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TEMA 8: PROTENAS.
1.-INTRODUCCIN.
El trmino protena deriva del griego "proteos" (lo primero, lo principal) y habla de
su gran importancia para los seres vivos. La importancia de las protenas es, en un primer
anlisis, cuantitativa: constituyen el 50% del peso seco de la clula (15% del peso total) por
lo que representan la categora de biomolculas ms abundante despus del agua.
Sin embargo su gran importancia biolgica reside, ms que en su abundancia en la
materia viva, en el elevado nmero de funciones biolgicas que desempean, en su gran
versatilidad funcional y sobre todo en la particular relacin que las une con los cidos
nucleicos, ya que constituyen el vehculo habitual de expresin de la informacin gentica
contenida en stos ltimos.

2.-COMPOSICIN DE LAS PROTENAS.

Desde el punto de vista de su composicin elemental todas las protenas contienen
carbono, hidrgeno, oxgeno y nitrgeno, mientras que casi todas contienen adems azufre
(Cabe resaltar que en azcares y lpidos el nitrgeno slo aparece en algunos de ellos). Hay
otros elementos que aparecen solamente en algunas protenas (fsforo, cobre, zinc, hierro,
etc.).
Las protenas son biomolculas de elevado peso molecular (macromolculas) y
presentan una estructura qumica compleja. Sin embargo, cuando se someten a hidrlisis
cida, se descomponen en una serie de compuestos orgnicos sencillos de bajo peso
molecular: los aminocidos. Este rasgo lo comparten las protenas con otros tipos de
macromolculas: todas son polmeros complejos formados por la unin de unos pocos
monmeros o sillares estructurales de bajo peso molecular. Existen 20 -aminocidos
diferentes que forman parte de las protenas.
En las molculas proteicas los sucesivos restos aminocidos se hallan unidos
covalentemente entre s formando largos polmeros no ramificados. El tipo de enlace que los
une recibe el nombre de enlace peptdico. Las cadenas de aminocidos de las protenas no
son polmeros al azar, de longitud indefinida, cada una de ellas posee una determinada
composicin qumica, un peso molecular y una secuencia ordenada de aminocidos.

3.-CLASIFICACIN DE LAS PROTENAS.

Las protenas se clasifican en dos clases principales atendiendo a su composicin. Las
protenas simples u holoprotenas son las que estn compuestas exclusivamente por
aminocidos. Las protenas conjugadas o heteroprotenas son las que estn compuestas por
aminocidos y otra sustancia de naturaleza no proteica que recibe el nombre de grupo
prosttico. Las protenas conjugadas pueden a su vez clasificarse en funcin de la naturaleza
de su grupo prosttico. As, se habla de glucoprotenas, cuando el grupo prosttico es un
glcido, lipoprotenas cuando es un lpido, metaloprotenas cuando es un ion metlico,
fosfoprotenas cuando es un grupo fosfato, etc.

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Otro criterio de clasificacin de las protenas es la forma tridimensional de su
molcula. Las protenas fibrosas son de forma alargada, generalmente son insolubles en agua
y suelen tener una funcin estructural, mientras que las protenas globulares forman
arrollamientos compactos de forma globular y suelen tener funciones de naturaleza dinmica
(catalticas, de transporte, etc).

4.-TAMAO DE LAS MOLCULAS PROTEICAS.

Las protenas presentan tamaos moleculares muy variables (desde unos pocos miles
de daltons a ms de un milln) (ver Figura 8.1). Algunas protenas estn formadas por una
sola cadena de aminocidos, mientras que otras, llamadas protenas oligomricas, estn
formadas por varias cadenas individuales denominadas protmeros o subunidades. Se ha
podido comprobar que en la mayor parte de los casos las cadenas individuales de
aminocidos presentan pesos moleculares que oscilan entre los 12.000 y los 36.000 daltons,
lo que se corresponde con una longitud de entre 100 y 300 restos aminocidos. Sin embargo
existen molculas proteicas ms pequeas como la insulina (51 aminocidos y 5.700 daltons)
y mucho ms grandes como la apolipoprotena B, una protena transportadora de colesterol,
con 4.536 aminocidos y 513.000 daltons, que representa la cadena individual de
aminocidos ms grande conocida hasta la fecha. Las protenas de mayor tamao estn
formadas invariablemente por varias cadenas de aminocidos.

5.-AMINOCIDOS: LOS SILLARES ESTRUCTURALES.

5.1.-CONCEPTO.

Los aminocidos son compuestos orgnicos que poseen un grupo carboxilo y un grupo
amino. Pueden ser , , , ....aminocidos, segn el grupo amino est unido

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respectivamente al primero, segundo, tercero, cuarto... tomo de carbono contando a partir del
tomo de carbono del grupo carboxilo. En la naturaleza existen distintos tipos de aminocidos
que desempean diferentes funciones, sin embargo, los aminocidos que forman parte de las
protenas son todos ellos -aminocidos.
Existen 20 -aminocidos diferentes que forman parte de las protenas. Todos ellos tienen
una parte de su molcula en comn (formada por el tomo de carbono unido a los grupos
amino y carboxilo) y difieren entre s en la naturaleza de la cadena lateral (habitualmente
llamada grupo
R). En la Figura 8.2 aparece la frmula estructural de un -aminocido; en ella "R" representa
la cadena lateral que difiere entre los distintos aminocidos.
5.2.-ESTEREOISOMERA DE LOS AMINOCIDOS.

