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Programa para calcular índices de similitud a partir de matrices de presencia-ausencia

Miguel Murguía

mx www. Av.org INDICE Programa para calcular indices de similitud a partir de matrices de presencia-ausencia 2 . Asociación de Biólogos Amigos de la Computación. San Jerónimo 507. A.abacoac.C. 10200 Tel.INDICE Programa para calcular índices de similitud a partir de matrices de presencia-ausencia Miguel Murguía Una publicación de: ABACo. San Jerónimo Lídice México. D. Col.R.C. y Fax 5668 4660 abaco@att. © 1990-1998.F. D.net. A.

Introducción Indices de similitud como herramienta metodológica en Biología Taxonomía numérica e índices de similitud Biogeografía cuantitativa e índices de similitud 2. El programa INDICE Requerimientos para su uso Formatos de las matrices de datos Ejecutando el programa Formato de la matriz de resultados 3. Bibliografía INDICE Programa para calcular indices de similitud a partir de matrices de presencia-ausencia 3 .Contenido 1. Fórmulas de los índices que calcula el programa 4.

por ejemplo. es decir.1. navegables con las teclas del cursor. Esa comparación se realiza a partir de la información contenida en una matriz de datos. INDICE Programa para calcular indices de similitud a partir de matrices de presencia-ausencia 4 . Los índices de similitud obtenidos para cada par de taxa se registran a su vez en otra matriz: la matriz de similitud. El segundo caso cae dentro del ámbito de la biogeografía cuantitativa. El primer caso cae dentro del ámbito de la taxonomía numérica. La matriz de similitud también es analizada aplicando algoritmos definidos para generar un fenograma. en donde se registra la presencia o ausencia de los estados de carácter de cada taxon. Taxonomía numérica e índices de similitud La taxonomía numérica es una metodología para hacer operativos los principios de la fenética. Índices de similitud como herramienta metodológica en Biología Con mucha frecuencia. como un paso previo a la generación de fenogramas. llamados OTUs (unidades taxonómicas operativas. por sus siglas en inglés). apoya en la realización de los cálculos necesarios para proponer clasificaciones de los organismos. Una obra clásica sobre taxonomía numérica es la de Sneath y Sokal (1973). El programa está diseñado para que opere en computadoras PC compatibles y tiene requerimientos muy básicos de recursos de memoria y disco. aplicando métodos de agrupamiento. una descripción general de los objetivos y métodos de la taxonomía numérica se encuentra en Kohlmann (1990). Introducción El programa INDICE es un programa que calcula una matriz de similitud a partir de una matriz de datos de presencia-ausencia. área en la que se han desarrollado métodos numéricos para clasificar áreas geográficas de acuerdo a los organismos que las habitan. los índices de similitud se utilizan en Biología para comparar grupos de organismos (taxa) o para comparar regiones geográficas. Las opciones se seleccionan mediante menús de barras. Una de las primeras etapas de la metodología feneticista es el cálculo de los índices de similitud entre cada par de elementos a clasificar.

Un resumen bibliográfico donde se pueden consultar referencias que han producido fenogramas a partir de una matriz de similitud puede obtenerse de Baum et al. los taxa desempeñan el papel de los caracteres en la taxonomía numérica. También. Un ejemplo de este tipo de metodologías se puede consultar en Villarreal et al. así. en biogeografía se definen las OGUs (por las iniciales en inglés de “unidades geográficas operativas”). Análogamente a las OTUs (por las iniciales en inglés de “unidades taxonómicas operativas”). la matriz de similitud puede analizarse para producir un fenograma de áreas. (1984). De manera análoga a la taxonomía numérica. que en este caso son las áreas geográficas a comparar. La comparación entre las áreas se realiza mediante la matriz de presencia-ausencia de cada taxón en las áreas. Biogeografía cuantitativa e índices de similitud Los índices de similitud también son una herramienta muy recurrida para el análisis de la distribución espacial de los organismos. ahora entre las OGUs. INDICE Programa para calcular indices de similitud a partir de matrices de presencia-ausencia 5 . (1996) y para una descripción del método puede consultarse a Crovello (1981) o Birks (1987). como resultado del análisis se produce una matriz de similitudes.

2. como los requerimientos para su operación. Por ejemplo. AT.MAT contiene: 4 1 1 1 1 1 5 1 1 1 1 1 1 0 0 0 0 1 1 0 0 0 INDICE Programa para calcular indices de similitud a partir de matrices de presencia-ausencia 6 . Para copiar el programa INDICE del disco compacto desde la unidad E al disco duro. Requerimientos para su uso El programa puede correr en cualquier computadora PC compatible (XT. el archivo EJEMPLO. En el primer renglón el número de columnas (OTUs o taxa para un análisis taxonómico y OGUs o áreas para análisis biogeográfico) seguido del número de renglones (estados de carácter para análisis taxonómico o taxa para análisis biogeográfico). 486 o Pentium) y tiene requerimientos muy básicos: puede ser ejecutado desde el disco compacto o. ejecute el archivo INSTALA desde el “prompt” de MS-DOS: C:\〉e:instala lo cual hará que se copien los archivos de INDICE al directorio INDICE en el disco duro. indicando presencia con 1 y ausencia con 0. la forma de ejecutarlo y los formatos de los datos de entrada y de los resultados. si se prefiere. desde el disco duro. En los subsecuentes renglones se escriben los datos presencia-ausencia. El programa INDICE En esta sección se explican algunos aspectos técnicos del programa. Formato de las matrices de datos La matriz debe estar en un archivo ASCII.

