la hlice. El dipolo
elctrico de un enlace peptdi-
co se transmite a lo largo de un
segmento de hlice a travs
de enlaces de hidrgeno intra-
catenarios, dando como resul-
tado un dipolo global en la h-
lice. En esta ilustracin los
constituyentes amino y carboni-
lo de cada enlace peptdico se
indican por smbolos + y -, res-
pectivamente. Los grupos ami-
no y carbonilo no enlazados
por enlace de hidrgeno y si-
tuados cerca de los extremos
de la regin en hlice se
muestran en rojo.
The E conformation of polypeptide chains
Hoja plegada. En esta imagen se enfatiza la dis-
posicin de los grupos R dirigidos hacia el exterior
Giros
Es la tercera y ltima de las estructuras secundarias
que vamos a estudiar. Tambin puede recibir el nom-
bre de codo . Son zonas donde se produce un giro
de la cadena de aminocidos. Est formado por cua-
tro aminocidos. Existen dos grandes clases de codos:
de tipo I y de tipo II. Frecuentemente en las posicio-
nes dos o tres se encuentra o bien un aminocido de
glicina (debido a que es un aa pequeo y exible) o
bien prolina (aunque en su forma cis).
Entre el primer y cuarto residuo del codo hay una in-
teraccin: puente de hidrgeno.
Todas estas estructuras tratadas aparecen implcitas en el diagrama de Ramachandran. A con-
tinuacin aparece el diagrama de Ramachandran de una protena (en azul oscuro las estruc-
turas secundarias ms probables).
El trmino medio entre la estructura secundaria y la terciaria
Hasta aqu hemos visto algunas estructuras que forman la denominada estructura secundaria
de la protena. Estas estructuras son la hlice , la lmina (ya sea paralela o antiparalela) y
los giros o codos . Lo siguiente que vendra sera la estructura terciaria pero antes de sta
hay toda una serie de estructuras que se encuentran entre estas dos y que se han descubierto
gracias a los avances en estudios cristalogrcos. Estamos hablando de las estructuras super-
secundarias o motivos (motifs en ingls). Un motivo es simplemente un patrn de plega-
Structures of E turns
!"#$%&'('%")&#*#+#,-#./+ +#01%#2)"#('&3
Ramachandran plots for a variety of structures
Ramachandran plot for all the amino acid residues except Gly
in the enzyme pyruvate kinase from rabbit.
miento reconocible que incluye dos o ms elementos de estructura secundaria y las cone-
xiones entre ellos. Un motivo puede ser muy simple, como en el caso de dos elementos de
estructura secundaria plegados uno sobre el otro, y representar slo una pequea parte de la
protena. Un ejemplo sera el lazo --. Por otro lado tambin podramos hablar de es-
tructuras muy elaboradas que incluyen un buen nmero de segmentos de la protena que se
pliegan conjuntamente, como es el caso del barril . En ocasiones el motivo puede abarcar
toda la protena. Sera conveniente aadir
1
que un motivo no es un elemento estructural je-
rrquico ubicado entre las estructuras secundaria y terciaria. Es un patrn de plegamiento
que describe una pequea parte de la protena o una cadena polipeptdica entera. Por esta
razn, el trmino sinnimo estructura supersecundaria genera confusin a veces al sugerir el
concepto de jerarqua.
Existe otro trmino para denir patrones estructurales
que vemos en las protenas, los dominios. Un dominio
es una parte de una cadena polipeptdica que es esta-
ble de manera independiente y que puede moverse
como una entidad nica con respecto al resto de la
protena. Los polipptidos con ms de unos pocos
centenares de aminocidos suelen plegarse formando
dos o ms dominios, a veces incluso con funciones
diferentes. En muchos casos un dominio de una pro-
tena grande mantendr su estructura tridimensional
correcta incluso cuando se separa (por rotura proteol-
tica, por ejemplo) del resto de la cadena polipetdica.
En una protena con mltiples dominios, cada uno de ellos puede aparecer como un lbulo
globular distinto; sin embargo, es ms habitual que los numerosos contactos entre dominios
hagan difcil discernir los dominios individuales. A menudo diferentes dominios tienen fun-
1
Lehninger, pg. 131. 5a edicin.
Supersecondary structures (motifs)
Motivos. Tambin denominados estructuras supersecundarias aunque no se traten de un peldao ms en la
jerarqua de estructuras de las protenas. A la izquierda tenemos un lazo --, en el centro una esquina - y
a la derecha se puede ver un barril , caracterstico de las protenas barril que se encuentran en la membran.
Para ms ejemplos de motivos mirar Lehninger pg. 135; 5a edicin.
Structural domains in the polypeptide troponin C
Dominios estructurales en el polipptido
troponina C. Esta protena de jacin de
calcio asociada con el msculo presenta
dos dominios de jacin de calcio separa-
dos, indicados en azul y prpura.
ciones distintas, tales como la unin a pequeas molculas o la interaccin con otras prote-
nas. Normalmente, las protenas pequeas tienen un solo dominio (dominio = protena).
Protenas brilares y globulares
Clasicamos las protenas en dos grupos principales en funcin de su estructura:
Fibrilares/brosas: las protenas brosas constan mayoritariamente de un nico tipo de es-
tructura secundaria y su estructura terciaria es relativamente simple. Su funcin est ms
orientada hacia la formacin de estructuras de muchas clases.
Globulares: las protenas globulares contienen a menudo varios tipos de estructura secunda-
ria. La mayora de enzimas y protenas reguladoras son de esta clase.
Las protenas brosas y su funcin estructural (ejemplos)
-Queratina: es una protena brosa que constituye la prctica totalidad del peso seco de
cabellos, lana, uas, garras, etc. La hlice de una -queratina se dispone en paralelo a la
de otra -queratina para as formar una superhlice (coiled coil). La resistencia de la estruc-
tura est amplicada por enrollamiento en superhlice, de modo muy similar a como las
cuerdas se enrollan para formar una soga ms resistente. El sentido de giro de esta superhli-
ce es levgiro (justo al contrario que el de la hlice convencional). La interaccin entre
diferentes superhlices forma prolamentos y stos protobrillas, que a su vez estos confor-
man los lamentos intermedios.
Un pelo rizado es aquel en el que sus -queratinas mantienen sus hlices . En cambio, un pelo liso es aquel
que se ha aplanado y que, por tanto, contiene lmina . El champ tiene agentes reductores que rompen los
puentes disulfuros (las cistenas vuelven a sus formas reducidas). En ese momento podemos modelar ms fcil-
mente el cabello. Si al cabo de un rato lo dejamos al aire libre, el aire contiene oxgeno, un elemento oxidante,
que vuelve a formar los enlaces entre cistenas (puentes disulfuro).
Colgeno: el colgeno es una protena que se encuentra en el tejido conjuntivo de tendones,
cartlagos, etc. La hlice del colgeno es una estructura secundaria nica, bastante distinta a
la hlice . Es levgira y tiene 3,3 aas por vuelta (menor que el de la hlice convencional).
El colgeno tiene tres hlices levgiras que cuando se unen forman la denominada triple h-
lice del colgeno. Esta hlice es muy rica en glicina y prolina modicada, la 4-hidroxiprolina
(tambin se encuentra la prolina estndar). Las triples hlices de colgeno se unen a otras
gracias a uniones covalentes (entre lisinas, hidroxilisinas o histidinas), uniones que aumentan
a lo largo de la vida del individuo (y de ah que tengamos una menor elasticidad conforme
pasan los aos).
Fibrona: es la protena de la seda y est formada por lminas plegadas , muy ricas en ala-
nina y glicina (pequeos e hidrofbicos). Ntese pues que no todas las protenas brosas es-
tn formadas nicamente por hlice (hay algunas formadas nicamente tambin por lmi-
na plegada ).
Protenas globulares (ejemplo de la hemoglobina)
A pesar de que en muchas representaciones esquemticas de las protenas (con su estructura
secundaria) veamos espacios vacos por los cuales supongamos que podran pasar molculas
de agua o iones, nada est ms lejos de la realidad. Para intentar comprender cmo es una
protena en el espacio lo que debemos hacer es visualizar el esquema con las densidades
electrnicas (nota: las lneas que unen las diferentes estructuras secundarias son lazos pept-
dicos). En los dos esquemas que hay ms abajo se puede observar la diferencia entre el es-
quema con las estructuras secundarias y el esquema con la densidad electrnica.
Protenas de membrana
Las protenas de membrana son aquellas que o bien se encuentran insertadas a la misma (in-
trnsecas) o asociadas a ella por medio de toda una serie de enlaces de distinta naturaleza
(extrnseca). Las protenas extrnsecas pueden ser analizadas extrayndolas por medio de
procedimientos qumicos sencillos mientras que las integrales requieren procesos ms agre-
sivos (como la aplicacin de detergentes).
Estructuras secundarias y propiedades de las protenas brosas Estructuras secundarias y propiedades de las protenas brosas Estructuras secundarias y propiedades de las protenas brosas
Estructura Caractersticas Ejemplos
Hlice , entrecruzada mediante enlaces disulfuro
Estructuras protectoras
insolubles y resistentes,
de dureza y exibilidad
variables
-queratina Hlice , entrecruzada mediante enlaces disulfuro
Estructuras protectoras
insolubles y resistentes,
de dureza y exibilidad
variables
-queratina Hlice , entrecruzada mediante enlaces disulfuro
Estructuras protectoras
insolubles y resistentes,
de dureza y exibilidad
variables
-queratina Hlice , entrecruzada mediante enlaces disulfuro
Estructuras protectoras
insolubles y resistentes,
de dureza y exibilidad
variables
-queratina
Conformacin
Filamentos suaves y
exibles
Fibrona
Conformacin
Filamentos suaves y
exibles
Fibrona
Triple hlice del colgeno Gran fuerza tensil, sin
capacidad de estiramiento
Colgeno
The quaternary structure of deoxyhemoglobin (ribbon representation)
The quaternary structure of deoxyhemoglobin (space-filling model)
Estructura de la desoxihemoglobina. Se trata de la hemoglobina sin estar unida a un oxgeno.
Ntese que podemos observar cuatro grandes subunidades polipeptdicas con sus cuatro gru-
pos hemo en rojo. Por estructura cuaternaria entendemos la unin de las diferentes subunida-
des polipetdicas que conforman la protena funcional.
En la ilustracin superior vemos un segmento de la membrana y podemos ver algunas pro-
tenas extrnsecas y otras intrnsecas. Dentro de este ltimo grupo encontramos las de paso
(nico o mltiple). El segmento de la protena que se encuentra en el dominio de membrana
contiene aminocidos hidrofbicos y, si sabemos que el grosor de la membrana es de apro-
ximadamente 30 y el paso de rosca de la hlice es de 5,4 conteniendo un total de 3,6
aas, cada unos 20 aas (aproximadamente) hay un paso de membrana. Por tanto, si viendo la
estructura primaria de la protena visualizamos unos 20 aas hidrofbicos, es probable que
nos encontremos antre una protena de paso de membrana.
Las protenas de membrana tambin pueden estar asociada a esta sin que necesariamente
halla una parte de la misma en contacto directo con la membrana: pueden existir interme-
diarios lpidos o glcidos. Por ejemplo, una protena puede estar unida a la membrana gra-
cias un palmitato unido a una cistena o una serina de la protena. Tambin existe en GPI
(glucosilfosfatidilinositol) que no es ms que un fosfatidilinositol ancladado en la membrana
y glucosilado para as poder servir de gancho para una protena.
Las protenas tambin pueden estar glicosiladas, puediendo tener dos clases de oligosacri-
dos, los O-ligados y los N-ligados. Los O-ligados son menos frecuentes y se unen al grupo
hidroxilo de la serina y la treonina. Los N-ligados, los ms frecuentes, se unen al grupo ami-
no de la asparagina. An no se ha logrado reconocer qu secuencia es la que hace que la
enzima que une el oligosacrido a la protena lo haga en el caso de los O-ligados. En cuanto
a los N-ligados, se sabe que si la enzima da con una secuencia N-X-S/T (donde N es aspara-
gina, X es cualquier aa, S es serina y T es treonina).
Todas las protenas tienen el denominado ndice de hidrofobicidad. Si es negativo nos indica
que nos encontramos ante una protena polar y si es positiva es que es apolar. En un grco
de hidrofobicidad esto puede llegar a ser muy til para as identicar el tipo de protena es y
30 A
o
que parte de sta se encuentra en la membrana o fuera de ella (ya sea en el citosol o en el
exterior).
Desnaturalizacin de protenas y plegamiento de las mismas
Las protenas pueden perder su conformacin nativa, es decir, su estructura tridimensional
funcional, si se les aplica demasiada fuerza mecnica, por medio del pH, la salinidad, el ca-
lor y todo una serie de factores que pueden hacer que se desnaturalice.
En cuanto al plegamiento de las protenas, es posible que nos surja la duda de cmo estas se
pliegan una vez han sido sintetizadas por el ribosoma. Podramos pensar que se pliegan de
manera instantanea y sin ningn tipo de ayuda. Si eso as fuera, el tiempo de doblaje por
protena ascendera a cantidades astronmicas. Es por eso que otras protenas catalizan di-
cho doblaje y disminuyen enormemente el tiempo que requiere dicha actividad. Algunos
ejemplos de protenas que ayudan al plegamiento proteico son:
Chaperonas: del francs chaperon que quiere decir acompaante. Estas protenas acom-
paan a la que se est plegando y catalizan dicho proceso. Algunos ejemplos son las Hsp70.
Chaperoninas: de tamao ms reducido que las chaperonas pero con una funcin y proce-
dimiento similar.
Protena disulfuro isomerasa: se encarga de crear los puentes disulfuro entre segmentos de la
cadena polipeptdica. Se abreva PDI.
ndice de hidrofobicidad. En diferentes colores aparecen las partes hidrofbicas
(aquellas que se encuentran dentro de la membrana). Aqu nos encontramos,
pues, con una protena de membrana de siete pasos.
ENZIMAS
Las enzimas son unas molculas que tienen como funcin catalizar reacciones. La mayora
de las enzimas son protenas a excepcin de algunas molculas de RNA cataltico (como el
que hay presente en los ribosomas de la clula). Sus rasgos caractersticos son especicidad y
efectividad. Decimos que son especcas dado a que slo reconocen a un nico sustrato (en
contadsimas ocasiones a ms de uno). Tambin son efectivas ya que en pequeas cantidades
pueden transformar una cantidad considerable de sustratos en productos. Aadir tambin
que su actividad puede ser modulada y que actan en condiciones especcas (se explicar
con ms detalle en adelante).
En este captulo, pero, nos centraremos en las enzimas que son protenas. Dicho esto, sera
conveniente destacar que un nmero considerable de enzimas no se componen nicamente
por una cadena polipeptdica, si no que presenta una estructura adicional denominada co-
factor. Este cofactor puede tratarse de uno o varios iones inorgnicos (Fe
2+
, Mg
2+
...) o de un
componente orgnico o metalorgnico. Si este fuera el caso (el ltimo) no hablaramos de
cofactor sino de coenzima. Los coenzimas actan como transportadores transitorios de gru-
pos funcionales especcos. La mayora de ellos son derivados de vitaminas; de ah que sea
tan importante incorporarlas en la dieta (si no tenemos sucientes vitaminas no podremos
sintetizar estas enzimas que pueden tener una importancia crucial en una determinada va
metablica).
Tambin existe el caso de protenas enzimticas que precisan tanto de un coenzima como
de uno o varios iones metlico. Un coenzima o in metlico unido covalentemente o de
manera muy fuerte a la protena enzimtica se denomina grupo prosttico. A la protena en-
zimtica enteramente funcional se le denomina holoenzima. La parte proteca de dicha ho-
loenzima puede denominarse tanto apoenzima como apoprotena.
Holoenzima = Apoenzima (apoprotena) + grupo prosttico (si es biolgico: coenzima)
En cuanto al nombre que reciben estas enzimas, muchas se han bautizado aadiendo el su-
jo -asa al sustrato sobre el que actuan. As pues, DNA polimerasa es aquella que cataliza la
polimerizacin de nucletidos en la sntesis del DNA. Otra enzimas, pero, recibieron un
nombre ms general, ante de que se supiera cul era su reaccin especca. Por ejemplo, un
enzima que acta en la digestin de la comida se llam pepsina, del griego pepsina. Del
mismo modo, lisozima se reere al enzima que rompe la pared celular bacteriana.
A n de clasicarlas mejor, se elabor una lista en la que se dividan los enzimas en 6 gran-
des familias, tomando como criterio de clasicacin, su funcin.
1. Oxidoreductasas (oxidoreductases): participan en reacciones de transferencia de electro-
nes (iones hidruro o tomos de H).
2. Tranferasas (tranferases): participan en reacciones de transferencia de grupos.
3. Hidrolasas (hydrolases): participan en reacciones de hidrlisis (transferencias de grupos
funcionales al agua).
4. Liasas (lyases): participan en reacciones de formacin de dobles enlaces o eliminacin de
dobles enlaces por eliminacin de grupos.
5. Isomerasas (isomerases): participan en reacciones en las que se transeren grupos dentro
de una misma molcula, dando lugar a formas isomricas.
6. Ligasas (ligases): participan en reacciones de formacin de enlaces C-C, C-S. C-O y C-N
mediante reacciones de condensacin acopladas a la rotura de ATP o a un cofactor simi-
lar.
Gracias a esta clasicacin ahora podemos nombrar sistemticamente un enzima. Pongamos
como ejemplo la que participa en esta reaccin:
El nombre sistemtico sera: ATP:glucosa fosfotransferasa (E.C): 2.7.1.1. El cdigo nal se
reere a que el enzima pertenece a la familia de las transferasas (2), el sustrato (7), el produc-
to (1) y el grupo transferido (1). Tambin existe una nomenclatura vulgar, comunmente em-
pleada en el laboratorio y la que se usar en adelante. En el caso de la reaccin anterior el
enzima recibira el nombre de hexoquinasa. Hexo de hexosa y quinasa porque hay una
fosforilacin. Ntese que en la reaccin aparece en la doble echa, dando a entender que la
reaccin puede darse en ambos sentidos; hay enzimas que pueden participar en la reaccin
en ambos sentidos, en el caso de la hexoquinasa eso no se da.
Caractersticas estructurales generales de los enzimas
Como ya se ha dicho con anterioridad, las enzimas se encargan de catalizar una reaccin en
la que un sustrato se transforma en un producto. La siguiente ecuacin nos puede aclarar
cmo se realiza este proceso:
En un primer momento tanto el enzima como el sustrato se encuentran por libre en un me-
dio determinado. Por reconocimiento del sustrato por parte del centro activo del enzima, se
forma el denominado complejo enzima-sustrato (ES). El enzima se encarga de transformar el
sustrato en producto y nalmente se desacoplan. Ntese que el enzima no cambia ni se gas-
ta, nicamente es el sustrato el que padece los cambios.

ATP + D-glucosa ADP + D-glucosa-6-fosfato

E + S ES EP E + P
Si nos centramos en el centro activo, llegaremos a la conclusin de que es una de las parte
fundamentales del enzima y que, sin ste, perdera toda su funcionalidad. El centro activo se
encarga de reconocer el sustrato as como tambin la catlisis. Los sustratos se unen al cen-
tro activo gracias a numerosas interacciones de carcter dbil y temporales, tales como las
dipolo-dipolo, de van de Waals y los puentes de hidrgeno. Estructuralmente, el centro acti-
vo no debe ser necesariamente una secuencia de aminocidos que se encuente uno tras otro
en la estructura primaria, si no que, al igual que ocurre con las regiones seal, son una serie
de aminocidos separados fsicamente en la estructura primaria pero que al doblarse la pro-
tena y adquirir su conformacin nativa pasan a estar prximos o unidos.
Generalmente estamos acostumbrados a ver centros activos que ya desde un comienzo tie-
nen una estructura que parece encajar perfectamente con el sustrato que catalizan. No obs-
tante, existen algunas protenas enzimticas cuyo centro activo presenta una forma que pue-
de recordar a la del sustrato pero que no es exactamente igual. Hablamos de un modelo de
ajuste inducido cuando esto ocurre; el centro activo se modica para encajar con el sustrato
una vez que ha habido una primera interaccin con el mismo.
Si comparamos dos enzimas y vemos que tienen una estructura similar, es probable que par-
ticipen en reacciones similares. Es importante jarse en el centro activo cuando comparamos
dos enzimas. De este modo veremos su especicidad, sobre qu sustrato actan.
!"#$#%#&'(&"#$#)$%*)*$($+"#$)*,-.(#$/"'$*%.)'"#(#$-*&)'(00-"*)#$123-+)#
4-3"*%0+)(#(
Interaccin sustrato - centro activo. El uracilo
del sustrato se enlaza, por medio de sus ox-
genos y de un nitrgeno, a diferentes partes
de los aminocidos que conforman el centro
activo. En la imagen se puede observar como
dos aminocidos polares (serina y treonina),
se enlazan por medio de diferentes puentes
de hidrgeno con el sustrato entrante.
-F/W-X- -K/R-X- -G/A-X-
Centros activos. En el caso de la quimiotripsina, corta la unin entre los aminocidos fenilalanina (F) y triptfa-
no (W). La tripsina corta entre la lisina (K) y la arginina (R). Finalmente la elastasa corta entre la glicina (G) y la
alanina (A).
A parte del centro activo tambin existe el llamado centro alostrico, que se trata de un cen-
tro regulador.
Alejndonos un poco de este tema, podramos hablar tambin de enzimas multifuncionales
(que pueden catalizar ms de una reaccin enzimtica ya que disponen de ms de un centro
activo), de las agrupaciones multienzimticas (en las que el producto de un enzima es el
sustrato de otra) y de las isoenzimas (aquellas que reconocen el mismo sustrato y que catali-
zan la misma reaccin qumica).
La catlisis en los enzimas (Lehninger)
El equilibrio al que siempre nos referimos (S P) viene determinado por una constante de
equilibrio o Keq que si la conocemos tambin podremos conocer la variacin de energa
libre o G:
Si una reaccin tiene una G negativa, entonces dicha reaccin ser espontnea. Si G es
igual a 0 entonces nos encontramos en un equilibrio. Y, nalmente, si G es positiva, la
reaccin no ser espontnea. No obstante, que una reaccin sea espontnea no implica que
se de siempre, si no que se deben reunir unas determinadas condiciones. Por ejemplo, la
reaccin de combustin de la glucosa presenta una G < 0, no obstante, en la cocina po-
demos tener un tarro de azcar en presencia de oxgeno y este no combustionar espont-
neamente. Es decir, que aunque la reaccin sea termodinmicamente favorable, es muy len-
ta. Y es ah donde interviene la catlisis. Hay que diferenciar entre espotaneidad y velocidad.
Para que una reaccin de lugar, sta debe ser
termodinamicamente favorable y para que
sea rpida debe tener una energa de activa-
cin baja. La energa de activacin, o G

es
la energa necesaria para alcanzar el deno-
minado estado de transicin, que no es ms
que una colina energtica (no es una especie
qumica intermediaria) por la que debe pasar
el sustrato para pasar a producto.
Por lgica, lo que hacen los enzimas es catalizar la reaccin disminuyendo la energa de ac-
tivacin. Por consiguiente, aceleran la reaccin.
G = G
f
G
i
= G
' o
+ RT ln
P
[ ]
eq
S
[ ]
eq

= G
' o
+ RT lnK
eq
! "
K
eq
G=G
f
-G
i
= G
o
+ RT ln [P]/[S] = G
o
+ RT ln K
eq
>0 no espontneo
=0 equilibrio
<0 espontneo
La velocidad de la reaccin catalizada la podemos averiguar gracias a la siguiente frmula:
Donde v es velocidad, k es la constante de Boltzmann (1,381 10
-23
J/K) , h es la constante
de Planck (6,62610
-34
J s) y R es la constante de los gases nobles (8,315 J K mol
-1
). G

se reere a la energa de activacin. Una alta velocidad, por tanto, depende de la temperatu-
ra (a mayor temperatura hay una mayor vibracin y por tanto una mayor posibilidad de cho-
que entre partculas) y de que la energa de activacin sea pequea.
Al principio del tema se ha comentado que los
enzimas eran muy especcos. De hecho, a con-
tinuacin (a la derecha) se muestra una tabla
con los aumentos de velocidad de reaccin gra-
cias a las catlisis (de 5 a 17 rdenes de magni-
tud).
Cmo se puede explicar estos incrementos
enormes y altamente selectivos en su velocidad?
De dnde viene la energa que proporciona un
! "
#$$%$$! #! #" #$$%$$"
Diagrama de coordenada de reaccin en la que se comparan las reac-
ciones catalizada por enzima y sin catalizar. En la reaccin S P, los
intermedios ES y EP ocupan mnimos en la curva de proceso energtico
de la reaccin catalizada enzimticamente. Los trminos G

uncat y
G

cat corresponden a las energas de activacin de las reacciones sin

catalizar y catalizada, respectivamente. La energa de activacin del pro-
ceso global es menor cuando el enzima cataliza la reaccin.
v = k S
[ ]
=
k ' T
h
e

