PelicanHPC Tutorial

07 2010 Michael Creel Universitat Autònoma de Barcelona Puede comprobar si hay versiones más recientes de este documento en http://pelicanhpc.org/Tutorial/PelicanTutorial.html

Contenido
1. 2. 3. 4. 5. Introducción La configuración inicial Ejemplo de software Guardar el trabajo Uso de la secuencia de comandos make_pelican

Introducción
PelicanHPC es un rápido (alrededor de 5 minutos, cuando sabes lo que estás haciendo) los medios de la creación de una informática de alto rendimiento (HPC) de clúster para computación paralela utilizando MPI. Este tutorial ofrece una descripción básica de lo que se PelicanHPC, direcciones de cómo usar las imágenes de CD lanzado a crear un clúster de HPC, y da algunos ejemplos básicos de uso.

Descripción de PelicanHPC
PelicanHPC es una distribución de GNU / Linux que se ejecuta como un "live CD" (también se puede poner en un dispositivo USB, se puede arrancar desde una partición del disco duro, o puede ser utilizado como un sistema operativo virtualizado). Si el archivo de imagen ISO se quema en un CD, el CD resultante puede usarse para arrancar el ordenador. El equipo en el que se inicia PelicanHPC se conoce como el "nodo de interfaz". Es el equipo con el que interactúa el usuario. Una vez PelicanHPC se está ejecutando, un guión "pelican_setup" - se puede funcionar. Este script configura el nodo frontend como un servidor de arranque en red. Después de esto se ha hecho, otros equipos pueden tener las copias de arranque de PelicanHPC través de la red. Estos otros equipos se conocen como "nodos de cómputo". PelicanHPC configura el grupo formado por el nodo frontend y los nodos de cómputo, para que basados en la computación paralela MPI-se puede hacer. Un "Live CD", como PelicanHPC por defecto no utiliza los discos duros de cualquiera de los nodos (excepto el espacio de intercambio de Linux, si es que existe), por lo que no va a destruir o alterar su sistema operativo instalado. Cuando el clúster PelicanHPC se cierra, todos los equipos están en su estado original, y se iniciará de nuevo en lo que los sistemas

operativos están instalados en ellos. PelicanHPC opcionalmente se puede hacer para utilizar espacio de disco duro, por lo que su estado puede ser preservada a través de las botas. Puede ser configurado para que arranque sin intervención de usuario, con posibilidad de acceso por ssh. También existe la posibilidad de hacer el cálculo de arranque nodos utilizando Wake-on-LAN. Con estas características opcionales más avanzados, PelicanHPC se puede utilizar para ejecutar un grupo permanente sin cabeza. PelicanHPC se hace usando Debian GNU / Linux como base, a través de la de Debian del sistema. Es producido mediante la ejecución de un script único mediante el comando "make_pelican sh". Versiones personalizadas de PelicanHPC, por ejemplo, que contiene paquetes adicionales, se puede hacer fácilmente mediante la modificación de la secuencia de comandos script.The make_pelican make_pelican y los paquetes necesarios se proporcionan en PelicanHPC, para que pueda construir una imagen personalizada utilizando las imágenes proporcionadas. También puede ejecutar make_pelican de cualquier distribución GNU / Linux.
Características
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El nodo de interfaz puede ser un ordenador real arrancado con un CD o un dispositivo USB, o una máquina virtual que se inicia con el archivo de imagen de CD. Con esta última opción, PelicanHPC se puede utilizar en el momento mismo que el ambiente de trabajo normal, que puede ser cualquiera de los sistemas operativos comunes. Los nodos de cómputo son normalmente los equipos reales, para un máximo rendimiento, pero también puede ser virtual. Apoya base de cálculo paralelo MPI Fortran usando (77, 90), C, C + + y GNU Octave. Ofrece la Open MPI aplicación del MPI. Clúster puede cambiar el tamaño para agregar o quitar nodos con el "pelican_restarthpc" comando. Fácilmente extensible para añadir paquetes. También fácilmente modificables, ya que la imagen de CD PelicanHPC se crea con un único guión que se basa en el de Debian del sistema. Por esta razón, la versión distribuida es básico y ligero. Existen versiones para 32 bits CPU (Pentium 4, Core, Sempron) y para 64 bits CPU (Opteron, Turion, Core 2, etc) Contiene software de ejemplo: Linpack HPL (ahora en versión 2.0) y extenso ejemplos de referencia que utilizan GNU Octave . También ha mpi4py .

