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Unidad Temática II - Biología

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Unidad Temática II –BiologíaPor: Alma Alfaro Resumen obtenido del libro “El Mundo de la célula” Becker, Kleinsmith, Hardin

Enzimas: los catalizadores de la vida
Las reacciones o procesos celulares son mediados por proteínas catalizadoras llamadas “enzimas”. En algunos casos son llevados a cabo por ribozimas (ARN). Energía de activación y el estado metaestable Muchos procesos pueden ser termodinámicamente factibles, sin embargo en cambio no es observable por la baja velocidad a la que se produce, e aquí la importancia de las enzimas. La barrera de activación energética debe ser superada antes de que se pueda verificar una reacción química Existe una energía de activación específica que es la cantidad mínima de energía que los reactivos deben tener antes de que ocurra una colisión entre ellos. Esto lo logran alcanzado un estado químico intermedio llamado estado de transición. El estado metaestable es el resultado de la barrera de activación La velocidad de las reacciones no catalizadas en las células es muy baja, las moléculas que son aparentemente estables, son termodinámicamente inestables y no tienen energía suficiente para sobrepasar la energía de activación, esto es el estado metaestable. Los catalizadores superan la barrera de la energía de activación La energía de activación es importante para: el mantenimiento del estado metaestable y como barrera que debe ser superada para que las reacciones tengan lugar a velocidades adecuadas. La manera de lograr que una molécula supere la energía de activación (EA) es aumentando la proporción de moléculas energéticas, esto se consigue ya sea aumentando el contenido medio de energía de todas las moléculas, o reduciendo el requerimiento de energía de activación. Una manera de incrementar el contenido de energía del sistema es suministrando calor, así se aumentará la energía cinética de las moléculas (asegurando que haya un mayor número de moléculas reactivas). El problema del aumento de temperatura es que no es compatible con organismos vivos ya que estos son isotérmicos (de temperatura constante) por lo que requieren también de métodos isotérmicos. Una alternativa al incremento de la temperatura es reducir el requerimiento de la energía de activación. Los reactivos se pueden agrupar en una

superficie que facilite que las porciones potencialmente reactivas de las moléculas adyacentes se yuxtapongan, la interacción se verá favorecida y la energía de activación se reducirá. Quien provee esta superficie reactiva son los catalizadores, los cuales aumentan la velocidad de la reacción disminuyendo la energía de activación. Una característica primordial del catalizador es que no se modifica permanentemente, ni se consume. Sencillamente proporciona un ambiente idóneo para facilitar la reacción. Enzimas como catalizadores biológicos Las tres propiedades básicas de los catalizadores son: 1. Incrementa la velocidad de la reacción disminuyendo el requerimiento de energía de activación, permitiendo una reacción termodinámicamente factible sin necesidad de activación térmica. 2. Un catalizador funciona formando complejos transitorios con las moléculas de sustrato, ligándolas de manera que se facilite su interacción. 3. Un catalizador solo cambia la velocidad en que se consigue el equilibrio, no la posición. Esto aplica a catalizadores orgánicos e inorgánicos, aunque los sistemas biológicos rara vez usan catalizadores inorgánicos. Las moléculas orgánicas son más específicas. La mayoría de las enzimas son proteínas Sitio activo Uno de los conceptos más importantes de entender de las enzimas como proteínas es el sitio activo. Cada enzima contiene dentro de su estructura terciaria un grupo característico de aminoácidos que forman en sitio activo, en el cual ocurre el evento catalítico del cual esa enzima es responsable. Normalmente el sitio activo es un surco o bolsillo real con propiedades químicas y estructurales que permiten la acomodación adecuada y específica del sustrato. El sitio activo de una enzima típica comprende un número determinado de aminoácidos, que normalmente no son contiguos, a lo largo de la secuencia primaria de la proteína. En todo caso, se mantienen juntos, en una conformación correcta, gracias al plegamiento tridimensional característico de la cadena polipeptídica. Sólo cuando la molécula alcanza su conformación tridimensional estable se reúnen los aminoácidos específicos para constituir el sitio activo. Algunas enzimas también pueden portar componentes no proteicos llamados grupos protéticos los cuales normalmente son moléculas orgánicas pequeñas o iones metálicos que funcionan como aceptores de electrones (debido a que ninguno de los aminoácidos laterales es buen aceptor de electrones), cuando estos están presentes se localizan en el sitio activo y son indispensables para la actividad catalítica.

Especificidad enzimática Las enzimas manifiestan un alto grado de especificad por el sustrato. La especificad es una de las propiedades más características de los seres vivos. Los catalizadores inorgánicos son muy poco específicos ya que actúan sobre una variedad de componentes con una característica química general. No todas las enzimas son tan específicas, algunas reconocen un número concreto de sustratos y otras una categoría amplia de sustancias, siempre que posean características estructurales comunes. Esta especificad por grupos es más frecuente en enzimas implicadas en la síntesis y degradación de polímeros. Diversidad enzimática y nomenclatura Las seis clases principales de enzimas son: oxidoreductasas, transferasas, hidrolasas, liasas, isomerasas y ligasas. Oxidoreductasas: se encargan de reacciones óxido-reducción. Transferasas: se encargan de transferir grupos funcionales desde una molécula a otra. Hidrolasas: se encargan de la ruptura hidrolítica de una molécula en dos. Liasas: se encargan de la eliminación de un grupo desde, o adición de un grupo a, una molécula, con redistribución de electrones. Isomerasas: se encargan del desplazamiento de un grupo funcional dentro de una molécula. Ligasas: se encargan de la unión de dos moléculas para formar una única molécula. Cabe recordar el sistema EC que nombra las enzimas según su Clase, sub clase, sub sub clase y número de entrada. Sensibilidad a la temperatura La velocidad de una reacción catalizada enzimaticamente aumenta con la temperatura, hasta cierto punto, si sobrepasa ese punto la molécula inicia a desnaturalizarse. Los puentes de hidrógeno se rompen, las interacciones hidrófobas cambian, y la integridad estructural del sitio activo se interrumpe, causando la pérdida de la actividad.La velocidad de reacción de una enzima humana es máxima alrededor de los 37º C. La mayoría de las enzimas de los seres homeotermos se inactivan por la temperatura, por encima de los 50-55º C. Sensibilidad al pH Las enzimas también son sensibles al pH, muchas sólo son activas dentro de un rango de pH de 3-4 unidades. La dependencia de pH de una enzima normalmente refleja el medio ambiente en el cual la enzima está activa. Sensibilidad a otros factores Las enzimas también pueden ser sensibles a sustancias inhibidoras o activadoras de la enzima. La mayoría de las enzimas son sensibles al medio ambiente iónico, el cual es probablemente el que afecta a la conformación

total de la enzima, debido a que los puentes de hidrógeno dependen de él. El medio ambiente iónico puede afectar también a las uniones del sustrato porque las interacciones iónicas están a menudo involucradas en las uniones entre el sustrato y el sitio activo. La unión del sustrato, la activación y la reacción se producen en el sitio activo En el sitio activo de la enzima ocurre la unión, activación y transformación química del sustrato. Los catalizadores enzimpaticos procesan a una velocidad 10^7 a 10^14 más rápido que sin enzima y los catalizadores inorgánicos trabajan de 10^3 a 10^4 veces más rapido. La unión del sustrato El contacto inicial entre el sitio activo de la enzima y una molécula de sustrato potencial, depende de colisiones aleatorias. Una vez en la hendidura o bolsillo del sitio activo, las moléculas de sustrato se unen temporalmente a la superficie de la enzima, con la orientación apropiada para interaccionar entre sí y con grupos catalíticos específicos de la enzima, lo cual facilita la reacción. La unión del sustrato suele realizarse a través de aminoácidos cargados, por medio de puentes de hidrógeno o enlaces iónicos (o ambos). La suma de estas uniones (débiles) poseen suficiente fuera para mantener a la molécula en su lugar. La unión al sustrato es fácilmente reversible. Existió la teoría del modelo de la cerradura y llave el cual ajustaba el sitio activo a la molécula. Más se proveyó el modelo de ajuste inducido, este modelo supone que la unión inicial de la molécula de sustrato al sitio activo deforma la enzima y el sustrato, estabilizando a las moléculas de sustrato en su estado de transición y permitiendo que los enlaces críticos sean más susceptibles a ataque catalíticos. Activación del sustrato El papel del sitio activo no es sólo reconocer y unir el sustrato apropiado sino también activarlo, sumergiéndolo en el medio químico necesario para la catálisis. Una determinada reacción catalizada enzimaticamente, puede involucrar a uno o más recursos de activación del sustrato. Los mecanismos más comunes son los siguientes: 1. El cambio en la conformación enzimática inducida por la unión del inicial sustrato al sitio activo, no sólo causa una mejor complementariedad y un ajuste más estrecho enzima-sustrato, sino que también deforma uno o más de sus enlaces, debilitando así dichos enlaces, haciéndolos más susceptibles al ataque catalítico. 2. La enzima también puede aceptar o donar protones incrementando, por lo tanto, la reactividad química del sustrato. 3. Como forma adicional para la activación del sustrato, las enzimas también pueden aceptar o donar electrones, formando de ese modo enlaces covalentes temporales entre la enzima y su sustrato. El acontecimiento catalítico

1. El sustrato colisiona con el sitio activo, donde es mantenido por
enlaces débiles con los grupos R de los aminoácidos del sitio activo. La unión del sustrato provoca un cambio conformacional en la enzima, responsable de que el sustrato sea unido más firmemente (ajuste inducido). 2. El sustrato es convertido en productos. 3. Los productos son liberados. 4. El sitio activo está disponible para otra molécula de sustrato. (la enzima retoma su forma) Cinética enzimática La actividad enzimática también depende de la concentración de los sustratos, de los productos y de los inhibidores presentes en la célula. Estos aspectos cuantitativos de la catálisis enzimática son el campo de la cinética enzimática. La mayoría de enzimas siguen la cinética de Michaelis – Menten La velocidad de una reacción catalizada enzimaticamente aumenta con la concentración de sustrato. Existe una importante relación entre la velocidad inicial de reacción v y la concentración de sustrato (S) , mientras que S tiende al infinito, v tiende hacia un valor máximo que depende del número de moléculas enzimáticas y solo puede incrementarse añadiendo más enzima. La incapacidad para aumentar la velocidad de reacción más allá de un valor finito máximo a concentraciones de sustrato cada vez más altas, se le llama saturación.

¿Cúal es el significado de Vmax y Km? Km es la concentración de sustrato para la cual la reacción tiene lugar a la mitad de su velocidad máxima. Se nombra constante de Michaelis. El número de recambio representa la velocidad a la cual las moléculas de sustrato se convierten en producto por una única molécula de enzima, cuando ésta está funcionando a su máxima velocidad. Los inhibidores enzimáticos actúan irreversible o reversiblemente Las enzimas están influidas por productos, sustratos alternativos, sustratos análogos, drogas, toxinas y una clase importante de reguladores llamados efectores alostéricos. Muchas de estas sustancias tienen un efecto inhibidor en la actividad enzimática, reduciendo (o incluso anulando) la velocidad de reacción con el sustrato deseado. La inhibición enzimática desempeña un papel vital como mecanismo de control de las células, también es importante en la acción de drogas y toxinas, las cuales ejercen frecuentemente sus efectos inhibiendo enzimas específicas. L

Los inhibidores pueden ser reversibles o irreversibles. Un inhibidor irreversible se une a la enzima covalentemente, causando una pérdida irrevocable de la actividad catalítica. Los inhibidores irreversibles suelen ser tóxicos. Un inhibidor reversible se una a una enzima de forma disociable, no covalente, de manera que las formas libres y unidas del inhibidor existen en equilibrio las unas con las otras. Las dos formas más comunes de inhibidores reversibles se clasifican como inhibidores competitivos (se une al sitio activo de la enzima y por lo tanto compite directamente con las moléculas de sustrato por el mismo sitio de la enzima, reduciendo su actividad, hasta el punto de que los sitios activos de las moléculas de enzima pueden tener unidas, en cualquier momento, moléculas de inhibidor, en lugar de moléculas del sustrato). También están los inhibidores no competitivos, este se une a la superficie de la enzima en una posición diferente del sitio activo, por lo tanto no bloquea la unión del sustrato pero sin embargo inhibe la actividad de la enzima porque la unión del inhibidor con su sitio específico, reduce enormemente e incluso suprime la actividad catalítica en el sitio activo. Regulación enzimática Algunos mecanismos reguladores son los cambios en las concentraciones de sustrato (y producto), alteraciones en el pH, y la presencia de inhibidores. La regulación que depende directamente de las interacciones entre los sustratos y los productos con la enzima, se llama regulación por el sustrato, aquí un incremento en la cantidad de sustrato produce un aumento en la velocidad de reacción, por el contrario un incremento en la concentración de producto reduce la velocidad a la cual el sustrato se convierte en producto. También existen otros medios de regulación dos de los más importantes son: la regulación alostérica y la modificación covalente. Estos mecanismos permiten a las células conectar o desconectar a las enzimas o ajustar sus velocidades de reacción, modulando apropiadamente las actividades de las enzimas. Las enzimas alostéricas se regulan por moléculas diferentes de los reactivos y productos La regulación alostérica es el único mecanismo importante de control, por el cual la tasa de las reacciones catalizadas enzimaticamente, se ajusta a las necesidades celulares. Retroinhibición La regulación deseada es posible porque el producto P es un inhibidor específico de E1, la enzima que cataliza la primera reacción en secuencia. Este fenómeno es llamado retroinhibición (O inhibición por el producto final) se representa por la flecha de líneas discontinuas que conecta el producto P con la enzima E1. Una retroinhibición sucede cada vez que un producto metabólico inhibe a una de las enzimas implicada en la vía por la cual ese producto se sintetiza. La retroinhibición es comúnmente usada por la célula para asegurar que las actividades de las secuencias de reacción se ajustan a las necesidades celulares. Regulación alostérica

