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Química orgánica. Estereoquímica.

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QUÍMICA ORGÁNICA

Texto con aplicaciones para las ciencias de la vida

ESTEREOQUÍMICA
Pablo Miguel González Judd IPN Escuela Nacional de Ciencias Biológicas México 2012

QUÍMICA ORGÁNICA Texto con aplicaciones para las ciencias de la vida

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ESTEREOQUÍMICA: Una vez conociendo las fórmulas importa también la forma.

INTRODUCCIÓN
La estereoquímica se define como la rama de la química que estudia la estructura molecular en tres dimensiones. El estudio de la estereoquímica de moléculas orgánicas e inorgánicas complejas, así como el análisis del fenómeno de la estereoisomería constituyen, hoy día, herramientas de gran importancia en áreas como síntesis orgánica, bioquímica, inmunología, genética, biología molecular y farmacología. Mientras que la comprensión de los conceptos de configuración absoluta y relativa nos permitirá comprender la gran diversidad de productos naturales que existen, así como las diferencias en actividad biológica que presentan muchos de ellos. Adicionalmente se revisarán las reglas I.U.P.A.C. para la determinación de la configuración absoluta y relativa de dichos compuestos lo cual nos permitirá nombrarlos y diferenciarlos.

1. ESTEREOISOMERÍA Y CLASIFICACIÓN DE ESTEREOISÓMEROS
Estereoisomería. Como se mencionó en el tema de isomería de la Unidad 2, además de la isomería se descubrió el fenómeno de la estereoisomería en el cual dos o más compuestos pueden tener la misma fórmula molecular condensada y en donde sus átomos están unidos de la misma manera y que sólo difieren en la orientación de sus grupos en el espacio tridimensional y sin embargo pueden poseer propiedades físicas y químicas idénticas. No obstante, también encontraremos estereoisómeros como los descritos anteriormente, pero cuyas propiedades físicas son muy diferentes. Por último, es importante enfatizar que gracias al fenómeno de la estereoisomería existe una muy amplia variedad de monosacáridos, aminoácidos, y muchos productos naturales con una amplia gama de actividad biológica. Por otro lado, el dominio de la síntesis asimétrica (Unidad 8), que constituye la capacidad de generar un estereoisómeros sobre otro, ha permitido en las últimas décadas la síntesis de una gran variedad de medicamentos en beneficio de la medicina. En 1847 Luis Pasteur encontró que la molécula de ácido tartárico podía existir como dos estereoisómeros en el que uno, es la imagen especular del otro, pero que poseen propiedades físicas y químicas idénticas. ¿Cómo descubrió esto Pasteur? Investíguelo y descubrirá un ejemplo de la paciencia que puede

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QUÍMICA ORGÁNICA Texto con aplicaciones para las ciencias de la vida requerir la investigación científica. Con el tiempo se descubriría que muchas moléculas que presentan estereoisómeros, tienen la peculiaridad de que solo uno de ellos ya sea el de la serie S o el de la serie R, tienen actividad biológica o se encuentran de forma corriente en la naturaleza.

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Fig. 1 Estereoisómeros del ácido láctico. Obsérvese como alrededor del carbono central (Carbono quiral) los sustituyentes cambian su orientación en ambos enantiómeros. Con el transcurso de estas investigaciones se encontró que muchos alquenos también pueden existir como estereoisómeros y que sus formas solo difieren por la orientación espacial de sus sustituyentes. Estos alquenos, se han diferenciado usando los prefijos Cis o Trans al inicio del nombre I.U.P.A.C., aunque actualmente ya se está reemplazando este sistema de nomenclatura por el uso de (Z) y (E) respectivamente, como Cis y Trans, letras que son las iniciales de los vocablos alemanes Zusamenn y Entgegen que significan "mismo lado" y "lados opuestos" respectivamente. Para el caso particular de estos compuestos el simple cambio de la posición de alguno de sus substituyentes origina diferencias notables en los puntos de ebullición y de fusión de estos pares de estereoisómeros. Existen también otro tipo de estereoisómeros Cis y Trans en algunos cicloalcanos como el cis-1,2-dibromociclobutano y el trans-1,2dibromociclobutano, en los cuales los átomos de bromo unidos a carbonos adyacentes se orientan hacia un solo lado y hacia lados diferentes como se indica en el siguiente esquema.

