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Actualmente el museo alberga cuatro salas para exposiciones temporales, una sala de
exposicin permanente Todo cabe en una cuenca acerca de la historia de la Ciudad de
Mxico, el estudio del pintor Joaqun Clausell en la planta alta denominado "El Clauselito",
en donde se encuentra el mural ms representativo del pintor impresionista y que funciona
tambin como una pequea sala en donde se realizan exposiciones temporales de artistas
contemporneos.
El museo cuenta con la biblioteca Jaime Torres Bodet (el mayor acervo bibliogrfico acerca
de la Ciudad de Mxico), la librera del Prtico, y el patio central del recinto en donde se
llevan a cabo conferencias y presentaciones, as como eventos artsticos y culturales.