Los -aminocidos son compuestos quirales. En todos ellos, con la nica excepcin
de la glicocola, el tomo de carbono (el contiguo al grupo carboxilo) es un carbono
asimtrico, es decir, un tomo de carbono unido a cuatro sustituyentes distintos. Debido a esta
circunstancia, cada -aminocido puede existir en dos formas estereoismeras cada una de
ellas con una diferente ordenacin espacial de los cuatro sustituyentes que rodean, en
disposicin tetradrica, al carbono (Figura 8.3). Estas dos formas estereoismeras son
adems enantimeros (imgenes especulares no superponibles una de la otra). La
nomenclatura de las formas estereoismeras de los -aminocidos se establece por convenio
relacionando sus frmulas en proyeccin de Fisher con la de un compuesto de referencia que
es el gliceraldehido. As, la forma D de un aminocido es la que, en la frmula en
proyeccin de Fisher, tiene el grupo amino hacia la derecha (por analoga con el grupo
hidroxilo del D-gliceraldehido), mientras que la forma L es la que lo tiene hacia la izquierda
(ver Figura 8.3). Aunque existen en la naturaleza aminocidos con configuracin D que
desempean diferentes funciones en las clulas, todos los aminocidos presentes en las
protenas presentan configuracin L.
Los -aminocidos, como todos los compuestos quirales, presentan actividad ptica,
es decir, hacen girar en uno u otro sentido el plano de vibracin de la luz polarizada. As,
algunos -aminocidos en disolucin hacen girar dicho plano de vibracin hacia la derecha, y
se dice que son dextrgiros (+), mientras que otros lo hacen hacia la izquierda, y se dice que

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son levgiros (). El carcter dextrgiro o levgiro de un -aminocido es independiente de la
configuracin D o L que presente.
5.3.-COMPORTAMIENTO CIDO-BASE.
Los aminocidos son compuestos slidos, cristalinos, que presentan un punto de
fusin y una solubilidad en agua muy superiores a lo que cabra esperar dado su peso
molecular. Ello se debe a que los aminocidos existen en disolucin, y cristalizan a partir de
las disoluciones, en forma de iones dipolares (Figura 8.4). A pH neutro el grupo carboxilo
cede un protn y queda cargado negativamente y el grupo amino capta un protn y queda
cargado positivamente. As, los aminocidos pueden comportarse como cidos o como bases
segn el pH del medio; se dice que son sustancias anfteras. Existe un valor de pH llamado
punto isoelctrico (pI) para el cual el aminocido est compensado elctricamente (carga
neta = 0).
Las curvas de titulacin de los aminocidos son ms complejas que las de los pares
conjugados cido-base
corrientes. Esto se debe a
que cada aminocido posee
dos grupos funcionales
capaces de aceptar o ceder
protones (amino y
carboxilo), cada uno de los
cuales tiene su propio pK y
comportamiento cidobase
caracterstico. Por otra parte, algunos aminocidos presentan cadenas laterales (R) con grupos
funcionales que son potenciales dadores o aceptores de protones, y que por lo tanto tambin
influyen de manera determinante en sus propiedades cido-base.
El comportamiento cido-base de los aminocidos reviste una gran importancia
biolgica, ya que influye a su vez en las propiedades de las protenas de las que forman parte.
Adems, las tcnicas para separar y analizar los aminocidos componentes de una protena se
basan en gran medida en su comportamiento cido-base.
5.4.-CLASIFICACIN DE LOS AMINOCIDOS.
Existen distintos criterios para clasificar los -aminocidos de las protenas. Sin
embargo, el ms utilizado, dada su relacin con la determinacin de la estructura
tridimensional de las mismas, es el que se basa en la naturaleza polar o no polar, con carga
elctrica o sin ella de su cadena lateral o grupo R. As se distinguen:
a) Aminocidos con grupo R no polar (alifticos y aromticos).
b) Aminocidos con grupo R polar sin carga .
c) Aminocidos con grupo R con carga positiva.
d) Aminocidos con grupo R con carga negativa.
En la Tabla 8.1 se representan las frmulas estructurales de los 20 -aminocidos
presentes en las protenas en las formas inicas en las que aparecen a pH fisiolgico. Todos
los aminocidos tienen, adems de sus nombres sistemticos, nombres simplificados
apropiados para su uso comn, que, en algunos casos, provienen de la fuente biolgica de la

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cual fueron aislados inicialmente; as, la asparagina se encontr por primera vez en el
esprrago, el cido glutmico se aisl del gluten de trigo, la tirosina fue identificada en el
queso (del griego tyros = queso), y la glicocola debe su nombre a su sabor dulce (del griego
glycos = dulce).
Adems de los 20 -aminocidos que son comunes a todas las protenas existen en
algunas de ellas otros aminocidos, denominados aminocidos no estndar. Todos ellos
derivan de alguno de los 20 aminocidos estndar travs de transformaciones qumicas
sencillas que se operan una vez el aminocido de origen ha sido incorporado a la protena.
Entre ellos cabe citar la hidroxiprolina, la N-metil-lisina y la desmosina.
Por otra parte, se han encontrado en las clulas vivas alrededor de otros 300 aminocidos
que desempean diferentes funciones pero que no forman parte de las protenas. Algunos de
ellos presentan configuracin D y no todos son -aminocidos.

