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Anexo II - Bio-Rad PdQuest 8.0 Advanced software

PdQuest ofrece el mejor rendimiento en el análisis de geles de 2D y en la gestión de la información. PdQuest es una potente herramienta de análisis comparativo y está específicamente diseñada para aquellos laboratorios que también necesitan analizar muchos geles al mismo tiempo. Sus sofisticadas herramientas de análisis permiten desvelar sutiles diferencias entre los geles comparados (por ejemplo el estudio del efecto de variables como el medio de cultivo, golpes de calor, respuesta a dosis o evolución temporal).

golpes de calor, respuesta a dosis o evolución temporal). Con una larga trayectoria y un una

Con una larga trayectoria y un una ingente cantidad de referencias bibliográficas, PdQuest ha estado siempre mejorando sus herramientas, aumentando la automatización y la integración de nuevas fuentes de datos. PdQuest 8.0 Advanced es un nuevo hito en la gestión de la información del experimento para procesar automáticamente los geles minimizando la intervención del usuario pero manteniendo las herramientas de edición más potentes para perfilar el análisis.

Características principales

Fácil de usar

el análisis. Características principales Fácil de usar PdQuest se desarrolla bajo un entorno gráfico sencillo e

PdQuest se desarrolla bajo un entorno gráfico sencillo e intuitivo donde las guías rápidas resuelven las tareas cronológicamente y en detalle, y ofrecen ayuda contextual vinculada al manual completo de usuario.

Un asistente inicial permite la configuración de todas las variables del experimento incluyendo el análisis simplemente respondiendo, en el lenguaje de la proteómica, las cuestiones que describen el experimento. Estas características se pueden almacenar en forma de plantillas que se pueden aplicar fácilmente a uno o varios experimentos conjuntamente.

Adquisición y optimización de imágenes

PdQuest permite trabajar con una gran variedad de formatos de imagen, incluyendo las generadas por todos los equipo de Bio-Rad, los archivos TIFF e imágenes de otros fabricantes.

Las herramientas de PdQuest permiten ajustar los parámetros de visualización de la imagen, su libre rotación y su color. Así mismo ofrece la representación tridimensional, la superposición de hasta 3 imágenes y la visualización secuencial.

de hasta 3 imágenes y la visualización secuencial. Detección de Spots y Matching La detección de

Detección de Spots y Matching

la visualización secuencial. Detección de Spots y Matching La detección de spots se inicia a partir

La detección de spots se inicia a partir de la sencilla intervención del usuario que indica los parámetros de detección con sólo marcar un spot representativo en la imagen. El asistente maneja el resto para buscar, si es requerido, el mismo número de spots en los demás geles así como herramientas avanzadas para minimizar el striking y las speckles producto de las tinciones. El modelado Gaussiano minimiza la edición manual al resolver el solapamiento de spots y mejora la cuantificación.

El proceso de matching (identificación de los spots en los diferentes geles) es automático y contiene varios niveles de precisión para resolver migraciones anómalas entre geles.

Tanto el proceso de detección spots como el matching contienen herramientas complementarias de edición manual y de filtrado de spots que permiten obtener resultados incluso en las primeras etapas de optimización de un experimento de 2D.

El modo de visualización avanzado permite ver las imágenes corregidas donde se superponen los spots comunes en los diferentes geles.

Herramientas de Normalización y Análisis

PdQuest permite varias estrategias de normalización para la cuantificación precisa que está en la base del análisis comparativo de geles 2D. Cada estrategia se adapta al tipo de experimento (m ultifluorescencia,D IG E,radioactividad,… ),altipo de tinción (tinción de plata,coom assie, fluorescencia,… )y a la inform ación disponible (réplicas,diluciones,… ).

Las herramientas de análisis permiten análisis estadísticos de conjuntos de réplicas y de clases con índice de significancia ajustable por el usuario. Las operaciones de lógica booleana permiten combinar, discernir y profundizar en el análisis comparativo de geles, conjuntos o experimentos. El algoritmo de Wilcoxon ofrece precisión estadística para el análisis de muestras emparejadas. El análisis de clases permite un número ilimitado de clases y atributos para ajustarse a cualquier diseño experimental.

Informes y Visualización de resultados.

experimental. Informes y Visualización de resultados. PdQuest permite superponer múltiples imágenes usando

PdQuest permite superponer múltiples imágenes usando canales de color independiente que reflejan spots únicos o proteínas modificadas post-traduccionalmente.

También permite crear Cyber-geles producto del solapamiento de rangos de pH estrechos para aumentar la resolución de la técnica más allá de los límites físicos del tamaño del gel.

más allá de los límites físicos del tamaño del gel. La representación de dispersión ( scatter

La representación de dispersión (scatter plot) muestra dinámicamente los spots correctamente identificados en función de su cuantificación comparada para destacar aquellos spots afectados por procesos de up- o down-regulation

PdQuest permite usar el gel como base de datos y repositorio de todo tipo de información adicional vinculada con los spots del experimento:

anotaciones, accesos a bases de datos de Internet, archivos ejecutados por otras aplicaciones,…

Integración con el esquema de trabajo de la proteómica

El análisis comparativo de geles de 2D es una etapa más de un proceso que habitualmente requiere recuperar los spots de interés de los geles para su identificación por espectrometría de masas. Pdquest se posiciona en este esquema ofreciendo una integración perfecta con el picador automático de spots Bio- Rad ExQuest SpotCutter. Esta combinación permite usar la elevada precisión y velocidad de la robótica del ExQuest con el diseño inteligente que proporciona PdQuest para recuperar los

precisión y velocidad de la robótica del ExQuest con el diseño inteligente que proporciona PdQuest para

spots de interés: selección automática de qué geles son los adecuados por su concentración y resolución, selección de spots manual o automática a partir del análisis, hidratación automática de los geles, soporte para geles y/o membranas, múltiples cortes para recuperar el máximo de proteína, alta productividad (hasta 4 geles y 4 microplacas de hasta 384 pocillos a una velocidad de 600 cortes/hora),…

PdQuest también está integrado con el software Bio-Rad IDQuest para el análisis de los datos obtenidos por espectrometría de massas y con Bio-Rad FPQuest para el análisis comparado de las relaciones biológicas con datos de otra naturaleza experimental.

y con Bio-Rad FPQuest para el análisis comparado de las relaciones biológicas con datos de otra