RT
S
[ ]
descenso espectacular de las energas de activacin de reacciones especcas? La respuesta
a estas preguntas tiene dos partes distintas pero relacionadas. La primera se basa en las reor-
denaciones de los enlaces covalentes durante una reaccin catalizada por un enzima. Entre
sustratos y grupos funcionales de los enzimas tienen lugar reacciones qumicas de muchos
tipos. Los grupos funcionales catalticos pueden formar enlaces covalentes transitorios con
un sustrato, activndolo para la reaccin, o bien puede transferirse transitoriamente un grupo
del sustrato al enzima. En muchos casos, estas reacciones slo tienen lugar en el sitio activo
del enzima. Las interacciones covalentes entre enzimas y sustratos hacen disminuir la ener-
ga de activacin y, por tanto, aumentan su velocidad.
La segunda parte de la explicacin se basa en las interacciones no covalentes entre el enzi-
ma y el sustrato. Gran parte de la energa requerida para disminuir la energa de activacin
procede generalmente de interacciones dbiles no covalentes entre el sustrato y el enzima. El
factor que diferencia realmente a los enzimas de la mayora de catalizadores no enzimticos
es la formacin de un complejo ES especco. La interaccin entre enzima y sustrato en este
complejo est mediada por las mismas fuerzas que estabilizan la estructura proteica , entre
ellas puentes de hidrgeno e interacciones inicas e hidrofbicas. El establecimiento de cada
interaccin dbil en el complejo ES viene acompaado por la liberacin de una pequea
cantidad de energa libre que estabiliza la interaccin. La energa procedente de la interac-
cin enzima-sustrato se denomina energa de jacin, G
B
. Su signicado se extiende ms
all de una simple estabilizacin de la interaccin enzima-sustrato. La energa de jacin es
la principal fuente de energa libre utilizada por los enzimas para disminuir la energa de acti-
vacin de las reacciones.
Hay dos principios fundamentales que estn interrelacionados y que proporcionan una ex-
plicacin general de cmo los enzimas aprovechan la energa de unin no covalente.
a) La mayor parte del poder cataltico de los enzimas procede en ltimo trmino de la ener-
ga libre liberada al formarse los mltiples enlaces dbiles e interacciones entre un enzima
y un sustrato. Esta energa de jacin contribuye tanto a la especicidad como a la catli-
sis.
b) Las interacciones dbiles estn optimizadas en el estado de transicin de la reaccin; los
sitios activos de los enzimas son complementarios no a los sustratos, sino a los estados de
transicin a travs de los que pasan los sustratos al ser convertidos en productos durante
una reaccin.
La hiptesis de la llave y la cerradura para explicar la formacin del complejo ES puede ser
un tanto engaosa. Un enzima totalmente complementario a su sustrato sera un enzima
muy deciente, como podemos demostrar. Consideraremos una reaccin imaginaria, la rotu-
ra de una vara metlica magntica. La reaccin no catalizada se muestra en la gura a. Exa-
minemos ahora dos enzimas imaginarios (dos varasas) que pudieran catalizar esta reac-
cin, utilizando en ambos casos fuerzas magnticas como ejemplo de la energa de jacin
utilizada por los enzimas reales. Diseemos en primer lugar un enzima perfectamente com-
plementario al sustrato (tal y como aparece en la gura b). El sitio activo de esta varasa es
una bolsa forrada con imanes. Para que se d la reaccin (rotura), la vara debe alcanzar el
estado de transicin de la reaccin, pero la vara se ja de manera tan fuerte al sitio activo
que no puede doblarse, ya que la curvatura de la vara eliminara algunas de las interacciones
magnticas entre la vara y el enzima. Un enzima as impide la reaccin ya que hace es esta-
bilizar el sustrato.
Para que un enzima catalice una reaccin ha de ser complementario al estado de transicin
de la reaccin. Ello signica que las interacciones ptimas entre sustrato y enzima slo pue-
den tener lugar en el estado de transicin. En la gura C se demuestra el modo correcto. La
vara de metal se ja a la varasa, pero slo se utilizan unas cuantas interacciones para formar
el complejo ES. El sustrato ligado an ha de experimentar el aumento de energa libre nece-
sario para alcanzar el estado de transicin. Ahora, sin embargo, el incremento de energa li-
bre requerido para llevar la vara a una conformacin curva y parcialmente partida queda ni-
velado, o es pagado, por las interacciones magnticas (energa de jacin) que se forman
entre el enzima y el sustrato en el estado de transicin. Muchas de estas interacciones se dan
en partes de la vara distantes del punto de rotura, as las interacciones entre el enzima y par-
tes no reactivas del sustrato proporcionan una cierta cantidad de la energa necesaria para
catalizar su rotura. Esta factura energtica se traduce en una energa de activacin neta in-
ferior y una mayor velocidad de reaccin.
Los enzimas reales funcionan segn un principio anlogo. En el complejo ES se forman al-
gunas interacciones dbiles, pero el complemento total de las interacciones dbiles posibles
entre sustrato y enzima se forman cuando el sustrato alcanza el estado de transicin. La
energa libre (energa de jacin) liberada por la formacin de estas interacciones equilibra
Figura A
Figura B. En un diagrama de coordenada de reaccin, este tipo de complejo ES correspondera a un pozo
energtico del que le sera muy difcil salir al sustrato. Este enzima, por tanto, no tiene ninguna utilidad.
parcialmente la energa requerida para llegar a la cima de la colina energtica. La suma de la
energa de activacin desfavorable (positiva) G

y la energa de jacin G
B
favorable (ne-
gativa) da como resultado una energa de activacin neta menor.
Las interacciones dbiles formadas entre enzima y sustrato dan la especicidad y contribu-
yen a la catlisis gracias a la disminucin de la entropa y la solvatacin (tambin disminuye)
del sustrato.
Disminucin de la entropa: que un sustrato se je a una enzima implica una restriccin de
los movimientos de dicho sustrato. La energa de jacin mantiene a los sustratos en la
orientacin correcta para reaccionar, lo que es una contribucin muy importante para la ca-
tlisis ya que las colisiones productivas entre molculas en disolucin pueden ser extrema-
damente raras. Los sustratos se pueden alinear sobre el enzima de forma precisa, generando
un gran nmero de interacciones dbiles entre ellos y grupos localizados de manera estrat-
gica en el enzima, lo que mantiene las molculas de sustrato en las posiciones adecuadas.
Aumento de la velocidad por reduccin de entropa. Se muestran las reacciones de un ster con un grupo car-
boxilato para formar un anhdrido. El grupo R es el mismo en todos los casos. a) Para esta reaccin bimolecular
la constante de reaccin k es de segundo orden y tiene como unidades M
-1
s
-1
. b) Cuando los dos grupos reac-
cionantes forman parte de la misma molcula y, por tanto, tienen menos libertad de movimiento, la reaccin es
mucho ms rpida. Para esta reaccin unimolecular k tiene como unidades s
-1
. Dividiendo la constante de velo-
cidad de b) por la constante de velocidad de a) se obtiene un incremento de velocidad de 10
5
M. (El incremen-
to tiene unidades de molaridad porque comparamos una reaccin unimolecular con una bimolecular). En otras
palabras, si el reactivo en b) estuviera presente a una concentracin de 1 M, los grupos reactivos se comporta-
ran como si estuvieran presentes a una concentracin de 10
5
M. Obsrvese que el reactivo en b) tiene liber-
tad de rotacin alrededor de tres enlaces (echas curvadas), pero a pesar de esto la reduccin de la entropa en
relacin con a) es todava sustancial. Si los enlaces que rotan en b) estn restringidos como en c) la entropa
disminuye an ms y la reaccin muestra un incremento de velocidad de 10
8
M en relacin con a).
Disminucin de la solvatacin del sustrato (desolvatacin): la formacin de enlaces dbiles
entre enzima y sustrato reemplazan la mayora de, o todos, los enlaces de hidrgeno que
puedan existir en disolucin entre el sustrato y el agua.
Mecanismos de catlisis
En la mayora de enzimas, la energa de jacin utilizada para formar el complejo ES es slo
una de las diversas contribuciones al mecanismo cataltico general. Una vez unido el sustra-
to al enzima, grupos funcionales catalticos situados adecuadamente colaboran en la rotura
o formacin de enlaces mediante diversos mecanismos entre los que se encuentran los que
se van a describir a continuacin.
a) Catlisis cido-base general. Muchas reacciones bioqumicas suponen la formacin de in-
termedios cargados inestables que tienden a descomponerse rpidamente en sus especies
reactivas constituyentes, impidiendo as la reaccin (sera el equilibrio claramente despla-
zado hacia un lado que se ve en la primera etapa de la gura de la pg. siguiente). Los in-
termedios cargados se pueden estabilizar a menudo transriendo protones a o desde el
sustrato o intermedio para formar una especie que se descompone ms fcilmente en pro-
ductos. En las reacciones no enzimticas, las transferencias de protones pueden utilizar
slo los constituyentes del agua u otros dadores o aceptores dbiles de protones. El trmi-
no catlisis cido-base general se reere a aquella en que las molculas dadoras o acepto-
ras de protones son distintas al agua (como pudieran ser algunas cadenas R de aminoci-
dos o algn cido/base dbil. El uso de cadenas R de aminocidos para este n es el ms
habitual.
b) Catlisis cido-base especca. Es exactamente igual a la anterior, lo que cambia es que la
molcula dadora/aceptora de protones son los iones H
3
O
+
y OH
-
presentes en el agua. Si
la transferencia de protones entre el intermedio y el agua es ms rpida que la descompo-
sicin del intermedio en reactivos, el intermedio se estabilizar de manera efectiva cada
vez que se forma. En este caso no se producir catlisis adicional facilitada por otros
aceptores o dadores de protones.
Nota: como la ilustracin que se iba a colocar se ve muy mal, remito a Lehninger pg. 195
(5a edicin).
c) Catlisis covalente. La catlisis covalente implica la formacin de un enlace covalente
transitorio entre el enzima y el sustrato. Consideremos la hidrlisis de un enlace entre los
grupos A y B:
En presencia de un catalizador covalente (un enzima con un grupo nucleoflico X:) la reac-
cin se transforma en:
Esto altera la ruta de la reaccin y slo produce catlisis si la nueva ruta tiene una energa de
activacin inferior que la ruta no catalizada (obviamente, si no la catlisis no tendra ningn
sentido). Los dos nuevos pasos han de ser ms rpidos que la reaccin no catalizada (redun-
dancia).
d) Catlisis por iones metlicos. Los metales, tanto si estn fuertemente unidos al enzima o
son captados de la solucin junto con el sustrato, pueden participar de diferentes maneras
en la catlisis. Interacciones inicas entre un metal jado al enzima y el sustrato pueden
ayudar a orientar a un sustrato para que reaccione o estabilizar estados de transicin de la
reaccin que estn cargados. Esta utilizacin de interacciones de jacin dbiles entre el
metal y el sustrato es similar a algunos de los usos de la energa de jacin E-S. Los meta-
les tambin pueden facilitar reacciones REDOX mediante cambios reversibles en el estado
de oxidacin del in metlico.
La mayora de las enzimas utilizan una combinacin de varias estrategias catalticas para
conseguir un incremento de velocidad.
Cintica enzimtica
Si colocamos una enzima en un tubo de ensayo con un
pH y temperatura adecuados y le aadimos un sustrato,
podemos ir parando a diferentes tiempos y podremos
ver que se nos formar una grca de naturaleza lineal.
Dicha grca tiene en el eje de las x la variable tiempo
(t) y en el eje de las y tiene la variable producto (en
mol). La pendiente de la lnea que observamos es la
velocidad. Por denicin, la velocidad o actividad en-
zimtica es la diferencia de cantidad de producto parti-
do la diferencia de tiempo:
A nivel enzimtico, podemos emplear tambin las unidades internacionales (U.I.). Una U.I.
es el tiempo que se tarda en formar un mol de producto por minuto a 25C. En enzimologa
se emplea esta ltima unidad (U.I.). Al trabajar con enzimas, realmente trabajar con moles es
un engorro porque nos hace emplear las potencias, si usamos los mol podemos llegar a
A B
H
2
O
A + B
A B + X: A X: + B
H
2
O
A + X: + B
v =
P
t
(mol / s) katal
P

(
P
m
o
l
)
t (min)
! "
#
0
0
v = P
t
(1 U.I. : 1 Pmol/min a 25 C)
Actividad enzimtica:
Actividad especfica (U.I./mg)
(mol/s)
trabajar con nmeros enteros. Tambin tenemos la denominada actividad especca es la ac-
tividad enzimtica dividida por la cantidad de protena (U.I / mg).
Encontramos otra grca que relaciona velocidad y concentracin. Se trata de una cintica
hiperblica (por la forma) aunque tambin recibe el apelativo de cintica de Michaelis-Men-
ten.
En esta grca podemos observar que hay una zona en la que la funcin se para (esa asntota
horizontal). Dicha velocidad es la velocidad mxima, aquella a la que puede llegar el enzi-
ma como mucho (aunque al parecer jams llega). Cuando la funcin se aplana hablamos de
que el enzima est saturado, ya no puede transformar ms sustrato a producto del que ya
transforma. Otro elemento que vemos en la grca es la K
m
. La K
m
o concentracin de Mi-
chaelis-Menten es la concentracin de sustrato a la que el enzima va a la mitad de la veloci-
dad mxima. Esto es muy importante porque es un concepto de anidad. Es la anidad que
tiene el enzima por su sustrato. Conforme la K
m
sea ms baja, menos concentracin de sus-
trato necesitaremos para que el enzima adquiera la mitad de la velocidad mxima. Por tanto,
trendremos una mayor anidad. De aqu extrapolamos que anidad y Km son caractersticas
inversamente proporcionales. La velocidad de los enzimas que se rigen por esta grca pue-
de representarse por medio de la siguiente frmula:
Por v
o
nos referimos a velocidad inicial. Hay que hacer notar que cada enzima tiene su Km y
su velocidad mxima caracterstica y reciben el nombre de parmetros cinticos del enzima.
v
0
=
v
max
S
[ ]
K
m
+ S
[ ]
La velocidad mxima de un enzima depende de la cantidad de enzima que tengamos
(cuanto ms enzima, ms velocidad) y de una constante de velocidad (en la que est reeja-
da la temperatura, el pH, etc.). Por tanto, velocidad mxima es igual a la constante de velo-
cidad (tambin denominado nmero de recambio o constante cintica) por la concentracin
total de enzima.
Hay otra forma de representar los parmetros cinticos del enzima; por medio de la ecua-
cin de Lineweaver-Burk (o de la doble recproca).
Dependencia de la velocidad inicial con respecto a la concentracin de sustrato. En el grco se muestran los
parmetros cinticos que denen los lmites de la curva a [S] alta y baja. A baja [S], Km >> [S], por lo que el tr-
mino [S] del denominador de la ecuacin de Michaelis-Menten (encuadrado en rojo) es insignicante (de ah
que se omita; si bien arriba no se omite porque multiplica). Adems, a concentraciones despreciables de S, vo
depende de [S] linealmente, tal y como se observa. A alta [S], en donde [S] >> Km, elt trmino Km del denomi-
nador es insignicante, simplicndose la reaccin a vo = vmax. Esto est de acuerdo con la meseta que se ob-
serva a [S] elevada. La ecuacin de Michaelis-Menten es, pues, congruente con la dependencia observada de vo
con respecto a [S], y la forma de la curva est deida por los trminos vmax/Km a la baja [S] y vmax a la alta [S].
v
0
=
v
max
S
[ ]
K
m
+ S
[ ]
1
v
0
=
K
m
+ S
[ ]
v
max
S
[ ]

1
v
0
=
K
m
v
max
S
[ ]
+
S
[ ]
v
max
S
[ ]
1
v
0
=
K
m
v
max
S
[ ]
+
1
v
max
Ecuacin de Lineweaver-Burk
V
max
= k
cat
E
T
[ ]
S [ ](mM)
Y por qu nos complicamos la vida de semejante modo? En realidad es la misma ecuacin,
no? El motivo para realizar esta conversin lo encontramos en la siguiente grca. Este tipo
de ecuacin, si nos jamos bien, es como si fuera una recta (de la forma y = mx + b), donde
y es la inversa de la velocidad incial, la m es K
m
/v
max
, la x es la inversa de la concentracin
de sustrato y la b sera la inversa de la velocidad mxima.
La aplicacin inmediata es que si sabemos la concentracin de sustrato y la velocidad ini-
cial, al realizar la inversa de las dos y colocar una en el eje de las x y otro en el de las y, me-
diante los puntos de corte de la recta que hagamos (en realidad tendremos una serie de pun-
tos que podremos alinear haciendo la recta de regresin) obtendremos los parmetros cinti-
cos del enzima (que recordemos que son K
m
y V
max
).
Aplicacin prctica: estamos en el laboratorio, sabemos la concentracin de sustrato y po-
demos ir midiendo la velocidad a diferentes tiempos. Nos vamos a unos ejes cartesianos y
representamos los puntos, siendo el eje de las x la inversa de [S] y el eje de las y la inversa de
la velocidad inicial. Tendremos una serie de puntos y trazaremos una lnea gracias a la regre-
sin (o un coeciente de correlacin). Finalmente, gracias a la doble recproca, llegaremos a
a saber los parmetros cinticos del enzima.
Volvamos atrs, antes hemos mencionado que el nmero de recambio (o constante cintica,
mirar pg. anterior) era uno de los factores que, multiplicado por la concentracin de enzi-
ma, nos daba la velocidad mxima de dicha enzima. Por tanto, un enzima con un nmero
de recambio (representado como K
cat
y teniendo como unidad s
-1
) elevado tendr una velo-
cidad mxima elevada (es una relacin directa).
Cuando comparamos enzimas, cada enzima tiene su nmero de recambio y su K
m
. Para
compararlos deberamos tener un parmetro que comparara ambas caractersticas: K
cat
/K
m
.
Este parmetro recibe el nombre de eciencia cataltica. Para que veamos la importancia de
ver relacionadas ambas caractersticas, perfectamente puedes disponer de un enzima con
y = m x + n
una K
cat
muy elevada (y, por tanto, un V
max
muy grande) pero si su K
m
es muy elevada, su a-
nidad ser muy baja y podras llegar a necesitar un kilo de sustrato para llegar a la velocidad
mxima (y eso no nos interesa). La eciencia cataltica tiene como unidades M
-1
s
-1
.
Todas estas reacciones que hemos visto son reacciones de primer orden. Es decir, aquellas en
las que interviene un slo sustrato. Qu ocurre cuando entra un sustrato ms? Hablamos,
pues, de las reacciones enzimticas de segundo orden o bisustrato. Existen dos grandes cla-
ses de estas reacciones: las secuenciales y las de Ping-Pong o doble desplazamiento.
1. Tipo secuencial: encontramos dos clases dentro de esta clase: al azar u ordenadas. Por se-
cuencial entendemos uno detrs del otro.

a) Azar: un sustrato (S1 o S2) interacciona con el enzima para formar el complejo ES1 (por
ejemplo), a continuacin se le acopla el sustrato S2 (el que reste) para formar el complejo
ES1S2
2
, y as formarse los productos: E + P1 + P2. Este tipo de reaccin se denomina al
azar porque puede interaccionar S1 y luego S2 con el enzima o viceversa; el resultado es
el mismo.
b) Ordenado: en primer lugar S1 interacciona con el enzima para formar el complejo ES1 y
luego viene S2 para formar ES1S2. El resultado son ambos sustratos convertidos a produc-
tos (E + P1 + P2). Es similar al tipo anterior slo que requiere un orden determinado.
2. Mecanismo de Ping-Pong o doble desplazamiento: se caracteriza por no formarse en nin-
gn un momento un complejo ternario. En primer lugar S1 interacciona con el enzima y da
ES1, al transformarse S1 en P1, el enzima sufre una modicacin (E), esto se debe a que el
sustrato 1 puede transferir un grupo funcional al enzima que luego ser transferido poste-
riormente al sustrato 2. Finalmente E queda igual que al principio (mirar dibujo).
Podemos hechar un vistazo a las grcas caractersticas de ambos tipos de reacciones de se-
gundo orden o bisustrato.
2
Esto es un complejo ternario
!"#$$%&'"()*")("+,'*&)&-*"')&).%(,(/-#/&0)
1%'+21&'+)&)*")*&.3")*"(43#5#6%"'/&0
Anlisis cintico en el estado estacionario de las reacciones bisustrato (pg. siguiente). En estas grcas de
dobles recprocos, se vara la concentracin del sustrato 1 mientras que se mantiene constante la concentracin
del sustrato 2. Esto se repite para diversos valores de [S2], con lo que se generan varias lneas separadas. (a) Si
las lneas se cortan se ha formado un compejo ternario en la reaccin. (b) Si son paralelas la reaccin transcurre
a travs de una ruta ping-pong o de doble desplazamiento.
Inhibicin enzimtica
Hasta ahora hemos visto reacciones catalizadas por un enzima. No obstante, la actividad de
los enzimas puede ser inhibida por un inhibidor. Existen dos clases de familias de inhibido-
res: los reversibles (si se desacopla el enzima podr volver a su actividad inicial) e irreversi-
bles (modican de tal modo el enzima que es imposible que el enzima vuelva a ser funcio-
nal). De ah que los inhibidores irreversibles son muy peligrosos.
A) Inhibidores reversibles
Existen tres grandes clases en funcin de cmo actan:
1. Inhibicin competitiva. Se caracteriza porque el inhibidor y el sustrato compiten por ir al
mismo sitio: el centro activo. Esto nos indica que inhibidor y sustrato son similares estruc-
turalmente. Grcamente, lo que se observa en una grca de doble recproca es lo si-
guiente:
D=1+[I]/K
I
Vmax =
K
M
Cuando aadimos un inhibidor competitivo lo
que se observa es que la velocidad mxima no
queda alterada. No obstante, la Km aumenta (la
anidad disminuye). Sabemos que = 1 + [Inhi-
bidor]/KI). Siendo KI = [E][I]/ [EI].
2. Inhibicin acompetitiva. Se caracteriza porque
el inhibidor no se acopla al centro activo del
enzima, si no que ms bien se dirige a otro
punto y por tanto no compite con el sustra-
to. El inhibidor tiene la capacidad, pues, de
insertarse en el complejo enzima - sustrato,
dando lugar a un complejo enzima - sustrato -
inhibidor (ESI). Si observamos un grco de
dobles recprocas, observaremos que inhibi-
cin acompetitiva hace disminuir la velocidad
mxima al igual que hace disminuir la Km
(por tanto, aumenta la anidad). Concreta-
mente, en la grca veremos que a valores
ms altos de inhibidor, el corte con el eje de
ordenadas se encuentra en un punto ms alto, pero al tratar con inversas, Vmax es ms
baja. Del mismo modo ocurre en el eje de abcisas, jugamos con valores negativos cada
vez ms pequeos, pero al jugar con -1/Km, el negativo se anula y es como si el eje de
abcisas fuera de valores absolutos, por lo que tener un nmero negativo ms pequeo im-
plica que es ms grande. Pongamos un ejemplo con x = -4 y x = -5:
3. Inhibicin mixta. Se caracteriza porque puede pare-
cer un combinado de las dos anteriores. En este caso el
inhibidor puede acoplarse con el enzima y luego el
complejo EI juntarse con el sustrato para dar ESI o di-
rectamente acoplarse al complejo ES para dar ESI. El
uso de inhibidores mixtos disminuyen siempre la velo-
cidad mxima y pueden hacer aumentar o igualar la
Km. En el caso de que la Km no vare, observaremos
que en el grco todas las lneas convergen en el eje
de abcisas (x), en un mismo valor de Km. Si este fuera
el caso, hablaramos de un caso concreto de inhibicin
mixta, la inhibicin no competitiva.
Recordemos que si quitamos estos inhibidores el enzima recupera su capacidad funcional.
D=1+[I]/K
I
Vmax
K
M
x =
1
K
m
4 =
1
K
m
4 =
1
K
m
K
m
= 0, 25
5 =
1
K
m
5 =
1
K
m
K
m
= 0, 20
D=1+[I]/K
I
D=1+[I]/K
I
Vmax
K
M
(=)
1
S [ ]
1
mM

