Tema 2 Componentes fundamentales de los acidos nucleicos 2.1 Componente acido: Fosfatos. 2.1.1 Monofostfatos. 2.4.2 Difosfatos... 243° Trfosfatos. 2.1.4 Tipos de enlaces fostato, 2.2 Componente neutro: Azicares. 2.3 Componente basico: Bases nitrogenadas. 2.3.1 Bases ritrogenadas mas frecuentes: 2 tipos.. 2.3.2 Otras bases de interés biolbgico y clinica . 233 Propiedades fisicoquimicas de las bases purinicas y pirmidinicas. 2.3.3.1 Existencia de dipolos... 2.3.3.2 HidrofObICidAM.nn 23.33 _Disposici6n coplanar de los enlaces de cada anillo (C-N y C-C) y 2.3.3.4 Tautomeria 0 isomeria dinémica 23.35 Cardcter basico, 2.3.3.6 Absorcién de la luz en el ultravioleta Los acidos nucieicos (DNA y RNA) estén constituidos por la unién de numerosos nucleétidos, de 4 tipos. Como introduccion a su estudio, se consideran algunos aspectos de interés para cada uno de los componentes estructurales. de dichas unidades, los nuclestidos: ‘Fosfato(s) Nucleétido + 2.1 COMPONENTE ACIDO: FOSFATOS 2.1.1 Monofosfatos mezola de las especies quimicas resultantes de la ci ciacién de la molécula de acido fosforico, aparece como anion a pH acido, como dianién a pH fisiologico y como trianién a pH alcalino. En la célula, el fosfato se encuentra en forma libre (P,) 0 formando parte de numerosos compuestos orgénicos (R-P), por ejemplo, los rucleétides.| 10 COMPONENTES FUNDAMENTALES DE LOS ACIDOS NUCLEICOS “hes elvis eds en fin del pt ° 9 ames ° Dar amet gl mat. GP no—f-on == Hof}-o"'== woth—o" == “oFh on On o oO ———— foosfiao inorginico ( P,) ———~ ‘akohot “Ror (emer de a3 formas nics dl 6 0, ‘en diferemepropoeion sean el pl) _Dosequllbros de disociaion en fanein dlp ° . wpilacpotenaetle on on o Ce = fosfato orginico (R-P)— (Compuesto orginico fosfatado) 2.4.2 Difosfatos El difostato o pirofostato (PP,) se presenta a pH fisioldgico como trian (una de las 4 formas ionicas del acido pirofostorico), Es estable en disolucién a pH neuito o alcalino; sin embargo, dentro de la célula es inestable por accion Ge las pirofosfatasas, formando 2 P,, Aparece combinado fundamentalmente en nucledsidos-difosfato (por ejemplo, ADP) Cuatro equlbrios de dsociacin en func dl pl: © ——pitofosfatoinorginico (PP,)—~ ( mezcla de os 4 formas iss dle. piroostric, x feet roporcion seine PH) “Tres equities de disociacin en func dtp ~—pirofosfato orginico (R-PP)— (Compuesto orginico pirofosfatado) 2.1.3 Trifosfatos El trifostato (PPP,) se presenta a pH fisiolégico como tetraanién. No aparece en forma libre, sino formando parte, ‘esencialmente, de nucledsidos-trifestato (por ejemplo, ATP). ——trifosfato orginico (R-PPP) ——COMPONENTE NEUTRO: AZUCARES. 1 2.1.4 Tipos de enlaces fosfato Pueden distinguirse cinco tipos de enlaces fosfato que van a fo ‘estructura y nombre de todos ellos, asi como la diferencia entre enlace este y trifostatados. mar parte de los nucledtides. Obsérvese la + y anhidrido en los nucledtidos difostatados CON ENLACES ESTER Y ANHIDRIDO: —] fosfounhiido Ls rolow Pie SOLO CON ENLACES ESTER: /R-0-P-0) - RDF -P0 fosfosster fosfodiéster: oe (fosfomonoester, un &ter doble con ‘Gita fosfato, monofosfa dos moléculas: (pirofosfato, difostoanhidrido) citeremet fosfoanhidrido fosfoanhidrido tun éster en una posi NOS 28 ale “Re D—P—0-P-0-P-0 0-f-0-R-O-F-0) dee bend 2 ite ido) dos fosfomonoésteres en sitios diferentes de una misma molécula 2.2 COMPONENTE NEUTRO: AZUCARES: El azticar (inictalmente llamado osa) siempre es una pentosa (5 atomos de Dedesarinibose. La ribosa (nombre derivado de osa del Rockefeller Institute of Biochemistry. rnucledsidos y nucledtidos bajo su forma més estable, carbone), bien la D-ribosa o la 1908) interviene en HOCH; 9 OH i to mero fp NY Ou OH B-p-2-desoxirribofuranose B-D-ribofuranosa (2-desoxirribosa) ; (RIBOSA) (DESOXIRRIBOSA) ~Fapresentacén