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201103 BIOQUIMICA
DUITAMA
ENERO DE 2011
TABLA DE CONTENIDO
Pg.
9
Introduccin
Unidad 1: Biomolculas
introduccin
Justificacin
Objetivos
Contenido de la unidad
Captulo 1. Aminocidos
Leccin 1: Estructura general y clasificacin
Leccin 2: Aminocidos no polares o Hidrofbicos y aminocidos polares no cargados
Leccin 3: Aminocidos cidos y bsicos
Leccin 4: Propiedades acido bsicas
Leccin 5: Pruebas cualitativas y cuantitativas para determinar aminocidos y protenas en
laboratorio.
Ejercicios del captulo
Captulo 2: pptidos y protenas
Leccin 6: Pptidos
Leccin 7: Generalidades del enlace peptdico y niveles de estructuracin
Leccin 8: Estructura primaria y Secundaria
Leccin 9: Estructura terciaria y cuaternaria
Leccin 10: Clasificacin y Propiedades Fisicoqumicas
Ejercicios del captulo
Captulo 3: Enzimas
Leccin 11: Caractersticas de la accin enzimtica
Leccin 12: Cintica enzimtica
Leccin 13: Factores que influencian la actividad enzimtica
Leccin 14: Inhibicin Enzimtica
Leccin 15: Sitios activos de algunas enzimas
Ejercicios del captulo
Lecturas complementarias
Autoevaluacin unidad 1
Lecturas recomendadas
Bibliografa usada en la actualizacin de la unidad 1
11
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15
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87
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32
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52
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57
57
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80
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86
86
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92
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102
102
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110
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115
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122
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132
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133
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138
138
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184
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201
212
213
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Autoevaluacin unidad 3
Lecturas recomendadas
230
234
235
236
238
LISTA DE TABLAS
Tabla 1: aminocidos esenciales y no esenciales
Tabla 2: Aminocidos hidrofobicos
Tabla 3: Aminocidos polares no cargados
Tabla 4: Aminocidos cidos
Tabla 5: Aminocidos bsicos
Tabla 6: Estructuras de la Ala en funcin del pH
Tabla 7: Relacin entre el pH y la estructura del Glu
Tabla 8 :Propiedades fsicas de los aminocidos
Tabla 9: Accin de algunas enzimas sobre la amilopectina.
Tabla 10: Clases principales de enzimas.
Tabla 11 : Subclases de hidrolasas
Tabla 12: Sub-subclases de las proteasas
Tabla 13: ribonuclesidos y desoxirribonulceosidos presentes en los cidos nucleicos
Tabla 14: nucletidos que se encuentran en los cidos nucleicos
Tabla 15: Diferencias entre DNA y RNA
Tabla 16: Valores de G0 de hidrlisis y de Potencial de Transferencia de Grupos PTG para
algunos metabolitos fosforados
Tabla 17: Potenciales de reduccin estndar de algunos metabolitos y transportadores de la
cadena de electrones
Tabla 18: Algunas propiedades fisicoqumicas de los citocromos de la fosforilacin oxidativa
Tabla 19: Organismos fotosintticos
Tabla 20 : Precursores usados en la biosntesis de polisacridos
Tabla 21: Clasificacin de los AA esenciales o no, en humanos
16
17
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224
LISTA DE FIGURAS
Figura 1: aminocido en forma de in Zwitterion
Figura 2: estructuras segn el pH de los aminocidos
Figura 3: Curva de titulacin de un aminocido con grupo R no cargado
Figura 4: Curva de titulacin del Glu
Figura 5: Representacin coplanar del enlace peptdico
Figura 6: Formacin del enlace peptdico.
Figura 7. ngulos de torsin del enlace peptdico
Figura 8: Secuencia de AA de la insulina bovina
Figura 9: Esquema simplificado de la insulina
Figura 10 : Puentes de hidrgeno en un polipptido con estructura extendida
Figura11: Estructura en hoja plegada
Figura 12: Empaquetamiento de grupos R en la fibroina
Figura 13: Estructura de -hlice
Figura 14: Tipos de enlaces que mantienen la estructura terciaria de las protenas
Figura 15: Estructura del grupo hemo
Figura16: Estructura cuaternaria de la hemoglobina
Figura 17 : Solubilidad de las protenas en funcin de la fuerza inica
Figura 18: Velocidad de transformacin del sustrato en funcin de S
Figura 19: Efecto de la concentracin de sustrato sobre la velocidad de una reaccin
Enzimtica.
Figura 20: Representacin grfica segn Lineweaver-Burk de v vs [S]
Figura 21: Ejemplos de actividad de algunas enzimas en funcin del pH
Figura 22: Catlisis enzimtica inhibida competitivamente
Figura 23: Cintica de una enzima inhibida no competitivamente
Figura 24: Representacin segn Lineweaver-Burk de la inhibicin no competitiva
Figura 25: Representacin de la inhibicin Incompetitiva
Figura 26: Sistema relay Ser, His, Asp en quimotripsina
Figura 27: Sitio activo de la carboxipeptidasa A
Figura 28: Sitio activo de la lisozima
Figura 29: Formacin de monmeros de los cidos nucleicos
Figura 30: Pentosas presentes en los cidos nucleicos
Figura 31: Enlace N-glicosdico de los nucelsidos
Figura 32: estructura del AMP
Figura 33: estructuras de difosfatos de nuclesidos
Figura 34: Estructura fundamental de un segmento de una cadena de DNA
Figura 35: Asociacin de las bases complementarias en el DNA
Figura 36: Estructura en doble hlice del DNA
Figura 37: Estructura fundamental de un segmento de RNA
Figura 38: Estructura general en hoja de trbol de t-RNA
Figura 39: Estructura terciaria del t-RNA para Phe
Figura 40 : Ciclo global del C y O en la biosfera
16
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200
202
201
209
211
217
222
225
ABREVIATURAS
Glc
Frc
Gal
(Glc)n
Glc-1-P
Glc-6-P
Frc-6-P
Frc-1,6-P
Frc-1,6-DIP
3-PDHA
3-P-Gal
1,3-di-P-Gato
3-P-Gato
2-P-Gato
PEP
PTT
NAD
FAD
FMN
NADP
6-P-gluconato
Ribulosa-5-P
Xil-5-P
Rib-5-P
Glucosa
Fructosa
Galactosa
Glucgeno con n unidades de glucosa
Glucosa1-1fosfato
Glucosa 6-fosfato
Furctosa-6-fosfato
Fructosa 1,6-Fosfato
Fructosa 1,6-difosfato
3-fosfohidroxiacetona ( dihidroxiacetona-3-fosfato).
3-fosfo-gliceraldehido ( gliceraldehido-3-fosfato)
1,3-difosfoglicerato (glicerato-1,3-difosfato).
3-fosfoglicerato ( glicerato-3-3fosfato).
2-fosfoglicerato ( glicerato- 2-3fosfato).
Fosfoenolpiruvato
Pirofosfato de tiamina
Nicotinamida-adenin-dinucletido
Flavin adenin- dinucletido
Flavinmononucletido
Fosfato de nicotinamida adenin dinucletido
6-fosfogluconato (o glucnico-6-fosfato).
Ribulosa-5-fosfato
Cilulosa-5-fosfato
Ribosa-5-fosfato
INTRODUCCIN
La bioqumica es una ciencia que comenz a emerger desde comienzos del siglo
pasado. Es frecuentemente descrita como el estudio de la qumica de la vida e
incluye el estudio de todas las formas de vida y utiliza los conceptos bsicos
derivados de la biologa, qumica, fsica y matemticas.
Con este mdulo se pretende que el estudiante se prepare en los conocimientos
bsicos acerca de las Biomolculas y su metabolismo a travs de la comprensin
de las interacciones entre ellas, reconozca los aminocidos como unidades
estructurales de las protenas, identifique las bases conceptuales bsicas a travs
del estudio sistemtico de nociones, conceptos y problemticas que configuran el
campo general de la bioqumica y que fortalezca los conocimientos adquiridos a
travs de las diferentes prcticas de laboratorio que se van a realizar.
Se espera que despus de estudiar este mdulo el estudiante analice
adecuadamente las vas metablicas ms importantes con referencia a su
importancia relativa en el conjunto del metabolismo y las correlaciona con otras
vas; distingue las transformaciones sufridas por los nutrientes como resultado de
la accin de agentes fsicos, qumicos o biolgicos.
En vista de la importancia de este curso acadmico y teniendo en cuenta que
algunos estudiantes que ingresan a la Universidad Nacional Abierta y a Distancia,
UNAD, son personas que generalmente han dejado pasar un tiempo despus que
terminaron sus estudios secundarios para luego ingresar a la universidad, se ha
diseado un texto con la didctica necesaria para que sus contenidos sean
aprendidos teniendo en cuenta los fundamentos bsicos del aprendizaje
autnomo.
Las unidades didcticas que conforman el curso son: 1) Biomolculas, 2) cidos
nucleicos y bioenergtica
y 3) metabolismo: catabolismo y biosntesis de
Biomolculas. Al finalizar cada captulo el estudiante encuentra ejercicios de
aplicacin y al final de la unidad lecturas complementarias y la correspondiente
autoevaluacin.
El trabajo acadmico consta de dos componentes a saber: el estudio
Independiente, el cual puede ser realizado en trabajos a nivel personal y el trabajo
en pequeos grupos colaborativos que son los espacios donde se inicia el
verdadero autoaprendizaje; el segundo componente es el acompaamiento
tutorial, donde se desarrollan tutoras a nivel individual, en pequeos grupos
colaborativos o a nivel de grupo de curso.
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UNIDAD 1: BIOMOLCULAS
INTRODUCCION
En esta unidad, se encuentran los conceptos bsicos que un estudiante de
Bioqumica debe manejar, como son las generalidades, clasificacin y estructura
de aminocidos, protenas y enzimas.
En esta unidad no se consideran las Biomolculas carbohidratos y lpidos, ya que
el espacio para estos conceptos es la unidad 3.
Es de vital importancia para los estudiantes de la formacin profesional y tcnica
de los programas de ingeniera de alimentos, tecnologa de alimentos , qumica y
regentes de farmacia, el manejo y comprensin de los temas que en esta unidad
se presentan; los nexos de la bioqumica con estos campos disciplinares se
derivan en que la bioqumica como parte de las ciencias biolgicas maneja los
conceptos tericos derivados de investigaciones en donde se explican el
funcionamiento y mecanismos qumicos a nivel celular para el mantenimiento de
los procesos vitales de organismo de origen vegetal y animal. Conocer las
generalidades, clasificacin y estructura de aminocidos, protenas y enzimas,
conlleva a los estudiantes de los programas mencionados, a comprender el cmo
los organismos utilizan estas Biomolculas para sus procesos de desarrollo,
nutricin y reproduccin, para ello debe conocer que las protenas estn
constituidas por aminocidos y que las protenas intervienen en un nmero
importante de las reacciones a nivel celular y que este tipo de mecanismo qumico
se realizan a grandes velocidades gracias a los catalizadores que se encuentran
en los sistemas biolgicos como son las enzimas.
Los estudiantes deben relacionar los conceptos tericos con la aplicacin en
contexto real de sus profesiones. Para el rea de alimentos, ests Biomolculas
marcan la pauta en trminos de alimentos funcionales con calidad protena y
calidad tcnica. Para los regentes de farmacia el saber sobre Biomolculas les
puede facilitar el manejo de medicamento y el mecanismo de accin de los
principios activos que contiene. Para los Qumicos, les resulta indispensable
manejar la bioqumica de la vida para disear tcnicas de anlisis y aprta al
estudio de las mismas.
El estudio detallado de la unidad puede conducir a los estudiantes a plantear
procesos y proyectos que conduzcan a fomentar la cultura investigativa.
11
JUSTIFICACION
El desarrollo de esta unidad se hace necesario en el curso de bioqumica porque
contiene las temticas bsicas para los estudiantes que toman cursos de las
ciencias bsicas referentes a la compresin de contextos de las ciencias
biolgicas.
Es preciso el diseo de esta unidad porque se presentan los conceptos sobre
aminocidos, protenas y enzimas; temticas que sern de gran importancia en el
perfil profesional de los estudiantes de ingeniera de alimentos, agroforestal,
agronmica, zootecnia y produccin animal.
Su estructuracin permite al estudiante comprender los conceptos sobre las
generalidades, clasificacin y estructura de aminocidos, protenas y enzimas;
temas que en primera instancia no son fciles de asimilar y se necesitan de la
activacin metacgnitiva de presaberes de cursos como qumica general, qumica
orgnica. Biologa y microbiologa.
12
OBEJTIVOS
CAPITULO 1: AMINOCIDOS
CAPITULO 3: ENZIMAS
13
CONTENIDO DE LA UNIDAD
CAPITULO 1: AMINOCIDOS
CAPITULO 2: PPTIDOS Y PROTEINAS
CAPITULO 3: ENZIMAS
14
CAPITULO 1: Aminocidos
En este captulo el estudiante puede encontrar en forma clara y concreta la
estructura general de las unidades formadoras de las protenas, la clasificacin de
acuerdo a las caractersticas de su cadena lateral en relacin a su polaridad, las
pruebas que pueden aplicarse a nivel de laboratorio para su identificacin.
Los conceptos generales se refuerzan con la autoevaluacin, ejercicios de prctica
e informacin de inters que estn en recuadros donde se invita al estudiante a
generar conocimiento y consultar enlaces virtuales.
Leccin 1: Estructura general y clasificacin
1.1 estructura General
De acuerdo a Ramrez, Ruth (2009), los aminocidos son las unidades
estructurales bsicas de las protenas. Un aminocido consta de un grupo amino,
un grupo carboxlico, un tomo de hidrogeno y un grupo distinto R, enlazado al
tomo de carbono que se llama el carbono (alfa), el grupo R se refiere a la
cadena lateral que sern la identificacin del aminocido en la cadena proteica.
Veinte tipos de cadenas laterales de aminocidos que varan en tamao, forma,
carga, capacidad de enlace de hidrogeno y reactividad qumica, se encuentran
comnmente en las protenas1.