B) Inhibicin irreversible
Esta clase de inhibidores, a diferencia de los anteriores (los reversibles) provocan un cambio
en el enzima que hacen que sea imposible que puedan volver a desempear su funcin. Esto
puede deberse a que destruyen un grupo funcional esencial para su actividad o forman una
asociacin no covalente muy estable
Enzimas alostricos
Existe un tipo especial de enzimas que si hacemos su representacin de velocidad frente a
concentracin de sustrato, no nos sale la hiprbola caracterstica de la cintica de Michaelis-
Menten, si no que nos aparece una curva sigmoide (forma de S). Esta clase de enzimas reci-
be el nombre de enzimas alostricos y no
sirven las ecuaciones de Michaelis-Menten
ni sus derivadas. No obstante, los conceptos
son similares. Hay una velocidad mxima
en la que el enzima est saturado y hay una
K
0,5
que sera el equivalente a la Km; es de-
cir, la concentracin de sustrato a la que el
enzima va a la mitad de la velocidad mxi-
ma.
Los enzimas alostricos tambin se caracte-
rizan porque pueden adoptar en el espacio
formas diferentes (conguraciones espacia-
les diferentes). Esto le proporciona al enzi-
ma una serie de caractersticas que hacen
que su funcin sea sigmoidea y no hiperb-
lica. Muchos de estos enzimas alostricos
son multimricos (que tienen ms de una
cadena polipeptdica). En estos enzimas
alostricos tambin podemos encontrarnos
Inhibicin enzimtica: inhibidores irreversibles.
(Diisopropilfluorofosfato)
Inhibidor general de serinas,
Otro ej acetilcolinesterasa
Inhibicin irreversible. La reaccin de la quimiotripsina con el diisopropiluorofosfato (DIFP), que modica la
Ser
195
, inhibe el enzima irreversiblemente. Esta reaccin condujo al descubrimiento de que la Ser
195
es el resi-
duo clave del sitio activo de la quimiotripsina.
!"#$%"&'()"*+,"-.'/(+,-01'-,2.)(
3.#4"+')(5,+,%267"&,)85.%.2,%267"&,)9
Curva de actividad de un enzima alostrico en funcin
de la concentracin de sustrato. La adicin de un mo-
dulador positivo (activador) implica una disminucin
de K0,5 y por tanto un aumento de la anidad. En cam-
bio, la adicin de un modulador negativo hace aumen-
tar la K0,5. En este caso las velocidades mximas no han
sido alteradas pero podra darse el caso en que los mo-
duladores pudieran afectarla. Un ejemplo de ello puede
verse en la grca de la pgina siguiente.
con inhibidores y activadores. Inhibidor ser
cualquier sustancia que inhiba la velocidad de
reaccin y activador ser cualquier sustancia
que active el enzima. En este caso - en el de los
enzimas alostricos - esta clase de sustancias
(activadoras/inhibidoras) reciben el nombre de
moduladores. Con esta nueva nomenclatura (la
de denominar como modulador encontramos
moduladores negativos (inhibidores) y modula-
dores positivos (activadores).
Una caracterstica curiosa de estas enzimas es que, si se observa bien la grca, si en un
principio se le aade sustrato, parece que le cueste activarse (el principio de la grca) y
luego se dispara. Es como si el propio sustrato favoreciese el cambio de cintica por parte
del enzima. Cuando esto ocurre (que el mismo sustrato favorece la velocidad de reaccin)
estos enzimas reciben el nombre de homotrpicos. Si es otra sustancia la que favorece (o no)
la velocidad de reaccin entonces hablamos de enzimas heterotrpicos. Esto no ser traba-
jado mucho en este curso pero nicamente saber que cuando omos esto nos referimos a en-
zimas alostricos que se activan gracias al sustrato (homotrpicos) o a otros moduladores
(heterotrpicos).
Para intentar explicar la curva sigmoidea que obtenemos empricamente hay dos modelos
propuestos: el modelo concertado o de Monot y el modelo secuencial o de Coslan.
Modelo concertado: en la imagen podemos ver un enzima formado por cuatro subunidades
(antes hemos mencionado que los enzimas alostricos suelen ser multimricos). Lo que se
quiere representar es lo que antes se ha dicho de que pueden tener varias conguraciones en
el espacio. Una forma correspondera a la forma relajada y otra a la forma tensa (por decir
un ejemplo). El sustrato (ligando L en la imagen) puede unirse al enzima de alta o baja a-
nidad (tenso y relajado respectivamente). En la imagen lo nico que se muestran las diferen-
tes combinaciones posibles. Se cree que cuando la concentracin de sustrato/ligando es ba-
ja, predomina la forma de baja anidad. Cuando hay ms ligando hay un equilibrio y cuan-
do hay muchsimo ligando predominan las formas de alta anidad. En este caso el enzima
alostrico sera homotrpico (es el ligando/sustrato el que afecta la activacin).
Modelos secuencial: es un modelo que se opone al anterior pero que est relacionado. Pro-
pone la combinacin de unidades en alta y en baja anidad. Esto lo nico que hace es que
hayan ms combinaciones.
El trmino alostrico tambin puede aplicarse a protenas que no sean enzimas. Por ejemplo,
la hemoglobina no es una enzima pero se encarga de transportar oxgeno. Si vemos la cin-
tica de este transporte veremos que se rige por una sigmoide. De ah que pensemos que ac-
ta de un modo similar y de ah que la hemoglobina sea denominada proteina alostrica.
!"#$%"&'()"*+,"-.'/(+,-01'-,2.)(
Nota importante: en los enzimas alostricos existe otro centro (como el centro activo) que
est ideado para la incorporacin de los moduladores. Este centro recibe el nombre de cen-
tro alostrico. Esto nos indica que pueden haber diferentes anidades (para un sustrato o
para un inhibidor).
Regulacin de la actividad enzimtica (pH, T y )
A parte de regular la actividad enzimtica con la concentracin de S, la concentracin de
enzima o el uso o no de inhibidores/moduladores, podemos alterar la actividad enzimtica
con el pH, la temperatura y la fuerza inica ().
a) pH. El pH puede alterar la actividad enzimtica porque, si recordamos, el centro activo
tiene aminocidos con sus cadenas R (de hecho, en la catlisis covalente, por ejemplo, se
depende en gran medida de los ataques nucleoflicos realizados por algunas cadenas R).
Al aumentar el pH o al disminuirlo podemos protonar o desprotonar los grupos cidos y
base, pudiendo dejar inservible el centro activo. Resumiendo, que podemos cambiar la
carga de los aminocidos. No siempre implica desnaturalizacin (necesitas pH muy radi-
cales para ello); no obstante, para inutilizar el centro activo no necesitas un pH tan radi-
cal.
b) Temperatura (T). Al aumentar la temperatura podemos aumentar la velocidad de la reac-
cin. No obstante, podramos llegar a desnaturalizar la protena.
c) Fuerza inica (). La fuerza inica es un reejo de la cantidad de sales que hay en el me-
dio. Se calcula con la mitad del sumatorio de la concentracin por la carga al cuadrado.
Las sales contribuyen a la solubilidad de los enzimas y, por tanto, favorece que funcionen.
Si no hay iones el enzima se inhibe y si hay un exceso tambin.
Hay enzimas que presentan dos formas: una menos activa
y otra ms activa. El cambio de una a otra se realiza por
medio de un modulador. Un ejemplo sera la fosforilasa b;
una vez una ATP se desfosforila y fosforila una serina del
enzima, intercambia entre una forma menos activa a una
ms activa. En la imagen de la derecha se observa lo que
se dice. Hay un caso similar con la protena kinasa, solo
que se le acopla AMP cclico (cAMP), que se encarga de
dejar visibles los centros activos de las subunidades catal-
ticas (diapositiva 79 del captulo enzimas).
Esto es muy interesante porque a nivel celular es como si
1
2
c
iones
z
iones
2

fueran interruptores celulares. Es un tipo de regulacin posible. Los enzimas que se encargan
de fosforilar se llaman kinasas (usan ATP) y los que desfosforilan son las fosfatasas (catalizan
la reaccin inversa catalizada por las kinasas).
Sobre las kinasas, hay una serie de secuencias de aminocidos que son reconocidas por la
kinasa y que, al hacerlo, uno de los aminocidos quedar fosforilado. Estas secuencias reci-
ben el nombre de secuencias consensus.
En otras palabras, si tenemos la secuencia de aminocidos de una protena y vemos esas se-
cuencias, podemos deducir que dichos segmentos sern proclives a ser fosforilados por una
PKA (en realidad, uno de esos aminocidos de dicha secuencia es proclive a ser fosforilado).
Un mismo enzima puede ser fosforilado por ms de una kinasa y por tanto su actividad nal
ser el resultado de las diferentes fosforilaciones.
Hay toda una serie de modicaciones postraduccionales que pueden modicar la actividad
de los enzimas (fosforilacin, adeninalizacin, etc.). Quiz la ms curiosa (la de los ltimos
aos) sea la ubiquitinacin.
Finalmente, para acabar, hay un ltimo mecanismo para la regulacin de enzimas que es de
las proenzimas o formas zimgenas. Algunos enzimas, sobretodo los que van a ser secreta-
dos, se sintetizan en forma zimgena (no activadas). Para activarse requieren de una proteoli-
sis parcial. Esto es necesario, por ejemplo, para las proteasas. Si estuvieran activadas desde
un comienzo podran degradar el mecanismo que se encarga de sintetizar la misma protea-
sa. Es un modo que tiene la clula para protegerse.
INTRODUCCIN AL METABOLISMO ENERGTICO
Denicin
El metabolismo es una actividad celular muy coordinada en la que muchos sistemas mul-
tienzimticos (rutas metablicas) cooperan para (1) obtener energa qumica a partir de ener-
ga solar o degradando nutrientes ricos en energa obtenidos del ambiente (reducidos); (2)
convertir molculas nutrientes en las molculas caractersticas de la propia clula, incluidos
los precursores de las macromolculas; (3) polimerizar los precursores monomricos en ma-
cromolculas: protenas, cidos nucleicos, y polisacridos, y (4) sintetizar y degradar biomo-
lculas para funciones celulares especializadas, tales como los lpidos de membrana, mensa-
jeros intracelulares y pigmentos.
Dentro del metabolismo distinguimos, a grandes rasgos, entre catabolismo y anabolismo. El
primero (catabolismo) se encarga de obtener energa qumica liberada a partir de molculas
reducidas. El segundo (anabolismo) es el proceso contrario al anterior: empleando la energa
qumica almacenada en unas molculas determinadas, reducir compuestos de nuestro inte-
rs. Mientras que el catabolismo degrada, el anabolismo se encarga de sintetizar.
Termodinmica
A lo largo de los temas siguientes se va a tratar con temas ntimamente relacionados con las
leyes de la termodinmica. Sera conveniente recordar y aclarar algunos conceptos, tales
como la constante de equilibrio, la entalpia, entropa y energa libre, entre otros.
Energa libre de Gibbs (G): expresa la cantidad de energa capaz de realizar trabajo durante
una reaccin a temperatura y presin constantes. Cuando una reaccin transcurre con libe-
racin de energa libre (es decir, cuando el sistema cambia de manera que tiene al nal me-
nos energa libre), la variacin de energa libre, G, tiene signo negativo y se dice que la
reaccin es exergnica. En las reacciones endergnicas, el sistema gana energa libre, por lo
que G es positiva.
Entalpa (H): es el contenido calrico del sistema de reaccin. Reeja el nmero y la clase
de enlaces qumicos en los reactivos y los productos. Cuando una reaccin qumica libera
calor, se dice que es una reaccin exotrmica; el contenido calrico de los productos es me-
nor que el de los reactivos y H tiene, por convencin, un valor negativo. Por el contrario,
los sistemas de reaccin que adquieren calor del entorno son endotrmicos y tienen valores
positivos de H.
Entropa (S): es una expresin cuantitativa de la aleatoriedad o del desorden de un sistema.
Cuando los productos de una reaccin son menos complejos y ms desordenados que los
reactivos, se arma que la reaccin transcurre con ganancia de entropa.
En las condiciones existentes en los sistemas biolgicos (incluyendo temperatura y presin
constantes), las variaciones en energa libre, entalpa y entropa estn relacionadas cuantita-
tivamente entre s por la ecuacin:
Adems, debemos recordar la segunda ley de la termodinmica arma que la entropa del
universo aumenta durante todos los procesos qumicos y fsicos, pero no requiere que el in-
cremento de entropa tenga lugar en el propio sistema de la reaccin. Los organismos vivos
conservan su orden interno tomando de su entorno energa libre en forma de nutrientes o luz
solar, y devolviendo al entorno una cantidad igual de energa en forma de calor y entropa.
Tambin sera importante hablar de la constante de equilibrio y la diferencia de energa libre
estndar transformada. A parte del caracterstico, se aade una prima . Esto dene que los
siguientes parmetros se mantienen: pH = 7; concentracin de agua: 55,5M, P = 1 atm, T =
298K (25 C). La equivalencia entre G y K
eq
es la siguiente:
Por tanto, cuanto mayor sea G, menor ser K
eq
. De hecho, otra manera de verlo es de la
siguiente: (esp. = espontneo // Nesp. = no espontneo en ese sentido):
Y, de hecho, ya tiene lgica que sea as. Si una reacci tiene una K
eq
muy elevada, nos est
diciendo que el equilibrio est muy desplazado hacia la derecha y, por tanto, la reaccin en
sentido directo (de reactivos a productos) ser ms fcilmente espontnea.
Finalmente, mencionar que en las reacciones acopladas, la diferencia de energa libre total
es la suma de la diferencia de energa libre de las reacciones que forman esa reaccin total.
Con eso, metablicamente hablando, podemos tener reacciones que por s solas no son es-
pontneas pero que, al acoplrsele una reaccin fuertemente exergnica, la diferencia de
energa total sea negativa y, por ende, espontnea.
G = H TS
G ' = RT lnK
eq
'
K
eq
'
<1G ' >1 Nesp.
K
eq
'
= 1G ' = 0 Eq.
K
eq
'
>1G ' <1Esp.
A B 'G
o
= + 16,7 kJ/mol
ATP + H
2
O ADP + P
i
'G
o
= - 30,5 kJ/mol
A + ATP + H
2
O B + ADP + P
i
'G
o
= 16,7 - 30,5 = -13,8 kJ/mol
El ATP
El ATP o adenosn trifosfato ha sido considerado desde siempre como la moneda energtica
del metabolismo y ya desde cursos anteriores nos hemos referido a ella como tal. La hidrli-
sis de ATP tiene nada ms y nada menos que una G = -30,5 kJ/mol. No obstante, cmo
es posible que la hidrlisis de uno de los fosfatos nos reporte tanta energa libre? Para resol-
ver esta duda debemos centrarnos en su peculiar estructura y la manera que tiene de hidroli-
zarse
3
.
Tambin se podra mencionar el hecho de que la concentracin de ADP se encuentra muy
por debajo de la que debe haber en equilibrio y, por tanto, se favorece la formacin de ADP.
3
Nomenclatura: cuando decimos Pi nos referimos a un fosfato. Cuando decimos PPi nos referimos a un piro-
fosfato, que es lo mismo que decir dos fosfatos.
Base qumica de la elevada variacin de energa libre asociada a la hidrlisis del ATP. La hidrlisis, al provocar
la separacin de cargas, elimina la repulsin electrosttica entre las cuatro cargas negativas del ATP. El producto
fosfato inorgnico (Pi) se estabiliza por la formacin de un hbrido de resonancia, en el que cada uno de los
cuatro enlaces fsforo-oxgeno tiene el mismo grado de carcter de doble enlace mientras que el in hidrgeno
no est asociado de manera permanente con ninguno de los oxgenos. (En los fosfatos involucrados en enlaces
anhdrido o ster tiene lugar tambin un cierto grado de estabilizacin por resonancia, pero son posibles menos
formas de resonancia que para el Pi). El producto ADP
2+
se ioniza rpidamente, liberando un protn a un medio
de [H
+
] muy baja (pH 7). Un cuarto factor (no mostrado) que favorece la hidrlisis del ATP es el mayor grado
de solvatacin (hidratacin) de los productos Pi y ADP con relacin al ATP, lo que estabiliza todava ms los
productos con relacin a los reactivos.
Existen, adems, molculas que desprenden una mayor cantidad de energa libre (G), como
podra ser el caso de la creatinina fosfato, el 1,3-bisfosfoglicerato o el fosfoenolpiruvato. No
obstante, el primero que emplea el organismo, cuando realizamos un ejercicio por ejemplo,
es el ATP, y le sigue la creatina fosfato. El metabolismo se encarga de restituir dichas molcu-
las.
Compuestos oxidados y reducidos
En el metabolismo se ha comentado antes que oxidamos molculas y reducimos pero, c-
mo podemos diferenciar entre una molcula oxidada y una molcula reducida? He aqu al-
gunas reglas bsicas suponiendo que trabajamos con un nico tomo de carbono:
1. La forma ms reducida es C rodeado por cuatro hidrgenos: metano.
2. La forma ms oxidada es C rodeado por dos oxgenos por enlace doble: dixido de car-
bono.
3. El enlace doble siempre es ms oxidado que el simple.
4. Si comparamos un cido graso (de 16C, por ejemplo y una glucosa, el cido graso est
ms reducido porque presenta ms carbonos con hidrgenos nicamente, mientras que la
glucosa tiene algn que otro grupo hidroxilo (relativamente oxidado).
Por denicin, oxidacin es ceder electrones y reducirse es captarlos. Orgnicamente esto
casi nunca se da, cuando un compuesto se oxida implica que se une con un tomo muy
electronegativo y este le roba prcticamente los electrones, formndose una zona electro-
negativa del lado de dicho tomo. El oxgeno sera un claro caso (dixido de carbono). En el
caso del metano, por contra, los hidrgenos son muy electropositivos y podramos decir que
el carbono no pierde sus electrones como s lo hace cuando se junta con un oxgeno.
Compuestos reducidos (izquierda) y oxidados (derecha). Justo abajo se muestra la energa libre que se des-
prende al oxidarse el compuesto. En el caso del dixido de carbono (ltimo), G = 0 porque ya no se puede
oxidar ms.
Otros aceptores de electrones
A parte del ATP como molcula que nos conserva energa, existe toda una serie de molcu-
las que se encargan de guardar electrones y desprenderlos cuando el organismo as lo preci-
se para seguir con sus reacciones de anabolismo y catabolismo. Estamos hablando de los di-
nucletidos de avina y nicotinamida (FAD y NADH). Todo esto se relatar con mayor deta-
lle ms adelante.
Enzimas
Finalmente, el metabolismo es una serie de reacciones enzimticas y, por tanto, se precisa-
neenzimas. Estas enzimas realizan una serie de reacciones tpicas, especicadas en el si-
guiente cuadro (junto a una representacin molecular):
Tipo de reaccin Descripcin
Oxidacin-reduccin Transferencia de electrones
Tipo de reaccin Descripcin
Ligacin por medio de ATP Se forman enlaces covalentes
Tipo de reaccin Descripcin
Isomerizacin Reordenamiento de los tomos formando ismeros
Tipo de reaccin Descripcin
Transferencia de grupos Transferir un grupo funcional de una molcula a otra
Tipo de reaccin Descripcin
Hidrolizacin Romper enlaces aadiendo agua
Finalmente, para regular los procesos metablicos, debemos (1) regular la cantidad de enzi-
ma; (2) controlar la actividad cataltica y (3) controlar la accesibilidad que tienen las enzimas
a los sustratos.
Tipo de reaccin Descripcin
Adicin u omisin de grupos
funcionales
Adicin de grupos funcionales a enlaces dobles o remover uno para
dar un enlace doble
GLUCLISIS
La gluclisis es el proceso catablico realizado en el citosol mediante el cual oxidamos una
molcula de glucosa para obtener, por lo que a los productos inmediatos nos referimos, dos
molculas de piruvato. El balance total de energa y de molculas con poder reductor es de
2 ATP y 2 NADH + H
+
. El piruvato puede ser el sustrato inicial para tres tipos de reacciones
metablicas ms: la fermentacin alcohlica, la fermentacin lctica y la oxidacin comple-
ta del piruvato en presencia de oxgeno por medio del ciclo de Krebs.
En la gluclisis podemos distinguir una primera fase (preparatoria) en la que se invierten 2
molculas de ATP con el n de fosforilar una serie de molculas. Dicho ATP se recuperar en
la siguiente fase (benecios), establecindose el balance mencionado anteriormente.
Partimos de una molcula de glucosa, un
monosacrido de seis carbonos. Por medio
de una hexoquinasa, transformamos esa
glucosa en glucosa 6-fosfato gracias a la
intervencin del primero de los ATP que
usaremos. Recordemos que las quinasas
son una subclase de transferasas que se
encargan de transferir el fosfato terminal de
un ATP. Ntese, adems, que la hexoqui-
nasa realiza esta reaccin cataltica de
manera irreversible, en un nico sentido.
Tambin se puede mencionar la presencia
de un catin magnesio (Mg
2+
), esto se da porque el verdadero sustrato de la quinasa no es
ATP
4-
sino el complejo MgATP
2-
. El Mg
2+
apantalla las cargas negativas de los grupos fosfori-
lo del ATP haciendo que el tomo de fsforo terminal sea una diana ms fcil para el ataque
nucleoflico realizado por el grupo hidroxilo (-OH) de la glucosa. Finalmente, aadir que si
se observara un esquema de la enzima cuando recibe la glucosa en su centro activo, vere-
mos que cambia ligeramente su conformacin, es como si la enzima (quinasa) abrazara la
glucosa. Esto inclina la balanza ligeramente hacia el modelo de ajuste inducido para explicar
cmo se encaja el sustrato en el centro activo y se reduce tanto la energa de activacin.
El paso siguiente es la transformacin de la glucosa 6-fosfato (a partir de ahora G6P) a fructo-
sa 6-fosfato (a partir de ahora F6P). La enzima que se encarga de llevar a cabo dicha reac-
cin es la fosfohexosa isomerasa. Esta reaccin presenta bidireccionalidad, es un equilibrio
que se desplaza constantemente hacia la formacin de F6P porque ste ltimo va desapare-
ciendo al ser el sustrato de la siguiente reaccin de la cadena enzimtica.
El paso que le sigue a este es la inversin del siguiente (y ltimo) ATP, la transformacin de la
F6P en fructosa 1,6-bifosfato. El enzima que lleva a cabo esta reaccin es la fosfofructoqui-
nasa o PFK1 (del ingls phosphofructokinase). Al igual que la reaccin llevada a cabo antes
Primer paso de la gluclisis. Adicin de un grupo fosfato
al C6 de la glucosa por medio de una hexoquinasa, resul-
tando una glucosa 6-fosfato.
por la fosfohexosa isomerasa, sta tambin es bidireccional; slo que el equilibrio est bas-
tante desplazado hasta la formacin de productos porque stos van desapareciendo al ser el
sustrato de la siguiente reaccin.
Apunte. Los compuestos que contienen dos grupos fosfato o fosforilo unidos a posiciones diferentes de la mol-
cula se denominan bifosfatos; por ejemplo, el caso que se muestra justo arriba, fructosa 1,6-bifosfato. Los
compuestos con dos fosfatos unidos entre s en forma de grupo pirofosforilo se denominan difosfato; un caso
sera el del ADP: adenosina difosfato.
Hasta aqu hemos visto como una molcula con 6 carbonos (glucosa) ha recibido dos fosfa-
tos de la mano de dos ATPs y, de camino, ha sido transformada en fructosa (recordemos la
fosfohexosa isomerasa). Los pasos que siguen a continuacin se centran en una molcula de
3 carbonos que nalmente ser el piruvato. Por tanto, es lgico pensar que ahora viene esa
particin de la fructosa 1,6-bifosfato. Dicha particin la lleva a cabo una aldolasa, obtenien-
do a modo de productos una dihidroxiacetona fosfato (DHAP) y un gliceraldehdo 3-fosfato
(GAP); teniendo ambas molculas uno de los dos grupos fosfatos originales acoplados por
medio de ATP. S, a primera vista puede parecer un tanto ilgico que se formen un par de
molculas distintas entre ellas si lo que queremos obtener es lo mismo: piruvato. No obstan-
te, entre estas dos molculas existe un equilibrio que siempre est desplazado hacia la for-
macin de GAP dado que este se va gastando para formar el piruvato (unas cuantas reaccio-
nes ms adelante). Ntese que a partir de DHAP no podemos formar piruvato.
En realidad, el equilibrio entre las dos molculas no es algo natural (o espontneo); esa trans-
formacin (o interconversin entre las dos formas) es catalizada por la triosa fosfato isomera-
sa. Por tanto, el producto de la reaccin anterior (DHAP) se transforma, rpida y reversible-
mente en GAP.
DHAP
GAP
Esta reaccin (la transformacin de DHAP en GAP) se expone con mucho detalle en el es-
quema que se expone a continuacin:
Transformacin de DHAP a GAP en la triosa fosfato isomerasa. En amarillo se representa el centro activo de la
triosa fosfato isomerasa con los dos aminocidos que intervienen en la catlisis (este caso en concreto sera una
catlisis cido-base general): histidina 95 (His
95
) y glutamato/glutmico (Glu
165
). Estructuralmente, la enzima
tiene ocho hojas en lo que sera el centro activo y ocho hlices alrededor de estas 8 hojas. La estructura que
se forma es una especie de barril. En primer lugar, el C1 del DHAP forma un doble enlace con C2, quedando
inestable porque hay un hidrgeno que no se puede unir a nada. Este hidrgeno es captado por Glu. De igual
manera, al formarse el doble enlace entre C1 y C2, el doble enlace que mantiene C2 con el oxgeno no se pue-
de mantener, y el oxgeno se estabiliza con la cesin de un hidrgeno por parte de la histidina. Vemos, pues,
que el intermediario que se forma (enediol) es estabilizado por esos dos aminocidos. A continuacin (abajo, a
la derecha) el nitrgeno de la histidina se protona por medio del hidrgeno cedido por el oxgeno unido a C1 y
el doble enlace entre C1 y C2 desaparece al acoplrsele, a C2, el hidrgeno del glutmico. Finalmente se forma
un enlace entre C1 y el oxgeno que mostraba carga negativa y as ya tenemos el GAP as como ambos amino-
cidos del centro activo tal y como estaban en el estado inicial.
Centrmonos de nuevo en el GAP. El glicerolaldehdo 3-fosfato o GAP se oxida (pierde el hi-
drgeno del aldehdo) para dar un compuesto ms oxidado: el 1,3-bifosfoglicerato. Para que
esto ocurra se debe transferir un grupo fosfato as como un NAD
+
captar el poder reductor y
transformarse en NADH + H
+
. Esta reaccin es realizada por la gliceraldehdo 3-fosfato
deshidrogenasa.
En este caso no relataremos paso a paso la reaccin cataltica que se da en la enzima glice-
raldehdo 3-fosfato deshidrogenasa pero mencionaremos que la reaccin se da en dos pasos:
en un primer momento se oxida en grupo aldehdo para formar un grupo hidroxilo en C1
(formndose NADH + H
+
) y luego se aade el fosfato. El intermediario que se forma (en la
enzima) es el tioster, disminuyendo la energa de activacin (y dndose la reaccin).
El paso que sigue a ste es la eliminacin del fosfato que hemos aadido anteriormente, for-
mndose ATP (y con esto obtenemos el primer ATP de provecho de la gluclisis). La reaccin
es catalizada por la fosfogliceratoquinasa y se da entre el 1,3-bifosfoglicerato y, lgicamente,
el 3-fosfoglicerato.
Y ahora ya llegamos a la etapa nal. A partir del 3-fosfoglicerato podemos llegar al piruvato
por medio de unos pasos intermedios (mediados por tres enzimas). En primer lugar se inter-
cambia el fosfato de po<sicin (3-fosfoglicerato a 2-fosfoglicerato) por medio de la fosfoglice-
rato mutasa. Despus eliminamos un agua por medio de la enolasa (dando fosfoenolpiruva-
to) y nalmente la piruvatoquinasa fosforila un ADP gracias al fosfato que eliminamos del
fosfoenolpiruvato (el producto de la reaccin anterior) y se forma el segundo ATP. Recorde-
mos que esto es para una molcula de 3 carbonos inicial (el GAP) pero que por cada glucosa
podemos oxidar dos GAP y por tanto obtener 4 ATP y 2 NADH + H
+
; siendo el balance nal
un total de 2 ATP y 1 NADH + H
+
).
Si recordamos, antes hemos hecho hincapi en si el enzima puede catalizar la reaccin en
ambos sentidos o en uno. Si slo se puede dar en un nico sentido (en el caso de la glucli-
sis, la hexoquinasa, la PFK 1 y la piruvato quinasa) son enzimas importantes o reguladores.
Todos los enzimas que tienen la doble echa pueden actuar tanto en reacciones catablicas
como en reacciones anablicas.
Hasta aqu es lo que denominamos como gluco(glico)lisis. A continuacin veremos dos pro-
cesos que se dan en ausencia de oxgeno para regenerar las molculas aceptoras de electro-
nes (el NAD
+
); la fermentacin alcohlica y la lctica.
FERMENTACIN (alcohlica y lctica)
A partir del piruvato (el producto de la gluclisis) y en ausencia de oxgeno, podemos pro-
ducir etanol por medio de la fermentacin alcohlica y/o lactato gracias a la fermentacin
lctica.
Por lo que a la alcohlica respecta, si recordamos la estructura del etanol veremos que ste
tiene nicamente dos carbonos, mientras que el piruvato presenta tres; por tanto, debe darse
una descarbonizacin (se desprender una molcula de
dixido de carbono). La reaccin es catalizada por dos
enzimas. En un primer momento, la piruvato descarbo-
xilasa se encarga de eliminar un carbono junto a dos
oxgenos del piruvato (los de un extremo), intercambin-
dolo por un tomo de hidrgeno. Pasamos, pues, de pi-
ruvato a acetaldehdo. En segundo y ltimo lugar, la al-
cohol deshidrogenasa se encarga de restaurar el poder
reductor de NADH + H
+
transformndolo en NAD
+
. Por
tanto, pasamos de acetaldehdo al etanol.
La otra fermentacin es la lctica. A diferencia del caso
anterior, tanto el piruvato como el lactato tienen tres ca-
ronos y, por ende, no se precisa una descarboxilacin. El
proceso, pues, es ms sencillo; la lactato deshidrogenasa
regenera el NAD
+
, transformndose el piruvato en lacta-
to. A continuacin se muestra un esquema donde se ob-
serva la reaccin:

