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WINEPI TASAS 2

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WINEPI TASAS 2.

0 El programa WinEpi TASAS constituye la primera versión de una aplicación que tiene como objetivo la medición de la enfermedad en poblaciones animales y en diferentes situaciones que afectan a la población en riesgo. El programa incluye dos idiomas diferentes (castellano e inglés). La realización del programa se enmarca dentro de las actividades de la Red Europea de Epidemiología Veterinaria y Economía (EPIDECON) y de la Red Ibero-Americana de Epidemiología RATIO (financiada por el programa ALFA de la Unión Europea), y forma parte como módulo del macro-proyecto WinEpi Pack, que está siendo desarrollado por la Facultad de Veterinaria de Zaragoza (España) y la Universidad de Agricultura de Wageningen (Holanda) 1. ESTUDIO DE MEDIDIAS DE LA ENFERMEDAD. 1.1. ESTUDIO TRANSVERSAL

Este tipo de estudio es el utilizado cuando interesa medir la enfermedad en un momento concreto del tiempo. Est supone llevar a cabo la medición puntual de la misma, lo que significa que en estudios transversales solamente será posible estimar aquellos parámetros epidemiológicos referidos a un hecho puntual, es decir: -Prevalencia puntual -Mortalidad -Letalidad 1.1.1.- CALCULO DE LA PREVALENCIA PUNTUAL De forma genérica la Prevalencia mide la cantidad de enfermedad que existe en una población sin diferencias entre casos nuevos y casos antiguos. a) Cálculo de la Prevalencia en la Población Total: La Prevalencia Puntual corresponde a la relación existente entre el número de casos de enfermedad existentes en ese momento del tiempo y la población en riesgo de adquirirla en aquel mismo momento del tiempo (incluidos los enfermos) e donde: P= PR P: e: PR: Prevalencia puntual Número de enfermos Población en riesgo

Ese Intervalo de Confianza (IC) viene definido por los límites extremos: (P-E.(1-P) . Ese Intervalo de Confianza (IC) viene definido por los límites extremos: ( Pe . (1-n) n N valor de la t de Student para un nivel de confianza dado Error esperado Prevalencia calculada en la muestra Tamaño de la muestra Tamaño de la población c) Cálculo de la Prevalencia a partir de una Muestra valorando el Test Diagnóstico empleado: Al calcular la Prevalencia Puntual a partir de los datos obtenidos en una muestra se puede calcular un valor teórico de la prevalencia para la población de la que se obtuvo dicha muestra. puesto que en cada situación y en cada enfermedad puede variar. para llevar a cabo esa medición se precisa de un test diagnóstico que determine los animales enfermos. Para hallar el Error esperado usaremos las siguientes fórmulas: a) Para poblaciones muy grandes: E= Z. En el caso de estudios transversales. P. y un Intervalo de Confianza que vendrá condicionado por el tamaño de la muestra y el tamaño de la población. y que poseerá una sensibilidad y especificidad conocidos. P. Estos parámetros influyen sobre valor de la prevalencia estimada en la población. incluyendo dentro de la misma a los animales que en ese momento del tiempo ya la han adquirido. b) Cálculo de la Prevalencia a partir de una Muestra: Si calculamos la Prevalencia Puntual a partir de los datos obtenidos en una muestra obtendremos un valor estimado de la prevalencia.El concepto de población en riesgo es complejo de definir. P + Es –1 . El valor de la prevalencia en la población estará incluido en el intervalo de confianza calculado.P+E) siendo P la prevalencia calculada en la muestra y E el error esperado. y un Intervalo de Confianza que vendrá condicionado por el tamaño de la muestra y el tamaño de la población (como ya se vió en el apartado anterior). Pe + Ee ) Sin embargo. se considera como tal a aquella parte de la población total que puede adquirir la enfermedad.(1-P) n b) Para poblaciones pequeñas: donde: Z: E: P: n: N: E= Z.Ee .