Los aminocidos se encuentran unidos en la molcula de la protena por enlaces
peptdicos (- CO-NH-) que se forman por condensacin de - COOH de un
aminocido con el -NH2 de otro. Cuando varios aminocidos se unen para dar
un polmetro de bajo peso molecular ste se conoce como polipptido, mientras
que el trmino protena se usan generalmente para polmeros de peso molecular
grande.
Las propiedades de las protenas estn en funcin de su composicin y
conformacin de los aminocidos que las componen de ah que se deba tener
especial atencin en las propiedades qumicas y fsicas de tales compuestos. Se
debe recordar que los aminocidos en disolucin (propiedades cido-bsicas), a
pH neutro, son predominante iones dipolares (zwitteriones). En la forma dipolar
de un aminocido el grupo amino esta protonado y el grupo carboxilo esta
disociado:
Ramrez, R.- segunda edicin (2009). Qumica de alimentos. Bogot: Universidad Nacional Abierta y a
Distancia.
15
EL TEMA:
TEMA:
1.2: Clasificacin
Desde el punto de vista fisiolgico- alimentario, es importante saber si
determinados aminocidos son esenciales o no para el hombre y los animales.
Dentro del grupo de aminocidos comnmente encontrados en los alimentos son
clasificados en dos grupos:
TABLA 1: aminocidos esenciales y no esenciales
Esenciales
Treonina
Metionina
Leucina
Valina
Lisina
Arginina
Fenilalanina
Histidina
Isoleucina
Triptfano
No esenciales
Serina
Alanina
Glicina
cido glutmico
cido asprtico
Prolina
Cistena
Tirosina
Prez, Gerardo. Navarro, Yolanda. (2005). Bioqumica. Bogot: Universidad Nacional Abierta y a Distancia.
16
Aminocido
Abreviatura
Aminocido
Abreviatura
Alanina
Valina
Leucina
Isoleucina
Ala
Val
Leu
Ile
Prolina
Fenilanina
Triptfano
Metionina
Pro
Phe
Trp
Met
Nombre
Estructura
Alanina
Valina
17
Leucina
Isoleucina
Cisteina
Prolina
Fenilalanina
Triptfano
18
Metionina
Fuente: Ramrez, R.- segunda edicin (2009). Qumica de alimentos. Bogot: Universidad Nacional Abierta y a
Distancia.
Aminocido
Glicina
Serina
Treonina
Cisteina
Cistina
Abreviatura
Gly
Ser
Thr
CySH
CySSCy
Aminocido
Tirosina
Asparagina
Glutamina
Hidroxi prolina
Abreviatura
Tyr
Asn
Gln
OH - Pro
Nombre
Estructura
Glicina
Serina
19
Treonina
Tirosina
Asparagina
Glutamina
Fuente: Ramrez, R.- segunda edicin (2009). Qumica de alimentos. Bogot: Universidad Nacional Abierta y a
Distancia.
Aminocido Abreviatura
Asprtico
Asp
Glutmico
Glu
pKa
3,9
4,2
20
Fuente: Ramrez, R.- segunda edicin (2009). Qumica de alimentos. Bogot: Universidad Nacional Abierta y a
Distancia.
Aminocido
Histidina
Lisina
Arginina
Abreviatura
His
Lys
Arg
pKa
6,0
10,5
12,5
21
Fuente: Ramrez, R.- segunda edicin (2009). Qumica de alimentos. Bogot: Universidad Nacional Abierta y a
Distancia.
Estudiantes de
de ingeniera y tecnologa de alimentos, tecnologa en regencia y qumica
Desde el punto de vista del perfil profesional de cada uno, cul sera la importancia y el papel de los
aminocidos en el procesado de alimentos, en el diseo de medicamentos
medicamentos y aplicacin
aplicacin industrial?
Anmate a empezar la reflexin, para ello utiliza la herramienta del curso virtual: wiki, portafolio del curso.
22
Fuente: http://es.wikipedia.org/wiki/aminocido
23
El AA usado como ejemplo es la Ala, donde los nicos grupos que en un momento
dado pueden tener carga, dependiendo del pH de la solucin, son el -COOH y el
-NH2. La siguiente tabla ilustra la situacin que se presenta en cada punto
identificado:
Punto Estructura
Corresponde a
pH << pK1
Pk1, (-COOH)
24
pl
pK2, (-NH2)
pH >> pK2
Podemos observar que al pH que corresponde al pl, la carga neta del 100% de
molculas es cero (mxima concentracin del Zwitterion); a pH inferiores al pl, un
cierto porcentaje de molculas tiene carga neta positiva, siendo mayor a medida
que el pH es ms cido y a pH superiores al pl, ms y ms molculas estn
cargadas negativamente mientras ms bsico es el pH. Notamos adems que las
zonas en que estos AA tienen capacidad buffer, se sitan en las cercanas de pK1
y pK2.
Para un aminocido cido (Glu en este caso), podemos representar la curva de
titulacin as:
25
La tabla 7 muestra lo que ocurre en cada uno de los puntos indicados en la figura
4.
Al calcular el pl vemos que es igual a 3.2 (que corresponde al pH del punto 3 en la
grfica), valor que indica que el Glu es un aminocido cido pues el pl est muy
alejado del rango 6.0 a 7.0; su carga neta a pH superiores a su pl ser negativa y
a pH inferiores, ser positiva. Al comparar su curva de disociacin con la de la Ala,
vemos que en la regin cida las inflexiones son menos fuertes.
Las curvas de titulacin obtenidas para los AA bsicos muestran tambin
inflexiones ms marcadas, pero estn desplazadas hacia pH ms altos y su
anlisis es similar.
Si se conocen los valores de pK de cada grupo y el pl (que se pueden determinar
experimentalmente) podemos proceder en forma inversa y representar las curvas
de disociacin.
26
Punto Estructura
1
Corresponde a
pH << pK1
Pk1, (-COOH)
pl
pH >> pK3
6
27
28
ABREVIATURA
LETRA
Pka1
(- COOH)
Pka2
-NH2
Pka R
R= cadena
lateral
pI
Alanina
Ala
A
2.35
9.69
6.02
Arginina
Arg
R
2.17
9.04
12.48
10.76
Asparagina
Asg
N
2.02
8.80
5.41
cido Asprtico
Asp
D
2.09
9.82
3.86
2.97
Cisteina
Cys
C
1.96
10.28
8.18
5.07
Fenilalanina
Phe
F
1.83
9.24
5.53
Glutamina
Gln
Q
2.17
9.13
5.65
cido glutmico
Glu
E
2.19
9.67
4.25
3.22
Glicina
Gly
G
2.34
9.78
6.06
Histidina
His
H
1.82
9.17
6.00
7.58
Isoleucina
Ile
I
2.36
9.68
6.02
Leucina
Leu
L
2.36
9.64
6.00
Lisina
Lys
K
2.18
8.95
10.53
9.74
Metionina
Met
M
2.28
9.21
5.75
Prolina
Pro
P
1.99
10.6
6.30
Serina
Ser
S
2.21
9.15
5.68
Tirosina
Tyr
Y
2.20
9.11
10.07
5.65
Treonina
Tre
T
2.71
9.62
6.16
Triptfano
Trp
W
2.38
9.39
5.89
Valina
Val
V
2.32
9.62
5.97
Fuente: Cheftel Jean- Claude. Protenas alimentaras: bioqumica, Propiedades funcionales, valor nutritivo, modificaciones
qumicas. Valores de pka y pI de loa aminocidos a 25 C.
cuantitativas
para
determinar
Consulta la presentacin virtual en la pgina principal del curso sobre: caracterizacin de protenas,
parte 1 y 2.
5.1 Aminocidos.
Las pruebas cualitativas para la determinacin de las propiedades generales de los
aminocidos se relacionan a continuacin de acuerdo a Plummer, David (2000)4:
Reaccin de la Ninhidrina
Reaccin Xantoproteica
Plummer, David (2000). Bioqumica Prctica. Londres: mcGraw- Hill Latinoammericana S.A.
29
Los compuestos que contienen el radical hidroxibenceno (la tirosina) reaccionan con el
reactivo de milln formado compuestos rojos. Los nicos aminocidos fenlicos son la
tirosina y sus derivados y solamente ellos dan una reaccin positiva.
Reaccin de cido
glioxlico para triptfano
El grupo indlico del triptfano reacciona con el cido glioxlico en presencia del cido
sulfrico concentrado dando un color prpura. El cido actico glacial que ha sido
expuesto a la luz contiene cido glioxlico.
Prueba de Pauly
El cido sulfanilico diazotizado se une con las aminas de la arginina y la lisina, fenoles
como el de la tirosina e imidazoles como la Histidina para dar compuestos azo
fuertemente coloreados.
Reaccin de Ehrlich
Este reactivo reacciona con un buen nmero de compuestos orgnicos tales como ndoles,
aminas aromticas y compuestos ureicos para dar compuestos coloreados.
Los grupos tioles reaccionan con nitroprusiato de sodio ( Na2Fe(CN)5NO) en presencia de
un exceso de amoniaco para dar un color rojo.
Prueba de nitroprusiato
Reaccin de Sakaguchi
El nico aminocido que contiene grupos guanidinios es la arginina; esta reacciona con
alfa-naftol y un agente oxidante tal como el agua de bromo dando un color rojo.
El sulfato alcalino de cobre reacciona con compuestos que contienen dos o mas enlaces
peptdicos dando un complejo de coloracin violeta. La intensidad del color obtenido es
una medida del nmero de enlaces peptdicos presentes en la protenas.
5.3 Mtodos Cuantitativos de aminocidos y protenas
El desarrollo del color no es el mismo en todos los aminocidos. Los aminocidos como
la prolina e hidroxiprolina dan un color amarillo, as que ellos se leen a 440 nm.
Las protenas reaccionan con el reactivo de Folin para dar un complejo colorado. El color
que se forma es debido a la reaccin del cobre alcalino con la protena, tal como sucede
en el ensayo de biuret y la reduccin de fosfomolibdato por la tirosina y el triptfano
presentes en la protena. La intensidad del color depende del nmero de aminocidos
aromticos presentes y cambiaran segn la clase de protena.
30
31
Todos los tomos que intervienen en el enlace son coplanares, es decir, estn
situados en el mismo plano. Esta situacin la podemos ilustrar en la figura 5.
32
33
los
La
los
de
Las hidrlisis totales emplean cidos concentrados (HCI, H2SO4) que rompen
inespecficamente los enlaces peptdicos en condiciones drsticas de temperatura;
la mezcla de AA resultantes se separa por mtodos cromatogrticos. Esto nos
permite determinar cules AA hacen parte del pptido pero no el orden
(secuencia) en que estn colocados.
La secuencia se determina combinando rupturas selectivas de los enlaces
peptdicos, logrados en condiciones suaves, por medio de agentes especficos que
generalmente son enzimas con el establecimiento de los AA-N terminales, Cterminales e intermedios, de los fragmentos resultantes ms pequeos.
Para identificar estos AA se puede usar el reactivo de Sanger o reactivos que
actan en forma similar como el reactivo de Edman o el Dansilo.
El conocimiento de la estructura de los pptidos permite, adems de su
caracterizacin, establecer cules AA son determinantes para la funcin biolgica
del pptido y, como veremos ms adelante, postular una estrecha correlacin
entre la estructura y la actividad biolgica.
6.2 Propiedades cido-base
El comportamiento cido-base de cada pptido est determinado por los grupos NH2 y -COOH (N- y C- terminales respectivamente) y por los grupos R de los AA
presentes.
Por ejemplo, en pptidos del grupo de las bradikininas, que poseen una fuerte
actividad depresora de la tensin arterial, es frecuente la presencia de
aminocidos bsicos lo cual le confiere pH fisiolgicos, cargas positivas y un pl
34
Oxitocina
Vasopresina
35
36
Angiotensina I:
Asp-Arg-Val-Tyr-Val-His-Pro-Phe-His-Leu
Angiotensina II:
Asp-Arg-Val-Tyr-Val-His-Pro-Phe
(-Glu-Cys-Gly) = (GSH)
37
38
Fuente: Ramrez, R.- segunda edicin (2009). Qumica de alimentos. Bogot: Universidad Nacional
Abierta y a Distancia.
39
7. 1 Niveles estructurales6
Se considera que cuando un pptido sobrepasa los 40-50 aminocidos tenemos
una cadena polipeptdica que llamamos protena. Estos polmeros poseen un
considerable grado de complejidad que se expresa en todas las protenas en por
lo menos tres niveles de estructura y en algunas hasta cuatro.
Estructura primaria. Est definida por la composicin en AA y su secuencia en la
protena.
Estructura secundarla. Es el ordenamiento espacial de las cadenas
polipeptdicas resultante de interacciones por puentes de hidrgeno formados
nicamente entre los tomos que intervienen en el enlace peptdico.
Estructura terciaria. Consiste en la distribucin espacial de todos los grupos de la
protena, es decir, su conformacin tridimensional.
Estructura cuaternaria. Est dada por la asociacin reversible de varias cadenas
polipeptdicas (monmeros) iguales o diferentes. Este tipo de estructura solo la
poseen algunas protenas.
Debido a la importancia que revisten estos niveles de organizacin para la
comprensin del funcionamiento y propiedades de las protenas, las discutiremos
con algn detalle a continuacin.
Leccin 8: Estructura primaria y Secundaria7
8.1 Estructura primaria
El alto nmero de AA que integran una protena nos da, en forma similar a lo
anotado en los pptidos, una enorme variabilidad estructural y para caracterizar
una protena debemos por tanto conocer su composicin en AA y el orden en que
se encuentran.
La determinacin de la composicin se logra sometiendo la protena a una
hidrlisis drstica con cidos o bases (generalmente HCI 6N y Ba(OH)2 4N) y
analizando cuantitativamente la mezcla de AA libres que resulta. Actualmente esto
se logra por medio de un analizador automtico de AA que se basa en la
6
7
40
Figura 8: Secuencia de AA de la
insulina bovina
Prez, G. Navarro Y. (1992).
Bioqumica. Santa fe de
Bogot.: Unisur.
41
42
43
H3 N +
COO
H3 N +
COO
OOC
+ NH3
44
45
46
Las fibras que tienen esta estructura son extensibles reversiblemente, luego de un
tratamiento por calor hmedo debido a que el agua provoca la ruptura de los
puentes de hidrgeno intramoleculares y la cadena puede adquirir una
configuracin extendida.