Vemos que el objetivo de las fermentaciones es regenerar el poder reductor y mantener el
ATP que ganamos antes (reducimos dos NAD
+
pero al fermentar dos molculas de piruvato
reducimos ambos).
Caso especial de la gluclisis: galactosa y fructosa
Antes hemos comentado que la gluclisis es la oxidacin de la glucosa. No obstante, incor-
poramos otros monosacridos y disacridos por medio de la dieta que si que pueden ser co-
locados en este proceso metablico y as obtener energa. Vamos a centrarnos en la galacto-
sa (monosacrido) y la fructosa (monosacrido) aunque otros disacridos (como la sacarosa y
la lactosa) pueden hidrolizarse e incorporar sus monmeros de igual manera.
Galactosa
Por ejemplo, al tomar leche obtenemos lactosa. La lactosa es un disacrido formado por ga-
lactosa y glucosa (Gal 14 Glc). Por medio de una glucosidasa eliminamos el enlace O-
glucosdico y obtenemos sus monmeros: glucosa y galactosa. La glucosa se incorpora a la
gluclisis de manera normal; el problema vendra con la galactosa. sta debe sufrir una serie
de cambios. La gracia se encuentra en que la galactosa y la glucosa son ismeros, as que
debe actuar una enzima que cambie estructuralmente la galactosa.
El primer paso sera la transformacin de ga-
lactosa a galactosa 1-fosfato por medio de
una galactoquinasa (ya gastamos un ATP). A
continuacin pasamos de galactosa 1-fosfato
a glucosa 1-fosfato. Para realizar esto acta la
galactaso 1-fosfato uridil transferasa (ver dia-
positiva 33 tema 19). Atencin, complejo: la
galactaso 1-fosfato uridil transferasa lo que
hace es, partiendo de una UDP-glucosa,
quedarnos con la glucosa 1-fosfato de la
UDP-glucosa que nos interesa e incorporar el
UMP restante a la galactosa 1-fosfato, que-
dndonos con UDP-galactosa. Los niveles de
UDP-glucosa se restauran gracias a una en-
zima que transforma la UDP-galactosa en
UDO-glucosa: UDP-galactosa 4-epimerasa.
Fructosa
Otro ejemplo sera la ingesta de sacarosa. La sacarosa es un disacrido compuesto por glu-
cosa y fructosa (Fru 2 Glc 1; no tiene poder reductor). La sacarasa rompe el enlace glu-
cosdico, la glucosa se incorpora de forma normal y la fructosa, en cambio, debe pasar por
una serie de procesos para incorporarse. No obstante, a diferencia del caso anterior, las mo-
dicaciones que sufre la fructosa es distinta si se encuentra en el hgado (se incorpora al ni-
vel de las triosas) o si se encuentra en el resto de tejidos (concretamente el adiposo; se in-
corpora en el paso de la fructosa 6-fosfato por medio de la fructoquinasa).
En el caso del hgado, la fructosa se transforma en fructosa 1-fosfato por medio de la fructo-
quinasa, hasta aqu todo parece igual que la va de incorporacin de fructosa a travs de
otros tejidos. No obstante, hemos mencionado que la fructosa se incorpora por las triosas,
cmo? Nada ms tener la fructosa 1-fosfato acta la fructosa 1-fosfato aldolasa (no es la an-
terior, la anterior reconoca la fructosa 1,6-bifosfato) para dar gliceraldehdo y dihidroxiace-
tona fosfato (con el fosfato). Para tener piruvato, pero, necesitamos gliceraldehdo, s, pero
con fosfato; el paso nal es la actuacin de una triosa quinasa: hidrolizamos ATP y fosforila-
mos el gliceraldehdo para dar gliceraldehdo 3-fosfato.
Regulacin de los enzimas glicolticos
Hasta aqu hemos visto el proceso de la gluclisis, de como la clula puede oxidar la gluco-
sa hasta piruvato. En este proceso existen los llamados puntos de control donde hay unos
enzimas que se caracterizan por catalizar la reaccin en un nico sentido y, de ese modo,
controlan la gluclisis. Estos enzimas pueden tambin ser identicados si nos remitimos a
una tabla de variaciones de energa; veremos que esas tres reacciones sern las que tienen la
variacin de energa libre (G)
4
negativa ms pronunciada (Lehninger p. 553)
5
.
Todas las reacciones de la gluclisis (a excepcin de las catalizadas por esos enzimas regu-
ladores) tienen una G prxima a 0. Con esto vemos que sera lo mismo armar que todas
estn muy cercanas al equilibrio. En otras palabras, en funcin de si hay sustrato o producto,
irn hacia un sentido u otro. En cambio, por lo que respecta a estos puntos de control que
antes hemos bautizado, sus G son bastante negativa (Lehninger p. 553. Tabla 14-2):
La primera reaccin es catalizada por la hexoquinasa, la segunda por la PFK1 (fosfofructo-
quinasa) y la tercera por la piruvato quinasa. Estas tres enzimas son, pues, los puntos de con-
trol de la gluclisis. De hecho, el ms importante es la PFK1 y los otros dos contribuyen a
esta regulacin. A continuacin veremos cmo regulan la gluclisis y qu afectan a estos en-
zimas para que ser produzca dicha regulacin.
Estos enzimas son alostricos y se regulan por medio de:
a) Control alostrico: al ser enzimas alostricos tienen un centro alostrico que puede ser
objetivo de diferentes moduladores (recordemos que existen positivos y negativos).
4
A condiciones siolgicas.
5
No confundir con la G que tambin aparece en la misma tabla.
N reaccin Reaccin
G (kJ/mol) G (kJ/mol)
1
Glucosa + ATP glucosa 6-fosfato + ADP
-16,7 -33,4
3
Fructosa 6-fosfato + ATP fructosa 1,6-bifosfato + ADP
-14,2 -22,2
10
Fosfoenolpiruvato + ADP piruvato + ATP
-31,4 -16,7
b) Fosforilacin: en el caso de la hexoquinasa y la PFK1, pueden ser reguladas por medio de
fosforilacin. Eso que implica? Que cuando el enzima est fosforilado o desfosforilado,
estar activado o inhibido.
c) Control transcripcional: se trata del control por medio de la transcripcin del gen (ms
trancripcin implica ms protena = se sintetiza ms enzima).
En el orden en que aparecen (alostrico, fosforilacin y transcripcin) es tambin el orden en
el que estos mecanismos se despliegan; el control alostrico es muy rpido (milisegundos), la
fosforilacin le sigue (segundos/min.) y la transcripcin se encuentra en ltimo lugar (hasta
horas). En el caso de un proceso puntual, es probable que actue un nico mecanismo o a lo
sumoo dos, para procesos ms largos ya actuaran los tres.
Todo lo mencionado, a pesar de que parezca que es inherente a la gluclisis, tambin puede
ser aplicado a otras vas metablicas (la gluclisis no es la nica con puntos de control).
Carga energtica
Antes de comenzar con el proceso de regulacin sera
conveninete mencionar el concepto de carga energtica,
que dene el estado energtico de la clula. El valor de la
carga energtica oscila entre 0 y 1, donde 1 es lo ms car-
gado y 0 es el mnimo. El valor de 1 sera aquel en el que
en la clula nicamente hay ATP (de entre todos los nucletidos de adenina) mientras que el
valor de 0 correspondera cuando todo el ATP ha sido degradado hasta AMP (no hasta ADP).
La frmula para calcular la carga energtica es la que se encuentra justo encima de estas l-
neas. Por lo que respecta al grco que se adjunta a continuacin, se nos indica si la clula
se preocupa por la sntesis de ATP (en verde) o el uso del mismo (magenta) en funcin de la
carga energtica (en el eje de abcisas). Por tanto, si la carga energtica es muy baja, la pro-
duccin de ATP (verde) se encuentra en su valor ms alto. A medida que la carga va aumen-
tando (el nivel de ATP se eleva), disminuye la produccin de ATP y se empieza a gastar. La
carga energtica es, pues, un mecanismo para saber si la clula va hacia la gnesis de ATP o
el gasto de ATP.
ATP
[ ]
+
1
2
ADP
[ ]
ATP
[ ]
+ ADP
[ ]
+ AMP
[ ]
Crrega energtica = [ATP] + ! [ADP]
[ATP] + [ADP] + [AMP]
Punto de inexin 0,85
Veamos un ejemplo (diapositiva 45), tenemos dos casos: un msculo en reposo y otro ms-
culo en actividad.
a) Msculo en reposo: en una condicin donde la carga energtica es elevada encontramos
ms ATP que AMP (rerindonos al cociente). Esto se traduce en una inhibicin de la
PFK1 y de la piruvato quinasa (el ATP, pues, es un modulador alostrico negativo). No obs-
tante, an queda la hexoquinasa. El problema se soluciona con la PFK1; sta, al no con-
vertir la fructosa 6-fosfato en fructosa 1,6-bifosfato hace que haya ms fructosa 6-fosfato
(F6P) en la clula. Esto implica una retroalimentacin negativa de la hexoquinasa (por tan-
to, la glucosa 6-fosfato se acumula y actuara como modulador negativo).
b) Msculo en movimiento: el gasto de energa hacen que la carga energtica disminuya,
aumentando la concentracin de AMP. El AMP acta como modulador positivo para la
PFK1 y eso hace que los niveles de G6P vuelvan a bajar a valores normales, liberando la
hexoquinasa de la inhibicin. De igual manera sucede con la piruvato quinasa, la sntesis
de fructosa 1,6-bifosfato por parte de la PFK1 hace que la piruvato quinasa actue con
normalidad (por tanto, el sustrato de la piruvato quinasa, el fosfoenolpiruvato, sera un
modulador positivo).
Por tanto, he aqu la importancia de estos tres enzimas reguladores.
Todo esto recordemos que se da porque los enzimas reguladores son alostricos y por tanto
tienen dos sitios de unin, uno de elos especializado en la toma de moduladores (centro
alostrico).
La PFK1, sin embargo, a parte de la modulacin por ATP tiene un modulador an ms poten-
te; la fructosa 2,6-bifosfato (no confundir con la fructosa 1,6-bifosfato generada en la glucli-
sis). No obstante esto qu tiene que ver? Para comprenderlo debemos ver de donde viene
esa F-2,6-BP.
Respuesta por parte de la fosfofructoquinasa (PFK1)
a los niveles de ATP en la clula. En esta grca se
enfrenta la velocidad de la reaccin (eje de ordena-
das) y la concentracin de sustraro (fructosa 6-fosfa-
to, eje de abcisas). Lo que se puede ver es que a ni-
veles de ATP altos (msculo en reposo, por ejemplo)
la grca sigue una sigmoide (en las primeras etapas,
pues, hay una menor velocidad) mientras que a nive-
les de ATP bajos la grca sigue la cintica de Mi-
chaelis Menten (hiprbole). Por ello, a niveles bajos
de ATP, la velocidad de reaccin ser ms alta en
comapracin con la que hay a niveles altos sea cual
sea la concentracin de sustrato que escojamos en la
grca.
La presencia de la fructosa 2,6-bifosfato (a partir de ahora F-2,6-BP) estimula la PFK1 mien-
tras que la ausencia de la misma elimina esa estimulacin. Ahora bien, de dnde viene este
metabolito? La F-2,6-BP es producida por un enzima formada por dos enzimas; es lo que se
denomina enzima bifuncional. Esto sucede cuando un enzima puede realizar dos funciones
(tiene actividad de sntesis y degradacin de la F-2,6-BP). Este enzima es la 6-fosfofructoqui-
nasa 2 fructosa 1,6 bifosfatasa 2. A n de abreviar, podemos denominarla PFK2-FBPase2 o,
directamente PFK2
6
.
Una parte del enzima (la parte PFK2) se encarga de fosforilar F6P hasta F-2,6-BP por medio
de la hidrlisis de ATP. Cuando la F-2,6-BP, por tanto, aumenta, sta se une al centro alost-
rico de la PFK1 y la estimula.
La enzima (PFK2-FBPase2) tambin tiene actividad bifosfatasa. Qu implica eso? La bifosfa-
tasa hace la reaccin inversa, es decir, a partir de F-2,6-BP, hidroliza el fosfato en posicin 2
y libera F6P (y por tanto disminuye la concentracin de F-2,6-BP y la PFK1 se inhibe).
Por tanto, vemos que la PFK2-FBPase2 tiene una funcin crucial en el control de la F-2,6-BP
(que a su vez controla la PFK1). Qu es lo que hace que el enzima actue de una manera u
otra? Pues que el enzima est fosforilado o no. Cuando el enzima est desfosforilado la acti-
vidad que predomina es la quinasa y, por ende, hay sntesis de F-2,6-BP. Cuando el enzima
es fosforilado (por medio de la proteina kinasa A = PKA) en su dominio quinasa (PFK2) ste
queda inhibido y el domibio FBPase2 pasa a la accin, iniciando su accin como fosfatasa
(disminuye la concentracin de F-2,6-BP y la PFK1 se inhibe).
6
No hay que confundirla con la PFK1. Mientras que la PFK1 tiene una sla actividad (quinasa) la mal llamada
PFK2 tiene dos.
Control de la PFK2-FBPase2. Por medio de la PKA y la fosfoprotena fosfatasa se regula este enzima bifuncional.
Todo esto debe estar en un marco en el que la clula precise o no de la gluclisis. Por tanto,
jmonos en el control de la PFK2-FBPase2.
a) PKA: la protena quinasa A se activa dependiendo de los niveles de cAMP. Los niveles de
cAMP son controlados por el glucagn. El glucagn es una hormona que nos indica que
falta azcar en sangre; por tanto, el glucagn altera un receptor del glucagn ubicado en
la membrana plasmtica, ste hace aumentar la concentracin de cAMP, ste activa la
PKA y sta fosforila el dominio quinasa (PFK2) para que el dominio fosfasa actue (FBPa-
se2) y disminuya la concentracin de F-2,6-BP, inhibindose la PFK1 y detenindose la
gluclisis (no se consume glucosa). Nota: esto se da en el hgado.
b) Fosfoprotena fosfatasa: (no explicado).
La piruvato quinasa (enzima de la ltima reaccin de la gluclisis) tambin es sensible a
moduladores alostricos. El aumento de la fructosa 1,6-bifosfato (producto de la PFK1) activa
la piruvato quinasa mientras que la alta presencia de ATP lo inhibe. Cmo se cambia la ac-
tividad? De un modo similar a la PFK2-PBPase2: por medio de la fosforilacin. La forma fos-
forilada (por medio de la PKA) corresponde a la forma inhibida mientras que la desfosforila-
da corresponde a la forma activa.
Al igual que ocurre con la PFK1, la piruvato quinasa est intimamente relacionada con los
niveles de glucosa en sangre. A bajos niveles hay glucagn que es detectado por la clula y
se incrementa el cAMP, activando la PKA y fosforilando la piruvato quinasa para que detenga
la formacin de piruvato y ATP. A niveles altos de glucosa (o bajos de ATP) la piruvato quina-
sa se reactiva por medio de fosforilacin.
Control de la piruvato quinasa. Por medio del nivel de glucosa en sangre asociado con el glucagn y la presen-
cia de ATP en la clula. El glucagn recordemos que hace aumentar el cAMP y ste activa la PKA.
Finalmente, nos queda un ltimo enzima regulador por comentar en la gluclisis, la hexo-
quinasa. La hexoquinasa queda inhibida por retroalimentacin negativa, es decir, por un ex-
ceso de producto (G6P). Al contrario que las dos anteriores, la hexoquinasa no puede ser re-
gulada por fosforilacin (la PFK1 directamente tampoco pero es controlada por la F-2,6-BP
que s que es controlada por la PFK2-FBPase2 que depende de la fosforilacin).
Entrada de glucosa en las clulas
Hasta ahora hemos visto procesos metablicos que dependen del nivel de glucosa en sangre
y, por tanto, es importante estudiar el mecanismo que emplea la clula para interiorizar la
glucosa. Las molculas que se encargan de dicha interiorizacin son los transportadores de
glucosa o GLUT, protenas transmembrana de paso mltiple (12 pasos).
Estos transportadores tienen Km (anidad)
que va desde 1 mM hasta 20 mM (en el caso
de las clulas hepticas y clulas del pn-
creas. Si nos jamos en la concentracin de
glucosa en sangre, suele ser en 5 mM. Aho-
ra, pasemos a las Km de los diferentes trans-
portadores de glucosa. En el caso de GLUT1, GLUT3 y GLUT4 captan la glucosa automti-
camente (su Km es igual o inferior a la concentracin de glucosa en sangre). En cambio, ve-
mos que GLUT2 tiene la Km disparada (entre 15 y 20 mM). Esto nos indica que el hgado y
las clulas del pncreas (al nal es rin + hgado) no se preocupan de captar la glucosa,
en todo caso se encargan de transferir glucosa al torrente sanguneo. Llegamos a la conclu-
sin que estas dos clases de clulas son las nicas que pueden sintetizar glucosa.
Se ha visto que en condiciones de hipoxia se ve una serie de enzimas que se induce (hay
ms cantidad de ellos): GLUT 1, GLUT2, hexokinasa, fosfofructoquinasa... es decir, los en-
zimas de la gluclisis. Por tanto, en condiciones de hipoxia (falta de oxgeno) aumentan los
enzimas glicolticos. Esto est ntimamente relacionado con los tumores. Cuando se produce
un tumor hay un crecimiento descontrolado de un tipo de clulas que, al crecer, algunas (y
muchas) de esas clulas no reciben suciente oxgeno. En ese estado de hipoxia las clulas
tumorales aumentan la cantidad de enzimas glicolticos (y aumenta el ATP).
Gluconeognesis
En el organismo la sntesis de glucosa puede producirse o bien en clulas hepticas o bien
en el rin. Para ello se emplea la misma ruta de la gluclisis slo que en sentido invertido.
Eso tambin implica que se emplean los mismo enzimas menos los puntos de control. En los
puntos de control, pues, intervendrn tres enzimas nuevos. De abajo arriba ocurrira lo si-
guiente:
Nombre Tejido Km
GLUT1 Todas las clulas (mamferos) 1 mM
GLUT2
Hgado y clulas pncreas
15 - 20 mM
GLUT3 Todas las clulas (mamferos) 1 mM
GLUT4 C. musculares y adiposas 5 mM
GLUT5 Intestino delgado (Fru) -
Tenemos piruvato que en la gluclisis provena del fosfoenolpiruvato gracias a la accin de
la piruvato quinasa. Ahora, para hacer el proceso contrario, debemos pasar por dos pasos. En
primer lugar actua la piruvato carboxilasa que produce oxalacetato y consume ATP. En se-
gundo lugar la fosfoenol piruvato carboxiquinasa actua para transformar el oxalacetato en
fosfoenolpiruvato.
Los pasos siguientes son exactamente iguales hasta el punto de control de la PFK1. En este
caso la PFK1 es sustituda por la fructosa 1,6-bifosfatasa. Esta enzima, pues, tranforma la
fructosa 1,6-bifosfato en fructosa 6-fosfato. Acto seguido la fosfoglucosa isomerasa (exacta-
mente igual que en la gluclisis) tranformara la F6P en glucosa 6-fosfato y, nalmente, lle-
gamos al ltimo punto de control, el de la hexoquinasa. El papel de la hexoquinasa queda
sustitudo por una glucosa 6-fosfatasa que transforma G6P en glucosa, el producto nal de la
gluconeognesis.
Esto es por lo que respecta a la sntesis de glucosa estndar. No obstate, al igual que po-
damos realizar la gluclisis a partir de disacridos, podemos sintetizar gluclisis por medio
de otras molculas que no sean piruvato. En primer lugar, no podemos sintetizar glucosa a
partir de cidos grasos. No obstante, s que podemos sintetizarla a partir del glicerol, ami-
nocidos y lactato.
El glicerol podra incorporarse a nivel de la dihidroxiacetona fosfato (DHAP) ya que, por me-
dio de dos reacciones enzimticas, dicho glicerol se puede transformar en DHAP. En primer
lugar acta una glicerol quinasa (se consume ATP) y acto seguido una glicerol fosfato deshi-
drogenasa (se forma poder reductor en forma de NADH + H+).
A nivel de oxalacetato, ste se produce en la matriz mitocondrial. Por qu? Porque la piru-
vato carboxilasa se encuentra en la matriz mitocondrial
7
. Acto seguido sale de nuevo al cito-
sol porque tanto gluclisis como gluconeognesis se da en el citosol.
Una cosa muy peculiar es el ltimo enzima de la gluconeognesis: la glucosa 6-fosfatasa,
que se encarga de transformar la glucosa 6-fosfato en glucosa. Este enzima se encuentra en
la membrana del retculo endoplasmtico y se precisa de 5 protenas diferentes (entre trans-
7
No obstante, el oxalacetato sufre una transformacin a malato en la matriz mitocondrial a n de ser transpor-
tado al citosol y una vez fuera se revierte el proceso y se vuelve a oxalacetato.
Transformacin del glicerol en dihidroxiacetona fosfato. En primer lugar, la glicerol quinasa fosforila el C3 y
acto seguido la glicerol fosfatodeshidrogenasa tranferira dos hidrgenos al NAD+ para obtener dihidroxiacetona
fosfato.
portadores y catalizadores). Por tanto, la G6P debe interiorizarse en el retculo endoplasm-
tico por medio de un transportador (T1 en la imagen) y despus ser tranformado en glucosa y
fosfato por medio de la glucosa 6-fosfatasa. El transporte posterior es realizado por T2 y T3
(en la imagen).
Ubicacin de la glucosa 6-fosfatasa. El presente diagrama nos indica que el sustrato de la glucosa 6-fosfatasa (la
glucosa 6-fosfato) debe entrar en el retculo gracias a T1 y despus los productos (glucosa y fosfato) salen por
T2 y T3 respectivamente. Ntese que la glucosa 6-fosfatasa no tiene contacto alguno con el citosol.
Diagrama de la gluclisis y la gluco-
neognesis. A la izquierda (en azul)
aparece la gluclisis con sus tres pun-
tos de control (hexoquinasa, PFK1 y
piruvato quinasa). Tambin aparecen
los diferentes moduladores alostricos
(positivos y negativos). Si nos jamos
en la PFK1, requiere de AMP (y por
tanto ATP bajo), la presencia de fructo-
sa 2,6-bifosfato (por tanto, vemos que
la PFK2-FBPase2 est desfosforilada)
as como otras molculas (citrato y
protones). De igual manera ocurre con
la gluconeognesis (a la derecha y en
naranja). La lgica es siempre la pro-
duccin o no de ATP en funcin de sus
niveles en la clula.
Ciclos ftiles
Los ciclos ftiles o ciclos de sustrato son, como su nombre
indica, ciclos de generacin tanto de producto como de sus-
trato. Se suelen representar de la forma que se expone a la
derecha de estas lneas y en violeta se indica la velocidad de
formacin tanto de A como de B, siendo el ujo neto la dife-
rencia entre ambas velocidades. Los ciclos ftiles se dan en
los puntos de control de las reacciones enzimticas.
Un cambio pequeo en la velocidad de reaccin directa (de
A a B) har que el ujo se vea alterado considerablemente (se
observa que un cambio en el sentido directo tambin implica un cambio en el sentido intdi-
recto; de B a A).
Nota: es importante jarse en la diapositiva 66 y ver todas estas reacciones en su contexto.
Recordemos que nicamente podemos formar glucosa en el hgado y en rin (observemos
tambin la anidad de sus transportadores GLUT).
VA DE LAS PENTOSAS FOSFATO
Introduccin
La va de las pentosas fosfato tambin puede ser denominada como va de las hexosas mono-
fosfato, del fosfogluconato o de la desviacin de las hexosas. Cualquiera de estos nombres
hace referencia a componentes de esta va. Por tanto, como observamos, lo que vamos a ob-
tener en esta va son pentosas fosfato. Las pentosas son importantes para los nucletidos as
como para una molcula crucial en el metabolismo, el NADPH.
El NADPH es un dinucletido reductor que participa en la sntesis de cidos grasos, del co-
lesterol, de neurotransmisores y de nucletidos. Tambin tiene una importancia considerable
en procesos de detoxicacin
8
y la reduccin del glutation oxidado. Todas las clulas pue-
den hacer la ruta de las pentosas y todas las enzimas se encuentran en el citoplasma.
La ruta (fase 1 y 2)
La ruta de las pentosas fosfato se divide en dos fases principales. En la primera fase, o fase
oxidativa, es donde vamos a generar el NADPH y las pentosas fosfato. En la segunda fase, o
fase no oxidativa, convertiremos esas pentosas fosfato en intermediarios de la gluclisis, co-
mo son la fructosa 6-fosfato (F6P) y el gliceraldehdo 3-fosfato (GAP).
El primer sustrato de esta va es la glucosa 6-fosfato. Si recordamos, este sustrato es el pro-
ducto del primer enzima de la gluclisis, la hexoquinasa. Esto ya es un claro indicio de la
relacin existente entre estas dos vas. Por tanto, asumimos que una concentracin elevada
de G6P puede hacer que en lugar de que sta siga la ruta de la gluclisis se decante por la
va de las pentosas fosfato. Tambin debemos recalcar que los productos de esta va (tal y
como veremos en la fase no oxidativa) son la F6P y el GAP, ambos sustratos de algunos en-
zimas de la gluclisis en etapas avanzadas. Por tanto, en funcin de la situacin metablica-
se optar por seguir la gluclisis convencional o emplear tambin esta va aadida.
Ms adelante se discutir la utilidad de esta va con ejemplo concretos. Antes, pero, se des-
cribir la serie de reacciones que se da.
Fase oxidativa (primera fase)
En primer lugar tenemos G6P que es transformado en 6-fosfoglucono--lactona mediante la
accin del enzima glucosa 6-fosfato deshidrogenasa. Cabe aadir que es aqu donde se for-
ma el primer NADPH as como tambin el carbono anomrico pierde su esteroisomera for-
mando un doble enlace con uno de sus tomos de oxgeno constituyentes ( se forma un gru-
po cetona).
8
Eliminacin de frmacos. Una manera de hacerlo es reducindolos.
El ster cclico formado (la lactona) es hidrolizada por la accin de una lactonasa dando 6-
fosfogluconato. A continuacin entra la 6-fosfogluconato deshidrogenasa para formar el se-
gundo NADPH y la ribulosa 5-fosfato desprendindose dixido de carbono. El dixido de
carbono es desprendido demostrando as que pasamos de una molcula de 6 carbonos
(G6P) a una de 5 carbonos (ribulosa 5-fosfato). Cmo lo hemos hecho? Mediante una oxi-
dacin: en primer lugar hemos pasado de carbono con grupo hidroxilo a un carbonilo, a
continuacin se ha formado un grupo carboxilo y nalmente llegamos al CO2.
La glucosa 6-fosfato deshidrogenasa es el primer enzima de esta va metablica y, por tanto,
es la que se encarga de traer la G6P procedente de la gluclisis. Se trata del principal regu-
lador de esta va. Cmo se regula? Depende principalmente de los niveles de NADP; cuan-
do los niveles de NADP son elevados entonces los de NADPH estn bajos y, por ende, se
tendir hacia la va de las pentosas.
Respecto a la ribulosa 5-fosfato, antes hemos mencionado que la va de las pentosas fosfato
es importante para la sntesis de nucletidos. No obstante, stos se encuentran compuestos
por ribosa y no por ribulosa. Debe actuar, pues, una isomerasa. En nuestro caso, se trata de
una fosfopentosa isomerasa.
Primera etapa de la ruta de las pentosas fosfato. Es importante que nos jemos en el proceso de oxidacin de la
molcula. En primer lugar se observa el C1 con el grupo hidroxilo acoplado. A continuacin la glucosa 6-fosfato
deshidrogenasa hace que dicho carbono anomrico se convierta en carbonilo (sera ahora un grupo cetona).
Finalmente, se convierte en grupo carboxilo (COO) para despus ser desprendido en forma de CO2.
Error
La ribulosa 5-fosfato tambin puede ser traformada en otros productos, tales como la xilulosa
5-fosfato (un epmero) gracias a la accin de una fosfopentosa epimerasa y la ribulosa 1,5-bi-
fosfato gracias a una fosforibulosa quinasa. Todas estas reacciones estn en equilibrio y se
tendir hacia un sentido u otro en funcin de las concentraciones (obsrvese la imagen de la
pgina anterior).
Fase no oxidativa (segunda fase)
En esta fase veremos que actuan unas transcetolasas y transaldolasas que se encargaran de
intercanviar grupos entre molculas y as obtener los productos nales.
En primer lugar y a partir de una xilulosa 5-fosfato y una ribosas 5-fosfato se pasa a gliceral-
dehdo 3-fosfato y sedoheptulosa 7-fosfato por medio de una transcetolasa. Los grupos trans-
feridos pueden ser observados en el diagrama inferior. Cabe destacar que en un principio
comenzamos con un total de 10 carbonos (5+5) y que nalmente, aunque en distinta pro-
porcin, tambin acabamos con 10 carbonos (3+7).
Los productos originados en la reaccin anterior combinan entre s para dar otra combinato-
ria de 10 carbonos: fructosa 6-fosfato (uno de los productos que deseamos) y la eritrosa 4-
fosfato (obtenemos ahora 6+4). El enzima responsable es una transaldolasa. Respecto a la
eritrosa, reaccionar con otra molcula de xilulosa 5-fosfato y, gracias a la transcetolasa, se
forma fructosa 6-fosfato y gliceraldehdo 3-fosfato. As obtenemos todos los productos que
deseamos.
Globalmente, a partir de 3 molculas de ribulosa 5-fosfato generadas en la fase oxidativa ob-
tenemos un total de dos molculas de fructosa 6-fosfato y una de GAP. Reiteremos que esto
est en equilibrio. Esto qu implica? Que dependiendo de las necesidades de unos interme-
diarios o de otros nos iremos hacia un lado u otro. Otra manera de ver que estas reacciones
estn en equilibrio es viendo G; es prxima a 0 (depende de las concentraciones).
Nota: la reaccin desde ribosa 5-fosfato a G6P no existe usando NADPH
Usos de la ruta de las pentosas
Los cometidos de la ruta de las pentosas son:
a) Generacin de NADPH: esencial para biosntesis
b) Generacin de ribosas: en funcin de los niveles de ribosa(mirar ejemplos):
Modo 1: situacin en la que no precisamos NADPH y, por tanto, la primera reaccin de la
va de las pentosas fosfato no se producir (el propio NADPH inhibe la accin de la glucosa
6-fosfato deshidrogenasa). La fase oxidativa de la va de las pentosas, pues, no se realiza. No
obstante, precisamos de ribosa 5-fosfato; cmo la obtenemos? En este caso lo que se em-
plea es la va de la gluclisis hasta que se forma (1) fructosa 6-fosfato y (2) GAP. Se producir
la fase no oxidativa de la va de las pentosas (recordemos que las reacciones suceden en
ambas reacciones). Por tanto, a partir de dos molculas de F6P y una de GAP obtendremos
tres ribosas 5-fosfato.
Modo 2: en esta situacin precisamos de NADPH (poder reductor) y ribosa 5-fosfato. La ruta
que se activa es la fase oxidativa a partir de G6P.
Modo 3: se precisa poder reductor en forma de NADPH y no necesitamos ribosa 5-fosfato.
En esta situacin lo que realizamos es un bucle; es decir, a partir de G6P formamos 2
NADPH y ribulosa 5-fosfato, de sta pasamos a ribosa 5-fofato y sta ltima, al no necesi-
tarla, se transforma en F6P o GAP para que se retorne a la gluclisis y volver a generar G6P
que podr ser tranformado de nuevo en ribulosa 5-fosfato y as generar 2 NADPH nuevos.
En este caso, adems, se activa la ruta de la gluconeognesis y, por tanto, nicamente puede
darse en el hgado y en el rin.
Modo 4: necesitamos poder reductor en forma de NADPH y energa en forma de ATP. En
primer lugar funcionara la ruta oxidativa: a partir de G6P se formara ribulosa 5-fosfato con
la consiguiente ganancia de 2 NADPH. La ribosa 5-fosfato generada a partir de la ribulosa 5-
fosfato, al no ser necesitada, vuelve a los intermediarios de la gluclisis y tambin se tran-
forma en GAP mediante la ruta no oxidativa. No obstante sta, (y he aqu la diferencia res-
pecto al modo 3) se tranforma en F6P y sigue la ruta glucoltica hasta formar GAP (y unirse
con el formado gracias a la ruta no oxidativa) para formar piruvato con la obtencin de 2
molculas de ATP:
Gracias a esta ruta, pues, la clula tiene la posibilidad de adaptarse a sus necesidades. Todo
esto se puede realizar gracias a que las reacciones de la va de las pentosas estn en equili-
brio y, por tanto, depende de las concentraciones de sustrato y producto.
Hay algunos tejidos especialmente sensibles a la ruta de las pentosas: la glndula adrenal, el
hgado, los testculos, los glbulos rojos...
El caso de los glbulos rojos es bastante particular. En su caso (y a diferencia de los posibles
usos biosintticos que tiene), la ruta de las pentosas se encarga de mantener reducida una
molcula denominada glutatin. El glutatin es un tripptido formado por -glutamato, cis-
tena y glicina unidos por enlace peptdico.
En su forma oxidada, el grupo tiol del glutatin pierde el hidrgeno y as puede formar un
enlace disulfuro con otra molcula de glutatin. El glutatin se encarga de vigilar la hemo-
globina y evitar que se oxide (la reduce). Si el glutatin no se mantiene reducido entonces se
forman corpsculos de Heinz (agregados de hemoglobina oxidada). Esto se produce debido
a que hay un fallo en la ruta de las pentosas (no se forma NADPH). Y qu tiene que ver?
Que el glutatin precisa de NADPH para volver a reducirse y as poder seguir vigilando la
hemoglobina.
Por tanto, si la ruta de las pentosas de un eritrocito no funciona correctamente, no se forma
NADPH y si ste no se forma entonces el glutation permanece en su forma oxidada. Al no
haber glutatin reducido la hemoglobina se va oxidando y se forman los corpsculo de He-
inz (y no es funcional). Esto tambin hace que el individuo sea ms propenso a la hemolisis
(rotura de los eritrocitos) provocando anemia. Por tanto, sera un caso de anemia asociada a
un defecto en la va de las pentosas.
CICLO DE KREBS
Introduccin
El ciclo de Krebs tambin puede ser denominado con otros dos nombres distintos: ciclo de
los cidos tricarboxlicos o ciclo del cido ctrico. El nombre de Krebs proviene del investi-
gador que ms aport al descubrimiento de este proceso metablico, cidos tricarboxlicos
porque algunos de sus intermediarios tienen tres grupos carboxilo y del cido ctrico porque
se forma dicho compuesto durante el ciclo.
Este ciclo ocupa una posicin central del catabolismo. Si observamos una panormica de
las reacciones catablicas que acaecen en nuestro organismo, veremos que tanto la oxida-
cin de grasas, azcares y protenas convergen en la formacin de acetil-CoA, la molcula
esencial para el inicio del ciclo de Krebs.
Como vemos en la ilustracin superior, el CoA es un complejo enorme, todo lo contrario a lo
que podra suscitar la representacin que se observa en la esquina inferior izquierda de la
imagen. Tanto la formacin del acetil-CoA como el ciclo de Krebs entero se da en el interior
de la mitocondria (matriz mitocondrial). Para acabar con esta introduccin, si echamos un
vistazo al balance nal, obtenemos dos molculas de dixido de carbono (que provienen del
acetil), tres molculas de NADH, una de FADH
2
y un GTP. Obtenemos, pues, un total de
cuatro molculas con poder reductor a la que cada una de ellas le corresponden dos elec-
trones (aproximadamente); es por eso que generalmente se dice que en el ciclo de Krebs se
forman GTP y 8 electrones (esto es importante para la fosforilacin oxidativa que veremos
ms adelante).
Coenzima A (CoA). Un grupo hidroxilo del cido pantotnico se une a una porcin de ADP modicado a travs
de un enlace ster fosfato, y su grupo carboxilo se une mediante un enlace amida a la -mercaptoetilamina. El
grupo hidroxilo en la posicin 3 de la porcin ADP tiene un grupo fosforilo que no est presente en el ADP li-
bre. El grupo -SH de la porcin mercaptoetilamina forma un tioster con el acetato en el acetil-coenzima A (par-
te inferior izquierda).
Preludio: paso de piruvato a acetil CoA
Si nos remontamos a la gluclisis, el producto nal es una molcula de piruvato (en realidad
dos por cada azcar de 6 carbonos). Como hemos armado antes, el ciclo de Krebs (y, por
ende, el paso de piruvato a acetil-CoA) se da en la matriz mitocondrial. Por ello, el piruvato
debe pasar al interior de la mitocondria por medio de un transportador
9
. Una vez dentro, el
piruvato pasar a acetil CoA por medio del complejo de la piruvato deshidrogenasa.
A grandes rasgos, lo que sucede es lo que se muestra en el diagrama que se muestra a conti-
nuacin. El piruvato es una molcula con tres carbonos y el acetil CoA tiene dos: debe per-
der un tomo de carbono en forma de CO2. Por tanto, en primer lugar se dar una descar-
boxilacin (y se quedar con una carga negativa), despus se oxidar perdiendo dos electro-
nes y se quedar con carga positiva y, namente, se le transferir el coenzima A para obtener
acetil CoA.
Todas estas reacciones se dan en el ya mencionado complejo de la piruvato deshidrogenasa.
Este complejo est formado por un total de tres enzimas conjugadas, cada una con su res-
pectivo grupo prosttico que le permite realizar la reaccin.
Este complejo es bastante grande, con muchas cadenas peptdicas. De hecho, lo es tanto que
se puede incluso ver en el microscopio electrnico. Es importante jarnos en el grupo pros-
ttico de estos enzimas dado que su funcin es crucial en las reacciones que le permiten a la
clula transformar el piruvato en acetil CoA. El primero de todos es el TPP o pirofosfato de
tiamina e interviene en procesos de descarboxilacin oxidativa; es decir, que un complejo se
descarboxila (pierde carbonos) porque se oxida. Asociado al enzima E2 encontramos la lipo-
amida, que es la amida del cido lipoico; se encarga de la transferencia de grupos acetilo.
Finalmente encontramos el FAD, un dinucletido que interviene en reacciones de oxidacin-
reduccin.
9
Un transportador es un complejo que deja pasar selectivamente algunas molculas. Es importante aclarar este
punto para dejar constancia de que el piruvato no pasa por difusin.
Complejo de la piruvato deshidrogenasa Complejo de la piruvato deshidrogenasa Complejo de la piruvato deshidrogenasa Complejo de la piruvato deshidrogenasa Complejo de la piruvato deshidrogenasa
Enzima Abrv. N cadenas G. prosttico Reaccin que cataliza
Piruvato deshidrogenasa E1 24 TPP Descarboxilacin oxidativa del piruvato
Dihidroxipoil transacetilasa E2 24 Lipoamida Transferencia del grupo acetilo al CoA
Dihidroxipoil deshidrogenasa E3 12 FAD Regeneracin de la forma oxidada de la
lipoamida
Pirofosfato de tiamina (TPP, izquierda) y cido lipoico (derecha). El pirofosfato de tiamina tambin puede ser
denominado vitamina B1. Por lo que respecta al cido lipoico, en el caso de la lipoamida tiene un NH2 en lu-
gar de un grupo hidroxilo. Tambin destacar que en su anillo de cinco tomos, dos de ellos son tomos de azu-
fre formando un puente disulfuro; en este caso es la forma oxidada y en la forma reducida nos encontraramos
con dos grupos tiol/sulfhidrilo (-SH) sin reaccionar.
Complejo de la piruvato deshidrogenasa (PDH). Arriba a la izquierda puede observarse el PDH: en amarillo
sera el enzima E1, en rosa el E2 y en verde el E3. Si ampliamos la seccin rosa (E2) ubicada en el interior, ve-
remos que se han agrupado en 8 trimeros: hay un total de 24 subunidades. Si ampliamos una de estas subuni-
dades, veremos que existen tres dominios: un dominio que se encarga de unirse a la lipoamida (en la parte su-
perior), otro en el que se toma contacto con el enzima E3 (centro) y luego el dominio que cataliza la reaccin
(recordemos que es una transacetilasa; abajo). El primer dominio citado, si nos jamos, tiene la lipoamida que
emerge como si de un apndice se tratara; esto ser crucial como veremos ms adelante.
La saga de reacciones que se produce en el complejo de la piruvato deshidrogenasa (PDH)
ser representado en el esquema de crculo que se adjunta a continuacin (en primer lugar
se hace un paso a paso y despus se mostrar la ilustracin aclaratoria).
1. En primer lugar disponemos de la PDH en estado normal, la lipoamida se encuentra oxi-
dada (con su puente disufuro formado) y el TPP y el FAD se encuentran en condiciones
normales. Una vez entra el piruvato, ste se une al TPP por medio de un enlace covalente.
El complejo que se une, pero, tiene de dos carbonos: se ha producido antes el desprendi-
miento de un dixido de carbono. Esta reaccin es catalizada por el enzima E1.
2. En segundo lugar, el apndice de lipoamida de uno de los dominios de E2 salta (cambio
de conformacin) hasta E1 para interaccionar con el TPP y el grupo acoplado.
3. El hidroxietil (el grupo acoplado por enlace covalente al TPP) se une al anillo de cinco
carbonos de la lipoamida una vez el puente disulfuro se rompe al reducirse. Realizado
esto, la lipoamida cambia de nuevo su conformacin.
4. En este paso el enlace entre el tomo de azufre y el hidroxietil se hidroliza al transferirse a
un coenzima A.
5. Finalmente lo que falta es la regeneracin del puente disulfuro, para ello una molcula
debe reducirse (FAD, ubicada en E3) y as el anillo de cinco tomos de la lipiamida se
oxide y se forme de nuevo el puente disulfuro. A continuacin el FADH2 recin formado
se oxida reduciendo una molcula de NAD+.
La reaccin que se da en el complejo de la piruvato deshidrogenasa es una reaccin irrever-
sible. Eso qu implica? Que a partir de acetil-CoA no se puede formar piruvato y, por ende,
no podremos retornar hasta la glucosa inicial (en el caso de la gluclisis).
Entrada del acetil-CoA en el ciclo de Krebs
En primer lugar, el oxalacetato (molcula de 4 carbonos) reacciona con el acetil CoA para
dar citril-CoA; acto seguido se hidroliza en enlace entre el citril y el CoA para llegar hasta el
citrato. Esta reaccin es catalizada por la citrato sintasa
10
.
El siguiente paso es el paso de citrato a isocitrato (un ismero del citrato). Para ello interviene
un enzima denominado aconitasa. En primer lugar se forma un doble enlace mediante una
deshidrogenizacin (prdida de agua) para llegar a la forma cis-aconitato y despus se incor-
pora una molcula de agua de tal manera que el grupo hidroxilo pasa de estar en posicin 3
a posicin dos.
10
Recordemos que muchos de los enzimas que nos encontraremos en las vas metablicas son enzimas alost-
ricos/sigmoideos. En este caso, la citrato sintasa adquiere una conformacin un tanto ms cerrada cuando se le
une el oxalacetato (diapositiva 14 tema 23).
Reacciones del complejo piruvato deshidrogenasa. Arriba (en el centro) el enzima (reprsentado por una esfera
amarilla, una verde y dos rojas) est sin modicar y preparado para un ciclo cataltico. (1) El piruvato es des-
carboxilado para formar hidroxietil-TPP. (2) La rama hidrixipoilo de E2 se sita en el centro activo de E1. (3) E1
cataliza la transferencia del grupo de dos carbonos al grupo dihidroxipoilo para formar el complejo acetil-dihi-
droxipoilo. (4) E2 cataliza la transferencia del residuo acetilo al CoA para formar el producto acetil-CoA. Enton-
ces la rama disulfhidril-lipoilo se desplaza hasta el centro activo de E2. E3 cataliza (5) la oxidacindel cido
dihidrilipoico y (6) la transferencia de protones y electrones al NAD+ completa el ciclo de reaccin.
Respecto al estructura del enzima en s, la aconitasa es un enzima algo peculiar. Se trata de
una ferro-sulfo-protena o protena con hierro no hemo, que contiene cuatro tomos de hie-
rro sin que formen parte de un grupo hemo. Los cuatro tomos de hierro constituyen un
complejo con cuatro sulfuros inorgnicos y tres tomos de azufre de cistenas, dejando un
tomo de hierro disponible para la unin con el citrato y luego con el isocitrato mediante sus
grupos carboxilo e hidroxilo. Este nucleo de hierro, juntamente con otros grupos del enzima,
facilita las reacciones de deshidratacin y rehidratacin del sustrato enlazado.
A continuaci toca el paso de isocitrato a -cetoglutarato pasando por el oxalosucinato. Du-
rante este proceso se va a generar el primer NADH y el primer dixido de carbono. Por tan-
to, pasaremos de una molcula de 6 carbonos (isocitrato) a una de cinco carbonos (-ceto-
glutarato.
Unin del citrato al complejo hierro-azufre de la aconitasa. El complejo hierro-azufre es un componente del
centro activo de la aconitasa. Ntese que uno de los timos de hierro del complejo se une a los grupos carboxi-
lato e hidroxilo del citrato.
C2 se oxida, pierde dos H que van a un
NAD y se une al O restante del hidroxi-
lo por medio de un doble enlace
El protn entrante hace que
se desprenda el COO en
forma de CO2
El enzima que se encarga de llevar a cabo esa reaccin es la isocitrato deshidrogenasa. Pro-
ducido esto, en la siguiente reaccin se forma el siguiente NADH y el ltimo CO2. Para ello
se forma succinil CoA (se vuelve a unir el CoA) y, como es lgico, esta molcula tendr un
carbono menos (4). Dicha reaccin es catalizada por la -cetoglutarato deshidrogenasa.
El enlace formado entre el C1 del succinil y el CoA es rico en energa (en verde). Dicha
energa, al liberarse por medio de hidrlisis, ser destinada a la formacin de un GTP a partir
de GDP y un grupo fosfato. La reaccin que se encarga de transformar el succinil CoA en
succinato (rompe, pues, el enlace) es la succinil CoA sintetasa.
Se acopla, pues, la reaccin de fosforilacin de GDP con la hidrolizacin del enlace entre
C1 y el coenzima A. El resultado, a parte del desprendimiento de CoA y la formacin de
GTP, es la formacin de un grupo carboxilo.
Si hablamos de la succinil CoA sintetasa con mayor profundidad, lo primero a lo que nos
debemos referir es que tiene dos subunidades principales; una subunidad y otra (es un
dmero). El lugar donde se une el CoA es la subunidad (en azul en la imagen de la pgina
siguiente). Por lo que respecta a la subunidad , hay la denominada garra de GTP (en la
imagen aparece ATP pero es un error). Finalmente, jmonos que hay una histidina (His) en
la subunidad que interacciona con el fosfato que va a ser transferido al GDP ubicado en la
subunidad .
Ahora que tenemos una molcula de cuatro carbonos (succinato) parece que falta poco para
terminar el ciclo y regenerarlo (llegar de nuevo a oxalacetato) para que as se puede insertar
otra molcula de acetil-CoA. Para ello, deben intervenir un total de tres enzimas. En primer
lugar actua la succinato deshidrogenasa, formndose fumarato y el primero y ltimo FADH2.
A esta reaccin le sigue la actuacin de la fumarasa, que introduce una molcula de agua
para romper el doble enlace y formar malato. Finalmente, se vuelve al inicio del ciclo me-
diante la actuacin de la malato deshidrogenasa, que devuelve el malato a oxalacetato for-
mando el ltimo NADH.
Como curiosidad, mencionar que, como ya hemos dicho, el paso de fumarato a malato pre-
cisa de la adicin de una molcula de agua. Esta molcula de agua entra en una posicin
determinada y no otra, generndose siempre L-malato (pasamos de trans-fumarato) a L-ma-
lato sin que nunca se forme D-malato). Este tipo de reacciones son estereoespeccas (mirar
diapositiva 22).
Succinil CoA sintetasa. Subunidad (derecha) y (izquierda).
Serie de reacciones desde succinato hasta oxalacetato. Se observa que el paso de succinato a fumarato es una
oxidacin dado que se forma un doble enlace que no exista en el succinato. La hidrlisis de ese doble enlace
para formar uno simple se produce gracias a la adicin de una molcula de agua dirigida por la fumarasa.
Succinato
deshidrogenasa
Malato deshidrogenasa Fumarasa
Globalmente, todas las reacciones que hemos visto en este apartado estn en equilibrio. Si
observamos la diapositiva 24 veremos que hay dos reacciones peculiares. La primera de to-
das (la catalizada por la citrato sintasa) es muy negativa (G = -31,4 kJ/mol) y por ello se
indica como unidireccional (en sentido directo). La ltima reaccin de todas (en la que se
pasa de L-malato a oxalacetato) tiene una G muy positiva (29,7 kJ/mol). Termodincamen-
te parecera que esta reaccin no se produce, no obstante, no estamos hablando de la dife-
rencia de energa libre real si no la que se produce en condiciones estndar, con unas con-
centraciones especcas. Realmente, en el organismo, la concentracin de oxalacetato es
muy baja en comparacin con la L-malato es muy baja, haciendo que la reaccin est des-
plazada hacia la formacin de oxalacetato (y ste se consume al interaccionar con el acetil
CoA).
La reaccin global del ciclo de Krebs es la siguiente:
Y el ciclo de Krebs entero con todas las molculas:
Acetil CoA + 3NAD
+
+ FAD+ GDP + P
i
+ 2H
2
O 2CO
2
+ 3NADH + FADH
2
+ GTP + 2H
+
+ CoA
Puntos de control de ciclo de Krebs
El ciclo de Krebs es un punto en el que convergen otras muchas
reacciones. En primer lugar nos encontramos con la gluclisis: a
partir de glucosa llegamos a piruvato y ste es transformado en
acetil-CoA por medio del complejo de la piruvato deshidrogenasa
(PDH). A partir de este acetil-CoA conseguimos poder reductor (3
NADH y un FADH) y energa en forma de GTP adems de dos mo-
lculas de dixido de carbono. El proceso inverso a partir del piru-
vato tambin existe, es lo que denominamos gluconeognesis o
sntesis de glcidos. No obstante, una vez el piruvato pasa por el
PDH y se convierte en acetil-CoA, el proceso es irreversible. Por
tanto, esta reaccin, la catalizada por el PDH, es una reaccin
irreversible.
Otra va de entrada al Ciclo de Krebs es por medio de los
lpidos, la an no explicada -oxidacin. Este proceso, al contrario
que el catalizado por el PDH, es reversible y es por eso que deci-
mos que a partir de glcidos podemos sintetizar cidos grasos pero
que no al revs (mirar la ilustracin de la derecha). El acetil-CoA,
pues, se trata de un precursos de lpidos pero no de glucosa.
Si recordamos el papel de las reacciones irreversibles en la gluclisis (como la reac-
cin catalizada por la hexoquinasa, la PFK1 y la piruvato quinasa), stas eran los denomina-
dos puntos de control. Por tanto, no sera raro armar que ahora este PDH tambin se trata
de un punto de control. El complejo de la piruvato deshidrogena se trata de un enzima alos-
trico que se puede encontrar en dos conformaciones, una actina y una inactiva y como en-
zima sigmoideo que es, su funcionalidad puede verse afectada por moduladores positivos y
negativos. Echemos un vistazo a los diferentes moduladores.
En primer lugar, en la imagen superior vemos a mano izquierda la conformacin inactiva y a
la mano derecha la activa del PDH. El mecanismo que controla este cambio de conforma-
cin es uno de los clsicos que vimos con anterioridad: la fosforilacin. En este caso, la fos-
forilacin se produce, por medio de una quinasa en el E1 del PDH, el encargado de realizar
Acetyl-CoA
Pyruvate
la descarboxilacin oxidativa del piruvato. La reaccin inversa est mediada por una fosfata-
sa que depende directamente del calcio (el calcio es, pues, el modulador positivo de la reac-
cin de desfosforilacin). A parte de este calcio del que depende esta fosfatasa, el resto de
moduladores, tanto positivos como negativos, de la reaccin pueden deducirse facilmente.
Para ello debemos mirar globalmente: el PDH cataliza la reaccin que hace que el piruvato
se transforme en acetil-CoA; durante este proceso se forma dixido de carbono (el cual igno-
raremos), poder reductor en forma de NADH + H+ y, logicamente, acetil-CoA. Por tanto, las
relaciones entre reactivo y producto (aunque no sea lo ms ortodoxo) son as:
1. NADH: una gran cantidad de NADH ser un modulador positivo de la reaccin de desac-
tivacin de la PDH catalizada por la quinasa as como tambin ser un modulador de la
reaccin global que tranforma piruvato en acetil-CoA.
2. NAD+: una gran cantidad de NAD+ ser un modulador negativo de la reaccin catalizada
por la quinasa. A la clula le interesa formar poder reductor y, por ende, sintetizar acetil-
CoA.
3. Acetil-CoA: la presencia de acetil-CoA indica que hay demasiado producto; ser un mo-
dulador positivo de la quinasa y negativo de la reaccin global.
4. CoA: la presencia de CoA, al igual que de NAD+, ser inhibidor negativo de la quinasa.
5. ADP: una baja concentracin de ADP indica que hace falta energa: es un modulador ne-
gativo de la quinasa, favoreciendo la activacin del PDH y activndose el Ciclo de Krebs
en general.
6. ATP: un exceso de ATP nos indica que no hace falta ms energa, puede desactivarse el
PDH (si hay ms ATP hay ms probabilidad de que la quinasa inhiba el PDH).
Por tanto, en general, los moduladores de este centro de control seran el ATP, el acetil CoA y
el NADH (negativos).
Existen otros dos centros de control en el Ciclo de Krebs: la isocitrato deshidrogenasa
y la -cetoglutarato deshidrogenasa. En estos dos puntos se forman los dos primeros NADH
del ciclo. En el primer caso, el ATP y el NADH seran moduladores negativos mientras que el
ADP sera positivo. En el segundo, el ATP, el succinil CoA (el producto) y el NADH seran
moduladores negativos.
NADH
NAD
+