2. su cálculo es sencillo de realizar en el caso de que interese su medición: me IMP = . M= m PR . la población en riesgo del denominador incluye a los animales sanos en ese momento y que pueden morir a causa de la enfermedad y a los que han muerto a causa de la misma.donde: Prevalencia Estimada : Pe = E Se+Es-1 Error Estimado: donde: P: Es: Se: E: Ee = Se+Es-1 Prevalencia Teórica calculada en el apartado anterior Especificidad del Test Diagnóstico Sensibilidad del Test Diagnóstico Error Teórico calculado en el apartado anterior 1. no obstante. a) Cálculo de la Mortalidad en la Población Total: Su cálculo corresponde a la relación entre el número de animales que han muerto como consecuencia de la enfermedad en ese momento del tiempo y la población en riesgo de morir por la enfermedad en ese mismo momento.1.CALCULO DE LA MORTALIDAD La Mortalidad mide la cantidad de animales que mueren en la población como consecuencia de la enfermedad. El programa no incluye el cálculo del denominado Indice de Mortalidad Proporcional que expresa la importancia de la muerte por la enfermedad en relación con la muerte total existente en la población.. 100 PR donde: IMP:Indice de Mortalidad Proporcional . Como en el caso de la Prevalencia Puntual. 100 donde: M: Mortalidad (en porcentaje) m: Número de muertos PR: Población en riesgo El concepto de mortalidad incluye los animales muertos en ese mismo momento y los que han podido morir en momentos anteriores y que son incluidos en el recuento del momento en que se realiza la medición.

siendo M la mortalidad calculada en la muestra y E el error esperado. (1-M) n E = Z . b) Para poblaciones pequeñas: donde: Z: E: M: n: N: M . M . (1 – n) n N valor de la t de Student para un nivel de confianza dado Error esperado Mortalidad calculada en la muestra Tamaño de la muestra Tamaño de la población 1.E .. Para hallar el Error esperado usaremos las siguientes fórmulas: a) Para poblaciones muy grandes: E = Z . a) Cálculo de la Letalidad en la Población Total: Su cálculo corresponde a la relación entre los animales muertos por la enfermedad y los que presentan la enfermedad en ese momento del tiempo.3. esta medida puntual no diferencia entre casos ocurridos en ese exacto momento del tiempo y los que ocurrieron en momentos anteriores y que se contabilizan ahora .1. m L= . El valor de la mortalidad de la población estará incluido dentro del intervalo de confianza definido.me: mt: Número de muertes debidas a la enfermedad Número de muertes totales en la población b) Cálculo de la Mortalidad a partir de una Muestra: Si calculamos la Mortalidad a partir de los datos obtenidos en una muestra obtendremos un valor estimado de la mortalidad y un Intervalo de Confianza que vendrá condicionado por el tamaño de la muestra y el tamaño de la población. M + E ). (1-M) .CALCULO DE LA LETALIDAD La Letalidad expresa la probabilidad de morir entre los animales que presentan la enfermedad en la población animal. 100 e donde: L: m: e: Letalidad (en porcentaje) Número de muertos por la enfermedad Número de enfermos en la población Como en los parámetros anteriores. Los límites extremos de ese Intervalo de Confianza serán: ( M .

nos encontramos con una situación inicial (principio del periodo de tiempo en estudio). tardará mucho tiempo en volver a ser susceptible e . Para hallar el Error esperado usaremos las siguientes fórmulas: a) Para poblaciones muy grandes: E = Z.. son enfermedades crónicas o enfermedades agudas en las que los animales que superan la enfermedad persisten inmunizados durante largos periodos de tiempo. 1-(1 – n) n N donde: Z: E: L: n: N: valor de la t de Student para un nivel de confianza dado Error esperado Letalidad calculada en la muestra Tamaño de la muestra Tamaño de la población 1. El valor de la letalidad de la población estará incluido dentro del intervalo de confianza definido.ESTUDIO LONGITUDINAL (Enfermedad de Larga Duración) Los Estudios Longitudinales de las medidas de presentación de la enfermedad suponen medir la enfermedad en un periodo de tiempo definido y por tanto. siendo L la letalidad calculada en la muestra y E el error esperado.(están enfermos en este momento aunque adquirieran la enfermedad anteriormente). el animal que enferma y que por tanto deja de formar parte de la población en riesgo en ese momento. L . b) Para poblaciones pequeñas: E = Z. b) Cálculo de la Letalidad a partir de una Muestra: Si calculamos la Letalidad a partir de los datos obtenidos en una muestra obtendremos un valor estimado de la letalidad.2. (1-L) . L + E ). Ese Intervalo de Confianza estará definido por los limites extremos: ( L . es decir. por tanto. En estas enfermedades se pueden considerar. situaciones todas ellas que se reflejarán en la medición de la enfermedad que afecta a la población en ese periodo de tiempo. y un Intervalo de Confianza determinado por el tamaño de la muestra y el tamaño de la población. (1-L) n L .E . Hablamos de enfermedades de larga duración en aquellos casos de enfermedad en los que ésta se mantiene durante largos periodos de tiempo. una situación final (final del periodo de estudio) y unos hechos intermedios. que la población en riesgo es "casi" constante.