El grupo III posee una unidad de repeticin de 2.8 , y los puentes de hidrgeno
se forman entre tres cadenas polipeptdicas que se enrollan entre s, de manera
helicoidal. El mejor ejemplo de este tipo de estructura es el colgeno, protena que
constituye un 30% de las protenas del cuerpo humano y est presente en tejido
conjuntivo, piel, huesos, tendones. El colgeno tiene un 33% de Gly, 25% de Pro o
OH-Pro y 11% Ala, sin que haya Trp, CySH, CySSCy y con menos del 2% de Phe,
Tyr.
Cada cadena peptdica tiene aproximadamente 1000 AA y la unin de las tres
constituye el tropocolgeno que es la fibra bsica con 14 de dimetro y 2800
de larga. Estas fibras se unen a otras a travs de enlaces covalentes y generan el
colgeno De manera simplificada podemos representar el tropocolgeno as:
47
Figura 14: Tipos de enlaces que mantienen la estructura terciaria de las protenas
Fuente: Prez, G. Navarro Y. (1992). Bioqumica. Santa fe de Bogot.: Unisur.
48
49
50
51
52
Para reflexionar: Porque se dice: de la composicin y conformacin de una protena depender su funcin
biolgica?
Cmo se puede llegar a perder la actividad biolgica de una protena?
Qu entiende por estructura nativa de una protena?
Qu es el Pka de un cido?
Sera muy interesante que escribieras tu anlisis en la herramienta de curso Wiki (portafolio del curso)en el aula
virtual.
53
pH: A mayor interaccin con el solvente mayor ser la solubilidad, por esto
en el pl (donde la carga neta es cero) la solubilidad es mnima.
Fuerza Inica () de la solucin: La mayora de las protenas presenta un
comportamiento como el ilustrado en la figura 17, donde se grafica el
logaritmo de la solubilidad en funcin de la fuerza inica:
54
10.2.4 Desnaturalizacin:
Como discutimos anteriormente, la actividad biolgica de las protenas depende
de la conservacin de su estructura en los diferentes niveles (primaria, secundaria,
terciaria y aun cuaternaria en las protenas que la poseen). Es lgico pensar que
condiciones ambientales (hidrlisis, oxidacin, reduccin) que provoquen la
destruccin de enlaces covalentes causarn una prdida de la actividad; sin
embargo esta prdida se puede presentar tambin sin necesidad de romper
enlaces covalentes y en estos casos es imputable a modificaciones profundas de
su estructura terciaria y/o cuaternaria.
55
56
2.
3.
4.
estructura
que le es
CAPITULO 3: ENZIMAS9
En este captulo el estudiante puede encontrar en forma clara y concreta los
mecanismos mediante los cuales las enzimas ejercen su actividad cataltica, para
ello se analiza la especificacin de accin y de sustrato. Se presenta la
clasificacin enzimtica.
Las enzimas son sustancias importantes y mediadoras de las reacciones que
suceden en la celular, por ellas las reacciones tienen mayores velocidades en
corto tiempo, por lo que es importante estudiar los factores que condicionan su
actividad al igual que su inhibicin.
Los conceptos generales se refuerzan con la autoevaluacin, ejercicios de prctica
e informacin de inters que estn en recuadros donde se invita al estudiante a
generar conocimiento y consultar enlaces virtuales
Leccin 11: Caractersticas de la accin enzimtica
En este captulo vamos a considerar un grupo de protenas que cumplen con la
funcin esencial de catalizar las reacciones qumicas que en su conjunto
constituyen el metabolismo. Estas protenas, que antiguamente se denominaron
fermentos, reciben el nombre de enzimas y frecuentemente son del tipo de las
albminas o de las globulinas pudiendo segn el caso ser protenas simples o
conjugadas. Su distribucin es muy amplia ya que todos los seres vivos las
poseen y podemos asignarles el papel de catalizadores biolgicos.
Adems de tener las propiedades generales de los catalizadores orgnicos o
inorgnicos, las enzimas ejercen su accin presentando las siguientes
caractersticas:
11.1 Especificidad de accin
57
Esto significa que una enzima en particular cataliza con un sustrato dado, un solo
tipo de reaccin qumica y ningn otro. Un buen ejemplo lo constituyen las
enzimas que intervienen en el metabolismo de los aminocidos, compuestos que
segn el tipo de enzima involucrada dar origen a diferentes productos; de manera
general podemos ilustrar este ejemplo as:
Tendremos entonces que la reaccin (1) ser catalizada solo por oxidasas y no
por decarboxilasas o transaminasas y as sucesivamente.
11.2 Especificidad por el sustrato
Cada enzima reconoce de una manera muy selectiva su sustrato basndose en la
estructura tridimensional que ste posee. La estreo especificidad es la que
determina que una oxidasa dada modifique por ejemplo la L-Phe sin que la
DPhe sea alterada. Otro ejemplo son las proteasas que reconocen a nivel del
enlace peptdico cules son los AA adyacentes del lado amino o carboxilo; esto se
observa al comparar los enlaces hidrolizados en el siguiente pptido:
58
Enzima
-amilasa
Ataque
Interno, enlaces -1,4; su accin
se detiene en las cercanas de
enlace -1,6.
Extremo no reductor, enlaces 1,4; su accin se detiene en las
cercanas de enlace -1,6.
Interno, enlaces -1,6.
-amilasa
Productos
Maltosa,
glucosa
oligosacridos ramificados.
Maltosa
y
dextrina
(polisacrido).
lmite
Polisacridos (y oligosacridos)
con enlaces -1,6.
Tabla 9: Accin de algunas enzimas sobre la amilopectina.
Fuente: Prez, G. Navarro Y. (1992). Bioqumica. Santa fe de Bogot.: Unisur.
59
Clase
1.
2.
3.
Nombre
xido reductasa
Transferasas
Hidrolasas
4.
Liasas
5.
6.
Isomerasas
Ligasas
Accin Cataltica
Catalizan reacciones de xido-reduccin.
Catalizan reacciones de transferencia de grupos.
Catalizan reacciones de hidrlisis de enlaces covalentes CO, C-N, C-C, etc.
Catalizan reacciones que implican formacin de un doble
enlace debido a la remocin de un grupo o desaparicin de
un doble enlace por adicin de un grupo.
Reacciones de isomeracin.
Reacciones en las que se forma un enlace entre dos
tomos, acompaada de un consumo de energa.
60
Cada una de estas clases se subdivide en varias subclases de acuerdo con el tipo
de enlace; por ejemplo la clase de las hidrolasas se divide en:
Subclase
3.1
3.2
3.3
3.4
3.5
3.6
3.6
3.8
3.9
3.10
3.11
Hidrolasa
Esterasas
Glicosidasas
Hidrolasas de teres
Peptidasas
Otros grupos CN
Anhdridos de cido
Enlaces C-C
Enlaces C-haluro, P-haluro
Enlaces P-N
Enlaces S-N
Enlaces C-P
Nombre general
Lipasas
Amilasas Celulasas
Tripsina
Pptidos, protenas.
Amidas
3.4.21
3.4.21.1
3.4.21.2
3.4.21.4
3.4.21.5
61
62
k1
k2
E + S
ES
E+P
Ecuacin 1
k 1
donde
Ecuacin 2
V max [S]
KM + [S]
Ecuacin 3
Reemplazando en la ecuacin 3:
V max [S]
v = 1 V max =
2
KM + [S]
Ecuacin 4
63
Figura 19: Efecto de la concentracin de sustrato sobre la velocidad de una reaccin enzimtica.
Fuente: Prez, G. Navarro Y. (1992). Bioqumica. Santa fe de Bogot.: Unisur.
V max [S]
KM + [S]
64
1 KM + [S ]
=
v V max [S ]
1
KM 1
1
=
.
+
v V max [S] V max
Ecuacin 5
V max [S]
KM + [S]
65
(V max .v ) 1 = (V max .v )
KM
1
1
.
+ (V max .v )
v
V max [S]
V max
v
V max = KM .
+v
[S]
v
Ecuacin 6
v = V max KM .
[S]
66
k1
K2
k3
k 1
k2
k 3
k4
E + S
ES
EZ
EP
E+P
Ecuacin 7
k1
k2
E + S1
ES1
E + P1
k 1
k3
k4
E + S 2
ES 2
E + P2
Ecuacin 8
k 3
67
Origen de la enzima; las enzimas que modifican el mismo sustrato pero que
por provenir de diferentes fuentes difieren en su pH ptimo, pl, KM, velocidad
de inactivacin trmica, etc., reciben el nombre de isoenzimas; en ellas las
variaciones en pH ptimo pueden ser hasta de 2,5 a 3 unidades de pH.
68
69
k2
E + S
ES
E+P
k 1
k3
E + I
EI
Ecuacin 9
k 3
1
KM
[I] 1 + 1
= * 1 +
*
v i V max K i [S] V max
Ecuacin 10
Donde
v = velocidad de reaccin en presencia del inhibidor.
*
[E ][I]
EI
70
71
Malonato
Oxalacetato
Actan como inhibidores competitivos pues al igual que el sustrato natural poseen
dos grupos COO- y un tamao adecuado para encajar en el sitio activo de la
enzima.
14.2 Inhibicin no competitiva
Se presenta por la unin reversible del inhibidor a un sitio de la enzima libre o con
sustrato, diferente del sitio activo. Esta unin provoca cambios en la conformacin
de la enzima alterando as el sitio activo e impidiendo por consiguiente la
transformacin del sustrato. Las reacciones que ocurren simultneamente son:
E + S
ES
E + P
E + I
EI
Ecuacin 11
ES + I
EIS
Ecuacin 12
72
1 KM
[I] 1 + 1 1 + [I]
1 +
*
*
K
v i V max K i [S] V max
Ecuacin 13
73
74
Si hacemos una revisin de lo tratado en esta seccin vemos que es posible por
comparacin de las grficas de Lineweaver- Burk, formarse una idea del tipo de
inhibicin y deducir con base en ello cules AA participan en el sitio activo o cul
es la estructura aproximada del sustrato natural o cules otros compuestos podra
actuar como inhibidores.
En la prxima seccin discutiremos algunos aspectos sobre la estructura de sitios
activos de enzimas, que en parte se han aclarado con el uso de inhibidores.
Leccin 15: Sitios activos de algunas enzimas
Debido a la gran variedad de enzimas existentes y por ende de sitios activos nos
limitaremos a considerar los sitios catalticos de algunas de las enzimas mejor
conocidas. Es conveniente recordar que para establecer la estructura de un sitio
activo es necesario conocer en detalle la estructura terciaria de la enzima y puede
ser de gran ayuda aclarar para un inhibidor dado, cul es el tipo de inhibicin que
se presenta. A su vez el conocimiento del Sitio activo, juntamente con los
parmetros que inciden en la actividad enzimtica, permite proponer el mecanismo
molecular por el cual se efecta la catlisis.
Un grupo de enzimas particularmente bien estudiado lo constituyen las proteasas
de la familia de la tripsina que adems de esta enzima incluye la quimotripsina,
elastasa, trombina y la proteasa B de Streptomices griseus (una bacteria). Usando
inhibidores incompetitivos (DPF y otros) se ha establecido que en estas protenas
75
el sitio activo est formado por Ser, His y Asp que segn Blow (lecturas
recomendadas 3 y 4) dan lugar a un sistema relay de transferencia de protones
que le confiere al oxgeno del grupo OH de la serina, un carcter nucleoflico que
facilita el ataque del enlace peptdico y su posterior hidrlisis.
La figura 26 muestra cmo opera este sistema relay en la quimotripsna con su
Ser 195, His 57 y Asp 102.
Esta clase de sitio activo lo tienen tambin las proteasas de la familia de la
subtilisina, enzima producida por la bacteria Bacillus subtilis. En todas ellas hay
una interesante similitud de secuencias en la regin donde se localiza la serina del
sitio activo; esto ha dado lugar a la idea de una convergencia evolutiva en estas
enzimas.
76
77
-1,4
-1,4
-1,4
-1,4
NAG NAM NAG NAM NAG NAM que ocupa todo el sitio activo y
teniendo en cuenta la conformacin del sustrato y del sitio activo propuso el
mecanismo representado en forma simple en la figura 28.
La catlisis cido-base se realiza con la intervencin de los grupos carboxilo del
Asp 52, que por estar situado en una regin polar de la protena, se encuentra
como -C00- aun en condiciones cidas, y del Glu 35 que est en forma no
disociada debido al ambiente hidrofbico que lo rodea. Observando la figura 27, la
cesin del H+ del Glu 35 sobre el O del enlace glicosidico (a), la estabilizacin del
in carbonio (C+ ) por el Asp 52 (b) y la intervencin de un 0H- (que se fija sobre el
C+ ) y de un H+ (que se fija sobre el carboxilo del Glu 35) (c), son los pasos por los
cuales se realiza la catlisis.
Actualmente se conocen los mecanismos catalticos de algunas enzimas ms
incluyendo las proteasas de tipo tiol como la papana, que poseen una CySH en
su sitio activo.
Los ejemplos anteriores adems de describir en detalle los mecanismos
moleculares por los cuales se realiza la catlisis enzimtica, nos sirven para
ilustrar la estrecha correlacin existente entre la estructura y la funcin de las
enzimas.
Es evidente que an pequeos cambios conformacionales, que resultan en
variaciones de las distancias y posiciones espaciales de los grupos activos de la
enzima con respecto al sustrato, pueden modificar apreciablemente la funcin
cataltica (o reguladora) de la enzima.
78
Clase
Subclase
2. Muestre cules de los siguientes sustratos son atacados por las enzimas
indicadas:
Sustrato
a. Hb
b. Amilosa
c. Triglicrido
d. Lisozima
e. Celulosa
f. Insulina
Enzima
1. Fosfatasa
2. Oxidorreductasa
3. Quimotripsina
4. Lipasa
5. 1,4-glicosidasa
6. Carboxipeptidasa
79
LECTURAS COMPLEMENTARIAS
Las actividades que aqu se presentan, son a nivel formativo y no cuantitativo (es decir, no
generan calificacin).
80
81
82
AUTOEVALUACION DE LA UNIDAD 1
1. Ilustre la estructura general de los aminocidos que constituyen las protenas e identifique sus
caractersticas generales.
