La bioauimica pretende deserbir en teminos moleculanes aquellas eatructuras, mecanismos ¥ procesos quimicos com. parties por todos los organismos y proporciona los principios de organizackin que subyacen en todas las diversas formas de vida, principles & los que nos referiremos colectivamente core la togica molecular de is vida, Aunque ks bioquimica pro- ‘porciona conocimientos y aplicaciones practicas, su preocupa ion altima es el prodigio de fa vida misma Por tanto, en este capitulo intreductorio describiremos ios fundamentos celulares, quimicas, fsicos (Lermostindmicos) y sfonétions del bioguinea.y el prineiplo general de la evolueicn: celdesarrllode las propiedices de as eéluls viva lo kargo de Jas generaciones, Durante la lectura dle este Hb puede result ‘til eferirse a este capitulo de veeen ewando enn el objeto de refrescar ln memoria sabre estos temas bésicos 1.1 Fundamentos celulares {La unddady diversiad de los organismos es evidente incluso a nivel eelular Los orpanismos mis pequefios san unieelulares y rmicroteépiens, Loe organismos: mayores contienen muchos ti os de eslulas de tamafo, forma y funeiones diferentes, A pesar de estas diferencias obviss, todas las eStulas comparten ciertas [propiedades funelamentales, observables nivel bioquimico. Las células son las unidades estructurales y funcianales de todos los organismos vivos “Tovlas las eélulas comporten ciertas caracteristicas estructura les (Pig, 1). La membrana plasmiitica define la periferia de In celula, separando su contenito del medio extemo. Esta:com- ‘puesta por moléeulas de Upiios y de proteinas que formar una bbarrera hidrofabiea fn y flexible, Acta como wna barrera a la libre circulacidn de iones inorganicas y dela mayor parte de ‘compuesins cargadas o polares, Las proteinas de transporte de Ja membrana plasmatica permiten el paso de ciertos ines y ‘moléeulas; as receptoras transmuiten seftales hacia el intertor de calla, por st paste, los exuimnas de membrana participan en algunas reacciones. Graciat a In intorsecién no eovalente entre Jas subunidadles individuales de lipides y proteinas de la mern- bbrana plasmstica, la estructura global tiene un elevado grado de flesibilidad que permite que se prochuzcan cambios en la fora y el tamafo de la célula, Al crecer Ia o¢hula se insertan en la ‘membrana nuevas moléculas de lipide y protcina reelén sinteti- ‘ailas; la divisidn celular produce dos eélulas, cada una con su. ‘propia membrana, E! crecimiento y ls division (fsién) celular se producen sin pérdida de la integridad de la membrana, BI volumen interno limitado por la membrana celular, cl citoplasma (Fig. 1-3), est compuesto por una. disolucigin acuosa, el eftasol, y una variedadl de perticulas en suspensidn con Funeiones esprectficas. El citasol es una solucion muy con- ccentrarla que contene: enzimas y las moléculas de RNA que Js codifican; las eubunidades monoméricas (aminodcidos ¥ rmucledtidos) a partir de las euales a formman estas maerorolé ‘elas; centenares de pequefias moléculas organieas eenornins- ‘das metabolitos, intermediarios de las rutas biosintéticas y 1.1 Fundamentos celuiares 3 Niicleo (eucariotas) ‘Onucleoide thacterins) Contlene material genitico: DNA yy proteins asnciadas, El nucleo ‘28 redeaclo por una membrana, Bieapa lipidiearesistonte y floxible. Selectivamente ‘permeable para sastancias "Yeomo enaimas, Citoplasma Contenide aeuoso de la célula y particalas y ‘orgie suspondidos ‘en el mismo, ) metabaltos «inn inoreincas, v ollt: particu y orgs Ribneamas, granulo de almacenamiento, saitecudrias coroplasts, lawsomas, ‘tical endoplaamastes FIGURA 1-3 Carscterstcas universales de las edulas vives. Tclas Ine -cflulas tienen un acleo 6 nvcleoie, una membrana plamsticay itoplasma, Hl chosol es la parte del day pach cH, bu, aJFGURA 1-11. Jerarqula estructural n a oranizacin molecular de fas lols. En esa eS vegrtal nicest un ong que con- ‘iene dives ipo: de complejos supramolerutares, ante eos los "eromoromas, Los cromosornasestin formadas por macromoléculas Gee mantionen Unidas sieinnte internocones no covalenies (entre grupos no polares en solucidn acuosa) ¥ tas interacclo= ‘pes de van der Waals, todas ellas de energia bastante menor que Inde los enlaces covalentes (Tabla 1-1). En ol Capitulo 2 9 describ Ia naturaleza de estas interacciones:no covalentes. Los _-eomplejos supramoleculares se estabilaxn grackas al gran rii- _ mem de interaceionesino covalentes que se establecen en ellos " Pque gon las responsables de sus estructuras tnias, Los estudios In vitro podrian no detectar _Interacciones importantes entre moléculas “no de Jos métados para entender un proceso biokigico con- "ssteen el estudio de las moléculas purificadas in vio Cen el “Steror del tubo de ensayo, evitando a interferenca oon ores “imoiéculas presentos en la ula intacta ~es decir, in