Todas las enzimas con capacidad de regulación alostérica, pueden existir en dos estados diferentes. En una de las dos formas, la enzima tiene una afinidad alta por su(s) sustrato(s), mientras que en la otra, tiene poca o ninguna afinidad. Las enzimas con esta propiedad se llaman enzimas alostéricas. Las dos formas diferentes de una enzima alostérica son fácilmente interconvertibles y están de hecho, en equilibrio una con otra. La velocidad de reacción es alta cuando la enzima está en la forma de alta afinidad y baja, o incluso nula, cuando la enzima está en su forma de baja afinidad. El que se favorezca la forma activa o inactiva de una enzima alostérica depende de la concentración celular de la sustancia reguladora apropiada, llamada efector alostérico. Un efector alostérico es una pequeña molécula orgánica que regula la actividad de una enzima, para lo cual no es ni el sustrato, ni el producto inmediato. Un efector alostérico influye en la actividad de la enzima uniéndose a una de las dos formas intercovertibles de ésta, estabilizándola en ese estado. El efector se une a la enzima debido a la presencia en la superficie de está en un sitio alostérico (o regulador), distinto al sitio activo. Un efector puede ser o bien un inhibidor alostérico o un activador alostérico, dependiendo del efecto que este tenga. Los sitios activos y los sitios alostéricos están normalmente en diferentes subunidades de la proteína, a las que denominamos subunidades catalíticas y subunidades reguladoras. Las enzimas alostéricas manifiestan interacciones cooperativas entre subunidades Muchas enzimas alostéricas poseen cooperatividad lo que significa que a medida que los múltiples sitios catalíticos unen moléculas de sustrato, la enzima sufre cambios conformacionales, que afectan a la afinidad de los restantes sitios de unión del sustrato. Algunas enzimas muestran cooperatividad positiva, en la cual la unión de la molécula sustrato a una subunidad catalítica incrementa la afinidad de otras subunidades catalíticas por el sustrato. Otras enzimas muestran cooperatividad negativa, en la cual el sustrato unido a una subunidad catalítica reduce la afinad de otros sitios catalíticos con el sustrato. La cooperatividad positiva hace que la actividad catalítica de la enzima se incremente más rápido de lo normal a medida que la concentración del sustrato aumenta, mientras que la cooperatividad negativa significa que la actividad enzimática aumenta más lentamente de lo esperado. Las enzimas también se pueden regular por la adición o eliminación de grupos químicos Muchas enzimas están sometidas a control mediante modificaciones covalentes, viéndose afectada por la adición o eliminación de grupos químicos específicos. Las modificaciones comunes incluyen la adición de grupos fosfato, grupos metilo, grupos acetilo, o derivados de nucleótidos. Algunas modificaciones son reversibles y otras no. En cada caso, el efecto de la modificación es la activación o la inactivación de la enzima, o por lo menos la modulación, hacia arriba o hacia abajo, de su actividad. Fosforilación / desfosforilación

La adición de grupos fosfato es una de las modificaciones más frecuentes y mejor entendidas. La adición de fosfato, fosforilación, suele producirse por transferencia de un grupo fosfato desde el ATP al grupo hidroxilo de un residuo de serina, treonina o tirosina de la proteína enzimática. Las enzimas que catalizan la fosforilación de otras enzimas (o de otras proteínas) se llaman proteín-quinasas. El proceso inverso, la desfosforilación está catalizado por enzimas llamadas proteín-fosfatasas e implica la eliminación de un grupo fosfato desde la proteína fosforilada. Ruptura proteolítica Un tipo diferente de activación covalente de enzimas consiste en la eliminación irreversible de un fragmento de la cadena polipeptídica, mediante una enzima proteolítica (que degrada proteínas) adecuada. Este tipo de modificación, llamado ruptura proteolítica, es el que tiene lugar en las enzimas proteolíticas del páncreas, tripsina, quimiotripsina y carboxipeptidasa. Ribozimas: moléculas de RNA con actividad enzimática Los catalizadores constituidos por ARN son denominados ribozimas.

Membranas : estructura, química y función
Toda célula posee membrana y esta define los límites de la célula y sus compartimientos internos. Las funciones de las membranas Funciones de la membrana: 1. Definen los límites de la célula y limitan sus compartimentos. 2. Sirve como sitio concreto donde se realizan funciones específicas. 3. Posee proteínas de transporte que facilitan y regulan el movimiento de sustancias hacia el interior y hacia el exterior de la célula y de sus compartimentos. 4. Contienen los receptores necesarios para detectar señales externas. 5. proporcionan los mecanismos para la comunicación intercelular. 1. Las membranas permeabilidad definen límites y sirven como barreras de

La barrera de permeabilidad de una célula en su conjunto es la membrana plasmática ( o celular, una membrana que rodea a la célula y regula el paso de materiales hacia dentro y fuera de las células. Además de esta hay varias membranas intercelulares que sirve para compartimentalizar funciones dentro de las células eucariotas. 2. En las membranas se sitúan proteínas específicas y por tanto son los lugares donde se realizan funciones específicas

3.

Las proteínas de membrana regulan el transporte de solutos

-Las proteínas de membrana realizan y regulan el transporte de sustancias fuera y dentro de la célula y sus organulos. -Muchas sustancias se mueven a través de la membrana en dirección dictada por su gradiente de concentración. -El movimiento de un ión está determinado por su potencial electroquímico (gradiente de concentración + gradiente de carga) -Este proceso de transporte no requiere energía ya que es favor del gradiente, ocurre de dos maneras diferentes: por difusión simple (agua, oxígeno, etanol – moléculas pequeñas-) o por difusión facilitada (moléculas más grandes, ej. Azúcares) en esta se mueven ayudadas por proteínas transportadoras. -Alternativamente las moléculas se pueden transportar en contra de su gradiente en un proceso llamado transporte activo, este requiere energía la cual es obtenida por la hidrólisis de ATP o un compuesto similar de alta energía (transporte activo directo) La energía puede ser proporcionada acoplando el transporte en contra de gradiente del soluto al transporte a favor del gradiente de los iones de sodio o de protones a través de la misma membrana, a este proceso se le llama transporte activo indirecto. Proteínas hacia la célula – endocitosis Proteínas fuera de la célula – exocitosis 4. Las proteínas de membrana detectan y transmiten señales eléctricas y químicas Transducción de señales: consiste tanto en la detección de señales específicas en la superficie externa de las células como los mecanismos usados para transmitir tales señales a interior celular. Las células reciben información del entorno en forma de señales eléctricas o químicas. En la transducción de señales químicas, algunas moléculas señal entran directamente en las células y actúan en su interior. En la mayoría de los casos las moléculas señalizadoras que afectan a una membrana, se unen a proteínas específicas de la superficie externa de la membrana plasmática, denominadas receptores. A la unión de estas sustancias se les llama ligandos. Las señales internas generadas se denominan segundos mensajeros. 5. Las proteínas de membrana median en la adhesión celular y la comunicación célula-célula Comunicación intercelular: es cuando una célula esta conectada a otra e intercambian componentes. Estas son proporcionadas por uniones gap (células animales) y plasmodesmos (células vegetales) Modelos de la experimental estructura de la membrana: una perspectiva

Mosaico fluido: es un modelo que sirve para describir a todas las membranas biológicas, este imagina a la membrana como dos capas de lípidos bastante fluidas con proteinas localizadas dentro y sobre capas lipídicas y orientadas de forma específica con respecto a las dos superficies de membrana. Overton y Langmuir: los lípidos son componentes importantes de la membrana

Los compuestos lipofídicos penetran con facilidad la membrana. – Overton Los fosfolípodos son afipáticos y su cabeza polar (hidrofílicas) se encuentran en contacto con el agua, mientras que sus colas no polares (hidrofóbicas) sobresalen del agua. – Langmuir Porter y Grendel: la base de la estructura de la membrana es una bicapa lipídica Hipotetizaron la existencia de una bicapa donde las cadenas hidrocarbonadas no polares e hidrofóbicas estubieran hacia el interior, fuera del medio acuoso y los grupos polares hidrofílicos de cada capa estarían dirigidos hacia el exterior. Davson y Danielli: las membranas también contienen proteínas Davson y Danielli propusieron (notese que esta teoría fue desechada NO es la correcta) que las membranas biológicas consisten en una bicapa lipídica que está recubierta en ambos lados con finas láminas de proteínas (modelo de sándwich –proteína-lípido-proteína) Luego se postulo el que las proteínas hidrofílicas podían atravesar la membrana y formar poros polares, esas proteínas podían cambiar la permeabilidad y las propiedades de resistividad de la membrana. El interior lipidito es responsable de las propiedades hidrofóbicas de la membrana y los componentes proteicos explican sus propiedades hidrofílicas. Robertson: todas las membranas comparten una estructura subyacente común La membrana tiene un aspecto trilaminar o de via de ferrocarril. Unidad de membrana: todas las membranas celulares comparten una estructura subyacente común. Una investigación más detallada reveló los principales defectos del modelo de Davson y Danielli Mediante diversos estudios se llego a la conclusión de que las proteínas se encontraban al menos en parte, en el interior hidrofóbico de la membrana. También se indica que las membranas son estructuras fluidas en las que la mayoría de lípidos y muchas proteínas se mueven libremente. Singer y Nicholson: una membrana consiste en un mosaico de proteínas dentro de una bicapa lipídica fluida (este si es cierto SI es correcto) El modelo de mosaico fluido tiene dos características principales, las cuales aparecen el nombre. El modelo imagina una membrana como un mosaico de proteínas incluidas, o por lo menos unidas, de forma discontinua a una bicapa lipídica fluida. Singer- Nicholson beian las proteínas como entidades globulares discretas que se asocian a la membrana basándose en su afinidad relativa por el interior hidrofóbico de bicapa lipídica. Los tres tipos de proteínas presentes en la membrana son: integrales, periféricas y ancladas a lípidos.

-Las proteínas integrales de la membrana están embebidas en la bicapa lipídica y se mantienen en su sitio por la afinidad de los segmentos hidrofóbicos de la proteína por el interior hidrofóbico de la bicapa lipídica. -Las proteínas periféricas, son mucho más hidrofílicas y por ello están localizadas en la superficie de la membrana y están ancladas de forma no covalente a los grupos polares de las cabezas de los fosfolípidos o a las partes hidrofílicas de otras proteínas. -Finalmente las proteínas ancladas a lípidos son esencialmente hidrofílicas y por ello residen en la superficie de la membrana, pero están unidas covalentemente a moléculas de lípido que están incluidas en la bicapa. Unwin y Henderson: la mayoría de las proteínas de membrana contienen segmentos transmembrana Una propiedad importante de las proteínas integrales es que tienen en su estructura primaria una o más secuencias hidrofóbicas que abarcan la bicapa lipídica, a esto se le llama segmentos transmembrana y anclan las proteínas a la membrana y las sostienen alineadas correctamente dentro de la bicapa lipídica. Los lípidos de membrana: la parte “fluida” del modelo Las membranas contienen varias de las principales clases de lípidos Las principales clases de lípidos de la membrana son: fosfolípidos, glicolípidos y esteroles. Fosfolípidos: son los que se encuentran en mayor cantidad en la membrana, contienen muchas clases de fosfolípidos distintas, entre ellas los fosfoglicéridos (basados en glicerol) y los esfingolípidos (basados en esfingosina). Los fosfoglicéridos más comunes son: fosfatidilcolina, fosfatidiletanolamina, fosfatidilserina y fosfatidilinositol. El esfingolípido más comun es la esfingomielina. Glicolípidos: estos se forman al añadir a los lípidos grupos de carbohidrato. Algunos tienen como base glicerol, pero la mayoría derivan de la esfingosina y por tanto se llaman glicoesfingolípidos. Ejemplos: cerebrósidos (denominados neutros ya que cada molécula tiene un azocar no cargado como grupo principal) y glangliósidos ( siempe tienen un grupo principal oligosacárido que contiene uno o más residuos de ácido siálico cargados negativamente). Los cerebrósidos y gangliósidos predominan especialmente en las membranas cerebrales y células nerviosas. Esteroles: el principal esterol de las membranas celulares animales es el colesterol, las vegetales contienen colesterol ( poco) y grandes cantidades de fitoesteroles (campesterol, sitosterol y estigmasterol). Membranas de procariotas como bacterias y cianobacterias contienen algo similar a los esteroles denominado haponoides, que sustituye al esterol en la membrana. El esterol solamente está en la membrana plasmática, no en membranas de organulos. La cromatografía en capa fina es una técnica importante para el análisis de los lípidos

La TLC es una técnica que separa diferentes clases de lípidos basándose en sus afinidades relativas por una fase estacionaria hidrofílica y una fase móvil hidrofóbica La fase estacionaria suele ser una capa fina de ácido silícico sobre una placa de vidrio o placa metálica, mientras que la fase móvil es una mezcla de solventes apropiados. Los ácidos grasos son esenciales en la estructura y función de la membrana Los ácidos grasos son componentes de todos los lípidos de la membrana excepto de los esteroles. Son esenciales para la estructura de la membrana debido a que sus largas colas hidrocarbonadas forman una barrera hidrofóbica efectiva para la difusión de solutos polares.