2. Establezca la correspondencia entre los trminos de la columna de la izquierda y los de la
derecha, que pueden ser vlidos para un aminocido. Cada trmino puede ser usado una vez,
varias veces o ninguna vez.
a.
b.
c.
d.
e.
f.
g.
Glutmico
Valina
Lisina
Asprtico
Triptfano
Metionina
Arginina
( ) 1. Aminocido bsico
( ) 2. Aminocido aromtico
( ) 3. Aminocido azufrado
( ) 4. Aminocido con grupo fenlicos
( ) 5. Aminocido cido
( ) 6. Aminocido neutro
( ) 7. Aminocido con grupo imidazol.
Abreviatura
Estructura
Tipo
7. A partir de los valores dados en la tabla 1 represente las curvas de titulacin para cada uno de
los siguientes aminocidos. Ubique las zonas con capacidad buffer y calcule el pl para cada uno:
Aminocido
His
Arg
Lys
Asp
-COOH
1,8
2,2
2,2
2,1
-NH2
9,2
9,0
8,9
9,8
R
6,0
12,5
10,5
3,9
83
Ser
2,2
9,1
Gly
1,9
9,2
8. Usando los valores de PKa de la tabla 1, calcule los pl de los siguientes pptidos:
a) Arg-Gly-Asp-Ser
b) Ser-Lys-His
9. Teniendo como criterio la naturaleza qumica de sus cadenas laterales, cmo puede clasificar
los aminocidos? Cite dos ejemplos en cada caso, indicando en los casos pertinentes, los valores
de pK de los grupos R.
10. Explique a partir de la curva de disociacin que puede dibujar a partir de los siguientes datos,
porqu la His es el nico AA con capacidad tampn a pH fisiolgico.
Grupo
pKa
-COOH
1.8
-NH2
9.2
R-(imidazol)
6.0
pK del grupo de la His
11. Describa las caractersticas del enlace peptdico.
12. Enuncie los tipos de degradacin a que puede ser sometido un pptido, identificando los
agentes que los provocan y los mtodos de anlisis usados en cada caso.
13. Cite los diferentes factores que influyen en la solubilidad de las protenas. Recuerde cules son
los factores que afectan la interaccin de las protenas con un solvente dado.
14. Explique cmo estn definidos los niveles de organizacin estructural de las protenas.
15. Compare las caractersticas de cada una de las clases de estructura secundaria que puede
adoptar una protena. D un ejemplo en cada caso.
16. Explique la correlacin existente entre la estructura y la funcin de:
a. Hemoglobina
b. Fibroina
17. Explique las relaciones existentes entre la composicin en AA, el pl de la protena y el pH de la
solucin con:
c. La solubilidad de la protena
d. Las propiedades anfteras
e. Las interacciones con iones
18. Cite las diferentes formas como se puede desnaturalizar una protena.
19. Analice las consecuencias de la desnaturalizacin sobre la actividad biolgica de las protenas.
84
Quimotripsina
Carboxipeptidasa A (2 ataques sucesivos)
Tripsina
Aminopeptidasa (3 ataques sucesivos)
- amilo-1, 6-glicosidasa
GIu-Leu-Ala-Phe-Arg-Met-Val-Lys-His-Trp-Gly-Ala
23. En la hidrlisis de - Glicerotosfato con fosfatasa intestinal (pH 9,2 a 37C), se determin el
efecto de la concentracin de sustrato sobre la actividad enzimtica. La determinacin del fsforo
resultante a los 20 minutos de hidrlisis se realiz colorimtricamente obtenindose los siguientes
datos:
(-glicerofosfato)
(Fosfato)
moles/ml
nano moles/ml
-9
(10 moles/ml)
2
186.7
3
311.2
8
470.1
12
646.6
16
706.5
20
742.9
1189.7
40
Calcule la velocidad para cada concentracin de sustrato, y con el mtodo de Lineweaver-Burk
determine los valores de KM y Vmax.
24. Teniendo en cuenta las caractersticas de los diferentes tipos de inhibicin, deduzca de cada
una de las siguientes grficas:
a. Tipo de inhibicin
b. Cmo cambian los valores de KM y Vmax respecto a los obtenidos sin inhibidor. De qu
otra manera podra representar grficamente estas inhibiciones?
25. Escriba las caractersticas que sirven para identificar la accin de las enzimas. D ejemplos
en cada caso?
85
26. Teniendo en cuenta el tipo de reaccin que catalizan, cmo se pueden clasificar las enzimas?
27. Analice las diferentes zonas que se pueden presentar en la catlisis enzimtica.
28. Cmo se pueden caracterizar cinticamente las reacciones enzimticas? Explique el
significado fsico de los parmetros involucrados en este anlisis.
29. Explique cmo influyen el pH, la temperatura y los efectores en la actividad de las enzimas.
30. Compare entre s los distintos tipos de inhibicin enzimtica
LECTURAS RECOMENDADAS
Usted puede profundizar algunos de los temas estudiados del captulo 1y 2
consultando las siguientes referencias:
1. Protenas/P. Doty: En: La base molecular de la vida /Julio R Villanueva:
Lecturas del Scientific American.- - Madrid: Blume, 1971.- - p31.
2. La molcula de la insulina / E.O.P. Thompson. - - En: Ibid., p.24
3. La molcula de hemoglobina / M. F. Perutz. - - En: Ibid, p39.
Usted puede profundizar algunos de los temas estudiados del captulo 3
consultando las siguientes referencias:
1. Enzyme Kinetics /R.A. Alberty. - - Advances in Enzymology. - - Vol 17, 1956.- p1
2. La estructura tridimensional de una enzima / D.C. Phillips.- -En: Las bases
moleculares de la vida/ R.H. Haynes; P:L. Hanawalt.- - San Francisco:
Freeman Co, 1968.
3. Serine proteases. Structure an mechanism of catalysis /J.Kraut.- - Annual
Review Biochemistry. - - Vol 46, 1977.- - p331
4. Biochemistry / D. E. Metzler. - - New York: Academic press, 1977.- - p 374-379.
86
87
comprender esta unidad para aportar a nuevas tcnicas analticas para el estudio
de esta molculas y sus posibles aplicaciones en otras reas.
El estudio detallado de la unidad puede conducir a los estudiantes a plantear
procesos y proyectos que conduzcan a fomentar la cultura investigativa.
JUSTIFICACION
El desarrollo de esta unidad se hace necesario en el curso de bioqumica porque
contiene las temticas bsicas para los estudiantes que toman cursos de las
ciencias bsicas referentes a la compresin de contextos de las ciencias
biolgicas.
Es preciso el diseo de esta unidad porque se presentan los conceptos sobre
cidos nucleicos; temticas que le pueden ser tiles en el perfil profesional de los
estudiantes de ingeniera de alimentos, agroforestal, agronmica, zootecnia y
produccin animal.
Su estructuracin permite al estudiante comprender los conceptos sobre las
generalidades, clasificacin y estructura de nucelsidos, nucletidos, ADN y ARN;
temas de fcil comprensin pero que requieren de la activacin metacgnitiva de
presaberes de cursos como Biologa y microbiologa.
88
OBJETIVOS
CAPTULO 4: ESTRUCTURA DE BASES, NUCELSIDOS Y NUCLETIDOS
Diferencia los tipos de bases nitrogenadas que conforman los cidos
nucleicos
Analizar la formacin de nucelsidos y nucletidos.
Analizar la estructura qumica de nucelsidos y nucletidos.
89
CONTENIDO DE LA UNIDAD
90
10
Garrido, Armando. Teijon, Jos Mara (2008). Fundamentos de Bioqumica estructural. Madrid, Espaa:
Editorial Tebar.
91
Fuente: Garrido, Armando. Teijon, Jos Mara (2008). Fundamentos de Bioqumica estructural. Madrid,
Espaa: Editorial Tebar.
11
92
Purina
Adenina (A)
Guanina (G)
Pirimidina
Citosina (C)
Uracilo (U)
Timina (T)
93
Inosina (l)
1-Metil-I (Me-I)
5 -Hidroximetil-G (5-OHMe-G)
Seudo uridina ()
5-metil-C (5-Me-C)
Dihidrouridina (DHU)
94
En general:
En el ADN: D-2- desoxirribosa
En el ARN: D-ribosa
18.2 Formacin de nuclesido
Se forman por la unin de una pentosa (ribosa o deoxirribosa) a una base
purnicas o pirimidnicas a travs de un enlace N-glicosdico en las posiciones 9 y
3 respectivamente. Por ejemplo con Adenina y Citosina tendramos:
Adenosina
2 -Deoadenosina
Citidina
Deoxicitidina
95
Fuente: Garrido, Armando. Teijon, Jos Mara (2008). Fundamentos de Bioqumica estructural. Madrid,
Espaa: Editorial Tebar.
Fuente: Garrido, Armando. Teijon, Jos Mara (2008). Fundamentos de Bioqumica estructural. Madrid,
Espaa: Editorial Tebar.
96
Fuente: Garrido, Armando. Teijon, Jos Mara (2008). Fundamentos de Bioqumica estructural. Madrid,
Espaa: Editorial Tebar.
En sntesis:
Resultan de la esterificacin de un nuclesido por uno o varios grupos fosfato P .
Los nucletidos biolgicamente ms importantes portan el fosfato en el OH-5 de
la ribosa o desoxirribosa y por convencin cuando no se especifica la posicin del
fosfato, se sobreentiende que est en 5. Dependiendo del nmero de grupos que
intervengan, se pueden obtener los nucletidos AMP, ADP y ATP, a partir de la
adenosina. En el caso del trifosfonucleotido la posicin relativa de los grupos P
se indica con , y ; los deoxirribonucleotidos (formados con deoxirribosa) sern
entonces d-AMP, d-ADP y d-ATP.
Adenosin monofosfato
Adenosin difostato
AMP
ADP
97
Adenosin trifosfato
ATP
De una manera anloga tendremos GMP, CMP, UMP, GDP, CDP, etc.
Los monofosfonucleotidos (AMP, GMP, CMP, UMP, TMI) son los bloques
constituyentes de los diferentes tipos de cidos nucleicos en forma similar a como
los AA son los bloques constituyentes de los pptidos y protenas; los otros
nucletidos (di, tri y an tetra) intervienen, como lo veremos en captulos
posteriores, activamente en innumerables reacciones del metabolismo y como
precursores en la sntesis de los cidos nucleicos.
Los nucletidos que se encuentran en los cidos nucleicos son:
Fuente: Garrido, Armando. Teijon, Jos Mara (2008). Fundamentos de Bioqumica estructural. Madrid,
Espaa: Editorial Tebar.
98
Consulta
los
siguiente
siguiente enlaces virtuales
http://biomodel.uah.es/model1j/prot/inicio.htm
http://www.youtube.com/watch?v=Gn8NaEEEykk
para
profundizar
en
el
tema:
Fuente: Garrido, Armando. Teijon, Jos Mara (2008). Fundamentos de Bioqumica estructural. Madrid,
Espaa: Editorial Tebar.
12
Garrido, Armando. Teijon, Jos Mara (2008). Fundamentos de Bioqumica estructural. Madrid, Espaa:
Editorial Tebar.
99
En el tratamiento de enfermedades existen nuclesidos naturales y sintticos que hacen parte de los principios
activos de ciertos frmacos, conoces alguno de ellos?
Comienza a escribir un documento con relacin a este tema usando la herramienta vitual de tu curso, el wiki
(portafolio del curso).
Entre los trifosfatos de nucletidos se destaca por sus funciones el adenosin-5trifosfato (ATP). Este compuesto es la reserva energtica de los procesos
endergnicos del metabolismo tales como la contraccin muscular, sntesis de un
gran nmero de compuestos o transporte activo a travs de ls membranas
celulares.
Seor estudiante:
Saba que.
La gota, es una alteracin en la que existe una formacin excesiva de cido rico y una produccin
excesiva de purinas?
El cido rico pasa a la sangre, y en las articulaciones y en otros tejidos se depositan cristales de
urato sdico. La hiperuricemia puede causar inflamacin aguda (clsicamente en el dedo gordo del
pie), artritis gotosa y clculos renales.
La gota puede ser primaria o secundaria; la primaria
primaria se debe a alteraciones en la regulacin de la
biosntesis de purinas . la Secundaria, produce una menos excrecin de urato.
Interesante tema para continuarlo en la herramienta virtual de tu curso, el wiki portafolio del curso!
100
2.
Complete la informacin
Nuclesido pirimidinas
Diferenci
a
Estructura
no
mb
re
Diferencia
Estructura
Nombre
Nuclesido purnica
de la siguiente tabla:
3. Asocie cada una de las siguientes molculas con el (los) tipo(s) de estructura(s)
correspondiente(s). Puede usarlo una vez, varias veces o ninguna vez.
Molcula
Tipo de estructura
a.
CDP
1) Nuclesido
b.
CMP
2) Base purnica
c.
Timidina
3) Bloque constituyente de DNA
d.
UMP
4) Deoxirribonucletido
e.
d-CMP
5) Bloque constituyente de RNA
f.
Guanina
6) Difosfonucletido
g.
d-TMP
7) Base pirimidnica
101
Ribosa
AMP
d-GTP
ATP
Grupo fosfato
a) Trifosforribonucletido
b) RNA
c) Trifosfodeoxirribonucletido
d) Nucletido
e) DNA
13
102
Parmetro
Composicin
- Pentosa
- Bases
DNA
RNA
Deoxirribosa
Timina
Ribosa
Uracilo
PM (daltons)
10 -10
Funcin
Conservacin
mensaje gentico.
Localizacin
10
del
Expresin
gentico
del
mensaje
103
y un nuclesido.
104
Por cada nucletido presente hay un grupo fosfato con una carga negativa, lo
que significa que en un DNA con 1.000 nucletidos (que sera un DNA muy
pequeo) tendremos una altsima densidad de cargas negativas.
105
a.
b.
En (a) la deoxirribosa se indica por la lnea vertical con las posiciones 5 y 3 y las
bases unidas al azcar se indican con sus abreviaturas correspondientes. En (b)
slo se muestra el orden de las bases indicando con d que se trata de una cadena
formada con deoxirribosa y se sobreentiende que las bases no se unen
directamente sino que el esqueleto de la cadena es la sucesin...deoxirribosafosfato-deoxirribosa-fosfato.