6.-EL ENLACE PEPTDICO. LOS PPTIDOS.

Los aminocidos se enlazan para formar protenas mediante enlace peptdico. Los
pptidos son compuestos formados por la unin de aminocidos mediante enlace peptdico.
El enlace peptdico es una unin covalente tipo amida sustituida que se da al reaccionar el
grupo amino de un aminocido con el grupo carboxilo de otro aminocido con
desprendimiento de una molcula de agua (Figura 8.5)

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Cuando dos aminocidos reaccionan para formar un enlace peptdico el compuesto
resultante recibe el nombre de dipptido. Por ser el enlace peptdico una unin "cabeza-cola"
(grupo amino con grupo carboxilo) un dipptido conserva siempre un grupo amino libre, que
puede reaccionar con el grupo carboxilo de otro aminocido, y un grupo carboxilo libre, que
puede reaccionar con el grupo amino de otro aminocido. Esta circunstancia permite que
mediante enlaces peptdicos se puedan enlazar un nmero elevado de aminocidos formando
largas cadenas que siempre tendrn en un extremo un grupo amino libre (extremo amino
terminal) y en el otro un grupo carboxilo libre (extremo carboxi-terminal).
Los pptidos se clasifican segn el nmero de restos de aminocidos que los forman.
As los pptidos formados por 2, 3, 4,.... aminocidos se denominan respectivamente
dipptidos, tripptidos, tetrapptidos... En general cuando el nmero de aminocidos
implicados es menor o igual a 10 decimos que se trata de un oligopptido, cuando es mayor
que 10 decimos que se trata de un polipptido. Es tambin frecuente el uso del la expresin
cadena polipeptdica en lugar de polipptido. Cuando una cadena polipeptdica tiene ms de
100 restos de aminocidos (es un lmite arbitrario y que no hay que tomar al pie de la letra)
decimos que se trata de una protena. Sin embargo hay que tener en cuenta que existen
protenas, llamadas oligomricas, que estn formadas por varias cadenas polipeptdicas, por
lo que los trminos cadena polipeptdica y protena no pueden considerarse sinnimos en
todos los casos.

Aunque en los sucesivo nos ocuparemos fundamentalmente de protenas formadas por

centenares de residuos de aminocidos, es conveniente resaltar que algunos pptidos cortos

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presentan actividades biolgicas importantes. Entre ellos cabe citar algunas hormonas como
la oxitocina (nueve residuos aminocidos), que estimula las contracciones del tero durante el
parto, o la bradiquinina (nueve residuos), que inhibe la inflamacin de los tejidos. Tambin
son dignas de mencin las encefalinas, pptidos cortos sintetizados en el sistema nervioso
central que actan sobre el cerebro produciendo analgesia (eliminacin del dolor). Los
venenos extremadamente txicos producidos por algunas setas como Amanita phaloides
tambin son pptidos, al igual que muchos antibiticos.

7.-PROTENAS: CONFORMACIN TRIDIMENSIONAL.

Las protenas, como ya se dijo anteriormente, no son polmeros al azar de longitud
indefinida, sino que cada una de ellas tiene una determinada composicin en aminocidos y
estos estn ordenados en una determinada secuencia. Hay que aadir a ello que en las clulas
vivas las cadenas polipeptdicas de las protenas no se encuentran extendidas ni plegadas al
azar adoptando estructuras caprichosas o variables, sino que cada una de ellas se encuentra
plegada de un modo caracterstico, que es igual para todas las molculas de una misma
protena, y que recibe el nombre de estructura o conformacin tridimensional nativa de la
protena. Una clara evidencia en favor de esta idea la constituye el hecho de que las protenas
puedan cristalizar, ya que la disposicin ordenada de la materia cristalina slo es posible
cuando las unidades moleculares individuales que componen el cristal son idnticas. Desde
que en 1926 James Sumner consigui obtener cristales del enzima ureasa, centenares de
protenas han sido obtenidas en estado cristalino.

