INDICE

Programa para calcular índices de similitud a partir de matrices de presencia-ausencia

Miguel Murguía

y Fax 5668 4660 abaco@att.C. © 1990-1998. D. 10200 Tel.abacoac.net.org INDICE Programa para calcular indices de similitud a partir de matrices de presencia-ausencia 2 . San Jerónimo Lídice México.INDICE Programa para calcular índices de similitud a partir de matrices de presencia-ausencia Miguel Murguía Una publicación de: ABACo.mx www.R. Av. San Jerónimo 507.C. Asociación de Biólogos Amigos de la Computación.F. A. Col. A. D.

Contenido 1. El programa INDICE Requerimientos para su uso Formatos de las matrices de datos Ejecutando el programa Formato de la matriz de resultados 3. Fórmulas de los índices que calcula el programa 4. Bibliografía INDICE Programa para calcular indices de similitud a partir de matrices de presencia-ausencia 3 . Introducción Indices de similitud como herramienta metodológica en Biología Taxonomía numérica e índices de similitud Biogeografía cuantitativa e índices de similitud 2.

Una obra clásica sobre taxonomía numérica es la de Sneath y Sokal (1973). los índices de similitud se utilizan en Biología para comparar grupos de organismos (taxa) o para comparar regiones geográficas. área en la que se han desarrollado métodos numéricos para clasificar áreas geográficas de acuerdo a los organismos que las habitan. Esa comparación se realiza a partir de la información contenida en una matriz de datos. por sus siglas en inglés). Una de las primeras etapas de la metodología feneticista es el cálculo de los índices de similitud entre cada par de elementos a clasificar. Los índices de similitud obtenidos para cada par de taxa se registran a su vez en otra matriz: la matriz de similitud. El primer caso cae dentro del ámbito de la taxonomía numérica. El segundo caso cae dentro del ámbito de la biogeografía cuantitativa. Las opciones se seleccionan mediante menús de barras. es decir. como un paso previo a la generación de fenogramas. llamados OTUs (unidades taxonómicas operativas. El programa está diseñado para que opere en computadoras PC compatibles y tiene requerimientos muy básicos de recursos de memoria y disco. Taxonomía numérica e índices de similitud La taxonomía numérica es una metodología para hacer operativos los principios de la fenética. INDICE Programa para calcular indices de similitud a partir de matrices de presencia-ausencia 4 . en donde se registra la presencia o ausencia de los estados de carácter de cada taxon. Introducción El programa INDICE es un programa que calcula una matriz de similitud a partir de una matriz de datos de presencia-ausencia. por ejemplo. navegables con las teclas del cursor. La matriz de similitud también es analizada aplicando algoritmos definidos para generar un fenograma. Índices de similitud como herramienta metodológica en Biología Con mucha frecuencia. una descripción general de los objetivos y métodos de la taxonomía numérica se encuentra en Kohlmann (1990). aplicando métodos de agrupamiento. apoya en la realización de los cálculos necesarios para proponer clasificaciones de los organismos.1.

los taxa desempeñan el papel de los caracteres en la taxonomía numérica. Biogeografía cuantitativa e índices de similitud Los índices de similitud también son una herramienta muy recurrida para el análisis de la distribución espacial de los organismos. la matriz de similitud puede analizarse para producir un fenograma de áreas. También. como resultado del análisis se produce una matriz de similitudes. ahora entre las OGUs. Análogamente a las OTUs (por las iniciales en inglés de “unidades taxonómicas operativas”). INDICE Programa para calcular indices de similitud a partir de matrices de presencia-ausencia 5 . Un ejemplo de este tipo de metodologías se puede consultar en Villarreal et al. (1996) y para una descripción del método puede consultarse a Crovello (1981) o Birks (1987). La comparación entre las áreas se realiza mediante la matriz de presencia-ausencia de cada taxón en las áreas. (1984). en biogeografía se definen las OGUs (por las iniciales en inglés de “unidades geográficas operativas”).Un resumen bibliográfico donde se pueden consultar referencias que han producido fenogramas a partir de una matriz de similitud puede obtenerse de Baum et al. De manera análoga a la taxonomía numérica. así. que en este caso son las áreas geográficas a comparar.