Los estudios comparativos realizados por el grupo de Chargaff con DNA de
diferentes especies permitieron establecer dos hechos muy interesantes que se
conocen como las reglas de Chargaff. El primero consiste en que la cantidad de
Adenina es igual a la de Timina y la de Guanina igual a la de Citosina; esto se
pudo explicar posteriormente cuando se determin la estructura secundaria y
terciaria del DNA. La segunda regla de Chargaff consiste en que la relacin (A+T) /
(G+C) posee un valor constante para cada especie y se usa como un criterio para
la determinacin de especies (bacteriales, animales o vegetales).
seor estudiante:
Conoces algo sobre Edwin Chargaff? l postulo las leyes de: primera y segunda ley de paridad, ley de
grupos, ley de porcentajes.
Excelente
Excelente tema para trabajarlo en el wiki del curso.
106
107
108
109
110
Adems de estos tres tipos de RNA que podramos considerar como los RNA
clsicos, se han identificado recientemente otros RNA presentes en el ncleo cuyo
perodo de vida es muy corto y que parece actan como precursores de los RNA
clsicos o durante la sntesis de DNA (Hn-RNA, c-RNA.
Por otra parte, hay una gran cantidad de virus cuyo material gentico es RNA,
tales como los bacterifagos F2, MS2, Rl7 y Q cuyo estudio ha permitido
entender mejor cmo actan estos virus y cules enzimas estn involucradas en
su biosntesis y regulacin.
Leccin 25: Estructura del RNA
De manera anloga a lo discutido con el DNA, el RNA posee estructura primaria,
secundaria y terciaria cuyas caractersticas son intensamente estudiadas en la
actualidad. Los trabajos iniciales se adelantaron indistintamente con las tres clases
de RNA y posteriormente para estudiar en detalle la organizacin estructural se
seleccion el t-RNA puesto que su menor tamao, estabilidad y relativa facilidad
de purificacin constituan ventajas apreciables en comparacin con las otras
clases de RNA.
Estructura primaria
Aun cuando el RNA es susceptible a la hidrlisis bsica, debido a la ribosa
presente, el ataque por enzimas como la ribonucleasa (RNAsa), fosfodiesterasas y
exonucleasas proporcionan la informacin que nos permite representar la
estructura fundamental del RNA, figura 37.
111
112
Aunque no hay sino una sla banda con 75-80 nucletidos (a diferencia del
DNA) hay tres segmentos o brazos en que las bases complementarias A : U y
G : C forman puentes de H2, contribuyendo as a estabilizar la estructura.
Las regiones donde se encuentran las bases raras (G* , DHU) no muestran
apareamiento de bases, debido a los sustituyentes de las bases raras, y
reciben el nombre de bucles. En uno de los tres bucles existentes se encuentra
el triplete de bases que constituye el anticodn que determina cul AA se une
al t-RNA.
Los estudios de difraccin de rayos X realizados por el grupo de Rich sobre t-RNA
para Phe han mostrado que la molcula tiene una estructura terciaria ms
parecida a una L invertida y retorcida, que a una hoja de trbol. La figura 39 es
una representacin simplificada de la estructura terciaria del t-RNA.
113
En esta representacin los brazos, con sus bases complementarias; se indican por
las zonas sombreadas y los bucles, por las zonas claras.
La comprensin del funcionamiento de estos t-RNA en la biosntesis de protenas,
que discutiremos posteriormente, ha sido considerablemente facilitada por estos
estudios estructurales. Sin embargo hoy en da se sabe muy poco sobre la
organizacin estructural de m-RNA y r-RNA, debido probablemente a la carencia
de tcnicas adecuadas para estudiarlas.
observa en la pgina principal del curso la presentacin en flash sobre sntesis de protena
tamao y la estructura de las bases, se propuso que los pares de bases estn
unidos por puentes de Hidrgeno. La figura indica, cmo se establecen los
puentes de Hidrgeno entre las bases complementarias: dos pares de bases
estn unidas por 2 puentes de hidrgeno y las otras dos estn unidas por 3
puentes de hidrgeno.
Las bases que deben estar en los signos de interrogacin (?) para forma 3
puentes hidrgeno son:
Secuencia
complementaria
con el t-RNA.
Aminocidos
que
codifica
cada triplete de
bases.
3. Por qu la estructura en doble hlice del DNA permite explicarla primera regla
de Chargaff y los valores obtenidos para las unidades de repeticin? Esquematice
esta estructura indicando los apareamientos que se presentan.
4. Mediante un grfico esquematice la participacin del ADN y ARN en la sntesis
de protenas.
CAPITULO 6: INTRODUCCION AL METABOLISMO Y BIOENERGETICA14
En este captulo el estudiante encuentra la relacin que existe entre la
termodinmica y el gasto energtico en los sistemas biolgicos, para ello, se
presentan conceptos bsicos sobre cmo la clula trabaja con el mnimo gasto
energtico, para mayor entendimiento, estudiante debe activar conocimientos de
cursos anteriores como qumica general, termodinmica, fsica general, en
relacin a la primera y segunda ley de la termodinmica.
14
115
que
el
metabolismo
desarrolla
cuatro
actividades
116
117
118
En estas figuras observamos que una cantidad finita de estos elementos sera
suficiente para mantener el ciclo en operacin. Podemos imaginar entonces que
en un sistema muy reducido (ideal) la misma molcula de carbono, oxgeno o
nitrgeno es utilizada repetidas veces a lo largo de muchos ciclos.
En el caso de la energa la situacin es completamente diferente como podemos
ver en la figura 41:
119
La energa generada en el sol proviene de la fusin termonuclear 4H+ He + 2eque all ocurre y una pequesima parte de esta energa llega a la superficie de la
tierra en diferentes formas como calor, magnetismo y energa lumnica; esta ltima
se transforma parcialmente en energa qumica (polisacridos, ATP) por medio de
la fotosntesis.
La energa almacenada en los enlaces qumicos de los productos de la
fotosntesis es utilizada por los diferentes organismos (incluidas las plantas) para
realizar distintas clases de trabajo (mecnico: contraccin muscular; osmtico:
transporte activo en membranas; biosntesis: formacin de nuevos enlaces; etc) y
finaliza tarde o temprano como calor o sea como energa no aprovechable.
El flujo de la energa es, pues, unidireccional y en cada etapa donde se pasa de
una forma a otra, la cantidad de energa utilizable es solo una fraccin del total.
Este hecho nos sirve para entender por qu es tan importante para un organismo
transformar y utilizar la energa de la manera ms eficiente posible; aqu opera el
principio de la mxima economa que ya mencionamos.
En general podemos decir que los organismos autotrficos derivan su energa de
la fotosntesis o de procesos de reduccin mientras que los heterotrficos la
obtienen a travs de la oxidacin de los compuestos sintetizados por los
autotrficos.
27.2 Consideraciones termodinmicas
Podemos considerar que en el metabolismo hay tres tipos de reacciones a las que
podemos asociar cambios en la energa libre del sistema. Estos tipos son:
En estas reacciones el cambio de energa libre (G) nos sirve por una parte para
calcular las constantes de equilibrio que nos describen el estado de equilibrio y por
otra parte como medida de la fuerza impulsora de la reaccin; el sentido en que se
realice la reaccin depende tanto de la magnitud del G como de su signo (como
ya se vio en el mdulo de Termodinmica).
En los sistemas biolgicos es ms importante la prediccin del sentido de la
reaccin ya que las condiciones propias de estos sistemas no permiten alcanzar el
equilibrio.
En las reacciones cido-base que podemos representar por:
120
AH
A +H+
Ecuacin 14
En el equilibrio G = 0; entonces:
G 0 = RT . ln( K a )
Ecuacin 15
G 0 = 2 .303 RT . log( K a )
Ecuacin 16
Lo que es lo mismo:
Ecuacin 17
Despejando:
pK a =
G 0
2.303RT
Ecuacin 18
Esta ecuacin es vlida para sistemas en que las concentraciones molares son 1,
es decir [H+] = 1 M lo que equivale a pH = 0. Es claro que este pH no se da en
sistemas biolgicos y si el pH tomara el valor de 7.0, entonces [H+] = 10-7 M.
Por ello se prefiere usar el trmino G que representa el cambio en energa libre
del sistema a pH 7,0. Entonces la ecuacin 14 quedara:
G ' = G 0 ' + RT . ln( K a )
Ecuacin 19
Ecuacin 20
La ecuacin 16 sera:
RT
ln K
nF
Ecuacin 21
En el equilibrio E = 0; entonces:
E 0 =
RT
ln K
nF
Ecuacin 22
121
E 0 = 2.303
RT
ln K
nF
Ecuacin 23
Ecuacin 24
Ecuacin que nos muestra cmo es posible convertir una diferencia de potenciales
de reduccin (por convencin) en un cambio de energa libre y predecir el curso de
la reaccin.
El tercer tipo de reacciones lo examinaremos en detalle a continuacin.
Leccin 28: Energa libre de hidrlisis 15
En la discusin que sigue es fundamental tener en claro cundo las reacciones se
realizan en tubo de ensayo (In vitro) y cundo suceden en la clula (In vivo).
Los trifosfonucletidos como el ATP pueden sufrir in vitro una hidrlisis que
representamos por:
ATP 4 + H 2 O
ADP 3 + HPO 42 + H +
122
cuando se usa este trmino (en lenguaje bioqumico) significa un enlace muy lbil
que libera buena cantidad de energa al romperse.
Seor estudiante:
estudiante:
Para mayor entendimiento del tema, le sugiero revisar los apuntes de fsica, qumica genera, fisicoqumica
en su lugar termodinmica en relacin a las Primera ley , segunda ley de la termodinmica.
En el siguiente enlace hay una revisin bibliogrfica al respecto:
http://books.google.com.co/books?id=HRr4MNH2YssC&pg=PA11&dq=leyes+de+la+termodinamica&ei=83
lYSt70LY-UzASB0KQL&client=firefox-a
http://books.google.com.co/books?id=43qKhqwAoLgC&pg=PA755&dq=energia+libre+de+gibs&ei=rnpYSv
mpJoiGygT8m4mnBw&client=firefox-a
Leccin 29: Potencial de transferencia de grupos fosfato16
Compuesto
Abreviatura
Fosfoenol Piruvato
PEP
3-Fosfogliceroil-fosfato
Fosfocreatina
Estructura
'
, caloras/mol
G 0hidr
-14800
PTG
1, 3 DP Glicerado
-11800
11.8
p-Creatina
-10300
10.3
-10100
10.1
Acetil fosfato
16
14.6
123
ATP
Adenosin trifosfato
-7300
7.3
-5000
5.0
-3300
3.3
G-1-P
Glucosa-1-fosfato
G-6-P
Glucosa-6-fosfato
Tabla 16: Valores de G0 de hidrlisis y de Potencial de Transferencia de Grupos PTG para algunos
metabolitos fosforados
Fuente: Prez, G. Navarro Y. (1992). Bioqumica. Santa fe de Bogot.: Unisur
'
Si expresamos en kcal.mol-1 el valor absoluto del G 0hidr
obtenemos el valor
correspondiente al potencial de transferencia de grupos (PTG), que nos indica la
tendencia que tiene un compuesto fosforilado, a transferir su grupo fosfato lbil.
PEP
Piruvato
124
Puesto que el PTG para PEP piruvato es de 14.8 y el PTG de ATP ADP es
de 7.3, la transferencia del se hace del PEP al ADP para formar ATP y piruvato; la
Fosforilacin no se hace en sentido inverso porque se transferir el P de un
compuesto con PTG menor a un compuesto con PTG mayor. Note que in vivo
realmente no hay hidrlisis del PEP sino transferencia del
Las determinaciones del G in vitro nos sirven entonces para conocer el PTG de
un compuesto y predecir la direccin en que la kinasas cataliza la Fosforilacin.
Leccin 30: Importancia del ATP
El sistema ATP-ADP es el ms empleado por la clula para estas reacciones de
Fosforilacin por varias razones:
El ATP est situado en una posicin intermedia y sirve entonces como puente
o Intermediario comn para la transferencia de P de compuestos ricos en
energa (con G muy bajos) a compuestos pobres en energa (con G
bajos). Esto tiene la ventaja que se conserva mejor la energa pues los G de
cada reaccin son menores, ver figura 42.
125
P
Figura 42: Flujo de grupos
y situacin lntermedia del ATP
Fuente: Prez, G. Navarro Y. (1992). Bioqumica. Santa fe de Bogot.: Unisur
, lo visto en este
126
1-Glucosa-Fosfato
La variacin de la energa libre (G), para esta reaccin, a 25C en Kcal/ mol es:
AcetilCoA
AcetilCoA
Piruvato + Glucosa
Piruvato + Glc -6 -P
PEP+ Glucosa
127
LECTURAS COMPLEMENTARIAS
Las actividades que aqu se presentan, son a nivel formativo y no cuantitativo (es decir, no generan calificacin).
Fuente: Prez, I. (n.d). Nuevos Carbanuclesidos condensados a heterociclos con bases no naturales : exploracin de
rutas sintticas y evaluacin biolgica. Galicia, Espaa: Universidad Santiago de Compostela.
Seor estudiante
estudiante de Ingenieria de alimentos y Tecnologa de alimentos: Lea
la siguiente lectura y analice:
Durante muchos aos se ha considera que los nucletidos de la dieta no son nutrientes
indispensables, ya que los tejidos son capaces de sintetizarlos a partir de aminocidos y de otros
compuestos imples. Aunque la deficiencia en nucletidos en la dieta, no se ha relacionado con
ninguna enfermedad, se tiene evidencia de que estos compuestos son benficos para el ser
humano, especialmente durante la infancia. Sin embargo, en determinadas circunstancias, y para
algunos tejidos, el dficit de nucletidos dietticos puede afectar a funciones muy importantes. Se
puede decir que los nucletidos son nutrientes semiindispensables o condicionalmente
indispensables en algunas situaciones clnicas y de crecimiento. La ingesta de cidos nucleicos
depende del origen de la dieta y de los efectos del procesamiento de los alimentos. La ingesta
diettica vara mucho entre individuos, pero est en el rango de 0.1 1 g/persona/da. Algunos
estudios sugieren que el lmite mximo de seguridad de ingesta de cidos nucleicos sea de 2
mg/da, ya que en esta situacin se produce un incremento en el cido rico srico de 1,1-1,8 mg/dl.