vivo~ ‘A pesar de que esta metodologia ha resultado muy Ut, debe “mos recondar queel interne de- un ofa muy diferente del “entre que pueda haber en un tubo de ensayo, Los compo- _nentes “inleriverntes® que se eliinan mediante puriieacn, Peden resultar eriticos para ln funclGn biokigica o para la ne _siicin de a activi de ln molécula purificat. Por ejemplo, Jes estudio in vitro de-enzimas puros se Devan a cabo normale "mente 8 concentraciones muy busy en soluciones Acuoeas en. Nivel 4: Nivel: Nivel Nivel 1: Unidades Laeélula Complejos ——Macroms ‘monomérieas sy mus onginulos supramoleculares de DNA Y muchas mitelnasdifewaies Cada tpe ce maciormalécuts s construyo a parti de subunidades simples, ceine po ejemplo el DNA, que esti formada por nclestidos idesoxitribonuclecidos ent realidad. agitacion constant. En tn célua, ol encima se encuentra dl- ‘suelto © suspendide en un eitesol de textura parecida a un get ‘yacompaiado de mules de proteins deren, algunas de bas ‘cuales se nen at enzuma ¥ varan su acuidad, Algunos enzi- ‘mas forman parte de comphijos multienaiendticos en las que las. TABLA 1-1 Enetgias de enlace en biomoléculas ‘comunes Energia de Frevgia de disoeiacion aiseiacisn Tipo de deleniace* Tipo de del eniace™ enlace (Knol) cnlace _ (ki/ma)) Enlaces simples: Enlaces dables 0-H 470 C=O m2 HH 435 CoN 615 Po 419 (me BLL CH Ale P=0 502 NH 389 co 362 Enlaces triples oc 348 c=t B16 SoH 339 N=N 930 CN 293 cs 260 No 222 ss oat “mtn ose reg sap etc (sa) wy, senna.32 Captulo Fundamentes dé bioguimica ‘eactives son canalizatos de tn enzima a otro sin que leguon a tener contacto con el dlsolvente, La difusidn se halla dismi- rude en el denso citosol y ka composicién del mismo varia en, sus distinias regiones. Resumnienda, uma molécula determinada puede actuar de-modo muy diferente en la céula que in vitro. Uno de los retos de In bloguimica es eomprender Ia inuencia Gea organizacién celular y las asociaciones supramoleculares cols funeidn de enaimas y ots biomolécaas -comprender la funcidn tanto in. vivo eorno in vita. RESUMEN 1.1 Fundamentos celulares (8 Telas las oflulas estén rovleadas por una membrana ‘plasmatica, poseen un citosol que contiene metabolites, cents Jones inorgimions ¥ erziraas ¥ poseen un conjunto de genes contenidos en tn. rucleoide (proariatas) 0 un nticleo (eucariotas), Los fotderofos utiican la lux del sol para realiear trabajo; los quimiétrofes oxidan combustibles ‘mediante la transferencia de electrons a buenos ‘oeptores electinioas: compuestos inorginicos, ‘compuesto orginicos u exigeno mateculat 1 Las célutas hactorianas contienen un citadel, lun muctedide y plismidos, Las células eucariéticas tHenen un nicteo y esti multécampartiensntacias, (con eerie procesns confinados en orginulos ‘eapecticos, los cuales pueden ser separados Feestudiados de modo tislade Las protemmas sel citeenyueelo se asgctan formance Jangos fismentos que confieren forma y rigilez ‘as céfulas y son el soporte para el mewimiento de los ongnlos a través dela él, | Los complejos supramoleculares se mantionen festables mediante interaccianes no eealentes y dant ugar a estrocturas de diversos tamanas, algunas ellis vsibtes al micraccopi Optics, Interscciones ‘importantes en el medio eelular pueden perderse a ‘causa de ln eliminacién de moléculas individuales de estos complejas para su estuttio in vit, 1.2 Fundamentos quimicos {Le binquiinica tine como objetivo explicar en téemuinos quimi- oe las estructuras y funciones biclégicas, Uno de log enfoques que s¢ han mostrado mAs productivos para la comprension de {os fersimenos bioidgicos parte de fa purificacion, a partir de oF- 4Banismas vivos, de componentes quticos individuales, como pueden ser las proveinas, para caracterizar sus propiedacles ‘estmucturales y quimicas. A finales del siglo xvit Ios quisicos ‘egaron ain copchisién de que la composicdn cela mated viva ‘em sorprencentemente diferente dela del mundo inanimsdo, Antoine Lavotsier (1743-1794) oberv6 la relativa simplicidad ‘quimica del"mundo mineral” en contreste con a complejitad ds {os “munds animal y vegetal"; se sabin que estos dltimos esta ban formacos por eompuestas rons en carbone, axigano, nl trdgeno y fésfaro, Durante la primera mitad del siglo xx, investigaciones ‘bioguimicas paralelas acerca te la degraduolén de gluco‘ ett Jevarturas y en e€lulas musculares de animales permitieron ob- Sservar grandes simlitudes quimicas entre estos dos tipo de cclulas, aparentemente muy diferentes: la degradacion de la _stooosi en levacdura y en eélulas muscilares tiene hikgar a tra és de los mlsmos diez imtermeaiarins quimicas. Exhaustivos studios posteriores confirmaron In universalidad de esta ob- sServacién, resumida por Jacques Monod: “Lo que es cierto bara E: coli es cierto para e elefante", La.noeidn actual de que Jos todos organdsmos tienen tun origen