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Programa para calcular índices de similitud a partir de matrices de presencia-ausencia

Miguel Murguía

Col.net. A. © 1990-1998.R. San Jerónimo 507. San Jerónimo Lídice México.abacoac. y Fax 5668 4660 abaco@att. A.F. Asociación de Biólogos Amigos de la Computación.INDICE Programa para calcular índices de similitud a partir de matrices de presencia-ausencia Miguel Murguía Una publicación de: ABACo. Av.org INDICE Programa para calcular indices de similitud a partir de matrices de presencia-ausencia 2 .C.mx www. D.C. 10200 Tel. D.

Fórmulas de los índices que calcula el programa 4.Contenido 1. El programa INDICE Requerimientos para su uso Formatos de las matrices de datos Ejecutando el programa Formato de la matriz de resultados 3. Bibliografía INDICE Programa para calcular indices de similitud a partir de matrices de presencia-ausencia 3 . Introducción Indices de similitud como herramienta metodológica en Biología Taxonomía numérica e índices de similitud Biogeografía cuantitativa e índices de similitud 2.

Los índices de similitud obtenidos para cada par de taxa se registran a su vez en otra matriz: la matriz de similitud. una descripción general de los objetivos y métodos de la taxonomía numérica se encuentra en Kohlmann (1990). Introducción El programa INDICE es un programa que calcula una matriz de similitud a partir de una matriz de datos de presencia-ausencia. INDICE Programa para calcular indices de similitud a partir de matrices de presencia-ausencia 4 . como un paso previo a la generación de fenogramas. Índices de similitud como herramienta metodológica en Biología Con mucha frecuencia. navegables con las teclas del cursor. por ejemplo. La matriz de similitud también es analizada aplicando algoritmos definidos para generar un fenograma. llamados OTUs (unidades taxonómicas operativas. aplicando métodos de agrupamiento. Taxonomía numérica e índices de similitud La taxonomía numérica es una metodología para hacer operativos los principios de la fenética. Esa comparación se realiza a partir de la información contenida en una matriz de datos. en donde se registra la presencia o ausencia de los estados de carácter de cada taxon. El primer caso cae dentro del ámbito de la taxonomía numérica. Una de las primeras etapas de la metodología feneticista es el cálculo de los índices de similitud entre cada par de elementos a clasificar. es decir. El segundo caso cae dentro del ámbito de la biogeografía cuantitativa. los índices de similitud se utilizan en Biología para comparar grupos de organismos (taxa) o para comparar regiones geográficas. Las opciones se seleccionan mediante menús de barras. área en la que se han desarrollado métodos numéricos para clasificar áreas geográficas de acuerdo a los organismos que las habitan. Una obra clásica sobre taxonomía numérica es la de Sneath y Sokal (1973). El programa está diseñado para que opere en computadoras PC compatibles y tiene requerimientos muy básicos de recursos de memoria y disco. apoya en la realización de los cálculos necesarios para proponer clasificaciones de los organismos. por sus siglas en inglés).1.

ahora entre las OGUs. que en este caso son las áreas geográficas a comparar. INDICE Programa para calcular indices de similitud a partir de matrices de presencia-ausencia 5 . (1996) y para una descripción del método puede consultarse a Crovello (1981) o Birks (1987). (1984). los taxa desempeñan el papel de los caracteres en la taxonomía numérica. También. en biogeografía se definen las OGUs (por las iniciales en inglés de “unidades geográficas operativas”). La comparación entre las áreas se realiza mediante la matriz de presencia-ausencia de cada taxón en las áreas. Biogeografía cuantitativa e índices de similitud Los índices de similitud también son una herramienta muy recurrida para el análisis de la distribución espacial de los organismos. la matriz de similitud puede analizarse para producir un fenograma de áreas. Un ejemplo de este tipo de metodologías se puede consultar en Villarreal et al. Análogamente a las OTUs (por las iniciales en inglés de “unidades taxonómicas operativas”). como resultado del análisis se produce una matriz de similitudes.Un resumen bibliográfico donde se pueden consultar referencias que han producido fenogramas a partir de una matriz de similitud puede obtenerse de Baum et al. De manera análoga a la taxonomía numérica. así.