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Fig.

Fig. 2 Isómeros CIS y TRANS del 1,2-dibromociclobutano. En los monosacáridos (azúcares sencillos) existe naturalmente un enorme número de estereoisómeros cada uno de los cuales desempeña un papel específico en los sistemas vivos. Los polipéptidos pueden igualmente presentar un gran número de estereoisómeros y que análogamente tienen una función en la célula. Por otro lado, la actividad biológica de un gran número de productos naturales se debe precisamente a la estereoisomería, ya que cada estereoisómero presenta una actividad biológica específica o incluso pueden existir productos naturales inactivos para una especie pero activos para otra. Antes de estudiar con más detalle los diferentes tipos de estereoisómeros que existen será útil la comprensión de algunos conceptos importantes de estereoquímica los cuales se definen a continuación. Centro quiral. Es un átomo con hibridación sp3 que posee cuatro sustituyentes diferentes. La orientación espacial de sus sustituyentes, estructura tridimensional o estereoquímica de un carbono quiral, puede darse empleando una representación o proyección conocida como proyección de cuña:

Fig. 3 Representación esquemática de un átomo de carbono quiral por medio de la proyección de cuñas. Los sustituyentes enlazados al carbono quiral por medio de líneas (Y y Z) están en el mismo plano. El sustituyente enlazado por una cuña rellena (X) está delante de ese plano y el sustituyente enlazado al carbono quiral por medio de líneas (H) está detrás de ese mismo plano. Y, Z, X y H son cuatro sustituyentes cualquiera distintos entre sí (Por ejemplo átomos de Cl, Br, I y un grupo CH3)

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QUÍMICA ORGÁNICA Texto con aplicaciones para las ciencias de la vida Es importante señalar que existen otros tres tipos de representaciones o proyecciones que se utilizan regularmente para dar la estereoquímica de compuestos que contienen centros quirales con el propósito de especificar el estereoisómero al cual nos referimos aunque también existe la alternativa de especificar dicho estereoisómero por medio de su configuración absoluta contenida en su nombre completo lo cual se estudiará más adelante en las reglas para determinar la configuración absoluta. Algunos ejemplos de compuestos con dos o más centros quirales y que pueden representarse mediante las cuatro representaciones o proyecciones utilizadas para dar la estereoquímica de cualquier compuesto serían los siguientes: Molécula quiral. Es aquella que no es superponible con su imagen especular. Quiralidad. Se dice que es la propiedad de la no superponibilidad con la imagen especular correspondiente. La palabra viene del griego “Kiros” que quiere decir manos y que priginó otras palabras de uso común como quiromancia, que es la adivinación por medio de la “lectura de manos” ¿Puede usted superponer sus manos? Piense en objetos comunes que se puedan superponer a su imagen especular, ¿hay alguno?

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Fig. 4 Moléculas quirales. (Aminoácidos). Así como las manos derecha e izquierdas los enantiómeros de una molécula quiral no pueden superponerse aunque su composición química sea la misma, pues la orientación se sus sustituyentes alrededor de un centro quiral es inversa, así como los dedos se ordenan inversamente alrededor de las palmas de las manos.

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QUÍMICA ORGÁNICA Texto con aplicaciones para las ciencias de la vida Actividad óptica. Se dice que un compuesto ópticamente activo es capaz de hacer girar el plano de la luz polarizada (¿Qué es la luz polarizada?, es distinta de la luz normal y en su caso ¿cómo se genera?) y que presenta quiralidad.