evalutivo cornin se basa en parte en esta universaidad de los intermédiarios y as trans focmaciones quimmioas. ‘Tun silo alrededor de 20 de Ins maa de 90 elemenioe qui rmicos presentes en la naturalera son, esenedules para los sere Vivos, La mayeria de ls elementos dela materia viva tienen unt ‘dinero atémico relativamente bajo; solo cinco de ellos bene lunimimero atomice superior al dat selenio, 34 (Pig. 1-12), Los cuatro elementos més abundantes en los organicmos vivos, en ‘éaminos de poroentaje sobre numero total ee aternos, son el hidrégeno, el oxigeno, el nitréigeno y el carbono, que-en con- junto sepreventan més del Sr de a masa ee la mayoeta de bas ‘céinias, San los elementos mAs ligeros eapaces de formar Wo, doe, tres y cuatro enlaces covalentes, respectivamente; en te- ‘eral, Jos elentenins mis ligeros forman los enlaces més fuer- FIGURA 1-12 Los elementos esenciales ‘para a vida yf salud de los animate. Los elements principales fen aaranja son ‘Gomponentes estructurales deel y ‘ojos y deben oxar presente ens ca en ‘anfdad de ramos dares. Las necesidades {e ogoelemenios fen ararillosson mucho. remotes rel caso de hore an suficientes unas pocos miliramos ale de Fe Cay Zn, eineluss mena ds ks emis clomentas. Las necesidades elementals de {as planeas y os microcrganismos son muy similares a Ls aq presenta,tes. Los oligoelementos (Fig. 1-12) representan una fraceidin ‘mindsrula del peso del cuerpo humano, pero tadoa ellos som ‘eseneiales para la vida, generalmente poraue resuitan impres- ‘eindibles para la funetin de proteins especificas, icluidos los ‘engin, La capacidad transportaciora ele oxigen de la mol ‘eula ele hermagiobina, por ejemplo, depenite totalmente de eus- fro iones hierra que constitisyen Alo ol 0,264 de xe eae Las blomoléculas son compuestos de carbono con una dhersidad de grupos funcionales La quimica de los organisrios vivos se organiza alnedtedor det carbon, que representa mis de lu ritad del peso seco de las ‘células, Ellearbono puede formar enlaces simples con sitomos. de hidrégena y tanta enlaces simpler como dables con los Sitomos de oxigen y de nitrigeno (Fig. 1-13). La eopaciad de Jas dtomes de carbono para formar enlaces simples carbonoe sarbono de gran estabilidad s cructal en In biologi, Cada ‘atomo de carbono puede formar enlaces simples com asta ‘cuatro dtomos de cartono diferentes. Dos stomos de carbono ‘pueden compartir también dos (0 tres) pares de electrones, dando ugar w onlaces ¢arbono-carhons dees {0 triples). Jess cuatro enlaces simptes que pando formar un stone de ccarbono se dstbnyen tetraédriamenie, con un énguio de 108.5" oH bo +n on Ci +-C so —t=o— |FIOURA 1-18 Versaldad de enlace del carbano EE carbons pce formar enlaces cavaletes simples, dablesy pls en rojo en pati cular‘eon otros tarmas de carbon, Los enlkceshiples sam muy poco. ‘frecuentes en biomolecules, IGURA 1-14 Geometrin de os enlaces del carhon, a Lo itoenon se cafbono presente ta disbucién temaddrcacaraceritica dese ‘unio enlaces simples. (Los enlaces simples carbon-carbon Dretentan libertad de tain, que aque musta pra? tan {(CH—CH FL enlaces dais sans con yw porte tre mace. Los. dos cborosunidos poral enlace dab ks donc epaminados A,B, e¥ extn stundos ene mismo plano rigid. centre ellos (Fig. 1-14) y una longitud media de 0,164 rm. Bxite libertad de rotacién alrededor de carla ence siiple carom [carbono a no ser que ambos Stomos de carbono estén aids 2 ‘stupos muy voluminosos 0 eargadas, en extyo caso la rotacin ‘Puede colar restringida. Un entice doble earbor-carbana «= mus corto (mie aproximadamente 0,138 nm) ¥ rlgido, y par- ‘ile tna rotacion cast rasa alreclecor desu eje. ‘Las étomos de eartono enlazacios covalentemente én las ‘biomoléculas pueden formar earenae linesles, ramiflcadas y estmucturas circulares. A esos es(queletos dle teartone ie lex afadten grupos de otr08 toms, lumuclos grupos funciona Jes, que confieren propiedades aalimiras pspecificas ata mate ‘cul, Bs probable que ta versatilidad de enlace del carbonio ‘fuera una de las causa principales te la seleccsin de los com ‘Puestes de earbono pars formar parte de la riaqitinaria mole- ular de fas células durante el origen y la evohucisn de los sores vivos. Ninguin otra elemento quimica puede formar me éculas con formas ¥ tamanios tan diferetes o.com tanta varie daa ale grupos funcionales. ‘Puede consiceraise yrs la mayor parte de 1s biomoléeulae son derivados de-los hidroearbuiros, con dtemos de hidréaeno Feemplazados por gmapos funcionales pars dar hagar las de> Pentes familias de compuestos orpinicos. Las més comunes ‘son os aleoholes, eon uti o més frupos iidraxio, tas arninas, ‘con grupos artino, los aldebides y las cetonsts, con grupos. car. bonito, y fos dios carboxiliees, con grass carboxilo unides (Fg. 1-15), Muchas bromoléculas son pollfuneionales y come. ‘nen