Limitaciones y exigencias
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Los nodos de cómputo debe iniciarse en la red. Esta es una opción que ofrece todos los modernos dispositivos de red suministrado con las placas base, pero a menudo deben estar habilitadas en la configuración del BIOS. Que pueda, y darle una mayor prioridad que arranque desde el disco duro o de otras fuentes. Si usted tiene una tarjeta de red que no hará arranque en red, es posible evitar este uso de rom-o-matic . Un grupo PelicanHPC está diseñado para ser utilizado por una sola persona.

Ponga el CD en el equipo que será el interfaz. El guión es licencia GPL v3. Por ejemplo. Al arrancar. etc. para configurar la interfaz como un servidor. La configuración inicial Los dos comandos principales para la administración de la agrupación son "pelican_setup". usted tiene la oportunidad de entrar en las opciones para configurar las asignaciones de teclado. para evitar conflictos con otros servidores DHCP. La interfaz y todos los nodos de cómputo deben ser conectados en red. pueden llegar a ser molesto. si pulsa <Tab>. o especiales "cheatcodes" para el arranque de CD en el hardware problemático. que se utiliza para agregar o quitar nodos después de la instalación inicial. verás algo como lo siguiente. . o simplemente pulse <Intro> para arrancar con la configuración predeterminada. así que asegúrese de aislar la red que se utiliza para el clúster de otras redes. Si inicia la entrega de direcciones IP a los compañeros de trabajo sus equipos. Cualquiera de explorar las opciones. La imagen del CD resultante contiene el software de la Debian distribución de GNU / Linux. destacando la línea de ayuda y presionando <Intro> o editar las opciones por <Tab> urgentes. Esta libertad PelicanHPC imágenes de CD se distribuye con la esperanza de que sea útil. puedo conseguir un teclado en español por <Tab> presionando y luego agregó que "keyb = es" a la configuración predeterminada. puede usar uno para conectarse al clúster y otro para conectarse a Internet. la exportación NFS / home. Si el nodo frontend tiene múltiples interfaces de red. El resto de lo que explica cómo funciona esto.Licencias y Responsabilidad PelicanHPC es una imagen de CD producido mediante la ejecución de un script (ver más abajo). incluso sin la garantía implícita de COMERCIALIZACIÓN o IDONEIDAD PARA UN PROPÓSITO PARTICULAR. Asegúrese de que la configuración de la BIOS permite arrancar desde el CD. pero SIN NINGUNA GARANTÍA. y "pelican_restarthpc". y vuelva a encenderlo. que está sujeto a las licencias elegido por los autores de dicho software. IMPORTANTE: el nodo frontend actuará como servidor DHCP. En este caso.

Una vez que arranque. con el tiempo que se ve: .

De forma predeterminada. pero tiene el inconveniente de que el trabajo que hace desaparece al apagar el clúster. etc) que tiene un formato ext2 o ext3. el directorio no ser eliminado. basta con pulsar <Intro>. que será montado en / home. y PelicanHPC no modifica ninguno de los equipos que se utilizan en el clúster. puede reemplazar "RAM1" con "sda2" o "hdb5" (sin comillas). usted no necesita esta función. usted puede escribir el nombre de un dispositivo (partición de disco duro. un directorio de "usuario" se creará en la raíz del dispositivo especificado. unidad USB. Para la experimentación casual. por lo que NO SE HACEN GARANTÍAS QUE NO DESTRUIR TU DISCO DURO. Si usted tiene alguna duda acerca de esto.Esta pantalla le da la oportunidad de utilizar un dispositivo de almacenamiento permanente para el directorio / home del usuario PelicanHPC. Si se cierra el grupo. Es imposible probar esta función en todas las configuraciones de hardware posibles. pero por defecto. y se puede volver a utilizarse cuando se reinicia PelicanHPC. si usted sólo tiene que pulsar <Intro>. Para utilizar el almacenamiento permanente. y se utilizará como el directorio home del usuario de racimo (nombre de usuario "usuario"). Por ejemplo. . los discos duros no se utilizan. Esto es seguro y fácil. Copia de seguridad de sus datos antes de intentar cualquier cosa. Si usted hace esto. Esta función se proporciona para su conveniencia para los usuarios avanzados.

a menos que se vuelvan a utilizar el trabajo que ha guardado en una sesión anterior. se le pedirá que cambie la contraseña por defecto: .A continuación. A continuación. podrás ver Usted probablemente querrá elegir "sí".

Usted debe de retroceso para eliminar el defecto y escriba una nueva contraseña. Por último. todos ustedes son arranca y aparece la entrada del sistema: . también. Esta será la contraseña para el usuario "usuario" en el nodo frontend y en todos los nodos de cómputo.

.Escriba el nombre de usuario "usuario" y luego la contraseña que ha establecido hace un momento.