Acetil CoA
CoA
ATP
ADP
No pertenece directamente
a la reaccin catalizada por
el PDH.
Exceso de nutrientes
En el caso de exceso de nutrientes en el ciclo de Krebs, stos pueden ser empleados para la
formacin de otros compuestos; se tratan de precursores biosintticos. Por tanto, otra de las
funciones del ciclo de Krebs es la formacin de molculas importantes para la vida en el ca-
so de un exceso de alguno de los componentes del ciclo.
Curiosidad: venenos
Si recordamos, un paso previo al ciclo de Krebs es el paso de piruvato a acetil-coA gracias al
complejo de la piruvato deshidrogenasa. Este complejo est formado por un total de tres en-
zimas, cada uno de ellos con un grupo prosttico. Defectos y/o alteraciones en stos pueden
conllevar gran cantidad de problemas.
Beri-beri
11
: producido por un dcit de tiamina (o vitamina B1). La tiamina es el precursor
del pirofosfato de tiamina (TPP), el grupo prosttico de E1 del PDH.
Envenenamiento por arsnico: debemos recordar que el grupo prosttico de E2 es una lipo-
amida, que en su forma reducida tena un grupo tiol en su anillo de cinco tomos. Este grupo
prosttico es diana del arseniato y del mercurio, reaccionando con ellos formando quelatos.
11
Enfermedad ocasionada por una carencia de la vitamina B1 o tiamina. Deriva en problemas neurolgicos,
epidrmicos y cardiovasculares. Se puede curar fcilmente con la administracin de clorhidrato de tiamina, ya
sea en tableta o de manera parenteral (wikipedia).
Precursores biosintticos. En el caso de un exceso de alguna de estas molculas, se pueden formar otras gra-
cias a distintos procesos. Un exceso de citrato permite la formacin de cidos grasos y esteroides. Un exceso
del -cetoglutarato permite formar glutamato, otros aminocidos y nalmente purinas. El exceso de succinil
CoA permite la formacin de porrinas y grupos hemo entre otros (grupos prostticos) y un exceso de oxalace-
tato deriva en la formacin de aspartato, la formacin de otros aminocidos y pirimidinas.
A pequeas dosis no tiene gran efecto pero en grandes dosis puede llegar a paralizar el ciclo
de Krebs de todas las clulas, no formndose energa y produciendo la muerte. Cmo se
puede revertir este proceso? Dando compuestos que vuelvan a reducir los grupos tiol; un ca-
so sera el 2,3-dimercaptopropanol.
Ciclo del glioxilato (ancdota)
Se trata de un ciclo de Krebs en pe-
queo. Se da en plantas y ms con-
cretamente en unos orgnulos deno-
minados glioxisomas (all estn pre-
sentes los enzimas que catabolizan las
diferentes reacciones del ciclo). Este
ciclo no es excluyente a los dems, las
plantas siguen teniendo ciclo de Krebs,
gluclisis, etc.
Los enzimas que en la imagen
se ven encuadrados por un cuadro azul
son distintos a los que encontramos en
el ciclo de Krebs y se caracterizan
porque no dejan que se desprenda el
dixido de carbono.
Otro dato importante a tener en
cuenta es que se introducen dos mol-
culas de acetil-CoA en lugar de una.
Una entra arriba, con la citrato sintasa y la segunda entra con la malato sintasa para dar ma-
lato desde el glioxilato. Adems del poder reductor (NADH) tambin se forma succinato
12
.
Globalmente la reaccin que ocurre es la siguiente:
Adems, en las plantas puendeo emplear la acetil-CoA sintetasa para obtener acetil-CoA a
partir del acetato, cosa imposible en los humanos.
Las plantas pueden vivir, pues, en un ambiente en el que haya acetato.
12
Este succinato es bastante importante porque puede ser (1) un precursor biosinttico en el caso de que se
incorpore en el ciclo de Krebs y (2) puede emplearse para formar polisacridos.
2 Acetil-CoA + NAD
+
+ 2 H
2
O Succinate + NADH + H
+
+ 2 CoA
2Acetil CoA + NAD
+
+ 2H
2
O Succinato + NADH + H
+
+ 2CoA
Acetato + CoA + ATP Acetil CoA + AMP + PP
i
CADENA RESPIRATORIA
Introduccin
Partamos del Ciclo de Krebs, en l hemos obtenido 4 molculas con poder reductor (un total
de 8 electrones) y energa en forma de GTP. Estas cuatro molculas reductoras deben oxidar-
se a n de volver a ser utilizadas en otros procesos metablicos. Para ello, pasarn por la ca-
dena respiratoria, donde cedern sus electrones para generar un gradiente articial de proto-
nes en el interior del espacio intermembranoso. Estos electrones pasarn a favor de gradiente
desde el espacio intermembranoso hasta la matriz de la mitocondria, generando una energa
que ser aprovechada por la ATPsintasa para generar ATP (fosforilacin oxidativa). En otras
palabras, estamos transformando una fuerza electromotriz (electrones) a una fuerza motriz.
Tanto la cadena respiratoria como la fosforilacin oxidativa se dan en el interior de la
mitocondria. Para introducirnos, la membrana mitocondrial externa es bastante permeable
mientras que la interna es muy selectiva y precisa de bombas y transportadores para pasar
elementos de un lado a otro.
El primer paso, pues, de la generacin de ATP, es la cadena respiratoria, cuyo meca-
nismo veremos a continuacin. No obstante, sera conveniente ver algunos aspectos energ-
ticos que nos sern tiles para comprender el porqu sucede todo lo que acontecer.
En esta leccin ser muy til tener a mano latabla de los diferentes potenciales estndar de
reduccin. Cuanto ms positivo sea, mayor anidad por los electrones tendr esa especie.
Por ejemplo, el paso de NAD
+
a NADH + H
+
tiene un potencial estndar de reduccin de -
0,32 V mientras que la reduccin del oxgeno hasta el agua tiene un potencial de reduccin
de 0,82 V. Este proceso, pues, estar favorecido (el paso de electrones hasta el oxgeno).
La variacin de energa libre (G) est ntimamente relacionada con esta transferencia
de electrones, de tal modo que:
En la grca de la diapositiva 5 observamos que la distancia mxima de transferencia (entre
dos grupos) de electrones aumenta si hay un protenas de por medio (en lugar de vaco). De-
bido a que en la cadena respiratoria veremos que hay una gran cantidad de protenas que
intervienen, observaremos que los electrones pasan un grupo a otro que no estn especial-
mente cerca entre s.
En el grco que hay justo a continuacin, observaremos que el mximo absoluto de
la curva se encuentra en la zona de 1,0 voltios, aproximadamente.
G = z F E
Elementos de la cadena transportadora de electrones
La cadena transportadora de electrones se compone de cuatro complejos, de los cuales tres
de ellos (I, III y IV) se encargan de transportar electrones hasta el espacio intermembranoso.
Los nombres de estos complejos tienen su lgica aunque son algo extraos, vemoslos a
continuacin:
I: NADH-Q-oxidoreductasa: se trata de un complejo muy grande, de unos 880 kD. Tie-
ne como grupos prostticos el FMN y Fe-S. El nombre de esta molcula tiene la si-
guiente lgica: se encarga de traspasar electrones del NADH hasta la ubiquinona (o
coenzima Q o Q).
II: Succinato-Q-reductasa: es el complejo ms pequeo de la cadena, con un peso de
unos 140 kDa. Tiene como grupos prostticos el FAD y Fe-S. Es el nico elemento del
complejo que no pasa electrones al espacio intermembranoso y se encarga de traspasar
electrones del succinato al coenzima Q.
III: Q-citocromo c-oxidoreductasa: con 250 KDa de peso, tiene tres grupos hemo y un
Fe-S. Se encarga de pasar electrones desde el coenzima Q al citocromo C.
IV: Citocromo c-oxidasa: tiene 160 kDa de peso, dos grupos hemo y dos tomos de
cobre. Se encarga de oxidar el citocromo C y pasar estos electrones al oxgeno.
Complejo I: NADH-Q-oxidoreductasa
Como ya se ha dicho con anterioridad, es el complejo ms grande de la cadena. Antes de
comentar el mecanismo que emplea para tranferir electrones vamos a echar un vistazo a la
molcula de ubiquinona.
La ubiquinona puede tambin denominarse coenzima Q o directamente Q. Tiene un
anillo de seis tomos de carbono, dos de los cuales son carbonilo, sindo por ah por donde
se van a acoplar los electrones y obtendremos la forma reducida de Q, el ubiquinol (con
grupos alcoholes). Cuando nicamente recibe un electron hablamos del intermediario semi-
quinona. La reduccin completa se produce con dos electrones y dos protones (paso de car-
bonilo a carbono con hidroxilo). El coenzima Q dispone de una cola isoprenoide, hecho que
le conferir una hidrofobicidad y har que se mueva por la membrana interna mitocondrial
por difusin.
Uno de los grupos prostticos del complejo I es el Fe-S, componente de las ferro-sul-
fo-protenas o protenas con hierro no hemo. El hierro, en este caso, se coordina con tomos
Complejo Masa (kDa) Subunidades G. prosttico
NADH-oxidoreductasa 880 34 FMN; Fe-S
Succinato-Q-reductasa 140 4 FAD; Fe-S
Q-citocromo c-oxidoreductasa 250 10 Hemo (bH, b1, c1); Fe-S
Citocromo c oxidasa 160 10 Hemo (a, a3) y CuA, CuB
de azufre (S) o con cistenas. En el caso de combinarse con azufre, se pueden formar estas
dos estructuras: 2Fe-2S y 4Fe-4S (adems de unirse con cistenas).
Asociaciones entre hierro y tomos de azufre. Los tomos de azufre pueden ser independientes o pertenecer a
cistenas (Cys). En el caso de la cadena respiratoria, los complejos Fe-S que forman parte de protenas sern los
que observamos en (B) y (C): 2Fe-2S y 4Fe-4S
NADH-Q-oxidoreductasa. El comple-
jo I cataliza la tranferencia de un in
hidruro desde el NADH al FMN, a
partir del cual pasan dos electrones a
travs de una serie de centros Fe-S a
la protena ferrosulfurada N-2 situada
en el brazo complejo orientado hacia
la matriz. La tranferencia de electro-
nes desde N-2 a la ubiquinona, que
se encuentra en el brazo situado en la
membrana, genera QH2, el cual di-
funde por la membrana lipdica. Esta
transferencia de electrones tambin
promueve la expulsin desde la ma-
triz de cuatro protones por par de
electrones.
Centros ferrosulfurados. Otra manera de representarlos. Son importantsimos para el paso de electrones. En el
caso del complejo I, traspasan los electrones desde el FMN hasta el coenzima Q.
La reaccin global que acontece es la que sigue a continuacin:
El paso del ubiquinol (la ubiquinina reducida) hasta el complejo III comportar su oxidacin
y el paso de electrones desde la matriz hasta el espacio intermembranoso.
Complejo II: succinato-Q-reductasa
Este complejo est acoplado a la succinato-deshidrogenasa, enzima de ciclo de Krebs en el
que se formaba FADH2. Qu implica? Que una vez se forme este poder reductor en el ciclo
de Krebs, va a ser rpidamente transferido a la ubiquinona. Este complejo no transere pro-
tones al interior del espacio intermembranoso desde la matriz.
Complejo III: Q-citocromo c oxidoreductasa
En este complejo, se pasan los electrones del ubiquinol procedente del complejo I y II hasta
el citocromo c. En este proceso intervienen toda una serie de grupos prostticos: tres grupos
hemo y un tipo de disposicin especial de tomo de hierro y azufre (dos de los enlaces del
hierro estn coordinados con histidinas; este caso se llama centro Rieske).
Mecanismo de tranferencia
Los citocromos c nicamente pueden
transportar un electrn; en cambio, la
ubiquinina poda transportar dos elec-
trones. Es por eso que no es raro que
por cada ubiquinina precisemos de dos
citocromos c. Hay un paso de un total de cuatro protones al interior del espacio intermem-
branoso. Los electrones transportados por el ubiquinol siguen dos caminos. Por qu? Porque
como ya hemos dicho el citocromo c nicamente puede captar un electrn. Por tanto, se si-
guen dos vas. La primera sera la va hacia arriba y sera el paso de un electrn del ubi-
quinol hasta el citocromo c por medio de un centro Rieske (Fe-S) y el citocromo c
1
. La se-
gunda sera la va hacia abajo y transportara el electrn que resta en el ubiquinol hasta
otra ubiquinona ubicada especcamente abajo (transformndose en semiquinona) por me-
dio del citocromo b
L
y b
H
. El paso de electrones tambin comporta un paso de protones.
NADH + 5H
+
+ QNAD
+
+ 4H
+
+ QH
2
Grupo Hemo C. El grupo hemo c se caracteri-
za por estar unido covalentemente a la prote-
na del citocromo c mediante enlaces tioter
con dos residuos Cys (en verde). El sistema de
dobles enlaces conjugados del anillo de la
porrina explica la absorcin visible por estos
hemos. Las dos colas sombreadas en naranja
reciben el nombre de propionatos.
PROPIONATOS
Hasta ahora tenemos un citocromo c con un electrn y una semiquinona. Para que este pro-
ceso siga, entra otro ubiquinol que sustituye a la ubiquinona ya oxidada. Se vuelve a repetir
el proceso (ruta hacia arriba y hacia abajo); hacia arriba el citocromo c (uno nuevo) se redu-
ce. Hacia abajo la semiquinona se transforma en ubiquinol y se liberan otros dos protones al
pasar los electrones de la ubiquinona entrante al citocromo c y a la semiquinona de abajo.
Respecto a los citocromos c, los que se han reducido pasarn al complejo IV para ser
oxidados mediante la transferencia de electrones al oxgeno.
La reaccin global es la que ya se observa en la gura anterior:
Complejo IV: citocromo c oxidasa
Tenemos dos citocromos c reducidos cada uno de ellos con un electrn. Es un complejo
formado por unas 10 subunidades y a nivel de grupos prostticos intervienen dos grupos
hemo (a y a3) diferentes a los anteriores e iones cobre en dos grupos distintos: Cu
A
y Cu
B
.
En el caso de Cu
A
, el nombre completo sera Cu
A
/Cu
A
y los iones cobre estn unidos
con cistenas e histidinas. En el caso de Cu
B
, el cobre (uno) est unido a histidinas.
El ciclo Q, mostrado en dos etapas. La ruta de los electrones a t ravs del complejo III se muestra con echas
azules. En la primera etapa (izquierda) Q en el lado N se reduce al radical semiquinona (Q), que en la segunda
etapa (derecha) se tranforma en QH2. Mientras tanto, en el lado P de la membrana se oxidan dos molculas de
QH2 a Q, liberando dos protones por Q (cuatro protones en total) en el espacio intermembrana. Cada QH2
cede un electrn (va el centro Fe-S de Rieske) al citocromo c1, y un electrn (va citocromo b) a una molcula
de Q cerca del lado N, reducindolo en dos pasos a QH2. Esta reduccim tambin utiliza dos protones por Q,
tomados de la matriz.
Lado P (+)
Lado N (-)
QH
2
+ 2Cyt
c
(oxidados) + 2H
N
+
Q+ 2Cyt
c
(reducidos) + 4H
P
+
Mecanismo de tranferencia (d.18)
En primer lugar, el citocromo c que viene del complejo III pasa un electrn al grupo Cu
A
/
Cu
A
, despus ste pasa al grupo Hemo a, luego al Hemo a
3
y nalmente al Cu
B
. El cobre,
pues, pasa de forma oxidada a forma reducida y el citocromo c, ya oxidado, sale.
A continuacin, el segundo citocromo c realiza prcticamente lo mismo, lo que ocu-
rre es que el cobre B nal, al ya estar reducido, no puede captar electrones y por ello el elec-
trn transferido se queda en el grupo hierro del Hemo a
3
, reducindose (de estado +3 a +2).
A este paso le sigue la incorporacin de una molcula de oxgeno (O
2
), realizndose
una tranferencia de electrones del hierro al oxgeno y del cobre al oxgeno, formndose un
puente de perxido. Para romperse este puente entra otro citocromo c, tranere un electrn
que al tomo de hierro, rompiendo el puente de perxido y formndose un doble enlace
(grupo ferrilo: -F=O); el cobre forma un grupo hidroxilo gracias a la entrada de un protn.
Acto seguido viene otro citocromo c y hace lo mismo, slo que el electrn, al pasar al grupo
ferrilo, lo reduce, pasando a -F-OH (Fe
2+
) gracias a que entra otro protn.
Al tener dos grupos hidroxilo, al entrar dos protones ms se tranforman en dos mol-
culas de agua. Los componentes ya estn preparados para un nuevo ciclo.
La reaccin global es la que se expone a continuacin (pg. siguiente).
Complejo IV: citocromo c oxidasa. Detalle del complejo IV con los diferentes grupos prostticos. Destacamos
dos tipos de hemoglobinas (a y a3) y dos tipos de centros donde hay iones cobre: CuA/CuA y CuB.
Cabe aadir que acomplado a este proceso, se produce el paso de cuatro protones desde la
matriz al espacio intermembranoso.
Respecto al citocromo c, se trata de una protena pequea que se ha ido manteniendo a lo
largo de la evolucin. De los 104 aas, se ha llegado a conservar 24 aminocidos (y, por tan-
to, se mantiene una estructura comn).
Antes hemos hablado del puente de perxido. En ste, un dos tomos de oxgeno forman un
puente (O
2
-
) que sirve para unir un tomo de cobre con otro de hierro. Si se diera el caso de
que este perxido no estuviera enlazado covalentemente con esos dos tomos, sera una es-
pecie qumica muy reactiva o, lo que es lo mismo, peligrosa.
4Cyt
c
(reducidos) + 4H
N
+
+ O
2
4Cyt
c
(oxidados) + 2H
2
O
4Cyt
c
(reducidos) + 8H
N
+
+ O
2
4Cyt
c
(oxidados) + 2H
2
O+ 4H
P
+
Detalle del mecanismo de transferencia de electrones acaecido en el complejo IV. Se precisan un total de cua-
tro citocromos c, los dos primeros para reducir el hierro del segundo grupo hemo y el cobre B; los dos segundos
se emplean para romper el puente de perxido que se forma en el hierro y el cobre, permitiendo, mediante la
incorporacin de un total de cuatro protones, la formacin de dos molculas de agua. Hay que recordar que est
el proceso est acoplado al bombeo de cuatro protones al interior del espacio intermembranoso.
La reaccin de la formacin del llamado radical superxido libre
13
es la siguiente:
El cuerpo tiene una serie de mecanismos para protegerse de este radical libre. Los radica-
les libres son causantes de mltiples enfermedades: Parkinson, cncer cervical, disfroa
muscular de Duchenne, diabetes, etc.
Superxido dismutasa (SOD): este enzima se encarga de neutralizar el radical super-
xido en dos pasos: el primero para neutralizar uno radical y el segundo para neutralizar otro
y regenerarse.
a) En primer lugar la SOD oxida un radical superxido, capta dos electrones y se re-
duce.
b) En segundo lugar la SOD reduce otro radical superxido y aade dos protones del
medio, formando la especie qumica perxido de hidrgeno, comnmente cono-
cida como agua oxigenada.
No obstante, el perxido de hidrgeno an es peligroso y an debe actuar un enzima ms, la
catalasa, que se encarga de transformar el perxido de hidrgeno en oxgeno y agua.
13
Estas especies reciben el nombre de ROS o reactive oxygen species (especies reactivas de oxgeno). Todas las
reacciones que se vern son muy ecientes (a poco que aparezca uno de estos radicales son rpidamente trans-
formados en formas no peligrosas).
O
2
+ e