eos o ms tipos de grupos funconules (Fig. 1-16), eae un con propiedtates quiimicss y reactividad propias, La “personali- dad quimica de cata compuesto viene determina por la qui- mica.de sus grupos funcionales y su dispose tridimensional.14 Copituio 1. Fundamentes de broquimica, Carbintlo RAGS ‘aldebido) (cotona) Carbexila Hidraile ROH (aleotat> Beer RoR FAGUIRA 1-18 Alpunor grupos funcionates comunes de los Blaenau. E083 Rae Figura, asi come en otras ala large de todo el iby, s uli ta para vepresentar un susttayert cualquiera, Purce ser tan simple cons un stom de Bidedigen, pero rnormalmente un grapo carbons, Anhiinds RY ‘Cuando se repeesentan cos 0 mas ‘ncaa susttayemtas an una moléeul, se empl neni) cl superinice RY, RE te Las células contienen un conjunte universal de moléculas pequenas En la fase acuosa de una eflula (citosol) se encuentran di- ‘sueltas de 100 a.200 pequeftas moléeulas organicas diferentes (Mf, -100 & £00), que son los metabolitos centales de as ri tas principales presentes en la practica totaldad de las céln Jas-los metabolitos y rutas que se han conservado a lo largo dela evolucion-. (Enel Recuatiro 1-L se encuentra una expli- ceacion de las diversas manieras de referirse al peso molecular “s” R-G0> ee i a se Ps mts Hid ‘ Tio 3 sevtide ey Disutforo eee Tiodoter “Tr Fostoria Ro osfoashidride RYO me RP Anbidide mito R ‘ido earberilion {pdelde Hatin fambide Huma et fafatoy de una sustancia) En este conjunto de moléculas se inclayen Jos aminadcisas, nuclestides, axtcares y sus derivado fosfor Jans yeierts deidas mono- i-y riearboxiicos. Las matecu- las won polares o cargadas, solubles en agiaa y 2¢ encuentran ‘en ooncertraciones que van desde micromolar a milimola. Se rmantienen dentro de la eéluts porque In meenbrana plasms ‘Hea es impermeable a ellas aunque algunos transportadores fespecificos de membrana pueden eatalizar el rusvimiento de siertas moléculas hacia el interior el exterior de la cls 0 ‘entre compartimientas elas células eucaristicas- La presen-ee the Pet e semiao HL Sonar oie Ce i kins = FIGUAA 1-16 Algunas grupos funclanales commines ‘emma Gnica biomolécua. Ect coenzima A (comdnmiénte abreviads acetl-CoA) es portador de _upos acetio en algunas reacciones enzimsticas ia universal del mismo conjunto de: compuestos en las cel las vivas es una manifestaciin de la uniwersalidad del diseris rmetabdlico y refieja la conservacién evolutiva de ls rulas me- tabdlicas que se desarraron em las celulas primitivas, Existen otras biomolecules de pequenis masa molecular (que sun especifcas para cieras tipos de cetulas u orgamusmos. Por ejemplo, las plantas vasculares contienen, ademas de los motabolitas ya comentarios de enreter universal, otras molé- clas conominacas metabolites secundarios, que juegan un papel especifica en la vida de la planta, Entre estos metaboli lus se incluyen compuestos que proporcionan a las plantas su aroma caracteristico-y otme eomo la marfina, quinins,rcsine yeafeina. El conjunto de pecuefias molgculas de una célula determinada ha recibido el nombre de metaboloma de la cé- nla, sugirienclo un paraletismo cor el términa “genoma” (def nido anteriormente y que se comentard més ampliamente en RECL i Bic ‘Peso molecular, masa molecular y las unidades que deben utilizarse ‘Existen dos maneras comunes y equivalentes de definir ta rasa molecular yambasetllzan en este texto, bi. prmera ‘eel ps molecular, omasa molecular riatta,represen- tadas por elsimbolo Mf, Elpeto molecular de ua sustancta se define como la relacin ena la muse ta molecula de ‘ata sustanciayla duodéeima parte dela masa det carbono- 12 (°C). Al definirse como una relaciin entre dos valores ‘con Jas mismas unidades, M, no thene dimensiones ~no tiene tmidades asoriadas-. La segunda es Ia masa molecular, representada por m. Bata es simplemente la masa de una rolécula 0 la masa molecular dvi por el nimero ce Avo- ‘Radro. La masa molecular, rm, expresa en daltons (abre- ‘larlo Da), Un dalton equivale a una duedécima parte de la rasa del earbon0-12; un kiadatton (kta) equivale a 1000 daltons yun megadaton (Da) un millén de dalton. 1.2 Fundamentos quimicos 15 sis ints — (NB foun Seas, Acetil-coonaima A la Seccidn 1.4). Si supiéramos la composicién cel metaboloma dle una edt, seriamos capaces de-predecir qué enemas y nu tas metabdlicas son actives en su interior. Las macromolécutas son los principales constituyentes de las células Gran parte de las moléculas bloligicas son macromoléeulas, polimeros de alta masa molecular construidos a partir de pre Ccursores retativamente simples, Las protesnas, las deidos nu cleus y los polsactridos son ol regultado de la polimerizacion, de subunidades relativamente pequefias de mast molecular relativa inal a inferier a 500. El nitmero de unidades polime- rads puede variar entre decenas y millones. La sintesis de