PelicanHPC Tutorial en español

PelicanHPC Tutorial

07 2010 Michael Creel Universitat Autònoma de Barcelona Puede comprobar si hay versiones más recientes de este documento en http://pelicanhpc.org/Tutorial/PelicanTutorial.html

Contenido
1. 2. 3. 4. 5. Introducción La configuración inicial Ejemplo de software Guardar el trabajo Uso de la secuencia de comandos make_pelican

Introducción
PelicanHPC es un rápido (alrededor de 5 minutos, cuando sabes lo que estás haciendo) los medios de la creación de una informática de alto rendimiento (HPC) de clúster para computación paralela utilizando MPI. Este tutorial ofrece una descripción básica de lo que se PelicanHPC, direcciones de cómo usar las imágenes de CD lanzado a crear un clúster de HPC, y da algunos ejemplos básicos de uso.

Descripción de PelicanHPC
PelicanHPC es una distribución de GNU / Linux que se ejecuta como un "live CD" (también se puede poner en un dispositivo USB, se puede arrancar desde una partición del disco duro, o puede ser utilizado como un sistema operativo virtualizado). Si el archivo de imagen ISO se quema en un CD, el CD resultante puede usarse para arrancar el ordenador. El equipo en el que se inicia PelicanHPC se conoce como el "nodo de interfaz". Es el equipo con el que interactúa el usuario. Una vez PelicanHPC se está ejecutando, un guión "pelican_setup" - se puede funcionar. Este script configura el nodo frontend como un servidor de arranque en red. Después de esto se ha hecho, otros equipos pueden tener las copias de arranque de PelicanHPC través de la red. Estos otros equipos se conocen como "nodos de cómputo". PelicanHPC configura el grupo formado por el nodo frontend y los nodos de cómputo, para que basados en la computación paralela MPI-se puede hacer. Un "Live CD", como PelicanHPC por defecto no utiliza los discos duros de cualquiera de los nodos (excepto el espacio de intercambio de Linux, si es que existe), por lo que no va a destruir o alterar su sistema operativo instalado. Cuando el clúster PelicanHPC se cierra, todos los equipos están en su estado original, y se iniciará de nuevo en lo que los sistemas

operativos están instalados en ellos. PelicanHPC opcionalmente se puede hacer para utilizar espacio de disco duro, por lo que su estado puede ser preservada a través de las botas. Puede ser configurado para que arranque sin intervención de usuario, con posibilidad de acceso por ssh. También existe la posibilidad de hacer el cálculo de arranque nodos utilizando Wake-on-LAN. Con estas características opcionales más avanzados, PelicanHPC se puede utilizar para ejecutar un grupo permanente sin cabeza. PelicanHPC se hace usando Debian GNU / Linux como base, a través de la de Debian del sistema. Es producido mediante la ejecución de un script único mediante el comando "make_pelican sh". Versiones personalizadas de PelicanHPC, por ejemplo, que contiene paquetes adicionales, se puede hacer fácilmente mediante la modificación de la secuencia de comandos script.The make_pelican make_pelican y los paquetes necesarios se proporcionan en PelicanHPC, para que pueda construir una imagen personalizada utilizando las imágenes proporcionadas. También puede ejecutar make_pelican de cualquier distribución GNU / Linux.
Características
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El nodo de interfaz puede ser un ordenador real arrancado con un CD o un dispositivo USB, o una máquina virtual que se inicia con el archivo de imagen de CD. Con esta última opción, PelicanHPC se puede utilizar en el momento mismo que el ambiente de trabajo normal, que puede ser cualquiera de los sistemas operativos comunes. Los nodos de cómputo son normalmente los equipos reales, para un máximo rendimiento, pero también puede ser virtual. Apoya base de cálculo paralelo MPI Fortran usando (77, 90), C, C + + y GNU Octave. Ofrece la Open MPI aplicación del MPI. Clúster puede cambiar el tamaño para agregar o quitar nodos con el "pelican_restarthpc" comando. Fácilmente extensible para añadir paquetes. También fácilmente modificables, ya que la imagen de CD PelicanHPC se crea con un único guión que se basa en el de Debian del sistema. Por esta razón, la versión distribuida es básico y ligero. Existen versiones para 32 bits CPU (Pentium 4, Core, Sempron) y para 64 bits CPU (Opteron, Turion, Core 2, etc) Contiene software de ejemplo: Linpack HPL (ahora en versión 2.0) y extenso ejemplos de referencia que utilizan GNU Octave . También ha mpi4py .