O
2

Accin catalizada por la superxido dismutasa. El balance global es el siguiente: 2O2

-
+ 2H
+
O2 + H2O2
2H
2
O
2
2H
2
O+ O
2
FOSFORILACIN OXIDATIVA
Introduccin
Hasta ahora hemos visto como vamos oxidando los diferentes aceptores temporales de elec-
trones que se van generando durante, mayormente, la gluclisis y el ciclo de Krebs. Adems,
hemos generado un gradiente articial de protones y una diferencia de potencial entre am-
bos lados de la membrana mitocondrial. No obstante, cmo lleva eso a la sntesis de ATP?
Fue motivo de una gran cantidad de estudios pero,
nalmente, hacia el ao 1961 se propuso la hiptesis qui-
miosmtica. En virtud a esta teora, se armaba que el gra-
diente de protones se acoplaba a la sntesis de ATP direc-
tamente (sin intermediarios). Cmo se demostr? Con un
sencillo y elegante experimento. Se gener una vescula de
manera articial, un liposoma, y en el se colocaron dos
elementos: bacteriorodopsina (una bomba de protones de-
pendiente de la luz) y una ATPasa mitocondrial. Se coloc
en un medio en el que haba ADP y fosfato y se aplic luz.
El resultado? La luz activ la bacteriorodopsina, llevando
protones al interior de la vescula; a continuacin, la ATPa-
sa dej pasar esos protones al exterior, aprovechando la
energa para generar ATP.

