Introduccin

Rhodopseudomonas palustris

Rhodopseudomonas palustris pertenece al gnero Rhodopseudomonas y las especies de este gnero constituyen para la mayora
de los fototrficas sin azufre bacterias prpuras. Rhodopseudomonas especies son en forma de varilla, Gram negativo, clulas
mviles que muestran el crecimiento polar y se reproducen por gemacin. Bajo condiciones fototrficas, forman membranas
laminares intracitoplasmticas que sostienen pigmentos fotosintticos adyacentes a la membrana citoplasmtica. Bacterioclorofilas y
los carotenoides son los pigmentos fotosintticos principales presentes.[1] R. palustris se encuentra comnmente en el suelo y el
agua. Puede sobrevivir en ambas condiciones aerbicas y anaerbicas. Se considera ser una "bacterias verstil" porque es capaz
de fijar el dixido de carbono para formar la biomasa, convertir el nitrgeno en amonaco y producir hidrgeno (gas de hidrgeno es
el subproducto de la fijacin del nitrgeno) [2]. En presencia de oxgeno que cataboliza una gama de hidrocarburos a partir de
azcares a la lignina, sin embargo se puede cambiar a la fotosntesis en ausencia de oxgeno. Se adquiere cada vez mayor inters
en la investigacin debido a sus habilidades para producir hidrgeno y degradar los desechos txicos. Estos dos tienen aplicaciones
muy importantes en la bio-remediacin y las energas alternativas.

Genoma
Caroline Harwood, quien se desempea como editor de la revista Applied y Microbiolgy Environmetnal , liderar el proyecto que
secuenci el genoma deR.palustris . Harwood comenz a trabajar con R.palustris porque era un muy buen modelo para el estudio
de la degradacin anaerobia de compuestos aromticos, pero tras la secuenciacin de su genoma descubri que era capaz de
hacer ms de lo que era known.The R.palustris genoma contiene 5,459,213 pares de bases circulares cromosomas con genes
predichos 4836 y un plsmido de 8.427 pb. 1.514 genes, que es el 31% de su genoma, el cdigo para el metabolismo energtico del
metabolismo, la biosntesis, carbono y nitrgeno y procesos celulares. R.palustris poseen tres, cinco vas nitrogenases anillo de
benceno y cuatro luces de cosecha 2 sistemas que le permiten llevar a cabo su metabolismos diversos.Tambin tiene genes que le
permiten oxidar monxido de hidrgeno, tiosulfato y el carbono y los utilizan como fuentes de energa. [3]

Contaminacin del suelo

Aparte de las causas naturales de la contaminacin, la mayora de la contaminacin del suelo es causada por las actividades
antropognicas. Las fuentes comunes de contaminacin son los desechos industriales, el uso excesivo de plaguicidas agrcolas,
productos derivados del petrleo (plsticos) y los sistemas defectuosos de aguas residuales, lodos orgnicos procedentes de
estaciones depuradoras. El suelo tiene muchas capas que filtran el agua que pasa a travs de ellos, pero slo hasta cierto
punto. Los contaminantes pueden llegar al nivel fretico y terminan en el agua potable. Muchos contaminantes ambientales
contienen anillos aromticos como una parte de su estructura. Algunos ejemplos son herbicidas y productos de transformaciones
aerbicas de halogenados alquilbencenos y bifenilos policlorados, que son fuentes importantes de compuestos halogenados
aromticos, incluyendo benzoatos clorados, en el medio ambiente. Uno muy ampliamente utilizado compuesto aromtico es
benceno. Debido a su eficacia como un disolvente, se forma una gran parte de numerosos productos comerciales como pinturas,
tintas, gasolina, etc que se almacena bajo tierra en los tanques y puede entrar al suelo debido a la prdida de estos
tanques. Tambin puede entrar al suelo a travs de las fugas de las plantas de fabricacin de productos qumicos y derrames de
petrleo. La mayora de los contaminantes solubles presentes en el aire por lo general terminan en el suelo cuando llueve. As que
el benceno en la atmsfera por el escape de los automviles, los vapores de pintura, plantas de fabricacin y el humo del cigarrillo
pueden quedar disueltos en la lluvia y terminan en el suelo. El benceno si est presente en la tabla de agua / fuentes tiene graves
consecuencias. Algunos de los efectos de las exposiciones a corto plazo a la gama de benceno de la somnolencia, confusin, pulso
rpido, prdida del conocimiento, la anemia a los daos del sistema nervioso, la supresin del sistema inmune y la muerte. Efectos
de la exposicin a largo plazo son la leucemia mieloide aguda, un tipo de cncer que afecta a la sangre, la anemia aplsica
secundaria y daos al sistema reproductivo [7].