Es un cido que se produce de manera natural en el organismo como resultado del metabolismo de
las purinas.
Actividad formativa:
formativa Relacione los conceptos que Usted considera que debe saber para entender el
tema de la lectura y redacte con sus propias palabras la definicin de cada una de ellas.
De nuclesido y nucletido, dibuje sus estructuras e identifique diferencias.
129
Fuente: http://www.galileog.com/ciencia/biologia/adn/franklin.html
Actividad formativa:
Relacione los conceptos que Usted considera que debe saber para entender el tema del prrafo
anterior y redacte con sus propias palabras la definicin de cada una de ellas.
Que relacin tiene los conceptos encontrados y las temticas de la Unidad 2?.
Defina las siglas ADN y ARN, dibuje sus estructuras e identifique diferencias.
Que relacin tiene el prrafo anterior y su ejercicio profesional?.
130
AUTOEVALUACION UNIDAD 2
1. Cul es el significado de los trminos:
a.
b.
c.
d.
e.
f.
Bases purnicas
Desoxirribosa
DNA
Bases pirimidnicas
Nucletido
RNA
Adenosina
Uridina
Timidita
Guanosina
AMP
UDP
TDP
3 GMP
131
132
LECTURAS RECOMENDADAS
Para ampliar sus conocimientos en algunos de los aspectos especficos tratados
en este captulo, consulte las siguientes referencias:
1. La estructura del material hereditario /F.H.C., Crick.- - En: Las bases
moleculares de la vida: Lecturas del Scientific American / Julio R Villanueva.- Madrid: Blume, 1971.- - p.86.
2. La estructura de los virus / R. W. Horne. - - En: las bases moleculares de la
vida.- - Ibid., p155.
3. The genetic activity of mitochondria and chloroplasts / U. W. Goodenough, R.P.
Levine.- - Scientific American.- - Vol.223, 1970.- - p22.
1. The oxygen cycle/Preston Claud, Aharon Gibor. - - Scientlfic American.- - Vol.
223, 1970.- -p.110.
2. The carbon cycle / Brt Bolin.- - Scientlflc American.- - Vol 223, 1970.- - p124.
3. The nitrogencycle/C.C. Delwiche.- - Scienflilc American.- - vo1223, 1970.- p.136.
4. The energy cycle of the biosphere / George M WoodwelL- - Scientlflc American.
Vol 223, 1970.- - p64.
133
134
JUSTIFICACION
El desarrollo de esta unidad se hace necesario en el curso de bioqumica porque
contiene las temticas bsicas para los estudiantes que toman cursos de las
ciencias bsicas referentes a la compresin de contextos de las ciencias
biolgicas.
Es preciso el diseo de esta unidad porque se presentan los conceptos sobre
metabolismo; temticas de mucho inters e importancia en el perfil profesional de
los estudiantes de ingeniera de alimentos, agroforestal, agronmica, zootecnia,
produccin animal y regentes de farmacia.
Su estructuracin permite al estudiante comprender los conceptos sobre las
reacciones qumicas catablicas y el aporte energtico provenientes de la
oxidacin de la Biomolculas, la biosntesis y el consumo de energa, temas de
alta complejidad que requieren de dedicacin, empeo y estudio por parte del
estudiante.
135
OBJETIVOS
CAPITULO 7: METABOLISMO DE GLUCIDOS
-
136
137
CONTENIDO DE LA UNIDAD
138
Estimado Estudiante: antes de comenzar con el tema. Se recomienda que repase los conceptos generales de
carbohidratos visto en sus cursos de: qumica general y qumica orgnica.
Para ello consulta el material virtual que est en la pgina principal del curso Generalidades sobre
carbohidratos
O consulta el siguiente link:
http://biomodel.uah.es/model3j/redir.htm?monosac.htm
139
140
La gliclisis es una de las vas ms universales que existen pues tiene lugar en
organismos aerobios, anaerobios y facultativos; de hecho, por razones que sern
claras ms adelante, es la va que permite a los organismos anaerobios obtener la
energa que requieren para sus procesos metablicos. En los otros tipos de
organismos es la primera etapa obligada de una secuencia de vas para la
degradacin de los carbohidratos y de all su importancia.
Los carbohidratos que alimentan la va pueden ser:
141
Vemos en la figura 43 que la Gal, GIc y Frc (ver la lista de abreviaturas) sufren
cada una Fosforilacin por distintas kinasas (reacciones 2, 5 y 7) que resultan en
los respectivos derivados esterfosfato; la Gal-1-P es transformada a Glc-1- P (que
a su vez puede provenir de la degradacin del glicgeno por fosforilasa a) y por
reacciones de isomeracin (4 y 6) estos monosacridos convergen a Frc -6- P.
Esta molcula sufre una segunda Fosforilacin (reaccin 8) para dar el diesterfosfato Frc-1, 6-DiP; de todas las reacciones de la va, sta es la que se realiza
ms lentamente y por ello es el paso limitante en la gliclisis, es decir de la
velocidad con que se suceda, depende la velocidad global de la va.
La prxima reaccin (9) es muy interesante pues a partir de una molcula de
hexosa se obtienen dos triosas que adems de ser fcilmente interconvertibles
(10) sirven como puntos de enlace de la gliclisis con otras vas.
Dependiendo de las necesidades metablicas de la clula la 3-P-DHA puede ser
usada para la sntesis de lpidos o puede ser isomerizada (10) a 3-P-Gal si la
clula requiere la produccin de energa, en este caso prosigue la gliclisis con 2
molculas de 3-P-Gal y tendremos que hasta aqu se han producido 2 triosas a
partir de una hexosa.
142
143
144
Hasta aqu la va glicoltica sucede en igual forma para todos los organismos y
dependiendo de si tenemos condiciones anaerobias o aerobias el piruvato se
transforma de diferente manera. Por ejemplo, si la gliclisis se est realizando en
el msculo, donde predominan condiciones de O2 bajas el piruvato se reduce (por
una deshidrogenasa) a lactato (17) o si se est realizando en levaduras, hay una
decarboxilacin (19) y posterior reduccin a Etanol (20); tenemos entonces una
fermentacin alcohlica. En los microorganismos anaerobios el piruvato es
transformado en diversos productos de fermentacin que terminan en metano y
otros gases.
En organismos aerobios el piruvato se usa como producto inicial en otra va
degradativa que se conoce como el ciclo de Krebs o de los cidos tricarboxlicos,
que estudiaremos posteriormente.
Si hacemos un balance de compuestos carbonados tenemos entonces que a partir
de una hexosa (Glc, Gal, Frc) se producen dos molculas de piruvato, habiendo
ocurrido una oxidacin (sin intervencin del O2, o sea anaerobia).
Desde el punto de vista de un balance de coenzimas se han producido 2 NADH +
2H+ por dos piruvato (o sea por hexosa) que luego son consumidas en la
transformacin del piruvato a lactato o a etanol.
El balance energtico de la gliclisis nos muestra que si una hexosa es la materia
prima se consumen 2 ATP (reacciones 2 y 8 reacciones 5 y 8 reacciones 7 y 8)
145
146
Seor estudiante:
estudiante: acabamos de analizar
analizar una de las rutas ms importantes para los organismos aerobios y
anaerobios.
De seguro muchos de Ustedes se estarn preguntando la aplicacin de esta ruta en si vida profesional.
Sera muy interesante empezar un anlisis en el Wiki del curso sobre:
Obtencin
Obtencin de productos alimentarios a partir de la: fermentacin.
Empleo de esta ruta en el rea de farmacia
31.2 Ciclo de Krebs
Esta va tambin recibe el nombre ciclo de los cidos tricarboxlicos porque en ella
aparecen algunos cidos de este tipo; la secuencia de reacciones que la integran
fue propuesta por el bioqumico austriaco Hans Krebs quien recibi el premio
Nobel en 1953. Su propuesta original coincide bsicamente con el ciclo tal como lo
conocemos hoy y estaba fundamentada en una gran cantidad de evidencia
experimental.
La va se realiza en la cara interna de las membranas mitocondriales de los
eucariotes y en la membrana celular de los procariotes donde se encuentran las
enzimas y coenzimas participantes; esto tiene varias consecuencias importantes
derivadas de la permeabilidad selectiva que poseen las membranas.
El ciclo de Krebs tiene como funcin primordial oxidar completamente hasta CO2 y
H2O, el acetato (que se encuentra bajo una forma activada) que proviene directa o
indirectamente del catabolismo de carbohidratos, lpidos o protenas; esto, aunado
al hecho que muchos de los metabolitos intermedios del ciclo se usan como
precursores en varias rutas biosintticas, pone de relieve la gran importancia del
ciclo de Krebs y su posicin central en el metabolismo celular. Este punto se ir
haciendo evidente a medida que estudiemos las vas metablicas.
En todos los organismos aerobios se ha demostrado la existencia de este ciclo lo
cual demuestra su universalidad y la importancia de conservar esta va a lo largo
de la evolucin. Comnmente se inicia la discusin del ciclo de Krebs a partir del
metabolito que conecta esta va con la gliclisis.
Veamos entonces que sucede con el piruvato obtenido como producto final de la
gliclisis en las clulas aerobias. Este piruvato, que se encuentra en el citoplasma,
es oxidado hasta una forma especial del acetato llamado acetil-coenzlma A o
acetilCoA por medio de un sistema multienzimtico conocido como el complejo de
la piruvato deshidrogenasa. Esta reaccin de oxidacin es un requisito para la
entrada del esqueleto carbonado de los carbohidratos (a travs del piruvato) en el
ciclo de Krebs. El complejo de la piruvato deshidrogenasa est constituido por
varias deshidrogenasas y transferasas acompaadas de sus respectivas
coenzimas; nosotros nos limitaremos a mencionar la secuencia en que actan
147
Figura 45: Oxidacin del piruvato en acetato por accin del complejo de la piruvato deshidrogenada
Fuente: Prez, G. Navarro Y. (1992). Bioqumica. Santa fe de Bogot.: Unisur.
148
El cido lipoico, vitamina del complejo B asociada a una transferasa que recibe
el
del
PTT, regenerado este ltimo.
Figura 46: Esquema del ciclo de Krebs. Fuente: Prez, G. Navarro Y. (1992). Bioqumica. Santa fe de
Bogot.: Unisur.
150
152
153
Forma Reducida
Piruvato + HSCoA
H2
Isocitrato
+
NADH + H
Malato
FADH2
Succinato
+2
Citocromo b (Fe )
+2
Citrocromo c1 (Fe )
+2
Citocromo c (Fe )
+2
Citocromo a (Fe )
+2
Citocromo a3 (Fe )
H 2O
Forma Oxidada
Acetl-CoA
+
2H
-cetoglutarato
+
NAD
Oxalacetato
FAD
Fumarato
+3
Citrocromo b (Fe )
+3
Citocromo c1 (Fe )
+3
Citocromo c (Fe )
+3
Citocromo a (Fe )
+3
Citocromo a3 (Fe )
O2
E (Volts)
-0,48
-0,41
-0,38
-0,32
-0,18
-0,05
+0.03
+0,07
+0,23
+0,25
+0,29
+0,55
+0,82
Las deshidrogenasas del primer tipo poseen NAD+ (cuya estructura y modo de
accin ya fue discutido) o NADP+ como coenzimas. Esta ltima es muy similar
estructural y funcionalmente al NAD+ ya que solo difiere en que posee un grupo
fosfato adicional que esterifica el OH -2 en la ribosa de la adenosina. La diferencia
ms importante reside en que las NAD+ - deshidrogenasas actan
preferencialmente en reacciones degradativas y las NADP+ - deshidrogenasas
catalizan reacciones redox biosintticas.
Las deshidrogenasas del segundo tipo emplean FAD y FMN (flavinmononucletido) como enzimas. El FMN es un nucletido en que interviene la flavina
como base nitrogenada, con el mismo mecanismo aceptor de H+ que el FAD. Si
est interesado en la estructura del FMN consulte alguna de las referencias
generales.
El tercer tipo de transportadores est constituido por la familia de los citocromos.
Estas protenas globulares adems de su cadena polipeptdica poseen un grupo
heme cuya estructura es muy similar al heme de la hemoglobina ya que solo
cambian algunos de los sustituyentes sobre el ncleo porfirnico; la diferencia
fundamental estriba en la funcin de este grupo en los citocromos ya que en ellos
el tomo de hierro interviene en el transporte de electrones (e-) pasando de Fe+3
(forma oxidada) a Fe+2 (-forma reducida) y viceversa. En los citocromos los sitios
de coordinacin 5 y 6 del Fe estn ocupados por residuos de AA y por tanto no
estn disponibles para unirse con O2, CN- o CO. La tabla 18 muestra las
principales caractersticas de los citocromos que participan en el transporte de
electrones en la fosforilacin oxidativa.
Tabla 18: Algunas propiedades fisicoqumicas de los citocromos de la fosforilacin oxidativa
Protena
Citocromo b
Citocromo c
Citocromo c
Citocromo a
Citocromo a3
Peso
Molecular
(Daltons)
30.000
370.000
12.500
240.000**
E (Volts)
+ 0,07
+0,23
+0,25
+0,29
+0,55
563
554
550
600
603
532
429
524
418
521
415
439 (Cu presente)
443 (Cu presente)
155
156
157
158
159
160
En la membrana existe una ATP asa (o sistema F1 - F0) que dadas las
condiciones apropiadas, es capaz de sintetizar ATP a partir de ADP y Pi.