2. AT. si se prefiere. En el primer renglón el número de columnas (OTUs o taxa para un análisis taxonómico y OGUs o áreas para análisis biogeográfico) seguido del número de renglones (estados de carácter para análisis taxonómico o taxa para análisis biogeográfico). el archivo EJEMPLO. Formato de las matrices de datos La matriz debe estar en un archivo ASCII. desde el disco duro. Por ejemplo. 486 o Pentium) y tiene requerimientos muy básicos: puede ser ejecutado desde el disco compacto o. El programa INDICE En esta sección se explican algunos aspectos técnicos del programa. la forma de ejecutarlo y los formatos de los datos de entrada y de los resultados. indicando presencia con 1 y ausencia con 0. ejecute el archivo INSTALA desde el “prompt” de MS-DOS: C:\〉e:instala lo cual hará que se copien los archivos de INDICE al directorio INDICE en el disco duro. Para copiar el programa INDICE del disco compacto desde la unidad E al disco duro. como los requerimientos para su operación.MAT contiene: 4 1 1 1 1 1 5 1 1 1 1 1 1 0 0 0 0 1 1 0 0 0 INDICE Programa para calcular indices de similitud a partir de matrices de presencia-ausencia 6 . En los subsecuentes renglones se escriben los datos presencia-ausencia. Requerimientos para su uso El programa puede correr en cualquier computadora PC compatible (XT.

INDICE Programa para calcular indices de similitud a partir de matrices de presencia-ausencia 7 . Ejecutando el programa Cuando se ejecuta el programa mediante el comando: C:\INDICE〉indice se presenta el menú que se ilustra en la Figura 1. En la opción Ver matriz despliega en la pantalla la matriz que se encuentra actualmente en memoria. o bien capturarla en Word y almacenarla como archivo de tipo texto. El tamaño máximo permitido de la matriz es 40 columnas por 400 renglones. Las matrices de datos pueden capturarse en un editor de ASCII. por ejemplo el programa WordPad o Bloc de Notas que vienen incluidos en el sistema operativo Windows.lo cual indica que es una matriz de cuatro OGUs por cinco taxa. La opción Calcular índices presenta un submenú (figura 2) en el que el usuario puede elegir el índice a calcular. Menú principal del programa INDICE. Después de leer la matriz de datos puede someterse al cálculo de los índice de similitud. La opción Leer matriz se especifica el nombre del archivo que contiene os datos. INDICE Formato de la matriz de datos Leer matriz: NO HAY MATRIZ EN MEMEORIA Ver matriz Calcular índices Terminar Figura 1. La opción Formato de la matriz de datos despliega una breve explicación de la forma en que debe estar capturada la información en el archivo de la matriz a analizar.

Menú para elección del índice.40 0.00 1. y por lo tanto. De esta manera.00 0. es decir las columnas de la matriz de datos analizada.00 0.00 1. impresa o almacenada en un archivo. la diagonal de la matriz resultado es el índice que resulta de la comparación de las columnas consigo mismas. Indice de Jaccard: ---------------------------------------1 2 3 4 ---------------------------------------1. Matriz de similitud calculada por el programa INDICE.00 ---------------------------------------Figura 3.20 1. En la figura 3 se muestra el resultado del programa INDICE al comparar cada columna de la matriz EJEMPLO. los valores de la diagonal son iguales a la unidad. INDICE: Calcular índices Calcular Braun-Blanquet Calcular Fager Calcular Jaccard Calcular Kulezynski 1 Calcular Kulezynski 2 Calcular Otsuka Calcular Radio de Correlación Calcular Simpson Calcular Sorensen-Dice Menú principal Figura 2.50 1. INDICE Programa para calcular indices de similitud a partir de matrices de presencia-ausencia 8 .MAT usando el índice de Jaccard.40 0. En esa matriz se indica el índice con el que fue calculada y en el encabezado se numeran las unidades comparadas.20 0.Formato de la matriz de resultados El programa reporta una matriz de resultados que puede ser vista en la pantalla. Cada renglón representa a cada una de las columnas de la matriz analizada.

