INDICE

Programa para calcular índices de similitud a partir de matrices de presencia-ausencia

Miguel Murguía

net.C. Av. San Jerónimo Lídice México. y Fax 5668 4660 abaco@att. D. San Jerónimo 507.abacoac. 10200 Tel.C.org INDICE Programa para calcular indices de similitud a partir de matrices de presencia-ausencia 2 .mx www. © 1990-1998.INDICE Programa para calcular índices de similitud a partir de matrices de presencia-ausencia Miguel Murguía Una publicación de: ABACo. A. Col. Asociación de Biólogos Amigos de la Computación.R.F. D. A.

Introducción Indices de similitud como herramienta metodológica en Biología Taxonomía numérica e índices de similitud Biogeografía cuantitativa e índices de similitud 2.Contenido 1. Fórmulas de los índices que calcula el programa 4. Bibliografía INDICE Programa para calcular indices de similitud a partir de matrices de presencia-ausencia 3 . El programa INDICE Requerimientos para su uso Formatos de las matrices de datos Ejecutando el programa Formato de la matriz de resultados 3.

aplicando métodos de agrupamiento. La matriz de similitud también es analizada aplicando algoritmos definidos para generar un fenograma. los índices de similitud se utilizan en Biología para comparar grupos de organismos (taxa) o para comparar regiones geográficas. Taxonomía numérica e índices de similitud La taxonomía numérica es una metodología para hacer operativos los principios de la fenética. apoya en la realización de los cálculos necesarios para proponer clasificaciones de los organismos. INDICE Programa para calcular indices de similitud a partir de matrices de presencia-ausencia 4 . El programa está diseñado para que opere en computadoras PC compatibles y tiene requerimientos muy básicos de recursos de memoria y disco. una descripción general de los objetivos y métodos de la taxonomía numérica se encuentra en Kohlmann (1990). Los índices de similitud obtenidos para cada par de taxa se registran a su vez en otra matriz: la matriz de similitud. en donde se registra la presencia o ausencia de los estados de carácter de cada taxon. por ejemplo.1. Una obra clásica sobre taxonomía numérica es la de Sneath y Sokal (1973). Índices de similitud como herramienta metodológica en Biología Con mucha frecuencia. Una de las primeras etapas de la metodología feneticista es el cálculo de los índices de similitud entre cada par de elementos a clasificar. es decir. navegables con las teclas del cursor. Introducción El programa INDICE es un programa que calcula una matriz de similitud a partir de una matriz de datos de presencia-ausencia. Las opciones se seleccionan mediante menús de barras. área en la que se han desarrollado métodos numéricos para clasificar áreas geográficas de acuerdo a los organismos que las habitan. por sus siglas en inglés). El segundo caso cae dentro del ámbito de la biogeografía cuantitativa. El primer caso cae dentro del ámbito de la taxonomía numérica. como un paso previo a la generación de fenogramas. llamados OTUs (unidades taxonómicas operativas. Esa comparación se realiza a partir de la información contenida en una matriz de datos.

los taxa desempeñan el papel de los caracteres en la taxonomía numérica. que en este caso son las áreas geográficas a comparar. De manera análoga a la taxonomía numérica. (1984). en biogeografía se definen las OGUs (por las iniciales en inglés de “unidades geográficas operativas”).Un resumen bibliográfico donde se pueden consultar referencias que han producido fenogramas a partir de una matriz de similitud puede obtenerse de Baum et al. la matriz de similitud puede analizarse para producir un fenograma de áreas. Biogeografía cuantitativa e índices de similitud Los índices de similitud también son una herramienta muy recurrida para el análisis de la distribución espacial de los organismos. como resultado del análisis se produce una matriz de similitudes. Análogamente a las OTUs (por las iniciales en inglés de “unidades taxonómicas operativas”). así. Un ejemplo de este tipo de metodologías se puede consultar en Villarreal et al. INDICE Programa para calcular indices de similitud a partir de matrices de presencia-ausencia 5 . ahora entre las OGUs. También. (1996) y para una descripción del método puede consultarse a Crovello (1981) o Birks (1987). La comparación entre las áreas se realiza mediante la matriz de presencia-ausencia de cada taxón en las áreas.