161
G = -52.7 Kcal/mol
Rendimiento =
G = +21.9 Kcal/mol
21.9 x 100
= 40%
52.7
http://portales.educared.net/wikiEducared/index.php?title=Imagen:Animacion_Ciclo_de_Krebs.swf
http://web.educastur.princast.es/proyectos/biogeo_ov/2BCH/B3_METABOLISMO/t33_RESPIRACION/animaciones/
Glucolisis.swf
http://web.educastur.princast.es/proyectos/biogeo_ov/2BCH/B3_METABOLISMO/t33_RESPIRACION/animaciones/K
rebs.swf
162
163
2NAD
2HSCoA
2Acetil-CoA+2C02+
2NADH
+2H
2 Acetil-CoA + 2ADP + 2Pi + 6NAD + 2FAD 4CO2 + 2ATP + 6NADH + 6H+ + 2FADH2
(3)
8NADH + 8H + 4FADH2 + 6O2 + 32ADP + 32Pi 8NAD + 4FAD + 6H2O + 32ATP
(4)
164
165
166
167
En la prxima reaccin (8) tiene lugar una segunda transferencia que ahora es un
fragmento C3 (mostrado en el recuadro y se refiere a que el residuo tiene tres
carbonos unidos entre s) de la seudoheptulosa, sobre el C1 (carbono nmero uno
de la molcula) del 3-P-Gal; la transferasa que interviene aqu (trans aldolasa) es
diferente de la anterior.
Como resultado nos aparece una hexosa (C6 = C3 + C3) que corresponde a Frc-6P y una tetrosa (C4 = C7 - C3) que es la Eritrosa-4-P; ya que consideramos
anteriormente que esta etapa se inici con dos molculas de xil-5-P y 2 de Rib-5P, tendremos hasta aqu, 2 molculas de Frc-6-P y 2 molculas de Eritrosa-4-P.
Las dos Eritrosa-4-P se combinan ahora con las dos molculas de xil-5-P que
tenamos en reserva, gracias a una transcetolasa (similar a la de la reaccin 7) y el
fragmento C2 de la Xil-5-P (en el recuadro) va sobre el C1 de la tetrosa formando
una hexosa (C6 = C2 + C4); el resto es la triosa 3-P-Gal.
Como balance del sustrato carbonado en esta va tenemos entonces que a partir
de 6 hexosas se produjeron 6CO2 (reaccin 4) y se formaron 2 mol de 3-P-Gal y 4
de Frc-6-P (reaccin 8 y 9). Dado que a partir de 2 molculas de 3-P- Gal se
puede formar una molcula de Frc-6-P (reaccin inversa a la reaccin 9 b de
gliclisis), tendremos 5 molculas de Frc-6-P que se pueden isomerizar a 5
molculas de Glc-6-P. En resumen, usando 6 mol de hexosa obtenemos por
oxidacin 6CO2 y recuperamos 5 mol de hexosa.
En lo referente al balance de coenzimas vemos que por 6 Glc-6-P que entran en la
va, se obtienen 12NADPH + 12H+ (reaccin 1 + 3) que podrn usarse en
biosntesis que impliquen reducciones y as regenerar el NADP+. En esta va no
hay produccin o consumo de ATP y por tanto no es un sistema por el cual la
clula puede obtener energa al degradar los monosacridos; su importancia como
ya vimos es otra.
No sobra anotar que en la clula tanto esta va como la gliclisis ocurren
simultneamente y la magnitud relativa de una de ellas respecto a la otra,
depende de las necesidades metablicas en un momento dado.
Leccin 34: Generalidades de la biosntesis de carbohidratos
En esta leccin se estudiar las dos vas biosintticas ms importantes de
carbohidratos que son la gluconeognesls (o biosntesis de glucosa) y la
fotosntesis.
En general todos los procesos biosintticas requieren del aporte de energa ya que
ella es necesaria para formar los enlaces qumicos del precursor o de la
168
169
170
171
Reaccin
Oxalacetato + ADP + Pi
Piruvato + CO2 + ATP carboxilas
a
Oxalacetato + NADH + H
Malato + NAD
Deshidroge nasa
Malato + NAD
Oxalacetato + NADH + H
Deshidroge nasa
+
+
G kcal
-0.5
-6.7
+6.7
+0.7
172
Luego por cada molcula de Glc formada se gastan 6 enlaces ricos en energa;
este alto costo implica que la gluconeognesis es irreversible y por tanto la
biosntesis de glucosa (gluconeognesis) y la degradacin de glucosa (gliclisis)
ocurren paralelamente y en forma coordinada. Esta va es, tal como lo hemos
sealado, una de las mejores ilustraciones de los principios organizativos de la
biosntesis y con la glucosa obtenida se puede sintetizar glicgeno o almidn
(reacciones 14 y 15) en condiciones controladas por hormonas (insulina en el caso
del glicgeno).
La va est alimentada por:
Intermediarios del ciclo Krebs puesto que cualquiera de ellas puede dar lugar al
malato (ver figura 46) quien al salir de la mitocondria se oxida a oxalacetato
(reaccin 3) y genera PEP.
Efectos del estrs y el ayuno prolongado sobre las reservas del glucgeno en animales de sacrificio
(produccin de carnes DFD (oscuras, duras y secas).
173
Este ciclo que ocurre en los glioxisomas en las plantas se realiza por algunas
de las reacciones que ocurren en el ciclo de Krebs (1, 2, 3, 6, 7, 8 y 9) y
adicionalmente con la intervencin de una liasa (reaccin 4) y una sintetasa
(reaccin 5). Como resultado neto dos molculas de acetil-CoA sirven para
sintetizar una de succinato que por las reacciones 7, 8 y 9 (iguales a las del
ciclo de Krebs) forma oxalacetato que sirve como punto de partida para la
gluconeognesis (reaccin 10).
174
Genero
P
R
O
C
A
R
I
O
T
E
E
U
C
A
R
I
O
T
E
Cianobacteriaceae
Chlorobiaceae
Chloroflexaceae
Chromatiaceae
Rhodospirillaceae
Plantas superiores
Algas verdes, pardas, rojas
Plankton
Flagelados
Diatomceas
Dinoflagelados
Utilizacin
del O2
Aerobios
Anaerobios
estrictos
Aerobios
Anaerobios
estrictos
Aerobios
Fuente de electrones
Aerobios
Aerobios
Aerobios
Aerobios
Aerobios
H2O
H2O
H2O
H2O
H2O
H2O
2H2S, S2O3 , H2, S
H2S, compuestos orgnicos
2H2S, S2O3 , H2, S
Compuestos orgnicos
(ej: isopropanol, lactato)
175
Componentes fotorreactivos.
Componentes no fotorreactivos.
Los primeros son pigmentos que por su estructura qumica son capaces de
absorber parte de la energa luminosa y pasar a un estado excitado o sea a un
nivel superior de energa. Los ms abundantes son las clorofilas, los carotenoides
y las ficobilinas; estos ltimos estn presentes slo en las algas rojas y verdeazules; los otros dos son de ocurrencia general. La estructura general de las
clorofilas y de los carotenos se muestra en la figura 55.
176
177
178
179
180
Las reacciones restantes tienen como objetivo final regenerar las seis molculas
de Ribulosa 1, 5-Di P gastadas en la reaccin 1 y para ello se utilizan las dos
molculas de Frc-6-P restante y las seis de 3-P-Gal dejadas en reserva; las
reacciones que ocurren en esta porcin del ciclo son inversas a las de la parte de
la va de las pentosas fosfato (figura 51 reacciones 5 a 9).
Las dos molculas de Frc-6-P se combinan con dos de 3-P-Gal (quedando cuatro
en reserva) para dar en la reaccin (9), dos molculas Xilulosa-5-P y dos de
Eritrosa-4-P (2C6 + 2C3 2C5 + 2C4); las dos Xilulosas-5-P las dejamos en
reserva y las dos Eritrosa-4-P se unen con dos de PDHA (que son equivalentes a
dos de 3-P-Gal de las cuatro que haba en reserva) para dar en la reaccin (11),
dos molculas de Seudoheptulosa -1,7-DiP (2C4 + 2C3 2C7 ). Estas reacciones
son catalizadas por distintas transferasas.
181
182
Carbohidrato
Glicgeno
Almidn
Celulosa
Nucletido - Azcar
UDP-glucosa
ADP-glucosa
ADP-glucosa, CDP-glucosa, GDP-glucosa
Glucosa-1-
Isomerasa
Glucosa-1-
UDP-Glucosa +
+ UTP Transferas
a
2Pi
Pirofosfatasa
UDP-Glucosa +
+ ATP Transferas
a
2Pi
Pirofosfatasa
183
184
185
186
#1), que aunada a los trabajos posteriores con los sistemas enzimticos, han
permitido disponer de una visin detallada del proceso, que se describe
enseguida.
37.1.1 Hidrlisis y entrada de cidos grasos a la mitocondria
Los triglicridos (grasas y aceites) ingeridos en la alimentacin, son hidrolizados
por las lipasas intestinales hasta glicerol y cidos grasos libres segn la siguiente
reaccin:
187
189
190
191
En el caso del cido palmtico (C16) se requieren 7 vueltas para llegar a esta
situacin, dado que en general se requieren (n/z )-1 vueltas, si n es el nmero de
carbonos iniciales. La ecuacin global para la -oxidacin del cido palmtico ser:
Palmitoil - CoA + 7 FAD + 7 NAD + + 7 HSCoA + 7 H 2 O 8acetil - CoA + 7 FADH 2 7 NADH + 7 H +
192
de los dobles enlaces que por razones de biosntesis son de tipo cis. Se
considerarn los dos casos a los cuales se puede reducir el problema.
En el primer caso, se toma por ejemplo el cido oleico (C18), en el cual existe un
doble enlace cis entre C9-C10 y luego de 3 vueltas de -oxidacin, con produccin
de 3 Acetil-CoA, 3 FADH2 y 3 NADH + 3H+, se llega al acil-CoA siguiente:
Al iniciar la cuarta vuelta, acta una isomerasa que pasa el doble enlace de 3,4cis- a 2,3-trans- para luego realizar las reacciones posteriores de la vuelta sin
produccin de FADH2. Al terminar la quinta vuelta tenemos el siguiente acil-CoA:
193
194
En primer lugar acta una transferasa (reaccin 1) que al incorporar HSCoA produce
propionil-CoA este compuesto sufre una carboxilacin (reaccin 2) que requiere ATP y
biotina (vitamina del grupo B) como coenzima; se produce inicialmente D-metilmalonilCoA que es isomerizado a L- metilmalonil-CoA que a su vez se isomeriza (reaccin 3) a
succinil-CoA que por ser uno de los intermediarios del ciclo de Krebs contina por esa va.
Se tiene aqu un nuevo ejemplo de una reaccin anaplertica y la posibilidad de degradar
cidos grasos poco comunes.
195
8 FADH2
9 FADH2
+
= 17 FADH2
- oxidacin
Krebs
35 x 3
17 x 2
=
=
105 ATP
34 ATP
9 ATP
148
Produccin neta:
Reoxidacin NADH + H+
Reoxidacin FADH2
Krebs (fosforilacin a nivel sustrato)
147 ATP
En resumen 1 mol de cido esterico (PM=284,5) al ser oxidado hasta CO2 y H2O
nos produce 147 ATP o sea 1073100 cal (147X7300). Dado que el calor de
19
196
5 FADH2
9 FADH2
+
= 14 FADH2
- oxidacin
Krebs
35 x 3
14 x 2
=
=
105 ATP
28 ATP
9 ATP
142
Produccin neta:
Reoxidacin NADH + H+
Reoxidacin FADH2
Krebs (fosforilacin a nivel sustrato)
141 ATP
100%
X
39.2%
197
198
199
Los esteroides neutros presentes en las heces son una mezcla bastante compleja
y en el hombre constituyen un 30 - 80% de los esteroides excretados. Se ha
calculado que alrededor de 500 - 700 mg/da de esteroides neutros son
excretados a travs de la bilis; clulas de la mucosa intestinal y secreciones
200
intestinales; la cantidad vara con cada especie y con la dieta, siendo mayor para
dietas ricas en grasas insaturadas. El componente mayoritario de la mezcla es el
coprostanol (cuya estructura se muestra en la figura 58) acompaado de otros
esteroides saturados en las posiciones 5,6 y de esteroides de origen vegetal como
sitosterol y estigmaesterol.
Los cidos biliares ms abundantes son el cido clico, el deoxiclico y el
quenodeoxiclico cuya similitud estructural se aprecia en la figura 62.
201
202
203
Esta sintetasa es una enzima reguladora cuya actividad aumenta con citrato; por
consiguiente la velocidad global de la va depende de la velocidad con que se
efecte esta carboxilacin.
Una vez que se ha formado el malonil-CoA, interviene en los pasos restantes un
complejo de siete enzimas (en clulas animales), conocido como la sintetasa de
cidos grasos que se abreviar como E (de enzima) y que en forma esquemtica
se considera constituido por las enzimas asociadas que se indican en el siguiente
esquema:
204
20
Lipid metabolism / W. J Lennarz, - Anual review in Biochemestry. Vol 39, 1970. p359.
205
Este es reducido por una enzima que usa NADPH+H+ como coenzima (reaccin
4); este dinucletido proviene de la va de pentosas fosfato y esta reaccin
regenera la forma reducida necesaria para la operacin de la va (ver captulo 6,
Catabolismo de Carbohidratos de este mdulo). El D-3- hidroxiacil PTA producido
pierde una molcula de H20 por medio de una deshidratasa formndose un doble
enlace 2,3-trans- (reaccin 5) que es reducido por otra NADP- deshidrogenasa
(reaccin 6).
El butiril SPTA unido a la sintetasa (E), es transferido enzimticamente sobre la
CySH (reaccin 7)
2 NADP+Butiril- SPTA +2
206
207
208
209
210
21
211
212
5. En
las reacciones biosintticas
del cido caprilico, cuantas veces debe
repetirse la incorporacin de malonilCoA, para la elongacin de la cadena?.
213
22
214
215
La enzima de este tipo mejor conocida es la aspartasa (clase liasa) que transforma
el cido asprtico en fumarato.
43.3 Transaminacin
La reaccin general catalizada por las transaminasas (transferasas) tiene como
objeto remover el grupo -NH2 de un aminocido dado y transferirlo finalmente
sobre un aceptor comn (el -cetoglutarato) y el producto posteriormente es
catabolizado. Podemos representar la reaccin as:
el G es cercano a cero. Con varios aminocidos la reaccin produce cetocidos que son metabolitos del ciclo de Krebs o fcilmente llegan a serlo, tal
como se observa en las siguientes transaminaciones:
217
218
En el caso de aminocidos con dos sitios de entrada (por ejemplo Phe, Tyr) ello se
debe a que durante el catabolismo se producen dos fragmentos que finalizan
como dos metabolitos diferentes del ciclo de Krebs.