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El plegamiento de una cadena polipeptdica se realiza mediante rotaciones de los
enlaces simples del esqueleto. En principio, los sustituyentes de los tomos que se encuentran
a ambos lados de un enlace simple pueden adoptar infinitas posiciones (conformaciones)
mediante simples rotaciones de dicho enlace. Dado que el esqueleto de una cadena
polipeptdica consta de centenares de enlaces simples, cabra esperar que dicha cadena
pudiera adoptar un nmero elevadsimo de conformaciones diferentes. Sin embargo, existen
una serie de restricciones a la libertad de giro de estos enlaces (la mayora de ellas derivadas
de la interaccin de la cadena polipeptdica con las molculas de agua que la rodean) las
cuales determinan que slo sea posible una conformacin tridimensional estable.
La conformacin tridimensional de una protena es un hecho biolgico de una gran
complejidad: existen distintos niveles de plegamiento que se superponen unos a otros. Debido
a ello, para sistematizar el conocimiento acerca de este fenmeno, se establecen una serie de
niveles dentro de la estructura de la protena que se conocen como estructuras primaria,
secundaria, terciaria y cuaternaria (Figura 8.6). Los continuos avances en la comprensin
de la estructura y el plegamiento de las protenas han hecho necesaria en los ltimos aos la
definicin de dos niveles estructurales adicionales: la estructura supersecundaria y el
dominio.
7.1.-ESTRUCTURA PRIMARIA.
La estructura primaria de una protena es su secuencia de aminocidos, es decir,
vendra especificada por los aminocidos que la forman y el orden de colocacin de los
mismos a lo largo de la cadena polipeptdica. La secuencia de aminocidos de una protena se
escribe empezando por el extremo amino terminal y finalizando por el carboxi-terminal.

Si analizamos en detalle la estructura primaria de una protena (ver Figura 8.7)

observaremos, dado que el enlace peptdico implica a los grupos amino y carboxilo de cada

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aminocido, y que stos estn unidos a su vez al mismo tomo de carbono (C ), el esqueleto
de la cadena polipeptdica es una sucesin montona de estos tres tipos de enlace:
C ------- C carboxlico
C carbox --- N amino(enlace peptdico)
N amino ---- C
Tambin observamos que las cadenas laterales o grupos R de los distintos restos
aminocidos, que no estn implicadas en el enlace peptdico, surgen lateralmente a uno y otro
lado de este esqueleto montono (ver Figura 8.7).
Los estudios realizados acerca de la estructura primaria de protenas procedentes de
diferentes especies de seres vivos revelan que aquellas protenas que desempean funciones
similares en diferentes especies tienen secuencias de aminocidos parecidas entre s. Por otra
parte, se ha comprobado que cuanto ms emparentadas evolutivamente estn dos especies
mayor es el grado de similitud entre las secuencias de aminocidos de sus protenas
homlogas. Estos datos sugieren que debe existir algn tipo de relacin entre la secuencia de
aminocidos y la funcin de las protenas.
7.2.-ESTRUCTURA SECUNDARIA.
La estructura secundaria de una protena es el modo caracterstico de plegarse la
misma a lo largo de un eje. Es el primer nivel de plegamiento, en el que los distintos restos de
aminocidos se disponen de un modo ordenado y repetitivo siguiendo una determinada
direccin. En las protenas fibrosas (aqullas cuyas cadenas polipeptdicas estn ordenadas
formando largos filamentos u hojas planas) las estructuras primaria y secundaria especifican
completamente la conformacin tridimensional; estas protenas no presentan por lo tanto
niveles superiores de complejidad
Fue precisamente en las protenas fibrosas, dada su mayor simplicidad estructural,
donde fue estudiada inicialmente la estructura
secundaria; particularmente en dos tipos de protenas de
origen animal muy abundantes: las queratinas y los
colgenos. Ambas son protenas insolubles que
desempean importantes funciones de tipo estructural en
los animales superiores. Existen dos tipos de queratinas
de diferente dureza y consistencia, las -queratinas (por
ejemplo las que abundan en el pelo o en las uas) y las queratinas (telas de araa, seda, etc.).

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El anlisis de la estructura secundaria de las
protenas fibrosas fue abordado inicialmente
mediante la tcnica de difraccin de rayos X
(basada en la capacidad de los tomos de difractar
los RX en funcin de su tamao). Esta tcnica es
aplicable al anlisis de estructuras cristalinas, sin
embargo, la microscopa electrnica revel que las
protenas fibrosas
presentaban
estructuras repetitivas que eran susceptibles de
anlisis mediante esta tcnica.
Los primeros anlisis de difraccin de rayos
X de las queratinas, realizados por Willian Atsbury
(Figura 8.8)en la dcada de los aos 30,
proporcionaron datos acerca de estructuras que se
repetan con una periodicidad fija a lo largo de sus
cadenas polipeptdicas, siendo estas periodicidades
diferentes segn se tratase de o de -queratinas.
Dado que las cadenas polipeptdicas extendidas no presentan estructuras repetitivas que
puedan dar lugar a estas periodicidades, se concluy que dichas cadenas deban encontrarse
plegadas de un modo regular que era diferente en cada tipo de queratinas. Pocos aos ms
tarde, L. Pauling y R. Corey (Figura 8.9), dos
investigadores norteamericanos, obtuvieron con gran precisin la longitud de estas
periodicidades (0,56 nm en las y 0,70 nm en las -queratinas).