La degradacin de los compuestos aromticos

El benceno presente en el ambiente es principalmente degradado por microbios, entre los cuales R. palustris es un participante
importante. R.palustrisse conoce a romper 3-cloro-a travs de la reductora coenzima A va de la mediacin. 3-clorobenzoato primero
se convierte a 3-clorobenzoil-CoA y luego reductivamente deshalogenado para formar benzoil CoA.Finally R.palustris reduce
benzoil-CoA para formar acetil CoA y dixido de carbono. [5] El acetil CoA puede entrar en el ciclo del cido tricarboxlico (TCA) y
suministrar energa a la bacterium.In un estudio llevado a cabo, R. palustris cepa RCB 100 se cultiv en un medio de
enriquecimiento anaerobio que contiene 2 mM de 3-clorobenzoato como la nica fuente de origen orgnico y se incubaron a la
luz. El 3-clorobenzoato se desclorado primero en la degradacin y, evidentemente, los iones cloruro se produjeron en proporcin a
la cantidad de 3-clorobenzoato consumida por las bacterias. La concentracin de iones cloruro se midi colorimtricamente mientras
que la cantidad de 3-clorobenzoato se determin por cromatografa lquida de alta presin (HPLC).
Otros contaminantes que R. palustris es capaz de degradar son 2,4,6-triclorofenol (TCP) y de Cr (VI) [8]. TCP se utiliza como un
fungicida, herbicida, insecticida, antisptico, defoliantes, conservante y pegamento. Se libera sustancias txicas como el humo de
los cloruros y cloruro de hidrgeno sobre la calefaccin, que es carcingeno en los animales [9]. TCP tambin puede contener
dibenzodioxinas policloradas (PCDD) y dibenzofuranos policlorados (PCDF), los cuales son compuestos
peligrosos. R. palustris puede reducir TCP, a razn de 10 mg / l por da. Los productos metablicos de 2,4,6-TCP y 2,4 DCP-, 4-CP
tambin apareci en aproximadamente 3 horas y 2 das y desapareci en 4 y 8 das, respectivamente. Estos productos se
identificaron utilizando estndares conocidos [8].
El cromo se encuentra en diversos estados de oxidacin. El cromo metlico, que es el cromo (0) forma, se utiliza para la fabricacin
de acero. El cromo (VI) y cromo (III) se utilizan para el cromado, colorantes y pigmentos, curtido de pieles, y preservacin de la
madera [10]. El consumo de cromo (VI) a travs de alimentos o agua contaminados tiene consecuencias graves para la
salud. R. palustris puede reducir el Cr (VI) a Cr (III) a un ritmo de 10 mg / l por 2 horas y 80 mg / l por cada 2 das [8]. Cr (III) es un
nutriente esencial y ocurre naturalmente en los alimentos [10].

Produccin de Hidrgeno

R.palustris produce hidrgeno como un subproducto de la fijacin de nitrgeno y es posible aprovechar el hidrgeno que se produce
para usos humanos. El hidrgeno es un combustible mucho mejor en comparacin con carbn o petrleo, porque la combustin de
hidrgeno slo genera agua. R.palustris es nica en comparacin con las otras bacterias prpuras en que codifica tres nitrogenases
diferentes. Codifica una nitrogenasa de vanadio codificacin que cataliza la produccin de hidrgeno a tres veces ms que el comn
de molibdeno que contienen nitrogenases hacer. [1] R.palustrisha sido, junto con otros microbios, como las cianobacterias para
formar microreactores para la produccin de hidrgeno.Las cianobacterias tambin es capaz de fijacin de nitrgeno. Las
cianobacterias se ha especializado no fotosintticos clulas llamadas heterocistos, que proporcionan un ambiente anaerbico para
la nitrogenasa a trabajar, ya que los venenos de oxgeno de la enzyme.Cyanobacteria tiene tres enzimas que intervienen en el
metabolismo del hidrgeno es decir, la nitrogenasa, hidrogenasa la membrana envolvente y la hidrogenasa soluble. Dado que las
hidrogenasas consumen hidrgeno en su curso de accin, los mutantes fueron producidos por golpes de la hidrogenasa gen que
codifica para maximizar la produccin de hidrgeno. Los mutantes cianobacterias emparejados con R.palustris tena una produccin
de hidrgeno 4,8 veces mayor que la no mutada cianobacterias / R.palustris par, protena 11.8mmol H2/h/mg vs 3,9 mmol H2/h/mg
protena, que se muestra en la Figura 1. Las reacciones fueron controlados dentro de micelas hechas invertido de N-etil hexil
sulfosuccinato sdico. [4]