En el primer renglón el número de columnas (OTUs o taxa para un análisis taxonómico y OGUs o áreas para análisis biogeográfico) seguido del número de renglones (estados de carácter para análisis taxonómico o taxa para análisis biogeográfico). 486 o Pentium) y tiene requerimientos muy básicos: puede ser ejecutado desde el disco compacto o.MAT contiene: 4 1 1 1 1 1 5 1 1 1 1 1 1 0 0 0 0 1 1 0 0 0 INDICE Programa para calcular indices de similitud a partir de matrices de presencia-ausencia 6 . el archivo EJEMPLO. la forma de ejecutarlo y los formatos de los datos de entrada y de los resultados. Requerimientos para su uso El programa puede correr en cualquier computadora PC compatible (XT. como los requerimientos para su operación. indicando presencia con 1 y ausencia con 0. desde el disco duro. El programa INDICE En esta sección se explican algunos aspectos técnicos del programa. si se prefiere. ejecute el archivo INSTALA desde el “prompt” de MS-DOS: C:\〉e:instala lo cual hará que se copien los archivos de INDICE al directorio INDICE en el disco duro. AT. Formato de las matrices de datos La matriz debe estar en un archivo ASCII. Por ejemplo. Para copiar el programa INDICE del disco compacto desde la unidad E al disco duro.2. En los subsecuentes renglones se escriben los datos presencia-ausencia.

Después de leer la matriz de datos puede someterse al cálculo de los índice de similitud. Ejecutando el programa Cuando se ejecuta el programa mediante el comando: C:\INDICE〉indice se presenta el menú que se ilustra en la Figura 1. El tamaño máximo permitido de la matriz es 40 columnas por 400 renglones. INDICE Programa para calcular indices de similitud a partir de matrices de presencia-ausencia 7 . En la opción Ver matriz despliega en la pantalla la matriz que se encuentra actualmente en memoria. o bien capturarla en Word y almacenarla como archivo de tipo texto. Las matrices de datos pueden capturarse en un editor de ASCII. La opción Leer matriz se especifica el nombre del archivo que contiene os datos. Menú principal del programa INDICE.lo cual indica que es una matriz de cuatro OGUs por cinco taxa. por ejemplo el programa WordPad o Bloc de Notas que vienen incluidos en el sistema operativo Windows. La opción Calcular índices presenta un submenú (figura 2) en el que el usuario puede elegir el índice a calcular. La opción Formato de la matriz de datos despliega una breve explicación de la forma en que debe estar capturada la información en el archivo de la matriz a analizar. INDICE Formato de la matriz de datos Leer matriz: NO HAY MATRIZ EN MEMEORIA Ver matriz Calcular índices Terminar Figura 1.

00 0.20 0. la diagonal de la matriz resultado es el índice que resulta de la comparación de las columnas consigo mismas. En la figura 3 se muestra el resultado del programa INDICE al comparar cada columna de la matriz EJEMPLO. INDICE Programa para calcular indices de similitud a partir de matrices de presencia-ausencia 8 .MAT usando el índice de Jaccard. De esta manera. impresa o almacenada en un archivo. Indice de Jaccard: ---------------------------------------1 2 3 4 ---------------------------------------1.50 1. Matriz de similitud calculada por el programa INDICE.00 ---------------------------------------Figura 3.00 1.40 0.00 1.00 0.20 1. INDICE: Calcular índices Calcular Braun-Blanquet Calcular Fager Calcular Jaccard Calcular Kulezynski 1 Calcular Kulezynski 2 Calcular Otsuka Calcular Radio de Correlación Calcular Simpson Calcular Sorensen-Dice Menú principal Figura 2.40 0. En esa matriz se indica el índice con el que fue calculada y en el encabezado se numeran las unidades comparadas. Cada renglón representa a cada una de las columnas de la matriz analizada. Menú para elección del índice. los valores de la diagonal son iguales a la unidad. es decir las columnas de la matriz de datos analizada.Formato de la matriz de resultados El programa reporta una matriz de resultados que puede ser vista en la pantalla. y por lo tanto.

