INDICE

Programa para calcular índices de similitud a partir de matrices de presencia-ausencia

Miguel Murguía

Av.mx www.C. Asociación de Biólogos Amigos de la Computación.C. 10200 Tel. A. A. San Jerónimo 507.F.org INDICE Programa para calcular indices de similitud a partir de matrices de presencia-ausencia 2 . y Fax 5668 4660 abaco@att. San Jerónimo Lídice México. D. Col.abacoac. D.R.net.INDICE Programa para calcular índices de similitud a partir de matrices de presencia-ausencia Miguel Murguía Una publicación de: ABACo. © 1990-1998.

Fórmulas de los índices que calcula el programa 4.Contenido 1. Bibliografía INDICE Programa para calcular indices de similitud a partir de matrices de presencia-ausencia 3 . Introducción Indices de similitud como herramienta metodológica en Biología Taxonomía numérica e índices de similitud Biogeografía cuantitativa e índices de similitud 2. El programa INDICE Requerimientos para su uso Formatos de las matrices de datos Ejecutando el programa Formato de la matriz de resultados 3.

los índices de similitud se utilizan en Biología para comparar grupos de organismos (taxa) o para comparar regiones geográficas. Los índices de similitud obtenidos para cada par de taxa se registran a su vez en otra matriz: la matriz de similitud. Las opciones se seleccionan mediante menús de barras. una descripción general de los objetivos y métodos de la taxonomía numérica se encuentra en Kohlmann (1990). por ejemplo. INDICE Programa para calcular indices de similitud a partir de matrices de presencia-ausencia 4 . en donde se registra la presencia o ausencia de los estados de carácter de cada taxon. Introducción El programa INDICE es un programa que calcula una matriz de similitud a partir de una matriz de datos de presencia-ausencia. Una obra clásica sobre taxonomía numérica es la de Sneath y Sokal (1973). El programa está diseñado para que opere en computadoras PC compatibles y tiene requerimientos muy básicos de recursos de memoria y disco. como un paso previo a la generación de fenogramas. por sus siglas en inglés). navegables con las teclas del cursor. apoya en la realización de los cálculos necesarios para proponer clasificaciones de los organismos. área en la que se han desarrollado métodos numéricos para clasificar áreas geográficas de acuerdo a los organismos que las habitan. Una de las primeras etapas de la metodología feneticista es el cálculo de los índices de similitud entre cada par de elementos a clasificar. aplicando métodos de agrupamiento. es decir. llamados OTUs (unidades taxonómicas operativas. La matriz de similitud también es analizada aplicando algoritmos definidos para generar un fenograma. Esa comparación se realiza a partir de la información contenida en una matriz de datos. Taxonomía numérica e índices de similitud La taxonomía numérica es una metodología para hacer operativos los principios de la fenética. El segundo caso cae dentro del ámbito de la biogeografía cuantitativa. Índices de similitud como herramienta metodológica en Biología Con mucha frecuencia. El primer caso cae dentro del ámbito de la taxonomía numérica.1.

INDICE Programa para calcular indices de similitud a partir de matrices de presencia-ausencia 5 . la matriz de similitud puede analizarse para producir un fenograma de áreas. La comparación entre las áreas se realiza mediante la matriz de presencia-ausencia de cada taxón en las áreas. También. Análogamente a las OTUs (por las iniciales en inglés de “unidades taxonómicas operativas”). ahora entre las OGUs. (1996) y para una descripción del método puede consultarse a Crovello (1981) o Birks (1987). como resultado del análisis se produce una matriz de similitudes. (1984).Un resumen bibliográfico donde se pueden consultar referencias que han producido fenogramas a partir de una matriz de similitud puede obtenerse de Baum et al. en biogeografía se definen las OGUs (por las iniciales en inglés de “unidades geográficas operativas”). Biogeografía cuantitativa e índices de similitud Los índices de similitud también son una herramienta muy recurrida para el análisis de la distribución espacial de los organismos. los taxa desempeñan el papel de los caracteres en la taxonomía numérica. De manera análoga a la taxonomía numérica. que en este caso son las áreas geográficas a comparar. así. Un ejemplo de este tipo de metodologías se puede consultar en Villarreal et al.