Limitaciones y exigencias
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Los nodos de cómputo debe iniciarse en la red. Esta es una opción que ofrece todos los modernos dispositivos de red suministrado con las placas base, pero a menudo deben estar habilitadas en la configuración del BIOS. Que pueda, y darle una mayor prioridad que arranque desde el disco duro o de otras fuentes. Si usted tiene una tarjeta de red que no hará arranque en red, es posible evitar este uso de rom-o-matic . Un grupo PelicanHPC está diseñado para ser utilizado por una sola persona.

Si inicia la entrega de direcciones IP a los compañeros de trabajo sus equipos. La imagen del CD resultante contiene el software de la Debian distribución de GNU / Linux. verás algo como lo siguiente. . La interfaz y todos los nodos de cómputo deben ser conectados en red. El guión es licencia GPL v3. y "pelican_restarthpc". o especiales "cheatcodes" para el arranque de CD en el hardware problemático. Asegúrese de que la configuración de la BIOS permite arrancar desde el CD.Licencias y Responsabilidad PelicanHPC es una imagen de CD producido mediante la ejecución de un script (ver más abajo). puedo conseguir un teclado en español por <Tab> presionando y luego agregó que "keyb = es" a la configuración predeterminada. Ponga el CD en el equipo que será el interfaz. La configuración inicial Los dos comandos principales para la administración de la agrupación son "pelican_setup". que se utiliza para agregar o quitar nodos después de la instalación inicial. la exportación NFS / home. Si el nodo frontend tiene múltiples interfaces de red. para configurar la interfaz como un servidor. así que asegúrese de aislar la red que se utiliza para el clúster de otras redes. Por ejemplo. pueden llegar a ser molesto. Al arrancar. etc. si pulsa <Tab>. IMPORTANTE: el nodo frontend actuará como servidor DHCP. que está sujeto a las licencias elegido por los autores de dicho software. El resto de lo que explica cómo funciona esto. o simplemente pulse <Intro> para arrancar con la configuración predeterminada. para evitar conflictos con otros servidores DHCP. incluso sin la garantía implícita de COMERCIALIZACIÓN o IDONEIDAD PARA UN PROPÓSITO PARTICULAR. destacando la línea de ayuda y presionando <Intro> o editar las opciones por <Tab> urgentes. puede usar uno para conectarse al clúster y otro para conectarse a Internet. En este caso. usted tiene la oportunidad de entrar en las opciones para configurar las asignaciones de teclado. pero SIN NINGUNA GARANTÍA. y vuelva a encenderlo. Cualquiera de explorar las opciones. Esta libertad PelicanHPC imágenes de CD se distribuye con la esperanza de que sea útil.

con el tiempo que se ve: .Una vez que arranque.

puede reemplazar "RAM1" con "sda2" o "hdb5" (sin comillas). usted no necesita esta función. los discos duros no se utilizan. Esta función se proporciona para su conveniencia para los usuarios avanzados. Es imposible probar esta función en todas las configuraciones de hardware posibles. por lo que NO SE HACEN GARANTÍAS QUE NO DESTRUIR TU DISCO DURO. si usted sólo tiene que pulsar <Intro>. que será montado en / home. De forma predeterminada. el directorio no ser eliminado. Por ejemplo. Si usted hace esto. Para utilizar el almacenamiento permanente. unidad USB. y se puede volver a utilizarse cuando se reinicia PelicanHPC. basta con pulsar <Intro>. Para la experimentación casual. y se utilizará como el directorio home del usuario de racimo (nombre de usuario "usuario"). pero tiene el inconveniente de que el trabajo que hace desaparece al apagar el clúster. Esto es seguro y fácil. etc) que tiene un formato ext2 o ext3. Copia de seguridad de sus datos antes de intentar cualquier cosa. usted puede escribir el nombre de un dispositivo (partición de disco duro. Si usted tiene alguna duda acerca de esto. pero por defecto.Esta pantalla le da la oportunidad de utilizar un dispositivo de almacenamiento permanente para el directorio / home del usuario PelicanHPC. un directorio de "usuario" se creará en la raíz del dispositivo especificado. Si se cierra el grupo. y PelicanHPC no modifica ninguno de los equipos que se utilizan en el clúster. .

se le pedirá que cambie la contraseña por defecto: . a menos que se vuelvan a utilizar el trabajo que ha guardado en una sesión anterior. A continuación. podrás ver Usted probablemente querrá elegir "sí".A continuación.

Esta será la contraseña para el usuario "usuario" en el nodo frontend y en todos los nodos de cómputo. Por último. también.Usted debe de retroceso para eliminar el defecto y escriba una nueva contraseña. todos ustedes son arranca y aparece la entrada del sistema: .