Asimetría de membrana: la mayoría de los lípidos se distribuyen de manera desigual entre las dos monocapas La mayoría de los lípidos se distribuyen de forma desigual entre las dos monocapas. Esta asimetría de la membrana incluye diferencias tanto en las clases de lípidos presentes como en el grado de instauración de los ácidos grasos de las moléculas de fosfolípidos. Movimientos que puede tener un fosfolípido en la membrana: -Difusión transversa -Rotación -Difusión lateral *La bicapa lipídica es fluida. *Las membranas funcionan correctamente sólo en estado fluido. -Temperatura de transición -Transición de fase *La fluidez de la membrana depende principalmente de las clases de lípidos que contiene. Hay dos propiedades especialmente importantes para determinar la fluidez: la longitud de las cadenas laterales de los ácidos grasos y su grado de instauración (es decir, el número de dobles enlaces presentes) *Las membranas con cadenas largas tienden a ser menos fluidas. Cadena larga – saturados - (mayor temperatura de transición) Cadena corta –insaturados - (menor temperatura de transición) Los efectos de los esteroles sobre la fluidez de la membrana Colesterol (células animales) Esteroles ----- Fitoesteroles (células vegetales) Intercalar moléculas rígidas de colesterol en la membrana de una célula animal hace que a temperaturas más elevadas la membrana sea menos fluida de lo que debería ser. Sin embargo, el colesterol también evita de manera eficaz que las cadenas hidrocarbonadas de los fosfolípidos encajen a medida que la temperatura va disminuyendo, reduciendo de este moedo

la tendecia de las membranas a melificarse al enfriarse. El colesterol disminuye la fluidez de la membrana a temperaturas por encima de la Tm y la aumenta a temperaturas por debajo de la Tm. Además, una bicapa lipídica que contiene esteroles es menos permeable a los iones y a moléculas pequeñas que una bicapa que carece de esteroles. La mayoría de los organismos pueden regular la fluidez de la membrana Los organismos procariotas y eucariotas pueden regular la fluidez de la membrana principalmente cambiando la composición lipídica de las mismas. La capacidad de hacer esto se denomina adaptación homeosviscosa, debido a que el efecto principal de esa regulación es mantener la viscosidad de la membrana aproximadamente igual a pesar de las variaciones de temperatura. Las balsas lipídicas son regiones concretas de lípidos de membrana que están implicadas en la señalización celular Las regiones de lípidos de membrana que secuestran proteínas implicadas en la señalización celular se denominan microdominios o balsas lipídicas, estas se caracterizan por niveles elevados de colesterol y glicoesfingolípidos y por ello son más espesas y menos fluidas que el resto de la membrana. Las caveolas son consideradas sub grupos de las balsas lipídicas y son pequeñas invaginaciones de la membrana con forma de frasco. Proteínas de membrana: la parte <<mosaico>> del modelo Los principales componentes del mosaico de la membrana son las proteínas Las membranas contienen proteínas periféricas y proteínas ancladas a lípidos Proteínas integrales de membrana Estas son proteínas anfipáticas que poseen una o más regiones hidrofóbicas que exhiben afinidad por el interior hidrofóbico de la bicapa lipídica, por ello están incluidas en el interior de la membrana y no se pueden extraer con facilidad. A su vez las proteínas integrales pueden ser monotópicas, cuando solamente sobresalen por uno de los lados de la bicapa (muy pocas), o pueden ser proteínas transmembrana (la mayoría), lo que significa que cruzan la membrana y tienen regiones hidrofílicas que sobresalen de la membrana por los dos lados. Las proteínas transmembrana atraviesan la proteína una vez (proteínas de paso único), o varias veces (proteínas de paso múltiple). Algunas proteínas de paso múltiple consisten en un único polipéptido, sin embargo cuando tienen dos o más polipéptidos se denominan proteínas multisubunidades. La mayoría de las proteínas transmembrana están ancladas a la bicapa lipídica por uno o más segmentos transmembrana hidrofóbicos, uno por cada vez que la proteína atraviesa la bicapa. Proteínas periféricas de la membrana integrales, proteínas

Son las proteínas que carecen de secuencias hidrofóbicas diferenciadas y por tanto no penetran en la bicapa lipídica, en vez de ello se unen mediante fuerzas electrostáticas débiles y puentes de hidrógeno a la superficie de la membrana a través de las porciones hidrofílicas de las proteínas integrales y quizás a través de los grupos polares de las cabezas de los lípidos de la membrana. Estas se extraen más fácilmente que las integrales y normalmente se extraen cambiando el pH o la fuerza iónica. Proteínas de membrana ancladas a lípidos Son las proteínas cuyas cadenas polipeptídicas se localizan en una de las superficies de la bicapa lipídica, pero están unidas covalentemente a moléculas lipídicas incluidas dentro de la bicapa. Las proteínas unidas a la superficie interna de la membrana se anclan por medio de formación de enlaces covalentes con un ácido graso o con un derivado isopreno denominado grupo prenil. En el caso de las proteínas de membrana ancladas a ácidos grasos, la proteína se sintetiza en el citosol y después se une covalentemente a un ácido graso saturado incluido dentro de la bicapa. Por otro lado las proteínas de membrana preniladas se sintetizan en el citosol como proteínas solubles después se les añade un grupo prenil y este se inserta en la capa lipídica de la membrana. Muchas proteínas ancladas a lípidos y que se fijan a la superficie externa de la membrana se unen covalentemente a glicosilfofatidilinositol (GPI), estas son denominadas proteínas de membrana ancladas GPI Las proteínas se pueden separar por electroforesis en geles de poliacrilamida con SDS Un método de separar las moléculas para su estudio es la electroforesis la cual consiste en utilizar un campo eléctrico para separar moléculas cargadas eléctricamente. La velocidad a la cual una molécula dada se mueve durante la electroforesis depende tanto de su carga como de su tamaño. Previo a su estudio los fragmentos de membrana se solubilizan con el detergente SDS para desorganizar las uniones proteína-proteína y proteína- lípido, las proteínas se desnaturalizan y no se vuelven a plegar ya que están cubiertas con moléculas de turgente cargado negativamente. Resulta cada vez más viable determinar tridimensional de las proteínas de membrana la estructura

Las proteínas integrales se han logrado estudiar por medio de la cristalografía de rayos X, la cual determina la estructura de las proteínas que se puedan aislar de forma cristalina y por análisis hidropático aquellas que por lo menos se puedan aislar y secuenciar. La cristalografía de rayos X es utilizada para determinar la estructura tridimensional de las proteínas. Por otro lado es posible inferir el número y posición de los segmentos transmembrana a partir de una representación de hidropatía. Según los valores de hidrofobicidad se calcula un índice de hidropatía, el cúal es una medida numérica de la hidrofobicidad relativa de segmentos sucesivos de la cadena del polipéptido. Las proteínas de membrana tienen varias funciones

Algunas de las proteínas de la membrana son enzimas , otras proteínas de membrana son receptores implicados en el reconocimiento y mediación de los efectos de señales químicas específicas que se unen a la superficie de la célula. Las proteínas de membrana también están implicadas en la comunicación intercelular. Las proteínas de membrana desempeñan un papel principal, en la captación y secreción de sustancias por endositos y exocitosis; en el marcaje, clasificación y modificación de proteinas en el retículo endoplásmico. Finalmente las proteínas poseen un papel estructural ya que estabilizan y dan forma a la membrana celular. Las proteínas de membrana están orientadas asimétricamente a través de la bicapa lipídica Muchas proteínas de membrana están glicosiladas La mayoría de membranas contienen pequeñas cantidades de carbohidratos. Los glicolípidos representan una pequeña porción de los carbohidratos de membrana ya que la mayoría están en forma de glicoproteínas, proteínas de membrana con cadenas de carbohidratos unidas covalmenteme a cadenas laterales de aminoácidos. La adición de una cadena lateral hidrocarbonada a una proteína se denomina glicosilación. (adición de cadena de carbohidrato). Las glicoproteínas predominan en las membranas plasmáticas, donde desempeñan un papel importante en el reconocimiento intercelular. Consecuentes con este papel, las glicoproteínas están siempre situadas de tal forma que los grupos carbohidrato sobresalen de la superficie externa de la membrana celular. Esta disposición contribuye a la asimetría de la membrana. En muchas células animales, los grupos carbohidrato de las glicoproteínas y de los glicolípidos sobresalen de la superficie celular y forman una cubierta de superficie denominada glicocálix. Las proteínas de membrana varían en cuanto a su movilidad Las proteínas de membrana son de hecho más viables al movimiento que los lípidos, Evidencias experimentales de la movilidad proteica Un método para identificar la movilidad proteica es el de aticuerpos fluorescentes donde se marcan dos tipos de proteínas, seguidamente se unen y se observa el movimiento.

Transporte a través de la membrana: saltando la barrera de permeabilidad
La naturaleza hidrófoba de las membranas las hace impermeables a la mayoría de moléculas y iones, manteniendo unas sustancias en el interior celular y otras en el exterior. Sin embargo las membranas no son sólo barreras que restringen indiscriminadamente la entrada y saluda de sustancias, sino que poseen una permeabilidad selectiva, que permite el intercambio controlado de moléculas y iones específicos.

Las células y el proceso de transporte Los procesos de transporte en masa que permiten el movimiento de sustancias dentro y fuera de la membrana son la endocitosis (dentro) y la exocitosis (fuera). La mayoría de sustancias que atraviesan la membrana no so macromoléculas, sino iones y pequeñas moléculas orgánicas en disolución (solutos, mayormente Na, K, Ca2, y Cl). La mayoría de moléculas orgánicas de pequeño tamaño que son transportadas son metabolitos sustratos, productos intermedios y finales de las rutas metabólicas que se verifican en la célula o sus organulos. El transporte es la capacidad de mover selectivamente iones y moléculas orgánicas a través de una membrana, un proceso básico en la función celular. Los solutos cruzan la membrana por difusión simple, difusión facilitada o transporte activo Las moléculas pequeñas como oxígeno, dióxido de carbono y etanol, atraviesan la membrana por difusión simple, que es el movimiento de solutos a través de la bicapa lipídica en la dirección dictada por la diferencia de concentración del soluto entre ambos lados de la membrana (de mayor a menor). Sin embargo la mayoría de solutos se mueven gracias a la presencia de proteínas transportadoras (proteínas integrales que reconocen sustancias con alta especificad). En algunos casos las proteínas de transporte permiten la difusión facilitada, moviéndolos a favor del gradiente de energía, cuando las proteínas permiten el transporte en contra del gradiente se denomina transporte activo. El movimiento de solutos a través de la membrana está determinado por su gradiente de concentraciones o su potencial electroquímico El movimiento de una molécula depende de su gradiente de concentración, de dicha molécula a ambos lados de la membrana, el movimiento será a favor del gradiente. El movimiento de un ion, depende de su potencial electroquímico, el cual resulta de la integración de los gradientes de concentración y de carga de ambos lados de la membrana. Difusión simple: movimiento no asistido a favor de gradiente La forma más sencilla por la que un soluto puede pasar de un lado a otro de la membrana es la difusión simple, movimiento neto no asistido de un soluto desde una región donde su concentración es mayor, a otra donde ésta es menor. Este movimiento es solo para moléculas pequeñas y relativamente poco polares. (ej: O, CO2) La difusión mueve a los solutos hasta alcanzar el equilibrio Independientemente del punto de inicio, la difusión tiende a crear una solución en la cual la concentración es la misma en ambas partes, alcanzando así el equilibrio. La difusión es un movimiento que conduce siempre al equilibrio, a la vez disminuye la energía libre ya que las

moléculas se mueven a favor del gradiente, por ello la difusión progresa siempre de regiones de mayor a menor energía libre. Ósmosis en la difusión de agua a través de una membrana con permeabilidad selectiva El agua tiende a moverse del lado donde hay menor concentración de solutos a la parte con mayor concentración de solutos, este movimiento en respuesta a diferencias de concentración de solutos se llama ósmosis. La difusión simple está limitada a moléculas pequeñas no polares Únicamente los solutos pequeños pueden pasar por difusión simple a través de la bicapa lipídica, los tres factores que afectan sustancialmente la difusión de solutos son: el tamaño, la polaridad y la carga (si el soluto es ion) Tamaño del soluto En términos generales, las bicapas lipídicas son más permeables a las moléculas pequeñas que a las grandes. Las moléculas pequeñas más relevantes para la función celular son el agua, el oxígeno y el dióxido de carbono. La permeabilidad de la bicapa es tanto mayor cuanto menor sea la molécula. Polaridad del soluto Las bicapas lipídicas son relativamente permeables a moléculas no polares y menos permeables a moléculas polares. Esto ya que las no polares se disuelven más fácilmente en la fase hidrófoba de la bicapa y así la atraviesan más fácilmente. Permeabilidad a iones La membrana es altamente impermeable a los iones, esto es debido a su fuerte asociación con las moléculas de agua, que forman un escudo de hidratación. La tasa de difusión simple gradiente de concentraciones es directamente proporcional al

Termodinámicamente la difusión simple es un proceso exergónico y por ello no requiere energía. Las moléculas individuales difunden al azar en ambos sentidos, pero el flujo neto es siempre en la dirección de la menor energía libre, esto significa a favor de la gradiente de concentración, por ello la tasa neta de transporte es proporcional a la diferencia de concentraciones. Esta es relevante para moléculas como el etanol y el O2.

Difusión facilitada: movimiento a favor del gradiente, asistido por proteínas

La mayoría de sustancias en la célula son demasiado grandes o demasiado polares como para atravesar la membrana por difusión simple, estas sustancias entran y salen de la célula gracias a proteínas transportadoras, que intervienen en el movimiento de solutos a través de la membrana. Por ello la función de las proteínas transportadoras es meramente facilitar la difusión a favor de sustancias polares o con carga, que de otra forma no podrían pasar. (ej. Glucosa) Las proteínas transportadoras y los canales proteicos facilitan la difusión empleando mecanismos diferentes Las proteínas que facilitan el paso por difusión facilitada son proteínas integrales con uno o varios segmentos transmembrana. Estas proteínas se clasifican en: transportadores proteicos: también denominados permeasas, son las que captan una o más moléculas de soluto en un lado de la membrana, seguidamente sufren un cambio conformacional que permite la transferencia del soluto hacia el otro lado de la membrana. También están los canales proteicos, los cuales constituyen canales hidrófilos que atraviesan la membrana y permiten el paso de solutos sin necesidad de grandes cambios conformacionales. Son una especie de poros, y son relativamente grandes, estos porros están formados por proteínas transmembrana denominadas porinas, por otro lado la mayoría de estos canales son muy pequeños y selectivos y como intervienen en el transporte de iones se denominan canales iónicos. Las proteínas transportadoras conformacionales alternan entre dos estados

El modelo de conformación alternativa hace referencia a como una proteína alterna entre los dos estados conformacionales de estar abierto primero a un lado de la membrana y luego al otro. Las proteínas transportadoras son análogas a las enzimas, por su especificad y cinética Las proteínas transportadoras son denominadas a menudo como permeasas. Como en las reacciones catalizadas por enzimas, la difusión facilitada implica la unión inicial del “sustrato” (soluto a transportar) a u lugar específico de la superficie de la proteína (el lugar de unión del soluto). Tras la formación de este complejo se liberará el producto (soluto transportado). Especificidad de las proteínas de Transporte Las permeasas poseen especificidad, al igual que las enzimas. Cinética de la función de las proteínas de transporte El transporte facilitado al igual que la catálisis enzimática, exhibe una cinética de saturación, con una velocidad máxima y una constante Km que corresponde a la concentración de soluto necesario para alcanzar la mitad de la tasa máxima de transporte. Una última semejanza entre las proteínas y las enzimas es la inhibición competitiva.