Elementos en común en A y B. Elementos del universo que no están en A.3. Elementos que se encuentran en A o en B. así. Complemento. Fórmulas Baroni-Urbani-Buser sqrt( |A ∩ B| x |(A ∪ B)c| ) x |A ∩ B| ------------------------------------------sqrt( |A ∩ B| x |(A ∪ B)c| ) x |A ∪ B| INDICE Programa para calcular indices de similitud a partir de matrices de presencia-ausencia 9 . B) min(A. Función: mínimo de dos valores enteros. Una explicación del significado de cada fórmula y comparaciones entre ellas se puede consultar en Crisci y López (1983). Notación usada Para la descripción de las fórmulas se utiliza notación de conjuntos. Cardinalidad. las fórmulas hacen referencia a la comparación entre dos conjuntos A y B y se utilizan las siguientes operaciones: A∩B A∪B |A| AC max(A. Función: máximo de dos valores enteros. Fórmulas de los índices que calcula el programa A continuación se enuncian las fórmulas de los índices que el programa calcula. B) Intersección. Hubálek (1982) o Sánchez y López (1988). Unión. Número de elementos en un conjunto.

½ x max( |A|.|A ∩ B| Kulezynski 2 |A ∩ B| x |A ∪ B| ---------------------2 x ( |A| x |B| ) Ochiai |A ∩ B| --------------( |A| x |B| )½ INDICE Programa para calcular indices de similitud a partir de matrices de presencia-ausencia 10 . |B| ) Jaccard |A ∩ B| -------------|A ∪ B| Kulezynski 1 |A ∩ B| ---------------------|A ∪ B| . |B| ) Fager |A ∩ B| ---------------------------------------( |A| x |B| )½ .Braun-Blanquet |A ∩ B| -----------------max( |A|.

Radio de correlación |A ∩ B| -------------|A| x |B| Simpson |A ∩ B| -----------------min( |A|. |B| ) Sorensen-Dice 2 x |A ∩ B| -------------|A| + |B| INDICE Programa para calcular indices de similitud a partir de matrices de presencia-ausencia 11 .

F. Duncan y R.C. based on binary (presence-absence) data: an evaluation.V. Hubálek. B.4. 1994. Ann. Z. un libro de texto universitario. D. 656 p.. B. 1994 Algunos aspectos de la taxonomía numérica y sus usos en México. 24: 165-178. 1984 A bibliography of numerical phenetic studies in systematic botany. Taxon. OEA. Kohlmann. INDICE Programa para calcular indices de similitud a partir de matrices de presencia-ausencia 12 . y López. Rev. Crovello.). T.B. 87: 669-689. J. Phylips. 1983 Introducción a la teoría y práctica de la taxonomía numérica. e I.Zool. Th. Crisci. Washington. UNAM-Fondo de Cultura Económica. 1987 Recent methodological development in descriptive biogeography. 71: 1044-1060. M. Ann. Biol. Missouri Bot.C. Bibliografía Baum. En: Llorente.B.J.Fennici. 1981 Quantitative Biogeography: an overview. Birks. 30: 563-575. Luna (compiladores. J. H. Gard.J. 1982 Coeficients of association and similarity. Taxonomía Biológica.

Sánchez.R. Sneath. y Sokal. Villarreal.. G. Freeman. San Francisco. R.L. y Villaseñor. P.H. J. y López. Folia Entom. 75: 119-145.A. 1996 Corología de las asteráceas de Coahuila. Ca.A. J. J. 1973 Numerical Taxonomy. Acta Botánica Mexicana 36: 29-42. Mex. The principles and practice of numerical classification. O. Valdés. INDICE Programa para calcular indices de similitud a partir de matrices de presencia-ausencia 13 . 1988 Theoretical analysis of some indices of similarity as applied to biogeography. México.