AMINOCIDOS Y PROTENAS

monmeros

oligmeros

polmeros

aminocidos

(Poli)pptidos

protenas

Bloques de
construccin

Hormonas
(neurotranmisor)

Enzimas
Receptores
(Estructura)

Masa molar
entre
75 204
g/mol

2 50 aminocidos
2 10 = pptido
11 50 = polipptido

Ms de 50
aminocidos,
estructura bien
definida y masa
molar alta (D kD)

Estructura de Protenas

Estructura Primaria: aminocidos

Estructura Primaria: aminocidos

La secuencia de aminocidos (a. a.) se denomina
estructura primaria. Los a. a. se unen a travs de
uniones
tipo
amido,
denominadas
enlaces
peptdicos.
Existen 20 a. a. naturales que se diferencian por el
grupo R unido al C alfa del amino cido.
De acuerdo a la naturaleza del grupo R, se clasifican
los a. a.

Cmo son las cadenas laterales?

Tipos de aminocidos

Nombres de aminocidos

Ala
Arg
Asn
Asp
Cys
Glu
Gln
Gly
His
Ileu

alanina
arginina
cido asprtico
asparginina
cistena
cido glutmico
glutamina
glicina
histidina
isoleucina

Leu
Lys
Met
Phe
Pro
Ser
Thr
Trp
Tyr
Val

leucina
lisina
metionina
fenilalanina
prolina
serina
treonina
triptfano
tirosina
valina

Estereoqumica de
-Amino Acidos

Otros aminocidos y pptidos

4-Hidroxiprolina, 5-hidroxilisina: se encuentran en el
colgeno.
cido D-Glutamico: se encuentra en paredes celulares de
las bacterias.
D-Serina: un gliotransmisor.
-Alanina: constituyente
pantotnico.

de

la

vitamina

B5

cido

cido-Aminobutirico (GABA): un neurotransmisor.

Penicilina G: un dipptido de Cis y Val modificado que sirve
como antibitico.
Aspartame: un dipptido de Phe y Asn, endulzante artificial.
Glutamato monosdico: un neurotransmisor y aditivo.

5-hidroxilisina
aspartame

4-hidroxiprolina
cido-Aminobutirico

Penicilina G

Glutamato monosdico

Propiedades de Amino cidos

Altos puntos de fusin, cerca a 200C
Mas solubles en agua que en ter.
Momentos dipolares ms grandes que los
cidos o aminas simples.
Menos cidos que la mayora de los cidos
carboxlicos, Menos bsicos que la mayora
de las aminas.
pKa = 10

O
_
+
H3N CH C O
R

pKb = 12

Propiedades cido - base

A pH alto se obtiene el a.a. en forma
de carboxilato

A pH bajo se obtiene el a.a. en forma

de catin amonio
A pH neutro se obtiene un Zwitterion

Zwitterion
Ion dipolar elctricamente neutro (ya que contiene
cargas positivas como negativas en tomos
diferentes). Es un anfolito (posee propiedades cido
base). Su estructura depende del pH.
El grupo COOH del a.a. pierde H+, y el -NH2 gana
H+.

Estructura y pH

Punto isoelctrico
pH al cual los amino cidos existen como
un zwitterion (neutro). Es decir la carga
neta es cero.
Depende de la estructura y naturaleza del
extremo R.
Aminocidos cidos, pH isoelctrico ~ 3.
Aminocidos Basicos, pH isoelctrico ~ 9.
Aminocidos Neutros, pH isoelctrico
ligeramente cido, 5-6.

Solubilidad de aminocidos
Solubles en solvente polar por ser zwitterion.
Depende del R

Tcnicas de separacin de
aminocidos: Electroforesis

Deteccin de a.a.: Rxn. Ninhidrina

Usada para visualizar manchas o bandas de amino cidos

separadas.
Se forma un color prpura oscuro con solo trazas de
aminocidos. Prolina da color amarillo.