ejecute el archivo INSTALA desde el “prompt” de MS-DOS: C:\〉e:instala lo cual hará que se copien los archivos de INDICE al directorio INDICE en el disco duro. desde el disco duro. Para copiar el programa INDICE del disco compacto desde la unidad E al disco duro. 486 o Pentium) y tiene requerimientos muy básicos: puede ser ejecutado desde el disco compacto o. la forma de ejecutarlo y los formatos de los datos de entrada y de los resultados. AT. El programa INDICE En esta sección se explican algunos aspectos técnicos del programa. En los subsecuentes renglones se escriben los datos presencia-ausencia. Por ejemplo. indicando presencia con 1 y ausencia con 0. como los requerimientos para su operación. Formato de las matrices de datos La matriz debe estar en un archivo ASCII. En el primer renglón el número de columnas (OTUs o taxa para un análisis taxonómico y OGUs o áreas para análisis biogeográfico) seguido del número de renglones (estados de carácter para análisis taxonómico o taxa para análisis biogeográfico).2. si se prefiere.MAT contiene: 4 1 1 1 1 1 5 1 1 1 1 1 1 0 0 0 0 1 1 0 0 0 INDICE Programa para calcular indices de similitud a partir de matrices de presencia-ausencia 6 . el archivo EJEMPLO. Requerimientos para su uso El programa puede correr en cualquier computadora PC compatible (XT.

INDICE Programa para calcular indices de similitud a partir de matrices de presencia-ausencia 7 . por ejemplo el programa WordPad o Bloc de Notas que vienen incluidos en el sistema operativo Windows.lo cual indica que es una matriz de cuatro OGUs por cinco taxa. o bien capturarla en Word y almacenarla como archivo de tipo texto. La opción Formato de la matriz de datos despliega una breve explicación de la forma en que debe estar capturada la información en el archivo de la matriz a analizar. Después de leer la matriz de datos puede someterse al cálculo de los índice de similitud. En la opción Ver matriz despliega en la pantalla la matriz que se encuentra actualmente en memoria. Ejecutando el programa Cuando se ejecuta el programa mediante el comando: C:\INDICE〉indice se presenta el menú que se ilustra en la Figura 1. INDICE Formato de la matriz de datos Leer matriz: NO HAY MATRIZ EN MEMEORIA Ver matriz Calcular índices Terminar Figura 1. La opción Leer matriz se especifica el nombre del archivo que contiene os datos. Menú principal del programa INDICE. Las matrices de datos pueden capturarse en un editor de ASCII. El tamaño máximo permitido de la matriz es 40 columnas por 400 renglones. La opción Calcular índices presenta un submenú (figura 2) en el que el usuario puede elegir el índice a calcular.

00 0. es decir las columnas de la matriz de datos analizada.20 0. INDICE Programa para calcular indices de similitud a partir de matrices de presencia-ausencia 8 .00 ---------------------------------------Figura 3. la diagonal de la matriz resultado es el índice que resulta de la comparación de las columnas consigo mismas.00 1.00 1.50 1.40 0.MAT usando el índice de Jaccard. INDICE: Calcular índices Calcular Braun-Blanquet Calcular Fager Calcular Jaccard Calcular Kulezynski 1 Calcular Kulezynski 2 Calcular Otsuka Calcular Radio de Correlación Calcular Simpson Calcular Sorensen-Dice Menú principal Figura 2. Menú para elección del índice. Cada renglón representa a cada una de las columnas de la matriz analizada. En esa matriz se indica el índice con el que fue calculada y en el encabezado se numeran las unidades comparadas. y por lo tanto. De esta manera. Matriz de similitud calculada por el programa INDICE.40 0.20 1. En la figura 3 se muestra el resultado del programa INDICE al comparar cada columna de la matriz EJEMPLO. los valores de la diagonal son iguales a la unidad.00 0. Indice de Jaccard: ---------------------------------------1 2 3 4 ---------------------------------------1. impresa o almacenada en un archivo.Formato de la matriz de resultados El programa reporta una matriz de resultados que puede ser vista en la pantalla.