Las proteínas transportadoras movilizan uno o dos solutos Cuando una permeasa transporta un solo soluto, el proceso se denomina uniporte, cuando se transportan dos solutos simultáneamente y de manera acoplada, es decir, que no se produce el movimiento si uno de los dos solutos faltas, se llama transporte acoplado,. El transporte acoplado puede ser simporte (o contrasporte) cuando atraviesan la membrana en el mismo sentido, o antiporte cuando la atraviesan en sentidos opuestos. El transportador de glucosa del eritrocito y el intercambiador de aniones son ejemplos de proteínas transportadoras El transportador de glucosa (GLUT1), es una transportador uniporte. El intercambiador de aniones del eritrocito (o intercambiador de clorurobicarbonato) es un transportador de antiporte. Los canales proteicos facilitan la difusión, hidrófilos en la membrana formando túneles

Los canales proteicos permiten a los iones desplazarse libremente a través de la membrana. Los tres tipos de canales proteicos transmembranales son: canales iónicos, porinas y acuaporinas. Canales iónicos: proteínas transmembrana que permiten el paso rápido de determinados iones Los canales iónicos son muy selectivos, la mayoría permite el paso de una sola especie iónica y por ello son necesarios diferentes canales para el transporte de iones. La mayoría de los canales iónicos están regulados por lo que estos se abren y cierran en respuesta a determinados estímulos. En células animales existen tres tipos de estímulos que controlan la apertura y cierre de los canales regulados: canales operados por voltaje, que se abren (polarizado) y cierran (despolarizado) como respuesta a cambios en el potencial de membrana; canales operados por ligando, regulados por la unión al canal de determinadas sustancias extracelulares o intracelulares y canales mecanosensibles, que responden a fuerzas mecánicas que actúan en la membrana. Porinas: proteínas transmembranales que permiten el paso rápido de diversos solutos Estos poros son más grandes que los de los canales iónicos, estos poros se forman por proteínas denominadas porinas, que atraviesan varias veces la membrana. Los segmentos transmembranales de las porinas son barriles B (beta). El poro permite el paso de varios solutos hidrófilos, cuyo paso queda únicamente restringido por el tamaño del poro de la porina en particular. Acuaporinas: proteínas transmembrana que permiten el paso rápido de agua

En las células de algunos tejidos, existe un movimiento específico de agua, mediado por una familia de canales proteicos, denominados acuaporinas (AQPs). Las acuaporinas no son responsables del intercambio de todo el agua que pasa a través de cualquier membrana, más bien facilitan la entrada y salida rápida de moléculas de agua en tejidos que así lo requieren. *El sodio y el potasio mantiene la polaridad de la membrana, por ello son importantes las bombas de sodio-potasio (consumen energía).

Transporte activo: movimiento en contra de gradiente, asistido por proteínas El transporte activo es aquel que hace posible el movimiento de solutos en contra del equilibrio termodinámico, por lo que requiere siempre el aporte de energía. El transporte activo realiza tres funciones principales en las células y sus orgánulos. Primero, hace posible la toma de sustancias nutritivas esenciales del medio circundante Segundo, permite que sean eliminadas varias sustancias, como productos de secreción y de desecho, incluso cuando la concentración en el exterior es mayor que en el interior. Tercero, permite que la célula mantenga constantemente un desequilibrio en las concentraciones de ciertos iones inorgánicos (K, NA, CA2+, H). El resultado final del transporte activo es un desequilibrio en estado estacionario, sin el cual la vida no sería posible. Las proteínas de membrana implicadas en el transporte activo suelen denominarse bombas. A diferencia de la difusión simple o facilitada, el transporte activo suele tener direccionalidad intrinseca, por lo que generalmente solo se mueve en un sentido. Por ello se dice que el transporte activo es unidireccional o vectorial. El acoplamiento del transporte activo a una fuente de energía, puede ser directo o indirecto El transporte activo puede ser: activo directo o activo indirecto. El transporte activo directo implica la existencia de un sistema de transporte acoplado a una reacción química exergónica, generalmente la hidrólisis de ATP. Las proteínas de transporte que utilizan la energía liberada

por la hidrólisis de ATP se llaman ATPasas de transporte o K bombas ATPásicas. Los cuatro tipos de ATPasas de trasnporte son: tipo P (phosphorylation/ se fosforilan por ATP), tipo V (vacuola/ bombean protones a organulos como las vacuolas, lisosomas, etc), tipo F (factor / utilizan la energía de la hidrólisis del ATP) y tipo ABC ( ATP binding cassette/ forman una superfamilia de proteínas). El transporte activo indirecto implica la existencia de un sistema de transporte acoplado al transporte de iones, este puede ser simporte o antiporte. El transporte activo indirecto ( o secundario) es impulsado por el movimiento de iones a favor de su gradiente electroquímico.

Metabolismo de la energía quimiotrófica: glucólisis, fermentación
Rutas Metabólicas Cuando consideramos todas las reacciones químicas que ocurren dentro de la célula, hablamos de metabolismo. El metabolismo global de una célula consiste, en definitiva, en muchas rutas metabólicas específicas, cada una de ellas para una operación concreta. La vida a nivel celular se puede definir como una red integrada de reacciones metabólicas cuidadosamente acopladas en la que cada una de ellas contribuye a la suma de las actividades que la célula debe llevar a cabo. Las rutas metabólicas son de dos tipos generales. Las rutas en las que se sintetizan componentes celulares se denominan rutas anabólicas (hacia arriba), mientras que aquellas implicadas en la degradación de constituyentes celulares se denominan rutas catabólicas. ( hacia abajo). Las rutas anabólicas implican un incremento del orden (una disminución de entropía) y son endergónicas (requieren energía). Las rutas catabólicas son exergónicas (liberan energía) se disminuye el orden molecular (aumenta la entropía). Las rutas catabólicas tienen dos papeles en la célula: liberar la energía libre necesaria para las funciones celulares y generar las pequeñas moléculas orgánicas o metabolitos, que son los ladrillos de construcción para la biosíntesis. Las reacciones catabólicas pueden producirse en presencia de oxígeno (aerobio) o en ausencia de oxígeno (anaerobio), se produce mayor energía en las rutas aerobias. ATP: el acoplador universal de energía

Las reacciones anabólicas se encargan del crecimiento y reparación de las células, las reacciones catabólicas producen la energía que las reacciones anabólicas necesitan. Se necesita un acoplamiento entre estos dos procesos y eso se logra gracias a ciertos tipos de moléculas que mantienen la energía obtenida en reacciones exergónicas y la liberan donde es requerida. La molécula más comúnmente utilizada como intermediario energético es el compuesto fosforilado adenosina trifosfato (ATP), este esta implicado en la mayoría de transiciones energéticas. El ATP tiene dos enlaces fosfoanhídrido ricos en energía El ATP es una molécula que contiene la base aromática adenina, el azúcar de 5 carbonos ribosa y una cadena de 3 grupos fosfato. Los grupos fosfato están conectados entre sí por puentes fosfoanhídridos y la ribosa por medio de un enlace fosfoéster. Dependiendo de si la adenosina (adenina + ribosa) esta unida a uno, dos o tres fosfatos se formara AMP, ADP o ATP. El ATP es un buen intermediario del metabolismo energético celular ya que la hidrólisis del tercer enlace fosfato (el más externo) libera energía. Hidrólisis es el término general para las reacciones en las que un enlace molecular se rompe por reacción con el agua. Por ello la hidrólisis de ATP (reacción con el agua para formar ADP y fosfato inorgánico) es exergónica. La hidrólisis de ATP es altamente exergónica debido a la repulsión electrostática y a la estabilización por resonancia La hidrólisis de ATP y ADP en Pi (fosfato inorgánico HPO4-2 ) es exergónica debido a la repulsión electrostática entre los grupos fosfato adyacentes cargados negativamente y la estabilización de los dos productos (ADP y Pi) por resonancia. La repulsión electrostática hace referencia a como las cargas negativas de los grupos fosfato se repelen entre sí liberando energía, a la vez en la síntesis de ATP se requiere energía para vencer esta repulsión. La estabilización por resonancia es la segunda contribución importante al enlace energético de ATP. Se debe entender que la estructura de los carboxilatos y los grupos fosfato es en realidad una media de todas las estructuras que se denomina híbrido de resonancia, en el que los electrones extra están deslocalizados sobre todos los posibles enlaces. Cuando estos electrones presentan la máxima deslocalización, una molécula se encuentra en su configuración más estable (de mínima energía) y se dice que está estabilizada por resonancia. Si uno o más átomos de oxígeno del carboxilato o el grupo fosfato participa en un enlace covalente deja de estar disponible para la deslocalización electrónica de manera que el resto de electrones están ahora deslocalizados sobre un número de oxígenos inferior al máximo lo que supone que la molécula se encuentra en una configuración de más alta energía (menos deslocalizada). El ATP es un importante intermediario del metabolismo energético celular

El ATP ocupa una posición intermedia en el espectro global de compuestos fosforilados ricos en energía de la célula. El fosfoenol piruvato (PEP), el difosfoglicerato o la fosfocreatina liberan más energía, mientras que la glucosa 1-6- fosfato y el glicerol fosfato liberan menos. Un compuesto puede fosforilar a un compuesto de mayor energía libre ( un número menos negativo), pero uno con menor energía libre no puede fosforilar a uno con mayor. Se obtiene ATP a partir de ADP si es fosforilado por PEP, pero no puede ser fosforilado por glucosa -6 fosfato. De igual forma el ATP puede fosforilar a la glucosa, pero no el piruvato. Las reacciones que implican el movimiento de un grupo químico de una molécula a otra, se denominan reacciones de transferencia de grupo (ej. Grupo fosfato del piruvato al ADP). Estas reacciones son muy comunes en el metabolismo celular y la transferencia del grupo fosfato es uno de lso que se hacen con mayor frecuencia. El ATP por estar en un plano medio puede ser tanto donador como aceptor de fosfato. El par ADP/ATP representa una forma reversible de conservar, transferir y liberar energía dentro de la célula. Metabolismo energético quimiótrofo El metabolismo energético quimiótrofo cosiste en las rutas y reacciones mediante las cuales las células catabolizan nutrientes y conservan, en forma de ATP, parte de la energía libre que se libera en ellas. Las oxidaciones biológicas normalmente implican la eliminación de electrones y protones y son altamente exergónicas La oxidación es la pérdida de electrones, los nutrientes como los carbohidratos, grasas o proteínas son fuente de energía para la célula lo que significa que son compuestos orgánicos oxidables y que su oxidación es altamente exergónica. La oxidación de moléculas orgánicas normalmente implica la eliminación, no sólo de electrones, sino también de iones hidrógeno (protones), de manera que el proceso es también una deshidrogenación. La mayoría de las enzimas que catalizan reacciones oxidativas en las células son deshidrogenadas. Ninguna de las reacciones de oxidación puede tener lugar de forma aislada; los electrones se transfieren a otra molécula, que queda reducida en el proceso. La reducción es lo opuesto a la oxidación y se defina como la ganancia de electrones. En las reducciones biológicas, como e las oxidaciones, los electrones suelen ir acompañados de protones y lar reacción global es, por tanto, una hidrogenación. Las oxidaciones y las reducciones tienen lugar simultáneamente. Las coenzimas como el NAD+ funcionan como aceptores de electrones en las oxidaciones biológicas En el metabolismo quimiótrofo de la energía el último aceptor de electrones es normalmente, aunque no siempre, el oxígeno. En la mayoría de las oxidaciones biológicas el aceptor inmediato de electrones (y donador inmediato de electrones en la mayoría de reducciones) es alguna coenzima. Las coenzimas son moléculas pequeñas que funcionan junto con

las enzimas, como transportadores de electrones o de pequeños grupos funcionales. Las coenzimas funcionan realmente como sustratos en las reacciones en las que participan, sin embargo no son consumidas, sino recicladas. La coenzima más común implicada en el metabolismo energético es la nicotinamida adenina dinucleótido (NAD+), el NAD+ sirve como aceptor de un electrón por incorporación, a su anillo aromático, de dos electrones y un protón, generando así la forma reducida, el NADPH y un protón. La mayoría de los quimiótrofos consiguen la energía necesaria para oxidación de las moléculas orgánicas de los alimentos Mediante la oxidación los quimiótrofos conseguimos la mayor parte de la energía que necesitamos. Hay muchas sustancias distintas que sirven como sustratos en las oxidaciones biológicas, para nosotros y la mayoría de quimiótrofos dependemos de moléculas orgánicas de los alimentos como sustratos oxidables, fundamentalmente carbohidratos, grasas y proteínas. La glucosa es uno de los sustratos oxidables más importantes del metabolismo enegético La glucosa es un azúcar de seis carbonos, y es un buen candidato para la oxidación debido a que es el azúcar mayoritario en la sangre, y por lo tanto fuente principal de energía para las células del cuerpo. La glucosa de la sangre procede principalmente de carbohidratos ingeridos, como la sacarosa o almidón o la degradación de glucógeno. La oxidación de la glucosa es altamente exergónica La glucosa es una buena fuente potencial de energía porque su oxidación es un proceso altamente exergónico. Por ejemplo la glucosa, liberará la misma energía bajo combustión o si se cataboliza por el cuerpo. Sin embargo la distinción es fundamental: una combustión incontrolada ocurre a temperaturas que son incompatibles con la vida y la mayor parte de la energía libre se libera en forma de calor. Las oxidaciones biológicas implican reacciones catalizadas enzimaticamente, que tienen lugar sin cambios significativos de temperatura, conservándose químicamente la energía libre, en forma de ATP.

El catabolismo de la glucosa produce mucha más energía en presencia que en ausencia de oxígeno La glucosa como sustrato oxidable asume la disponibilidad de algún tipo de aceptor de electrones (sin este no sería posible la oxidación), el aceptor de electrones en la mayoría de organismos es el oxígeno molecular. La oxidación completa de la glucosa en dióxido de carbono y agua, en presencia de oxígeno, se denomina respiración aerobia. Algunos organismos, normalmente bacterias, pueden llevar a cabo la respiración anaerobia, usando un aceptor final de electrones distinto del oxígeno. El proceso anaeróbico para obtener energía se denomina fermentación. En algunas células animales y en muchas bacterias, el producto final es el

lactato de manera que el proceso del cabolismo anaerobio de la glucosa se denomina fermentación láctica. En la mayoría de las células vegetales y en microorganismos como las levaduras, el proceso se denomina fermentación alcohólica porque el producto final es el etanol, un alcohol. Basándose en sus requerimientos de oxígeno, los organismos aeróbicos, anaeróbicos o facultativos Los organismos clasificados según sus requerimientos de oxígeno y su utilización como aceptor de electrones en el metabolismo energético pueden ser aerobios estrictos (necesidad absoluta de oxígeno), anaerobios estrictos (no pueden usar oxígeno como aceptor bajo ninguna condición ej. Bacterias) y finalmente los organismos facultativos (pueden desarrollarse tanto en condiciones aerobias como anaerobias ej. Moluscos y anélidos). Algunas células o tejidos de organismos aerobios también pueden, en ausencia o con escasez temporal de oxígeno, funcionar como facultativos si es necesario (ej. Células del músculo esquelético). Glucólisis y fermentación: producción de ATP en ausencia de oxígeno La molécula de glucosa se degrada dando lugar a 2 moléculas de tres átomos de carbono, cada una de las cuales es parcialmente oxidada por una secuencia de reacciones que es suficientemente exergónica para generar 2 moléculas de ATP por cada molécula de glucosa fermentada. La glucólisis genera ATP El proceso de glucólisis, también llamado ruta glucolítica, es una secuencia de reacciones de diez pasos que convierte una molécula de glucosa en dos moléculas de piruvato, un compuesto tricarbonado. La glucólisis es común a los metabolismos aerobios y anaerobios. Un nombre alternativo es ruta Embden-Meyerhof. Visión general de la glucólisis La esencia del proceso es la separación del azúcar (glucosa) en dos moléculas de tres átomos de carbono. Una de estas moléculas, el gliceraldehído-3-fosfato, es la única molécula que se oxida en esta ruta. Algunas características importantes son la ruptura del azúcar (Gly-4), la oxidación, que genera NADH (Gly-6) y los dos pasos específicos en que esta secuencia de reacciones se acopla a la generación de ATP (Gly-7 y Gly-10). La ruta general se considera en tres fases: preparación y ruptura (Gly-1 a Gly-5); la secuencia oxidativa, que también genera ATP (Gly-6 y Gly-7); y la segunda reacción de síntesis de ATP (Gly-8 a Gly-10) Fase 1: preparación y ruptura El resultado neto de las tres primeras reacciones es la conversión de una molécula no fosforilada (glucosa) en una molécula doblemente fosforilada (fructosa-1, 6-bifosfato), esto se logra con la adición de dos grupos fosfato, uno en cada carbono terminal.