Amino cidos Esenciales

Arginina (Arg)
Treonina (Thr)
Lisina (Lys)
Valina (Val)
Fenilalanina (Phe)

Triptfano (Trp)
Metionina (Met)
Histidina (His)
Leucina (Leu)
Isoleucina (Ile)

Protenas completas
Son aquellas que proveen todos los a. a.
esenciales
Ejemplos: carne, pescado, leche, huevos.
Las protenas de las plantas son
generalmente incompletas.
Vegetarianos deben comer muchas
clases de plantas, o suplementos en la
dieta con leche o huevos.

Estructura del pptido

El enlace peptdico es un enlace amido
Las amidas son muy estables y neutras.

Formacin del enlace peptdico

N-term
AMINOCIDO 1

AMINOCIDO 2

C-term

Enlace peptdico

Los grupos aminos de una molcula se

condensan con los grupos cidos de otra.
Los Polipptidos comnmente tienen masas
molares menores a 5000.
La masa molar de las Protenas oscila entre
6000 a 40,000,000.

N-term
H
+
H3 N

aa intermedio
O

C C

R1

O
C

C-term
H

R2

O
C

R3

Cmo se ubican las cadenas laterales?

+
H3 N

R2

H
C

N
C

R3

H
R1

ALTERNADAS

Ejemplo de pptido

Interacciones en protenas
NH3
+
O

CO

CH

CH
CH3

CH3

CH3
CH2

CH2

CH2

CH2

CH2

CH2

NH

1- Uniones covalentes

CH2

COO

CH2

- OOC

NH2

NH2

2- Puente salino (protenas que ligan cationes)

3- Uniones hidrgeno
4- Fuerzas de dispersin, dipolo inducido o fuerzas de London (atractivas)
5- Interaccin de corto alcance (repulsivas)

Protein Structure

Fuerzas intermoleculares

ionic forces

hydrogen
bonds

dispersion
forces

ionic forces

dispersion
forces
dispersion
forces

dipole-dipole
forces
25.3

Niveles estructura protenas

Estructura primaria: Secuencia de a.a.
Estructura secundaria: Las cadenas de
polipptidos se pueden asociar debido a las
interacciones de Hidrgeno cercanas, formando la
estructura
secundaria.
Hay
dos
tipos
de
ordenamiento posibles. Hlice y Hojas
Estructura terciaria: Resulta de combinar
estructuras secundarias en dominio globular
compacto (monmero) y segmentos aleatorios de
cadena.
Estructura cuaternaria: Arreglo relativo de dos o
ms cadenas de polipptidos separados.

Estructura primaria
En la unin peptdica el C el O y el N forman un
plano
+
H3 N

R2

H
C

N
C

R3

H
R1

O
O

ngulos de torsin (diedros)

Phi ()
Psi ()

En un polipptido la cadena carbonada

puede rotar libremente alrededor de las
uniones N-C () y C-C ()

Aceptor de unin
hidrgeno

+
H3 N

Dador de unin
hidrgeno

R2

H
C

Unin hidrgeno

H - X
2

X= O, N, F

N
C

R3

H
R1

O
O

Estructura secundaria
Hlice alfa ()
ngulos phi y psi aproximadamente -60 y -50.
Hay 3.6 residuos por vuelta.
Hay unin hidrgeno entre el C=O del aminocido
n y el NH del aminocido n+4
aminocido 1

aminocido 5

aminocido 9
Formadores de hlices:
Ala
Glu
Leu
Met
Poco formadores de hlices:
Pro
Gly
Tyr
Ser

Alfa Hlice

Estructura secundaria
Hojas beta ()
ngulos phi y psi en el cuadrante superior
izquierdo.
Se ubican una al lado de la otra.
Hay unin hidrgeno entre el C=O del aminocido
de una Hoja con el NH de la hoja adyacente.
Pueden ser paralelas o antiparalelas.