macromoléenias es una de las actividades celulares que mis ‘cneraia consume. Las macrormoléculas pueden formar luegn e3- Merce toute y Considérese, por ejemplo, una moléenta de masa 1000 veces la del agua. De esta molécula podemos decir la si- uiente: Mf; = 18.000 om = 18,000 daltons. Tarmbién la po- demos describir como “wna molécula de 18 kDa’, Sin ‘embargo, la expresion if, ~ 18,000 daltons es mcorrecta, tra unidad que sirve para describ la masa de wn nieo ‘torno-o una iinica molécula es la unidad de masa atémiea (Canteriormente denominada uma, abreviotura que ahora ha Sido eambiada por 1), Una tnidad de masa atéanica (1 u) se define como la daadécima parte de la masa de un stom de cearbon-12, Puesto que Ia masa la un étomo de earbona-12 medida experimentalmente rs de 1.9828 % 10 g, 1a = 41,6005 * 10° g, La umtidad ee masa atomica resulta ade- ‘usta para desenbir, por ejemplo, is masa de un pleo ober ado por eapectronctria de masas (véase Recuadro 3-2). TT16 —Gapiuio 1 Fundamentos de bioquimiea (euclane supramoteculares, dando gar undades funciona tes tales como los ibosoras, Bn ls Tabla 1-2 s¢ muestran ls Drincipales clases de biomoléilas cea teria B: cali. ‘Las protefnas, lars polimaras de aminoécidas, constitu ‘¥en, exchuyend el agus lance cellar mds importante Al- Suna proteins tienen propiedades extalltias y achian como nana ras sive como elementas estructuraies, receptores ‘de sees o transportaores que atarrean sustarvias espe +9 hacia deade el interior de las cea, Las proeinas son ‘lied Ins biomoléculis mis versitile, Los elo4 nueleieos, NAY RNA, son potinéros de moclesikdes, Almacenan trans mitenIninformacién genética y algunas moles de RNA de- sempefian papeles estructurales y cataliticos en compleloe Supramoleculares. Los polisacdridas,polimeros de aricsres simples como ta ghucosa, ieen dos funciones:irven como alma. fenide combustibles create y cxmo elementos exuctura Jes exiracelulares que proporeioran sitios de Macicn especiicas ‘ara determinadas proteins. Loc polineres mascots de azi- ares (oligomesiidoa) actin como sefales especifcas cxando se presentan unidos a profes. lipo dela super celular {Los lipides, derivado grasos o actitows de hidrocarburos, sirven como componentes esirucurals de las membranas, re serva de combustile rico en enorgia, plamentas y senses in- trocoluiaes, En protenas,dedos mucletens ¥ plisnciridas ‘mimero de subunidades monomérices es muy grande: Ia masa ralecular reat de las proteinas escila entre S000 y ms de 1 mill, es de basta varios miles deralnes en Scios nce cosy del orden de millones en polisncias como el lmidan. Jas molécuas inivicuales de pda son maueho mds pequfias (i, 7504 150) y no 9 consideran macromolécuins, Pero la ‘socineién no eovaterte do un gran mimens de: moka de I Dido produce forma de estructura de grat tana, Las ‘membrana celulares se constrayen a partir de enormes agregn- dos no covalent dle mnlscuns ce ides de prieinas, Las protenas y los acicos nurleions son maléenlas in Formativas: cls proteina y cada dcido nucleico poser una secuiencia earacteristica rica en infoernacidn. Algunos aligoss- crides de estructura ramificada y formadios por sels 0 mis aaicares diferentes son también moléculas portadaras de Informacion y acttian en la superficie celular externa eden. ‘puntos altamente especificos de reennocimient en muchos, ‘roceses celulares (como se deseriirt en ol Capitulo 7) ‘La estructura tridimensional se describe en términos de configuracién y conformacién Las enlaces covalentes y los grupos farcionales de ls bioma- Aecula: son de mportancia central para su func l igual ie In distribucdn se lon tons de ua biomotéeula an ol eepacio {ricimensonal (su estorooquimiea). Lo computes de ear- ‘bono existen normalmente como esterceisdmeras, molecu Jas que contienen los miamas enlaces quimiens pero con ta estoreoquiica diferente, es dectr, con diferente configura- im o reliciin espacial entre sus élomos corstituyentes. Las ieracciones entre las biomoléculas con invarablemente ex tereaespecifieas, lo que implica que las makéculs qv inter- ssn deben tener un estereoquinica cancreta, La Figura 1-17 muestra tres formas de lustrar la estruc- tura estereaquimica de moléculas simples. EA diagrama en a oy FIOURA 1-17 Representacdn de moléeuls, Ts maneras de ese sertar to estuctura del aminoscido alanina, a) Fermula extract en perspective simbolo (= represena un enlace en ef que ‘tee dl extero mt ancho se proyeta hacia el eter del plano de papel hacia el eco el sinbolo (=) representa enlaces que e= tn digs hacia la pate pater dl plano dl ae.) Modelo de bas y wails, donde ve ebsevan las longitudes relativas de fos evluces y Tosdnylon do enlace: (¢) Mcieoespacial tena, en que cada der se presenta consi dea der Waals- He Acido fumirico (trans) ‘perspectiva especifes In esterenquimica de forms