Fórmulas de los índices que calcula el programa A continuación se enuncian las fórmulas de los índices que el programa calcula. Hubálek (1982) o Sánchez y López (1988). B) Intersección. las fórmulas hacen referencia a la comparación entre dos conjuntos A y B y se utilizan las siguientes operaciones: A∩B A∪B |A| AC max(A. Complemento. Número de elementos en un conjunto.3. Fórmulas Baroni-Urbani-Buser sqrt( |A ∩ B| x |(A ∪ B)c| ) x |A ∩ B| ------------------------------------------sqrt( |A ∩ B| x |(A ∪ B)c| ) x |A ∪ B| INDICE Programa para calcular indices de similitud a partir de matrices de presencia-ausencia 9 . Elementos del universo que no están en A. Elementos que se encuentran en A o en B. Elementos en común en A y B. Notación usada Para la descripción de las fórmulas se utiliza notación de conjuntos. B) min(A. Cardinalidad. Unión. Una explicación del significado de cada fórmula y comparaciones entre ellas se puede consultar en Crisci y López (1983). Función: mínimo de dos valores enteros. así. Función: máximo de dos valores enteros.

|A ∩ B| Kulezynski 2 |A ∩ B| x |A ∪ B| ---------------------2 x ( |A| x |B| ) Ochiai |A ∩ B| --------------( |A| x |B| )½ INDICE Programa para calcular indices de similitud a partir de matrices de presencia-ausencia 10 . |B| ) Fager |A ∩ B| ---------------------------------------( |A| x |B| )½ .½ x max( |A|. |B| ) Jaccard |A ∩ B| -------------|A ∪ B| Kulezynski 1 |A ∩ B| ---------------------|A ∪ B| .Braun-Blanquet |A ∩ B| -----------------max( |A|.

|B| ) Sorensen-Dice 2 x |A ∩ B| -------------|A| + |B| INDICE Programa para calcular indices de similitud a partir de matrices de presencia-ausencia 11 .Radio de correlación |A ∩ B| -------------|A| x |B| Simpson |A ∩ B| -----------------min( |A|.

un libro de texto universitario. 1987 Recent methodological development in descriptive biogeography. 1984 A bibliography of numerical phenetic studies in systematic botany.Zool. Crisci. En: Llorente.B.). 1994 Algunos aspectos de la taxonomía numérica y sus usos en México.Fennici. Duncan y R. D. Washington. Ann. Bibliografía Baum. 71: 1044-1060. Th. B.4. 1981 Quantitative Biogeography: an overview. Luna (compiladores. Crovello. based on binary (presence-absence) data: an evaluation. Rev. y López.J.C.B.F. UNAM-Fondo de Cultura Económica. T. Missouri Bot. Birks. B. M. H. 656 p. Ann. OEA. 30: 563-575.V.. INDICE Programa para calcular indices de similitud a partir de matrices de presencia-ausencia 12 . Z. 1983 Introducción a la teoría y práctica de la taxonomía numérica. 87: 669-689. Hubálek. Biol. Taxon. 1982 Coeficients of association and similarity. 24: 165-178.C. J. Gard. Phylips.J. e I. J. Taxonomía Biológica. 1994. Kohlmann.

México.L. 1988 Theoretical analysis of some indices of similarity as applied to biogeography. O. Freeman. Valdés. y López. P. R. Folia Entom. J. G. Mex. J.. San Francisco. 1973 Numerical Taxonomy.Sánchez. The principles and practice of numerical classification. Villarreal.H.R. y Sokal.A. J. Ca.A. INDICE Programa para calcular indices de similitud a partir de matrices de presencia-ausencia 13 . Acta Botánica Mexicana 36: 29-42. 1996 Corología de las asteráceas de Coahuila. Sneath. 75: 119-145. y Villaseñor.

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