Formato de las matrices de datos La matriz debe estar en un archivo ASCII.2. En los subsecuentes renglones se escriben los datos presencia-ausencia. ejecute el archivo INSTALA desde el “prompt” de MS-DOS: C:\〉e:instala lo cual hará que se copien los archivos de INDICE al directorio INDICE en el disco duro. En el primer renglón el número de columnas (OTUs o taxa para un análisis taxonómico y OGUs o áreas para análisis biogeográfico) seguido del número de renglones (estados de carácter para análisis taxonómico o taxa para análisis biogeográfico).MAT contiene: 4 1 1 1 1 1 5 1 1 1 1 1 1 0 0 0 0 1 1 0 0 0 INDICE Programa para calcular indices de similitud a partir de matrices de presencia-ausencia 6 . Requerimientos para su uso El programa puede correr en cualquier computadora PC compatible (XT. la forma de ejecutarlo y los formatos de los datos de entrada y de los resultados. como los requerimientos para su operación. Por ejemplo. indicando presencia con 1 y ausencia con 0. El programa INDICE En esta sección se explican algunos aspectos técnicos del programa. Para copiar el programa INDICE del disco compacto desde la unidad E al disco duro. 486 o Pentium) y tiene requerimientos muy básicos: puede ser ejecutado desde el disco compacto o. desde el disco duro. si se prefiere. AT. el archivo EJEMPLO.

La opción Calcular índices presenta un submenú (figura 2) en el que el usuario puede elegir el índice a calcular. La opción Leer matriz se especifica el nombre del archivo que contiene os datos.lo cual indica que es una matriz de cuatro OGUs por cinco taxa. El tamaño máximo permitido de la matriz es 40 columnas por 400 renglones. INDICE Formato de la matriz de datos Leer matriz: NO HAY MATRIZ EN MEMEORIA Ver matriz Calcular índices Terminar Figura 1. o bien capturarla en Word y almacenarla como archivo de tipo texto. Después de leer la matriz de datos puede someterse al cálculo de los índice de similitud. Menú principal del programa INDICE. por ejemplo el programa WordPad o Bloc de Notas que vienen incluidos en el sistema operativo Windows. Las matrices de datos pueden capturarse en un editor de ASCII. Ejecutando el programa Cuando se ejecuta el programa mediante el comando: C:\INDICE〉indice se presenta el menú que se ilustra en la Figura 1. INDICE Programa para calcular indices de similitud a partir de matrices de presencia-ausencia 7 . La opción Formato de la matriz de datos despliega una breve explicación de la forma en que debe estar capturada la información en el archivo de la matriz a analizar. En la opción Ver matriz despliega en la pantalla la matriz que se encuentra actualmente en memoria.

es decir las columnas de la matriz de datos analizada. la diagonal de la matriz resultado es el índice que resulta de la comparación de las columnas consigo mismas.Formato de la matriz de resultados El programa reporta una matriz de resultados que puede ser vista en la pantalla. INDICE: Calcular índices Calcular Braun-Blanquet Calcular Fager Calcular Jaccard Calcular Kulezynski 1 Calcular Kulezynski 2 Calcular Otsuka Calcular Radio de Correlación Calcular Simpson Calcular Sorensen-Dice Menú principal Figura 2.00 0. En la figura 3 se muestra el resultado del programa INDICE al comparar cada columna de la matriz EJEMPLO. impresa o almacenada en un archivo.00 0. Matriz de similitud calculada por el programa INDICE.50 1.20 0.40 0. INDICE Programa para calcular indices de similitud a partir de matrices de presencia-ausencia 8 . De esta manera.00 ---------------------------------------Figura 3.00 1.40 0. Menú para elección del índice. y por lo tanto. Indice de Jaccard: ---------------------------------------1 2 3 4 ---------------------------------------1.00 1.MAT usando el índice de Jaccard. los valores de la diagonal son iguales a la unidad. Cada renglón representa a cada una de las columnas de la matriz analizada.20 1. En esa matriz se indica el índice con el que fue calculada y en el encabezado se numeran las unidades comparadas.

