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Programa para calcular índices de similitud a partir de matrices de presencia-ausencia

Miguel Murguía

D.net. © 1990-1998. San Jerónimo 507. y Fax 5668 4660 abaco@att.C. Col.C. A. Av.mx www.R. 10200 Tel.INDICE Programa para calcular índices de similitud a partir de matrices de presencia-ausencia Miguel Murguía Una publicación de: ABACo. D. Asociación de Biólogos Amigos de la Computación. San Jerónimo Lídice México.org INDICE Programa para calcular indices de similitud a partir de matrices de presencia-ausencia 2 .F.abacoac. A.

Bibliografía INDICE Programa para calcular indices de similitud a partir de matrices de presencia-ausencia 3 . Introducción Indices de similitud como herramienta metodológica en Biología Taxonomía numérica e índices de similitud Biogeografía cuantitativa e índices de similitud 2. El programa INDICE Requerimientos para su uso Formatos de las matrices de datos Ejecutando el programa Formato de la matriz de resultados 3.Contenido 1. Fórmulas de los índices que calcula el programa 4.

Una de las primeras etapas de la metodología feneticista es el cálculo de los índices de similitud entre cada par de elementos a clasificar. en donde se registra la presencia o ausencia de los estados de carácter de cada taxon. Índices de similitud como herramienta metodológica en Biología Con mucha frecuencia.1. El programa está diseñado para que opere en computadoras PC compatibles y tiene requerimientos muy básicos de recursos de memoria y disco. Esa comparación se realiza a partir de la información contenida en una matriz de datos. es decir. llamados OTUs (unidades taxonómicas operativas. Una obra clásica sobre taxonomía numérica es la de Sneath y Sokal (1973). una descripción general de los objetivos y métodos de la taxonomía numérica se encuentra en Kohlmann (1990). área en la que se han desarrollado métodos numéricos para clasificar áreas geográficas de acuerdo a los organismos que las habitan. aplicando métodos de agrupamiento. Los índices de similitud obtenidos para cada par de taxa se registran a su vez en otra matriz: la matriz de similitud. los índices de similitud se utilizan en Biología para comparar grupos de organismos (taxa) o para comparar regiones geográficas. por sus siglas en inglés). apoya en la realización de los cálculos necesarios para proponer clasificaciones de los organismos. El primer caso cae dentro del ámbito de la taxonomía numérica. como un paso previo a la generación de fenogramas. por ejemplo. INDICE Programa para calcular indices de similitud a partir de matrices de presencia-ausencia 4 . El segundo caso cae dentro del ámbito de la biogeografía cuantitativa. Taxonomía numérica e índices de similitud La taxonomía numérica es una metodología para hacer operativos los principios de la fenética. navegables con las teclas del cursor. Introducción El programa INDICE es un programa que calcula una matriz de similitud a partir de una matriz de datos de presencia-ausencia. Las opciones se seleccionan mediante menús de barras. La matriz de similitud también es analizada aplicando algoritmos definidos para generar un fenograma.

la matriz de similitud puede analizarse para producir un fenograma de áreas. (1996) y para una descripción del método puede consultarse a Crovello (1981) o Birks (1987). Análogamente a las OTUs (por las iniciales en inglés de “unidades taxonómicas operativas”). También. los taxa desempeñan el papel de los caracteres en la taxonomía numérica. en biogeografía se definen las OGUs (por las iniciales en inglés de “unidades geográficas operativas”). (1984). INDICE Programa para calcular indices de similitud a partir de matrices de presencia-ausencia 5 .Un resumen bibliográfico donde se pueden consultar referencias que han producido fenogramas a partir de una matriz de similitud puede obtenerse de Baum et al. que en este caso son las áreas geográficas a comparar. La comparación entre las áreas se realiza mediante la matriz de presencia-ausencia de cada taxón en las áreas. así. De manera análoga a la taxonomía numérica. ahora entre las OGUs. Un ejemplo de este tipo de metodologías se puede consultar en Villarreal et al. Biogeografía cuantitativa e índices de similitud Los índices de similitud también son una herramienta muy recurrida para el análisis de la distribución espacial de los organismos. como resultado del análisis se produce una matriz de similitudes.

El programa INDICE En esta sección se explican algunos aspectos técnicos del programa. Requerimientos para su uso El programa puede correr en cualquier computadora PC compatible (XT. como los requerimientos para su operación. Para copiar el programa INDICE del disco compacto desde la unidad E al disco duro. En los subsecuentes renglones se escriben los datos presencia-ausencia. Formato de las matrices de datos La matriz debe estar en un archivo ASCII. Por ejemplo. 486 o Pentium) y tiene requerimientos muy básicos: puede ser ejecutado desde el disco compacto o. AT. indicando presencia con 1 y ausencia con 0. ejecute el archivo INSTALA desde el “prompt” de MS-DOS: C:\〉e:instala lo cual hará que se copien los archivos de INDICE al directorio INDICE en el disco duro.2. desde el disco duro. la forma de ejecutarlo y los formatos de los datos de entrada y de los resultados. el archivo EJEMPLO.MAT contiene: 4 1 1 1 1 1 5 1 1 1 1 1 1 0 0 0 0 1 1 0 0 0 INDICE Programa para calcular indices de similitud a partir de matrices de presencia-ausencia 6 . si se prefiere. En el primer renglón el número de columnas (OTUs o taxa para un análisis taxonómico y OGUs o áreas para análisis biogeográfico) seguido del número de renglones (estados de carácter para análisis taxonómico o taxa para análisis biogeográfico).