habinal (ae omen Tos tomos de H) La férmula representada como ejemplo puede extenderse a otras muchas molécuias de interés bioquimico: D-glucosa, D-galactosa, 3-desoxi-D-ribosa, ete12 2.3 COMPONENTE BASICO: BASES NITROGENADAS COMPONENTES FUNDAMENTALES DE LOS ACIDOS NUCLEICOS "en ante entoan ina) on ‘en los ejemplos de bases que intervienen en los acidos nucleicos la umeracion de los étomos del heterocicio y la posicion de los susttuyentes exteros, 2.3.1 Bases nitrogenadas mas frecuentes: 2 tipos 3 citosina (2-0x0-4-aminopirimnidina) uracilo @4dioxopitimi Sistema de numeracién (@UB) de los étomos dl sill pirimidina (illo pitimidina: ‘set rari) mad g CH; YD N H timina (24-dioxo-S-metilprimidina) (S-metiluacilo) pirimiina imidszot guanina (2-amino-6-oxopurina) o N. N WEY) wae al y LOM? coin NOON nN H adenina (6-aminopurna Sinema de umeraién (UB) de os Somos de ail pin Cl piri et entori alan: cen on) i (i aga z 6 A modo de resumen, Ja posicién de los e & 32 sustiuyentes presentes TP aa senende ope brasesritrogenadas es 7 yaaa eelCOMPONENTE BASICO: BASES NITROGENADAS. 13 2: 2 Otras bases de interés biolégico y clinico Existen otras bases purinicas y pirimidinicas, en general poco frecuentes, que surgen por modificacién de las bases principales A, G, C y U 0 de alguno de sus andlogos (hipoxantina, H). Son de origen natural o sintstico, intervienen en procesos como la metilacién del DNA en la célula y muestran distintas propiedades (antibidticas, antiviricas, antitumorales, ete.) Mt utc su wAsn | yA_N WAN Al» i >» IDO yey t NON adc | Ntsetainina 6 mecaptopurina tual DNA taetrino) (icons) ipoxnina anna fs co coop) | G6) ee Rompe) (9, clooney | O° prea ‘cou N oH x " BY % aw 5 CY MC ee wen th, SN Sct nit-el a parcours Pov Taney exnidentonine gunian) 0-6, ihske oe pin) “el Sa ‘Anil iatfioad lo’ cx ap av mS P ° ‘guanina Or Hi N x “ 0) = "x3 Hy Mew ea Sw nib-0" Seon mbiden-crson satipaai pockio C edfrcion GanrhtNA)— @13dnidentpeponinet guia) luce LBV (0123-5 ebuiguasn) is ts ays As A HoH iC) ] XL oy) oy o 4 y y siica-|- Shin 5 dtaatdn (natural, DNA vertebrados) (natural, DNA bacteriano) To) a 4tiuracilo ——_diidrouracilo on Sefuorouracilo (natural, RNA) (natural) (Gintético) —_(sinético,antitumeral)COMPONENTES FUNDAMENTALES DE LOS ACIDOS NUCLEICOS jidinicas 2.3.3 Propiedades fisicoquimicas de las bases purinicas y piri 2.3.3.1 Existencia de dipolos “Todas las bases poset étomos electronegativos de © (excepto adenina), en posicién exociclca o extranuciear, y de N, tanto exocicicos como en el anillo,nucteares. Como consecuencia, son abundantes los enlaces polares, lo Sue fee permite interaccionar entre si mediante puentes de hidrdgeno, que poseen una importancia capital en la estuctura secundaria de los acidos nucleicos, en especial de! DNA. 2.3.3.2 Hidrofobicidad j sean hidrofébicas y poco solubies en agua al pH celular, cercano ala neuraidad. A pH ado o alcalno adquieren carga y se hacen més ertables on agua, Como ya se estudiar, las interacciones hidrofébicas de apilamiento, que tlenen lugar entre bases Sispuestas parallamente (a modo de monedas apiadas), son esencieles para estabiizar la estructura tridimensional de los écidos nucieicos. 2.3.3.3 Disposicién coplanar de los enlaces de cada anillo (C-N y C-C) ‘Se debe al cardcter aromatico, y se puede observar en modelos espaciales: Is Citosina s > CGS ¢ I o 2.3.3.4 ‘Tatitomeria o isomeria dinamica “uni a un atone de'©; 010 N hacia oo lomo adyacente. EI spo mas recuente es la automeriecsto-~enotcn ‘Tautomeria ceto-endlica Tautomeria (la més frecuente) irmina-amina primaia >o of NH Dos tipos de Ling tautomerias ac on AN A generales é ed jimina | | fo™maamina forma ceto forma enol forma pond ‘Son muchos los compuestos orgénicos que existen como mezclas de 2 0 més de estas formas