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Por otra parte, aplicando la tcnica DRX a pequeos pptidos (dos o tres residuos
aminocidos) en estado cristalino Pauling y Corey pudieron conocer la estructura ntima del
enlace
peptdico.
Observaron que este enlace
era ligeramente ms corto
de lo que sera un enlace
simple C-N, lo que les
permiti deducir que posea
un carcter parcial de doble
enlace. Ello es debido a que
el
nitrgeno
del
grupo
peptdico
posee un orbital vacante
que
le
permite compartir en
resonancia un par de
electrones del doble enlace
C-O. El carcter parcial
de
doble enlace
impide
que
el
enlace
peptdico
pueda girar sobre s mismo;
los cuatro tomos del grupo peptdico
son coplanares,
estando
el oxgeno y
el hidrgeno en posicin trans (Figura 8.10). Esta falta de libertad de giro supone
una
primera
restriccin en el nmero de conformaciones posibles de la cadena polipeptdica, que estara
entonces constituida por una serie de planos rgidos formados por los diferentes grupos
peptdicos, los cuales podran adoptar diferentes posiciones unos con respecto a otros
mediante giros de los enlaces sencillos que flanquean cada uno de estos planos (ver Figura
8.11).
Pauling y Corey construyeron modelos moleculares de gran precisin (con bolas y
varillas) hasta que encontraron unos que encajaban con los datos experimentales, es decir,
hasta que encontraron modelos que, respetando las restricciones de giro del enlace peptdico,
explicaban las periodicidades obtenidas. A la vista de estos modelos pudieron observar
(suponemos que con gran regocijo) que no slo eran posibles, sino que, de ser reales,
presentaran una gran estabilidad, ya que todos los grupos peptdicos del esqueleto quedaban
colocados en la relacin geomtrica adecuada para poder establecer puentes de hidrgeno
entre ellos, circunstancia esta que proporcionara una gran estabilidad a la estructura.

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Los modelos encontrados fueron denominados respectivamente hlice (que es la

estructura secundaria de las -queratinas) y conformacin (que es la estructura secundaria
de las -queratinas). Con posterioridad se descubri la estructura secundaria del colgeno, la
cual se denomin hlice del colgeno.
En la hlice- (ver
Figura 8.12) el esqueleto de
la cadena polipeptdica se
encuentra
arrollado
de
manera compacta alrededor
del eje longitudinal de la
molcula, y los grupos R de
los
distintos
restos
aminocidos sobresalen de
esta estructura helicoidal,
que tiene forma de escalera
de caracol. Cada giro de la
hlice abarca 3,6 residuos
aminocidos, ocupando unos
0,56 nm del eje longitudinal,
lo que se corresponde con la
periodicidad observada por
DRX. El
rasgo ms
sobresaliente de
esta
estructura es que todos los
grupos peptdicos de los
diferentes restos
aminocidos quedan
enfrentados en la relacin geomtrica adecuada para formar puentes de hidrgeno entre s;
estos puentes se establecen entre el oxgeno del grupo carboxilo de cada residuo aminocido
y el hidrgeno del grupo amino que se encuentra cuatro residuos ms all en direccin
carboxi-terminal (algo ms de una vuelta completa de hlice). As, cada vuelta sucesiva de la
hlice se mantiene unida a las vueltas adyacentes mediante varios puentes de hidrgeno
intracatenarios que, actuando cooperativamente, proporcionan a la estructura una
considerable estabilidad.

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En la conformacin , tambin llamada hoja plegada, el esqueleto de la cadena

polipeptdica se dispone en zig-zag con los grupos R de los distintos aminocidos
proyectndose alternativamente a uno y otro lado de dicho esqueleto (ver Figura 8.13). Cada
zig-zag representa 0,70 nm de longitud de la cadena, coincidiendo con la periodicidad
observada por DRX. Muchas de estas cadenas colocadas paralelamente unas a otras forman
una estructura que recuerda a una hoja de papel plegada, en la que los grupos R de los
aminocidos se encuentran sobresaliendo por ambas caras de dicha hoja. En este caso, los
grupos peptdicos de los diferentes restos aminocidos establecen puentes de hidrgeno con
los de las cadenas vecinas (puentes de hidrgeno intercatenarios).

La hlice del colgeno es un tipo de estructura secundaria que slo aparece en esta
protena. Se trata de un arrollamiento helicoidal con tres residuos aminocidos por vuelta en
el que la cadena polipeptdica se encuentra ms extendida que en la hlice (Figura 8.13).
Tres de estas hlices se encuentran a su vez arrolladas en una estructura superhelicoidal que
da lugar a la molcula de tropocolgeno, que es la unidad que se repite a lo largo de las fibras
de colgeno.
La hlice- y la conformacin son las estructuras secundarias ms frecuentes no
slo en la protenas fibrosas sino en todo tipo de protenas. Existen otros tipos de estructura
secundaria cuya presencia se encuentra limitada a algunas protenas especializadas.
Recientemente se
ha
descubierto una estructura secundaria, denominada giro o
codo (Figura
8.15), que
est presente en muchas protenas diferentes all donde
la cadena polipeptdica
cambia abruptamente de direccin. El codo consta de cuatro
residuos
aminocidos que forman un bucle cerrado con los grupos peptdicos que lo
flanquean unidos por puente de hidrgeno.