. sobreagudas y con inmunidad de corta duración) la población en riesgo tendrá gran variabilidad en función de la duración de la enfermedad y de la duración de la respuesta inmune. a los animales susceptibles de adquirir la enfermedad al comienzo del periodo más el movimiento de animales que se produce durante dicho periodo de estudio. y que harán que constantemente los animales recuperados vuelvan a a formar parte de la población en riesgo y puedan observarse animales que presenten más de una vez la enfermedad a lo largo del periodo de estudio De todo esto se deduce que en estudios longitudinales un elemento clave a definir es la población en riesgo que se va a considerar. PRn= PRn-1 – MVn= PRn-1 – (In – On – En) donde: PRn: Población en riesgo en el periodo de tiempo n PRn-1: Población en riesgo al final del periodo de tiempo anterior a n.. siendo el movimiento de animales equivalente a las entradas de nuevos animales. ya no sólo los hechos globales.integrarse de nuevo en la población en riesgo. ¿Cómo se estima la población en riesgo en un periodo de tiempo para enfermedades de larga duración? En este caso se considera población en riesgo en cada periodo de tiempo. En este tipo de estudio longitudinal la dinámica de la población en riesgo la define casi exclusivamente la introducción de nuevos animales o la eliminación de otros. menos la salida de animales (ventas. hablar de un periodo concreto de tiempo permite introducir nuevos parámetros de medida de la enfermedad que indicarán. y se pueden estudiar los nuevos . el total de casos existentes). En el caso de enfermedades de corta duración (enfermedades agudas. sino también lo que ha ocurrido a lo largo de ese periodo de tiempo (los nuevos casos del periodo de estudio). o lo que es lo mismo.. Por otro lado.) y menos los nuevos enfermos durante ese periodo de tiempo. en el momento de comenzar el periodo de tiempo n MVn: Movimiento de animales en el periodo n In: Nuevos animales en el periodo n On: Salida de animales en el periodo n En: Nuevos enfermos durante el periodo n Cuando estudiamos la enfermedad en un periodo de tiempo se puede medir la cantidad total de enfermedad existente. lo que equivale al cálculo de la prevalencia del periodo. (es decir.

Se considera que las muertes se producen durante el periodo en que los animales enferman (debido a cuadros agudos y sobreagudos) y que los que superan las primeras fases de la enfermedad sanarán al cabo de un tiempo establecido. más los animales que superan la enfermedad y no quedan inmunizados. lo que equivale al cálculo de la incidencia acumulada y/o la tasa de incidencia. de manera que durante un periodo determinado de tiempo en el que se está estudiando una enfermedad. Esta situación es todavía más evidente en aquellos casos en los que la inmunidad de los animales una vez superada la enfermedad es nula o muy breve en el tiempo. 1.ESTUDIO LONGITUDINAL (Enfermedad de Corta Duración) La principal característica que presentan las enfermedades de corta duración de cara a su medición. los animales que quedan inmunizados y los animales que tras superar la enfermedad vuelven a adquirirla.. siendo el movimiento de animales equivalente a las entradas de nuevos animales. . menos la salida de animales (ventas. Junto a estos es posible realizar también el cálculo de la mortalidad y de la letalidad. En el caso de estas enfermedades las mediciones de la presentación de la enfermedad durante un periodo de tiempo se realizan del mismo modo que las enfermedades de larga duración. lo que supone que habrá formado parte de la población en riesgo varias veces a lo largo del periodo de tiempo en que la enfermedad se está estudiando. se considera población en riesgo en cada periodo de tiempo. todo ello dentro del periodo de tiempo en que se está estudiando la enfermedad.3.. es que los animales que superan la misma rápidamente vuelven a integrarse en la población en riesgo.. un animal puede sufrir la misma varias veces.casos de enfermedad que se producen durante ese periodo de tiempo. ¿Cómo se estima la población en riesgo en un periodo de tiempo para enfermedades de corta duración? En este caso se deberá tener en cuenta a los animales que habiendo sufrido la enfermedad la superan.) y menos los nuevos enfermos durante ese periodo de tiempo. a los animales susceptibles de adquirir la enfermedad al comienzo del periodo más el movimiento de animales que se produce durante dicho periodo de estudio.. pero considerando la duración de la enfermedad y de su inmunidad. Así pues.