no-ambigus, ‘pero los dings y as distancia de enlace se representan me- Jor eon modelos de bolas y Varillas, Bn los modelos espacial- ‘mente lenos el radio de cata dtomo es proporcional a su radio ‘de van der Waals los eontornos dle modelo definen el espacio -ocipide por la moléeula, Laconifigurcin es ef resuttado de la preseneta de (1) en- ‘aces dab, alrededor de los cuales no existe bert de rota 6,0 (2) centre quirales, alrededor de Js cuales bas grupos -sustituyentes se cisparen segiin una secuencia espectica. La caracteristica que identifica alos isfmeras configuracionales que no preden ser interconrertidoe sin romper temporal- ‘mente uno a mas enlaces covatentes. La Figura 1-18 muestra li configuraciones ele deo raleico y de sa isémero, el digo fumarico. Estox compuestos son isOmeras geométricos 0 ls-trans; lifieren en ka dispasiciin de sus grupos sustituyen- tes con respecto al doble enlace que no posee eapaeidadl de rotacién (deatin ci, “aeste lado" los grupos ae encuentran nel mista tada tel enlace cble; rs, “al otra indo“ to ‘7upos se hallan en Indos apuestas). Bl ciclo maleicn es el i= ‘mero cisy ol acid fumirico es el trans; eada uno de ellos es tun compuesto bien definide que puede ser aislado y purif- endo, teniendo cada uno de cllos sua propins earacteriatiens dquimicas, Un sitin dé union (por ejemplo, en un enzimia) ate sea conmplerientario para una de estas moldeulas no Ho set ‘mura la otra, lo cul explica por qué estos dos competes the Eo ‘Acide malice (cis) om) 12° Fundamentos quimicos 17 FIGURA 1-18 Confguraciones de inineror peométrcns (a Ls i= eros como el ido maeicoy of Sido fumsrica no pueden iter anvetne sn a otra de enlaces covalenies, proceso que corsame ‘mucha energia. (6) En la retina dels verebrados, el paso ical de Frocesa de deteccién de la hi ws fs absorcin de fa fue visible por parte dol 11 retinal. La enerja de la hur abserbide (aproniata- ‘mente 250 Wsol) comverte al 1-cisctinal en todo-trans-retinal, bo ae prnduce variacionesclécinicas en las cus dela retina aue dan logar al impulso nevis, 1Obstivese queen os madeles de bolas y ‘las de los retinal somite las Stamos de iden) — nen papeles bioligices diferentes a pesar de ser quimicamente muy parecicos, En el segundo tipo de lsomeria configuracional, los eua- tro sustituyentes diferentes unidos & un tomo de carbotw te traédrico pueden ordenarse en el espacio de dos maneras diferentes (lener des configuraciones, Pig, 1-19), dando lugar 8 dos estereoisémeros con propledaces quimieas. similares © identicas, pero que aifieren en algunas propiedaces tistcas y Dioldgicas. Se dice que un tomo de carhoro don cuatto susti- ttyentes dlferentes es asimétrico y les carbonos asimetricos se denominan centros quirales. (del sriewo chiros, mano"), ‘Una malécula con un solo carbone quill puede tenet det es- tereoisdmeros, mientras que puede haber 2” estereoisomeros ‘cuando los carbonos quirales son dos 9 mis fn). Algunos este- ‘eoismeros son imigenes especulares uno del otro: $02 108 llaxsados enantidmeros (Fix. 1-19), Las parejas de esteren- ‘sommeros que no son insigenes expeeulares entre spe denorni- ‘han diasteresimeras (Fis. 1-20) Tal como olseews Lous Pasteur (Recuasro 1-2), Is enan- ‘iémeros tienen propiedades quimicas cal idénticas pero se dic {erencian en una propiedad flict caructerstca, suinterace ‘con la uz polarizadla. En soluciones separadas, los cos enan- émeras rotan el plano de la Tue polacizada en direcciones fopuestas, pero solucinnes equimolares de los dos enanticime- tos (mexclas racémicas) no provocan rotacin éptics. Las ‘compuestos sin centras quirales no rotan in uz potarizan18 capiiot Fundamentas d¢ bioquimica (@ aaa Lmagen | —— Tespues de git pas = res at = in imagen aaa sae fo oer a — o aT tae FIGURA 1-19 Acimeteia molecular: moléculas quizales y aqurales. {) Cuando un Stome ce earbona tiene cuato sustityeres dferenies (8, , 1), sos pueden cisponerce de dos manerasdierentes, que dan lugar dos mols no superponibles, steno cada una de elas 4a imagen expecular de la ota (enariscmerns. Estos stomos de ear bono asimétrcos se denominay stomat guirales» centios quitales, () Ceando alrededor del diem de carbon tetradico ce disponen Goicamente tes sustnuyents diferentes es dex, hay dos susuyeren igus, solamenie «= posible una configuracidn espacial y la molé- cla es simetrica o aquial En este ease la mol&cua piel superpo- ere Simao especular la macula de a iquiera,rotando en ‘sentido contrario a la agujas del rela (cua se ira hacia absjor Por el je vertical que une Ay C), da lara la molecule espe. ‘Dd la importancta de la estereoqutmica en las reaccio- ‘ned entre biomoldculas (coma se verd més adelante), el bio- Gquimico debe poder denominar y representar la estructura de Jas biomoléculas de modo que su estereoquimica quede defi. fda sn ambigedac, KL sistoma de rrvenedatura