Gly-1 = se fosforila el carbono 6, dando lugar a la glucosa-6-fosfato (aquí se usa un ATP que proporciona el grupo fosfato y la energía necesaria). El enlace formado por la fosforilación de la glucosa es un enlace fosfoéster y el enlace por el cual el fosfato terminal se une al ATP es un enlace fosfoanhídrido. Enzima utilizada hexoquinasa. Irreversible Gly-2 = El aldoazúcar glucosa-6-fosfato se convierte en una cetoazúcar, fructosa-6-fosfato, que tiene un grupo hidroxilo en el carbono 1. Enzima utilizada fosfoglucoisomerasa. Reversible Gly-3 = El grupo hidroxilo de la fructosa-6-fosfato es fosforilado, dando lugar a un azúcar doblemente fosforilada, fructosa-1,6-difosfato (aquí se usa otro ATP, para la segunda fosforilación). Enzima utilizada fosfofructoquinasa-1. Irreversible (esto debido a la diferencia de energía entre el enlace anhídrido del ATP y el enlace fosfoéster de la molécula fructosa). Gly-4 = Se rompe la fructosa-1,6-difosfato dando lugar a dos triosas, llamadas dihidroxiacetona fosfato y gliceraldehído-3-fosfato. La ruptura lo hace la enzima aldolasa. Gly-5= Estas dos triosas son interconvertibles. Ya que solo la gliceraldehído3-fosfato se puede oxidar, se convierte a la dehidroxiacetona fosfato a gliceraldehído-3-fosfato. Enzima utilizada triosa fosfato simerasa. Reversible Resumiendo: Glucosa + 2ATP 2-gliceraldehído-3-fosfato + 2ADP

Fase 2: Oxidación y síntesis de ATP Gly-6 = Se oxida el gliceraldehído-3-fosfato a ácido 3-fosfoglicerato, aquí se reduce NAD+ a NADH. Enzima utilizada gliceraldehído-3-fosfato deshidrogenasa. Se libera una molécula de H (proton) y se dona un electrón al NAD+ produciendo NADH. Gly-7 = Se fosforila ADP con fosfato inorgánico Pi, se genera ATP (dos en total). Enzima utilizada fosfogliceroquinasa. La producción de ATP, por la transferencia directa al ADP, de un grupo fosfato de alta energía procedente de un sustrato fosforilado como el 1,3-difosfoglicerato se denomina fosforilación a nivel sustrato. Resumiendo: Gliceraldehído-3-fosfato + NAD+ + ADP + Pi 3-fosfoglicerato + NADH + H + ATP (X2) Fase 3: Formación de piruvato y generación de ATP Gly-8 = El enlace fosfoéster del grupo fosfato con el átomo de carbono se convierte en un enlace fosfoenol (proceso exergónico) este incremento de energía implica un reordenamiento de la energía interna de la molécula. El grupo fosfato de 3-fofoglicerato se traslada al átomo de carbono adyacente, formando 2-fosfoglicerato. Enzima utilizada fosfoglieromutasa. Reversible

Gly-9 = Se elimina una molécula de agua del 2-fosfoglicerato (aquí se usa la enzima enolasa) y se genera fosfoenolpiruvato (PEP), compuesto de alta energía. El PEP tiene una característica fundamental de un enlace fosfato de alta energía: un grupo fosfato en un átomo de carbono que esta unido por un doble enlace a otro átomo, casi siempre carbono u oxígeno. El PEP puede encontrarse en dos formas interconvertibles (enol y ceto), estas dos se diferencian sólo en la localización del doble enlace. Sin embargo el equilibrio favorece la forma ceto. Gly-10 = Ocurre hidrólisis en la PEP, esta transfiere su fosfato al ADP, dando lugar a otra molécula de ATP, quedando solamente como piruvato. Enzima utilizada piruvato quinasa. Irreversible. Resumiendo: 3-fosfoglicerato + ADP piruvato + ATP (X2)

Recordemos que en la primera fase se invierten dos moléculas de ATP que luego son devueltas en la reacción Gly-7, finalmente se generan dos moléculas de ATP como ganancia neta en la Gly-10. Un resumen total y final sería: Glucosa + 2NAD + 2ADP + 2Pi 2H + 2ATP 2 piruvato + 2NADH +

El destino del piruvato depende de si el oxígeno se encuentra o no disponible El destino del piruvato depende de si hay o no oxígeno disponible, el presencia de oxígeno, el piruvato se oxida a otra molécula denominada acetil coenzima A, que sucesivamente, se puede oxidar completamente a CO2. Así la ruta glucolítica se convierte en la primera de las componentes principales de la respiración aerobia. Sin embargo en ausencia de oxígeno, en condiciones anaerobias, no se oxida el piruvato, no se forma acetil coenzima A, y no se genera ATP adicional. Las necesidades se ven satisfechas con el rendimiento de ATP en la ruta glucolítica, el piruvato se reduce aceptando los electrones (y protones) que se eliminan del NADH. Y como productos de la reducción del piruvato se forma lactato o etanol y dióxido de carbono. En ausencia de oxígeno, el piruvato entra en la ruta fermentativa y regenera NAD Generalmente, la ruta glucolítica acaba en la formación del piruvato. En un proceso fermentatico, dada la necesidad de regenerar NAD, no termina aquí. En un proceso de la glucólisis, el NAD se reduce a NADH, sin embargo es necesaria la regeneración de NAD. En precensia de oxígeno, el NADH es reoxidado por la transferencia de electrones (y protones) al oxígeno, sin condiciones anaerobias, los electrones se transfieren al piruvato redujendo su grupo carbonilo a un grupo hidroxilo. Las dos rutas de fermentación más

comunes utilizan el piruvato como aceptor final de electrones convirtiéndolo en lactato o etanol y CO2. Fermentación del lactato Cuando el proceso anaerobio termina en la formación de lactato, se denomina fermentación láctica. El lactato se genera por la transferencia directa de electrones del NADH al grupo carbonilo del piruvato, reduciéndolo al grupo hidroxilo del lactato. En base a una molécula de glucosa, se puede representar como: 2 piruvato + 2 NADH + 2H 2 lactato + 2NAD Esta reacción es reversible y es elaborada por la enzima lactato deshidrogenasa. La ecuación global del metabolismo de la glucosa a lactato sería: Glucosa + 2ADP + 2Pi 2 lactato + 2ATP

La fermentación del lactato es principal fuente energética para la mayoría de bacterias anaerobias y céulas animales en condiciones anaeróbicas o de hipoxia (carencia de oxígeno). También es importante comercialmente ya que se produce queso, yogurt y otros productos que dependen de la fermentación microbiana de la lactosa. También se da luego de ejercicio intenso, nuestros músculos resiven menos oxigeno del que necesita y produce fermentación lactica, el lactato producido es llevado al hígado donde se transforma de nuevo en glucosa por medio de la gluconeogénesis proceso opuesto a la fermentación láctica. Fermentación alcohólica En condiciones anaerobias las células vegetales como levaduras y microorganismos llevan a cabo la fermentación alcohólica. En este proceso el piruvato pierde un átomo de carbono (como CO2) para dar lugar al compuesto de dos carbonos acetaldehído. Este se reduce por NADH y da lugar al etanol. Esta secuencia de reacciones está catalizada por dos enzimas, la piruvato descarboxilasa y la alcohol deshidrogenasa. La reacción global se puede resumir como: 2 piruvato + 2NADH + 4H 2 etanol + 2CO2 + 2NAD

Como ecuación global de la glucólisis para la fermentación alcohólica tenemos: Glucosa + 2ADP + 2Pi + 2H2 etanol + 2CO2 + 2AT La fermentación libera sólo una pequeña fracción de la energía libre del sustrato pero conserva esa energía eficientemente como ATP Una característica fundamental de todos los procesos fermentativos es que no hay un aceptror de electrones externo y no se da una oxidación total. Sustratos alternativos para la glucólisis

A pesar de que la glucosa es el sustrato principal para los procesos de glucólisis, también hay otras alternativas que pueden ser utilizadas por la célula. De aquí surge un principio general: cualquiera que sea la naturaleza química del sustrato alternativo, éste se convierte en un intermediario principal de la ruta catabólica de la glucosa, en el menor número de casos posible. El glicerol y otros azúcares se catabolizan también por la ruta glucolítica

Gluconeogénesis La gluconeogénesis es la formación de glucosa a partir de precursores tri y tetracarbonados. El material inicial más común es el piruvato, o el lactato, en el que se convierte el piruvato en condiciones anaeróbicas. Los procesos similares a los de la glucólisis, a diferencia de tres pasos, el primero, el tercero y el décimo, esto refleja un principio del metabolismo celular: las rutas biosintéticas son, rara vez el reverso de las correspondientes rutas catabólicas. La gluconeogénesis tiene reacciones bypass que evitan estos tres pasos difíciles de revertir. Regulación de la glucolisis y gluconeogéneis La regulación de la glucolisis y de la gluconeogénesis en las células animales implica a uno o dos de los principales mecanismos de control, la regulación alostérica (afecta la actividad enzimática y es un mecanismo intracelular) y la regulación hormonal (suele ser una reacción intercelular) Las enzimas clave en las rutas glucolítica y gluconeogenética están sujetas a regulación alostérica La regulación alostérica implica la alternancia entre dos formas de una enzima, una de las cuales catalíticamente más activa que la otra. El que la enzima esté en su forma activa o inactiva dependerá de que el efector alostérico se una al sitio alostérico y de si el efector es activador o inhibidor. Para la glucólisis las enzimas clave son la hexiquinasa y la fosfofructoquinasa y la piruvato quinasa. Para la gluconeogénesis, la fructosa-1,6-difosfato y la piruvato carboxilasa. El regulador más importante de ambas rutasw es la fructosa-2,6-bifosfato (F2,6BP) y esta es catalizada por la fosfofructoquinasa-2 (PFK2) .

Metabolismo quimiótrofo de la energía: respiración aerobia
Respiración celular: maximizando el rendimiento del ATP Cuando se dispone de un aceptor de electrones externo, se puede dar la oxidación completa del sustrato, obteniendose más ATP, esto gracias a la

respiración celular. Se entiende por respiración celular: el flujo de electrones en o a a través de una membrana, desde coenzimas reducidas hasta un aceptor de electrones, normalmente acompañado de la producción de ATP. La coenzima reducida que se genera por el catabolismo glucolítico es el NADH, también hay otras dos coenzimas FAD y coenzima Q también recogen los electrones que se liberan. El aceptor final es el óxigeno, la forma reducida de este aceptor es el agua, y se conoce al proceso en conjunto como respiración aerobia. Y tiene lugar en la mitocondria. La respiración fermentación aerobia produce mucha más energía que la

La respiración aerobia puede producir potencialmente hasta 38 moléculas de ATP por molécula de glucosa en procariotas y de 36 a 38 en eucariotas. La respiración incluye la glucólisis, el ciclo del TCA, el transporte de electrones y la síntesis de ATP Las respiración se divide en cuatro etapas, las primeras dos refieren a procesos oxidativos mediados por coenzimas y los otros dos incluyen la reoxidación de las coenzimas y la producción de ATP. La etapa 1 es la ruta glucolítica, la glucólisis que tiene como resultado la oxidación de glucosa a piruvato. El piruvato es oxidado a acetil coenzima A, el cual entra en la etapa 2, el ciclo del ácido tricarboxílico (TCA), esta ruta oxida los carbonos entrantes a CO2 y conserva la energía en forma de coenzimas reducidas, compuestos ricos en energía. En la etapa 3 se da el transporte de electrones, es decir la transferencia de electrones desde coenzimas reducidas hasta el oxígeno, acoplado a un transporte activo o bombeo, de protones a través de la membrana. (proceso exergónico) y aporta energía generando un gradiente electroquímico de protones. En la etapa 4, la energía de este gradiente se usa para impulsar la síntesis de ATP. Este modelo de síntesis de ATP dependiente de oxigeno se denomina fosforilación oxidativa. La mitocondria: donde tiene lugar todo el proceso -Las mitocondrias se encuentran con frecuencia en los lugares en los que la necesidad de ATP es mayor. -Las mitocondrias poseen forma de salchicha, son entidades separadas y son organulos grandes y númerosos. Las membranas externa e interna definen dos compartimientos separados La mitocondria posee una membrana interna y una membrana externa. La membrana externa no representa una barrera de permeabilidad significativa para e paso de iones y moléculas pequeñas, ya que dispone de unos canales proteicos transmembranosos denominados porinas, que permiten e paso de solutos. También hay un espacio intermembrana. La

membrana interna si representa una barreara para la permeabilidad de la mayoría de solutos, separando por tanto, los espacios intermembrana y del interior del orgánulo en dos compartimientos separados. La membrana interna posee crestas, mayor número de crestas, mayor cantidad de trabajo. El interior de la mitocondria esta relleno de una matriz semifluida, aquí se encuentran las enzimas involucradas en la función mitocondrial. Las funciones mitocondriales tienen lugar específicas o dentro de los compartimientos en membranas

La mayor parte de enzimas mitocondriales, son enzimas de la matriz. La mayoría de los intermediarios en la cadena de transporte de electrones son componentenes de la membrana interna. Sobresaliendo desde la membrana interna hacia la matriz se encuentran unas esferas con forma de puño llamadas complejo F, este complejoe sta unido a un complejo Fo y forma el complejo FoF1, y se considera como una ATP sintetasa, responsable de la mayor parte de producción de ATP en la mitocondria. En procariotas, las funciones respiratorias se localizan en la membrana plasmática y en el citoplasma El ciclo del ácido tricarboxílico: a vueltas con la oxidación En presencia de oxígeno, el piruvato se oxida completamente a dióxido de carbono y la energía liberada en el proceso se usa para promover la síntesis de ATP. La primera etapa en este proceso es ruta cíclica. Un intermediario importante en esta serie de reacciones cíclicas es el citrato, que contiene tres grupos carboxilo y por lo tanto es un ácido tricarboxílico. Por esta razón esta ruta se denomina ciclo del ácido tricarboxílico (TCA), o ciclo de Krebs. El ciclo del TCA metaboliza acetil coenzima A que consiste en un acetato unido a un transportador llamado coenzima A. El acetil CoA proviene de la descarboxilación oxidativa del piruvato o de la ruptura oxidativa de ácidos grasos. El CoA transfiere su grupo acetato a un aceptor de cuatro carbonos llamado oxalacetato, formándose de esta manera citrato. Luego el citrato se oxida y regenera el oxalacetato inicial. Cada vuelta del ciclo de Krebs implica la entrada de dos carbonos (al acetato del acetil CoA), la liberación de dos carbonos en forma de dióxido de carbono y la regeneración de oxalacetato. Esto se dicide en cinco etapas: cuatro dentro del mismo ciclo y una reacción que convierte piruvato en acetil CoA. Los sustratos del ciclo de Krebs son por lo tanto el acetil CoA, las coenzimas oxidadas, el ADP y el Pi y los productos son dióxido de carbno, coenzimas reducidas y una molécula de ATP. El piruvato se convierte descarboxilación oxidativa en acetil coenzima A mediante la

El paso de piruvato a acetil CoA requiere de la actividad de la piruvato deshidrogenasa (complejo multiproteico), logrando así la descarboxilación oxidativa del piruvato. Así el piruvato pasa a ser acetato liberando CO2 y reduciendo NAD en NADH, la energía libre se usa para activar el acetato y así unise al grupo coenzima A y formar el acetil CoA.