A continuación. Para configurar un clúster. sólo para evitar posibles problemas con el hardware de gráficos inusual. Usted puede hacer esto desde la consola como en estas instrucciones. o de Xfce mediante la apertura de un terminal. PelicanHPC utiliza la consola. escriba "pelican_setup". suponiendo que usted tiene más de un dispositivo de red: . vemos lo siguiente.Ahora que se registran en: Tenga en cuenta que puede entrar en el enterface gráfico Xfce si decide por escribir "startx". De forma predeterminada.

Usted debe asegurarse de que el dispositivo de red que se utiliza para el clúster está aislado de todas las redes. Configuración de un servidor dhcp PelicanHPC te meten en problemas con la red de administradores de tu si lo hace en una red abierta.Después de elegir el dispositivo de red. Por favor. los servicios deben iniciarse. excepto el grupo. seleccione "sí". . lea la advertencia en la siguiente captura de pantalla. Cuando vea la siguiente pantalla.

. y salir a su vez en los nodos de cómputo.A continuación verá Pulse entrar.

verá este genio por: Cuando un nodo de cómputo se realiza el arranque. suponiendo que tiene un monitor: . puedes encontrar esto.Cuando uno empieza a calcular el nodo de arranque de red.

De vuelta en el nodo frontend. verá lo siguiente: Una vez que un nodo ha arrancado. la cuenta sube: .

Si sus anfitriones tienen velocidades diferentes. Puede cambiar el tamaño del clúster (agregar o quitar nodos de cómputo) siempre que lo desee. probablemente debería eliminar el nodo frontend de los cálculos. Este software no está disponible en los nodos de cómputo. debe modificar este archivo y re-lamboot (si el uso del MELA). Algunos otros consejos: y y y y y puede agregar software para el nodo frontend con "apt-get install lo que sea". Esto se explica (un poco) a continuación. si necesita de otros paquetes. el número de núcleos. mediante la ejecución de "pelican_restarthpc". ksysguard está disponible. . quisiera establecer su propia contraseña por defecto. eso es todo. Bueno. Para agregar software para que esté disponible a todos los nodos. debe estar instalado en algún lugar de / home / usuario. verás algo como lo siguiente. Una vez que haga clic en Sí. suponiendo que la interfaz cuenta con una red segunda tarjeta que ha configurado para permitir el acceso a Internet. etc. dependiendo de cuántos nodos que tiene. Ver este mensaje para obtener información general sobre la manera de hacerlo. Este asigna clasificaciones a los anfitriones en una forma de round robin. entonces usted puede hacer su propia versión muy fácilmente usando el script make_pelican que está disponible en la página de inicio PelicanHPC.No dejan de golpear "no" hasta que todos los nodos de cómputo han arrancado. el grupo está listo para usar. MPI la configuración por defecto está en el archivo / home / usuario / tmp / bhosts. Tenga en cuenta cómo me escriba "lamnodes" para comprobar que realmente funcionaba. pero los nodos de cómputo son reales. Si el nodo frontend es virtual. y una pequeña cantidad de esfuerzo que se convierten en un monitor de clúster agradable.

el cambio de la red del clúster. etc Varios usuarios no necesitan para explorar. Este archivo contiene los interruptores de opciones avanzadas que permiten realizar acciones como el uso de almacenamiento permanente. el arranque sin intervención del usuario. Volver al índice Ejemplo de software PelicanHPC tiene el Linpack HPL de referencia.IMPORTANTE: En la home / usuario de la guía / es el archivo pelican_config. Econometría es un campo de estudio que aplica los métodos estadísticos a los modelos económicos. Wake-on-LAN. Es auto-documentado. incluyendo algunos de computación paralela sobre: . y algunos ejemplos de la amplia el campo de la econometría que el uso de GNU Octave . pero la gente quiere que un grupo permanente debería verlo. El software está en el directorio Econometría: No es un documento "econometrics.pdf" que tiene una gran cantidad de información.

. escribe "octava" y luego "kernel_example" (por favor.Abre un terminal. por favor. maestro): . tenga en cuenta que subrayar de nuevo allí. la música ..

.

.et viola! algunas fotos: Esa última imagen de pantalla y muestra el resultado de kernel_example. Para ver cómo funcionan en paralelo. por lo que debe especificar al menos dos filas de MPI.m si se ejecuta en serie. NOTA las rutinas del núcleo no hacer cálculos en el rango 0 (se utiliza para recoger los resultados). con un solo núcleo. vea la siguiente fotografía:.

