Bioinformti

ca
Rodrigo
Santamara

Bioinformtica
Contact
o
Conocimient
os
Introduccin
Planificacin
Temario
Evaluacin
Bibliografa

Contacto

Rodrigo Santamara
Profesor Ayudante Doctor
Departamento de Informtica y Automtica
Direccin:
Edificio San Bartolom 1-8, Pz. Fray Luis de Len
Correo: rodri@usal.es
P. Web: http://vis.usal.es/rodrigo
Tutoras
Martes y Mircoles, de 16:00 a 19:00
A concertar por correo

Conocimientos
requeridos

Conocimientos de Informtica
Bases de datos (SQL)
Sistemas operativos (UNIX)
Programacin (fundamentos bsicos)
Conocimientos de otras asignaturas
Gentica molecular
Estadstica
Bioqumica
Biologa Celular
Gentica

Introduccin
Qu es la
bioinformtica?
Cantidad de
informacin Tipos de
experimentacin
Algunas definiciones
Algunos ejemplos

Qu es la
bioinformtica?

Necesidad de la informtica

Biolog
a

para resolver problemas

biolgicos
Ingente cantidad de

Bioinformti
ca
Tecnolog
as de la

Ciencia
s de
la

informacin debido a las

revoluciones tecnolgicas
en biologa
PCR (Polimerase Chain

R.)
Human Genome Project

informaci
n

computaci
n

1000 Genomes project

m
277

~9

:21;~

2H

212
204
195

~~

'"
l~
~ 155

IG 146
133
130

.Q
C>

122
114

u~

57
48
40
32
2 4

EMBL Database Growth

Total nuclooUdos

(current 301,588,430,608)

D
e
s
p
u
n
t
a
c

on el
comienzo
del siglo
XXI

2000
El crecimiento es

exponencial

Primer

borrado
r del
genom
a
human
o en

328384858&878889909192939495%9798990001020304

Year

OS0&07 08 09 U

Nmero de nucletidos en la base de

datos de secuencias de EMBL
(http://www.ebi.ac.uk/embl/Ser vices/DBS
tats)

Cantidad de
informacin

Toda esta informacin debe manejarse a nivel

informtico
Gestin
Almacenamiento y consulta en bases de datos
Envo a travs de redes
Entrada y salida de datos biolgicos

Anlisis
Deteccin de marcadores
Bsqueda de patrones

 Prediccin de comportamientos

Tipos de
experimentacin

Tipos de experimentacin biolgica

Con un ser vivo (in vivo)
En un entorno artificial (in vitro)
En un entorno informtico (in silico)
No es una modalidad marginal o pasajera
Es parte bsica de la mayora de los avances
recientes en biologa
Genmica, metagenmica, biologa de sistemas,

tratamientos de cncer, medicina personalizada,

tcnicas forenses, etc.

Algunas definiciones

Algoritmo
Lista bien definida, ordenada y finita de
operaciones que permite hallar la solucin a un
problema
entrada algoritmo salida

Programa
Implementacin en un ordenador de un algoritmo,
mediante el uso de un determinado lenguaje de
programacin
Los lenguajes de programacin ms usados en

bioinformtica son

Perl, R y Matlab

Algunas
definiciones
g)
Minera de datos (Data minin
Extraccin no trivial de

os

informacin que residete

de manera implcita en,
los dat
es
Los datos no son lo
relevan si no los
patrones, relacion y
estructura
que
encierran

 Sus bases se encuentran en

El anlisis estadstico
La inteligencia artificia

Perspectivas

Molcula

Dogma central de la biologa molecular (genmica)

DNA (genoma) RNA (transcriptoma) protena (proteoma)
fenotipo celular

Organismo
Distintas partes del cuerpo
Distintos momentos de su desarrollo
Distintos estados fisiolgicos o patolgicos

Organismos
Evolucin
Interaccin entre organismos

Perspectivas

Molecular:
Obtencin y comparacin de secuencias
Alineamiento de secuencias
Secuencias y evolucin
Organismo
Anlisis de datos de microarray
Genmica funcional
Estructura de protenas

Temari
o

Bases de
datos.
1.

Teor
a

Estadstica de secuencias
genmicas
2.

Alineamientos de pares de
secuencias

Prctic
a
1.

secuencias
6.

Filogentica

7.

Anlisis de microarray

3.

4.

BLAST

5.

Alineamiento de mltiples

Uso de BBDD principales

Secuenciacin de nueva
generacin
8.

2.

3.

Alineamientos del NCBI

4.

Algoritmos BLAST NCBI

5.

Algoritmos y herramientas MSA

Algoritmos y herramientas
filogenticas
6.

7.

Anlisis en R de microarrays

8.

Prcticas obligatorias
Prctica
1.

Uso de BBDD principales

2.

3.

Alineamientos del NCBI

4.

Algoritmos BLAST NCBI

5.

Algoritmos y herramientas MSA

Algoritmos y herramientas
filogenticas
6.

7.

