El agua subterrnea tiende a ser dulce y potable, pues la circulacin subterrnea tiende a depurar el agua de partculas y microorganismos contaminantes. Sin embargo, en ocasiones stos llegan al acufero por la actividad humana, como la construccin de fosas spticas o la agricultura. Por otro lado la contaminacin puede deberse a factores naturales, si los acuferos son demasiado ricos en sales disueltas o por la erosin natural de ciertas formaciones rocosas. La contaminacin del agua subterrnea puede permanecer por largos perodos de tiempo. Esto se debe a la baja tasa de renovacin y largo tiempo de residencia, ya que al agua subterrnea no se le puede aplicar fcilmente procesos artificiales de depuracin como los que se pueden aplicar a los depsitos superficiales, por su difcil acceso. En caso de zonas locales de contaminacin se pueden realizar remediacin de acuferos mediante la tcnica de bombeo y tratamiento, que consiste en extraer agua del acufero, tratarla qumicamente, e inyectarla de vuelta al acufero. Entre las causas antropognicas (originadas por los seres humanos), debidas a la contaminacin estn la infiltracin denitratos y otros abonos qumicos muy solubles usados en la agricultura. Estos suelen ser una causa grave de contaminacin de los suministros en llanuras de elevada productividad agrcola y densa poblacin. Otras fuentes de contaminantes son las descargas de fbricas, los productos agrcolas y los qumicos utilizados por las personas en sus hogares y patios. Los contaminantes tambin pueden provenir de tanques de almacenamiento de agua, pozos spticos, lugares con desperdicios peligrosos y vertederos. Actualmente, los contaminantes del agua subterrnea que ms preocupan (?) son los compuestos orgnicos industriales, como disolventes, pesticidas, pinturas, barnices, o los combustibles como la gasolina.