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Reparación del DNA

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Mecanismos de reparación del DNA

Reparación reversa directa (direct reversal of damage)
‡Lectura de prueba de la DNA polimerasa ‡Reparación de fotodímeros por fotoliasas ‡ Escisión de grupos alquilo por alquil-transferasas.

Reparación por escisión
‡Escisión de base (BER) ‡Escisión de nucleótido (NER)

‡Reparación por apareamiento incorrecto (mismatch repair)

Reparación por recombinación
‡Recombinación homóloga ‡Unión de extremos no homólogos

Mecanismos de reparación del DNA
Las células vivas han evolucionado una serie de sistemas enzimáticos que reparan los daños del DNA en una forma muy variada. La baja tasa de mutación que existe es un indicativo de la eficiencia de éstos sistemas de reparación La falla de éstos sistemas conduce a un incremento en la tasa de mutación. Un número de enfermedades humanas son causadas por defectos en la reparación del DNA. En éste módulo examinaremos como la célula integra éstos sistemas de reparación en una estrategia global para reparar el DNA.

Subdiviciones del sistema de reparación
Los sistemas de reparación se pueden subdividir en:
‡ Reparación reversa directa ‡ Reparación por escisión ‡ Reparación por recombinación

Reparación reversa directa (direct reversal of damage)
Lectura de prueba de la DNA polimerasa Reparación de fotodímeros por fotoliasas Escisión de grupos alquilo por alquil-transferasas.

en algunos casos es posible. regenerando la base normal La reversión no es siempre posible ya que algunos daños son irreversibles Sin embargo. por ejemplo.Reparación reversa directa La forma más fácil de reparar un daño es revertirlo directamente. fotodímeros causados por luz UV . de ésta manera.

Reparación reversa directa: lectura de prueba de la DNA polimerasa Si los nucleótidos correctos son incorporados en el término 3´-OH la cadena permanece el el sitio Pol. la cadena se transfiere a la unidad catalítica Exo. Cuando hay un nucleótido mal incorporado. .

.Reparación reversa directa: fotoliasas El fotodímero ciclobutano de pirimidina se puede reparar por una fotoliasa que se ha encontrado en bacterias y en eucariontes menores pero no en humanos. Esta enzima se une al fotodímero y lo separa en presencia de luz visible. Esta enzima no opera en la obscuridad en cuyos casos se utilizan otras rutas para reparar el daño de UV.

Remueven ciertos grupos alquilos que han sido unidos a la posición O-6 de guanina.Reparación reversa directa: alquiltransferasas Las alquil-transferasas también son enzimas que reparan directamente la lesión. . por ejemplo por metanosulfonato (EMS) Esta enzima transfiere el grupo metilo de metil-guanina O-6 a un residuo de cisteína en la proteína.

Reparación por escisión BER: procariontes BER: eucariontes NER: procariontes NER: eucariontes .

Reparación por escisión El sistema general de reparación por escisión rompe un enlace fosfodiéster en ambos lados de la lesión en la misma cadena resultando en la escisión de un oligonucleótido. Esto deja un espacio en la cadena que es reparado por medio de síntesis de DNA y ligado con ligasa En procariontes se remueven de 12 a 13 nucleótidos mientras que en eucariontes de 27 a 29 nucleótidos son eliminados .

hidrólisis y desaminación. el cual pudo haber sido causado por: alquilación. En el humano existen alrededor de 40 genes que participan en esta vía de reparación. . oxidación.Reparación por escisión Repara daños ocasionados en un simple nucleótido.

Existen varios mecanismos de reparación por escisión Reparación por escisión de bases (BER: base escision repair) Reparación por escisión de nucleótidos (NER: nucleotide escision repair) Reparación de bases mal apareadas (mismatch repair) .

Método de reparación por escisión de base (BER) .

Reparación por escisión de bases (BER) La reparación por escisión de bases se lleva a cabo por DNA glicosilasas que generan un corte N-glucosídico entre el azúcar y la base. . Que son reparados por la ruta de AP endonucleasas específicas. de ésta manera liberando las bases dañadas y resultando en sitios apúrinicos o apirimídicos (AP).

. quedando el azúcar sin la base (sitio AP) Una endonucleasa realiza un corte Una exonucleasa libera el segmento de DNA dañado.Método de reparación de BER Formación de un hueco apurínico apirimídico Una glicosilasa rompe el enlace glicosílico. Una polimerasa sintetiza una cadena nueva de DNA Una ligasa sella el enlace fosfodiéster.

Glicosilasas Deaminación de citosina y 5-metilcitosina Existen numerosas DNA glicosilasas La uracilo-DNA glicosilasa remueve uracilo del DNA que resultan de la deaminación de la citosina y que pueden conducir a una transición C»T si el daño no se repara La maquinaria de reparación reconoce fácilmente el uracilo ya que ésta no es una base del DNA .