El ciclo del TCA comienza con la entrada de acetato en forma de acetil CoA En cada vuelta del ciclo del TCA, entran dos átomos de carbono en forma orgánica (como acetato) y salen dos átomos de carbono en forma inorgánica (como dióxido de carbono). En la primera reacción (TCA-1) el grupo acetato de dos carbonos de acetil CoA, se une al cpuesto de cuatro carbonos oxalacetato, para formar citrato. Esta condensación está catalizada por la citrato sintasa. En dos reacciones de oxidación del ciclo del TCA se forma NADH y se libera O2 TCA2 = se convierte el citrato en isocitrato, enzima aconitasa. TCA 3 y TCA 4= etapas descarboxilativas, se elimina CO2 y se reduce el número de carbonos de seis a cinco y de cinco a cuatro. TCA3= el isocitrato se oxida a un compuesto de seis carbonos llamado oxalusuccinano. Y se produce NADH. Inmediatamente el oxalusuccinano pasa a ser a-cetoglutarato. Se libera O2 TCA4= El a-cetoglutarato se oxida a succinil CoA, libera NADH, se libera O2. La formación directa de GTP (o ATP) tiene lugar en una etapa del ciclo de TCA TCA5 = La energía del enlace toiéster del succinil CoA se usa para general una molécula de ATP (bacterias y células vegetales) o GTP (células animales) Las reacciones oxidativas finales del ciclo del TCA genran FADH2 y NADH TCA6= el succinato se oxida a fumarato. Al ser una oxidación con menos energía, el aceptor es FAD aceptando dos protones y dos electrones, redujendose a FADH2. TCA7= el doble hélice del fumarato se hidrata para formar malato. TCA8= el grupo hidroxilo del malato se convierte en la diana de la oxidación final, nuevamente se libera NADH, y el producto es exalacetato. En resumen: los productos del ciclo del TCA son CO2, ATP, NADH y FADH2 1. El acetato entra en el ciclo como acetil CoA y se une a una molécula aceptora de cuatro átomos de carbono para formar citrato, compuesto de seis carbonos. 2. La descarboxilación ocurre en dos etapas del ciclo por lo que la entrada de dos carbonos en forma de acetato se compensa por la pérdida de dos carbonos en forma de dióxido de carbono. (TCA3 y TCA4)

3. La oxidación tiene lugar en cuatro etapas (TCA3, 4, 6 y 8) con el NAD como aceptor en tres de ellas (3,4,8) y FAD en uno de ellos (6). 4. El ATP se genera en un solo momento, con el GTP como intermediario en las células animales. (5) 5. Se completa la vuelta del ciclo con la regeneración del oxoalacetato, el aceptor original de cuatro carbonos. Hasta este punto las coenzimas formadas NADH FADH2 son compuestos de alta energía altamente exergónicos. -Varias encimas del TCA están sujetas a regulación alostérica. -Las proteínas y los lípidos también pueden ser fuente de energía. -El ciclo de glioxilato convierte el acetil CoA en carbohidratos. Transporte de electrones: flujo de electrones desde las coenzimas al oxígeno Se generan dos moléculas de ATP durante la glucólisis y dos durante el TCA. Se libera una gran cantidad de energía cuando las coenzimas NADH y FADH2 son reoxidadas, por la transferencia del hidrógeno al oxígeno molecular. Hasta aquí llevamos 10 NADH y 2 FADH2. El proceso de reoxidación de las coenzimas mediante la transferencia de electrones al oxígeno se conoce como transporte de electrones, el gradiente electroquímico de protones es al mismo tiempo el resultado del transporte de electrones y el origen de la energía que impulsa la síntesis de ATP. El sistema de transporte de electrones conduce los electrones desde las coenzimas reducidas al oxígeno -El transporte de electrones implica la oxidación altamente exergónica del NADH y de FADH2. -La transferencia de electrones se lleva a cabo en un proceso de muchos pasos, que implica una serie de transportadores de electrones oxidables reversiblemente que funcionan conjuntamente en lo que se ha llamado cadena de transporte de electrones (ETS).

El sistema de transporte de electrones consiste en cinco tipos diferentes de trasmportadores Todos menos la coenzima Q, son proteínas con grupos prostéticos capaces de ser reducidos y oxidados, la mayoría aparecen en la membrana. -Flavoproteínas: usan como grupo prostético FAD o FMN (mitad de FAD). -Ferrosulfoproteínas (ferrodoxinas), (Fe-S) el aceptor es el Fe, alternando entre Fe2 y Fe3. -Citocromos: el transportador es su átomo Fe. Un unico electrón, igual que arriba. -Citocromos con cobre: (Cu-Fe), ambos pueden aceptar. -Coenzima Q: unico componente no proteico de la ETS,(ubiquinona), transportadores más abundantes ubicados en la membrana interna, acepta

electrones y protones cuando se reduce y libera electrones y protones cuando se oxida. (Bomba de electrones, recibe de un lado y libera del otro).

Base estructural de la información celular: DNA, cromosomas y el núcleo
Naturaleza química del material genético El descubrimiento del DNA por Meischer condujo a propuestas contraictorias sobre la naturaleza química de los genes El ADN contiene la información genética, el ADN se encuentra en los cromosomas que a su vez se encuentran en el núcleo de la célula. Avery demostró que el DNA es el materia genético de las bacterias Hershey y Chase demostraron que el DNA es el material genético de los virus Los bacteriófagos o fagos son virus que infectan bacterias. Se utilizan como sistema modelo para estudiar genes. Un fago se ancla a la pared de la célula, inyecta el ADN dentro de esta, se transcribe y traduce para luego autoensamblarse, seguidamente la célula infectada se lisa (se abren grietas) y libera las nuevas partículas fago. Este curso de acontecimientos se denomina crecimiento lítico y es característico de un fago virulento, este crecimiento lítico tiene como resultado la lisis de la célula huésped y la producción de muchas partículas fago. En comparación, un fago temperado puede producir crecimiento lítico, o integras su ADN en el cromosoma bacteriano sin causar ningún daño inmediato a la célula huésped. En el estado integrado o estado lisogénico, el ADN de un fago temperado se denomina profago. El profago se replica junto con el ADN bacteriano. Durante este tiempo, los genes del fago, auque potencialmente letales, para el huésped, están inactivos o reprimidos. Sin embargo bajo ciertas condiciones, el DNA del profago se escinde del cromosoma bacteriano y entra otra vez en el ciclo lítico, produciendo progenie de partículas fago y lisando la célula huésped. Las reglas de Chargaff revelan que A=T y que C=G Las cuatro bases en el ADN son: adenina, guanina, citosina y timina; estas no varian con el individuo, el tejido, la edad y el estado nutricional o medio ambiente. El número de adeninas es igual al número de timinas A=T, y el número de guaninas igual al número de citosinas G=C: esto significa que el número de purinas es igual al número de pirimidinas (A+G= C+T). El significado de estas equivalencias es conocido como reglas de Chargaff. La estructura del ADN Watson y Crack descubrieron que el ADN es una doble hélice El modelo de ADN consiste en dos hebras entrelazadas, una doble hélice. En la doble hélice de Watson y Crack los esqueletos de azúcar fosfato de las dos hebras están en el exterior de la hélice, y las bases miran hacia el

interior, hacia el centro de la hélice, formando los escalones de una escalera circular a la que se parece la estructura. La hélice es dextrógira (se curva hacia arriba y hacia la derecha). Contiene diez pares de nucleótidos por vuelta. Se necesita de un par purina-pirimidina. Las dos hebras se sostienen por puentes de hidrógeno entre las bases de las hebras opuestas. Además, los puentes de hidrógeno que mantienen juntas las dos hebras de la doble hélice sólo ajustan cuando se forman entre la base adenina (A) en una de las cadenas y timina (T) en la otra, o entre la base guanina (G) en una cadena y citosina (C) en la otra. Esto significa que la secuencia de bases en la cadena determina la secuencia de bases en la cadena opuesta, además, se dice que las dos cadenas de la doble hélice de ADN son complementarias. Esto sugiere el como se replica el ADN: las dos hebras de la doble hélice de ADN se separan antes de la división, de manera que cada hebra funciona como un molde que dirige la síntesis de una nueva hebra de ADN, usando reglas del emparejamiento de bases. Características importantes de la doble serían que: la forma en que giran las dos hebras crea un surco mayor y un surco menor. (estos desempeñan un papel importante en las interacciones de ADN con varias moléculas). Otra característica importante es la orientación antiparalela (esto significa que los enlaces fosfodiéster de las dos hebras se orientan en direcciones opuestas). La hélice dextrógira de Watson y crack se denomina B-DNA sin embargo existen formas alternativas como el A-DNA (se crea deshidratando el B-DNA) y el Z-DNA (tiene forma de zigzag levógira) El DNA puede transformarse en formas relajadas y superenrolladas Cuando el DNA gira sobre sí mismo forma DNA superenrollado. Una molécula de DNA puede ir hacía atrás o hacia delante entre el estado de superenrollamiento y el estado de no superenrollamiento, o estado relajado (forma circular). El superenrollamiento puede ser positivo (si se gira en la dirección en que están entrelazadas las hebras) o negativo (si se gira en contra a como están entrelazadas las hebras). El DNA en circular se encuentra en la naturaleza, incluyendo el de bacterias, virus y organulos eucariotas están de manera invariable superenrolladas negativamente. El superenrollamiento se produce también en moléculas de DNA lineal, cuando las regiones de la molécula están ancladas a alguna estructura celular de manera que no pueda rotar libremente. El superenrollamiento influye tanto en la organización espacial como en el estado de energía de ADN y afecta a la capacidad de una molécula de DNA para interactuar con otras moléculas. El superenrollamiento positivo implica un enrollamiento muy apretado de la doble hélice y por tanto se reducen las oportunidades para interaccionar. Por el contrario, el superenrollamiento negativo está asociado con el desenrollamiento de la doble hélice, que aumenta el acceso de sus hebras a las proteínas implicadas en la replicación o en la trascripción del DNA. La interconversión entre la forma relajada y la forma superenrollada del ADN está catalizada por enzimas denominadas topoisomerasas. Estas se

clasifican en tipo I y tipo II. Ambos tipos catalizan la relajación del ADN superenrollado, pero las enzimas del tipo I lo hacen introduciendo cortes transitorios en una sola hebra del ADN ( y pasa la hebra no cortada a través de la ruptura) mientras que las enzimas del tipo II introducen rupturas transitorias en la doble hebra ( y pasa una región no cortada de la doble hélice de DNA a través del orificio). El tipo II requiere energía derivada de la hidrólisis de ATP. Los procariotas tienen una topoisomerasa de tipo II denominada DNA girasa que puede inducir tanto la relajación como el superenrollamiento del DNA. Pude relajar el superenrollamiento positivo que resulta del desenrollamiento parcial de una doble hélice o puede introducir activamente vueltas negativas que promuevan la separación de las hebras, facilitando además el acceso a otras proteínas implicadas en la replicación del ADN. La DNA girasa requiere ATP para generar el superenrollamiento, pero no para relajar una molécula ya superenrollada. Las dos hebras de una doble hélice de DNA se pueden separar por desnaturalización y volver a unirse por renaturalización Debido a que las dos hebras de la doble hélice de DNA se mantienen unidas por enlaces no covalentes relativamente débiles, las dos hebras pueden separarse con facilidad. La separación de las hebras inducida de manera experimental da como resultado desnaturalización del DNA; el proceso inverso que restablece una doble hélice a partir de hebras separadas de llama renaturalización del DNA. Una forma de desnaturalizar DNA es aumentando la temperatura. El proceso de fusión se monitorea fácilmente debido a que el DNA de doble cadena y el DNA de cadena sencilla difieren en sus propiedades de absorción de luz. Todo el DNA absorbe la luz ultravioleta, cuando el DNA se desnaturaliza la absorbancia de la solución aumenta rápidamente, debido a la elevada absorción intrínseca del DNA de cadena sencilla. Se denomina temperatura de fusión del DNA ™ la temperatura a la cual se alcanza la mitad del cambio de absorbancia. El valor de Tm refleja la fuerza con la que se mantiene unida la doble hélice. Las bases GC tienen mayor fuerza de unión ya que tienen tres puentes de hidrógeno, las AT solamente tienen dos. La temperatura de fusión aumenta en proporción directa al número relativo de pares de bases GC. El ADN desnaturalizado se puede renaturalizar bajando la temperatura ( permitiendo que los puentes de hidrógeno se restablezcan). La hibridación de los ácidos nucleicos son una base de procedimientos para identificar ácidos nucleicos, basada en la capacidad de las cadenas sencillas de unirse o hibridar con secuencias de bases complementarias. Durante la hibridación es posible emparejar secuencias con bases mal emparejadas cambiando la temperatura, concentración de sales y pH, en estas condiciones se pueden detectar secuencias de ADN relacionadas entre sí, pero no idénticas. La organización del DNA en genomas