Anlisis en R de microarrays

8.

prctica I: caracterizacin de
una secuencia

prctica II: anlisis de un

microarray

Objetiv
os

Familiarizarse la informacin biolgica disponible

Conocer las aplicaciones de la bioinformtica en distintos campos

Y desarrollar las destrezas para consultarla e interrelacionarla

Biologa molecular, medicina clnica, farmacologa, biotecnologa

Conocer las principales tcnicas y herramientas bioinformticas

utilizadas hoy en da para el anlisis de datos biolgicos
Comprender sus fundamentos algortmicos
Desarrollar las destrezas para utilizarlas y aplicarlas

Familiarizarse con problemas biolgicos reales que se plantean

hoy en da en un laboratorio y slo pueden abordarse mediante

la bioinformtica

Objetivos

En esencia, la bioinformtica trata de comparar

Dos secuencias de nucletidos o protenas
Dos experimentos de expresin gnica
Dos rboles filogenticos

Aprender a comparar
Qu? Sabiendo obtener y discriminar los datos a

comparar
Cmo? Entendiendo los mtodos de comparacin
Qu obtengo? Analizando de manera crtica los
resultados de la comparacin

Destrezas a adquirir

Conocer, distinguir y consultar bases de datos de

secuencias, protenas, genomas, microarrays, etc.

Conocer distintas herramientas para el anlisis de

secuencias de nucletidos y protenas

A nivel de usuario final

Pero comprendiendo los algoritmos subyacentes

Sabiendo interpretar los resultados

Conocer los resultados de la experimentacin con

microarrays y saber analizarlos

Destrezas a adquirir

Biolog
a

Bioinformti
ca

Perfil de bioinformtico a

nivel de usuario
Familiaridad con las
bases de datos y
herramientas de anlisis

Pero con:
Conocimiento profundo

Informtic
a

de los fundamentos
algortmicos
Capacidad de anlisis
crtico de los datos y
resultados

Perfil del
bioinformtico
Informtico
Bilogo

Bioinformtico

Relevancia del
bioinformtico

Ask 10 investigators in human genetics what resources

they need most and it is highly likely that

computational skills and tools will be at the top of
the list.

David Valle, M.D.

Scientists who enter genomics with traditional life

science training must pick up several informatic skills

along the way. They need a fundamental
understanding of programming, bioinformatics and
data mining. Its critical to be able to mine your
data and to be conversant in the language of
programming

 Janet Warrington, Affymetrix

Relevancia del
bioinformtico

We prefer candidates who are comfortable working

with databases, writing code to conduct

statistical analyses and interpreting analysis
results in light of recent biological research
publications.

Jason Johnson,
Rosetta

Individuals who have a lot of biology experience and

computed experience are unique. It adds to their value

to have both sides

Shawn Burgess,
NHGRI

Genomics: Bridging Research Areas, Peter Gwynne, Science Career Magazine,

May 2003

Horario

Teora (Aula C1)

Lunes 10:00 11:00
Mircoles 11:00 12:00

Prcticas (Aula de Informtica 2)

Mircoles 12:00 14:00

Material

Moodle: http://studium.usal.es
Nombre: Bioinformtica (Lic. en Biotecnologa)
Transparencias
Foros
Ejercicios
Noticias

Pgina personal: http://vis.usal.es/rodrigo

Algn contenido adicional

Evaluaci
n

Evaluacin
Ejercicios prcticos entregados a lo largo del curso
(50%)
Ejercicios opcionales semanales
Evaluacin continua y ayuda para los ejercicios

obligatorios
Dos ejercicios obligatorios finales de carcter general
Necesarios y suficientes para aprobar la parte
prctica

 Examen final con preguntas principalmente

tericas (50%)
27 enero 2012
9 septiembre 2012

Metodologa de
trabajo

Teora
Alumno: traer el tema para esa semana ledo
Clases:
Se pasar lista
Se repasar el tema, no de manera exhaustiva, si no

explicando los conceptos ms relevantes y atendiendo

los dudas que les hayan surgido a los alumnos durante
su lectura
Se abrir un debate en clase sobre cuestiones

relacionadas con el tema

Metodologa de
trabajo

Prctica
Alumno:
Haber entregado los ejercicios de la sesin anterior (si
haba)
Traer repasada la teora del tema correspondiente (que ya
ha sido ledo y visto en clase)

Sesiones:
Se pasar lista
Se atendern dudas sobre los ejercicios de la sesin
anterior (si haba).

Aleatoriamente, se preguntar sobre los ejercicios

entregados.
Se comenzar la realizacin de los ejercicios de esta sesin.

Bioinformatics and Functional Genomics.

Jonathan Pevsner, 2nd Ed. Wiley Publishing
2009

Bioinformatics: Sequence and

Genome Analysis. Nello Cristianini
and Mathew W. Hahn. Cambridge
Univ. Press 2006

Bioinformatics for Dummies. Jean

Michel Cleverie & Cdric Notredame,
2nd Rev. Ed. Wiley Publishing 2006

BLAST. Ian Korf, Mark Yandell and Joseph

Bedell. OReilly 2003.

Microarray Bioinfomatics. Dov Stekel.

Cambridge University Press 2003

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