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MICROBIOLOGA AMBIENTAL

MICROBIOLOGA GENERAL 2006-2007

Cmo crecen los microorganismos en la naturaleza? En qu fase de crecimiento estn? Qu tipo de cultivo se ajusta ms a las condiciones naturales? Qu valores de T, aw, pH, y condicin redox encontramos en la naturaleza? Qu tipos de microorganismos encontramos? (Bacterias, hongos, virus)

Tema 23.- Los microorganismos en la naturaleza. El microorganismo y su microambiente. Superficies y biofilmes. Mtodos de ecologa microbiana. Mtodos de enriquecimiento y aislamiento. La columna de Winogradsky. Identificacin y cuantificacin de microorganismos usando sondas de cidos nucleicos, anticuerpos fluorescentes y recuentos de viables. Medida de la actividad de microorganismos usando istopos estables. Ambientes acuticos. Ambientes terrestres. Formacin del suelo. El suelo como hbitat microbiano. Microbiologa de la subsuperficie profunda. Metagenomas

individuo Comunidad 2

poblacin

Comunidad 1

Gremios

Comunidad 3

Zona xica

Distancia (mm)

Zona anxica

Distancia (mm)

microcolonias

Columna de Winogradsky
Mtodo de enriquecimiento Papel de aluminio

Agua de charco o estanque

Algas y cianobacterias

Bacterias prpura

Barro suplementado con nutrientes orgnicos y con CaSO4

Bacterias del azufre verdes y prpura

Descomposicin anxica y reduccin del sulfato

Rolf Daniel. 2004. The soil metagenome a rich resource for the discovery of novel natural products. Current Opinion in Biotechnology. Volume 15, Issue 3, Pages 199204

Rolf Daniel. 2004. The soil metagenome a rich resource for the discovery of novel natural products. Current Opinion in Biotechnology. Volume 15, Issue 3, Pages 199204

Universal tree of life

Uso de istopos estables para detectar actividad biolgica


(muestra 13C/12C) - (estndar 13C/12C) (estndar 13C/12C) X 1000

1. 2. 3.

4. 5.

Ciclos biogeoqumicos. Ciclo del carbono. Metanognesis y sintrofa. Ciclo del nitrgeno. 1. Fijacin del nitrgeno. 2. Desnitrificacin. 3. Nitrificacin. Ciclo del azufre. Ciclo del hierro. 1. Lixiviacin.

Fotosntesis oxignica

Ciclos C y O

Reservorios muy estables

Ciclo del carbono


luz

Produccin de metano a partir de celulosa


metano Origen biolgico Efecto invernadero

Condiciones anaerobias

metangenos arqueas

Respiracin anaerobia

4 H2 + CO2

CH4 + 2 HO2

sintrofa El consumo de H2 es necesario para que se produzca la fermentacin fermentadores consumidores de H2

Produccin de metano a partir de celulosa


metano Origen biolgico Efecto invernadero

Condiciones anaerobias

metangenos arqueas

Respiracin anaerobia

4 H2 + CO2

CH4 + 2 HO2

1.

2.

Produccin total de metano 350 800 x 108 kg/ao Bigena 80-85% total 1. Rumiantes 2. Termitas 70 % 3. Humedales 4. Pantanos Abigena 15 -20 % total 1. Combustin

Aumenta con aporte de protenas Suelos bien drenados a pH neutro Compuestos muy solubles

Inhibidores de nitrificacin nitrapirina

Ciclo del nitrgeno


Alto requerimiento energtico

85% del N2 fijado es bigeno

60 % terrestre 40 % mar Prdidas a la atmsfera 15 % NH3

Interconexin de ciclos biogeoqumicos


Oxidacin anaerobia de CH4
O2 O2 CH4 O2

Aire

O2 NH3 NO2-

O2 NO3CH4

O2 CO2

Agua contaminada con fertilizantes

Bacterias nitrificantes

Bacterias consumidoras de metano

Zona aerobia

Interfase
NO2NH3 N2 NO3CH4 NO2- / NO3CO2 + N2

Zona anaerobia
Planctomyces
Celulosa y otro material vegetal CH4 + CO2 + NH3 Bacterias no cultivadas ni clasificadas (80%) Arqueas relacionadas con las metanognicas (10%)
Raghoebarsing et al. 2006, Nature 440: 918-921

Bacterias anaerobias Protozoos Arqueas metangenas

Interconexin de ciclos biogeoqumicos


Oxidacin anaerobia de CH4 Ciclos del carbono y del nitrgeno 5 CH4 + 8 NO3- + 8 H+ 5 CO2 + 4 N2 + 14 H2O

G0 = - 765 KJ mol-1 CH4 3 CH4 + 8 NO2- + 8 H+ 3 CO2 + 4 N2 + 10 H2O

G0 = - 928 KJ mol-1 CH4

Biomasa del cultivo enriquecido Proceso llevado a cabo por un consorcio > 1 mes

Eubacteria desconocida no cultivada (80%) ARN 16S Arquea prxima a metangenas (20%)

La desaparicin del metano en ambientes contaminados con NO3- es frecuente

Proceso extendido y con importancia ecolgica


Raghoebarsing et al. 2006, Nature 440: 918-921

hidrosoluble
H2S pH bajo HSpH neutro

gas
S2pH alto

Ciclo del azufre

Interconexin de ciclos biogeoqumicos


Oxidacin anaerobia de CH4 Ciclos del carbono y del nitrgeno 5 CH4 + 8 NO3- + 8 H+ 5 CO2 + 4 N2 + 14 H2O

G0 = - 765 KJ mol-1 CH4 3 CH4 + 8 NO2- + 8 H+ 3 CO2 + 4 N2 + 10 H2O

G0 = - 928 KJ mol-1 CH4

Desnitrificacin

Ciclos del carbono y del azufre CH4 + SO4-- + H+ CO2 + HS- + 2 H2O

Efecto txico del HSRaghoebarsing et al. 2006, Nature 440: 918-921