El genoma de un organismo o de un virus comprende el DNA (para algunos virus RNA) que contiene una copia completa de toda la información genética de ese organismo o virus. Las células eucariotas tienen un genoma nuclear, un genoma mitocondrial y en caso de plantas y algas, también un genoma cloroplástico. Los genomas de mitocondrias y cloroplastos son moléculas sencillas de DNA, normalmente circular, que se parecen a los de las bacterias. El genoma nuclear generalmente consiste en múltiples moléculas de ADN dispersas en un juego haploide de cromosomas. El tamaño del genoma normalmente aumenta con la complejidad del organismo El tamaño del genoma normalmente se expresa como el número total de bases nucleotídicas emparejadas o pares de bases (pb). Puesto que estos números tienden a ser bastantes largos, las abreviaturas Kb (Kilobases), Mb (Megabases) y Gb (Gigabases) se utilizan para referirse a miles, millones o billones de pares bases, respectivamente. Hablando en términos generales, el tamaño del genoma aumenta con la complejidad del organismo. Sin embargo el tamaño del genoma es menos importante que el número e identidad de los genes funcionales y de las secuencias de DNA que controlan su expresión. Las enzimas de restricción cortan las moléculas de DNA por sitios específicos El estudio del DNA y fragmentos de él es de gran importancia, esto se ha hecho posible por el descubrimiento de las enzimas de restricción que son enzimas aisladas a partir de bacterias que cortan las moléculas de DNA extraño en sitios específicos. La acción de corte de una enzima de restricción genera un grupo específico de fragmentos de ADN denominados fragmentos de restricción. Cada enzima de restricción rompe ADN de doble cadena sólo en aquellos lugares donde encuentra una secuencia específica a la que reconoce, denominada sitio de restricción que tiene normalmente entre cuatro y seis nucleótidos de longitud. Esta enzima hace un corte escalonado en la doble hebra de la molécula de DNA. Separación de los fragmentos de restricción mediante electroforesis en gel Para poder estudiar los fragmentos generados con la enzima de restricción es necesario separarlos unos de los otros. La técnica de elección para este propósito es la electroforesis en gel que es esencialmente el mismo método utilizado para separar proteínas y polipéptidos. Los pequeños fragmentos de DNA, normalmente se separan en geles de poliacrilamida, mientras que los fragmentos más grandes se separan en geles más porosos hechos del polosacárido agarosa. La separación de fragmentos de restricción por electroforesis de gel sucede de la siguiente manera: primero se el DNA se incuba con la enzima o las enzimas de restricción deseadas, colocándose en un extremo del gel en compartimentos separados (pocillos) posteriormente y con el ánodo (+) situado en el extremo opuesto a las muestras se aplica al gel un potencial eléctrico, debido a la carga negativa de los grupos fosfato los fragmentos de

DNA migrarán hacia el ánodo, los más pequeños con menor peso se moverán más fácil y rápidamente que los más grandes y con mayor peso. Dando como resultado final una serie de fragmentos de DNA que se separados basándose en su diferencia de tamaño. Los fragmentos de DNA en el gel se visualizan o tiñen, o se tulipa DNA marcado radiactivamente. Una técnica de tinción común implica empapar el gel en el colorante bromuro de etidio, que se une al DNA y fluórese en naranja cuando se expone a la luz ultravioleta. Si los fragmentos de DNA son radioactivos su localización se determina por autorradiografía, técnica que detecta moléculas radioactivas revistiendo la muestra con película fotográfica. Al revelar la película se produce un autorradiograma que está más oscuro allí donde la radiactividad ha interaccionado con la película. Después de localizar los fragmentos de DNA se puede extraer del gel para ser estudiados. Mapa de restricción Para determinar el orden en el que un conjunto de fragmentos de restricción se dispone en una molécula de DNA implica tratar al DNA con dos o más enzimas de restricción, solas o combinadas seguido de una electroforesis en gel para determinar el tamaño de los fragmentos de restricción resultantes. Los fragmentos de DNA pueden ser aislados y cortados de forma individual por una segunda enzima de restricción, permitiendo así el análisis por separado de los sitios de corte de cada fragmento. Así los mapas de restricción representan la localización de todos los sitios de restricción en el DNA original.

-.-.Anexo-.-. Las enzimas de restricción forman parte del sistema de mutilación/restricción de la céluala: el DNA extraño se rompe por l acción de las enzimas de restricción, mientras que el genoma bacteriano prviametne se protege por mutilación. Algunas enzimas de restricción cortan las dos hebras en el mismo punto, generando fragmentos de restricción de extremos romos. Otras enzimas de restricción digieren las dos hebras de manera escalonada, generando colas cortas de cadena sencilla o salientes, en ambos extremos, este patrón de ruptura escalonada deja extremos pegajosos o cohesivos. Los sitios de restricción para la mayoría de enzimas de restricción son palíndromos, lo que significa que la seuencia se lee de igual en cualquier dirección. Los sitios de restricción palindrómicos tienen la misma secuencia de bases en las dos hebras cuando se lee cada hebra en dirección 5’ – 3’ Existen procedimientos rápidos para secuenciar DNA Dos métodos para secuenciar DNA (determinar el orden lineal de las bases de DNA) rápidamente fueron ideados. El método de Mazam-Gilbert

denominado método químico estaba basado en el uso de compuestos químicos (no proteicos) que cortan el DNA de manera preferente en base específicas; mientras que el procedimiento de Sanger denominado el método de terminación de cadena, utiliza dideoxinucleótidos (nucleótidos a los que les falta un grupo hidroxilo 3) que interfieren con la síntesis enzimática normal del DNA. El método Sanger es el que a sido adoptado en la mayoría de tareas de secuenciación de DNA. En este procedimiento se emplea un fragmento de DNA de cadena sencilla como molde para guiar la síntesis de nuevas hebras de DNA complementario. La síntesis de DNA se realiza en presencia de deoxinucleótidos dATP, dCTP, dTTP y dGTP que son los sustratos normales que proporcionan las bases A, C, T, G a las cadenas de DNA en crecimiento. También se incluyen, aunque en menor concentración los cuatro dideoxinucleótidos marcados con un colorante (ddATP, ddCTP, ddTTP, ddGTP) a los que les falta el grupo hidroxilo unido al carbono 3 de los deoxinucleótidos normales. Secuenciación del DNA: está tecnica emplea dideoxinucleótidos marcados con un colorante (ddATP= rojo, ddCTP= azul, ddTTP= naranja y ddGTP= verde), se a adaptado para su uso en máquinas secuenciadotas automáticas de alta velocidad. Los cuatro pasos principales implicados en el procedimiento son: 1. Incubación del DNA de cadena sencilla de secuencia desconocida en una mezcla de reacción que contiene un cebador, la DNA polimerasa, deoxinucleótidos y dideoxinucleótidos marcados con un colorante. 2. Productos de la reacción coloreada que se forman cada vez que la síntesis de DNA se termina de forma prematura por la incorporación de un dideoxinucleótido marcado con un colorante. 3. Los fragmentos se separan por electroforesis en gel. 4. La cámara detecta los fragmentos coloraos a medida que se desplazan por el gel, permitiendo así representar la secuencia de bases. El campo de la bioinformática ha emergido para descifrar genomas y proteomas La bioinformática es la disciplina que busca analizar los datos referentes al genoma humano. Puesto que la función de la mayoría de los genes es producir proteínas y estas son las responsables de la mayoría de funciones celulares, ahora los científicos miran más allá del genoma para estudiar el proteoma, que es la estructura y propiedades de cada proteína producida por el genoma. La complejidad del proteoma de un organismo es considerablemente mayor que la de su genoma. Identificar el enorme número de proteínas producidas por el genoma ha sido más fácil por la espectrometría de masas de alta velocidad, una técnica extremadamente sensible que utiliza campos magnéticos y eléctricos para separar proteínas o fragmentos de proteínas, basándose en diferencias de masa y carga. Las microcolecciones proteicas , resultantes de inmovilizar miles de proteínas diferentes como minúsculas mancas en un trozo de vidrio más pequeño que un porta, se pueden usar para estudiar varias

propiedades proteicas tales como la capacidad de cada mancha individual para unirse a otras moléculas añadidas a la solución circundante. Pese a que el genoma humano de todas las personas es igual en un 99.7%, el otro 0.3% restante puede variar de una persona a otra, haciendo únicas a todas las personas, estas variaciones en la secuencia de bases entre individuos se denominan polimorfismos de un único nucleótido o SNPs. Estas pequeñas variaciones genéticas se cree que son importantes ya que pueden influir probablemente en cómo se va a ver usted afectado por una enfermedad en particula o cómo respondería a un tratamiento concreto. Las secuencias repetidas del DNA explican parcialmente el gran tamaño de los genomas eucarióticos La velocidad de renaturalización depende de la concentración de cada tipo de secuencia de DNA individual, cuanta más alta sea la concentración de una secuencia de DNA dada, mayor es la probabilidad de que colisione al azar con una hebra complementaria con la que se pueda reasociar. Mediante diversos estudios se comprobó la existencia de secuencias de DNA repetidas presentes en múltiples copias, estas estructuras luego de ser desnaturalizadas, se renaturalizan rápidamente. Mientras que las estructuras que se renaturalizan más lentamente son denominas DNA no repetido, solamente hay una copia de estas secuencias. Los investigadores han determinado la secuencia de bases de varios tipos de DNAs repetidos y los han clasificado en dos categorías: DNA repetido en tándem y DNA repetido disperso DNA repetido en tándem Este se denomina así ya que las múltiples copias se colocan una al lado de la otra en una fila, la longitud de la unidad repetida puede medir cualquier valor entre 1 y 2.000 pb más o menos. Sin embargo la mayor parte de las veces la unidad repetida es más corta de 10pb, esta subcategoría se denomina DNA repetido de secuencia simple (denominado orginalmente DNA satélite). Se a propuesto que la función del DNA repetido de secuencia simple podría ser el proporcionar propiedades físicas específicas a ciertas regiones del cromosoma. En la mayoría de los eucariotas, las regiones del cromosoma denominadas centrómeros que desempeñan u papel importante en la distribución de cromosomas durante la división celular son particularmente ricas en repeticiones de secuencia simple, y es posible que estas secuencias le proporcionen al centrómero propiedades estructurales especiales. Los telómeros, son secuencias de DNA localizadas e los extremos de los cromosomas, también tienen repeticiones de secuencia simple. Pueden haber DNA minisatélite en tándem de entre 15 y 100pb. Los DNA microsatélites, las unidades repetidas tienen entre 1 y 4 pb. Las secuencias cortas repetidas que se observan en el DNA minisatélite y microsatélite son extraordinariamente útiles en el laboratorio para el estudio de las huellas genéticas de DNA (DNA fingerprint). Este procedimiento usa la electroforesis en gel de fragmentos de restricción del DNA para comparar sitios distintos del genoma de dos o más individuos.

Hay enfermedades que afectan el sistema nervioso que implican cambios en el DNA microsatélite. Estas enfermedades son fáciles de encontrar gracias al número excesico de secuencias de trinucleótidos repetidas dentro de un gen, que de no tener estas repeticiones sería normal. Un ejemplo de este fenómeno deminado amplificación de tripletes repetidos lo podemos encontrar en la enfermedad de Huntington. DNA repetido disperso Es la segunda categoría principal de secuencias de DNA repetido, en lugar de estar en secuencias agrupadas formando un tándem, las unidades repetidas de este tipo de DNA están esparcidas por todo el genoma. Una única unidad tiende a tener una longitud de cientos oncluso de miles de pares de bases, y sus copias dispersas, que pueden estar a cientos o miles, normalmente son similares pero no idénticas a las otras. En humanos y otros primates, una gran porción del DNA repetido disperso consiste en una familia de secuencias relacionadas denominadas familia Alu. Las secuencias Alu están también presentes en regiones que codifican proteínas de algunos genes, donde se piensa que contribuyen a la variabilidad proteica y a la evolución. Las razones por las que el genoma mantiene tantas copias de secuencias dispersas tales como Alu no están claras. La mayoría de las secuencias dispersas repetidas son miembros de una clase especial de segmentos de DNA que se mueven y proliferan a lo largo del genoma dejando copias allí donde se paran. Los movimientos de estos elementos móviles de DNA, denominados trasposones, crean alteraciones genéticas de las que se cree que contribuyen a la adaptabilidad evolutiva del genoma. La huella genética de DNA Aunque las diferencias entre las secuencias de DNA de dos personas son muy pequeñas, alteran la longitud de alguno de los fragmentos de DNA producidos por las enzimas de restricción. Estas diferencias en la longitud de los fragmentos se denominan polimorfismo de longitud de fragmentos de restricción RFLP se pueden analizar por electroforesis en gel. El patrón de fragmentos resultante sirve como huella genética. El paso clave de la huella genética del DNA se denomina hibridación de southern, pero generalmente el procedimiento implica varios pasos distintos: 1. Preparación de fragmentos de restricción: El DNA se extra de los glóbulos blancos procedentes de los individuos I, II y III. Se añade una enzima de restricción a las tres muestras de DNA para producir los fragmentos de restricción. 2. Electroforesis en gel: Las mezclas con los fragmentos de restricción dee cada muestra se separan por electroforesis. Cada muestra forma un patrón de bandas característico. 3. Transferencia: Después de que el DNA del gel se ha desnaturalizado por calor, las cadenas sencillas se transfieren por absorción a un papel especial. 4. Sondas radiactivas: Se añade una solución de sondas radiactivas del papel de transferencia. La sonda es una molécula de DNA de cadena sencilla complementaria de DNA de interés. La sonda sólo se une a