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Ahora bien, )qu es
lo que determina que una
cadena polipeptdica adopte
una u otra de estas posibles
estructuras
secundarias
conocidas? Los estudios
realizados acerca de la
estructura
de
cadenas
polipeptdicas formadas por
un solo tipo aminocido
(poliaminocidos), as como
diversas
consideraciones
tericas (basadas en el
tamao o carga elctrica de
los grupos R de los distintos
aminocidos de una cadena),
llevaron a la conclusin de
que es la secuencia de
aminocidos, es decir, la
estructura primaria, lo que determina el modo en que una cadena polipeptdica ha de
plegarse a lo largo de un eje, es decir, su estructura secundaria. Es la naturaleza y posicin
de los grupos R a lo largo de la cadena, es decir, su secuencia, lo que propicia o impide el
plegamiento segn uno u otro modelo.
7.3.-ESTRUCTURA TERCIARIA.
Existen
protenas
cuya conformacin tridimensional no
puede especificarse totalmente
considerando slo sus estructuras
primaria y secundaria. Son las
llamadas protenas globulares
cuyas cadenas polipeptdicas se
hallan plegadas de un modo
complejo
formando
arrollamientos globulares compactos
que tienden a adoptar una forma
aproximadamente
esfrica.
La protenas globulares son
generalmente solubles en agua y
desempean un gran nmero de
funciones biolgicas (por ejemplo los
enzimas son protenas globulares).
Se
conoce
como
estructura
terciaria
el
modo caracterstico de plegarse una
cadena polipeptdica para formar

un arrollamiento globular compacto.

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El estudio de la estructura terciaria de las protenas globulares se abord tambin
mediante la aplicacin de la tcnica de difraccin de rayos X. Un paso previo necesario fue la
obtencin de protenas globulares en estado cristalino muy puro a partir de disoluciones, ya
que la tcnica DRX slo se puede aplicar a estructuras cristalinas o "paracristalinas" (como
las protenas fibrosas). Una
vez solventado este
problema pudo conocerse
la estructura terciaria de
algunas protenas
globulares (tras aos de
trabajo
para
conseguir interpretar los
complejos difractogramas
de RX que estas protenas
producan. Vase la Figura
8.16). Los cristalgrafos
ingleses John Kendrew y
Max Perutz (Figura 8.16b)
obtuvieron grandes xitos
en la elucidacin de
la estructura tridimensional
de protenas globulares. La
primera
protena
cuya estructura terciaria fue conocida fue la mioglobina (una
protena que transporta oxgeno en el msculo), concretamente la del cachalote (ver Figura
8.17). En ella se pueden apreciar ocho segmentos rectilneos con estructura secundaria en
hlice separados por curvaturas sin estructura secundaria aparente. Alrededor del 70% de la
cadena polipeptdica se encuentra en las regiones plegadas en hlice . La molcula es muy
compacta, sin apenas espacio para molculas de agua en su interior. Los grupos R
de
residuos aminocidos con carcter polar o inico se proyectan hacia la periferia de la
molcula, mientras que los de carcter no polar se encuentran enterrados en el interior de
la
misma, aislados del contacto con el agua. La
estructura
se encuentra
estabilizada por diferentes tipos de interacciones dbiles entre los grupos R de diferentes
aminocidos; estas interacciones son de largo alcance, afectando a grupos R de residuos
aminocidos que
pueden
ocupar posiciones muy alejadas en la cadena
polipeptdica. En los ltimos aos se ha podido descifrar la estructura terciaria de centenares
de protenas globulares. De estos estudios se deduce que el caso de la mioglobina representa
slo una de las mltiples posibilidades de plegamiento de una protena globular. La variedad
de estructuras terciarias posibles es inmensa. Sin embargo se pueden hacer algunas
generalizaciones interesantes. En todas ellas...

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a) La

b)

c)

d)

e)

f)

cadena polipeptdica est plegada de un modo muy compacto, sin

apenas espacio para molculas de agua en el interior del plegamiento.
Existen tramos rectilneos que presentan estructura secundaria en
hlice- o en conformacin ; en la mayora de las protenas estudiadas
coexisten zonas con uno y otro tipo de estructura (Figura 8.18) Estos
tramos estn separados por curvaturas sin estructura secundaria
aparente en unos casos o por codos en otros. Las cantidades relativas
que representan los diferentes tipos de estructura secundaria varan
considerablemente de unas protenas a otras.
Se han detectado agrupamientos estables de estructuras secundarias
que dan lugar a motivos estructurales que se repiten en multitud de
protenas diferentes. Entre estos agrupamientos, denominados
estructuras supersecundarias, cabe citar el "barril /", la "silla ",
el "haz de cuatro hlices", el "lazo " o el "sandwich ".
En algunas protenas se han detectado dos o ms regiones globulares
densamente empaquetadas que se hallan conectadas entre s por un
corto tramo de cadena polipeptdica extendida o plegada en hlice .
Estas regiones globulares, denominadas dominios, presentan una gran
estabilidad, y aparecen repetidas en muchas protenas diferentes.
Los restos de aminocidos con grupos R polares o con carga se
proyectan
hacia el exterior de la estructura, expuestos al contacto con las
molculas de agua.
Los restos de aminocidos con grupos R no polares (hidrfobos) se
encuentran en el interior de la estructura, aislados del contacto con el
agua y ejerciendo interacciones hidrofbicas entre s.