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Fig. 5. Actividad óptica de una molécula orgánica; el naproxeno. La luz normal “vibra” en todos los planos, tras ser polarizada “vibra” en un solo plano, al atravesar esta luz una muestra contenida en un tubo especial, cambia el plano (ángulo) sobre el que vibra, el analizador detecta este cambio en los ángulos de la luz incidente y la luz que ha pasado por la muestra, como una desviación en grados que luego se expresa como la rotación específica del compuesto [α] D. Definido lo anterior conviene mencionar, para evitar confusiones que existen varios tipos de estereoisómeros y estos pueden clasificarse en enantiómeros, diasterómeros en el sentido estricto, diasterómeros geométricos y compuestos meso. 1. Enantiómeros. Son aquellos compuestos especulares y que no son superponibles entre sí. que son imágenes

Fig. 6 Enantiómeros. Cada una de estas moléculas es la imagen especular de la otra, pero no son superponibles entre sí. Cuando una substancia tiene un enantiómero, se dice que estas 2 substancias constituyen un par enantiomérico.

2. Diasterómeros en el sentido estricto. Son aquellos compuestos que no son imágenes especulares entre sí, ni son superponibles entre si y que presentan centros quirales.

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QUÍMICA ORGÁNICA Texto con aplicaciones para las ciencias de la vida 3. Diasterómeros geométricos. Son aquellos compuestos que no son imágenes especulares entre sí, ni son superponibles entre sí y que no presentan centros quirales. 4. Compuestos meso. Son aquellos que a pesar de contener centros quirales pueden ser superponibles entre sí.

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Fig. 7 Cis-1,2-dibromociclobutano El Cis-1,2-dibromociclobutano es un compuesto meso, porque se puede superponer con su imagen especular, otra forma de ver a los compuestos meso, es porque al ser atravesados por un eje de simetría este los corta en 2 secciones iguales entre sí.

Cuestiones adicionales. 1.-Escriba todos los isómeros posibles de ¿Qué tipo de isomería presentan? Estas moléculas entre sí. fórmula C5H12

2.-Indique cuales de los siguientes compuestos presentan isomería geométrica, escriba el isómero faltante a. 1-Iodo-2-penteno b. 2-Cloro-1-propeno c. 1-Bromo-1-buteno

Responde a las siguientes preguntas y como respuesta de cada una de ellas propón una palabra clave, que te permita condensar el concepto en cuestión 1. ¿Qué indican las letras E y Z en el nombre de un compuesto? 2. ¿Cuál es la importancia de la isomería? 3. ¿Cuáles son las propiedades claves de un compuesto quiral? 4. ¿Qué tipo de isómeros no son imágenes especulares entre sí, ni son superponibles entre sí pero presentan centros quirales?

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2. CONFIGURACIÓN ABSOLUTA
Los investigadores Cahn, Ingold y Prelog conociendo que la orientación espacial de los sustituyentes presentes en uno o más centros quirales en un compuesto puede cambiar y que esto se refleja, en las proyecciones de Cuña, de Newmann, de Fischer (veáse luego) o de Caballete, se dieron cuenta de la necesidad de incorporar la estereoquímica al nombre I.U.P.A.C. de un compuesto con el objeto de poder referirnos a un estereoisómero en particular sin la necesidad del empleo de una representación o proyección. Así juntos en 1956 desarrollaron un conjunto de reglas para poder determinar la estereoquímica de un compuesto anexándola al nombre del compuesto lo cual permitió identificar a un estereoisómero específico mediante su nombre sistemático. Lo anterior además de práctico para la literatura, la investigación y el comercio (Imagine usted que como ingeniero tiene la necesidad de solicitar a un proveedor por correo electrónico, un estereoisómero específico, de interés en su compañía, ¿Podría usted anexar en todos los casos el dibujo del compuesto?) resulta importante por que nos permite por tanto caracterizarla de manera más adecuada al determinar la orientación espacial de los sustituyentes en un centro quiral, que es lo que se denominó configuración absoluta y que nos da inequívocamente la estereoquímica de una molécula. Entonces , las reglas de Cahn, Ingold y Prelog nos permiten determinar la configuración absoluta de los centros quirales presentes en un compuesto y que dicha configuración absoluta es parte del nombre I.U.PA.C. de dicho compuesto. Para poder estudiar y comprender estas reglas analizaremos el compuesto clorobromoyodometano el cual es un halogenuro de alquilo con un solo centro quiral (¿Cuál es la fórmula de este compuesto?). 1. Colocar el átomo o grupo de menor prioridad lo más lejos del observador. Para el caso particular del clorobromoyodometano esta regla nos pide que coloquemos el átomo de hidrógeno lo más lejos de nosotros puesto que es el átomo de menor prioridad, es decir, es el átomo con el menor número atómico. Esto podemos visualizarlo mediante la proyección de Newmann y colocando el átomo de hidrógeno lo más lejos de nosotros de tal forma que dicho átomo no puede ser observado con esta proyección, lo cual puede verse en el siguiente esquema.