.. que corta la cadena azúcar-fosfato) polimerasa que faltaba) (que introduce el nucletido      la ligasa (que sella el corte). el reparosoma. que elimina el uracilo). formado por cuatro proteínas que actúan concertadamente: UDG (Uracil-DNA glicosilasa. Reparación por escisión de bases (BER) en humanos En cada célula humana se generan diariamente unos 10000 sitios AP que son reparados por una máquina proteica. HAP1 o APE1 (AP endonucleasa.

Método de reparación por escisión de nucleótido (NER) .

. Reparación por escisión de nucleótido (NER) Proceso similar al de reparación por escisión de base excepto. como en el humano. como los ocasionados por dímeros de pirimidina Un ejemplo de éste mecanismo de reparación es el sistema UvrABC endonuclease en E. . Reconoce una amplia variedad de daños que distorsionan la molécula de DNA. en que éste no es precedido por una remoción selectiva de bases y porque se elimina un segmento de polinucleótidos más largo (2-30 bases). coli. Proporcionan un medio para reparar los dímeros de pirimidinas para aquellos organismos que no cuentan con un sistema de fotorreactivación.

UvrBa ambos lados de la región dañada.Método de reparación del DNA por escisión (NER)... 2.. coli (complejo enzimático uvrABC) 1. en E.El segmento cortado es removido como 4.. 4.EL gap es reparado por la acción de la 5.Liberación del UvrA que provoca la unión de UvrC a UvrB 3.DNA polimerasa I y sellado por la ligasa .Unión del complejo multienzmático UvrAB (trimero: 2 UvrA y 1 UVrB) al DNA dañado..El dímero UvrB-C corta el polinucleótido 3.un oligonucleótido y se libera UvrB y UvrC 5.

Existen dos sub-rutas que difieren únicamente en el reconocimiento del daño Reparación global del genoma Acoplado a transcripción Desnaturalización del DNA Corte en 3´ Corte en 5´ escisión síntesis Factores replicación .Modelo para la reparación de nucleótidos por escisión (NER) en mamíferos.

PCNA = factores de transcripción que actúan con el sistema de reparación .REPARACIÓN POR ESCISIÓN DE NUCLEÓTIDOS EN MAMÍFEROS XPC= detección inicial XPA= reconocimietno daño XPB y XPD= desenrrollan la doble helice XPG y XPF= rompen cadena Factores replicación TFIH. RF-C. RPA.

Enzimas involucradas en NER en el humano 3 5 Human enzyme XPA XPB XPC XPD XPF XPG ERCC1 Function Damage recognition Helicase DNA binding (initial damage detection) Helicase endonuclease endonuclease Dimer with XPF XPA y XPG están relacionados con la enfermedad xeroderma pigmentosum (XP). .

.Xeroderma pigmentosum Se presenta por una mutación en uno de los genes de las proteínas participantes en la reparación por escisión de nucleótido (XPA-XPG) (XPALos afectados presentan una hipersensibilidad a la luz ultravioleta por lo que sufren muchas mutaciones que llegan a producir cáncer de piel.

Reparación por apareamiento incorrecto (mismatch repair) .

.Reparación por apareamiento incorrecto Este sistema reconoce errores después de la replicación. El mecanismo radica en tres pasos ‡ Reconocimiento de las bases mal apareadas ‡ Determinar que base es la incorrecta ‡ Escisión de la base incorrecta y reparación.

Una vez encontrado el ³mismatch´ el sistema de reparación corta el polinucleótido de la hebra hija donde esta el error y polimeriza el ³gap´ en forma similar a la de reparación de excision de nucleótidos. G or T que están mal apareados y son iguales a cualquier otro nucléotido. . Los sistemas de reparación por escición NO corrigen los nucleotidos mal apreados porque éstos no son nucleótidos anormales. nucleótidos. son A. nucléotido. . C.Reparación por apareamiento incorrecto de bases (Mismatch repair MMR) Este sistema repara errores que escapan del ³proofreading´ .

replicación. mientras que la cadena parental tiene la secuencia correcta. Como sabe el sistema de reparación cual es cual? La discriminación se basa en el grado de metilación de las cadenas. que funciona inmediatamente después de la replicación. correcta. metilada. secuncias GATC se metilan en la A. porque ésta es la que se acaba de sintetizar y es la que tiene el error. Las cadenas.. pero esto no se realiza en forma inmediata despues de la replicación. coli. por lo que la cadena hija recién sintetizada no esta metilada. El sistema más conocido es el mutLHS de E. . Reparación por apareamiento incorrecto de bases La reparación debe de efectuarse en la cadena hija.