RS es el mds {tl para compuestas con més de un centro quiral. En este ss ‘terra se asigna una prtoridat a cada uno de los zrupos unidas ‘un cazbono quiral, La prioridad para alganos sustituyentes comunes es la siguiente, —OCH, > —OH > —NH,>—COOH > —cHO> —CH,OH > ~CH,>—H Seqin el isterna RS, el étorna quiral ha dé mirarse de modo que el grupo de priaridad ms baga (4/en ef diagrama de 4 pigima siguiente) quedde situado en direrciin annesta al ob servadar. Sila prioridad de los otos tres grupos (a 9) dis ‘muye segin el sentido de las agujas del rela. la configuractoin sera (R) (del latin ractus, “dorecha) y si-va en contra del sen- Enanti¢meras (imsgenes expeculares) “3 ‘ at a insters6meros(imagones na expoeulares) FIGUNA 1-20 os tpos de estereoisimeros, Hy custo butanas di ‘orontes 2.3-bisusttuidos (p~2 eavbonos asimétricos, por consipiente 2° = 4 exterooisémerost. Cada una de ellos se muesea en un ect ‘dro.como una formula on peespectiva y common mad de bolas y vila cual sf otado para permit quel lector vento tos {UO AlgunDs paves de esternolsSenerct son imigenes especilares sso del oro senda por tao enantiGeneras. Otros panes son im Benes especulres yrocn ol namie de dlsslersdmeron12° Fundamentes quimicos $9 Louis Pasteur y la actividad dptica: Jn vino, verttas Louis Pasteur fue, en 1843, el primero en on- contrat una explicacion correcta pars el fend: meno cle la actividad Optica. Investigansio ‘sobre el sedimentoeristalino que se acurutaba, Jos bails de vino (ina forma tel éklo ta térioo denominuadekdo paratarrico, también conoeldo camo Seido racémico, del latin race- ‘us “racimo de wa), {ll nas plas muy finas para separar dos tipos de cristales cuya forma era itentica pore de los que cada uno de ellos era ln imagen especular del otro, Ambos posefian todas las propiedades quinicas det Acido tartéries pero, al dsolvertos, uno de ellos ‘ei rotar la luz polarizaci hacia la izquiercia (levégio) y el otra hacia i derecha (dextrégiro). Pasteur describise inter- ‘reid el experimento de este modo: En los euenpos isoméicas, los elementos y las proparcio- nesen las que extn combinndas son los msm, tan ako la disposi de los dtomns es diferente... Sabernos, por um lado, que las dlisposiciones moleculares dle bos dos dc dos tarsirics son asimétricasy, por el otro, cue estas di posiciones son absolutanwente iénticas, a excepelén de que exhiben asimettia en direceiones opuestas, ae ene ‘euentran los étomos del écido dexiro agrupados en forma de una espiral dextxégira, situados en el fpice dean te traedro irregular, bien ordenautos seqin ésta © aquella Asposicidn asimétrica? No lo sabernos-* ovis Pceur 1822-1885, Ahora podemos dar una respuesta, Las es Audios celstalogefifions con rayos X confirmaron fen 1051 que las formas leva y dextxdigira del ‘cido tartirico son entre ellas imagenes espect- lures y permitieron establecer la configuraciin abgotuta de zada una ae ellas (Pia. 1). Se ha uth Yndo Ia misma metodologia para demostrar ‘que, aunque el aminodcido alanina existe en dos formas enantionéricas (denominadas ny 1), en las protelnas fa slanina se presenta S610 en una de las formas (eisomero 1; vase Caple tala 3), oo, Poo HOOK, s000H Hg, Yor He i ait (2R,2R) tartrico Ande (28.38) tartarion entre} ‘ewe FIGURA 1. rascurseparécxistales de do exeeniséenctos del Scido tartitica y demors que lx diseluciones de lot dot computor or separad daban lugar al miso grado de wtacion ee uz potar- 2d pato.en direcclones opuestas, Mie tarde ee denvosté que lat formas dexadgra y lerégira de asteurcorrespondian a las formas ‘tomérieat (BRI y (5.5) aqui mostradas. Tre texto se describe el sistema oe nomenctatura KS. *Bxraido de la conferencia do Patra en la Société Chisique de Paris en 1887, ctada.en Ouflos, R (1976} tauls Fasteur Free Lance ‘al Science, p. 95, Charles Setters Sons, New York. ido de lat agujas del reo Ia configurnaton seri (S) (del latin. sister, “izquierda”). De esta manera cada carbono quiral ¢s lamado (8) 0 (S) ¥ In presencia cle esas deslgnaeiones en el nombre del eorspuesto proporelane una deseripeién inequi- vvoca de la estereoqutmica de carta centro quiral A) S Dexirariew Levicire tk ‘s Bn el Capitulo 2 se deseribe otro sistema de nomenclatura, el sistema py 4, Unasmokéent eom un solo centro quiral (coma el liceraldel ido) recibe un nombre no ambigua con cunkquiera de los fos sisters, cHO CHO, woken = (om, cae HOH techie ernie Et concept de conformacién molecular describe kn dbx sles espacial de os rips sustinaventes que ene liber tad para asloptar diferentes posiciones on el espacio sin neces de romper enlaces, gracias a su ibertad de-rotacin. Asien el etano, wr-hicrocarhuro gencio, exste Hbertd asl total de tac alrededor del enlace simple carbon eaebor0, Por io tanta, son posiles mucha conformtciones diferentes € inerconvertibles de la molécula de