Si observamos en detalle la reaccin de la fosforilacin del ATP, veremos que se trata sim-
plemente de la unin de una adenosina difosfato (ADP) con un grupo fosfato para dar un
ATP; no sin antes pasar por un intermediario denominado intermediario pentacovalente.
Otro experimento que tambin se hizo fue emplear istopos (como un istopo del oxgeno)
para ver el camino que segua el ATP. Lo que se observ es que se poda formar ATP en la
ATPasa mitocondrial sin que hubiera salida o entrada de protones. No obstante, este ATP
permanece unido al enzima.
Todos estos experimentos y datos son importantes para comprender lo que va a ser
explicado a continuacin, la fosforilacin oxidativa.
Hiptesis quimiosmtica
Fosforilacin del ADP. Se produce un ataque nucleoflico al fosfato desde el oxgeno marcado en rojo, formn-
dose el intermediario pentacovalente (el fosfato gamma unido a cinco grupos). Finalmente se desprende una
molcula de agua, estabilizndose en ATP.
Estructura y funcionamiento de la ATPasa mitocondrial
La ATPasa mitocondrial puede ser tambin denominada ATP sintasa o F
1
F
0
ATPasa. A pesar
de que ATPasa y ATP sintasa puedan parecer contradictorios, realmente esto sucede porque
este complejo multienzimtico puede realizar estas dos reacciones.
Respecto a F
1
F
0
ATPasa es porque, respecto a su estructura, distinguimos dos zonas
principales; una, anclada a la membrana o F
o
y otra, ubicada en la matriz o F
1
. La primera se
encarga de transportar los protones y se trata de un anillo que tiene entre 10 y 14 subunida-
des (en funcin de la especie). La segunda (F
1
) se encarga de la actividad cataltica.
Entrando ms en detalle, podramos destinguir los siguientes elementos:
Zona de transporte de protones (F
o
): en el caso que
observaremos tiene 10 subunidades que conforman
el anillo c. Tiene una subunidad a y otra b
2
.
Zona catalizadora (F
1
): es algo ms compleja, tiene
tres subunidades alfa (), tres beta (), una gamma
(), una delta () y una psilon (). Para abreviar se
puede indicar as: (
3

3
).
Funcionamiento
La catlisis de ATP se producir en la regin cataltica (F
1
). Como hemos dicho, esta regin
est formada por un total de nueve subunidades, seis de ellas forman un anillo de formas y
intercaladas (anillo
3

3
). Estas dos formas, y slo estas dos de la zona cataltica, tendrn
la capacidad de unirse a nucletidos; no obstante, nicamente las subunidades se encar-
gn de la sntesis de ATP. En el centro del anillo
3

3
encontramos la subunidad que, si
nos jamos, no interactua de manera equitativa con todas las unidades que le rodean. En
funcin a cmo est colocada , distinguimos tres conformaciones que puede adoptar cada
una de las unidades : O de open, T de tenso y L de low (baja anidad).
nicamente cuando una unidad est en conformacin O puede liberar el nucleti-
do (en el caso que sea ATP), en los otros dos estados o bien est el ADP con el fosfato (caso
de L) o bien hay un equilibrio entre el ADP y el fosfato con el ATP (caso de T). La gracia del
sistema es, pues, que por una fuerza externa (que se explicar ms adelante) la subunidad
va realizando giros de 120 en el sentido opuesto a las agujas del reloj, cambiando su posi-
cin y, por ende, cambiando la conformacin de las tres unidades que tiene junto a ella.
Por cada giro, una unidad en conformacin abierta (O) libera ATP y una tensa (T) cataliza
la reaccin.
ATPsintasa mitocondrial (derecha). Ntese que la matriz (N
side, de negativo) estara ubicada arriba y el espacio inter-
membranoso abajo (P side, de positivo).
Un pequeo esquema de lo que acontece sera el siguiente:
Hasta ahora hemos visto como funcional la regin catalizadora (F
1
). Sin embargo, comenta-
mos con anterioridad que la sntesis de ATP estaba acoplada al gradiente de protones. C-
mo funciona? Mediante la unidad transportadora (F
o
).
Esta unidad (regin) se compone por un anillo c, una unidad a y una unidad b
2
. El
anillo c est compuesto por subunidades c, dos hlices en la que en una de ellas hay un
cido asprtico en posicin 61 (Asp
61
). Este asprtico va a ser muy importante. Respecto a la
subunidad a no se sabe muy bien an la estructura, pero se tiene constancia de que hay dos
canales: uno en la parte citoslica (espacio intermembranoso) y otro en el dominio de la ma-
triz (interior).
Anillo 33. En esta ilustracin se aprecian nicamente las unidades . Se observa que cambia su posicin,
cambiando tambin las conformaciones de las unidades que hay a su alrededor. En la gura slamente se
muestra un giro de 120 por parte de la unidad . En el estado T se produce la reaccin y en el estado O el ATP
se estabiliza y se favorece su salida.
Demostracin del giro de la unidad . Se
j una ATPasa mitocondrial en un por-
taobjetos microscpico en un medio con
ATP y agua, esperndose que se hidroliza-
r y se formara ADP y fosfato. Adems, se
le acopl un lamento de actina a la uni-
dad adems de una molcula uores-
cente a dicho lamento. El resultado fue
que al verlo en un microscopio de uo-
rescencia, se hizo evidente que la subuni-
dad giraba (movimiento rotacional).
(Sub) unidades c y a
As pues, viendo la estructura de la regin transportadora, cmo se supone que funciona?
Ante todo, recordemos que hay un gradiente de protones (mayor concentracin en el espa-
cio intermembranoso que en la matriz). Dicho esto, en primer lugar entra un protn en el
canal vaco de la unidad a, concretamente en el semicanal citoslico. A esa altura, el protn
interacciona con el ya mencionado Asp
61
y debido a que tienen cargas opuestas, el protn se
queda donde est. En este momento se produce una pequea rotacin en sentido de las agu-
jas del reloj, volviendo a dejar el semicanal citoslico libre pero, a diferencia del caso ante-
rior, el semicanal de la matriz est en yuxtaposicin con una subunidad c con su respectivo
protn. En este momento interactua un aminocido importante de la subunidad a, la arginina
210 (Arg
210
) que tiene carga positiva y que al tener la misma carga que el protn, este ltimo
saldr disparado, hacia la matriz.
Cada protn que entra debe dar una vuelta entera de la mano de una subunidad c por
todo el anillo c para salir. Por tanto, por medio de este mecanismo se logra el movimiento de
rotacin y, al estar acoplada toda esta estructura a la unidad , sta tambin podr rotar.
Cabe aadir el anillo
3

3
no se mueve (y no se debe mover) a pesar de que se
mueva debido a que ste est unido a la unidad y delta lo est a b
2
y sta ltima lo est a
la unidad a que est inmvil (digamos que es como un freno, mantiene jo el anillo
3

3
sin
evitar que rote).
Mediante esto tambin logramos explicar que sin gradiente de protones se genera ATP
pero no se desprendre. Por qu? Porque sin gradiente de protones, no rota y si sta no rota
entonces las unidades no van cambiando su conformacin. El resultado? Que se formar
ATP en la conformacin T pero al no volverse O nunca saldr el ATP (quedar en el enzima).
Transportadores
La membrana mitocondrial interna respecto a la externa es bastante selectiva o impermeable.
Es por eso que para pasar molculas de un lado a otro de la m. mitocondrial interna (MMI a
partir de ahora) se necesita una serie de transportadores.
Si recordamos, en la gliclisis se forma una serie de molculas con pode reductor y
estas molculas se encuentran en el citosol. Si bien estas molculas no tendrn dicultad al-
guna para pasar al espacio intermembranoso, no podrn pasar a la matriz que es donde estas
molculas aceptoras temporales de electrones ceden se oxidan al pasar por los complejos (I
o II) de la cadena respiratoria.
El NADH de la gliclisis (que se producen dos por molcula de glucosa) se genera
cuando se pasa de gliceraldehido 3-fosfato a gliceraldehdo 1,3-bifosfato (1,3 bifosfoglicerato
por medio de la gliceraldehdo 3-fosfato deshidrogenasa.
Para entrar el poder reductor (sea el origen que sea) en la matriz mitocondrial la clu-
la emplea dos sistemas:
a) Lanzadera del glicerol 3-fosfato: existen dos enzimas glicerol 3-fosfato deshidrogenasa,
uno en el citosol y otro ubicado la MNI (en el dominio citoslico). La reaccin entre la
dihodrixiacetona fosfato y el glicerol 3-fosfato es una reduccin debido a que se pasa de
grupo carbonilo a grupo hidroxilo. El glicerol 3-fosfato es captado por el enzima en la
MNI, que oxida la molcula de nuevo a dihidroxiacetona fosfato, generndose FADH
2
a
partir de FAD. Este FADH
2
cede sus dos protones y sus dos electrones a una ubiquinona
(Q), que se convierte en ubiquinol (QH
2
), difundiendo por la membrana y pudiendo ser
aprovechado en el complejo III (Q-citocromo c oxidoreductasa).
Debido a que el poder reductor entra en forma de FADH
2
, el mximo nmero de ATP que se
puede formar es de 1,5. Los NADH + H citoslico que entra por medio de este mecanismo
nicamente podrn lograr generar ese ATP por molcula de poder reductor citoslico.
b) Lanzadera del malato aspartato: este sistema es ms complicado debido a que intervienen
cuatro enzimas y dos transportadores. En primer lugar, el oxalacetato da malato por medio
de la malato deshidrogenasa, reducindose. Este malato dispone de un transportador que
lo interioriza hacia la matriz. El malato, una vez en el interior, sufre la accin de otra ma-
lato deshidrogenasa (en este caso, de la matriz) para dar poder reductor y oxalacetato. Pa-
ra devolver el oxalacetato al citosol y regenerarlo, debido a que no hay un transportador
para esta molcula se recurre la accin de una aspartato aminotransferasa (AAT) que trans-
forma glutamato y oxalacetato en -cetoglutarato y aspartato. Este aspartato, al disponer
de transportador, vuelve al citosol y ah acta otra AAT (en sentido inverso) para generar
glutamato y oxalacetato.
Todo NADH generado por esta va puede sintetizar como mximo 2,5 molculas de ATP.
Exteriorizacin del ATP
Si bien generamos una gran cantidad de ATP en la mitocondria, de nada sirve si no lo pode-
mos sacar de ella. Para ello se emplea una ATP-ADP translocasa. El mecanismo de funcio-
namiento es el siguiente.
Lanzadera del malato aspartato. La aspartato aminotransferasa o AAT recibe ese nombre porque transere el
grupo amino del glutamato (el de C) al oxalacetato. Este mecanismo es muy empleado en hgado y corazn.
Aspartato aminotransferasa
Aspartato aminotransferasa
Malato deshidrogenasa
Malato deshidrogenasa
A diferencia de los otros transportadores/lanzaderas (se precisa NADH para que entre, si no
no entra nada), en este caso, si nos jamos, por cada ATP que sale entra un ADP. Por tanto,
se precisa que haya ADP para que salga ATP: se adapta a las necesidades energticas de la
clula.
Para acabar este apartado, veamos algunas caractersticas comunes de los transportadores,
no sin antes ver toda serie de diferentes transportadores existentes. En la imagen que se ve a
continuacin hay que tener en cuentra que la matriz est arriba y que el espacio intermem-
branoso se encuentra ubicado abajo. Nota: carrier es equivalente a transportador.
Estructuralmente la mayora se caracterizan por tener seis dominios transmembrana y tres
zonas ms o menos denidas (A, B y C). Ntese (tal como se ver en la imagen siguiente)
que se trata de una protena de tipo IVa (el citosol se encuentra abajo).
ATP-ADP translocasa. En primer lugar se acopla ADP citoslico (ADPc) al centro activo ubicado en el dominio
citoslico. A continuacin se produce una translocacin y se libera el ADP. Acto seguido se acopla ATP mito-
condrial (ATPm) y se produce el proceso contrario: el ATP sale al exterior.
Notas nales
El rendimiento neto de una molcula de glucosa es de 30 molculas de ATP (d. 42).
La fosforilacin oxidativa es muy sensible a toda una serie de sustancias (inhibidores)
como lo son los venenos (cianuro
14
) u otras molculas como el monxido de carbono o la
azida (N
3
-
). Existe una molcula, el 2,4-dinitrofenol o DNP que acta como desacoplador de
electrones. En otras palabras, elimina el gradiente de protones. Estas sustancias son peligro-
sas si no se usan bien pero hay organismos que han aprendido a usarlas. Por ejemplo, exis-
ten unos canales (UCP-1
15
) existentes en el tejido adiposo de la grasa parda de algunos ani-
males que lo que hacen es transportar protones desde el espacio intermembranoso a la ma-
triz, sin acoplrsele una sntesis de ATP. El resultado? Generar calor.
14
Tanto el cianuro como la azida sdica (NaN3) interacta con el hierro en su estado oxidado (Fe
3+
) mientras
que el monxido de carbono interacta con el hierro en estado reducido (Fe
2+
). En ambos casos impide que el
hierro se una al oxgeno y que ste ltimo se reduzca en el complejo IV.
15
O termogenina.
Velocidad de la fosforilacin oxidativa. Cuanto mayor consumo de oxgeno hay, ms electrones han llegado
para reducirlo y, por tanto, la fosforilacin oxidativa va ms rpida. Vemos que hay un aumento de la velocidad
cuando se aade ADP y que la tendencia se aplana cuando el ADP prcticamente se agota. Vemos, pues, que la
velocidad se adapta a las necesidades energticas de la clula.
2,4-dinitrofenol. El DNP es una molcula que puede protonarse o
desprotonarse, yendo siempre al lugar donde hay menos protones.
Si se desacopla el transporte de electrones se generar ATP pero
ste no saldr (no habr gradiente de protones que haga mover la
unidad ).
OXIDACIN DE LOS CIDOS GRASOS
Introduccin
El cuerpo humano dispone de diferentes mecanismos para obtener energa. Algunos de ellos
ya los hemos visto, como por ejemplo el uso de glcidos pasndolos por la gluclisis y, a
posteriori, por el ciclo de Krebs. No obstante, en captulos anteriores se hizo mencin de los
lpidos y de la -oxidacin como mtodo de obtencin de energa a partir de ellos. En este
apartado, pues, veremos como se realiza dicho proceso catablico.
cidos grasos
Los cidos grasos son los lpidos ms simples que existen. Se componen por un grupo carbo-
xilo (que a pH siolgico se encuentra en la forma carboxilato) y de una larga cadena hidro-
carbonada que puede presentar, o no, una o varias insaturaciones. No obstante, estos cidos
grasos no se encuentran en un estadio libre, si no que generalmente estn asociados con una
molcula de glicerol formando un triacilglicrido/erol. Los triacilgliceroles son captados por
la dieta pero, a diferencia de otras especies como iones o monosacridos, no pueden ser ab-
sorbidos as como as; precisa de un procesamiento especco.
Los triacilgliceroles son molculas hidrofbicas y, por ende, no pueden ir por libre en
un lquido polar. En nuestro organismo disponemos del glicocolato (glycocholate), una sal
biliar derivada del colesterol que se encarga de solubilizar el triacilglicerol. Cmo? El glico-
colato tiene la capacidad de formar micelas de triacilglicridos. Estas micelas se caracterizan
por dejar ver (de cara al lquido polar con el que interactan) los enlaces ster que son for-
mados entre el glicerol y los cidos grasos y, de ese modo, dejar actuar a las lipasas
16
y obte-
ner, por cada triacilglicerol, dos cidos grasos y un monoacilglicerol.
16
Se trata de una serie de lipasas pancreticas.
Glicocolato. Ntese los cuatro anillos rgidos, que recuerdan al colesterol.
Esta sal biliar deja visibles los enlaces ster y facilita la actuacin de las di-
ferentes lipasas.
Si bien el triacilglicerol no puede entrar en la clula, los cidos grasos independientes y el
monoacilglicerol s que puede hacerlo. Por tanto, una vez tenemos estos tres elementos en el
interior de la clula intestinal, se resintetiza el triacilglicrido (proceso inverso) y pasa a la
linfa y, en ltimo trmino, a la sangre. No obstante y como ya se ha comentado antes, el
triacilglicrido es una molcula hidrofbica y para ir por linfa y sangre precisa de una espe-
cie de transporte asignado. En nuestro caso, usamos los quilomicrones
17
, lipoprotenas que
tienen una forma esfrica y que se encargan de tener en su interior los diferentes lpidos. El
viaje nal de estos triacilglieroles es el tejido adiposo o el muscular.
Etapas de la generacin de energa
Destacamos tres grandes etapas en el proceso de obtencin de energa a partir de los cidos
grasos. Son un total de tres, que van desde la movilizacin de los triacilglicridos del tejido
adiposo hasta la -oxidacin comunmente conocida pasando por la activacin de los mis-
mos por medio de la adicin de un coenzima A.
Etapa 1: movilizacin de los triacilglicridos
Si recordamos, los triacilglicridos se encuentran almacenados en el tejido adiposo. Si stos
se precisaran (por necesidades energticas del organismo), stos deberan pasar a cidos gra-
sos. Este proceso es llevado a cabo por medio de la triacilglicerol lipasa
18
. Esta lipasa est
controlada por medio de la fosforilacin: la activacin precisa de la fosforilacin. Este proce-
so est catalizado, lgicamente, por una protena quinasa y sta ltima depende del cAMP;
por tanto, nos encontramos ante una lipasa dependiente de la PKA (protena quinasa A o de-
pendiente de cAMP). Por tanto, es el cAMP el que controla todo este proceso.
De qu depende que los niveles de cAMP se eleven y que, por tanto, se active la de-
gradacin de triacilglicridos? Debemos jarnos en las necesidades energticas de la clula.
Una degradacin de triacilglicridos se realiza porque se precisa energa; esto implica que
no hay suciente glucosa para que, por medio de la gluclisis y dems procesos asociados,
se obtenga ATP. As pues, hay una hormona (glucagn) cuyos niveles experimentan un au-
mento en el caso de que haya poca glucosa en sangre. Tendremos, por tanto, un receptor de
esa hormona (receptor 7TM) que activa una adenilato ciclasa que genera el cAMP y que, por
ende, activa PKA y se fosforila la lipasa.
Cabe aadir que existe otra hormona que regula el proceso contrario, la ya muy co-
nocida insulina. Esta hormona se encuentra en niveles altos en el caso de que la glucosa est
muy alta (no se precisa, entre otras cosas, la degradacin de triacilglicridos).
Finalmente, los cidos grasos recin obtenidos no pueden ir solos por el torrente san-
guneo, se asocian con la albmina.
17
Se ver con mayor profunidad en siologa. En otras palabras, un quilomicrn es una especie de vescula
formada por triacilglicridos y otros lpidos junto a protenas (como es el caso de la ApoB, ya vista en biologa
celular). Haz ms caso a lo dicho en este pie de pgina que en el grueso del texto.
18
Esta se encuentra en el interior de la clula, recordemos que hay algunas fuera (mucosa intestinal) que se
encarga de degradar los enlaces ster del triacilglicrido para as interiorizarlo.
Etapa 2: activacin de los cidos grasos
Los cidos grasos, aunque estn libres, no estn listos para ser metabolizados en este particu-
lar proceso catablico; precisan de una activacin. La activacin es sinnimo del acopla-
miento de un coenzima A. El coenzima A se encarga de la transferencia de grupos acilo. La
incorporacin de coenzima A es una reaccin que est formada por dos etapas y est me-
diada por el enzima acil-coA sintasa.
a) A partir de un cido graso y ATP se forma acil-adenilato. Este proceso es una adenilacin,
debido a que a partir de un ATP, transferimos el adenilato (AMP) y resta un residuo pirofos-
fato (dos fosfatos).
b) A continuacin, el acil-adenilato interacta con un coenzima A y as da acil-coA y AMP.
Todo este proceso equivale al gasto de dos molculas de ATP, debido a que pasamos de
ATP a AMP (hemos gastado dos enlaces anhdrido cido).
Paso de triacilglicridos a cidos grasos libres. Recordemos que este proceso est mediado por una triacilglice-
rol lipasa que a su vez depende de la protena quinasa dependiente de cAMP (PKA). Los gliceroles que quedan
libres, permanecen ah y pueden ser incorporados en un paso de la gluclisis para, o bien generar glcidos (va
hacia arriba; gluconeognesis) o bien para generar energa (va hacia abajo; gluclisis). El glicerol se procesa
slo en clulas hepticas (hepatocitos). Ntese que en la parte inferior se ha incluido el proceso realizado por
la fosfatasa, suponiendo que depende de la insulina.
Pi H2O
Fosfatasa
(insulina)
Todas las reacciones de la -oxidacin se produ-
cen en la mitocondria. No obstante, la activacin
del cido graso se realizado en la membrana mi-
tocondrial externa (MME). Por tanto, debe pasar
al interior de la mitocondria (matriz). Debido a
que no hay un transportador directo del acil-coA,
ste debe desprenderse de su CoA, asociarse con
una molcula de carnitina y as pasar al interior
por medio de una translocasa. Ya en el interior, la
acil-carnitina (molcula producto de la unin de
la carnitina con el acil) se vuelve a formar acil-
coA por el proceso inverso (obsrvese el dibujo).
El paso de acil-coA a acilcarnitina est
mediado por un enzima denominado carnitina
palmitoil transferasa I o CPT I y se encuentra en el
exterior. En la matriz est el equivalente que cata-
liza el proceso inverso y es la CPT II.
Respecto a la carnitina, es un butirato mo-
dicado (4-trimetilamino-3-hidroxibutirato).
Fase 3: degradacin del cido graso
Es el proceso nal para la obtencin de energa a partir de cidos grasos y es lo que comun-
mente conocemos como -oxidacin. Se trata de una cadena de cuatro reacciones que se
van repitiendo: oxidacin, hidratacin, otra oxidacin y tiolisis. Se produce, adems de un
acil-coA dos carbonos ms corto por ciclo, una molcula de FADH2 y una de NADH.
En primer lugar acontece la primera oxidacin: de acil-CoA a trans-
2
-enoil coA. Esta
reaccin est mediada por la acil-coA oxidasa y es aqu donde se forma la primera molcula
de poder reductor (FADH2).
Introduccin de acil-coA. Este proceso depende
de la carnitina, un butirato modicado.
Oxidacin 1. En este caso observamos una oxidacin
en la que se pierden dos protones y dos electrones que
pasan a la molcula aceptora temporal de electrones.
La formacin de un doble enlace entre C2 y C3 (o C y
C es lo que nos indica que la molcula se est oxi-
dando (sombreado en rojo).
En segundo lugar se da una hidratacin: pasamos de trans-2-enoil coA a L-3-hidro-
xiacil CoA por medio de la enoil CoA hidratasa. La especie nueva que generamos es este-
roespecca o, lo que es lo mismo, que nicamente se forma el ismero L.
En tercer lugar se produce la segunda oxidacin y, por tanto, la formacin de otra mo-
lcula con poder reductor (NADH en este caso). La oxidacin queda representada porque se
forma un grupo carbonilo. Pasamos de L-3-hidroxiacil CoA a 3-cetoacil-coA por medio de la
L-3 hidroxiacil CoA deshidrogenasa.
Finalmente se produce la tiolisis, es decir, la rotura por medio de un grupo tiol (el del
coenzima A). Se rompe el enlace entre C2 y C3 para dar acetil-coA (sustrato del ciclo de
Krebs, aprovechable) y un acil-coA dos tomos de carbono ms corto. La tiolisis es mediada
por la tiolasa.
Etapas 3 (izquierda) y 4 (derecha). Oxidacin y tiolisis, respectivamente.
Balances
Qu es ms energtico, degradar una molcula de glucosa o un triaciglicrido? Cuantos
ATPs generados a partir de palmitato? Y a apartir de palmitoil-CoA? Todas estas respuestas
se obtienen mediante los balances.
Si tenemos un cido graso, como por ejemplo el palmitato (16:0), ste precisar de 7
vueltas para as generar 8 acetil-CoA (16/2 = 8). El balance, a partir de palmitoil-coA sera:
Respecto a la genereacin de ATPs, cambia si empezamos con palmitoil-coA (no tenemos en
cuenta el ATP gastado en el proceso de activacin; etapa 2) o si empezamos por palmitato.
Obtenemos 108 ATP desde palmitoil-CoA y 106 ATP en el caso de partir del palmitato (dife-
rencia de dos ATP por el proceso de activacin que los consume).
Casos especiales: -oxidacin en el caso de cidos grasos insaturados y/o impares
cidos grasos que presentan insaturaciones
Supongamos que tenemos palmitoleato, un cido graso que presenta una insaturacin en C9
(16:1
9
). En este caso, la reaccin se seguira produciendo igual hasta llegar a la insatura-
cin. Una vez se llega, (el doble enlace est en posicin 3 y cis), debemos llegar a una forma
trans y en posicin dos para seguir con la -oxidacin. El enzima que hace este cambio es
una isomerasa, la cis-
3
-enoil CoA isomerasa.
En el caso de dos insaturaciones, el proceso es similar (si la otra insaturacin se da
tambin en un carbono impar) pero algo ms complejo. Sera el caso del linoleato (18:2
Palmitoil CoA + 7FAD+ 7NAD
+
+ 7CoA + 7H
2
O 8Acetil CoA + 7FADH
2
+ 7NADH + 7H
+
Palmitoil-CoA Palmitoil-CoA Palmitoil-CoA
Proceso Obtenido ATP (1 ATP = 2,5 NADH o 1,5 FADH2 )
-oxidacin
7 x NADH 17,5
7 x FADH2 10,5
8 acetil-CoA (CK) 24 x NADH 60
8 x FADH2 12
8 x GTP 8
Suma 108
Palmitato Palmitato Palmitato
Activacin - 2 ATP -2
-oxidacin
7 x NADH 17,5
7 x FADH2 10,5
8 acetil-CoA (CK) 24 x NADH 60
8 x FADH2 12
8 x GTP 8
Suma 106