Unión. Hubálek (1982) o Sánchez y López (1988).3. Fórmulas Baroni-Urbani-Buser sqrt( |A ∩ B| x |(A ∪ B)c| ) x |A ∩ B| ------------------------------------------sqrt( |A ∩ B| x |(A ∪ B)c| ) x |A ∪ B| INDICE Programa para calcular indices de similitud a partir de matrices de presencia-ausencia 9 . Notación usada Para la descripción de las fórmulas se utiliza notación de conjuntos. Número de elementos en un conjunto. Fórmulas de los índices que calcula el programa A continuación se enuncian las fórmulas de los índices que el programa calcula. B) min(A. Cardinalidad. Elementos en común en A y B. Complemento. B) Intersección. Una explicación del significado de cada fórmula y comparaciones entre ellas se puede consultar en Crisci y López (1983). las fórmulas hacen referencia a la comparación entre dos conjuntos A y B y se utilizan las siguientes operaciones: A∩B A∪B |A| AC max(A. Función: mínimo de dos valores enteros. Elementos del universo que no están en A. Elementos que se encuentran en A o en B. Función: máximo de dos valores enteros. así.

|A ∩ B| Kulezynski 2 |A ∩ B| x |A ∪ B| ---------------------2 x ( |A| x |B| ) Ochiai |A ∩ B| --------------( |A| x |B| )½ INDICE Programa para calcular indices de similitud a partir de matrices de presencia-ausencia 10 . |B| ) Fager |A ∩ B| ---------------------------------------( |A| x |B| )½ .½ x max( |A|. |B| ) Jaccard |A ∩ B| -------------|A ∪ B| Kulezynski 1 |A ∩ B| ---------------------|A ∪ B| .Braun-Blanquet |A ∩ B| -----------------max( |A|.

|B| ) Sorensen-Dice 2 x |A ∩ B| -------------|A| + |B| INDICE Programa para calcular indices de similitud a partir de matrices de presencia-ausencia 11 .Radio de correlación |A ∩ B| -------------|A| x |B| Simpson |A ∩ B| -----------------min( |A|.

Crovello. M.V. Gard. Phylips.J. Missouri Bot. 1982 Coeficients of association and similarity. 656 p. based on binary (presence-absence) data: an evaluation. Washington. B. 87: 669-689. OEA. H. 1983 Introducción a la teoría y práctica de la taxonomía numérica.C. Th. Kohlmann. 1994. Ann.F. 1994 Algunos aspectos de la taxonomía numérica y sus usos en México. Birks.. Taxon. Z. UNAM-Fondo de Cultura Económica. 1987 Recent methodological development in descriptive biogeography. 1984 A bibliography of numerical phenetic studies in systematic botany. B. 24: 165-178. D. Hubálek. J. Taxonomía Biológica. e I. J. Rev.B. T.4. y López. INDICE Programa para calcular indices de similitud a partir de matrices de presencia-ausencia 12 .C. Duncan y R.). Biol. 71: 1044-1060. Bibliografía Baum. un libro de texto universitario. 1981 Quantitative Biogeography: an overview.J. Ann. Crisci.Fennici. Luna (compiladores. En: Llorente.B.Zool. 30: 563-575.

A. J. 1996 Corología de las asteráceas de Coahuila. Freeman. México. Villarreal. y Sokal. Valdés. Sneath. The principles and practice of numerical classification. Acta Botánica Mexicana 36: 29-42. G. R.A.R.L.Sánchez. 75: 119-145. 1988 Theoretical analysis of some indices of similarity as applied to biogeography. Ca. J. 1973 Numerical Taxonomy. San Francisco. J. P. y López. y Villaseñor.H. Mex. O. INDICE Programa para calcular indices de similitud a partir de matrices de presencia-ausencia 13 .. Folia Entom.

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