Lo primero que hacemos es ingresar al cmd, ubicarnos en nuestra memoria (en mi c

aso G:) solo bastara con colocar G:/ o cualqiera q sea la letra de nuestro u
sb , y escribir el siguiente comando
Attrib /d /s -r -h -s *.*
Attrib: Para visualizar o modificar atributos
/d: Para poder procesar carpetas
/s: Para poder procesar subcarpetas
-r: Quitar atributos de solo lectura
-h: Quitar atributos de oculto
-s: Quitar atributos de sistema
*.*: Para archivos de cualquier nombre, con cualquier extension

O tambien podrias probar con

G:\>attrib a s h r /S /D

Y ahora si en tu flash USB ya aparecen todas las carpetas que tenia, y los virus

Luego si a desinfectar, y a borrar los accesos directos !!!