La sntesis de nanopartculas

Relacin entre la cantidad de cadmio en solucin, en la forma de CdS y en la celda

Los organismos vivos tienen habilidades innatas para dirigir con precisin la forma y la cristalinidad de los materiales inorgnicos,
sus habilidades pueden ser aprovechadas en la sntesis de materiales inorgnicos. Del mismo modoR.palustris es capaz de
synthesisizing de sulfuro de cadmio (CdS) nanopartculas [6]. Cuando R. palustris se incub en una solucin de sulfato de cadmio,
el color de la solucin cambi a amarillo despus de 48 horas indicando la formacin de nanopartculas de sulfuro de
cadmio. El R.palustris citoplasma contiene disulfhydrase cistena, una enzima que cataliza la produccin de S2, se cree que es
responsable de la formacin de nanopartculas de CdS. R.palustris tambin se secreta protenas que luego se estabilizaron las
nanopartculas. R.palustrisproducido nanopartculas estables y uniformes de un tamao medio de 8,01 0.25nm, que fue
confirmado por anlisis de TEM.

Conclusin
R.palustris es verdaderamente una bacteria verstil y sus capacidades metablicas diferentes tienen aplicaciones muy importantes
en el da de hoy y la edad con problemas de contaminacin del medio ambiente y de fuentes no renovables de energa. Esto nos
proporciona una forma para hacer frente a estos problemas con slo la optimizacin de algunos de estos Capabilites
metablicos. Tiene un gran potencial en la biorremediacin, la produccin de combustible de hidrgeno y la sntesis de
nanopartculas y la investigacin por lo tanto ms en estas reas de gran valor.

Rhodopseudomonas cepas palustris BisB5 y HaA2 y BisB18 y BisA53 (bacterias, 5,5 MB cada una):
fototrficas, fijar el dixido de carbono y nitrgeno, producir hidrgeno, degradar la biomasa asociadoscompuestos aromticos en condiciones anaerbicas (fototrficas) y aerbica (hetertrofos).
Una cepa (CGA009) de R. palustris ha sido secuenciado por el JGI y la secuencia ha revelado una
sorprendente riqueza de versatilidad metablica. Esta bacteria puede crecer phototophic facultativos con o sin
oxgeno, fijan el nitrgeno, producir hidrgeno y se ha desarrollado capacidades altamente biodegradacin. La
secuencia del genoma de la cepa CGA009 revel que el nmero de opciones que R. palustris tiene dentro de
sus modos metablicos importantes para aprovechar las fluctuaciones de los suministros de carbono,
nitrgeno, la luz y el oxgeno es an ms grande que se sospechaba previamente sobre la base de estudios
fisiolgicos. Se codifica por ejemplo, tres isoenzimas nitrogenasa, cinco vas de anillo de benceno de escisin
y la luz cuatro cosecha 2 sistemas. La secuencia del genoma de la cepa CGA009 lo que refuerza la idea de
que R. palustris es un generalista capaz de responder y adaptarse a las condiciones cambiantes en el suelo
templado y ambientes de agua en la que es tan ampliamente distribuidos.