lo cual indica que es una matriz de cuatro OGUs por cinco taxa. La opción Calcular índices presenta un submenú (figura 2) en el que el usuario puede elegir el índice a calcular. El tamaño máximo permitido de la matriz es 40 columnas por 400 renglones. o bien capturarla en Word y almacenarla como archivo de tipo texto. INDICE Programa para calcular indices de similitud a partir de matrices de presencia-ausencia 7 . Después de leer la matriz de datos puede someterse al cálculo de los índice de similitud. La opción Formato de la matriz de datos despliega una breve explicación de la forma en que debe estar capturada la información en el archivo de la matriz a analizar. por ejemplo el programa WordPad o Bloc de Notas que vienen incluidos en el sistema operativo Windows. Menú principal del programa INDICE. INDICE Formato de la matriz de datos Leer matriz: NO HAY MATRIZ EN MEMEORIA Ver matriz Calcular índices Terminar Figura 1. Ejecutando el programa Cuando se ejecuta el programa mediante el comando: C:\INDICE〉indice se presenta el menú que se ilustra en la Figura 1. En la opción Ver matriz despliega en la pantalla la matriz que se encuentra actualmente en memoria. Las matrices de datos pueden capturarse en un editor de ASCII. La opción Leer matriz se especifica el nombre del archivo que contiene os datos.

Matriz de similitud calculada por el programa INDICE. Cada renglón representa a cada una de las columnas de la matriz analizada.20 1.40 0. Menú para elección del índice.Formato de la matriz de resultados El programa reporta una matriz de resultados que puede ser vista en la pantalla.50 1. INDICE: Calcular índices Calcular Braun-Blanquet Calcular Fager Calcular Jaccard Calcular Kulezynski 1 Calcular Kulezynski 2 Calcular Otsuka Calcular Radio de Correlación Calcular Simpson Calcular Sorensen-Dice Menú principal Figura 2. De esta manera.00 0. INDICE Programa para calcular indices de similitud a partir de matrices de presencia-ausencia 8 . y por lo tanto. es decir las columnas de la matriz de datos analizada.00 1. impresa o almacenada en un archivo.20 0. En la figura 3 se muestra el resultado del programa INDICE al comparar cada columna de la matriz EJEMPLO. En esa matriz se indica el índice con el que fue calculada y en el encabezado se numeran las unidades comparadas. Indice de Jaccard: ---------------------------------------1 2 3 4 ---------------------------------------1.00 0. los valores de la diagonal son iguales a la unidad.MAT usando el índice de Jaccard.00 1.00 ---------------------------------------Figura 3. la diagonal de la matriz resultado es el índice que resulta de la comparación de las columnas consigo mismas.40 0.

Fórmulas Baroni-Urbani-Buser sqrt( |A ∩ B| x |(A ∪ B)c| ) x |A ∩ B| ------------------------------------------sqrt( |A ∩ B| x |(A ∪ B)c| ) x |A ∪ B| INDICE Programa para calcular indices de similitud a partir de matrices de presencia-ausencia 9 . B) Intersección. Número de elementos en un conjunto. Elementos que se encuentran en A o en B. Complemento. Notación usada Para la descripción de las fórmulas se utiliza notación de conjuntos. Cardinalidad. Fórmulas de los índices que calcula el programa A continuación se enuncian las fórmulas de los índices que el programa calcula. así. Elementos en común en A y B. Hubálek (1982) o Sánchez y López (1988). Unión. las fórmulas hacen referencia a la comparación entre dos conjuntos A y B y se utilizan las siguientes operaciones: A∩B A∪B |A| AC max(A. B) min(A. Función: máximo de dos valores enteros. Una explicación del significado de cada fórmula y comparaciones entre ellas se puede consultar en Crisci y López (1983).3. Elementos del universo que no están en A. Función: mínimo de dos valores enteros.

|A ∩ B| Kulezynski 2 |A ∩ B| x |A ∪ B| ---------------------2 x ( |A| x |B| ) Ochiai |A ∩ B| --------------( |A| x |B| )½ INDICE Programa para calcular indices de similitud a partir de matrices de presencia-ausencia 10 .½ x max( |A|. |B| ) Fager |A ∩ B| ---------------------------------------( |A| x |B| )½ .Braun-Blanquet |A ∩ B| -----------------max( |A|. |B| ) Jaccard |A ∩ B| -------------|A ∪ B| Kulezynski 1 |A ∩ B| ---------------------|A ∪ B| .

Radio de correlación |A ∩ B| -------------|A| x |B| Simpson |A ∩ B| -----------------min( |A|. |B| ) Sorensen-Dice 2 x |A ∩ B| -------------|A| + |B| INDICE Programa para calcular indices de similitud a partir de matrices de presencia-ausencia 11 .

C. Phylips. 1983 Introducción a la teoría y práctica de la taxonomía numérica. Luna (compiladores. Biol. Kohlmann. y López. 1984 A bibliography of numerical phenetic studies in systematic botany. Ann. Duncan y R. 24: 165-178. M. T. Crovello. Crisci. INDICE Programa para calcular indices de similitud a partir de matrices de presencia-ausencia 12 . 1994 Algunos aspectos de la taxonomía numérica y sus usos en México.V. 1994.Fennici. B.. Missouri Bot.F. Bibliografía Baum.B. Gard. Th. B. Ann. D. UNAM-Fondo de Cultura Económica. Taxonomía Biológica. 30: 563-575. Hubálek. OEA. J. 656 p. Z. 71: 1044-1060. Rev.).B. H. e I. Washington.C.J. Birks. En: Llorente. 1987 Recent methodological development in descriptive biogeography.J. 1981 Quantitative Biogeography: an overview. 87: 669-689. 1982 Coeficients of association and similarity. un libro de texto universitario. Taxon.Zool. J.4. based on binary (presence-absence) data: an evaluation.

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