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Fig. 8 Proyección de Newman para el clorobromoyodometano. (a un lado se da la representación de cuñas, para apreciar la disposición real de la molécula). 2. Numerar los tres átomos o grupos restantes de acuerdo a su prioridad, empleando el número uno para aquel que tenga la mayor prioridad. Para el caso de nuestro compuesto, los tres átomos restantes son el yodo, el bromo y el cloro a los que asignaremos los números 1,2 y 3 respectivamente dado que el primero posee la mayor prioridad, esto es, el mayor número atómico; mientras que asignaremos el número 3 al cloro por tener la menor prioridad de los tres.

Fig. 9 Proyección de Newman para el clorobromoyodometano tras haber asignado la prioridad para sus sustituyentes (a un lado se da la representación de cuñas, para apreciar la disposición real de la molécula). 3. Dibujar una flecha desde el átomo o grupo de mayor prioridad hasta aquel de menor prioridad. Si la flecha va en el sentido de las manecillas del reloj la configuración es R y si la flecha va en sentido

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QUÍMICA ORGÁNICA Texto con aplicaciones para las ciencias de la vida contrario al de las manecillas del reloj la configuración es S. Una vez que hemos numerado los átomos procederemos a dibujar una flecha como esta regla nos lo indica y de esa forma asignaremos la configuración R o S al centro quiral de nuestro compuesto como se indica en el siguiente esquema.

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Fig.10 Configuraciones R y S para el clorobromoyodometano. 4. Si dos o más sustituyentes del centro quiral poseen la misma prioridad, se procederá a analizar la primera esfera de sustitución. Esta regla nos dice que si dos o más sustituyentes poseen el mismo número atómico tendremos que analizar los otros tres átomos unidos a él que conforman la primera esfera de sustitución. A continuación se da un ejemplo en el cual se aplica esta regla.

Fig. 11 D-Gliceraldehido. La configuración de este compuesto, está dada por el átomo de oxígeno, el carbono base de alcohol y el átomo de hidrógeno, estos tres sustituyentes constituyen la primera esfera de sustitución y son los que asignan la configuración absoluta de la molécula, el D-Gliceraldehido tiene por lo tanto una configuración R.

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QUÍMICA ORGÁNICA Texto con aplicaciones para las ciencias de la vida 5. Si al aplicar la regla anterior aparecen dos o más primeras esferas de sustitución con la misma prioridad, se procederá a analizar la segunda esfera de sustitución para cada caso y así sucesivamente hasta determinar el sustituyente que posea la esfera de mayor prioridad. Esta regla nos dice que si encontramos dos o más primeras esferas de sustitución con la misma prioridad, debemos proceder a analizar las segundas esferas con el objeto de determinar que esfera posee la mayor prioridad y así determinar que sustituyente posee la mayor prioridad ; y en caso de que encontremos dos o más segundas esferas con la misma prioridad debemos ir a analizar las terceras esferas de sustitución para cada caso para determinar cuál de ellas tiene la mayor prioridad y así sucesivamente hasta determinar el orden de prioridad para cada sustituyente. Proponga un ejemplo de compuesto donde sea necesario aplicar esta regla.

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Fig. 12 Configuración absoluta de los centros quirales de un polisacárido. Los polisacáridos son compuestos con múltiples esferas de sustitución.

Cuestiones adicionales 1.- Escriba los siguientes grupos en orden decreciente de prioridad:

2.- Investigue las distintas proyecciones utilizadas para representar moléculas. Represente por medio de estas la molécula de trans-dicloroetano.

