A la cada del Imperio del Tiahuanaco devino un perodo de decadencia.

La costa y la
sierra quedaron fraccionadas en diversos seoros y tribus. Una de stas, la de los Ayar
tena su asiento al Sureste del Cuzco y estaba dividida en cuatro Ayllus, formados por
restos provenientes de aquel Imperio.
El jefe del mas poderoso de esos ayllus, llamado
Manco, inici la reconquista del antiguo dominio e
invadi el valle del Cuzco, dnde fund el seoro de
los Incas (principios del siglo XII), que ms tarde haba
de ser el grandioso Imperio del Tahuantinsuyo, regido
por una admirable administracin. Manco, que tena
por totem al Sol, impuso el culto helaco, asegurando
ser hijo y enviado del Astro Rey. Se cas con su
hermana Mama Ocllo y estableci la sucesin
hereditaria en el gobierno.
Despus de un largo reinado, en el que domin a las tribus dentro del recinto del Cuzco,
se llam "Ccapac " o "Supremo y rico soberano ". Le sucedieron su hijo Sinchi-Roca, tan
valeroso como prudente, y su nieto Lloque Yupanqui, el zurdo memorable, quienes
consolidaron la dominacin del valle del Cuzco.
El cuarto Inca, Mayta Ccapac, del que
se refieren hechos tan extraordinarios
como los del hroe Hrcules de la
leyenda griega, conquist las
regiones de Puno, Moquegua, y
Arequipa. Al llegar al valle del Chili,
algunos de sus sbditos, encantados
por la belleza del paisaje y la
suavidad del clima, le pidieron, por
intermedio de su jefe o capitn, la
merced de poblar la comarca, y el
inca respondi "ari, qquepay ", frase
quechua que en castellano significa
"s qudate ", referindose a ese jefe.
Esta etimologa es la que da el Padre Calancha, con la traduccin que atinadamente
estableci J. Ignacio Gamio.
Entre las otras etimologas que se atribuyen al nombre de la ciudad cabe mencionar las
siguientes. Segn el Padre Fr. Blas Valera, citado por Garcilaso de la Vega, "arikkepa "
quiere decir "trompeta sonora ". Middendorf cree que "ari qquepa " significa " lugar situado
a espaldas de la serrana"; pero la ms aceptada de todas es la que sigue la tradicin de
la clebre frase de Mayta Ccapac.

Los capitanes de este Inca trajeron de las provincias conquistadas tres mil familias y con
ellas fundaron primero los pueblos de la Chimba o Yanaguara, Caima y Tiabaya y
despus los de Chiguata, Paucarpata, Socabaya y Characato adems construyeron las
acequias de la Antiquilla, Acequia Alta y San Jernimo, que tuvo entonces el nombre de
Coa. La Acequia Alta fu ensanchada por los espaoles, que hicieron todas las acequias
regadoras de la mrgen izquierda del ro Chili, excepto la Coa.