.¿Como reconoce el sistema cuál es la base incorrecta? En bacterias la adenina en la secuencia CTAG está metilada. la adenina se tarda un poco en ser metilada. El sistema reconoce ésta cadena por la falta de metilación de la adenina y así reconoce la base mal incorporada. Después de la replicación.

Mut S se une al sitio de apareamiento incorrecto. coli Mut H se une a la secuencia hemimetilada GATC al sitio incorrecto de apareamiento.Modelo de reparación del apareamiento incorrecto por el sistema MutHLS de E. Posteriormente. la unión de Mut L activa la actividad exonucleasa de MutH que corta un segmento de la cadena hija conteniendo la mutación. La síntesis de DNA seguido por el ligamiento es llevado a cabo por DNA polimerasa y ligasa respectivamente. .

coli. oPosteriormente con la participación de la DNA polimerasa y ligasa cierra el gap.Modelo de reparación del apareamiento incorrecto mismatch en eucariontes oEste sistema de reparación es similar al de E. se diferencia en que la cadena recién sintetizada se distingue de la parental en que ésta contiene strand breaks oMutS y MutL se unen a la sección por Reparar lo que activa la acción de una helicasa y una exonucleasa. . eliminando La sección dañada.

. Las células deficientes en MMR tienen índices de mutación de 100-1000 veces más alto que las normales. 100por lo que se incrementa el riesgo de desarrollar cáncer. las mutaciones en las proteínas involucradas en MMR (MutS and MutL) se asocian con el cáncer colorectal hereditario. En humanos. cáncer.Deficiencia en la reparación por apareamiento incorrecto de bases.

Reparación por recombinación .

Reparación por recombinación (doble cadena) Recombinación homóloga Unión de extremos no homólogos ** Se realiza después de la replicación .

Reparación por recombinación homóloga En los sistemas de reparación de reversa directa y de escisión corrigen DNA dañado antes de la replicación de tal manera que se utiliza la cadena no dañada como templado.. Sin embargo. en la reparación por recombinación homóloga se requiere la presencia de una secuencia idéntica o cercanamente idéntica como templado para reparar el daño. . Esta vía utiliza la cromátida hermana recién sintetizada como templado. La maquinaria enzimática utilizada en este proceso es muy parecida a la utilizada en el entrecruzamiento de cromosomas durante la meiosis. ej: una copia idéntica que esta ligada a la dañada a través del centrómero.

Se forman dos moléculas hijas. una de ellas esta completa. pero la otra tiene una región no apareada contiene el dímero . Durante la replicación el sistema se salta el dímero.Reparación por recombinación homóloga dímero de timidina No ha sido reparado por Escisión.

Sin embargo puede ser reparado mediante un sistema de recombinación con una cromátida del cromosoma homólogo.¿Como se puede reparar este daño?  Este daño no se puede reparar por los sistemas usuales de reparación. Actúa la proteína RecA que cataliza el intercambio o entrecruzamiento entre la molécula dañada y la sintetizada correctamente. pero éste se puede llenar por medio de la polimerasa y ligasa . pero puede repararse por el sistema de escisión. Los segmentos de la cadena donde se cruzan se unen con la ayuda de una proteína llamada RUv molécula hija que aún tiene al dímero. molécula con un hueco.

Unión de extremos no homólogos (rompimientos de doble cadena) .

Esto resulta en translocaciones que pueden resultar en problemas muy serios. Las radiaciones ionizantes son la causa principal de los rompimientos de doble cadena. éstos se pueden reparar ya sea ‡ uniendo los extremos rotos de dos cromosomas diferentes. ‡ O uniendo los extremos del mismo cromosoma lo que puede resultar en pérdida de varios pares de bases en el sitio de unión. .Mecanismo de reparación por la unión de extremos de cromosomas no homólogos por rompimiento en la doble cadena Cuando existen rompimientos de doble cadena.

Los extremos 5´no apareados son eliminados y el daño es reparado con pérdida de varios pares de bases en el sitio de unión . Las proteínas Ku forman una región de sinapsis en la cual los extremos rotos se translapan.Mecanismo de reparación por la unión de extremos de cromosomas no homólogos por rompimiento en la doble cadena Se unen a los extremos la proteína Ku y una quinasa. Ku separa los extremos con su acción helicasa exponiendo regiones homólogas las cuáles se aparean.

SOS repair Error prone repair .

SOS: mecanismo inducible de reparación del DNA Se expresa cuando el daño al DNA es muy intenso Introduce bases al azar en el segmento dañado de DNA El organismo lo utiliza como último recurso porque muchas veces constituye otra fuente de mutagénesis .

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