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Por otra parte se observ
que en todas las protenas
estudiadas existe una serie de
fuerzas intramoleculares que
tienden a estabilizar la
estructura terciaria (Figura
8.19). Estas fuerzas son de dos
tipos: a) enlaces
covalentes
(puentes
disulfuro entre los grupos -SH
de los restos de cistena); b)
interacciones dbiles entre los
grupos R
de
distintos
aminocidos que
ocupan
posiciones muy distantes a lo
largo de la cadena polipeptdica
(puentes
de
hidrgeno,
interacciones inicas, fuerzas de Van der Waals)

A la vista de estos datos se lleg a la conclusin de que es la naturaleza (polar o no

polar) de los distintos grupos R, las posibilidades de formacin de interacciones dbiles o
covalentes entre los mismos, y su posicin en la cadena polipeptdica, es decir, la secuencia
de aminocidos lo que determina el hecho de que sta adopte una u otra disposicin en el
espacio, o lo que es lo mismo, una determinada estructura terciaria. Hay que tener en
cuenta que en su estado nativo las molculas proteicas se encuentran en el seno del agua y
que, por lo tanto, el plegamiento de la cadena polipeptdica ser una respuesta a la interaccin
de los distintos grupos R (polares o no polares) con las molculas de agua; adems, la
posibilidad de que se establezcan interacciones que estabilicen la estructura entre los distintos
grupos R a lo largo de la cadena polipeptdica tambin depender de la naturaleza y posicin
de los mismos en la cadena. En la actualidad todo parece indicar que las interacciones
hidrofbicas entre los grupos R no polares enterrados en el interior de la estructura
constituyen la verdadera fuerza directriz del plegamiento de una cadena polipeptdica,
contribuyendo los dems tipos de interacciones dbiles y covalentes a su mayor estabilidad.

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Vemos, pues, que, al igual que sucede con la estructura secundaria, la estructura
primaria determina la estructura terciaria de las protenas globulares.
7.4.-ESTRUCTURA CUATERNARIA.
Existen protenas que
estn formadas
por
varias cadenas polipeptdicas:
son las llamadas
protenas oligomricas.
En
ellas, la protena
completa (oligmero) est
formada por un nmero
variable de subunidades o
protmeros. Los oligmeros
pueden ser dmeros, trmeros,
tetrmeros, pentmeros,
hexmeros...., segn estn
formados por 2, 3, 4, 5, 6....
protmeros. Los oligmeros
ms frecuentes estn formados
por un nmero par de cadenas
polipeptdicas.
En estas protenas las
distintas
subunidades
estn asociadas
de
un
modo
caracterstico al que llamamos estructura cuaternaria.
El estudio de la estructura cuaternaria de las protenas oligomricas tambin fue
abordado mediante la aplicacin de la tcnica DRX tras la obtencin de las mismas en estado
cristalino puro. En este caso la interpretacin de los difractogramas de RX result tan
compleja que algunos cristalgrafos de protenas emplearon en este esfuerzo hasta 25 aos de
trabajo antes de poder publicar resultados.
La primera protena cuya estructura cuaternaria fue conocida (Figura 8.20) fue la
hemoglobina humana (la protena encargada de transportar el oxgeno en la sangre).
Tambin se pueden hacer algunas generalizaciones acerca de la estructura cuaternaria
de algunas protenas oligomricas conocidas. En todas ellas.....
a) Cada una de las subunidades o protmeros presenta una estructura
terciaria determinada con rasgos similares a los de las protenas
globulares formadas por una sola cadena polipeptdica.
b) La estructura terciaria de las diferentes subunidades de una protena
oligomrica es muy semejante a la de protenas globulares que
desempean la misma o parecida funcin (la estructura terciaria de
cada una de las subunidades de la hemoglobina es casi idntica a la
estructura terciaria de la mioglobina. Ambas protenas desempean la
funcin de transportar oxgeno, una en la sangre, la otra en el
msculo). Se percibe pues una clara relacin entre estructura y
funcin.

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c) Las distintas subunidades se encuentran asociadas de un modo
caracterstico, establecindose entre ellas puntos de contacto que son
los mismos para todas las molculas de una misma protena. Estos
puntos de contacto se ven estabilizados por interacciones dbiles
(puentes de hidrgeno, fuerzas de Van der Waals, interacciones inicas)
entre los grupos R de determinados aminocidos.
A la vista de estos resultados se dedujo que tambin en este caso es la naturaleza y
posicin de los grupos R de los distintos aminocidos en las diferentes subunidades la que
determina cules han de ser los puntos de contacto entre las mismas, y, por lo tanto, el modo
caracterstico de asociarse unas con otras, es decir, la estructura cuaternaria; los puntos de
contacto vendrn dados por las posibilidades de formacin de interacciones dbiles del tipo
de las citadas y stas a su vez de la naturaleza y posicin de los distintos grupos R.
Deducimos, pues, que es la estructura primaria de las distintas subunidades la que
determina la estructura cuaternaria de una protena oligomrica.
Como conclusin podemos afirmar que la secuencia de aminocidos (estructura
primaria) contiene la informacin necesaria y suficiente para determinar la
conformacin tridimensional de una protena a sus diferentes niveles de complejidad
(estructuras secundaria, terciaria y cuaternaria).