así. Complemento. Fórmulas de los índices que calcula el programa A continuación se enuncian las fórmulas de los índices que el programa calcula. Elementos del universo que no están en A. Número de elementos en un conjunto. Función: mínimo de dos valores enteros. Elementos en común en A y B. Una explicación del significado de cada fórmula y comparaciones entre ellas se puede consultar en Crisci y López (1983). las fórmulas hacen referencia a la comparación entre dos conjuntos A y B y se utilizan las siguientes operaciones: A∩B A∪B |A| AC max(A.3. Función: máximo de dos valores enteros. Unión. Hubálek (1982) o Sánchez y López (1988). Cardinalidad. Notación usada Para la descripción de las fórmulas se utiliza notación de conjuntos. B) Intersección. Fórmulas Baroni-Urbani-Buser sqrt( |A ∩ B| x |(A ∪ B)c| ) x |A ∩ B| ------------------------------------------sqrt( |A ∩ B| x |(A ∪ B)c| ) x |A ∪ B| INDICE Programa para calcular indices de similitud a partir de matrices de presencia-ausencia 9 . B) min(A. Elementos que se encuentran en A o en B.

|A ∩ B| Kulezynski 2 |A ∩ B| x |A ∪ B| ---------------------2 x ( |A| x |B| ) Ochiai |A ∩ B| --------------( |A| x |B| )½ INDICE Programa para calcular indices de similitud a partir de matrices de presencia-ausencia 10 . |B| ) Fager |A ∩ B| ---------------------------------------( |A| x |B| )½ .½ x max( |A|. |B| ) Jaccard |A ∩ B| -------------|A ∪ B| Kulezynski 1 |A ∩ B| ---------------------|A ∪ B| .Braun-Blanquet |A ∩ B| -----------------max( |A|.

Radio de correlación |A ∩ B| -------------|A| x |B| Simpson |A ∩ B| -----------------min( |A|. |B| ) Sorensen-Dice 2 x |A ∩ B| -------------|A| + |B| INDICE Programa para calcular indices de similitud a partir de matrices de presencia-ausencia 11 .

1983 Introducción a la teoría y práctica de la taxonomía numérica.). Washington. Luna (compiladores. D.F.Fennici. Ann. e I. 1981 Quantitative Biogeography: an overview. En: Llorente.B. J. y López. Biol. based on binary (presence-absence) data: an evaluation. M. 1987 Recent methodological development in descriptive biogeography. 30: 563-575. Gard. 1994. Crisci. Ann. T.J.Zool.J.V. B. Birks.C. un libro de texto universitario. 1984 A bibliography of numerical phenetic studies in systematic botany. Z.B. Taxonomía Biológica.C. UNAM-Fondo de Cultura Económica. Duncan y R. Bibliografía Baum. J. Th.. 24: 165-178. 1982 Coeficients of association and similarity. B. OEA.4. 656 p. Missouri Bot. Hubálek. Taxon. 71: 1044-1060. Rev. Phylips. Crovello. 87: 669-689. Kohlmann. INDICE Programa para calcular indices de similitud a partir de matrices de presencia-ausencia 12 . 1994 Algunos aspectos de la taxonomía numérica y sus usos en México. H.

L. 1988 Theoretical analysis of some indices of similarity as applied to biogeography. Freeman. 1996 Corología de las asteráceas de Coahuila. y Sokal.. Valdés. y Villaseñor.R. 75: 119-145. INDICE Programa para calcular indices de similitud a partir de matrices de presencia-ausencia 13 . The principles and practice of numerical classification. P. 1973 Numerical Taxonomy. San Francisco. J. G. J. Sneath.H. Mex. R.A. Villarreal. y López. O. Ca.A. México. Folia Entom.Sánchez. Acta Botánica Mexicana 36: 29-42. J.

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