tautoméricas, interconvertibles y en equilbrio. Entre los compuestos heterociclicos son de especial importancia las tautomerias on fas trecos purinicas y primidnicas, en las cuales la migracién del H tiene lugar desde un étomo de N nuclear hacia oro ‘tomo extranuclear, y viceversa: Tautomeria Tautomeria Dos tipos de Oo NH ‘auomeris | 2 wee | y oATTS nitrogenadas Tactama, ‘forma amina (= forma ceto, forma imina primaria ‘im oatmcea) | |_Qnae “E grupo exocilico es una imina, que al recibir of om de H desde LN nuclear se converte en un ‘eropo amina primar. Esta {fometaafeca ala ica pirimiina amino-sustiuida, Cy @ Tas 2 purinas, Ay G. lgrapo eat forma parte de ut enlace amiga celica, olactama, Al migra el, tomo de H desde el Nnuclear al O det srupo colo, se converte ene taut6mero rime, Esta gutomera afecta a G, nies piurina oxo-sustiuida, y alas 3 pirmidinas, CuyTCOMPONENTE BASICO: BASES NITROGENADAS 15 En consecuencia, las tautomerias de las bases nitrogenadas son las siguientes: La tautomeria de A es . — 7 imina-amina primaria. [> a rs Los tautémeros iin se nombran Ss S NON NOT poniendo un asteriseo sobre la letra de la base, — CH CH; Ty U muestran tautomeria T doble lactama-lactima —_ = amina imina lactama doble lactima doble va —_ U — lactama doble_ lactima doble ~— ; ICN N Gy C muestran tautomerias eT G 5 imina-amina primaria y lactama-lactima. —— y Los tautémeros imina se nombran ;poniendo un asterisco sobre la lactama y lactima e iets ale ate: amina imina e : } =~ —_ lactama y lactima amina imina Desde el punto de vista quimico, en las bases libres las formas tautoméricas lactima (enol) e imina son menos ‘stables, y por ello son unas 10.000 veces menos abundantes que sus correspondientes taut6meros lactama (ceto) y _amina, con lo que el equilbrio se encuentra desplazado hacia la izquierda,16 COMPONENTES FUNDAMENTALES DE LOS ACIDOS NUCLEICOS 2.3.3.5 Caracter basico ‘Todas las bases nitrogenadas son bases débiles, pues sus dtomos de N, tanto nucleares como extranucleares, se pueden protonar, con valores de pK, comprendidos entre 9 y 10. Como ejemplo representativo, obsérvese la jonizacion coer feos rari is ae be =) Je os) Ay cX} ww ww one > para G, C, T, U) Sin embargo, este cardcter basico, propio de los anillos purina y pirimidina, se ve disminuido por la presencia de algunos sustituyentes. En conereto, el grupo -OH de los enoles (y lactimas) es ligeramente acido y puede disociarse: NEC. + oH aoN Como consecuencia, las bases nitrogenadas que poseen grupos lactama (ceto) pueden actuar como acidos, a través de sus tautémeros lactima (enol), con lo cual se ve reducido el cardcter basico propio de los anilos, en mayor ‘medida cuanto mayor sea el numero de grupos -OH. Véanse los ejemplos siguientes: a) b) wt i: °) pasa) HO” Sy @ i (forma. igetamna) (forma lactima) (forma lactima ionizada) ce) 9 on ° iio cit Aah, ets iid también Al ie ma oT ee @ i) oy no” Sw 0 (forma (forma, (forma lactima Jactama doble) Jactima doble) doble ionizada) 3) Come ejrplo extreme, ( H (forma lactama triple) (forma lactima triple) (forma lactima triple ionizada)COMPONENTE BASICO: BASES NITROGENADAS 7 Esta disociacién, como acidos, de los grupos enol compensa en parte el desequilbrio tautomérico anteriormente considerado, aumentando la presencia de las formas lactima (enol). No ocurre un efecto similar con las formas amina, por lo que en la préctica es comuin que en las bases nitrogenadas s6lo se describa la tautomeria lactama-lactima, de mayor trascendencia biologica. 200 220 240 260 280 300 longitud de onda (nm) El mantenimiento de esta propiedad en nucledsidos, nuclebtides y Acidos nucleicos, de los que las bases forman parte, permite su utilzacién analitica en estos compuestos; por ejemplo, para la cuantfcacién de acidos nucieicos (pag. 36).