En el contexto de versatilidad metablica general de la especie R. palustris existe una considerable cepa-acepa diversidad. Cuatro cepas adicionales de R. palustris ser secuenciado. Estas secuencias del genoma
adicionales servirn de base para definir las diferencias genticas y funcionales que pueden existir dentro de
la especie Rhodopseudomonas palustris. La secuencia del rRNA 16S de cada una de las cepas difiere de la
de la cepa ya secuenciados (CGA009) en aproximadamente 2%. Las cepas para ser secuenciados fueron
aislados por la siembra directa a partir de dos sitios diferentes, una prstina y contaminado uno. Las cepas
fueron congelados inmediatamente despus de su aislamiento y han tenido una exposicin mnima para el
medio ambiente de laboratorio. Las cepas que se secuenciados difieren entre s en PCR BOX-huellas
dactilares de ADN genmico. A pesar de las tensiones no han sido ampliamente caracterizado
fenotpicamente, tienen algunas diferencias obvias. Ellos difieren en la pigmentacin, en crecimiento sobre el
benzoato, y las clulas de cada cepa tienen formas ligeramente diferentes y tamaos, aunque todos ellos
tienen el aspecto distintivo de R. palustris.

Rhodopseudomonas palustris es una bacteria prpura del azufre fototrficas

anoxignicas que es omnipresente en las muestras de suelo y agua. R. palustris es
de gran inters debido a su diversidad metablica alta, la capacidad de fijar el
dixido de carbono, el potencial de produccin de hidrgeno, y la capacidad para
biodegradar contaminantes orgnicos, tanto en condiciones aerbicas y
anaerbicas.
R. palustris es actualmente el foco de un estudio interdisciplinario a travs del
Departamento de Energa de los genomas a la vida del programa. El objetivo a
largo plazo de este estudio interdisciplinario es examinar cmo los procesos de
captura global de carbono (CO 2 de fijacin), fijacin de nitrgeno, la oxidacin
de azufre, la generacin de energa de la luz, el biocombustible (de hidrgeno) la
produccin, el catabolismo de carbono orgnico y la reduccin de metales operan
en un sola clula microbiana a travs de enfoques tradicionales y biologa de
sistemas. El genoma anotado de este microbio (Larimer et al, Nature Biotech,
2004) pone de manifiesto del ~ 4836 posibles genes que codifican protenas en el
genoma 5.459Mb. El esfuerzo de secuenciacin del genoma ha allanado el
camino para estudios detallados de la biologa de sistemas, tales como la
transcriptmica, la protemica, la protena-protena estudios de las interacciones
y la metabolmica.Al unir la informacin de la experimentacin global con
enfoques ms tradicionales, tales como golpes de gracia de genes que esperamos
profundizar en el metabolismo complejo de este microbio diversa.
El enfoque de este estudio es la cartografa detallada de la R. palustris proteoma
en todos sus conocidos modos metablicos importantes. Este mapa del proteoma
de referencia en los principales estados metablica proporciona un punto de
partida para proteoma ms detallado y protena-protena estudios de

interacciones. Debido a que estos resultados son abiertamente disponible, la

informacin se puede integrar fcilmente con otros estudios dentro del proyecto
clula microbiana. El rpido avance de las tecnologas de LC-MS/MS han
permitido el anlisis reproducible y rpido de los complejos de protenas y
proteomas de especies microbianas. Estas tecnologas pueden ahora estar
directamente relacionado con las herramientas genmicas para permitir un
anlisis detallado de una especie microbiana a nivel de sistemas. Nuestro objetivo
es utilizar las tecnologas multi-nivel protemica para obtener una mayor
comprensin de los diversos estados metablicos de este microbio y las protenas
son importantes para los estados individuales de crecimiento. Para la fundacin
inicial de este proyecto, hemos analizado el proteoma de referencia
de R. palustris cepa de tipo salvaje cultiva bajo condiciones numerosas
incluyendo photoheterotrophic, chemoheterotrophic, fijacin de nitrgeno,
fotoautotrficos, la fase estacionaria, as como benzoato como una fuente de
carbono alternativa. En concreto, estamos estudiando la expresin de genes
redundantes, la identificacin de cambios nicos para cada estado de crecimiento
y el desarrollo de objetivos de protenas para anlisis a gran escala de las
mquinas de protenas a partir de este microbio

Gnero de la familia hyphomicrobiaceae, formada por bacterias de forma ovoide con crecimiento polar y un ciclo
decrecimiento vegetativo caracterstico. Las clulas crecen preferiblemente de forma fotoherotrfica bajo condiciones
anaerobias en la luz, pero tambin crecen bajo condiciones microaerobias o aerobias en la oscuridad (Adaptacin del
original: Bergey's Manual of Determinative Bacteriology, 9th ed).