las imágenes PelicanHPC poner / home / usuario en un disco de memoria que desaparece al apagar. utilizando un dispositivo USB. si desea volver a utilizarlo. tales como montar un disco duro.Otras cosas a tratar son "bfgsmin_example". vaya editar el archivo correspondiente para obtener más información acerca de lo que hace. "mle_example". etc Si usted tiene una conexión a Internet configurado. Para saber si el código es. mientras que en Octave. puede enviarlo por correo electrónico a ti mismo. O. el tipo de "ayuda mc_example". Tendrá que guardar su trabajo entre períodos de sesiones. Volver al índice Guardar el trabajo De forma predeterminada. como se ilustra en la siguiente fotografía: . "gmm_example". por ejemplo. mientras que en Octave. A continuación. "mc_example" y algunos otros me estoy olvidando. escriba "editar bfgsmin_example" (o editar lo que quieras) y el archivo se encuentra en la ruta de octava se abrirá en el editor vim. Hay muchas opciones.

además de algunos paquetes que uso en mi investigación y la . usted tiene la opción de seleccionar un dispositivo de almacenamiento para su uso. para que su trabajo se guarda entre sesiones sin tomar ninguna medida especial. y yo recomendamos encarecidamente que dedique una partición de disco duro para su uso con PelicanHPC. También existe la opción de montar automáticamente un volumen que tiene un nombre especial. Esta es una característica para los usuarios avanzados. Ver pelican_config en / home / usuario. Esta es la mejor solución para los usuarios que quieran utilizar PelicanHPC sobre una base a largo plazo. Esta característica ha sido probado con un conjunto muy limitado de equipos. Volver al índice Uso de la secuencia de comandos make_pelican Las imágenes ISO distribuidos proporcionar un clúster de configuración del sistema al descubierto los huesos. a fin de utilizarlo con precaución.Si utiliza PelicanHPC para un trabajo serio. debe asegurarse de que una copia de seguridad antes de usarlo con PelicanHPC! ext2 y ext3 en formato Sólo se sabe que funcionan. Si utiliza una partición con otros datos sobre él. es muy conveniente para montar un dispositivo de almacenamiento para utilizar como / home. Al arrancar el nodo interfaz.

cuando haya terminado. habrá un archivo "binary. Utilice la versión disponible en Debian. "hombre lh_config" y "lh_build hombre" le dará la información. es posible dar a todos los nodos del clúster de acceso a Internet a través de la conexión del nodo de interfaz. muchos usuarios encontrarán que Pelican no contiene los paquetes que necesitan. PelicanHPC es producido mediante la ejecución de un script único "make_pelican". es de esperar computadora multi-núcleo. También es necesario y rsync paquetes debootstrap.. ayuda a construir la imagen de una forma rápida. Sin embargo. Sin embargo. Si uno utiliza pelican_config correctamente.iso" en el . Asimismo. eche un vistazo en que antes de intentar utilizar make_pelican. / <arquitectura> directorio / frontend. Hay algunos ejemplos tomados de mi trabajo. Añadir los paquetes que necesita para la sección de lista de paquetes. ya que make_pelican es un script que ofrece una configuración específica para el sistema Live de Debian de la construcción de una imagen de CD en vivo. es muy fácil de hacer una versión personalizada de Pelican requisitos.docencia. Información adicional se encuentra en http://debianlive.debian. el vivir a la generación de paquetes. Además. Incluso puede utilizar una máquina virtual en Windows. ya que una gran cantidad de paquetes que se deban descargar. Deb.alioth. o para las personas interesados en la econometría. y también como código fuente para su uso con otras distribuciones. recuerda que "el hombre vive-ayudante". / es la ubicación de la secuencia de comandos make_pelican y <arquitectura> es o i386 o amd64. El: y y y y y y una versión instalada de GNU / Linux. de modo que los paquetes pueden ser simplemente añadido a partir de "apt-get". que está disponible en la página de descarga . Tenga en cuenta que usted puede elegir una contraseña diferente aquí. que contiene algunos comentarios se explica por sí mismo. donde . Si tiene los requisitos previos para ejecutar el script. Las partes del proceso de construcción son en paralelo y se aprovechará de múltiples núcleos.. para que pueda construir una versión personalizada con la libertad son de la versión. que pueden ser de interés para los que aprenden los conceptos básicos de MPI. Hay un manual para Debian Live . Esta información es la documentación principal. Por favor. Los requisitos previos están instalados en PelicanHPC. Está disponible como un archivo. Esto puede ser una instalación mínima en una cárcel chroot si lo prefiere para ejecutar algo más de su trabajo normal. tiene que ejecutar el script make_pelican como usuario root.org/ . según en el que dejó sin comentar en el guión. El tiempo de construcción para la configuración por defecto en un ordenador portátil de doble núcleo decente con mucha memoria RAM es de aproximadamente media hora. Una conexión rápida a Internet es útil. y también en las imágenes en libertad. si usted es un usuario de Windows. examinar la secuencia de comandos make_pelican. . algunos usuarios prefieren tener una versión de atención al cliente al de la imagen del CD.

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