8.-PROTENAS. RELACIN ESTRUCTURA-FUNCIN.

Las protenas son las
macromolculas ms verstiles de
cuantas existen en la materia viva:
desempean un elevado nmero de
funciones biolgicas diferentes.
Cada protena est especializada en
llevar a cabo una determinada
funcin.
Entre las funciones de las
protenas
cabe
destacar
las
siguientes: catalticas, estructurales,
de transporte, nutrientes y de
reserva, contrctiles o mtiles, de
defensa,
reguladoras
del
metabolismo, y otras muchas que
determinadas protenas desempean
en organismos concretos.
La funcin de una protena
depende de la interaccin de la
misma con una molcula a la que
llamamos ligando (en el caso
particular de los enzimas el ligando
recibe el nombre de sustrato). El ligando es especfico de cada protena. A su vez, la
interaccin entre protena y ligando reside en un principio de complementariedad
estructural: el ligando debe encajar en un hueco existente en la superficie de la protena (el
centro activo) tal y como lo hara una llave en una cerradura (ver Figura 8.21). Slo aquel o

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aquellos ligandos capaces de acoplarse en el centro activo de la protena sern susceptibles de
interactuar con ella.
Hay que tener en cuenta que este acoplamiento no es meramente espacial, sino que la protena
"ve" en su ligando, adems de la forma, la distribucin de cargas elctricas, sus distintos
grupos funcionales, y, en general, las posibilidades de establecer interacciones dbiles con l
a travs de los grupos R de los aminocidos que rodean el centro activo (el ligando "atraca"
en el centro activo como lo hara un barco en un muelle, se establecen entre ambos "amarras"
en forma de interacciones dbiles que hacen ms estable la asociacin).
De lo anteriormente expuesto es fcil deducir que para que una protena desempee su
funcin biolgica debe permanecer intacta su conformacin tridimensional nativa. Si se
pierde dicha conformacin, y por lo tanto se altera la estructura del centro activo, ya no habr
acoplamiento entre protena y ligando (no se "reconocern") y la interaccin entre ambos, de
la que depende la funcin, ya no tendr lugar. Como corolario de este razonamiento podemos
afirmar que la funcin biolgica de una protena depende de su conformacin
tridimensional.
En resumen, la secuencia de aminocidos de una protena determina su
conformacin tridimensional, y sta, a su vez, su funcin biolgica.

9.-DESNATURALIZACIN DE LAS PROTENAS.

Se entiende por desnaturalizacin de una protena la prdida de la conformacin
tridimensional nativa de la misma, prdida que suele ir acompaada de un descenso en la
solubilidad (las cadenas polipeptdicas de la protena desnaturalizada se agregan unas a otras
y forman un precipitado que se separa de la disolucin). Durante el proceso de
desnaturalizacin se rompen las interacciones dbiles que mantienen estable la conformacin
pero se mantienen los enlaces covalentes del esqueleto polipeptdico, es decir, se pierden las
estructuras secundaria, terciaria y, en su caso, cuaternaria, pero permanece intacta la
secuencia de aminocidos.

La desnaturalizacin puede ser provocada por diferentes causas o agentes

desnaturalizantes de tipo fsico o qumico. Destacaremos dos de ellos: uno fsico (aumento
de temperatura) y otro qumico (alteracin del pH).

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a) Aumento de temperatura.- Los aumentos de temperatura provocan una
mayor agitacin molecular que hace que las interacciones dbiles que
mantienen estable la conformacin de la protena terminen por ceder con la
consiguiente desnaturalizacin.
b) Alteracin del pH.- Estas alteraciones causan variacin en el grado de
ionizacin
de distintos grupos funcionales (carboxilo, amino, hidroxilo, etc.) implicados
en interacciones dbiles que estabilizan la conformacin. Estas variaciones
provocan la rotura de dichas interacciones (sobre todo enlaces inicos y
tambin puentes de hidrgeno) y por lo tanto la desnaturalizacin (debido a
ello son tan importantes los tampones que mantienen estable el pH de los
fluidos biolgicos).
El proceso de desnaturalizacin, si se lleva a cabo en condiciones suaves (variaciones
moderadas y graduales de temperatura o pH), es reversible: la protena puede recuperar su
conformacin tridimensional nativa si se restituyen las condiciones iniciales. Este proceso
recibe el nombre de renaturalizacin. En la Figura 8.22 se ilustra el proceso de
desnaturalizacin reversible del una cadena polipeptdica. Se ha comprobado en multitud de
experimentos que el proceso de renaturalizacin conlleva una recuperacin de la funcin
biolgica de la protena (que se haba perdido durante la desnaturalizacin), lo cual constituye
una prueba irrefutable de la singular relacin existente entre la secuencia de aminocidos, la
conformacin tridimensional, y la funcin biolgica de una protena: la secuencia de
aminocidos, que es lo nico que permanece al final del proceso de desnaturalizacin,
contiene la informacin suficiente para que se recupere la conformacin tridimensional, y con
ella la funcin biolgica, en el proceso de renaturalizacin.