abrimos C:\WINDOWS\system32\cmd.

exe con boton derecho/ejecutar como administrado

r.
Una vez en el símbolo del sistema escribimos:
diskpart
list disk
-NOTA: fijaros que numero es el pendrive mirando los GB de este y no metais la p
ata porque lo vais a formatear.
select disk (numero de tu pendrive sin los parentesis)
clean
create partition primary
format fs=NTFS quick
assign
exit
-NOTA: Si el pen tiene 4GB o menos podeis poner fs=fat32 ó fs=fat
...Y ya está, arreglado.