Foldit

Software distribuido y Plegamiento de protenas, todo en un slo juego

Manual del usuario

Foldit
Foldit es un juego en lnea en el que los jugadores ayudan a resolver uno de los problemas ms complejos de la Biologa: El plegado de protenas. No eres un bilogo? No hay problema! Para jugar, no es necesario ser un especialista en el tema. De hecho, es posible que aprendas mucho sobre los procesos qumicos que permiten la vida a travs de este juego.1

Antes de empezar a leer FAQ

Qu es el plegado de protenas?

Contexto histrico
Pensado bajo la premisa de que una gran cantidad de computadores alrededor del mundo, compartiendo propsitos e informacin, forman el ms grande conocido por el hombre, Foldit junto a otros muchos proyectos cientficos intenta reducir el esfuerzo computacional requerido para descubrir la estructura tridimensional de las protenas. Foldit no es el nico en su clase, existen tambin: POEM@Home2, SIMAP3, World Community Grid4, QMC@Home5, entre muchos otros6. Foldit est basado en la investigacin realizada en Rosetta@Home, un proyecto de computacin distribuida7 que busca predecir la estructura de las protenas; este proyecto se ejecuta bajo la plataforma Berkeley Open Infrastructure for Network Computing (BOINC)8 y es actualmente administrado por el laboratorio Baker de la universidad de Washington. El propsito de Rosetta@home es predecir el acoplamiento protena-protena y disear nuevas protenas con la ayuda de ms de 995.053 computadores voluntarios procesando un promedio de 114,966 teraFLOPS9.
Ilustracin 1

Foldit Wiki [en lnea]. WIKIA, 2011. < http://foldit.wikia.com/wiki/FoldIt_Wiki > [Consulta: 20 noviembre 2011]. 2 POEM@Home http://boinc.fzk.de/poem 3 SIMAP http://boincsimap.org/boincsimap 4 World Community Grid http://www.worldcommunitygrid.org 5 QMC@Home http://qah.uni-muenster.de 6 BOINC Projects. http://boinc.berkeley.edu/projects.php 7 La computacin distribuida o informtica en malla, es un nuevo modelo para resolver problemas de computacin masiva utilizando un gran nmero de ordenadores organizadas en racimos incrustados en una infraestructura de telecomunicaciones distribuida. 8 Para ms informacin consulte este artculo en Wikipedia http://es.wikipedia.org/wiki/Berkeley_Open_Infrastructure_for_Network_Computing o el sitio web oficial http://boinc.berkeley.edu 9 Baker lab. http://boinc.bakerlab.org/rosetta . Rosetta@home.
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En la ilustracin 1 se observa la primera prediccin estructural proteica a alcanzar niveles de resolucin atmica. Rosetta produjo un modelo para el T0281

Por qu se cre Foldit?

Ilustracin 2

Mediante la creacin del videojuego Foldit y su posterior lanzamiento en mayo de 2008, el quipo de Rosetta@Home aspira cumplir su propsito de acoplamiento y diseo proteico. Para esto, utiliza el mtodo crowdsourcing, ms conocido como la tercerizacin masiva o subcontratacin voluntaria.

Por qu un videojuego? Es bien sabido por todos que las investigaciones con fines cientficos no estn al alcance cognitivo de la mayora de la poblacin, de esta manera un proyecto con ambiciones globales tendra muy poca participacin y tardara mucho ms en resolver la problemtica en la que se enfoca. Los desarrolladores que trabajaron en el proyecto crearon la mejor manera para contribuir en la investigacin, sin necesidad de tener conocimientos tcnicos en el rea de las protenas. Slo se necesitan las ganas de jugar en pro del desarrollo cientfico y combatir situaciones biolgicas serias a las que se enfrenta la especie humana hoy en da.

Objetivos10
El proceso por el cual los seres vivos crean la estructura primeria de las protenas, la biosntesis de protenas, es razonablemente bien entendido como el medio por el cual las protenas estn codificadas en forma de ADN. Determinando cmo la estructura primaria de una protena se convierte en una estructura funcional tridimensional Cmo la molcula se pliega- es ms difcil; el proceso general es conocido, pero la prediccin de la estructura proteica es computacionalmente demandante. Foldit es un intento de aplicar el patrn de habilidades natural tridimensional del cerebro humano para resolver este problema. Los enigmas actuales estn basados en las protenas bien conocidas; mediante el anlisis de las maneras en las que los humanos intuitivamente enfocan estos enigmas, los investigadores esperan mejorar los algoritmos empleados los programas informticos de plegamiento de protenas existentes.

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Foldit goals. http://en.wikipedia.org/wiki/Foldit

Ilustracin 3

Rosetta@home (proyecto creador de Foldit) depende del poder de cmputo donado por los miembros unidos al proyecto. Para el 30 de noviembre de 2008, cerca de 47.000 usuarios de 161 pases eran miembros activos de Rosetta@home, contribuyendo juntos un tiempo de procesamiento ocioso proviniendo de cerca de 86.000 computadores para una rapidez de clculo promedio de 77 teraFLOPS. Para el 6 de junio de 2011, Rosetta@home tiene 64.102 computadores activos, juntos procesando a una rapidez promedio de 113,056 teraFLOPS.