Ejecutando el programa Cuando se ejecuta el programa mediante el comando: C:\INDICE〉indice se presenta el menú que se ilustra en la Figura 1. INDICE Programa para calcular indices de similitud a partir de matrices de presencia-ausencia 7 . o bien capturarla en Word y almacenarla como archivo de tipo texto. Menú principal del programa INDICE. El tamaño máximo permitido de la matriz es 40 columnas por 400 renglones. Después de leer la matriz de datos puede someterse al cálculo de los índice de similitud. La opción Formato de la matriz de datos despliega una breve explicación de la forma en que debe estar capturada la información en el archivo de la matriz a analizar.lo cual indica que es una matriz de cuatro OGUs por cinco taxa. La opción Leer matriz se especifica el nombre del archivo que contiene os datos. En la opción Ver matriz despliega en la pantalla la matriz que se encuentra actualmente en memoria. La opción Calcular índices presenta un submenú (figura 2) en el que el usuario puede elegir el índice a calcular. Las matrices de datos pueden capturarse en un editor de ASCII. INDICE Formato de la matriz de datos Leer matriz: NO HAY MATRIZ EN MEMEORIA Ver matriz Calcular índices Terminar Figura 1. por ejemplo el programa WordPad o Bloc de Notas que vienen incluidos en el sistema operativo Windows.

40 0. la diagonal de la matriz resultado es el índice que resulta de la comparación de las columnas consigo mismas. es decir las columnas de la matriz de datos analizada. Cada renglón representa a cada una de las columnas de la matriz analizada.Formato de la matriz de resultados El programa reporta una matriz de resultados que puede ser vista en la pantalla.20 0. Indice de Jaccard: ---------------------------------------1 2 3 4 ---------------------------------------1. INDICE: Calcular índices Calcular Braun-Blanquet Calcular Fager Calcular Jaccard Calcular Kulezynski 1 Calcular Kulezynski 2 Calcular Otsuka Calcular Radio de Correlación Calcular Simpson Calcular Sorensen-Dice Menú principal Figura 2. En esa matriz se indica el índice con el que fue calculada y en el encabezado se numeran las unidades comparadas.40 0.00 0.00 0.50 1. Matriz de similitud calculada por el programa INDICE.00 1. y por lo tanto.20 1.00 1. los valores de la diagonal son iguales a la unidad. En la figura 3 se muestra el resultado del programa INDICE al comparar cada columna de la matriz EJEMPLO.00 ---------------------------------------Figura 3.MAT usando el índice de Jaccard. De esta manera. Menú para elección del índice. INDICE Programa para calcular indices de similitud a partir de matrices de presencia-ausencia 8 . impresa o almacenada en un archivo.

Hubálek (1982) o Sánchez y López (1988). Función: mínimo de dos valores enteros. Fórmulas Baroni-Urbani-Buser sqrt( |A ∩ B| x |(A ∪ B)c| ) x |A ∩ B| ------------------------------------------sqrt( |A ∩ B| x |(A ∪ B)c| ) x |A ∪ B| INDICE Programa para calcular indices de similitud a partir de matrices de presencia-ausencia 9 . Número de elementos en un conjunto. Elementos del universo que no están en A. Notación usada Para la descripción de las fórmulas se utiliza notación de conjuntos. B) min(A. B) Intersección.3. Fórmulas de los índices que calcula el programa A continuación se enuncian las fórmulas de los índices que el programa calcula. Una explicación del significado de cada fórmula y comparaciones entre ellas se puede consultar en Crisci y López (1983). las fórmulas hacen referencia a la comparación entre dos conjuntos A y B y se utilizan las siguientes operaciones: A∩B A∪B |A| AC max(A. así. Complemento. Unión. Elementos en común en A y B. Elementos que se encuentran en A o en B. Cardinalidad. Función: máximo de dos valores enteros.

½ x max( |A|.|A ∩ B| Kulezynski 2 |A ∩ B| x |A ∪ B| ---------------------2 x ( |A| x |B| ) Ochiai |A ∩ B| --------------( |A| x |B| )½ INDICE Programa para calcular indices de similitud a partir de matrices de presencia-ausencia 10 . |B| ) Jaccard |A ∩ B| -------------|A ∪ B| Kulezynski 1 |A ∩ B| ---------------------|A ∪ B| . |B| ) Fager |A ∩ B| ---------------------------------------( |A| x |B| )½ .Braun-Blanquet |A ∩ B| -----------------max( |A|.

Radio de correlación |A ∩ B| -------------|A| x |B| Simpson |A ∩ B| -----------------min( |A|. |B| ) Sorensen-Dice 2 x |A ∩ B| -------------|A| + |B| INDICE Programa para calcular indices de similitud a partir de matrices de presencia-ausencia 11 .

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