9,12
). Para observar el proceso mirar el esquema
que hay a continuacin (no el que est a la derecha
de estas lneas).
!"#$%&'#("&' )*+,*-'
.
/
Caso del palmitoleato. Un cido graso de 16 carbonos con una
insaturacin en C9. Concretamente, la -oxidacin seguira por
hidratacin (paso 2).
!"#$%&'($ )*+,-.'
/0*-
1
Caso del linoleato (abajo). Se muestra qu proceso sigue un
cido graso que presenta dos insaturaciones, una en nmero
impar (C9) y otra en par (C12). A modo de resumen, si las in-
saturaciones estn en nmero impar, nicamente acta la iso-
merasa. Si hay en nmero par, debe entrar en accin la reduc-
tasa.
Hasta aqu el proceso es
igual. Insaturacin en C3
que pasa a C2 y trans.
Al ser nmero par, la insaturacin est en C4 y no en 3. Debemos
convertirla en una estructura metabolizable por la -oxidacin.
La acil CoA deshidrogenasa es el 1r enzima de la -oxidacin y
crea un doble enlace entre C2 y C3.
La dienoil reductasa, con-
sumiendo NADPH, los dos
dobles enlaces se transfor-
man en uno en C3.
cidos grasos impares
En el caso de los cidos grasos pares, siempre acabaremos con unidades de acetil-coA (dos
carbonos). No obstante, qu ocurre con aquellos cidos grasos que son impares? Que -
nalmente acabaremos con un residuo de tres carbonos denominado propionil-CoA. Este pro-
pionil-CoA se modica hasta succinil-coA, uno de los sustratos del ciclo de Krebs.
Esta clase de cidos grasos son raros. En primer lugar actuara una carboxilasa y desde
el L-metilmalonil-CoA hasta succinil CoA (el profesor no le da mucha importancia, d. 22).
En referencia a la -oxidacin, sta tambin puede darse en los peroxisomas, a modo de
apoyo a la mitocondria. Generalmente oxidan cidos grasos de cadena larga. Tiene, no obs-
tante, algunas divergencias respecto a la -oxidacin mitocondrial. He aqu sus peculiarida-
des:
a) nicamente se oxida hasta una cadena de 8 carbonos (octanoil-CoA). A partir de
aqu este compuesto sale del peroxisoma y va a la mitocondria.
b) El primer enzima de la -oxidacin es la acil-CoA deshidrogenasa. En el caso de los
peroxisomas, este enzima se regenera (pasa de estado reducido a oxidado) por me-
dio del cesin de sus electrones a oxgeno molcular, formando el peligroso perxi-
do de hidrgeno que es aplacado por la catalasa, que lo transforma en agua y oxge-
no (es distinto a la mitocondria, no se forma FADH
2
)
Formacin de cuerpos cetnicos (d.26)
Los cuerpos cetnicos son especies que se forman cuando existe un exceso de acetil-CoA.
Cundo hay un exceso de acetil-CoA? Si recordamos el acetil-CoA entraba en el ciclo de
Krebs acoplndose al oxalacetato para as dar citrato. En el caso de que no hubiera oxalace-
tato el acetil-CoA se acumulara. La ausencia de oxalacetato se da cuando ste se est em-
pleando en la gluconeognesis (ayuno, diabetes).
Estos cuerpos cetnicos se sintetizan principalmente en hgado, debido a que es all
donde est el dcit de oxalacetato (la gluconeognesis se da all y en el rin). En situacio-
nes de ayuno, el cerebro es muy dependiente de stos (hasta un 70% de la energa).
Respecto a las reacciones que se dan, en primer lugar dos molculas de acetil-CoA se
unen por medio de la cetotiolasa y forman acetoacetil CoA. A continuacin se acopla otro
CoA por medio de la 3-hidroxi-3-metilglutaril CoA sintasa para dar 3-hidroxi-3-metil-glutaril
CoA. Finalmente, una liasa libera una unidad de acetil-CoA para dar el resultado nal: ace-
toacetato (c. cetnico). Por medio de la hidroxibutirato deshidrogenasa podremos generar D-
3-hidroxibutirato y estos dos compuestos, junto con la acetona, son lo que denominamos
cuerpos cetnicos.
Espontnea e irreversiblemente (sin que ninguna enzima medie) el acetoacetato pue-
de convertirse en acetona. Es por eso que personas que sintetizan cuerpos cetnicos huelan
a acetona (al ser esta muy volatil).
Desde el acetoacetato podemos realizar las reacciones inversas para llegar de nuevo a los
dos acetil CoA iniciales y as aprovecharlos.
Sntesis de cidos grasos
Mientras que la oxidacin se daba en la matriz mitocondrial, la sntesis de cidos grasos se
da en el citosol. La sntesis, adems, es dependiente de NADPH y de la formacin del malo-
nil activado (se tratara del limitante, el regulador). Como mucho, los cidos grasos que sinte-
tizaremos tendrn 16 carbonos de longitud.
En el caso de la sntesis de cidos grasos, la activacin no es igual que la que se daba
en la oxidacin (aadiendo CoA); en este caso precisamos de una protena, la protena
transportadora de grupos acilo (ACP: acyl carrier protein). Se caracteriza por tener desplega-
do un grupo fosfopantetena, el cual itene una estructura muy similar al CoA, con un grupo
tiol (-SH) al nal.
Los dos primeros pasos (en realidad pasos #2 y #3 de d.31) de la sntesis de cidos grasos
son la activacin tanto del acetil-CoA como del malonil por medio del ACP, ambas reaccio-
nes catalizadas por transacilasas (transporte de grupos acilo).
Antes se ha comentado que el malonil sera el factor limitante. ste se genera en la
primera reaccin, catalizada por la acetil-CoA carboxilasa.
Al ser dependiente de ATP, esta reaccin es sensible al estado energtico de la clula.
La serie de reacciones que siguen son las siguientes:
!"#
ACP (acyl carrier protein). La protena transportadora de grupos acilo se caracteriza por tener un grupo fosfo-
pantetena, con un grupo -SH (en verde) al nal. Esta protena activar el malonil y actuar como macrocoen-
zima A (un coenzima A gigantesco).

Acetil CoA+ HCO
3

+ ATP
acetil CoA carboxilasa
Malonil CoA+ ADP + P
i
+ H
+

#2 Acetil CoA+ ACP
acetil transacilasa


Acetil ACP + CoA

#3 Malonil CoA+ ACP
malonil transacilasa


Malonil ACP + CoA
A partir de este momento, se da una condensacin eliminando ACP y dixido de carbono.
La reaccin es catalizada por la acil-malonil ACP enzima condensante. El compuesto que se
forma es el acetatoacetil ACP.
La reduccin de ese doble enlace vendr de la mano de una oxidacin de una molcula de
NADPH, para as formar D-3-hidrobutiril ACP. De carbonilo, pues, el grupo pasa al hidroxi-
lo. A este paso le sigue una deshidratacin, tranformando en grupo hidroxilo en doble enlace
(aunque este vez en C2 y no en forma de grupo carbonilo). Y, nalmente, hay otra reduccin
de la mano de NADPH que rompe ese doble enlace y as ya podemos empezar a ver la ca-
dena hidrocarbonada.

#4 Acetil ACP + Malonil ACP Acetoacetil ACP + ACP + CO
2
Para que esto sea un cido graso
el doble enlace sombreado debe
reducirse. Debemos formar una
cadena hidrocarbonada para te-
ner un cido graso.
Ntese el gasto de NADPH. En biosntesis se suele gastar este aceptor temporal de electro-
nes.
Todas las reacciones de la sntesis de cidos grasos, a excepcin de la catalizada por
la acetil-CoA carboxilasa (la primera), se da en un sistema enzimtico denominado cido
graso sintetasa. Tiene un total de siete centro activos (funciones) diferentes. Se trata de un
dmero y en cada una de las subunidades podemos distinguir tres dominios: el de entrada de
sustrato, el de reduccin (formacin de doble enlace) y uno de liberacin (hidroliza y libera
el cido graso).
Tenemos dos subunidades que actan conjuntamente, translocndose. Para generar un cido
graso de 16 carbonos se debe repetir el ciclo un total de 8 veces. El balance sera:
Una visin general
La sntesis de cidos grasos precisa de acetil-CoA, el cual se encuentra en la mitocondria.
Por tanto, debe ser transportado. Nos encontramos con el problema de que ste no dispone
de un transportador particular y, por ello, se une al citrato (que s que tiene transportador
propio). Una vez fuera, el acetil-CoA se desprende del citrato y vuelve a dar oxalacetato. ste
ltimo entra en el interior en forma de piruvato. Para ello: paso de oxalacetato a malato (ma-
lato deshidrogenasa, gastando NADH); despus el malato se transforma al piruvato por me-
dio del enzima mlico, el cual genera NADPH (hay pocos enzimas que lo generan) y dixido
de carbono. Finalmente, el piruvato, ya en el interior, por medio de la piruvato carboxilasa y
gracias a ATP, vuelve a oxalacetato.
!"#$% &'()% )#*+,+()(-$,-(*#.(/,)
cido graso sintasa de animales. AT: acetil transacetilasa (r2); MT: malonil transacetilasa (r3); CE: enzima con-
densante (r4); ACP: protena transportadora de grupos acilo). TE: tioesterasa (libera el cido graso). r de
reaccin.

8Acetil CoA+7ATP +14NADPH Palmitato +7ADP +7P
i
+14NADP
+
Hemos gastado NADP, NADH y ATP para todo este proceso y hemos generado el raro
NADPH. Precisbamos de 14 molculas de NADPH y por medio de este proceso generamos
1 NADPH por acetil-CoA. Si necesitamos 8 acetil-CoA, generamos 8 NADPH. Dnde estn
los seis que faltan? De la va/ruta de las pentosas.
Regulacin de la acetil CoA carboxilasa
Este enzima se regula por fosforilacin y metabolitos. Su forma fosforilada, favorecida por la
actuacin de la proteina quinasa dependiente de cAMP (la PKA), es la forma inactiva y la
forma desfosforilada sera la forma activa. Esta fosfo- o desfosforilacin es dependiente del
estado energtico de la clula. Si los niveles de AMP son elevados, el nivel energtico es ba-
jo, por tanto la biosntesis no se dar (necesitamos generar energa: Krebs, gluclisis...).
Respecto a los metabolitos, el citrato sera aquel que logra medio activar el enzima,
haciendo que el enzima, a pesar de estar fosforilado, est parcialmente activo. Pensemos que
sin citrato no hay transporte. El ATP tambin podra ser un modulador positivo.
En una clula jams se dar a la par la oxidacin de cidos grasos y la sntesis de stos. Por
tanto, toda esta regulacin est coordinada. En la gluclisis igual: no se da gluclisis y glu-
coneognesis a la vez.
Por ejemplo, el malonil ACP es un inhibidor de la CPT1 (si recordamos, es el enzima
que se encarga de catalizar la reaccin que pasa la carnitina a acil carnitina y as se produce
el transporte de cidos grasos a la matriz). Si esto ocurre, se inhibe la oxidacin de los cidos
grasos.
ACP citrato liasa
(gasto de ATP) Cuando hay exceso
de acetil-CoA
Para acabar con este tema, comentar que podemos sintetizar cidos grasos con ms de 16
tomos de carbono y con insaturaciones. Estas reacciones son reacciones de elongacin e
insaturacin y se dan en sistemas enzimticos ubicados en la membrana externa del RE.
A partir del carbono 9, pero, no podemos realizar esas insaturaciones. Por tanto, ci-
dos grasos como el omega 3 y 6 son esenciales (-3 y -6) y debemos incorporarlos por la
dieta.
Control de la acetil CoA carboxilasa. En estado desfosforilado observamos que tiene una mayor actividad.
TRANSPORTE A TRAVS DE MEMBRANAS
Introduccin
Las molculas, al encontrarse con una membrana lipdica, pueden pasar al otro lado em-
pleando diversos mecanismos, siempre en funcin de su naturaleza. Las molculas apolares,
por ejemplo, no precisan de transportador o bomba alguna debido a que pasan por difusin
simple. El problema vendra con aquellas molculas inicas o polares; precisan de una serie
de canales o bombas para que se produzca una difusin facilitada (sin gasto de energa) o un
transporte activo (que ya implica un gasto).
La diferencia de energa libre (G) ser importantsima. As pues, compuestos cuyo
transporte tenga una G negativa realizar o bien una difusin simple o una facilitada (a tra-
vs de un canal). Si el transporte, en cambio, tiene una G positiva, ste no ser termodin-
micamente favorable y deberemos acoplarlo a una reaccin exoergnica para que se d.
Bombas y canales
A continuaci trataremos diferentes bombas y canales con mucha o poca profundiad. Nota:
las bombas tambin pueden denominarse ATPasas.
Bomba de sodio/potasio o bomba de calcio
Ambas bombas son consideradas como ATPa-
sas de tipo P debido a que en su estructura
contiene un dominio P. Esto nos indica que uno
de los aminocidos de ese dominio se puede
fosforilar, cambiando la conformacin del
complejo. En nuestro caso, estas bombas dis-
ponen de tres dominios: P (ya citado), N (donde
se aade el nucletido) y A (que se supone que
controla/activa el dominio N).
En el caso de la bomba de calcio, la de
la imagen, el aminocido fosforilado en el do-
minio P es el aspartato 351, formndose -fos-
forilaspartato. La fosforilacin corre a cargo del
nucletido que se ha aadido en el dominio N.
Presenta 10 hlices transmembrana.
La bomba de calcio se encuentra en el
retculo sarcoplasmtico y se encarga de rein-
troducir el calcio en dicho retculo. Ese calcio
ha sido liberado previamente para que se d la
contraccin muscular (gran complejo de la tro-
Bomba de calcio. Pertenece a la familia de las
ATPasas de tipo P (por el dominio P en rosa).
ponina; tropomiosina, miosina II muscular, sarcmero, mirar en biologa celular). Si quere-
mos hablar de lo que ocurre paso a paso, en primer lugar lo que se da es la adicin de un
ATP y dos cationes divalentes calcio en el interior del canal que forman las 10 hlices . A
continuacin un grupo fosfato del ATP pasa al dominio P para fosforilar el aspartato, cam-
bindose la conformacin de la bomba de calcio y dejando una abertura en la zona que da
al retculo sarcoplasmtico para que salgan los cationes calcio. Finalmente se hidroliza el
fosfato del aspartato y se vuelve a la conformacin inicial (en la imagen que hay a continua-
cin se ilustra paso a paso).
Flipasas e inhibidores
Las ipasas
19
catalizan el movimiento de ip-op que hacen los fosfolpidos de manera natu-
ral muy lenta. Este proceso parece ser que se acopla a la hidrlisis del ATP en la bomba de
calcio.
Respecto a los inhibidores
20
, la digitoxigenina es un esteroide que hace que inhibe la
bomba y hace que el calcio permanezca en el citosol. Por tanto, eso se traduce en que la
contraccin muscular se va reiterando. Una aplicacin de esto son los cardiotnicos, dedi-
cados a personas con insuciencia cardaca.
19
Segn unos apuntes, las ATPasas tipo P tienen actividad ipasa.
20
Al parecer impiden la fosforilacin del aspartato ubicado en el dominio P.
MDR y CFTR (protenas ABC) (leer mejor del Stryer).
Tanto la MDR como la CFTR son protenas ABC (del ingls ATP-binding-cassette). Tienen dos
dominios transmembrana y dos dominios de unin a ATP. En el caso de la MDR (multidrug
resistance protein), es una protena que se encarga de expulsar molculas al exterior de la
clula (entre ellas, los frmacos, generndose la resistencia).
De igual manera sucede con la CFTR (cystic brosis transmembrane regulator), por
medio de ATP se expulsan molculas. En el centro de la CFTR hay un canal de cloro. Muta-
ciones en la CFTR provocan la brosis qustica.
Existe tambin un transportador de histidina, pero apenas se coment.
Transportadores secundarios (cotransportadores)
Son aquellos en que se aprovecha la entrada de una molcula para la salida u entrada de
otra. Existen los antiporter (una molcula entra y otra sale) y los symporter (las dos entran).
Un claro caso de simporter sera el que acopla la entrada de sodio y glucosa al interior de las
clulas epiteliales del intestino delgado para realizar un transporte transcelular de glucosa
hasta el capilar sanguineo.
Otro symporter es aquel que emplea una bacteria para interiorizar lactosa a partir de
un gradiente de protones que ya se da (los protones van a favor de gradiente).
Transporte por bomba ATPasa y transporte por symporter. En el primer caso observamos que se hidroliza ATP
para efectuar un transporte de sodio hacia el exterior y otro de potasio hacia el interior (ambos en contra de
gradiente). En el segundo caso vemos como aprovechando que el sodio va a favor de gradiente, podemos inte-
riorizar tambin glucosa. Si el sodio no fuera a favor de gradiente el proceso realizado por el symporter no se
podra dar.
Canales inicos
Los canales inicos son estructuras que dejan pasar iones, si bien son bastante selectivos y
cada uno de ellos deja pasar a uno o un rango especco de iones. A continuacin se adjun-
ta una tabla con cuatro canales distintos y las permeabilidades para distintos iones.
Si nos jamos en el canal de sodio, por ejemplo, ste deja pasar el 100% del sodio y hasta
un 93% del litio. En cambio, no deja pasar prcticamente potasio ni cloro ni otros. En el ca-
so del canal de potasio la situacin cambia, ni el litio ni el sodio pueden pasar pero el rubi-
dio y el potasio s. Todo esto se ver porqu ms adelante.
El canal puede encontrarse o abierto o cerrado. Para regularse se basta con un ligando
o con un cambio en la polaridad de la membrana. En el estado abierto (que dura unos mili-
segundos), el canal deja pasar hasta 1.000 veces ms molculas que las bombas.
Si nos jamos en el receptor de acetilcolina, veremos que es bastante grande y por
ello deja pasar a casi la gran mayora de iones (a excepcin del cloro). Este receptor se en-
cuentra en la membrana postsinptica y es regulado por ligandos. Al recibirlo el canal se
abre, dejando pasar sodio y potasio (el potasio sale y el sodio entra) inicindose un proceso
de despolarizacin (al perderse el estado estacionario en el que se encuentra la clula). Este
cambio de polaridad es en s un mecanismo de control de otros canales (canales de sodio y
potasio?) producindose la conduccin saltatoria (mirar en biofsica).
Nota: si miramos la secuencia de aminocidos de los canales, veremos una serie de secuen-
cias transmembrana, cada una de ellas con una funcin determinada. En el caso del canal de
potasio, la protena en s es pequea, pero forma tetrmeros para igualar a los otros canales.
Si queremos ver los detalles de los canales veremos que hay una zona ancha y una ms es-
trecha, donde se practica la selectividad que caracteriza los canales. El principio bsico es
que todo in, al presentar carga, se encontrar solvatado al estar en un medio acuoso. Los
iones solvatados pasan con facilidad por la parte ms ancha pero al encontrarse con la parte
ms estrecha nicamente pasarn unos determinados iones.
El in, antes de atravesar la parte estrecha, deber desolvatarse. Este proceso precisa
energa y sta puede ser contrarrestada por medio de una energa de estabilizacin generada
entre unos aminocidos de carga contraria del canal y el propio in. Esto recuerda a la ener-
ga de activacin (energa de desolvatacin en este caso) y la energa de jacin (energa de
estabilizacin en este caso).
Viendo esto, cmo es posible que el sodio no pase por el canal de potasio si presenta un
radio inico menor? Porque, si bien es ms pequeo, ello tambin implica que estar rodea-
do por ms molculas de agua (ms solvatado) y, por tanto, la energa de desolvatacin ser
mayor, siendo la misma la energa de estabilizacin. Por eso mismo, el transporte no se pro-
ducir debido a que la energa de estabilizacin es insuciente. Para que un canal pueda ser
usado por varios iones, stos deben tener en comn un radio inico para que la energa de
desolvatacin tambin sea similar. Adems, la carga debe ser la misma para que se pueda
aplicar esa energa de etabilizacin.
El canal de sodio, por ejemplo, permite el paso del sodio con una molcula de agua,
adems del litio.
Canal de potasio. Las bolitas rojas indican unos aminocidos: treonina, valina, glicina, tirosina y glicina, que
ayudan a estabilizar el potasio entrante y contrarrestan la energa que se emplean en desolvatar el in. La se-
cuencia de aminocidos presente es lo que le da la selectividad al canal.
Comentar que el potasio que se encuentra en la zona estrecha sale porque le viene por de-
trs otro potasio (repulsin por cargas iguales y el potasio ms extremo sale).
Para acabar, los canales se pueden cerrar por medio del modelo de la cadena del pre-
sidiario. Es decir, al haber una despolarizacin de la membrana la densidad de carga a un
lado y otro de la membrana cambia respecto al signo. Esto hace que un apndice con carga
positiva se sienta atrado por la cara de la membrana donde est ubicado y que se acople,
cerrando el canal.
Modelo de la cadena del presidiario