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La enzima RuBisCo no es un ejemplo de un diseño sin dirección

15:11 12/02/2010
Santiago Escuain
adaptación, biología molecular, diseño inteligente, disteleología, enzimas, filosofía
de la ciencia, fotosíntesis, genética molecular, ingeniería genética, retroingeniería,
rubisco, Boletín de SEDIN

La pretensión de que la enzima RuBisCo está mal diseñada o diseñada sin

inteligencia estaba apareciendo en los libros de texto en la década de 1990. Esta
idea ha sido retomada recientemente en la sección de News & Views de la revista
Nature por John Ellis. Escribe él que la RuBisCo es «una reliquia de un tiempo
pasado», y su ensayo se titula «Abordando un diseño no inteligente».

«La RuBisCo es la enzima más importante en el planeta —prácticamente todo el

carbono orgánico de la biosfera procede en último término del dióxido de carbono
que esta enzima fija procedente de la atmósfera. Pero RuBiscCo es también una de
las enzimas más ineficientes en el planeta. Evolucionó cuando la composición
atmosférica era diferente de la actual, y su fracaso en adaptarse de manera
significativa a la atmósfera moderna limita la productividad agrícola.»

La enzima RuBisCo tiene un sitio activo (bolsa de enlace) que liga la

ribulosa-1,5-bisfosfato (RuBP) y cataliza la reacción entre RuBP y el CO2 o
O2. En la figura, las dos grandes subunidades de RuBisCo (azul y cian)
encierran una molécula RuBP (naranja) en el sitio activo. El sitio está
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encerrado por el C-terminal (amarillo), la lisina 128 (púrpura) y el bucle 6

(verde), que experimentan cambios periódicos de conformación que abren
o cierran el sitio. Los reactantes entran y los productos escapan mientras
está en un estado abierto, y las reacciones de fijación de carbono ocurren
durante el estado cerrado. (Pie de imagen e imagen: Paul Crozier, Sandia
National Labs.)

A lo largo de la última década, el péndulo ha oscilado apartándose de la idea de que

la RuBisCo sea producto de un diseño no inteligente. Sus logros son
extraordinarios, como lo explica Griffiths (2006):

Es curioso que la Rubisco fije el CO2 en absoluto, porque hay 25 veces más
O2 que CO2 en solución a 25 grados C, y una diferencia por un factor de 500
veces entre ambos en forma gaseosa. Pero sólo un 25% de las reacciones
son sucesos de oxigenasa a esta temperatura, y los intermedios de carbono
«perdidos» para las reacciones de fijación de carbono por la acción de la
oxigenasa son metabilizados y recuperados en parte por la llamada ruta
fotorrespiratoria. La catálisis comienza con la activación de la Rubisco por la
enzima Rubisco activasa, cuando primero el CO2 y luego un ión de magnesio
se enlazan con el sitio activo. El sustrato, la ribulosa bisfosfato, reacciona
luego con éstas para formar un enediol intermedio, que se une bien con otro
CO2 o con una molécula O22, siendo que ambas tienen que difundirse por
un canal de solvente para llegar al sitio activo.

El análisis de Tcherkez et al. (2006) fue importante para demostrar que la RuBisCo
no lleva la impronta del tanteo darwinista, y que de la investigación para modificar
la enzima genéticamente para lograr mejoras agrícolas sólo pueden esperarse
«modestas mejoras» en el rendimiento de su operación.

Además, [nuestra hipótesis] suscita la posibilidad de que, a pesar de parecer

lentas y confundidas, la mayoría de las Rubisco pueden estar adaptadas casi
óptimamente a sus diferentes medios gaseosos y térmicos. En tal caso, de la
manipulación genética sólo pueden esperarse modestas mejoras en el
rendimiento de la Rubisco y del crecimiento de la planta. Esta mejora
quedaría limitada a la magnitud de la dispersión que se observa en las
correlaciones (Fig. 3), si la dispersión representa una optimización
incompleta (ver más arriba). [...] Una adaptación así en respuesta a los
cambios atmosféricos y de temperatura parece haber contribuido a
posibilitar la expansión de la biosfera a su actual tamaño.

Los teóricos del diseño por designio han llamado la atención a tres consideraciones
adicionales:
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1. Un análisis de factores simples de la RuBisCo es inadecuado. Los parámetros

considerados para llegar a la conclusión de que la enzima es ineficiente son muy
limitados. Deberíamos observar que la fijación quimiosintética del carbono también
hace uso de la Rubisco y que es empleada por organismos que viven en
manantiales hidrotermales y en filtraciones frías de hidrocarburos.

2. En particular, la fotorrespiración, el consumo de oxígeno para producir un

azúcar que finalmente forma dióxido de carbono durante una serie de reacciones,
puede no ser una señal de ineficiencia, sino que el proceso pueda ser útil para la
planta. La hipótesis nula para los teóricos del Designio es que los procesos tienen
funcionalidad. Esta hipótesis no carece de cierto respaldo: el proceso de la
fotosíntesis no se limita a capturar CO2 y a liberar oxígeno, porque la asimilación de
nitrato en los brotes de la planta depende de la fotorrespiración, como lo han
desvelado Rachmilevitch et al (2004).