lo que equivale al cálculo de la prevalencia del periodo.1. lo que equivale al cálculo de la incidencia acumulada y/o la tasa de incidencia. Junto a estos es posible realizar también el cálculo de la mortalidad y de la letalidad.. Cuando estudiamos la enfermedad en un periodo de tiempo se puede medir la cantidad total de enfermedad existente. ESTIMACIONES 2. animal-semana. o lo que es lo mismos. t donde: P: Prevalencia de la enfermedad en el periodo de tiempo estudiado (en tanto por uno) TI: Tasa de Incidencia para un determinado periodo de tiempo estudiado expresada en animal-día.1. En estos casos la prevalencia puede calcularse si además. t 1 + TI .Estimación de la Prevalencia: En ocasiones interesa estimar la Prevalencia de una enfermedad en una población animal de la que solamente se tiene información acerca de la Tasa de Incidencia. 2. y que enfermaron t periodos antes.. de forma que: P= TI . Evn-t) donde: PRn: Población en riesgo en el periodo de tiempo n PRn-1: Población en riesgo al final del periodo de tiempo anterior a n.ESTIMACION DE LA PREVALENCIA 2.1. en el momento de comenzar el periodo de tiempo n MVn: Movimiento de animales en el periodo n In: Nuevos animales en el periodo n On: Salida de animales en el periodo n En: Nuevos enfermos durante el periodo n IN: Inmunidad inducida: aquella fracción de animales que una vez superada la enfermedad permanecen inmunes a ella t: Duración de la enfermedad EVn-t: Número de enfermos que sanan durante el periodo n.PRn= PRn-1 – MVn= PRn-1 – (In – On – En + (1-IN) . se conoce la duración media de la enfermedad. Equivale al número de enfermos del periodo n-t menos el número de muertos en ese mismo periodo. animal-mes o animal-año . y se pueden estudiar los nuevos casos de enfermedad que se producen durante ese periodo de tiempo.

2. 2.Estimación de la Duración Media de la Enfermedad: Por último. es posible conocer la Duración media de una enfermedad en la que se conocen su Prevalencia y su Tasa de Incidencia en un periodo de tiempo dado: P T= (1-P) .1.t .. 2.t TI= (1-P) .1.1..2.3. y donde igualmente es necesario realizar la conversión a unidades equiparables. del mismo modo. y del mismo modo es necesario realizar una conversión previa de unidades para equipararlas. conocida la Prevalencia de la enfermedad y su duración. expresada en días..ESTIMACION DE LA INCIDENCIA ACUMULADA 2.2. despejando de la fórmula original. meses o años Las unidades de tiempo con las que se trabajan deben ser equiparables para cada parámetro para lo cual deberá realizarse una adecuada conversión de los datos (que el programa realiza automáticamente) 2..Estimación de la Tasa de Incidencia: De la fórmula original se deduce que. la Incidencia Acumulada se estima utilizando la siguiente fórmula: 1 IA= 1 – e TI. En este caso. TI donde los parámetros utilizados son los mismos que se han expuesto en el primer apartado. semanas. t donde los parámetros son los mismos que en el apartado anterior. es posible estimar la Tasa de Incidencia mediante la siguiente fórmula: P.t: Duración media de la enfermedad.Estimación de la Incidencia Acumulada: Otra posibilidad de estimar las medidas de presentación de la enfermedad en una población animal consiste en determinar la Incidencia Acumulada de una enfermedad en la que se conoce su Tasa de Incidencia a lo largo de los distintos periodos de tiempo estudiados.