las bandas que contienen el DNA complementario, por emparejamiento de bases. 5. Autorradiografía: Después de que se aclare el exceso de sonda, se pone una hoja de papel fotográfico sobre el papel de transferencia. La radioactividad de la sonda ligada impresiona la película formando una imagen que corresponde a las bandas de DNA específicas. Las bandas contienen el DNA que hibrida con la sonda. Los científicos analizan la longitud de secuencias cortas repetidas (DNA minisatélite) conocidas como número variable de repeticiones en tánden VNTRs. Empaquetamiento del DNA Los procariotas empaquetan el DNA en cromosomas bacterianos en plásmidos La estructura que contiene lo fundamental del genoma bacteriano es el cromosoma bacteriano. Cromosomas bacterianos Generalmente el cromosoma bacteriano es una molécula de DNA circular, que contiene alguna proteína unida, localizada en una región especial de la célula llamada nucleoide. Aunque e nucleoide no está rodeado por membrana, el cromosoma bacteriano que reside en esta región forma una masa de fibras con aspecto filamentoso, empaquetada de forma que mantiene unos límites diferentes entre el nucleoide y el resto de la célula. El DNA del cromosoma bacteriano está superenrollado negativamente y plegado en una extensa serie de blucles. Las evidencias actuales sugieren que la molécula de DNA está envuelta alrededor de partículas de proteína básica. Incluso a partir de lo que sabemos hasta el momento, el cromosoma bacteriano consiste en DNA superenrollado unido a pequeñas proteínas básicas y plegado en dominios con blucles. Plásmidos bacterianos Además de su cromosoma, una célula bacteriana puede contener uno o más plasmados. Los plásmidos son pequeñas moléculas de DNA circular que porta genes tanto para su propia replicación, como para una o más funciones celulares (normalmete no esenciales) La mayoría de plásmidos están superenrollados, dándoles una forma compacta, condensada. Los eucariotas empaquetan el DNA en cromatina y cromosomas Para empaquetar DNA de células eucariotas, se debe tomar en cuenta una mayor complejidad estructural mediante la asociación del DNA eucariótico con mayor cantidad y número de proteínas. Cuando se une a estas proteínas, en DNA se convierte en fibras de cromatina . En el momento de la división celular, estas fibras se condensan y pliegan en estructuras compactas, mucho mayores, en donde se hacen reconocibles los cromosomas individuales. La proteína que tiene el papel más importante en

la estructura de la cromatina son las histonas, un grupo de proteínas relativamente pequeñas cuyo contenido elevado en aminoácidos lisina y arginina les aporta una fuerte carga positiva. Los nucleosomas son la unidad básica de la estructura de la cromatina Hay estructuras conf forma de cuentas a intervalos regulas a lo largo de las fibras de cromatina, llamados nucleosomas. Un nucleosoma se defina por incluir una partíula central o del núcleo y un tramo de DNA que la conecta a la siguiente partícula central. Los fragmentos de DNA son múltimpos de 200 pb.

Expresión génica: I. El código genético y la transcripción
El flujo direccional de la información genética El flujo de información genética en las células tiene lugar generalmente desde el DNA al RNA y a las proteínas. El DNA (un segmento, mejor dicho) sirve primero como molde para la síntesis de una molécula de RNA, que generalmente después dirige la síntesis de una proteína concreta. El principio del flujo direccional de la información del DNA al RNA y proteína se cnoce como dogma central de la biología molecular. El flujo de información genética implica la replicación del DNA, la transcripción de la información contenida en el DNA en forma de RNA y la traducción de esta información del RNA a la proteína. El término transcripción se utiliza para referirse a la síntesis de RNA usando el DNA como molde. Por el contrario, la síntesis de proteínas se denomina traducción porque implica un cambio de lenguaje, de una secuencia de nucleótidos de una molécula de RNA a una secuencia de aminoácidos de una cadena polipetídica. El RNA que se traduce a proteína se denomina RNA mensajero (mRNA). También esta el RNA ribosómico (rRNA), que forma parte del ribosoma y las moléculas de RNA de transferencia (tRNA) que transcriben la secuencia base codificada en el RNA mensajero y llevan el aminoácido adecuado al ribosoma. Transcripción inversa, retrovirus y retrotrasposones En algunas ocaciones el RNA puede funcionar como molde para la síntesis de DNA,este proceso es la transcipción inversa, los virus que llevan a cabo la transcripción inversa se denominan retrovirus (VIH). El el ciclo reproductivo de un retrovirus, en la partícula viral hay dos copias del RNA genómico, encapsuladas por la proteína de la cápsida y rodeadas de una envuelta membranosa. Cada copia de RNA tiene asociada una molécula de la trascriptasa inversa. Primero el virus se una a la superficie de la célula huésped y su envuelta se fusiona con la membrana plasmática, liberando la cápsida y su contenido en el citoplasma. Una vez dentro de la céula, la transcriptasa inversa viral cataliza la síntesis de una cadena de DNA que es complementaria del RNA viral y después cataliza la formación

de una segunda cadena de DNA complementaria a la primera. El resultado es una versión del genoma viral en DNA de doble cadena. Este DNA de doble cadena entra después en el núcleo y se integra en el DNA cromosómico de la célula huésped. El genoma viral integrado, denominado provirus se replica cada vez que la célula replica su propio DNA. La transcripción del DNA proviral (por enzimas celulares) produce transcritos de RNA que funcionan de dos formas. Primero sirven como moléculas de mRNA que dirigen la síntesis de proteínas virales. En segundo lugar algunos de estos mismos transcritos se empaquetan con proteínas virales para dar lugar a nuevos virus. Retrotransposones La transcripción inversa también se da en las células eucariotas normales en ausencia de una infección vírica. La mayoría de veces implica a elementos de DNA denominados retrotransposones. (/transposones: segmentos de DNA que pueden desplazarse de un lugar a otro del genoma/). Los retrotransposones son un tipo especial de transposones que llevan a cabo la transcripción inversa para moverse. El código genético La esencia de la expresión de los genes se encuentra en la relación entre la secuencia de bases de los nucleótidos de las moléculas de DNA y el orden lineal de aminoácidos de las moléculas de DNA y el orden lineal de aminoácido en las moléculas de proteína. Esta relación está basa en un conjunto de reglas conocidas como código genético. Unos experimentos con Neurospora revelaron que los genes pueden codificar enzimas Neurospora (moho de pan) es un organismo relativamente autosuficiente que puede crecer en un medio mínimo que contiene solo azúcar, sales orgánicas y la vitamina biotina. La hipótesis un gen una enzima establecía que cada gen controla la producción de una enzima concreta. (esto es erroneo) La mayoría de los genes codifican secuencias de aminoácidos de cadenas polipeptídicas Surge la teoría de un gen, un polipéptido. De acuerdo a esto la secuencia de nucleótidos de un gen determina la secuencia de aminoácidos de una cadena polipeptídica. Sin embargo las secuencias codificantes contenidas dentro de los genes se pueden leer en varias combinaciones que dan lugar a distintos mRNA, que codifican para cadenas polipeptídicas distintas. Este fenómeno, denominado ayuste (splicing) alternativo del RNA, permite que a partir de un solo gen puedan formarse decenas o cientos de polipétidos distintos. Tambié hay genes que no producen ningún tipo de cadena polipeptídica, estos genes codifican moléculas de RNA como RNA de transferencia, RNA ribosómico, RNA nucleolar pequeño y microRNA. El código genético es un código de tripletes

El código genético se lee en combinaciones de 3, de las cuatro distintas bases nitrogenadas. Mutaciones de cambio de lectura Las mutaciones de cambio de marco de lectura pueden ser positivas adicionando una letra dentro del mensaje o negativas, quitando una letra del mensaje, esto hace que el mensaje sea confuso. Sin embargo cuando una mutación + y una – se dan en el mismo gen, pueden a la larga cancelar sus efectos entre sí, especialmente cuando están situadas muy cerca. La inserción causada por la mutación + compensa la deleción causada por la mutación – y el mensaje es inteligible a partir de ese punto. Sin embaargo mutaciones dobles con dos adiconas o dos deleciones no se cancelan de forma expuesta. Un fenotipo salvaje es aquel que posee mutación, y un fenotipo pseudossalvaje el que posee dos mutaciones que se cancelan. Evidencia de código de tripletes El marco de lectura sigue siendo el mismo si se añeden o eliminan tres letras. (+++ / ---). El código genético es un código de tripletes en el que la l ectura del mensaje comienza en un lugar específico (para asegurar el marco de lectura adecuado) y después se lee cada tres nucleótidos, de forma que cada triplete se traduce en el aminoácido adecuado hasta que se llega al final del mensaje. El código genético es degenerado y no superpuesto Las 4 distintas bases nitrogenadas producen 64 combinaciones distintas, sin embargo recordenos que solamente hay 20 distintos aminoácidos, de forma que la mayor parte de los 64 posibles tripletes deberían codificar aminoácidos. Ya que sólo existen 20 aminoácidos, esto indoca que el código genético es degenerado –es decir, que un aminoácido dado puede estar codificado por más de un triplete -. El código genético no solapa , no es superpuesto, cada nucleótido es parte de uno y sólo un triplete. El RNA mensajero guía la síntesis de las cadenas polipeptídicas Las moléculas de mRNA se trascriben a partir del DNA mediante un sistema de apareamiento similar al de la replicación de DNA, pero con dos diferencias importantes: 1. A diferencia de la replicación del DNA, en la que se copian las dos hebras de DNA, sólo una de las hebras de DNA – hebra molde – sirva como molde para la formación de MRNA durante la transcripción. La hebra de DNA que no funciona como molde, aunque no está directamente implicada en la transcripción, recibe por convención el nombre de hebra codificante porque tiene una secuencia similar a la de las moléculas de mRNA de cadena sencilla que llevan el mensaje codificado.

2. El mecanismo empleado para copiar la información de la secuencia de una cadena de DNA molde a una molécula de RNA sigue las mismas reglas de apareamiento de bases que la replicación del DNA, con la única excepción de que el RNA se emplea la base uracilo en los lugares del DNA donde se hubiera incorporado la timina. Durante la replicación del DNA la base A se aparea con T, mientras en la transcripción la base A se aparea con U. Las bases de una molécula de RNA determina el orden en que se unen los aminoácidos durante la síntesis de proteínas. El diccionario de codones se estableció usando polímeros y tripletes de RNA sintético Los tripletes de nucleótidos del mRNA, son denominados codones, estos son las verdaderas unidades de lectura para la maquinaria de traducción durante la síntesis de proteínas. Las bases presentes en el RNA ( T, A, U, C ) generan las 64 posibles combinaciones que son tomadas de tres en tres. Ya que las moléculas de mRNA se sintetizan en dirección 5’-3’ (como el DNA) y se traducen empezando por el extremo 6’, por convención los 64 codones se escriben en el orden 5’-3’. Estos codones del mRNA determinan los aminoácidos que se incorporarán durante la síntesis de las proteínas. De los 64 codones posibles del RNA mensajero, 61 codifican aminoácidos 61 de los 64 codones especifican la incorporación de aminoácidos específicos a la cadena polipeptídica que se sintetiza, uno de ellos (AUG) tiene un papel fundamental como codón de iniciación, que determina el inicio de la síntesis de proteínas. Los tres codones restantes (UAA, UAG y UGA) son codones stop que determinan la terminación de la síntesis de la cadena polipeptídica. Las mutaciones en la tercera base de un codón generalmente no cambian el aminoácido en absoluto. El código genético es casi universal La última propiedad destacable del código genético es su prácticamente total universalidad. Sin embargo, se han observado excepciones a las reglas generales del código en algunos casos, fundamentalmente celulares. La transcripción en células procariotas Recordemos que el DNA genera RNA el cual sintetiza proteínas, la cadena del RNA se diferencia de la de DNA en el hecho de que el RNA contiene un azucar ribosa y por ello una base nitrogenada U, en lugar de de T ( de la desoxirribosa) además de ser una cadena sencilla. La transcripción está catalizada por la RNA polimerasa, que sintetiza RNA usando DNA como molde

Las células baterianas tienen un tipo de RNA polimerasa que sintetiza los tres tipos fundamentales de RNA – mRNA, tRNA, rRNA. La RNA polimerasa es una proteína grande que consta de dos subunidades alpha y dos subunidades beta, (que difieren lo suficiente como para ser identificadas como beta y betasub1) y una subunidad disociable denominada factor sigma. La subunidad sigma desempeña un papel fundamental en este proceso promiviendo la unión de la RNA polimerasa a secuencias específicas de DNA, denominadas promotores, que se encuentran al principio de los genes. Una vez que el factor sigma ha llevado a la RNA polimerasa al promotor adecuado, el factor sigma se libera cuando empieza la transcripción. La transcripción consta elongación y terminación de cuatro pasos: unión, iniciación,

La transcripción es la síntesis de una molécula de RNA cuya secuencia de bases es complementaria a la secuencia de bases de una hebra de DNA molde. Una unidad transcripcional un segmento de DNA cuya transcripción da lugar a una molécula de RNA continua. El proceso de síntesis de RNA empieza con la unión de la RNA polimerasa a un promotor de DNA que desencadena el desenrollamiento local de la doble hélice de DNA. Usando una de las dos cadenas de DNA como molde, la RNA polimerasa entonces inicia la síntesis de una cadena de RNA. Después de la iniciación, la RNA polimerasa se mueve a lo largo del DNA molde, desenrollando la doble hélice y alargando al mismo tiempo la cadena de RNA. Durane este proceso , la enzima cataliza la polimerización de los nucleótidos en un orden determinado por el apareamiento de bases del DNA molde. Finalmente la enzima transcribe una secuencia de bases especial denominada señal de terminación, que finaliza la síntesis de RNA y facilita la liberación de la molécula de RNA completa y la disociación de la polimerasa del molde. Unión de la RNA polimerasa al promotor El primer paso en la síntesis del RNA es la unión de la RNA polimerasa al sitio promotor del DNA – una secuencia específica de varías docenas de pares de bases que determina donde empieza la síntesis de RNA y qué hebra de DNA sirve como molde - Cada unidad transcripcional tiene un promotor localizado cerca del principio de la secuencia de DNa que se va a transcribir. Por convención las secuencias promotoras se describen en dirección 5’-3’ de la hebra codificante, que es la hebra opuesta al molde. La unión de la RNA polimerasa al promotor está mediada por la subunidad sigma y genera el desenrollamiento de un tramo corto de DNA en el área donde empezará la transcripción, exponiendo las dos hebras de la doble hélice separadas. El punto donde empieza la transcripción es denominado punto de inicio , casi siempre es una purina y suele ser adenina. Aproximadamente 10 bases corriente arriba del punto de inicio se encuentra la secuencia de seis nucleótidos TATAAT, denominada secuencia -10 o caja Pribnow, los nucleótidos se numeran desde el punto de inicio (+1) hacia la derecha o corriente abajo, y negativos hacia la izquierda con negativos (-1) corriete arriba. También esta la secuencia -35 TTGACA, estas secuencias no son

definitivas en todos los organismos, por ello están las denominadas secuencias consenso, que están constituidas por los nucleótidos mayoritarios en cada posición para cada secuencia.

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