3. También se deberían incluir consideraciones ecológicas en el análisis. Si el

designio es relevante para comprender de qué manera funcionan las plantas,
deberíamos considerar no sólo los beneficios para el organismo (concepto que
limita el horizonte para los que abrazan la perspectiva darwinista) sino también
para la biosfera como un todo. La capacidad de la RuBisCo de captar CO 2 aumenta
con el creciente contenido en CO2 en la atmósfera, de modo que su eficiencia
aumenta en una atmósfera rica en CO2. Sin embargo, los crecientes niveles de
oxígeno en la atmósfera reducirán la capacidad de la RuBisCo para captar carbono.
De modo que existe un mecanismo de retroalimentación negativa para regular las
concentraciones relativas de oxígeno y de dióxido de carbono en la atmósfera. Este
es otro ejemplo de un diseño que tiene efectos sobre la ecología de la Tierra. Para
más información acerca de esta cuestión (en inglés) haga clic AQUÍ.

Ellis estaba comentando acerca de un artículo por Liu et al. que informa acerca de
un trabajo para producir un RuBisCo in vitro. Para conseguirlo, los autores
necesitaron dos proteínas chaperonas, ATP y la adición de 18 subunidades de
proteínas (tomadas de un RuBisCo de una cianobacteria) que se tuvieron que
introducir en la secuencia correcta para conseguir rendimientos de la enzima. Se
espera que este procedimiento pueda usarse para producir versiones mutadas que
se puedan ensayar en busca de un rendimiento mejorado. Todo esto es muy
interesante, pero el mayor de los misterios es por qué personas que invierten tanta
energía intelectual tratando de mejorar esta extraordinaria molécula pueden vivir
con el pensamiento de que «la Rubisco es un soberbio ejemplo de un diseño sin
inteligencia para el mundo moderno». Quizá los fondos de investigación se
emplearían mejor explorando en direcciones identificadas usando la presunción de
que esta enzima tiene un diseño óptimo.

Tackling unintelligent design [Abordando un diseño no inteligente]

R. John Ellis
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Nature 463, 164-165 (14 enero 2010) | doi:10.1038/463164a

Resumen: La enzima clave en la fotosíntesis, Rubisco, es una reliquia de un

tiempo pasado. La capacidad de ensamblar la Rubisco en el tubo de ensayo
ofrece la perspectiva de la manipulación genética de la enzima para
adaptarla al mundo moderno.

Coupled chaperone action in folding and assembly of hexadecameric

Rubisco [Acción acoplada de chaperona en el plegado y ensamblado de la
Rubisco hexadecamérica]

Cuimin Liu, Anna L. Young, Amanda Starling-Windhof, Andreas Bracher, Sandra

Saschenbrecker, Bharathi Vasudeva Rao, Karnam Vasudeva Rao, Otto
Berninghausen, Thorsten Mielke, F. Ulrich Hartl, Roland Beckmann y Manajit Hayer-
Hartl.

Nature 463, 197-202 (14 January 2010) | doi:10.1038/nature08651

Resumen: La Rubisco de Forma I (ribulosa 1,5-bisfosfato

carboxilasa/oxigenasa), un complejo de ocho grandes (RbcL) y ocho
pequelas (RbcS) subunidades, cataliza la fijación del CO2 atmosférico en la
fotosíntesis. La limitada eficiencia catalítica de la Rubisco ha suscitado unos
extendidos esfuerzos por rediseñar la enzima con el propósito de mejorar la
productividad agrícola. Para facilitar estos esfuerzos, analizamos la
formación de la Rubisco de forma I de cianobacterias con una reconstitución
in vitro y mediante microscopía crioelectrónica. Exponemos que el plegado
de la subunidad RbcL mediante la chaperonina GroEL/GroES está
fuertemente acoplado con el ensamblaje mediado por la chaperona RbcX2.
Los monómeros de la RbcL permanecen parcialmente inestables y retienen
una alta afinidad por la GroEL hasta que son captados por la RbcX2. Como
se revela por la estructura de un intermedio de ensamblaje, RbcL8-
(RbcX2)8, la RbcX2 actúa como una grapa molecular para estabilizar las
subunidades de RbcL como dímeros y facilita el ensamblaje del núcleo de la
RbcL8. Finalmente, la adición de RbcS resulta en la liberación de la RbcX2 y
en la formación de la holoenzima. Puede que se necesiten chaperonas
específicas de ensamblaje de modo más generalizado en la formación de
estructuras oligoméricas complejas cuando el plegado está estrechamente
relacionado con el ensamblaje.

Véase también:

Griffiths, H., Designs on Rubisco, Nature 441, 940-941 (22 June 2006) |
doi:10.1038/441940a
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Rachmilevitch, S., Cousins, A.B., Bloom, A.J., 2004. Nitrate Assimilation in plant
shoots depends on photorespiration. Proceedings of the National Academy of
Sciences USA, 101(31), 11506-11510.

Fuente: Access Research Network – Rubisco is not an example of unintelligent

design 21/01/2010
Redacción: David Tyler © 2010 ARN - www.arn.org
Traducción y adaptación: Santiago Escuain — © SEDIN 2010 - www.sedin.