Es interesante sealar como slo son cinco los metabolitos que finalmente
aparecen y son frecuentemente aquellos que en otros procesos catablicos sirven
como puntos de conexin con otras vas. Por otra parte esta convergencia
refuerza el papel central del ciclo de Krebs en el metabolismo general de la clula.
Tomando como criterio los sitios de entrada a Krebs, los aminocidos que
producen Acetoacetil-CoA se llaman cetognicos (por producir cuerpos cetnicos
en el hgado) y el resto (unos 15 aminocidos) son llamados glucognicos ya que
por degradarse a piruvato, -cetoglutarato, succinato u oxalacetato pueden dar
lugar a glucosa y a glicgeno por la va de la gluconeognesis.
Leccin 45: Eliminacin del NH4
El NH4+ liberado en la deaminacin oxidativa de Glu debe ser eliminado pues su
toxicidad es muy elevada; ello parece deberse a que la pequea fraccin (1%)
existente como NH3 penetra fcilmente a la clula y en la mitocondria desplaza
hacia la izquierda la reaccin catalizada por la hidrogenasa glutmica.
219
Cuando esto ocurre, se sintetiza Glu a expensas de -cetoglutarato y, por ser este
un intermediario del ciclo de Krebs, se disminuye la actividad de esta va y por
ende la oxidacin de la glucosa, que en el caso del cerebro, es prcticamente la
nica fuente de energa.
220
221
222
223
Este compuesto se rompe (en el enlace marcado con la lnea punteada) por
accin de una liasa (6) y produce Fumarato que va al ciclo de Krebs y Arginina;
sta se degrada a su vez (7) produciendo urea y ornitina.
La ornitina regenerada penetra a la mitocondria y el ciclo est listo para
recomenzar; la urea es transportada por la sangre hasta el rin para ser
excretada en la orina.
En este ciclo se ve como hay una cooperacin de enzimas mitocondriales y cito
plasmticas para eliminar dos productos de desecho como son el NH4 y el HCO3.
El costo energtico es alto pues el balance de ATP muestra que por molcula de
urea producida se consumen dos ATP en la reaccin 3 y que en la reaccin 5 se
produce una de AMP ms pirofosfato a partir de un ATP, lo cual significa que en
ltimo trmino el consumo total es de cuatro ATP por molcula de urea
sintetizada.
Se ha calculado que alrededor de un 15% de la energa obtenida por el
catabolismo del esqueleto carbonado de los aminocidos, se invierte en la
produccin de la urea como forma de excrecin del grupo -NH2.
Leccin 46: Biosntesis
De manera anloga a lo que ocurre en la degradacin de los aminocidos, su
biosntesis se lleva a cabo por medio de variadas rutas metablicas cada una de
las cuales es propia de un determinado aminocido; en algunos casos (lisina,
isoleucina) hay hasta unas dos o tres rutas diferentes para cada uno.
Los organismos vivientes difieren ampliamente respecto a su capacidad y respecto
a la fuente de nitrgeno que emplean.
El hombre posee los sistemas enzimticos que le permiten la biosntesis a partir
de NH3 de slo diez aminocidos, que corresponden a los aminocidos no
esenciales, los aminocidos restantes (esenciales) deben ser ingeridos en la dieta;
los nitritos o nitratos no pueden ser utilizados como fuente de nitrgeno protenico.
Los rumiantes aunque no sintetizan por s mismos sino los aminocidos no
esenciales, pueden emplear el NO2- o el NO3- como fuente, gracias a la accin de
los microorganismos presentes en el rumen que reducen estos compuestos a NH3.
Las plantas superiores sintetizan todos los aminocidos y emplean NH3, NO2- o
NO3- como fuente de nitrgeno protenico; algunas de ellas (las leguminosas)
pueden inclusive fijar el nitrgeno atmosfrico a travs de un proceso simbitico
con bacterias del gnero Rhlzobium.
224
Aminocidos Esenciales
Leucina
Isoleucina
Lisina
Metionina
Fenilalanina
Treonina
Triptfano
Valina
Arginina
Histidina
*Requieren de Phe y Met respectivamente para su biosntesis, por lo cual se consideran como semiesenciales
Fuente: Prez, G. Navarro Y. (1992). Bioqumica. Santa fe de Bogot.: Unisur.
225
226
El cido glutmico se sintetiza por una reaccin que transfiere el NH4 sobre el cetoglutarato y es catalizada por una deshidrogenasa que emplea como coenzima
el NADPH.
La Asn y Gln se forman por accin de sintetasa que incorporan NH4+ a los
aminocidos respectivos (Asp, Glu) consumiendo energa; en el caso de Asn, la
reaccin es:
En contraste con las biosntesis anteriores, que slo involucran una a dos
reacciones, la formacin de Met o de Thr ocurre a travs de una va compleja
(figura 69) que ilustra muy bien algunas de las caractersticas de la biosntesis de
los aminocidos esenciales.
Se puede apreciar que en la biosntesis de Thr y Met se realiza a partir de Asp por
medio de varias reacciones comunes, lo cual no es frecuente en la biosntesis de
aminocidos, (1 a 3) que producen homoserina, punto en el cual cada va
transcurre por caminos diferentes.
La biosntesis de Thr es algo ms sencilla (reacciones 4 a 7) y el producto final
(Thr) acta como un inhibidor reversible de la primera reaccin de la va, cuando
se sintetiza ms Thr de la necesaria; este tipo de inhibicin se conoce como
227
del
228
LECTURA COMPLEMENTARIA
Las actividades que aqu se presentan, son a nivel formativo y no cuantitativo (es decir, no generan calificacin).
Para proveer la energa que capacite al ser vivo para llevar a cabo sus procesos normales, se
requiere un combustible adecuado. La muerte por inanicin se produce cuando las reservas
energticas disponibles se agotan y ciertas formas de desnutricin se relacionan con un
desequilibrio de energa (marasmo). El almacenamiento excesivo del suministro de energa produce
obesidad, una de las enfermedades ms frecuentes de la sociedad occidental.
Para mantener un equilibrio de gasto y consumo de esta energa, es necesario promover, adems del
gasto basal, un el gasto energtico adicional. El consumo de energa se realiza mediante reacciones
oxidativas, por lo tanto es importante tener claro el concepto de oxidacin qumica, la cual se define
como la prdida de electrones y la reduccin como la ganancia de ellos. La oxidacin est siempre
acompaada por la reduccin de un aceptor de electrones. Este principio de oxidacin-reduccin se
aplica del mismo modo a todos los sistemas bioqumicos y es un concepto importante en la
comprensin de la naturaleza de la oxidacin biolgica. Es importante entender que numerosas
oxidaciones biolgicas pueden tener lugar sin la participacin del oxgeno molecular, caso en el cual,
el aceptor final de electrones provenientes de las reacciones de xido-reduccin es un compuesto
diferente al oxgeno.
En aquellas reacciones de xido-reduccin, en donde el oxgeno es el aceptor final de los electrones,
se conocen como sistema aerobios y se conoce como respiracin y se relaciona mutuamente con la
oxidacin de los alimentos para la produccin de energa. La respiracin es el proceso por el cual las
clulas obtienen energa, en forma de ATP y de la reaccin controlada del hidrgeno con el oxgeno
para formar agua.
En las reacciones de xido-reduccin de los sistemas biolgicos aerobios, los electrones deben ser
removidos de las macromolculas que componen los alimentos; estos electores deben llegar al
oxigeno molecular y lo hace mediante una mecanismo que se conoce como la cadena
transportadora de electrones o cadena respiratoria. Esta cadena est ubicada entre la membrana
externa e interna de la mitocondria. En este organelo, se integra los electrones y protones ms el
oxgeno molecular para forma ATP y agua, proceso que se conoce como fosforilacin oxidativa.
Cierto nmero de medicamentos, como el amobarbital y venenos como el cianuro y monxido de
carbono, inhiben la fosforilacin oxidativa, por lo general con consecuencias letales.
Los electrones que son transportados en la cadena respiratoria, proviene de los carbohidratos,
lpidos y protenas consumidos en al dieta.
El azcar glucosa es el carbohidrato ms importante. la mayor cantidad de carbohidratos
consumidos pasa al torrente sanguneo en forma de glucosa, esto conduce a analizar, que antes de
llegar a la circulacin sangunea, todos los carbohidratos se han convertido en glucosa, pero tambin
a partir de ella se sintetizan otros azcares de importancia biolgica como la ribosa, galactosa.
Existen situaciones metablicas que alteran la degradacin o sntesis de glucosa como es la diabetes
sacarina, galactosemia, enfermedades por almacenamiento del glucgeno e intolerancia a la lactosa.
La ruta principal de oxidacin de la glucosa es la glucolisis, en donde se produce piruvato, esta ruta se
puede hacer en presencia o ausencia de oxgeno ( la remocin de electrones es independiente
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AUTOEVALUACIN UNIDAD 3
1. Cul es la diferencia entre organismos autotrficos y heterotrficos?
2. Cul es el significado en trminos descriptivos (no matemticos) de entalpa,
entropa y energa libre?
3. Cmo se puede calcular el cambio en energa libre a partir de la constante de
equilibrio de una reaccin?
4. Cmo se relaciona el cambio en energa libre con la diferencia de potenciales
de reduccin estndar de una reaccin de xido-reduccin?
5. Cul es la transformacin global que ocurre en la fotosntesis?
6. De las siguientes actividades metablicas cules podra sealar usted como
las ms bsicas? Indique aquellas que poseen las caractersticas ms generales
en todos los organismos.
a.
b.
c.
d.
e.
f.
g.
Utilizacin de C.
Sntesis de triptfano.
Transformacin de nutrientes exgenos.
Catabolismo y anabolismo de macromolculas.
Absorcin de energa luminosa.
Transformacin de energa.
Sntesis y degradacin de biomolculas.
7. Explique brevemente cules son las actividades fundamentales que tienen lugar
en el curso del metabolismo.
8. Cite los factores que permiten controlar el metabolismo.
9. En qu consiste:
La compartamentalizacin.
La universalidad de las vas metablicas.
10. Explique en trminos generales como se puede prever el sentido de
reacciones cido-base y redox.
11. Explique qu significa el potencial de transferencia de grupos y cmo se usa
para predecir el curso de las reacciones de fosforilacin.
12. Plantee las razones que sealan la importancia del ATP en el metabolismo.
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233
Produccin de energa.
Empleo de metabolitos intermedios en las vas biosintticas respectivas.
234
4.3 Ilustre cmo se sintetiza GIn. Recuerde la biosntesis de Asn y deduzca las
reacciones que tienen lugar.
4.4 Ilustre por medio de reacciones generales, las principales vas degradativas de
los grupos -NH2 y -COOH de los aminocidos.
4.5 Demuestre con las reacciones apropiadas, cmo se sintetizan Glu, Asn y Ala.
LECTURAS RECOMENDADAS
Para ampliar algunos conceptos tratados sobre catabolismo de carbohidratos
consulte:
1. The source of muscular energy/ Rodolfo Margaria.- - Scientific American.- - Vol
226, 1972.- - p84.
2. Cytochrome C and the evolution of energy metabolism/ Richard E. Dikerson.- Scientific American.- - vol 242, 1980.- - p137
3. How ceil make A TP/ Peter C. Hinkle, Richard. E. McCaity.- - Sclentlflc
American. vol 238, 1978.- - p104.
Para ampliar algunos conceptos tratados sobre metabolismo de carbohidratos
consulte:
1. The photosyntetic membrane / Kenneth R. Miller.- - Scientific American. - - Vol
241.1979.- p100.
2. How cells make ATP / Peter C. Hinkie, Richard, E. McCarty.- - Scientific
American-Vol 238, 1978.- - p104.
3. The absortion of light in photosyntesis/ Rajni Govindjee Govindjee. - - Scientific
American.- Vol 231, 1974.- - p68.
4. The path of carbon in photosyntesis / James A Bassham. - - Scientific American.
- Vol 206, 1962.- - p88.
Para ampliar algunos conceptos tratados sobre metabolismo de aminocidos
consulte:
1.
Aminoacid biosynthesis and its regulation / H.E. Unbarger.- - Annual Revlew
In Biochemlstry.- - Vol 47, 1978.- - p533-606.
2.
Regulation of aminoacid metabollsm / HE. Umbarger. - - Annual Revlew In
Biochemlstry. - - Vol 38, 1969.- - p323-370.
235
236
Captulo 6:
237
3.
G
= 5.044 Kcal/mol G = +21.11 KJ/mol
4. Rta: la reaccin b.
Captulo 7:
1. Reaccin 1 por F: O. 2 y 5 fosforilacin a nivel de sustrato. Para este punto, se
requiere que el estudiante recuerde las etapas de la glucolisis.
2. debe relacionar la formacin de AcetilCoA mitocondrial.
3. Fruc-1-6-Di-P por accin de una aldolasa (liasa) se fracciona la hexosa en dos
triosas.
4. 72 molculas
5. 6480.00 molculas de ATP.
Captulo 8:
1.
2.
3.
4.
5.
97 molculas de ATP.
69 molculas de ATP.
22 molculas de ATP.
160 molculas de ATP.
3 veces.
Captulo 9:
1. Rta: cido asprtico + H2O
fumarato + NH4
2. Rta: serina + alfa-cetoglutarato
alfa-cetocido+ cido glutmico
3. Rta: puntos de entrada: acetilCoA, oxalacetato, fumarato, SuccinilcoA, alfa
cetoglutrico.
4. Rta: piruvato + cido glutmico
alanina + alfa-cetoglutarato.
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239
24.
Dansyl Chioride procedure (uso del Tansilo para determinar AA Nterminales) / W.R. Gray.- - Vol.2, No. 139, 1967.
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Estudio de las protenas presentes en las semillas de algunas leguminosas
colombianas / Fernando Acevedo. Bogot: Universidad Nacional, 1973. (Tesis).
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Academic Press, 1967. Vol.1.
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Introduccin al estudio de la composicin de los alimentos. Luz A. Kairuz de
Civetta. Bogot: Universidad Nacional de Colombia, 1983.
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Biological Chemistry. Vol. 247, No. 6781, 1972.
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