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QUÍMICA ORGÁNICA Texto con aplicaciones para las ciencias de la vida Conteste lo siguiente, igualmente proponga como respuesta breve a cada pregunta una palabra o frase que le permita recordar el concepto clave del tema en cuestión. 1. ¿Cómo se indica en el nombre sistemático la estereoquímica de un compuestos químicos? 2. ¿Qué se hace cuando en un centro quiral 2 o más sustituyentes tienen la misma prioridad? 3. ¿Pueden asignarse configuraciones absolutas a átomos de carbono con dobles enlaces, si es así que regla (s) seguiría para hacerlo? 4. Si una molécula tiene más de un centro quiral ¿se señala en el nombre sistemático de esta la configuración de cada centro quiral? En caso afirmativo ¿Cómo lo hace?

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3. CONFIGURACIÓN RELATIVA
Los diasterómeros geométricos pueden orientarse como Cis o Trans, lo cual también puede indicarse como (Z) o (E) respectivamente. Para estos estereoisómeros los términos Cis y Trans o (Z) y (E) se refieren a su configuración relativa (no se puede hablar de una configuración absoluta al no ser en realidad los 4 sustituyentes del átomo de carbono quiral, diferentes entre sí) configuración que se indica siempre al inicio del nombre sistemático del compuesto. En el caso de átomos unidos a los carbonos que poseen un doble enlace (¿Qué estado de hibridación presentan dichos átomos? y subsecuentemente ¿qué geometría exponen?), se elegirán los que tengan el mayor número atómico como en el ejemplo anterior se eligieron los halógenos con respecto al hidrógeno. En el caso de los grupos alquilo o arilo unidos a los carbonos que tienen un doble enlace estos grupos también tendrán prioridad en relación con el hidrógeno. Cuando se trata de diasterómeros en el sentido estricto, es posible también determinar su configuración relativa ¿Por qué se habla de configuración relativa y no absoluta en ente tipo de compuestos? Como se evidencia al analizar respecto a su estereoisomería estereoisómeros como los que exhiben algunos monosacáridos que existen como pares de diasterómeros conocidos como epímeros y que solo difieren en la configuración absoluta de un solo

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QUÍMICA ORGÁNICA Texto con aplicaciones para las ciencias de la vida centro quiral como se observa en el siguiente esquema

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Fig. 13 Epímeros Como puede observarse en este esquema, ambos epímeros guardan una relación de imágenes no especulares y no superponibles. Se usan los nombres comunes de los compuestos. Cuando se analizen las biomoléculas se verá que los monosacáridos pueden además formar diasterómeros cícliclos, que se denotan como alfa y beta. Otro tipo de diasterómero más complejo aún lo tenemos en algunos productos naturales como él colesterol que tiene 8 centros quirales, aunque hay moléculas, por supuesto, más complejas, aún con 30 o más centros quirales. Cabe señalar que este tipo de moléculas rara vez se analizan y describen por métodos tradicionales, sino que su análisis suele hacerse por métodos informáticos especializados.

Fig. 14 Molécula de colesterol. Se señalan sus 8 centros quirales y la orientación de sus sustituyentes alrededor de estos. Proponga usted la configuración de cada uno de estos centros quirales

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QUÍMICA ORGÁNICA Texto con aplicaciones para las ciencias de la vida Cuestiones adicionales 1.-Investigue 10 moléculas que tengan al menos 5 centros quirales. Discuta donde son comunes estos compuestos. Responda las siguientes preguntas y proponga el concepto clave a la que cada una hace referencia, puede necesitar consultar bibliografía adicional. Pero en las ciencias de la vida algunos de los conceptos a desarrollar tienen una importancia extraordinaria. 1. ¿A qué se refiere la configuración relativa de una molécula? ¿Qué es lo que esta denota? 2. ¿Qué tipo de moléculas se analizan mediante su configuración relativa? 3. ¿Qué es un centro pro-quiral? 4. Describa que son los epímeros y en qué tipo de compuestos se presentan.

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