Incidencia Acumulada. la Prevalencia y la Letalidad esperadas o estimadas..).Estimación de la Tasa de Incidencia: A partir de la fórmula enunciada en el apartado anterior es posible estimar la Tasa de Incidencia en un determinado periodo de tiempo cuando el parámetro conocido es la Incidencia Acumulada.1. la Incidencia Acumulada y la Mortalidad para cada periodo y para todo el intervalo. 1 .IA TI= t donde los parámetros utilizados en esta fórmula son los mismos que los descritos en el apartado anterior. EXTRAS 3.donde: IA: TI: t: e: Incidencia Acumulada en un periodo de tiempo determinado Tasa de Incidencia en el periodo de tiempo estudiado Periodo de tiempo estudiado Base del Logaritmo Neperiano (ln) 2. 2. 1 Ln . NOTA: En ambos apartados el programa incluye como prestación extra la representación gráfica de la evolución de la enfermedad en el intervalo de tiempo estudiado. las poblaciones en riesgo.. Mortalidad.3. Periodo de Prevalencia. simular la enfermedad en una hipotética población animal conocidos los parámetros de medida de presentación de la enfermedad. se puede calcular el número de animales enfermos y muertos esperados.. y aplicando las fórmulas utilizadas en los apartados anteriores para determinar los distintos parámetros de medida. conocidas la Prevalencia y la Letalidad. qué evolución tendrá la enfermedad en un periodo de tiempo dado y que valor tendrán el resto de los parámetros de medida (Tasa de Incidencia. cuántos morirán.INDICE EPIDEMICO ..2. la Tasa de Incidencia.. además del cálculo de los parámetros de medida de presentación de la enfermedad.. es posible determinar cuántos animales presentarán la enfermedad.SIMULACION El programa WinEpi TASAS permite.2. 3. Para ello es necesario conocer la Población Inicial en la que interesa simular la enfermedad. es decir. A partir de estos datos.

.CURVA DE SUPERVIVENCIA Las Curvas de Supervivencia determinan la probabilidad de sobrevivir a un proceso patológico que poseen los individuos de una población a lo largo del tiempo. Para ello debe considerarse el tiempo en periodos equivalentes (días. 3.prevalencia esperada (equivalente al nivel endémico que cabría esperar) c. meses...25 indican que existe un número de casos próximo al esperado en situación endémica -Valores mayores de 1.número de casos observados en el periodo de tiempo en estudio El Indice Epidémico (IE) se basa en la aplicación de la fórmula: Nº de casos observados IE= Nº de casos esperados Su interpretación es la siguiente: -Valores inferiores a 0.El Indice Epidémico es un indicador de la mayor o menor importancia de un proceso patológico que afecta a una población animal en un periodo determinado de tiempo en relación a un nivel esperado o nivel endémico. Psai= Psi . años.2. Los métodos utilizados clásicamente para realizar curvas de supervivencia son el estimador actuarial de Cutler-Edered o el estimador del producto límite de Kaplan-Meier. -Valores entre 0. A partir de ese momento se considerará la población en riesgo inicial o de partida y el número de animales muertos en cada periodo de tiempo definido.75 indican que en ese periodo de tiempo existe menos enfermedad de lo esperado.población en riesgo de sufrir el proceso patológico b..)... Psai-1 .75 y 1.25 indican que existen más casos de lo que cabría esperar en ese periodo de tiempo. Los cálculos requieren conocer: a. Utilizando los datos anteriormente citados el programa calcula para cada periodo de tiempo dos valores: -PS: probabilidad de supervivencia del periodo -PSa: probabilidad de supervivencia hasta ese periodo Las fórmulas utilizadas para ambos casos son: Psi= Ni – mti Ni .

.donde: Ni: población en riesgo al principio de cada periodo mti: muertos en cada periodo PSi: probabilidad de supervivencia del periodo i PSai: probabilidad de supervivencia acumulada hasta el periodo i y siendo PSa para el periodo 0 igual a 1 La representación gráfica indica la tendencia de la probabilidad de supervivencia acumulada a lo largo de los periodos de tiempo estudiados.

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