etano, segtin el grado de rmlacién del enlace (Fs. 1-21), Des eanfoemarianea son dee pecin interé: in extend, mds enable que las dems y poe tanto la predominant, y fa forma eelpsada, la menos estahle. No ex posible wskar ninguna de ests dios formas conformacio: ‘les puesto que se allan en equilbrio y son interconvert2 capi Fundamentos de bioquimies FIGURA 1-21. Conformaciones. EI stana tiene muchas conformacio- ‘es posibles al exist ber de race alrededor del enlace simple ‘cxbone-casbono, En ol moxeln de bolas y varillas, cuando el toma de carbono anterior desde! punto de visa de ects) y sus tes t0- "mcs oe hidigeno rotan con relaciGn al storao de carbono passe, {a energia potencial de a maléevis auments hasta uf méximo on la “conformacicn completamente eclipsada (ngulos de toridn de 0, “120, etc} y dlaminuye hasta el minima en la canformacién comple- tarmente extend (ngulos de rrscin ce GP, 180, ete.) Las deren ‘as de enesga son To suficlengemente pequefias como para peemitir 'a tpi itesconversin de as dos foras, por lo que reals imp ‘Ble aia oe format eclipse y extend, ‘es. Sin embargo, cand se reemplacan uno o més stoma de [idréigeno de aca uno ce los carbons con grupos funcionales ‘Voluminosns o eargacos eléetricamente, la libertad de totacién alrededor del enlace carbono-carbono queda restringida Fla limita el nimero de conformaciones estables de los derivadas del etano, Las interacclones entre Las blomoléeulas son estereoespecificas ‘Las interacciones biolégicas entre mniéeulas son estereoespe- celficas: su “encaje” debe cer correcto extercoquinicamente. a ‘estructura tridimensional do las biomoléenlas grandes ¥ peque- fas os de importancia primordial en sus interageiones biokégi- ‘est un reaetivo con $4 -ensima, una horror con su receptor de membrana celular, un antigeno con su anticuerpo esperciieo ‘son elemplos de ello (Fig, 1-22), Bl estudio de ta estereacui- talca biomolecular mediante métodos fisicos precisos consti- ‘hye una parte importance de Ia moderna investigacién sabre estructura celular yfuneis bioquimien. Las moléculas quirales de los organisinos vivoe se en: ‘cuentran generaimente presentes en slo una de sus formas ‘quirales. Por ejemplo, los aminodcidos estan prosentes en las protelnas silo como is6meres 1; la ghacosa, tan slo en forma de su isémero b, (En el Capttulo 3 se deseriben las eonencio- ‘es para denominar los estereoismeros cle los aminadcidos; {ac correspandicntes 0 loa ghisidos se desevibrs wn Cy {ula 7; ol aistema RS, deserito anteriormente, es el ms dtl pam algunas biomoléctlas.) En cambio, cuando un eampuesto ‘gue pasee- un tomo de carbono asimélrico se sintetiza quim FIGURA 1-22 Eneaje-complementario de ema macromolécula yuna molécula pequelia, La figura muestra un segrento de RNA de ta re om reguladora FAK del genoma det virus de a inmunodeficiencia humana fen prs) unido a una molécula ce aipninamicl fen colar, represartando un resid de um proteins que $e Une a ets regis, Larpininamids se ajusta a una cada dels supertice del RNA. 30 rmantiene en eta ientaci mediante aris interacclones no cova lentes com de. Esta representacn dela molécula cle RNA esta gene fda con el programa informética GRAS, que puede caleular fa forma dela superticie rater de uma mactomoléeula, dfinida por los radios de van der Waal de todos ls Somos dela moka o por 141 lumen de exciusin del solvente’, nds alls del cual no puede penetra una molgcula de agua, ‘carmente en e! laboratorio, la roaceisn suele prosductr tds las ‘formas quirales posibles, formando, por ejemplo, una mezcla ide formas vy i. En las c&hulas vivas se produce un sola forma ‘quital gracias aque lox enaimas que sintetizmn loc compurstoa ‘quiraies son también, a su ve2, molGeulas quirales. La estereoespecificidad, o capacidad de distinguir entre ‘eslereoisdmenos, es una propiedad de los enimas y otras pr teinas y un rasgo caracteristico de In Légiea moleeular de: las eélulas vivas. SI el sitio de-unién en Una protefna es comple- ‘mentarie para un isémere de un compuesie quiral, no ser ‘complementario para el otro isomero, En la Figura 1:23 se -mestran eos notables ejemplos de ls eapacidad tle lox siste- ‘mus biol6gicos para distinguir esterooisémeros. RESUMEN 1.2 Fundamentos quimicos \m Gracias a su vereatilidad de enlace, el stomvo de ‘urbono puede produelr uns ampli variedad de cesquoletos earbono-carbone con diversidad de grupos funcionales; estos grupos son fos que confieren st. Personalidad biokigica y quimnica a kas biomolgeulas. 1m Las colulas vivax eontienen un conjunto eas! universal compuesto por unos centenares de moléctilas de baja ‘asa molecular las interconversiones de estas moldeulas en I: ratas metabslieas centralo 20 han conservado a lo largo de la eveluctén, 1m Las protefnas y los icdas nucloiens son poltineris linesles de subunddavtes son oméricas simples; ss