Escriba el nombre de usuario "usuario" y luego la contraseña que ha establecido hace un momento. .

vemos lo siguiente. sólo para evitar posibles problemas con el hardware de gráficos inusual. escriba "pelican_setup". Usted puede hacer esto desde la consola como en estas instrucciones. PelicanHPC utiliza la consola. A continuación. Para configurar un clúster. De forma predeterminada.Ahora que se registran en: Tenga en cuenta que puede entrar en el enterface gráfico Xfce si decide por escribir "startx". o de Xfce mediante la apertura de un terminal. suponiendo que usted tiene más de un dispositivo de red: .

Después de elegir el dispositivo de red. Usted debe asegurarse de que el dispositivo de red que se utiliza para el clúster está aislado de todas las redes. los servicios deben iniciarse. lea la advertencia en la siguiente captura de pantalla. Cuando vea la siguiente pantalla. excepto el grupo. . Por favor. Configuración de un servidor dhcp PelicanHPC te meten en problemas con la red de administradores de tu si lo hace en una red abierta. seleccione "sí".

.A continuación verá Pulse entrar. y salir a su vez en los nodos de cómputo.

suponiendo que tiene un monitor: . puedes encontrar esto. verá este genio por: Cuando un nodo de cómputo se realiza el arranque.Cuando uno empieza a calcular el nodo de arranque de red.

verá lo siguiente: Una vez que un nodo ha arrancado.De vuelta en el nodo frontend. la cuenta sube: .

Este software no está disponible en los nodos de cómputo. Bueno. el número de núcleos.No dejan de golpear "no" hasta que todos los nodos de cómputo han arrancado. Si sus anfitriones tienen velocidades diferentes. dependiendo de cuántos nodos que tiene. eso es todo. debe modificar este archivo y re-lamboot (si el uso del MELA). suponiendo que la interfaz cuenta con una red segunda tarjeta que ha configurado para permitir el acceso a Internet. Algunos otros consejos: y y y y y puede agregar software para el nodo frontend con "apt-get install lo que sea". Puede cambiar el tamaño del clúster (agregar o quitar nodos de cómputo) siempre que lo desee. verás algo como lo siguiente. Si el nodo frontend es virtual. . debe estar instalado en algún lugar de / home / usuario. mediante la ejecución de "pelican_restarthpc". quisiera establecer su propia contraseña por defecto. y una pequeña cantidad de esfuerzo que se convierten en un monitor de clúster agradable. MPI la configuración por defecto está en el archivo / home / usuario / tmp / bhosts. el grupo está listo para usar. ksysguard está disponible. Una vez que haga clic en Sí. Tenga en cuenta cómo me escriba "lamnodes" para comprobar que realmente funcionaba. Esto se explica (un poco) a continuación. Ver este mensaje para obtener información general sobre la manera de hacerlo. Este asigna clasificaciones a los anfitriones en una forma de round robin. si necesita de otros paquetes. entonces usted puede hacer su propia versión muy fácilmente usando el script make_pelican que está disponible en la página de inicio PelicanHPC. Para agregar software para que esté disponible a todos los nodos. probablemente debería eliminar el nodo frontend de los cálculos. etc. pero los nodos de cómputo son reales.

pdf" que tiene una gran cantidad de información. pero la gente quiere que un grupo permanente debería verlo. Wake-on-LAN. Econometría es un campo de estudio que aplica los métodos estadísticos a los modelos económicos. y algunos ejemplos de la amplia el campo de la econometría que el uso de GNU Octave . Volver al índice Ejemplo de software PelicanHPC tiene el Linpack HPL de referencia. El software está en el directorio Econometría: No es un documento "econometrics. el cambio de la red del clúster. Este archivo contiene los interruptores de opciones avanzadas que permiten realizar acciones como el uso de almacenamiento permanente.IMPORTANTE: En la home / usuario de la guía / es el archivo pelican_config. Es auto-documentado. incluyendo algunos de computación paralela sobre: . el arranque sin intervención del usuario. etc Varios usuarios no necesitan para explorar.

.. la música .Abre un terminal. tenga en cuenta que subrayar de nuevo allí. maestro): . por favor. escribe "octava" y luego "kernel_example" (por favor.

.

et viola! algunas fotos: Esa última imagen de pantalla y muestra el resultado de kernel_example. vea la siguiente fotografía:. . Para ver cómo funcionan en paralelo.m si se ejecuta en serie. por lo que debe especificar al menos dos filas de MPI. con un solo núcleo. NOTA las rutinas del núcleo no hacer cálculos en el rango 0 (se utiliza para recoger los resultados).