Enlaces de H en hojas plegadas

25.3

Estructura terciaria y cuaternaria

Protenas

Desnaturalizacin
Alteracin de la estructura normal de una protena,
lo cual se refleja en una prdida de la actividad
biolgica.
Usualmente se provoca por el calor o por cambios
en el pH.
Usualmente es irreversible.
Un huevo ya
cocinado no puede descocinarse.

Clasificacin de Proteinas
Simples: se hidrolizan en solamente a.a.
Conjugadas: los a. a. se enlazan a grupos no
proteicos, como azcares, cidos nucleicos o
lpidos.
Fibrosas: alargadas, filamentos finos, insoluble en
agua y su funcin es estructural.
Globular: adoptan una forma esfricay su funcin
es como enzimas, hormonas o protenas de
transporte.

Clasificacin Protenas
Fibrosas
papel estructural

Globulares
diferentes roles:
- movimiento celular y membrana
- catalizador (enzimas)
- regulacin metabolismo (hormonas)
- defensa contra patgenos (anticuerpos)
- transporte (hemoglobina)

Los cambios estructurales que se presentan

cuando el oxigeno se une al grupo hemo en la
hemoglobina.

Reacciones

Hidrlisis de pptidos
Los pptidos pueden convertirse en sus
aminocidos constituyentes por hidrlisis cida o
bsica del enlace amido.
Hidrlisis cida: HCl 6 N por varias horas (24 h) 100
- 105 C, en un recipiente sellado. Los a.a. Met y
Cys se oxidan fcilmente. Por lo cual el recipiente
de reaccin debe desgasificarse, antes de sellarse.
El Trp se destruye totalmente bajo estas
condiciones.
Se observan altos niveles de Glu y Asp.

Hidrlisis de pptidos
Hidrlisis bsica: NaOH 2 M 100 - 105 C,
en un recipiente sellado.
Los a.a. Arg, Cys, Ser y Thr se destruyen
totalmente bajo estas condiciones. El Trp
si sobrevive a esto
La hidrlisis bsica usualmente destruye
ms a.a. que la cida.

Reconocimiento del C-terminal

Un pptido en forma de ester si se reduce y luego se
hidrliza con HCl 6 M, permite el aislamiento del extremo Cterminal.

De manera similar si se somete el pptido a la reaccin con

hidrazina

Reconocimiento del N-terminal

Se usa el reactivo de Sanger. El fluoro-2,4-dinitrobenceno
(FDNB). Este reacciona con minas primarias para dar
derivados dinitrofenlicos cidos estables (DNP).
Una vez se efectua la hidrlisis total se identifica el DNP
por comparacin con un standar. Los NH2 en la lisina y la
ornitina tambin reaccionan con el FDNB.
Una alternativa para el reactivo de Sanger es usar el cloruro
de Dansilo el cual produce sulfonamidas estables.
Mtodo destructivo.

Degradacin de Edman
Permite separar el extremo N-terminal en forma de PTH, sin
destruir el resto del pptido.

Bromuro de Ciangeno
El bromuro de Ciangeno (CNBr) hidroliza enlaces
peptdicos en el C-terminal de los residuos de metionina.
Esta reaccin es til para reducir el tamao de un
polipptido para su identificacin y secuenciacin.

Ruptura enzimtica
Las Enzimas son protenas catalticas usadas en un amplio
espectro de reacciones.
Funciones
a. Catalizar la fosforilacin de los grupos OHs en residuos de
serina (Ser) o tirosina (Tyr) de otra protenas.
b. Ruptura de los enlaces peptdicos en protenas.
- Carboxipeptidasa --- ruptura del C-terminal (permite
secuenciacin parcial)
- Aminopeptidasa --- ruptura del N-terminal (no permite
secuenciacin parcial)
- Quimotripsina
--- reconoce residuos con cadenas
aromticas en el lado C- terminal (Phe, Tyr, Trp).
- Tripsina
--- reconoce residuos con cadenas bsicas en el
lado C- terminal (Arg y Lys ya que His no es suficientemente
bsica).