El municipio de Paujil pertenece a la dicesis de Florencia.
Su parroquia est consagrada
a la "Patrona de los Reclusos" Nuestra Seora de las Mercedes, Santuario de peregrinacin religiosa el 24 de Septiembre de cada ao. Atiende 54 veredas; existen capillas en las inspecciones de Versalles y Bolivia atendidas con la colaboracin de 10 catequistas y 5 laicos.