O. "mc_example" y algunos otros me estoy olvidando. "gmm_example". el tipo de "ayuda mc_example". vaya editar el archivo correspondiente para obtener más información acerca de lo que hace. mientras que en Octave. Para saber si el código es. por ejemplo. las imágenes PelicanHPC poner / home / usuario en un disco de memoria que desaparece al apagar. mientras que en Octave. escriba "editar bfgsmin_example" (o editar lo que quieras) y el archivo se encuentra en la ruta de octava se abrirá en el editor vim. tales como montar un disco duro. Volver al índice Guardar el trabajo De forma predeterminada. utilizando un dispositivo USB. "mle_example". si desea volver a utilizarlo. como se ilustra en la siguiente fotografía: . Tendrá que guardar su trabajo entre períodos de sesiones. etc Si usted tiene una conexión a Internet configurado. Hay muchas opciones. A continuación. puede enviarlo por correo electrónico a ti mismo.Otras cosas a tratar son "bfgsmin_example".

También existe la opción de montar automáticamente un volumen que tiene un nombre especial. Esta es la mejor solución para los usuarios que quieran utilizar PelicanHPC sobre una base a largo plazo. Volver al índice Uso de la secuencia de comandos make_pelican Las imágenes ISO distribuidos proporcionar un clúster de configuración del sistema al descubierto los huesos. Ver pelican_config en / home / usuario.Si utiliza PelicanHPC para un trabajo serio. para que su trabajo se guarda entre sesiones sin tomar ninguna medida especial. Al arrancar el nodo interfaz. Esta es una característica para los usuarios avanzados. usted tiene la opción de seleccionar un dispositivo de almacenamiento para su uso. debe asegurarse de que una copia de seguridad antes de usarlo con PelicanHPC! ext2 y ext3 en formato Sólo se sabe que funcionan. a fin de utilizarlo con precaución. Esta característica ha sido probado con un conjunto muy limitado de equipos. además de algunos paquetes que uso en mi investigación y la . y yo recomendamos encarecidamente que dedique una partición de disco duro para su uso con PelicanHPC. Si utiliza una partición con otros datos sobre él. es muy conveniente para montar un dispositivo de almacenamiento para utilizar como / home.

Una conexión rápida a Internet es útil. Sin embargo. Si tiene los requisitos previos para ejecutar el script. / es la ubicación de la secuencia de comandos make_pelican y <arquitectura> es o i386 o amd64. muchos usuarios encontrarán que Pelican no contiene los paquetes que necesitan. El: y y y y y y una versión instalada de GNU / Linux. algunos usuarios prefieren tener una versión de atención al cliente al de la imagen del CD. Esto puede ser una instalación mínima en una cárcel chroot si lo prefiere para ejecutar algo más de su trabajo normal. PelicanHPC es producido mediante la ejecución de un script único "make_pelican". eche un vistazo en que antes de intentar utilizar make_pelican. También es necesario y rsync paquetes debootstrap. y también como código fuente para su uso con otras distribuciones. recuerda que "el hombre vive-ayudante". cuando haya terminado.. que pueden ser de interés para los que aprenden los conceptos básicos de MPI. que está disponible en la página de descarga . de modo que los paquetes pueden ser simplemente añadido a partir de "apt-get". es muy fácil de hacer una versión personalizada de Pelican requisitos. es de esperar computadora multi-núcleo. Por favor. . tiene que ejecutar el script make_pelican como usuario root. Los requisitos previos están instalados en PelicanHPC. examinar la secuencia de comandos make_pelican. es posible dar a todos los nodos del clúster de acceso a Internet a través de la conexión del nodo de interfaz. Hay algunos ejemplos tomados de mi trabajo. Información adicional se encuentra en http://debianlive.debian. si usted es un usuario de Windows. Añadir los paquetes que necesita para la sección de lista de paquetes. "hombre lh_config" y "lh_build hombre" le dará la información. según en el que dejó sin comentar en el guión.alioth. Hay un manual para Debian Live . Además. El tiempo de construcción para la configuración por defecto en un ordenador portátil de doble núcleo decente con mucha memoria RAM es de aproximadamente media hora.docencia. ya que una gran cantidad de paquetes que se deban descargar.org/ . o para las personas interesados en la econometría. que contiene algunos comentarios se explica por sí mismo. Tenga en cuenta que usted puede elegir una contraseña diferente aquí. ayuda a construir la imagen de una forma rápida. Incluso puede utilizar una máquina virtual en Windows. Las partes del proceso de construcción son en paralelo y se aprovechará de múltiples núcleos. / <arquitectura> directorio / frontend. el vivir a la generación de paquetes. Esta información es la documentación principal. Está disponible como un archivo. y también en las imágenes en libertad.. ya que make_pelican es un script que ofrece una configuración específica para el sistema Live de Debian de la construcción de una imagen de CD en vivo.iso" en el . para que pueda construir una versión personalizada con la libertad son de la versión. Asimismo. donde . Deb. Sin embargo. Si uno utiliza pelican_config correctamente. Utilice la versión disponible en Debian. habrá un archivo "binary.

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