Muerte de Atahualpa Los funerales del inca, pintura de Luis Montero que representa a Atahualpa muerto.
En prisin, Atahualpa ofreci a cambio de su
liberacin llenar dos habitaciones de plata y una de oro "hasta donde alcanzara su mano", los espaoles aceptaron y de inmediato se mand la orden a todo el imperio inca de que enviasen la mayor cantidad posible de oro y plata hacia Cajamarca. Despus de cumplir su parte, los espaoles lo sentenciaron a muerte el 25 de julio de 1533 por idolatra, fratricidio,poligamia, incesto y lo acusaron de ocultar un tesoro. Atahualpa, de acuerdo a lo establecido con Valverde, fue ejecutado con la estrangulacin por medio del garrote vil, el26 de julio de 1533 en la plaza de Cajamarca. La noticia de su muerte origin una gran anarqua, muchas etnias huascaristas dominadas por Atahualpa se sublevaron e intentaron recuperar su independencia. Fue enterrado en la iglesia de Cajamarca pero unos das despus su cadver desapareci misteriosamente; probablemente sus sbditos lo rescataron para momificarlo y enterrarlo junto con sus antepasados. Tras su muerte, los incas partidarios de Huscar (como Manco Inca) se unieron a los espaoles para derrotar a Chalicuchima, Quisquis y los partidarios supervivientes de Atahualpa. Entre los huilliches del sur de Chile existe la creencia de que el Emperador Inca, o Emperador Inca Atahualpa, retornar un da e ir a ellos para gobernarlos con justicia y darles bienestar.
Nombre con que fue bautizado Atahualpa
Al alegar que segn su creencia su cuerpo deba ser embalsamado para lograr su resurreccin en el otro mundo, el cura Valverde le concedi una ltima opcin: ser bautizado como cristiano y luego ahorcado. Al aceptarla fue bautizado con el nombre cristiano de Francisco(algunos historiadores dicen que con el nombre de Juan, otros sostienen y aseguran que con el de Paulo). Se cree que Francisco Pizarro llor su muerte. (Pedro Pizarro narra en su crnica: "yo vi llorar al Marqus").
Rebelin de Tpac Amaru I
El ms joven de los hermanos de Titu Cusi tom entonces el mando: Tpac Amaru es decir: Serpiente de Fuego, (conocido como Tpac Amaru I para diferenciarlo de Jos Gabriel Condorcanqui quien tambin llev el mismo nombre aunque en el siglo XVIII, y que tambin se enfrent a los espaoles). El nuevo Sapa Inca form un ejrcito y lo puso al mando de los generales Huallpa Yupanqui, Cori Pucar Yauyo y Colla Tpac. Denunci el Tratado de Acobamba, expuls a los espaoles de Vilcabamba, cerr sus fronteras y pregon que luchaba por la restauracin del Tahuantinsuyo. El virrey del Per, Francisco lvarez de Toledo, quinto gobernante del Per hispano (15691581), que ya haba recibido de Espaa el "cmplase" que incluida la bula que autorizaba el matrimonio de Quispe Titu, el 20 de julio de1571, envi al dominico Gabriel de Oviedo y al licenciado Garca de los Ros a Vilcabamba, para que entreguaran los documentos a Tpac Amaru Inca y solucionar el problema de forma pacfica. Esta comisin no fue recibida por Tpac Amaru Inca y tuvo que volver al Cusco. Encontrndose el virrey en el Cusco, envi a Tilano de Anaya con una carta amenazante al Sapa Inca. Al cruzar el puente de Chuquichaca, fue muerto por los leales a Tpac Amaru. Conocido el hecho, el virrey Toledo decidi terminar las conversaciones y el concordato con Vilcabamba, enviando una expedicin militar al mando de Martn Garca ez de Loyola, Martn Hurtado de Arbieto y Juan lvarez Maldonado, para ocupar Vilcabamba "a sangre y fuego". Ofreci a la usta Beatriz, heredera de las riquezas de su padre Sayri Tpac, como trofeo en matrimonio para quien capturase al Inca. Con ayuda de los informes de mltiples espas, la expedicin espaola logr burlar las defensas de Vilcabamba, destruir Vitcos y capturar, tras una larga persecucin, al joven rey. As y tras un juicio sumario en la antigua capital del imperio, Tpac Amaru fue decapitado en mayo de 1572. Con su muerte termin oficialmente la Conquista del Per.