Hola. Gracias a los dos. En principio he conseguido hacerlo con uno.

Primer ejecut chkdsk X:/f (donde X es la unidad) para solucionar un problema y lu ego hice lo de convert X: /FS:NTFS Pero al intentar hacerlo con otro me dice que el disco duro est daado y no se pued e hacer, aunque me da dos soluciones, pero una es la de ejecutar chkdsk X:/f y n o me va, jeje. A ver si lo soluciono, pero en el disco duro que lo consegu no me dio ningn error y me conserv todos los archivos